BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar belakang

Sampai saat ini ada dua pendekatan untuk merekonstruksi hubungan evolusi dari sebuah
kelompok organisme biologi, yaitu fenetik dan filogenik. Pendekatan pertama menaksir
hubungan evolusi berdasarkan kepemilikan karakter atau ciri yang sama (overall similarity) dari
anggota-anggota suatu kelompok. Pendekatan kedua mendasari sebuah hubungan pada
perjalanan evolusi karakter atau ciri dari setiap anggota suatu kelompok yang sedang dipelajari.
Di dalam pendekatan filogenetika, sebuah kelompok organisme dimana anggota-anggotanya
memiliki banyak kesamaan karakter atau ciri dianggap memiliki hubungan yang sangat dekat
dan diperkirakan diturunkan dari satu nenek moyang. Nenek moyang dan semua turunannya
akan membentuk sebuah kelompok monofiletik. Dalam analisis filogenetika kelompok outgroup
sangat dibutuhkan dan menyebabkan polarisasi karakter atau ciri, yaitu karakter apomorfik dan
plesiomorfik. Karakter apomorfik adalah karakter yang berubah dan diturunkan dan terdapat
pada ingroup, sedangkan karakter plesiomorfik merupakan karakter primitive yang terdapat pada
outgroup. Karakter sinapomorfik adalah karakter yang diturunkan dan terdapat pada kelompok
monofiletik.
Agar supaya dapat memahami keragaman organisme, perlu untuk mengelompokan
organisme yang sama dan mengorganisasikan kelompok ini dalam penataan hirarki tanpa
tumpang tindih. Filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara kelompok-
kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang dianggap mendasarinya.
Hubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi hingga DNA. Filogeni sangat diperlukan
dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan taksonomi. Evolusi sendiri dapat diartikan
sebagai perubahan yang berangsur-angsur dari suatu organisme menuju kepada kesesuaian
dengan waktu dan tempat. Jadi evolusi sendiri merupakan proses adaptasi dari suatu organisme
terhadap lingkungannya. Sedangkan Taksonomi adalah ilmu yang mengkaji klasifikasi biologis.

1
1.2 Maksud dan Tujuan Penulisan

Maksud dan Tujuan dari penulisan makalah ini adalah :

1. Untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Mikrobiologi

2. Untuk mengetahui tentang Filogeni Mikroba meliputi Kronometer Molekul, Taksonomi
Mikroba dan Identifikasi Mikroba

2
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Filogeni

Dalam biologi, filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara
kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang dianggap
mendasarinya. Istilah “filogeni” dipinjam dari bahasa Belanda, fylogenie, yang berasal dari
gabungan kata bahasa Yunani Kuno Phulon adalah ras , kelompok Genos adalah kelahiran, asal-
usul yang berarti “asal-usul suku, ras”. Hubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi
hingga DNA. Filogeni sangat diperlukan dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan
taksonomi. Evolusi sendiri dapat diartikan sebagai perubahan yang berangsur-angsur dari suatu
organisme menuju kesesuaian dengan waktu dan tempat. Jadi evolusi sendiri merupakan proses
adaptasi dari suatu organisme terhadap lingkungannya. Filogeni tidak sepenuhnya sama dengan
kladistika (sistematika filogenetik), namun banyak menggunakan metode-metode dan konsep
yang dipakai di dalamnya. Kladistika banyak dipakai untuk merumuskan keterkaitan filogenik
dalam bentuk diagram pohon, namun di dalam filogeni dipelajari pula anatomi perbandingan dari
berbagai organisme.

2.2 Kronometer Molekul

Kronometer adalah penunjuk waktu yang akurat. Kronometer Molekul adalah Molekul yang
menunjukkan waktu evolusi dari suatu sel. Filogeni dipengaruhi oleh perubahan sekuens protein
atau DNA dalam waktu evolusioner.

Diperlukan suatu Kronometer Molekul yang Ideal:

a. Terdistribusi secara universal

b. Fungsinya Homolog (Functionally homologous).
c. Mudah dianalisis.
d. Laju perubahan sekuens dapat merepresentasikan jarak waktu evolusionernya.

3
 2.2.1 Kronometer Evolusi

a. Karakteristik Fenotip
b. Perbandingan Guanine + Cytosine
c. Similaritas sekuens DNA (gross sequence similarity) Tepat untuk tingkat species
d. Small-subunit RNA (16S rRNA pada prokariot; 18S pada eukariot)

2.3 Klasifikasi Mikroba

Klasifikasi Klasik hanya ada dua Kingdom yaitu tanaman (Plantae) dan hewan (Animalia).
Mikroorganisme masuk ke dalam Plantae. Haeckel (1866) mengusulkan Kingdom baru untuk
mikroba. Dia menempatkan semua organisme uniselular (mikroskopik) dalam Kingdom baru
yaitu "Protista", terpisah dari tanaman (Plantae) dan hewan (Animalia) yang merupakan
organisme multiselular (makroskopik).

Woese (1980-an), mulai menganalisis filogenetik dari seluruh mahluk hidup berdasarkan
perbandingan sekuens urutan DNA dari subunit kecil RNA ribosom (ssrRNA) yang terdapat
dalam sel organisme. Dikotomi yang baru muncul pada Prokariot menjadi Bakteri dan Archae.
Woese menyampaikan 3 Domain kehidupan (Pohon Kehidupan) yaitu: Eucarya, Bacteria and
Archaea.

Konsep Kingdom dari Whittaker (Plantae, Animalia dan Fungi) atau semua organisme
eukariotik multiselular pada akhirnya hanya menempati cabang yang kecil dari pohon kehidupan
dan cabang-cabang kehidupan lainnya akan mengarah ke mikroorganisme, baik prokariot
(Bacteria and Archaea), atau protista (unicellular algae and protozoa).

Klasifikasi adalah pengelompokan makhluk hidup berdasarkan persamaan persamaan ciri

morfolologi & anatomi, cara hidup, tempat hidup, dan daerah penyebaran. Tujuan dari klasifikasi
adalah
a. Mendeskripsikan ciri-ciri makhluk hidup untuk membedakan tiap-tiap jenis, agar mudah
dikenal
b. Mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan persamaan ciri
c. Mengetahui hubungan kekerabatan antar makhluk hidup
d. Mempelajari evolusi makhluk hidup atas dasar kekerabatannya

Sedangkan manfaat dari klasifikasi adalah:

4
a. Untuk mempermudah dalam mempelajari organisme yang beranekaragam
b. Untuk melihat hubungan kekerabatan antar makhluk hidup yang satu dengan yang lain

2.3.1 Dasar-Dasar Klasifikasi

a. Berdasarkan Persamaan
b. Berdasarkan Perbedaan
c. Berdasarkan Manfaat
d. Berdasarkan Ciri Morfologi dan Anatomi
e. Berdasarkan Ciri Biokimia

2.3.2 Dasar Klasifikasi Mikroba

a. Morfologi

 Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer

(1 µm = 0,001 mm)

 Ukurannya yang kecil menjadi dasar untuk pengklasifikasikan

b. Sifat Kimiawi

 Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. Bila sel mikroba diberi perlakuan kimiawi,
maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik.

 Bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya, sedangkan

bakteri Gram positif tidak.

 Sebaliknya pada banyak bakteri Gram positif terdapat asam teikoat. Bahan kimia
ini tidak ditemukan pada Gram negatif.

 Dinding sel fungi dan algae berbeda dari bakteri.

 Pada kelompok virus, pembagian dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung,
apakah merupakan DNA atau RNA

c. Sifat Biakan

 Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda-beda, ada yang
memerlukan senyawa kompleks (serum, darah), ada pula yang hanya memerlukan
bahan anorganik saja atau bahan organik (asam amino, karbohidrat, purin,
pirimidin, vitamin, koenzim).

5
  Selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup, berupa
inang, telur, bertunas, biakan jaringan.

d. Sifat Metabolisme

 Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang
disebut metabolisme. Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme
dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme

e. Sifat Antigenik

 Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh, akan terbentuk antibodi yang

mengikat antigen.

 Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda, maka antibodi dapat
digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme.
Reaksi ini sangat spesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system.

f. Sifat Genetik

 DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik

bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian
mikroorganisme.

 Susunan basa DNA, untuk perbandingan di gunakan mol % G+C

g. Patogenitas

 Mikroba dapat menimbulkan penyakit, kemampuannya untuk menimbulkan

penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula
bakteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag) yang
menginfeksi dan menghancurkan bakteri.

h. Sifat Ekologi

 Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. Mikroorganisme yang

hidup di lautan berbeda dengan air tawar. Mikroorganisme yang terdapat dalam
rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan.

2.4 Taksonomi Mikroba

Taksonomi adalah ilmu klasifikasi biologis. Klasifikasi adalah penataan organisme ke dalam
kelompok-kelompok (taksa). Nomenklatur adalah pemberian nama untuk kelompok-kelompok
taksonomi. Identifikasi adalah penentuan isolat tertentu pada takson tertentu. Sistematik adalah
kajian ilmiah organisme dengan tujuan akhir untuk mengkarakterisasi dan menempatkan
organisme dengan cara yang teratur.

6
 Peranan taksonomi mikroba:

 Memungkinkan ilmuwan mengorganisasikan sejumlah besar pengetahuaannya

 Memungkinkan ilmuwan membuat prediksi dan kerangka hipotesis tentang organisme
 Menempatkan organisme dalam kelompok-kelompok bermakna dengan memberi nama
secara tepat, jadi akan mempermudah komunikasi ilmiah.
 Penting untuk identifikasi mikroorganisme secara tepat.

2.4.1 Taksonomi Mahluk Hidup

 Hingga saat ini, di bumi terdapat 5 kingdoms:

a. Bacteria

b. Fungi

c. Protists

d. Plants

e. Animals

 Konsep Kingdom kemudian sedikit demi sedikit ditinggalkan dan mengarah pada
pendekatan molekuler yang mengelompokkan mahluk hidup kedalam 3 buah kelompok
besar yang disebut sebagai Domain, yaitu Bacteria, Archaea, and Eukarya

2.4.2 Taxonomic Ranks

 Domain

 Kingdom

 Phylum

 Class

 Ordo

 Family

 Genus

 Species (name is binomial: genus + epithet)

2.4.3 Sistem Binomial

 Penamaan Spesies mahluk hidup menggunakan Sistem Binomial yaitu terdiri atas nama
Genus dan epiteton spesificum, contoh:

7
  Homo sapien

 Felis domestica

 Escherichia coli

 Nama Genus and Species selalu ditulis bergaris bawah (underlined) atau ditulis miring
(italicized)

 Nama Genus selalu diawali dengan huruf besar

 Nama epiteton specificum tidak huruf besar

2.4.4 Sistem Klasifikasi

Tiga domains 1978 Carl Woese

1. Bacteria

 Prokariot unicellular dengan dinding sel mengandung peptidoglycan

2. Archaea

 Prokariot unicellular, dinding sel tidak mengandung peptodoglycan

3. Eukarya

 Protista

 Fungi

 Plantae

 Animalia

2.4.5 Penamaan Mikroba

 Menggunakan Sistem Binomial, terdiri atas nama Genus and epiteton specificum

 Informasi biasanya diberikan untuk :

1. Menggambarkan suatu organisme

2. Memberi Identitas habitat

3. Penghargaan terhadap scientist atau researcher

8
2.5 Identifikasi Mikroba

Identifikasi adalah proses menentukan kelompok takson (taksonomi) dan posisi

klasifikasinya terhadap suatu spesimen berdasarkan kesamaan (identik) sifat-sifat fisik
(morfologi, anatomi, organel atau koloni), biokimia maupun genetik.

Kriteria yang digunakan dalam identifikasi dan klasifikasi adalah seperti bentuk dan ukuran
organisme, oksigen yang diperlukan, PH,temperatur yang dikehendaki, reaksi biokimia, reaksi
pengecetan, pembentukan spora dan lain sebagainya.

9
 BAB III

KESIMPULAN

Filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara kelompok-

kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang dianggap mendasarinya.
Filogeni sangat diperlukan dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan taksonomi.
Filogeni terdiri dari khronometer molekul, taksonomi, identifikasi mikroba.

10
 DAFTAR PUSTAKA

Anonim, 2011. Filogeni. Tersedia : http://www.wikipedia.org/filogeni.html

diakses pada 25 September 2017

Campbell, 2003. Biologi Edisi Kelima Jilid 2. Jakarta: Erlangga

Nuryani, Pramono Shidiq, Subardi, 2009. Biologi 3. Jakarta: Erlangga

Tjirosoepomo, G.1969. Taksonomi Hukum. Yogyakarta: UGM Press

11