MEMBACA DAN

MEMAHAMI DATA
PADA NCBI DAN PDB

Aulia Fitri Firdausya (11170950000073)

Shovinda Rahmadina (11170950000045)
01 NCBI 02 FASTA
FORMAT

03 GENBANK
FORMAT
04 PDB
NCBI (National Center of
Biotechnology Information)
APA ITU NCBI?
NCBI merupakan server yang memuat data base tentang
informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus
menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan
terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif
dan taksonomi. Disamping data base, ncbi juga
menyediakan berbagai macam software untuk analisis
DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve
domain dan lain sebagainya.
Bethesda

Diresmikan pada 4 November 1988

Oleh Senator Claude Pepper
Divisi dari National Library of Medicine (NLM) di
National Institute of Health (NIH)
 MISI NCBI
mempertunjukkan
membuat sistem mengkoordinasi penelitian dengan
memfasilitasi upaya untuk metode pemroses
terotomatisasi untuk
penggunaan mengumpulkan informasi yang berbasis
menyimpan dan
database informasi komputer untuk analisis
menganalisis pengetahuan
tersebut untuk bioteknologi baik struktur dan fungsi
mengenai biologi
komunitas medik secara nasional molekul yang penting
molekuler, biokimia, dan
dan peneliti maupun internasinal secara biologis
genetika
 Kenapa harus
menggunakan format Jenis format
file? file

Kebutuhan
Sequence
untuk
file format
Database

Penggambaran Molecular
data yang lebih (structure)
baik file format
Jenis Sequence File Format dalam NCBI
GenBank
Format

FASTA
Format
FASTA FORMAT
FASTA format adalah format
data standar berbasis teks
untuk mewakili baik sekuen
nukleotida maupun sekuen
peptida, di mana pasangan
basa atau asam amino diwakili
menggunakan kode huruf
tunggal
 FASTA FORMAT
.fasta .fna
.faa .ffn Dimulai dengan
.fa tanda ‘>’dan diikuti
dengan nama sekuen
serta deskripsi

Data sekuen berupa

urutan asam nukleat
atau asam amino
Version number

Header

Sequences
 ● Dalam 1 file FASTA bisa terdapat beberapa sekuens yang
berbeda

● Tanda ‘>’ menandakan akhir dari satu sekuens dan awal dari
sekuens selanjutnya

● Tiap sekuens tidak harus memiliki panjang yang sama

 The nucleic acid codes are:

A --> adenosine M --> A C (amino)

C --> cytidine S --> G C (strong)
G --> guanine W --> A T (weak)
T --> thymidine B --> G T C
U --> uridine D --> G A T
R --> G A (purine) H --> A C T
Y --> T C (pyrimidine) V --> G C A
K --> G T (keto) N --> A G C T (any)
- gap of indeterminate length
 The accepted amino acid codes are:
A ALA alanine
B ASX aspartate or asparagine
C CYS cystine
D ASP aspartate
E GLU glutamate
F PHE phenylalanine
G GLY glycine
H HIS histidine
I ILE isoleucine
K LYS lysine
L LEU leucine
M MET methionine
N ASN asparagine
P PRO proline
Q GLN glutamine
R ARG arginine
S SER serine
T THR threonine
U selenocysteine
V VAL valine
W TRP tryptophan
Y TYR tyrosine
Z GLX glutamate or glutamine
X any
* translation stop
- gap of indeterminate length
GENBANK
FORMAT
GenBank format adalah format
berbasis teks untuk menyimpan
data berupa DNA dalam bentuk
karakter sekuens. Format
GenBank merupakan format
pengkodean yang digunakan
oleh U.S NCBI
 Panjang Tipe Divisi Tanggal
Nama lokus sekuen molekul GenBank modifikasi

• Locus (nama lokus, panjang

sekuen, tipe molekul, divisi
GenBank, tanggal modifikasi)
• Definition
• Accession
• Version (GI)
• Keywords
• Source (organism)
• Reference (authors, title,
journal, PubMed, direct
submission)
Sources protein_id Complement

Other
Taxon GI
features

CDS Translation

<1..206 Gene
RCSB PDB
 Protein data bank mengandung data struktur
tiga dimensi suatu makromolekul seperti protein
dan asam nukleat. Perolehan struktur tiga
dimensi suatu makromolekul umumnya
diperoleh dengan cara kristalografi sinar-X atau
spektroskopi NMR.

Dibentuk tahun 1971 di Laboratorium Nasional Brookhven

Organisasi pengawas: World Wide Protein Data Bank (wwDB)
interactive protein diagram of polymer
web-based domain and sequence, secondary
molecular functional structure, and structure determination details
viewers annotations binding sites

Unique PDB identifier of the entry

Deskripsi dari struktur protein

Klasifikasi protein
Organisme tempat ekspresi protein

Tanggal input dan rilis

Author
Asymmatric unit
Bagian terkecil dari struktur kristal di mana operasi
simetri dapat diterapkan untuk menghasilkan sel
unit lengkap (unit pengulangan kristal).
Berisikan bagian unik dari struktur Kristal.
Digunakan oleh crystallographer untuk memperbaiki
koordinat struktur terhadap data eksperimen.

Biological assembly
Bentuk fungsional dari molekul.
Chains (unique protein chains).
Rantai yang berbeda dapat berasal dari organisme
yang berbeda pula.
FASTA format (Terdapat PDB ID, chain ID, sequence)

PDB format (coordinate

files dalam format PDB
dan asymmetric unit akan
terunduh)

Biological assembly 1 (coordinate files

dalam format PDB dan biological assembly
akan terunduh)
 Understanding
Header
•
•
Molecule description
Organism Coordinate File
information • Experimental details
• Crystal symmetry
• Macromolecules and
chains
• SEQRES record
PDB • Secondary structure
information
file

• ATOMs and HETATMs

• Chains and residue
numbers
Coordinates • X, Y, Z coordinates
• Temperature factor
Thank You for your attention And Let’s practice!

CREDITS: This presentation template was created by Slidesgo,

including icons by Flaticon, and infographics & images by Freepik