Bioinformatika, Desain Primer dan Teknik BLAST

A. TUJUAN

1. Mahasiswa menguasai cara mencari dan mendapatkan data dari genbank

2. Mahasiswa dapat menganalisa data sekuens menggunakan program BLAST
3. Mahasiswa dapat mendesain primer dari genbank

B. DASAR TEORI
Plasmid adalah molekul DNA sirkular berukuran kecil yang terpisah dari kromsom.
Palsmid ini ditemukan di dalam bakteri dan ragi yang merupakan eukariota uniseluler. Plasmid
dapat bereplikasi tanpa tergantung dengan genom sel yang lain dan kadang-kadang ditransfer
diantara sel-sel (Campbell, 2002).
Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA sekarang ini sangat
didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak
pabrikan sofware dan hardware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat
lunak. Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya
bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam
rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari
bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan
manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi
DNA (Rizki, 2008). Proses penemuan gen memerlukan adanya pelacak spesifik gen tersebut.
Selain itu, pelacak spesifik juga dapat digunakan dalam mempelajari ekspresi suatu gen yang
sesuai. Pelacak spesifik gen dapat dikembangkan dengan memanfaatkanm kemajuan
bioinformatika teknik-teknik biologi molekuler (Santoso, 2008).
Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk
mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode – metode
matemetika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah – masalah biologi, terutama
yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini
meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence
alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein ataupun struktur sekunder RNA,
analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Adapun NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi
yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. Salah satu tools yang
tersedia dalam situs NCBI adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), yaitu suatu alat
pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan
yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu
singkat.

C. ALAT DAN BAHAN

 Seperangkat computer yang terkoneksi internet

D. CARA KERJA
Buka web NCBI yaitu http://www.ncbi.nlm.nih.gov

Klik di all database pilih nucleotide dan pada kolom search ketik “sus scrofa
AF039170” lalu klik search

Setelah keluar gen bank nya lalu klik pick primer pada kolom Analyze this sequence

Setelah itu akan keluar halaman primer-BLAST pada kolom primer paramaters PCR
product size dituliskan minimal 70 dan maksimalnya adalah 150
Lalu pada halaman paling bawah klik show results in new window dan klik GET
PRIMER

Akan keluar detailed primer reports. Lalu pilih 3 primer yang memiliki angka self
complementary terkecil

 Primer pair 2
Setelah itu masukkan kode forward dan reverse sequence ke dalam kolom primer
paramaters di primer-BLAST
Pada kolom primer pair specificity checking paramaters pilih refseq mRNA dan
genomes for selective organism pada database dan pada organism pilih kode taxon
unta: camelus lalu klik get primer

 m RNA

Lalu akan diperoleh hasil data dari Mrna dan genomesnya pada window yang berbeda
 genomes

 Primer pair 3
 Masukkan kode fordward dan reverse sequence ke dalam kolom primer
paramaters di primer-BLAST

Pada kolom primer pair specificity checking paramaters pilih refseq mRNA dan
genomes for selective organism pada database dan pada organism pilih kode taxon
unta: camelus lalu klik get primer. Lalu akan diperoleh hasil data m RNA dan
genomesnya pada window yang berbeda

 Hasil primer m RNA

 Hasil genomes

 Primer pair 5
 Masukkan kode fordward dan reverse sequence ke dalam kolom primer
paramaters di primer-BLAST

Pada kolom primer pair specificity checking paramaters pilih refseq mRNA dan
genomes for selective organism pada database dan pada organism pilih kode taxon
unta: cameluslalu klik get primer.

Lalu akan diperoleh hasil data dari m RNA dan genomesnya pada window yang
berbeda

 Hasil m RNA

 Hasil genomes
E. DATA PENGAMATAN

 Primer pair 2
m RNA

 Genomes

 Primer pair 3
m RNA
 Genomes

 Primer pair 5
m RNA

 Genomes
F. PEMBAHASAN
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) adalah institusi yang konsen
dalam sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database
yang dapat diakses secara umum, merangsang riset biologi terkomputasi,
mengembangkan software penganalisis data genome dan menyebarkan informasi
biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik
tentang proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Adapun situs
akses NCBI adalah : www.ncbi.nlm.nih.gov (Artanti, 2016).
Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari tentang penerapan teknik
komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup
penerapan metode – metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan
masalah – masalah biologi, terutama yang terkait denga penggunaan sekuens DNA dan
asam amino. Contoh topic utama bidang ini meliputi pangkalan untuk mengelola
informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk
meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan
analisis ekspresi gen.
Pada praktikum ini, diharapkan mahasiswa dapat memenuhi beberapa tujuan,
diantaranya mempelajari cara mencari dan mendapatkan data dari gen bank, untuk
menganalisa data sekuens menggunakan program BLAST dan untuk mempelajari cara
mendapatkan desain primer dari gen bank.

Dalam praktikum bioinformatika kali ini, hal-hal yang dilakukan antara lain,
menemukan rangkaian nukleotida manusia (RBP4) dari NCBI GenBank,
mengidentifikasi gen-gen dalam rangkaian nukleotida menggunakan NCBI GenBank dan
Genscan Prediction Tool, Mengidentifikasi rangkaian yang sangat mirip dengan
nukleotida manusia pada spesies lain Menerjemahkan rangkaian nukleotida menjadi
rangkaian asam amino

Sekuens yang sudah kita dapatkan dari hasil penelitian di laboratorium dapat
dianalisis atau dibandingkan dengan data serupa yang telah dipublikasikan sebelumnya di
genbank. Analisis yang dilakukan adalah analisis penyejajaran dengan membandingkan
dua sekuens atau lebih. Teknik yang digunakan untuk analisis penyejajaran yaitu teknik
atau program BLAST (Basic Local Allignment Search Tools) dapat diakses melalui
website National Center for Biotechnology Information at The National Library of
Medicine in Washington, DC (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST).
Berikut merupakan langkah-langkahnya. Pertama adalah mencari dan browsing
database dari genbank dengan mengunjungi laman NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
. Kemudian pilih nukleotida ketikkan molekul yang ingin dicari yaitu kode gen sus scrofa
AF039170, lalu klik pick primer.
Langkah selanjutnya masuk ke laman program BLAST untuk mecari sekuens asam
nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini
berguna untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organism atau untuk memeriksa
keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing.
 Setelah masuk ke dalam program BLAST , selanjutnya ketikkan kode FASTA atau CDS
dari binatang percobaan unta sebagai binatang percobaan.unta adalah Unta atau Onta
adalah dua spesies hewan berkuku belah dari genus Camelus (satu berpunuk tunggal -
Camelus dromedarius, satu lagi berpunuk ganda - Camelus bactrianus) yang hidup
ditemukan di wilayah kering dan gurun di Asia dan Afrika Utara. Lalu klik tombol
BLAST dan akan diperoleh data dari binatang percobaan. Berdasarkan hasil tampilan
terdapat suatu garis berwarna merah, hal ini menunjukkan bahwa kedua sekuen tersebut
memiliki urutan sangat mirip yaitu lebih dari 200 nukleotida. Primer berfungsi sebagai
inisiator sekaligus pembatas daerah yang akan diamplifikasi, maka idealnya primer
memiliki urutan basa nukleotida yang tepat berpasangan dengan urutan basa DNA target
yang akan diamplifikasi dan tidak menempel di bagian lainnya. Oleh sebab itu, primer
dirancang (perancangan primer) untuk menentukan keseimbangan antara spesifitas dan
efisiensi. Spesifitas didefinisikan sebagai frekuensi terjadinya mispriming (kesalahan
penempelan) primer pada tempat yang tidak seharusnya.
Selanjutnya adalah mendesain Primer PCR (Polimerase Chain Reaction). PCR adalah
suatu metode in vitro yang digunakan untuk mensintesis sekuens tertentu DNA dengan
menggunakan dua primer oligonukleotida untuk menghibridisasi pita yang berlawanan
dan mengapit dua target DNA.
Dari Desain Primer atau klik get primer maka akan didapatkan 10 macam primer yng
kemudian akan dipilih 3 primer berdasarkan nilai self complementary terkecil. Saya
memilih primer pair no 2,3 dan 5. Kemudian dari ketiga primer tersebut akan di BLAST
berdasarkan database m RNA dari hasil BLAST yang didapatkan menunjukkan bahwa
primer pair no 2, 3, 5 memiliki hasil tidak spesifik.

G. KESIMPULAN

1. Bionformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk

mengelola dan menganalisis informasi biologi. Bidang ini mencakup penerapan metode
– metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah -
masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino.

2. Gen bank data protein yang digunakan adalah dari website NCBI

3. BLAST merupakan alat bioinformatikayang berkaitan dengan penggunaan basis data

sekuens biologis. Penelusuran BLAST untuk mencari sekuens asam nukleat maupun
protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya dan alogaritma yang
mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

4. Dari hasil BLAST yang didapatkan diperoleh primer no 2, 3 , 5 meenunjukkan hasil

yang tidak spesifik.
H. DAFTAR PUSTAKA

Artama, W.T. 1991. Rekayasa Genetika. Pusat Antar Universitas Bioteknologi. UGM.
Yogyakarta
Mubarika, Sofia. 1990. Rekayasa Genetika. Pusat Antar Universitas Bioteknologi. UGM.
Yogyakarta
Sari, M. I. 2007. Struktur Protein. Universitas Sumatra Utara
Witarto, A. B. 2003. Bioninformatika : Mengawinkan Teknologi Informasi dengan
Bioteknologi. Trendnya di Dunia dan Prospeknya di Indonesia.