Filogenik dan Pohon Kehidupan

Oleh : Pirman Supriatman

1. Filogeni (phylogeny) ilmu yang mempelajari sejarah evolusi suatu spesies atau kelompok
spesies. (1)
2. Sistematika (systematic) adalah cabang ilmu yang berfokus pada pengklasifikasian
organisme-organisme dan penentuan hubungan evolusioner mereka. (2)
3. Taksonomi adalah ilmu pemberian nama dan pengklasifikasikan organisme. (3)
a. Nomenklatur Binomial
3.1 Untuk menghindari ambiguitas nama spesies para peneliti menyebutkan organisme
dengan nama ilmiah Latin. (4)
3.2 Carolus Linnaeus abad-18 memperkenalkan Binomial sebagai format nama ilmiah yang
terdiri dari dua bagian. Bagian pertama binomial adalah nama genus (jamak, genera)
yang menaungi spesies. Kedua, disebut epitet spesifik bersifat unik di dalam masing-
masing spesies dalam genus. (5)
3.3 Penamaan ilmiah huruf pertama dalam genus ditulis dengan huruf capital dan huruf
binomial dicetak miring. (6)
3.4 Nama ilmiah yang baru diciptakan harus “dilatinisasi”. (7)
3.5 Penemu spesies baru boleh memberi nama spesies dengan namanya sendiri tetapi harus
diakhiri dengan nama latin. (8)
b. Klasifikasi Berjenjang
4. Para ahli taksonomi menerapkan secara progresif kategori klasifikasi-klasifikasi yang makin
komprehensif. (10)
4.1 Sistem Taksonomi berdasarkan Linnaeus atau sistem linnean meneptakan sejumalah
genus yang berkerabat dalam famili yang sama, famili ke dalam ordo, ordo ke dalam
kelas, kelas ke dalam filum (jamak, fila), filum kedalam kingdom, dan yang terbaru
kingdom ke dalam domain. (11)
4.2 Spesies yang nampak berkerabat dekat dilihat dari karakteristiknya dikelompokkan ke
dalam genus yang sama. (12)
4.3 Unit taksonomik tertentu pada tingkat jenjang apa pun disebut takson (jamak, taksa ).
 4.4 Nama takson yang lebih luas daripada genus tidak dicetak miring dan huruf awalnya
ditulis dalam huruf kapital. (13)
4.5 Tingkat klasifikasi lebih tinggi diatas genus biasanya ditentukan oleh karakter morfologi
tertentu yang dipilih para ahli taksonomi, bukan dari ukuran yang dapat diaplikasikan
pada semua organisme. (14)

Mengaitkan Klasifikasi dengan Filogeni

5. Sejarah evolusi dari sebuah kelompok organisme dapat direpresentasikan dalam diagram
bercabang yang disebut Pohon filogenik (phylogenic tree). (15)
5.1 Pola percabangan sesuai dengan klasifikasi berjenjang dari kelompok yang termuat
dalam kelompok-kelompok yag lebih inklusif. (16)
5.2 Hubungan evolusioner sering digambarkan dalam serangkaian dikotomi atau titik
percabangan (branch point) dua arah. (17)
5.3 Setiap titik percabangan mempresentasikan divergensi atau penyebaran antara dua garis
keturunan evolusioner dari nenek moyang bersama. (18)
5.4 Kelompok-kelompok organisme pada pecabangan yang berbagi nenek moyang bersama
sehingga menjadi kerabat dekat satu sama lain disebut takson saudari (sister taxa). (19)
5.5 Politomi (polytomy) adalah istilah untuk sebuah titik percabangan yang memiliki lebih
dari dua kelompok keturunan yang mengindikasikan bahwa hubungan evolusioner
diantara takson-takson keturunan tersebut belum diketahui dengan jelas. (20)
Apa yag Dapat dan Tidak Dapat Kita Pelajari dari Pohon Filogenetik
6. Pohon Filogenik memiliki point kunci dan makna tertentu. (21)
6.1 Urutan percabangan dalam sebuah pohon tidak harus mengindikasikan usia yang
sesungguhnya (absolut) dari spesies tertentu. (22)
6.2 Apabila tidak diberikan informasi yang spesifik tentang arti panjang cabang pada suatu
pohon filogenetik maka penafsiran diagram tersebut semata-mata dari sisi pola
keturunan. (23)
6.3 Tidak boleh berasumsi bahwa suatu takson pada sebuah pohon filogenik berevolusi dari
takson atau cabang pohon filogenetik di sampingnya. (24)
Menerapkan Filogeni
7. Filogeni dari suatu spesies menyediakan banyak informasi salah satunya struktur DNA yang
dapat dimanfaatkan. (25)
7.1 Gen yang berguna sebagai reservoir dapat ditransfer bisa digunakan untuk pembiakkan
tanaman atau rekayasa genetika. (26)
7.2 Sekuen-sekuen DNA pada spesies dapat membantu identifikasi jenis spesies dan spesies
kerabatnya. (27)
7.3 Pohon filogenetik dapat digunakan dalam berbagai aplikasi dalam kehidupan salah
satunya pada kasus bioterorisme dengan mengidentifikasi galur bakteri berdasarkan data
DNA. (28)
26.2 Filogeni disimpulkan dari data morfologis dan molekuler
8. Ahli sistematika menyimpulkan filogeni berdasarkan informasi morologi, gen, dan biokimia
dari berbagai organisme yang relevan. (29)
Homologi Morfologis dan Molekuler
8.1 Nenek moyang yang sama akan menurunkan gen-gen atau sekuens-sekuens DNA yang
bersifat homolog. (30)
8.2 Organisme yang berbagi morfologi atau sekuens DNA yang mirip memungkinkan
berkerabat dekat dibanding dengan yang berbeda jauh. (31)
8.3 Beberapa kasus, divergensi morfologi di antara spesies-spesies yang berkerabat bisa
sangat besar dan divergensi genetiknya kecil (atau sebaliknya). (32)
8.4 Divergensi molekuler yang kecil dapat menciptakan keanekaragaman fenotif pada satu
spesies karena adanya adaptasi didalam suatu habitat namun tetap memiliki gen-gen
yang sangat mirip contohnya silverword hawai. (33)
Memilah Homologi dan Analogi
9. Dalam penyusunan filogeni akan menyesesatkan jika mengacu pada evolusi konvergen
(analogi) bukan dari nenek moyang bersama atau divergen (homologi). (34)
9.1 Membedakan antara homologi dan analogi sangat penting dalam merekontruksi filogeni.
(35)
9.1.1 Homologi adalah kesamaan karakteristik yang mendasar antar spesies dari nenek
moyang bersama walaupun fungsinya berbeda atau disebut evolusi divergen. (36)
9.1.2 Analogi adalah perbedaan karakteristik yang mendasar antar spesies karena nenek
moyang berbeda tetapi memiliki fungsi yang sama disebut evolusi konvergen. (37)
 9.1.3 Evolusi konvergen terjadi ketika tekanan-tekanan lingkungan yang mirip dan
seleksi alam menghasilkan adaptasi yang mirip (analog) pada organisme-organisme
dari garis keturunan evolusioner yang berberda. (38)
9.1.4 Struktur analog yang muncul secara independen dari hasil adaptasi dengan
lingkungan disebut Homoplasi (homoplasy). (39)
9.2 Kompleksipitas dari karakter yang dibandingkan mejadi petunjuk membedakan antara
homologi dan morfologi (40)
9.2.1 Semakin banyak kemiripan yang dimiliki oleh dua struktur yang kompleks,
semakin besar besar kemungkinan bahwa struktur-struktur tersebut berevolusi dari
nenek moyang bersama. (41)
9.2.2 Gen-gen merupakan sekuens dari ribuan nukleotida, yang masing-masing
mempresentasikan sebuah karakter warisan dalam bentuk satu dari dari empat basa
DNA : A (Adenin), G (Guanin), C (sitosin), dan T (Timin). (42)
9.2.3 Apabila gen-gen pada dua organisme memiliki banyak bagian dari sekuens
nukleotida yang sama, sangat mungkin bahwa gen-gen tersebut bersifat homolog.
(43)
Mengevaluasi Homologi Molekuler
10. Perbandingan asam nukleat menjadi bagian penting dalam mengidentifikasi hubungan
filogeni dan menjadi tantangan tersendiri bagi para peneliti. (44)
10.1 Cara yang dilakukan untuk mengidentifikasi filogeni suatu spesies adalah
sekuensing molekul asam nukleat, setelah itu mensejajarkan sekuens-sekuens yang
dibandingkan dari spesies-spesies yag dipelajari. (45)
10.2 Sekuens asam nukleat pada spesies yang berkerabat dekat hanya berbeda satu atau
beberapa tempat pada sekuens DNA dan sebaliknya pada spesies yang berkerabat jauh
biasanya memiliki basa-basa yang bebeda pada banyak tempat dan dapat memiliki
panjang yang berbeda. (46)
10.3 Perbedaan tempat dan panjang basa pada sekuens-sekuens asam nukleat suatu
spesies disebabkan oleh insersi dan delesi yang berakumulasi dalam periode waktu yang
lama. (47)
10.4 Sekuens DNA nonpengkode tertentu pada suatu gen dari dua spesies sangat mirip,
hanya basa pertama dari sekuens tersebut terdelesi pada salah satu spesies. (48)
 10.5 Perbandingan dua sekuens tanpa mempertimbangkan delesi akan melewatkan
kenyataan bahwa sebenarnya diantara dua sekuens itu sangat cocok. (49)
11. Para Ahli sitematika mengembangkan program-program software komputer untuk mencari
dan menyejajarka sekuens-sekuens yang mirip dari sepanjang segmen DNA dari dua spesies.
11.1 Dua sekuens yang mirip satu sama lain pada banyak titik kemungkinan besar
bersifat homolog. (50)
11.2 Organisme yang tidak nampak berkerabat dan memiiliki basa-basa yang sangat
mirip mungkin hanya kebetulan, disebu homoplasi molekuler. (51)
11.3 Dua sekuens DNA dari organisme-organisme yang tidak berkerabat dekat atau
kebetulan mirip hanya memiliki kesamaan 25% dari basa mereka. (52)
11.4 Untuk menghindari kebetulan kesamaan sekuens, saintis mengembangkan alat
statistik untuk membantu membedakan homolog. (53)

26.3 Karakter-karakter yang dimiliki bersama digunakan untuk menyusun pohon filogenetik
a. Kladistika
12. Membedakan ciri-ciri homolog dari ciri-ciri analog adalah langkah pertama dalam
merekontruksi filogeni kemudian menentukan metode untuk menyimpulkan filogeni dari
karakter-karakter homolog ini. (54)
12.1 Kladistika adalah metode pendekatan sistematika berdasarkan nenek moyang
bersama sebagai kriteria primer dalam mengelompokkan organisme. (55)
12.2 Metode kladistika peneliti menempatkan spesies dalam kelompok-kelompok yang
disebut klad (clad), yang masing-masing mengandung satu spesies nenek moyang dan
semua keturunan. (56)
13. Sebuah takson yang setara dengan sebuah klad jika masuk kedalam tiga syarat kelompok.
13.1 Monofiletik (monophyletic / satu suku) adalah istilah yang mendakan bahwa
takson yang terdiri atas satu spesies nenek moyang dengan semua keturunannya. (57)
13.2 Parafiletik (parafiletik / selain suku) adalah istilah yang menandakan bahwa
takson terdiri atas satu spesies nenek moyang dan beberapa keturunannya, artinya tidak
semua keturunannya. (58)
 13.3 Polifiletik (Polyphyletic / banyak suku) adalah istiah yang menandakan takson
yang terdiri dari atas anggota yang salah satunya memiliki nenek moyang bersama, dan
salah satu yang lain memiliki nenek moyang berbeda. (59)
a) Karakter nenek moyang dan karakter derivate yang dimiliki bersama
14. Karakter nenek moyang milik bersama / (shared ancestral character) adalah karakter yang
bermula pada nenek moyang satu takson. (60)
15. Karakter derivate milik bersama / (shared derived character) adalah keunikan evolusioner
terbaru pada clad tertentu. (61)
b) Menyimpulkan filogeni menggunakan Karakter Derivat
16. Setiap klad memiliki sifat unik tertentu. (62)
16.1 Keunikan tertentu pada setiap klad dapat kita ketahui dari titik mana karakter
derivat miliki bersama mucul. (63)
16.2 Informasi karakter derivat yang muncul pada titik tertentu dapat digunakan untuk
menyimpulkan hubungan evolusioner. (64)
17. Analisis filogeni menggunakan karakter derivat harus menentukan spesies kelompok
luar/outgroup (sebagai pembanding) dan kelompok dalam ingroup (yang sedang dipelajari).
(65)
18. Kelompok luar/outgroup adalah suatu spesies atau kelompok spesies dari garis keturunan
yang diketahui telah berdisvergensi sebelum garis keturuna nyang mencakup spesies yang
tengah kita pelajari dalam kelompok (ingroup). (66)
19. Penentuan ke;ompok luar/outgroup dapat ditentukan berdasarkan bukti morfologi,
paleontologi, perkembangan embrionik, dan sekuens gen. (67)
20. Perbandigan kelompok luar/outgroup dengan kelompok dalam/ingroup dapat menentukan
karakter derivat pada titik percabangan evolusi. (68)
c) Pohon Filogenetik dengan Panjang Cabang yang Proporsional
21. Beberapa diagram pohon, panjang cabang menunjukkan waktu evolusioner atau terjadinya
peristiwa.
21.1 Panjang cabang pada pohon filogenik dapat mereflesikan jumlah perubahan yang
terjadi dalam sebuah sekuens DNA tertentu pada garis keturunan tertentu.
21.2 Organisme-organnisme yang ada saat ini, semua garis keturunan dari nenek
moyang bersama yang sintas untuk jumlah tahun yang sama.
 21.3 Rentang waktu kronologis yang sama pada evolusi beberapa spesies dapat
direpresentasikan dalam pohon filogenetik dengan panjang cabang yang proporsional
terhadap waktu.
21.4 Pohon yang merepresentasikan panjang cabang terhadap waktu memanfaatkan
data fosil untuk menempatkan titik percabagan dalam konteks waktu geologis.
b. Parsimoni Maksimum dan Kemungkinan Maksimum
22. Para ahli sistematika membangun pohon filogeni dari berbagai macam spesies dengan
meyempitkan kemungkinan yang ada dengan menerapkan prinsip parsimoni maksimum dan
kemungkinan maksimum
22.1 Prinsip Parsimoni Maksimum (maximum parsimony) adalah membuat pohon
filogeni berdasarkan penjelasan yang paling sederhana dan konsisten dengan fakta-fakta
morfologi dan DNA.
22.1.1 Pada filogeni yang berdasarkan morfologis pohon yang paling parsimonis
memerlukan peristiwa evolusi paling sedikit yang diukur berdasarkan asal usul
karakter morfologi derivat yang dimiliki bersama.
22.1.2 Pada filogeni berdasarkan DNA, pohon paling parsimonis memerlukan perubahan
basa paling sedikit.
22.2 Prinsip Kemungkinan Maksimum (maximum likehood) menyatakan bahwa DNA
berubah seiring waktu.
22.2.1 Sebuah pohon dapat mereflesikan peristiwa evolusioner sekuens yang paling
mungkin berdasarkan presentase laju DNA dari nenek moyang bersama.
22.2.2 Berdasarkan pohon parsimoni perubahan DNA dapat terjadi pada laju yang setara,
lambat, atau cepat di semua cabang pohon dari nenek moyang bersama
22.2.3 Program komputer yang dikembangkan berdasarkan parsimoni memperkirakan
filogeni dengan cara mengulas secara terperinci semua pohon yang mungkin dan
memilih satu atau beberapa pohon yang memerlukan perubahan evolusioner yang
paling sedikit.
a. Pohon Filogenetik sebagai Hipotesis
23. Pohon filogenetik mempresentasikan hipotesis tentang bagaimana berbagai organisme dalam
sebuah pohon berkerabat satu sama lain.
 23.1 Hipotesis terbaik adalah yang paling sesuai dengan semua data morfologis dan
molekuler yang tersedia.
23.2 Hipotesis filogenetik dapat dimodifikasi jika terdapat bukti data morfologis dan
molekuler yang baru.
24. Memikirkan filogeni sebagai hipotesis dapat kita manfaatkan untuk menguji asumsi
hipotesis yang benar.
24.1 Melalui pengelompokkan filogenetik berdasarkan ciri-ciri yang dimiliki oleh dua
kelompok organisme kita dapat memprediksi spesises berkerabat dekat terdapat pada
nenek moyang bersama mereka dan semua keturunannya.
24.2 Prediksi mencangkup peristiwa masa lalu bukan hanya perubahan evolusioner
masa depan.
24.3 Organ yang terfosilisasi dapat menjadi bukti untuk memprediksi prilaku
organisme dan spesies kerabat dekatnya.

26.4 Sejarah Evolusi Suatu Organime Tersimpan di Dalam Genomnya

25. Sistematika molekuler menggunakan perbandingan asam nukleat atau molekul lain adalah
alat yang sangat berharga untuk menelusuri sejarah evolusi.
25.1 Pendekatan molekuler telah membantu memahami hubungan filogenetik yang
tidak dapat diukur dengan metode nonmolekular (morfoligi dan anatomi).
25.2 Metode molekuler memungkinkan kita merekontruksi filogeni di antara
kelompok-kelompok prokariota saat ini dan berbagai mikrorganisme lain yang tidak
memiliki catatan fosil sama sekali.
26. Biologi Molekuler telah membantu mengembagkan sistematika kea arah hubungan
kekerabatan jauh di atas dan di bawah tingkat spesies, mulai dari cabang utama sampai
ranting pohon.
26.1 Gen yang berbeda berevolusi dengan laju yang berbeda bahkan pada garis
keturunan yang sama.
26.2 Pohon molekuler dapat merepresentasikan kurun waktu pendek panjangnya
evolusi gen.
 26.3 DNA yang mengkodekan RNA ribosom (rRNA) berubah relatif lambat, sehingga
perbandingan sekuens-sekuens DNA pada gen ini berguna untuk menyelidiki
kekerabatan diantara berbagai takson yang berdivergensi ratusan juta yang lalu.
26.4 DNA mitokondria (mtDNA) berevolusi relatif cepat dan dapat digunakan untuk
mempelajari peritiwa-peristiwa yang belum lama terjadi.
a. Duplikasi Gen dan Keluarga Gen
27. Duplikasi gen berperan sangat penting dalam evolusi karena meningkatkan jumlah gen
dalam genom dan memberi lebih banyak kesempatan bagi perubahan evolusiner lebih lanjut.
27.1 Teknik molekuler kini memungkinka kita melacak filogeni dari duplikasi gen dan
pengaruhnya pada evolusi genom.
27.2 Filogeni molekuler harus dapat menjelaskan duplikasi berulang-ulang yang dapat
menghasilkan famili gen, kelompok gen-gen yang berkerabat di dalam genom suatu
organisme.
27.3 Spesies yang berbeda yang memiliki gen homolog, gen-gennya yang terduplikasi
dari nenek moyang bersama.
28. Tipe gen-gen homolog dibedakan dengan nama yang berbeda yakni gen ortolog dan gen
paralog
28.1 Gen ortolog mengacu kepada gen-gen homolog yang ditemukan pada spesies –
spesies yang berbeda akibat spesiasi.
28.2 Gen-gen paralog mengacu kepada ditemukannya lebih dari satu salinan pada
genom yang sama akibat dupllikasi gen.
29. Sebagian besar gen yang menyusun genom sebagai salah satu dari kedua tipe homologi ini.
29.1 Gen-gen ortolog hanya dapat berdivergensi setelah spesiasi terjadi, dengan hasil
bahwa gen-gen tersebut ditemukan pada lungkang gen (gene pool) yang terpisah.
29.2 Gen-gen paralog dapat berdivergensi di dalam suatu spesies karena mereka
terdapat pada lebih dari satu salinan gen – gen di dalam genom.
26.5 Jam Molekuler Membantu Melacak Waktu Evolusi
a. Jam Molekuler
30. Jam molekular adalah standar untuk mengukur waktu mutlak dari perubahan evolusi yang
berdasarkan pengamatan bahwa beberapa gen dan lokasi-lokasi genom yang lain tampaknya
berevolusi pada laju konstan.
 30.1 Asumsi dasar jam molekuler adalah bahwa jumlah substitusi nukelotida pada gen-
gen ortolog proporsional terhadap waktu yang berlaku sejak spesies-spesies bercabang
atau berdivergensi dari nenek moyang bersamanya.
30.2 Pada jam molekuler dapat diberi tanda pada suatu gen yang telah memliki laju
rata-rata evolusi yang andal dengan membuat grafik jumlah perbedaan genetiknya.
31. Grafik perubahan genetik dapat dilihat dari perbedaan nukleotida, kodon, atau asam amino
dan waktu terjadi titik percabangan evolusionernya berdasarkan fosil.
31.1 Tidak ada satu gen pun yang dapat menandai waktu laju perubahan gen dengan
sempurna.
31.2 Beberapa bagian pada genom tampak telah berevolusi dalam penyesuaian dan
permulaan yang tak teratur yang tidak mirip dengan jam.
31.3 Gen yang memiliki jam molekuler yang bisa diandalkan atau memiliki laju
perubahan rata-ratanya yang relatif mulus seiring waktu ada kemungkinan terjadi
penyimpangan diatas dan dibawah laju rata-rata.
31.4 Gen yang sama mungkin berevolusi dengan laju yang berbeda pada kelompok-
kelompok organisme yang berbeda
31.5 Diantara gen-gen yang mirip jam molekuler, waktu lajunya mungkin sangat
bervariasi dari satu gen ke gen lain, beberapa gen berrevolusi sejuta kali lebih cepat dari
gen-gen lain.
Teori Netral
32. Perubahan teratur yang memungkinkan kita menggunakan sejumlah gen sebagai jam
molekuler memunculkan kemungkinan bahwa banyak perubahan pada sekuens-sekuens
tersebut adalah akibat dari hanyutan genetik (genetic drift) dan kebanyakan perubahan
bersifat netral tidak adaftif maupun mematikan.
33. Banyak perubahan evolusioner pada gen dan protein tidak memiliki pengaruh pada
kebugaran sehingga tidak berpengaruh oleh seleksi Darwinian.
34. Banyak mutasi baru berbahaya dan tersingkir dengan cepat
35. Jika kebanyakan mutasi lain bersifat netral dan hanya memiliki sedikit pengaruh pada
kebugaran atau bahkan tidak sama sekali, maka laju perubahan molekuler seharusnya
memang seperti jam.
36. Perbedaan pada laju jam untuk gen-gen yang berbeda merupakan fungsi dari seberapa
pentignya suatu gen.
37. Jika sekuens pasti dari asam amino yang dispesifikasikan oleh sebuah gen penting bagi
kesintasan, maka sebagian besar perubahan mutasi akan berbahaya dan hanya sedikit yang
netral, gen-gen semacam itu hanya berubah dengan lambat.
38. Jika sekuens pasti asam amino kurang penting, maka lebih sedikit mutasi baru yang
berbahaya dan lebih banyak yang netral, gen-gen seperti tu berubah dengan cepat.
b. Kesulitan-kesulitan Jam molekular
39. Pada kenyataannya jam molekular tidak berjalan semulus prediksi teori netral.
40. Banyak ketidakteraturan jam molekuler terjadi akibat seleksi alam ketika perubahan DNA
tertentu lebih diinginkan daripada perubahan lain.
41. Waktu yang dibentangkan para peniliti pada jam molekuler melebihi rentang waktu yang
terdokumentasikan oleh catatan fosil.
42. Jam molekuler telah digunakan untuk menentukan waktu divergensi evolusioner yang terjadi
satu miliar tahun lalu atau bahkan lebih melebihi catatan waktu fosil ditemukan. Estimasi ini
mengasumsikan bahwa jam-jam molekuler tersebut konstan sepanjang waktu , tentu estimasi
semacam itu tentu saja sangat tidak pasti.
43. Ketidak pastian waktu yang menjelaskan waktu divergensi evolusioner bisa dihindari
dengan mengalibrasi jam molekuler dengan banyak gen.
44. Dengan menggunakan banyak gen, fluktuasi laju evolusi akibat seleksi alam atau faktor-
faktor lain yang berbeda sepanjang waktu bisa dihampuskan.
c. Menerapkan Jam Molekuler: Asal Usul HIV
45. Peneliti menggunakan jam moekuler untuk memperkirakan waktu asal-usul infeksi HIV
pada manusia.
46. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa HIV, virus yang menyebabkan AIDS adalah
keturunan dari virus yang menginfeksi simpanse dan primate lain tetapi bukan pada
manusia.
47. Asal usul ganda dari HIV tereflesikan dalam beberapa macam galur (tipe genetik) dari virus
tersebut.
48. Materi genetik HIV terbuat dari RNA yang lain, virus HIV berevolusi dengan cepat.
49. Galur yang paling banyak tersebar di kalangan manusia adalah virus HIV-1.
50. Untuk menunkukkan dengan tepat infeksi HIV-1 pertama kali, para peneliti membandingkan
sampel virus dari berbagai masa selama epidermi AIDS.
51. Perbandingan sekuens gen virus HIV menunjukkan bahwa virus tersebut berevolusi secara
teratur bagaikan jam sejak tahun 1959.
52. Dengan mengekstrapolasi dari jam molekulernya, para peneliti menyimpulkan bahwa galur
HIV-1 pertama kali menyebar pada manusia selama tahun 1930-an.
26.6 Informasi Baru Terus Memperbaiki Pemahaman Kita tentang Pohon Kehidupan
53. Wawasan tentang cabang-cabang terdalam dari pohon kehidupan diketahui melalui
sistematika molekuler selama beberapa dasawarsa terakhir.
a. Dua Kingdom Menjadi Tiga Domain
54. Filogeni berdasarkann data genetik telah mulai mengungkap masalah mendasar karena
pengelompokkan organisme dengan sistem 5 kingdom ditemukan ketidak sesuaian
mengenai cirri sel, morfologi dan fisiologi.
55. Domain bacteria, archae dan eukarya adalah tingkat taksonomi yang lebih besar dari tingkat
kingdom
56. Bacteri terdiri dari kebanyakan prokariota saat ini, termasuk yang berkerabat dengan
kroloplas dan mitokondria.
57. Archae terdiri dari beraneka ragam organisme prokarotik yang menghuni berbagai macam
lingkungan.
58. Beberapa archae dapat menggunakan hydrogen sebagai sumber energi
59. Beberapa archae yang lain merupakan sumber utama deposit gas alam yang ditemukan di
seluruh kerak bumi
60. Bacteri berbeda dari archae dalam berbagai karakteristik struktural, biokimia, dan fisologi.
Lihan Bab 27
61. Eukarya terdiri dari semua organisme yang memiliki sel-sel dan nukleus sejati, seperti
organisme bersel tunggal Bab 28, fungi Bab 31, dan Hewan Bab 32-34.
62. Sistem tiga domain menyoroti fakta bahwa sebagian besar sejarah kehidupan telah bertutur
tentang organisme bersel tunggal
63. Domain prokariotik terdiri dari organisme-organisme yang sepenuhnya bersel tunggal
64. Domain eukarya didominasi oleh organisme multiseluler, yakni tumbuhan, fungi, dan hewan
b. Pohon Sederhana Makhluk Hidup
65. Rekontruksi pohon kehidupan tiga domain berdasarkan data genetik pengelompokannya
berdasarkan pada perbandingan sekuens gen-gen rRNA, yang mengkode bagian-bagian
RNA ribosom.
66. Ribosom penting untuk kerja sel, gen-gen rRNA telah berevolusi dengan sangat lambat
sehingga homologi pada organisme-organisme yang berkerabat jauh masih tetap terdeteksi
sehingga gen-gen ini sangat berguna untuk menentukan hubungan evolusioner diantara
cabang-cabang bagian dalam sejara kehidupan.
67. Eukarya tampaknya memiliki nenek moyang bersama yang lebih baru dengan bakteri
dibandingkan dengan archae.
68. Perbandingan genom yang lengkap dari tiga domain menunjukkan bahwa ada pergerakkan
penting dari gen-gen diantara organisme-organisme dari domain yang berbeda-beda.
69. Transfer gen horizontal adalah sebuah proses yang terjadi ketika gen-gen ditransfer dari satu
genom ke genom lain melalui mekanisme-mekanisme seperti pertukaran unsur-unsur
transposable dan plasmid, infeksi virus dan barangkali penyatuan organisme.
70. Pohon filogeni didasarka pada gagasan bahwa gen-gen diteruskan secara vertical dari satu
generasi ke generasi berikutnya, maka peristiwa transfer horizontal membantu menjelaskan
mengapa pohon universal yang dibangun dengan gen-gen yang berbeda dapat memberikan
hasil-hasil yang tidak konsisten.
c. Apakah pohon kehidupan sebenarnya sebuah cincin?
71. Beberapa saintis berargumen bahwa transfer gen horizontal dahulu sering terjadi.
72. Akibat dari transfer gen horizontal sejarah awal kehidupan harusnya dipresentasikann dalam
sebuah jaringan yang kusut dari cabang-cabang yang berhubungann bukan pohon
percabangan yang dikotomus sederhana.
73. Beberapa saintis berpendapat bahwa hubungan organisme yang paling baik digambarkan
dalam sebuah cincin, bukan pohon.
74. Dari analisis ratusan gen, para peneliti berhipotesis bahwa eukariota muncul sebagai
endosimbiosis antara bakteri awal dan archae awal.
75. Berdasarkan diagram cincin eukariota serentak berkerabat paling dekat dengan bakteri dan
archae yang tidak dapat dijelaskan dalam pohon kehidupan.
76. Tahap awal kehidupan baik digambarkan melalui pohon, cincin, atau jaring yang kusut yang
telah diperdebatkan para saintis telah memberikan informasi menarik tentang peristiwa-
peristwa evolusioner yang terjadi di masa lalu.