LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

NAMA : KARISA ERISNA SITORUS

NIM : 182210101009
GOL/KEL : RABU / A2.1
KEGIATAN : BIOINFORMATIKA

1. TUJUAN PRAKTIKUM
a. Mahasiswa mengetahui dan mampu melakukan penelusuran bioinformatika di internet
b. Mahasiswa dapat menenukan DNA, sekuen gen, dan protein, serta jalur yang berperan dalam
proses transduksi sinyal yang melibatkan protein tersebut.

2. TEORI DASAR
DNA adalah materi genetika yang dimiliki oleh setiap individu. Di dalam untaian DNA, terdapat
sekuens yang menyandi kode tertentu. Sekuens ini disebut sebagai gen. Sebuah gen akan berperan
dalam menyandi protein tertentu . Saat dibutuhkan, protein akan disintesis. DNA akan diubah
menjadi Mrna dan selanjutnya menjadi protein yang dibutuhkan. Proses ini melibatkan transkripsi
(perubahan DNA menjadi mRNA) dan translasi (penerjemahan mRNA menjadi protein).
Human genome project telah berhasil memetakan urutan DNA pada manusia. Data ini
selanjutnya disimpan dalam data bank yang dapat ditelusuri secara online. Urutan DNA pada gen
tertentu bermanfaat bagi seorang peneliti yang ingin mengetahui polimorfisme, mutasi, bahkan
saat melakukan teknik rekayasa genetika. Oleh karena itu, penelusuran data secara online menjadi
penting bagi seorang peneliti di bidang bioteknologi.

3. ALAT DAN BAHAN

Alat yang digunakan adalah seperangkat lengkap komputer dengan assesorisnya dan koneksi
internet. Bahan yang digunakan adalah gen tertentu dari manusia sebagai bahan pembelajaran.

4. PROSEDUR KERJA
a. Mencari sekuen DNA, sekuen asam amino, struktur protein, dan domain fungsional protein
Buka situs www.genename.org . Diketik nama protein yang ingin dicari, klik search

Dipilih nama protein yang dicari

 Di klik pada bagian protein yang dicari

Di klik Entrez Gene, untuk mengetahui informasi mengenai gen

Di klik GenBank, untuk mengetahui sekuen nekleotida

Di klik NCBI Sequence Viewer, untuk mengetahui letak gen dalam kromosom

Di klik OMIM, untuk mengetahui penyakit terkait dengan protein yang ingin dicari

Di klik link protein untuk memperoleh informasi lebih lanjut mengenai sekuens
protein tertentu

Pada Entrez Gene di scroll ke bawah, klik link pathways untuk mengetahui pathways
suatu protein

Di klik link Protein ID, lalu klik link CDD search result untuk mengetahui domain
fungsional protein

Selanjutnya klik pada anak panah super family

b. Mencari struktur sekunder dari suatu protein

Buka situs pdb di www.pdb.org, dimasukkan protein yang ingin dicari

Dipilih salah satu hasil pencarian dengan cara meng-klik link tersebut

Akan diperoleh struktur kuarterner suatu protein

 Buka Situs PDB sum di www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum

Search protein yang ingin dicari, dipilih salah satu kode akses yang telah diperoleh
sebelumnya pada PDB

Pada tampilan find pada pdbsum di klik protein chain untuk memperoleh struktur
sekunder

Akan diketahui motif dari suatu protein

c. Mencari transduksi sinyal terkait dengan protein tertentu

Buka situs http://cgap.nci.nih.gov/Pathways

Di klik pathway searcher, diketik nama protein yang akan dicari pathway-nya
(protein query) pada kolom keyword

Di klik Go maka akan diperoleh tampilan pathway-nya

Dipilih H (human) untuk melihat transduksi sinyal di manusia

Di klik legend untuk melihat keterangan pathway

Pathway yang berikatan dengan protein tersebut dapat dijelaskan dengan melihat
keterangan pada legend
5. HASIL PENGAMATAN

Protein transkip atau gen PGR memiliki nama resmi yaitu Progesteron Reseptor. PGR
merupakan jenis gen koding yang terdapat pada organisme homo sapiens, dengan garis
keturunan dari eukaryota, metazoa, chordata, craniata, vertebrata, dan homo.
Sekuen gen : diperoleh dari data origin pada hasil Protein ID (yang berupa rentetan basa
nukleotida)
Start kodon : CAG
Struktur primer/struktur protein : merupakan terjemahan dari rentetan basa nukleotida pada
sekuen gen hingga menjadi asam amino yang saling terikat membentuk polipeptida
Daerah promotor : AGTTGTGAGAGCACTGGATGCTGTTGCTCTCCCACAGC

SRE (serum respon element) : AGC

Motif protein : β hairpin, β turn

Domain protein : Progesteron Reseptor, ligand binding domain of the progesteron reseptor,
dan DNA-binding domain of glucocorticoid reseptor (GR)

6. PEMBAHASAN

6.1. Pengertian Bioinformatika

Bioinformatika, sesuai dengan asal katanya yaitu “bio” dan “informatika” adalah gabungan
antara ilmu biologi dan teknik informasi (TI). Sebagai suatu disiplin ilmu, bioinformatika merupakan
kajian yang memadukan disiplin biologi molekul, matematika dan teknik informasi (TI). Secara
umum, bioinformatika dapat digambarkan sebagai segala bentuk penggunaan komputer dalam
menangani masalah-masalah biologi. Tetapi dalam prakteknya, definisi yang digunakan lebih
bersifat terperinci. Bioinformatika itu sendiri mempunyai pengertian suatu teknologi pengumpulan,
penyimpanan, analisis, interpretasi, penyebaran dan aplikasi dari data-data biologi molekul.
Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence.
Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa dibuat secara artificial melalui
simulasi dari gejala-gejala tersebut. Untuk mewujudkan hal ini diperlukan data-data yang menjadi
kunci penentu tindak-tanduk gejala alam tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA.
Perangkat utama Bioinformatika adalah software dan didukung oleh kesediaan internet dan server
World Wide Web (WWW). Syarat utama yang harus dimiliki dalam bidang bioinformatika adalah
keberadaan database. Database informasi dasar saat ini telah tersedia. Untuk database DNA yang
utama adalah GenBank (Amerika Serikat). Sementara untuk protein, databasenya dapat ditemukan
di Swiss-Prot (Swiss) untuk sekuen asam aminonya, dan Protein Data Bank (PDB) untuk struktur tiga
dimensinya.
6.2. Penerapan Utama Bioinformatika
Topik utama bidang ini adalah basis data sekuens biologis, penyejajaran sekuens (sequence
alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder
DNA atau RNA , analisis filogenetika , dan analisis ekspresi gen.
a. Basis data sekuens biologis
Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis dapat
berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein , basis
data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan
data struktur protein maupun asam nukleat.
b. Penyejajaran sekuens
Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau
lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Baris sekuens dalam
suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "–") sedemikian rupa sehingga kolom-
kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut
adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, "ccatcaac" dan
"caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens).
c. Prediksi struktur protein
Metode sekuensing protein, relatif lebih mudah mengungkapkan suatu sekuens asam amino
protein. Prediksi struktur protein berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan
sekuens asam aminonya (dengan kata lain, meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder
berdasarkan struktur primer protein). Secara umum, metode prediksi struktur protein yang ada
saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok, yaitu metode pemodelan protein komparatif
dan metode pemodelan de novo. Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling)
meramalkan struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Dalam
pendekatan de novo atau ab initio, struktur protein ditentukan dari sekuens primernya tanpa
membandingkan dengan struktur protein lain.
d. Analisis ekspresi gen
Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik (dalam bentuk
urutan basa pada DNA atau RNA) menjadi protein, dan lebih jauh lagi fenotipe. Informasi yang
dibawa bahan genetik tidak bermakna apa pun bagi suatu organisme apabila tidak diekspresikan
menjadi fenotipe.
 e. Analisis filogenetika

Filogenetik adalah studi yang membahas tentang hubungan kekerabatan antar berbagai
macam organisme melalui analisis molekuler dan morfologi. Dengan pesatnya perkembangan
teknik-teknik di dalam biologi molekuler, seperti PCR (polymerase chain reaction) dan
sikuensing DNA, penggunaan sekuen DNA dalam penelitian filogenetika telah meningkat pesat
dan telah dilakukan pada semua tingkatan taksonomi, misalnya famili, marga, dan species.
Analisis filogenetika molekuler merupakan proses bertahap untuk mengolah data sikuen DNA
atau protein sehingga diperoleh suatu hasil yang menggambarkan estimasi mengenai
hubungan evolusi suatu kelompok organisme.

6.3. Definisi dan Fungsi Progesterone Receptor

Protein transkip atau gen PGR memiliki nama resmi yaitu Progesteron Reseptor. PGR
merupakan jenis gen koding yang terdapat pada organisme homo sapiens, dengan garis
keturunan dari eukaryota, metazoa, chordata, craniata, vertebrata, dan homo. Sinonim nama
gen dari PGR yaitu NR3C3 (Nuclear receptor subfamily 3 group C member 3). PGR terletak
pada kromosom 11.
Bergantung pada isoform, reseptor progesteron berfungsi sebagai aktivator atau penekan
transkripsional. Isoform 4 berfungsi untuk meningkatkan potensi membran mitokondria dan
respirasi seluler saat stimulasi oleh progesteron. Isoform B sebagai aktivator transkripsional
dari beberapa promotor yang bergantung pada progesteron dalam berbagai jenis sel. Terlibat
dalam aktivasi pensinyalan MAPK yang bergantung pada SRC pada stimulasi hormon.
6.4. Transduksi Signal Reseptor Progesteron
Penelitian Graham et al. (2008) menyebutkan bahwa dimerisasi reseptor progesteron (PR),
ikatan dengan matriks inti dan ikatan PR dengan DNA dibutuhkan untuk pergerakan PR ke
dalam nukleus. Ketika diaktifkan oleh ligan, PR bergerak ke dalam nukleus dan mempengaruhi
aktivitas transkripsi. Homodimer PR-A atau PR-B bergerak dengan kecepatan yang sama
dengan heterodime PR-A dan PR-B.
Mekanisme molekuler yang diatur oleh progesteron melalui transkripsi gen target
progesterone reseptor (PR) mengalami perkembangan tiap tahunnya. Mekanisme ligan-
dependent melalui aktivasi reseptor setelah mengikat hormon pada LBD melibatkan langkah-
langkah yang kompleks meliputi perubahan konformasional dan disosiasi multiprotein protein
yang mengikat hormone seperti protein kaperon, heat shock protein (Hsp) atau imunofilin.
Protein kaperon yang berperan dalam regulasi PR adalah Hsp90. Hsp90 dinamakan
demikian berdasarkan beratnya yaitu 90 kDa. Hsp90 menginaktifkan PR dengan berbagai cara,
 antara lain:
 mengeblok akses pada DBD
 mengikat HBD pada PR sehingga konformasi tidak terlipat.

PR setelah mengikat hormon, DBD tidak terbuka dan mengalami dimerisasi (Passinen, 2005).
PR kemudian yang dimerisasi antara sekuen A dan sekuen B kemudian bergerak menuju nukleus
dan berikatan dengan progesterone respon element pada DNA (Lin and Malley, 2003). DNA yang
terikat pada reseptor ini meningkatkan transkripsi gen target melalui koaktivator reseptor
steroid dan mengawali terbentuknya kompleks inisiasi transkripsi.
Kompleks PR yang aktif dengan koaktivator diperantarai oleh helix ampifilik (LXXXL motif atau
NR box) pada permukaan sebagian besar koaktivator. SRC adalah steroid receptor co-activator.
Koaktivator tersebut antara lain:
 (SRC)/p160 family
 CBP/P300
 CIA
 ASC-2/TRBP/AIB3/RAP250/PRIP/NCR
 PBP/DRIP205/TRAP220.
Meskipun semua koaktivator tersebut mengaktifkan gen yang berikatan dengan PR, tetapi
tidak semua diekspresikan sama pada semua sel. Transduksi signal yang melibatkan progesteron
reseptor. Ketika progesterone memasuki sel, kompleks reseptor. Molekul kaperon lepas dari
reseptor setelah progesterone terikat. Kompleks progesteron-reseptor berikatan dengan DNA
dan mempengaruhi transkripsi dan translasi protein. CBP (CREB binding protein) dan SRC-1
berindak sebagai ko-aktivator PR.
Isoform reseptor progesteron (PR-A maupun PR-B) diatur oleh fosforilasi, oleh karena itu
keduanya disebut fosfoprotein. Regulasi transduksi sinyal dapat mengubah pola fosforilasi
seperti halnya reseptor steroid yang lain. Beberapa perubahan tersebut karena perubahan
langsung pada fosforilasi protein dan juga protein lain. Protein kinase yang memfosforilasi
mempunyai target yang spesifik dan fosforilasi ini berakibat pada aktivitas reseptor berubah.

Diagram sistematis daerah yang terfosforilasi pada progesterone reseptor (PR-A dan PR-B).
Semua daerah yang terfosforilasi berada di daerah NH2 terminal kecuali Ser676. Ser554 sangat
dekat antara antara AF-1 dan DBD (Knotts et al., 2000).

6.5. Struktur PGR

Struktur sekunder dari PGR

7. KESIMPULAN

 Bioinformatika merupakan suatu teknologi pengumpulan, penyimpanan, analisis,

interpretasi, penyebaran dan aplikasi dari data-data biologi molekul.
 Penerapan utama bioinformatika yaitu pada basis data sekuens biologis, penyejajaran
sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur
protein maupun struktur sekunder DNA atau RNA , analisis filogenetika , dan analisis
ekspresi gen.
 PGR merupakan jenis gen koding yang terdapat pada organisme homo sapiens, dengan
garis keturunan dari eukaryota, metazoa, chordata, craniata, vertebrata, dan homo.
 Progesteron berfungsi sebagai aktivator atau penekan transkripsional.
 PGR terdapat pada kromosom 11

8. SARAN

 Saat melaksanakan praktikum diharapkan praktikan mempersiapkan jaringan wifi dengan

baik sehingga dapat berjalan dengan lancar.
 Sebelum praktikum diharapkan praktikan membaca dan memahami prosedur kerja
penelusuran bioinformatika di internet
 DAFTAR PUSTAKA

Aprijani, D.A dan M.A. Elfaizi. 2004. Bioinformatika : Perkembangan, Disiplin Ilmu dan
Penerapannya di Indonesia.
https://genome4.wordpress.com/2012/03/25/transduksi-signal-reseptor-progesteron-pr/
https://www.uniprot.org/uniprot/P06401#similar_proteins