By : Mugi Mumpuni

Linnaeus Darwin

Sistem Klasifikasi Teori Evolusi

Persamaan dan Keturunan yang berbeda

Perbedaan Karakter dengan tetua

Taksonomi – Penamaan dan pengelompokan organisme

Sistematika – Penamaan dan pengelompokan
organisme berdasarkan Systematic
sejarah evolusinya Phylogenetics

Filogenetik – Rekonstruksi sejarah

evolusi dalam kelompok
organisme
EVOLUSI
Pemisahan Benua
merupakan penyebab
terjadinya peristiwa
evolusi & pola
penyebaran organisme
(biogeograhic patterns)

E.g., Proteaceae – a plant

family that originated
in Gondwana
 Pohon Kehidupan

Apa itu filogeni?

Diagram cabang yang memperlihatkan
hubungan antar jenis berdasarkan
karakter yang di bagi oleh nenek
moyang kepada keturunan

Mengapa Filogeni perlu dipelajari?

Untuk Memahami dan mengelompokkan

keanekaragaman organisme hidup di bumi
 Filogeni

Species: A B C D A
E
F B
E
C
Time

F
D
Time

A da B memiliki hubungan kekerabatan yang dekat karena mereka sama2

dibagi karakter dari nenek moyangnya yaitu E, sedangkan C dan D tidak
memiliki karakter yang sama dengan E
A+B+C lebih dekat kekerabatannya dibandingkan dengan D, karena
mereka memiliki nenek moyang yang sama yaitu F
 Filogeni
Terminal nodes = contemporary taxa

Internal nodes =
ancestral taxa
 Filogeni
Monophyletic group Paraphyletic group Polyphyletic group
Berisi nenek moyang dan Berisi beberapa nenek Berisi dua atau lebih turunan
semua turunannya saat ini Moyang dan beberapa Yang berbeda nenek moyang
turunannya

A B C D A B C D A B C D

Taxon A adalah turunan Taxon A dan C memiliki

saat ini, dan terlihat sangat karakter yang sama melalui
berbeda dari B, C dan nenek convergent evolution
moyangnya
 Terminologi
Plesiomorfi sifat karakter ditemukan pada nenek moyang dan semua turunannya
Apomorfi karakter maju (pengembangan sifat karakter) dijumpai pada turunan
Symplesiomorfi Karakter nenek moyang yang dibagi

Synapomorfi Shared, derived character state (indicates homology)

“biru” dan“kotak” adalah pleisiomorfi A B C D

“ukuran kecil” adalah apomorfi bagi A
“merah” adalah synapomorfi bagi A dan B
“lingkaran” adalah synapomorfi bagi A,B dan C
…tetapi sebuah sympleisiomorfi bagi A dan B
Fenetik
 Pohon kekerabatan yang dibangun berdasarkan
kemiripan atau ketidakmiripan karakter fenotip yang
dimiliki oleh jenis tanpa melihat dan mempelajari
sejarah evolusi.
 Pohon kekerabatan di bangun berdasarkan karakter
“saat ini” yang teramati, menunjukkan kemiripan
pada jenis dan bukan refleksi dari perjalanan evolusi
 Pohon kekebarabatn yang terbentuk disebut
fenogram
 Perhitungan algoritma adalah untuk mengukur
perkiraan kemiripan karakter untuk membangun
pohon kekerabatan.
Kladistik
 Pohon kekerabatan dibangun dengan
mempertimbangkan sejarah evolusi dan memilih
pohon yang terbaik dari pohon alternatif yang
telah dirancang.
 Mengikutsertakan karakter primitif yang dimiliki
oleh nenek moyangnya sebagai data “saat ini”
 Pohon kekerabatan yang dibangun disebut
Kladogram
 Perhitungan algoritma berdasarkan karakter yang
terbagi pada turunan untuk membangun pohon
kekerabatan yang dianggap paling
menggambarkan hubungan (parsimoni)
 Kimiripan karakter (morfologi, tingkah laku,
data molekuler dll) umumnya menggambarkan
hubungan kekerabatan --- homologi.
 Namun belum tentu kemiripan karakter itu
berasal dari nenek moyang yang sama ---
analogi
 Mimilih pohon kekeabatan yang paling
parsimoni
 Ingroup Vs Outgroup
Ingroup = Grup yang akan kita bangun (yang menjadi target analisis)
Outgroup = satu jenis atau banyak jenis(grup) yang diketahui usianya
lebih tua dibandingkan taxa yang diteliti, yang kemudian digunakan
sebagai nenek moyang
 Shared
Analogies Primitive
All Characters
similar (ancestral)
characters
Homologies
Shared
Derived
Characters(u
nique to a
clade)
 Ingroups

Outgroups
Contoh…

Outgroup
Ingroup

Create potential topologies for

the tree

Map the characters onto the trees

Review available at:
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
Synapomorphy
Synapomorphy

Each character shown in

pink is a synapomorphy

Shared - by all descendants

in the clade
e.g., all chordates share a
notochord

Derived – not present in

ancestral taxa
e.g., ancestral deuterostome
lacks a notochord

Any clade must share at

least one synapomorphy
Synapomorphy

How can we tell how well

a clade is supported?

In part, by the number of

synapomorphies

Few synapomorphies = weaker support

Many synapomorphies = stronger support

 Homoplasy
Homoplasy
Taxa share a character, but not by descent from a common ancestor
Equivalent to analogy, homoplasy is a product of convergent evolution
Homoplasy gives the impression of homology (synapomorphy) and therefore
misleads phylogenetic analyses by supporting polyphyletic taxa

Recovered
phylogeny

True phylogeny
 True phylogeny:
Homoplasy Malawi cichlids
monophyletic

Lake Tanganyika Lake Malawi

Homoplasies that look like
homologies:
Stripes
Spotted caudal fin
Yellow color

Recovered
phylogeny
 Similar characters (e.g., morphological, behavioral,
molecular, etc. traits or features) suggest relatedness…

Wasps
[Hymenoptera]
 But, not all similarity derives from common ancestry!

Mantisfly
[Neuroptera]

Convergent evolution can produce superficially similar traits

that lack homology with one another
Analogous characters do not share common ancestry

Similarity among taxa results from convergence

 Homologous characters share common ancestry

Lack of similarity among taxa results from divergence

 As a general rule, the more homologous
characters shared by two species, the
more closely they are related

Sequences of DNA & RNA (nucleotides) and proteins (amino

acids) are used as characters; as a general rule, the more
recently two species shared a common ancestor, the more
similar their sequences
 Ingroup vs. Outgroup
Ingroup = the group whose relationships we are trying to
resolve

Fig. 25.11
 Ingroup vs. Outgroup
Outgroup = a species (or group) known to have an older
most recent common ancestor with the ingroup than the
ingroup’s most recent common ancestor

Fig. 25.11
 Ingroup vs. Outgroup
An outgroup helps identify shared ancestral and shared
derived characters (unique to a clade)

Fig. 25.11
 EVOLUSI
Cretaceous mass
extinction

Asteroid impacts may

have caused mass
extinction events

Permian mass extinction

Extinction of >90% of
species
 Reconstructing evolutionary history

Cladistic methods (Willi Hennig 1966)

Based on shared, derived characters = synapomorphies
Similarity is not enough – requires similarity reflecting descent with modification
Requires characters that can be assigned a particular character state

Characters and character states

Character: eye color Character states: blue, brown, green
mammary glands present, absent
number of legs 0, 2, 4, 6, 8, etc.

Molecular
Characters nucleotide bases A, C, T, G

amino acid codons ACC, CGT, GAT, etc.