Puji syukur kami panjatkan atas kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, yang telah melimpahkan
rahmat dan karunia-Nya sehingga makalah ini dapat terselesaikan tepat waktu. Ada pun
makalah ini kami susun untuk memenuhi tugas Mata Kuliah Biologi Sel. Kami berharap
dengan disusunnya makalah “Sintesis Protein Prokariot dan Eukariot” ini dapat membantu
kita untuk mengetahui dan memahami mengenai apa, kapan, dan bagaimana sintesis protein
prokariot dan eukariot tersebut.
Kami menyadari sepenuhnya bahwa makalah ini masih kurang dari kata sempurna, untuk itu
dengan senang hati kami menerima berbagai saran dan kritik yang membangun demi
perbaikan di masa mendatang. Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu apt. Ni Luh Kade
Arman Anita Dewi S.Farm, M.Biomed selaku dosen mata kuliah Biologi Sel yang telah
membimbing, serta berbagai pihak yang telah kami jadikan sebagai referensi dalam
pembuatan makalah ini. Semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi kami serta para pembaca.
Kelompok 4
ii
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR...............................................................................................................ii
DAFTAR ISI.............................................................................................................................iii
BAB I.........................................................................................................................................1
PENDAHULUAN......................................................................................................................1
1.3 Tujuan..........................................................................................................................2
1.4 Manfaat........................................................................................................................2
BAB II........................................................................................................................................3
PEMBAHASAN........................................................................................................................3
BAB III.....................................................................................................................................21
KESIMPULAN....................................................................................................................21
DAFTAR PUSTAKA..............................................................................................................23
iii
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Protein merupakan bagian yang penting bagi struktur dan fungsi sel-sel makhluk
hidup yang digunakan sebagai sumber energi disaat karbohidrat dan lemak di dalam
tubuh berkurang. Protein tersusun dari satu atau lebih rantai polinukleotidaa. Protein
dalam bentuk kromosom juga berperan dalam menyimpan dan meneruskan sifat
pewarisan atau keturunan dalam bentuk gen. Didalam bentuk gen ini tersimpan codin
untuk proses sintesis protein.
Sintesis protein merupakan proses pembentukan asam amino melalui kode gen yang
nantinya akan dibuat DNA yang proses pembentukannya berbentuk partikel protein. Pada
proses sintesis protein pasti terdapat berbagai jenis kombinasi asam amino untuk
menghasilkan berbagai jenis protein yang berbeda. Beberapa komponen yang berperan
dalam sintesis protein adalah inti sel, RE kasar, Ribosom (rRNA), mRNA, tRNA, RNA
polimerase. Dalam proses pembentukannya diperlukan bahan dasar berupa asam amino,
pelaksana berupa mRNA, tRNA, dan rRNA yang akan menghasilkan sumber energi
berupa ATP yang nanti akan dikatalis oleh enzim polimerase. Sintesis protein terjadi pada
sel prokariotik dan sel eukariotik, dimana pada masing-masing sel terdapat dua tahap
yaitu transkripsi, dan translasi. Pada sel prokariotik, proses sintesis protein terjadi di
sitoplasma. Sementara pada sel eukariotik, proses ini berawal di nukleus untuk membuat
transkrip (mRNA). Tahapan sintesis protein di sel ini berlanjut saat mRNA menuju
ribosom untuk diterjemahkan menjadi molekul protein polipeptida. Sintesis protein
sendiri memiliki tujuan yaitu untuk menghasilkan berbagai macam produk protein seperti
enzim-enzim pencernaan, hormone, dan lain sebagainya. Sintesis protein memiliki
tahapan-tahapan dalam dalam proses pembentukkan protein yang akan kita bahas pada
bab-bab selanjutnya.
1.4 Manfaat
Untuk menambah pengetahuan penulis dan mahasiswa dengan materi pembelajaran
Sintesis Protein pada prokariotik dan eukariotik.
2
BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Sintesis Protein
Kata protein berasal dari bahasa Yunani “protos” yang artinya “pertama” atau
“paling utama”. Sedangkan kata sintesis berasal dari bahasa Yunani sunthesis, dari
suntithenai yang berarti “menjadikan”. Sintesis protein adalah proses pembentukan
protein dari monomer peptida yang diatur susunannya oleh kode-kode genetic yang
terjadi di dalam nucleus dan ribosom sel diatur oleh DNA dan RNA. DNA (asam
deoksiribonukleat) dan RNA (asam ribonukleat) ini adalah asam nukleat yang ada
didalam sel. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh
protein dan bersifat basa. DNA menyimpan informasi genetik yang spesifik untuk
setiap individu dan spesies tertentu, yang akan diwariskan ke generasi berikutnya.
Semua sel menggunakan sistem dimana informasi yang terdapat dalam DNA di copy
menjadi RNA dan kemudian dirubah menjadi protein oleh mesin molekul yang
disebut ribosom. Pada tingkat molekul, sel-sel memiliki lebih banyak kesamaan
daripada perbedaan.
DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas polimer
nukleotida yang berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda
dan berpilin ke kanan. Rantai double heliks DNA diputus oleh struktur yang disebut
RNA Polimerase, proses tersebutmembagi struktur rantai DNA menjadi dua bagian
yaitu DNA Sense atau DNA Template dan DNA Antisense. Bagian dari rantai DNA
yang digunakan pada proses sintesa polipeptida adalah DNA Sense atau DNA
Template yang kemudian diterjemahkan oleh kodon-kodon yang terdapat pada
RNAmessenger. Proses ini terjadi di sitoplasma, proses yang mengkode ulang urutan
basa pada rantai DNAsesuai dengan pasangan basanya yang terdapat pada rantai RNA
messenger.
Baik DNA maupun RNA memiliki 2 (dua) pasangan basa nitrogen, yaitu basa
purin dan basa pirimidin. Pada DNA basa purin terdiri atas Adenin (A) dan Guanin
(G), sedangkan basa pirimidin terdiri atas Timin (T) dan Sitosin (C). Basa nitrogen
tersebut selalu berpasangan antara basa purin dan basa pirimidin, basa purin Adenin
(A) selalu berpasangan dengan pasangan basanya Timin (T) dan basa purin Guanin
(G) dan begitu juga sebaliknya.Masing-masing pasangan basa tersebut berikatan
antara satu dengan yanglainnya oleh atom hidrogen, Adenin dan Timin saling
berikatan dengan 2atom hidrogen sedangkan ikatan antara guanin dan sitosin
3
dihubungkandengan 3 atom hidrogen. Dan untuk memecahkan atau memutuskan
ikatan-ikatan tersebut diperlukan suatu struktur protein lain yang disebut
RNAPolimerase
RNA adalah Asam nukleat yang terbentuk dari proses penterjemahan rantai
senseDNA, memiliki struktur rantai yang lebih pendek daripada DNA karena hanya
memuat 3 kode triplet pada tiap rangkaian rantainya. Rantainya jugatidak berstruktur
ganda, hanya berstruktur tunggal. Sama-sama memiliki dua pasangan basa yaitu basa
purin dan basa pirimidin, hanya terdapat perbedaan pada salah satu jenis basa
pirimidinnya. Pasangan Basa pada Rantai RNA yaitu basa purin terdiri atas Adenin
(A) dan Guanin (G) sedangkan basa pirimidin terdiri atas Urasil (U) dan Sitosin (C)
RNA terbagi menjadi 3 macam, yaitu RNA messenger (mRNA) merupakan
rantai RNA yang terbentuk sebagai hasil terjemahan dari rantai DNA sense dalam
nucleus. Kedua, RNA transfer (tRNA) merupakan RNA yang bertugas
menterjemahkan rantai mRNA. Ketiga, RNA ribosom (tRNA) adalah RNA yang
berperan dalam menterjemahkan kodon RNA transfer menjadi rangkaian asam amino.
Proses sintesis protein terbagi menjadi dua tahap yaitu transkripsi, dan
translasi. Transkripsi adalah DNA mencetak mRNA di dalam nukleus, sedangkan
translasi adalah penerjemahan informasi genetik berupa urutan basa nitrogen menjadi
asam amino (Sinta Sasika, 2012). Sintesis protein terjadi pada sel prokariotik dan sel
eukariotik. Sintesis protein pada sel prokariotik terjadi secara bersambung yang
artinya tahap tranlasi dapat dilakukan meskipun tahap tranksripsi belum selesai. Hal
ini disebabkan oleh tidak adanya inti sel di dalam sel prokariotik sehingga kedua
tahap tersebut dilakukan di sitoplasma. Dalam sel-sel prokariotik sintesi RNA dibantu
oleh sejenis polimerasi RNA, sedangkan pada sel-sel eukariotik ditemukan beberapa
jenis polymerase. Sehingga dalam pengendalian sintesis protein pada sel prokariotik
tergantung pada pengaturan kegitan satu jenis enzim tersebut agar dapat memastikan
mRNA yang mana perlu ditranskripsikan (Subowo,1995).
4
2.2 Komponen Transkripsi
5
umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang
diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika
dibaca dari dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya
diselingi oleh beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan
mempunyai ujung terminasi berbentuk batang dan kala (loop).
2.3 Komponen Translasi
Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida/kode-kode genetik
yang ada pada molekul mRNA menjadi urutan rangkaian asam-asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein, (Yuwono, T. 2005). Translasi pada
prokariotik sama halnya dengan eukariot, terjadi pada sitoplasma. Pada proses
translasi hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak
ditranslasi. Dalam suatu proses sintesis protein, terdapat 4 komponen yang
membentuk kompleks translasi, yaitu ribosom, mRNA, aminoasil tRNA, dan protein-
protein faktor translasi. Fungsi dari empat komponen tersebut, antara lain:
a. Ribosom berfungsi untuk membantu mengkatalis dalam pembentukan ikatan
peptida. Ribosom merupakan tempat sintesis protein. Ribosom tersusun atas
berbagai jenis protein dan sejumlah molekul tRNA. Ribosom eukariota lebih
besar daripada ribosom prokariota, namun keduanya indentuk pada struktur
dan fungsi. Keduanya terdiri dari satu subunit besar (50s) dan satu subunit
kecil (30s) yang bergabung membentuk ribosom lengkap dengan massa
beberapa juta dalton.
b. mRNA berfungsi untuk membawa informasi genetik terkait protein yang telah
disintesis. RNA duta atau “messenger RNA” (mRNA) merupakan asam
nukleat yang berbentuk pita tunggal dan merupakan RNA terbesar atau
terpanjang yang bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida.
Fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik dari DNA ke
ribosom. mRNA juga berfungsi sebagai cetakan dalam sintesis protein.
Informasi genetik yang terkandung dalam mRNA tersebut dinamakan kodon
tripet. Dinamakan kodon tripet karena informasi genetic tersebut tersusun dari
tiga nukleotida yang letaknya berdampingan. Didalam suatu untai mRNA,
kodon tripet dibaca dari ujung 5’ kearah ujung 3’. Sedangkan, asam amino
yang membentuk protein (yang disebut polipeptida) berlangsung dari ujung N
(ujung amino) kearah ujung C (ujung karbonil).
6
c. Aminoasil tRNA berfungsi untuk membawa asam amino dalam pembentukan
untai polipeptida (protein yang disintesisi). RNA transfer (tRNA) merupakan
RNA terpendek yang bertindak sebagai penerjemah kodon dari mRNA. Selain
itu, tRNA berfungsi mengikat asam-asam amino yang akan disusun menjadi
protein dan mengangkutnya ke ribosom. Pada tRNA terdapat bagian yang
berhubungan dengan kodon yang disebut antikodon dan bagian yang berfungsi
sebagai pengikat asam amino.
d. Protein-protein faktor translasi berfungsi untuk membantu ribosom dala
setiap tahap proses translasi.
Pada proses translasi, tRNA akan membawa setiap asam amino kepada ribosom.
Untuk setiap asam amino, setidaknya akan ada satu macam tRNA. Namun, ada juga
beberapa asam amino yang memiliki lebih dari satu macam tRNA. Setiap tRNA yang
membawa asam amino memiliki sekuens khas yang biasa disebut antikodon.
Antikodon sendiri merupakan sekuens komplemen dari sekuens kodon pada
mRNA. Komplementasi basa dari setiap 20 sekuens kodon dan antikodon memiliki
fungsi menjamin setiap asam amino yang akan ditambahkan dalam untai protein yang
sedang dibentuk.
2.4 Proses Trankripsi Pada Sintesi Protein Sel Prokariotik
7
Tahap traskripsi pada sel prokariotik berlangsung di sitoplasma. Sel
prokariotik hanya memerlukan satu enzim RNA polymerase untuk melakukan tahap
ini.
Berikut adalah beberapa tahapan traskripsi pada sintesis protein sel prokariotik :
1. Inisiasi (Permulaan)
Inisiasi dimulai dengan menempelnya RNA polymerase di promoter. RNA
polimerase akan tertempel langsung dengan DNA di bagian promoter tanpa
adanya bentuk ikatan dengan protein lain. Dalam proses ini, yang berperan untuk
menemukan bagian promoter suatu gen yang memiliki struktur khas adalah
subunit σ. Struktur khas ini dapat berupa suatu kelompok ikatan hydrogen antara
kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10, yang dapat digunakan sebagai tempat
RNA polimerase untuk menempel.
Pada awal proses pengikatan RNA polymerase dengan promoter, RNA
Polimerase masih belum terikat dengan kuat dan struktur dari promoter dalam
keadaan kompleks promoter tertutup (closed promoter complex). Dalam bentuk
ini, enzim polymerase menutupi sekitar 60 pasangan basa dari untai ganda, mulai
dari posisi depan (upstream) -35 box menuju ke arah -10 box. Setelah RNA
polymerase menempel pada bagian promoter, rantai DNA mulai terbuka dan akan
membentuk (open promoter complex) yaitu struktur yang terbentuk akibat
pemutusan ikatan hydrogen ataupun terbukanya pilinan untai ganda DNA.
2. Elongasi (Pemanjangan)
Pada proses Elongasi, RNA polymerase akan bergerak di sepanjang DNA
yang menyebabkan rantai double heliks terbuka, melepaskan sekitar 10-20
nukleotida DNA bersamaan untuk dipasangkan dengan nukleotida RNA. Enzim
memberikan nukleotida ke ujung 3’ dari molekul RNA yang dalam proses untuk
tumbuh saat bergerak sepanjang heliks ganda. Untai DNA dari ujung 3’ ke
ujung 5’ menjadi cetakan untuk proses transkripsi DNA menjadi messenger
RNA (mRNA) oleh RNA polymerase, sehingga mRNA dapat terbentuk dimulai
dari ujung 5’ ke ujung 3’. Saat proses berlanjut, molekul RNA yang baru
disintesis di belakang RNA polimerase terkelupas dari cetakan DNA-nya, dan
membentuk kembali heliks ganda DNA. Beberapa molekul RNA polimerase dapat
mentranskripsi sebuah gen tunggal secara bersamaan dengan saling berurutan. Hal
ini digambarkan dengan skema sebagai berikut.
8
1. DNA Pengkode (DNA non-template) : 5’ -ATG GTC CTT TAC TTG TCT
GTA TTT- 3’
2. DNA cetakan (DNA template) : 3’ -TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT
AAA -5’
3. RNA hasil transkripsi (mRNA) : 5’ -AUG GUC CUU UAC UUG UCU GUA
UUU -3’
Banyaknya molekul polimerase yang secara bersamaan mentranskripsi satu
gen tunggal meningkatkan jumlah mRNA yang ditranskripsi darinya, yang dapat
membantu sel untuk membuat protein yang dikodekan dalam jumlah besar.
3. Terminasi (Pengakhiran)
Terjadinya terminasi, Ketika RNA polymerase tiba pada terminator, yaitu
komponen DNA yang berfungsi menghentikam transkripsi (kodon
terminasi). Ada dua jenis terminator transkripsi pada prokariotik, yaitu :
1. Terminator yang tidak membutuhkan protein rho (rho-dependent terminator)
Dipengaruhi oleh adanya urutan nukelotida tertentu pada bagian
terminator. Biasa ditemukan pada urutan DNA yang banyak mengandung
basa GC, diikuti urutan yang banyak mengandung basa AT dan urutan ekor
poli A. Komplemen sinyal terminasi tersebut menyebabkan produk RNA
membuat struktur berbentuk loop yang berakhir dengan urutan poli U pada
ujung 3’. Hal ini mengakibatkan RNA polymerase menjadi berkurang
kecepatannya dan proses sintesis diakhiri.
2. Terminator yang membutuhkan protein rho (rho-independent terminator)
Penghentian proses transkripsi yang membutuhkan protein rho hanya
ditemukan di daerah jeda yang berada di dekat promoter. Terminator yang
bergantung pada protein rho tersusun dari urutan berulang-balik. Namun, tidak
ditemukan rangkaian basa T di daerah yang memerlukan faktor rho. Faktor rho
mengikuti pergerakan RNA polymerase sampai berhenti di terminator.
Selanjutnya, transkrip RNA terlepas dari DNA cetakan yang disebabkan oleh
distabilisasi ikatan RNA-DNA
Terminasi (pengakhiran)
9
Terjadinya terminasi, ketika
RNA polymerase tiba pada
terminator,
yaitu komponen DNA yang
berfungsi menghentikam
transkripsi (kodon
terminasi). Ada dua jenis
terminator transkripsi pada
prokariotik, yaitu :
• Terminator yang tidak
membutuhkan protein rho
(rho-dependent
terminator)
Dipengaruhi oleh adanya
urutan nukelotida tertentu
pada bagian
10
terminator. Biasa ditemukan
pada urutan DNA yang
banyak
mengandung basa GC, diikuti
urutan yang banyak
mengandung basa
AT dan urutan ekor poli A.
Komplemen sinyal terminasi
tersebut
menyebabkan produk RNA
membuat struktur berbentuk
loop yang
berakhir dengan urutan poli U
pada ujung 3’. Hal ini
mengakibatkan
11
RNA polymerase menjadi
berkurang kecepatannya dan
proses sintesis
diakhiri.
• Terminator yang m
Terminasi (pengakhiran)
Terjadinya terminasi, ketika
RNA polymerase tiba pada
terminator,
yaitu komponen DNA yang
berfungsi menghentikam
transkripsi (kodon
terminasi). Ada dua jenis
terminator transkripsi pada
prokariotik, yaitu :
12
• Terminator yang tidak
membutuhkan protein rho
(rho-dependent
terminator)
Dipengaruhi oleh adanya
urutan nukelotida tertentu
pada bagian
terminator. Biasa ditemukan
pada urutan DNA yang
banyak
mengandung basa GC, diikuti
urutan yang banyak
mengandung basa
AT dan urutan ekor poli A.
Komplemen sinyal terminasi
tersebut
13
menyebabkan produk RNA
membuat struktur berbentuk
loop yang
berakhir dengan urutan poli U
pada ujung 3’. Hal ini
mengakibatkan
RNA polymerase menjadi
berkurang kecepatannya dan
proses sintesis
diakhiri.
• Terminator yang m
Terminasi (pengakhiran)
Terjadinya terminasi, ketika
RNA polymerase tiba pada
terminator,
14
yaitu komponen DNA yang
berfungsi menghentikam
transkripsi (kodon
terminasi). Ada dua jenis
terminator transkripsi pada
prokariotik, yaitu :
• Terminator yang tidak
membutuhkan protein rho
(rho-dependent
terminator)
Dipengaruhi oleh adanya
urutan nukelotida tertentu
pada bagian
terminator. Biasa ditemukan
pada urutan DNA yang
banyak
15
mengandung basa GC, diikuti
urutan yang banyak
mengandung basa
AT dan urutan ekor poli A.
Komplemen sinyal terminasi
tersebut
menyebabkan produk RNA
membuat struktur berbentuk
loop yang
berakhir dengan urutan poli U
pada ujung 3’. Hal ini
mengakibatkan
RNA polymerase menjadi
berkurang kecepatannya dan
proses sintesis
diakhiri.
16
• Terminator yang m
Terminasi (pengakhiran)
Terjadinya terminasi, ketika
RNA polymerase tiba pada
terminator,
yaitu komponen DNA yang
berfungsi menghentikam
transkripsi (kodon
terminasi). Ada dua jenis
terminator transkripsi pada
prokariotik, yaitu :
• Terminator yang tidak
membutuhkan protein rho
(rho-dependent
terminator)
17
Dipengaruhi oleh adanya
urutan nukelotida tertentu
pada bagian
terminator. Biasa ditemukan
pada urutan DNA yang
banyak
mengandung basa GC, diikuti
urutan yang banyak
mengandung basa
AT dan urutan ekor poli A.
Komplemen sinyal terminasi
tersebut
menyebabkan produk RNA
membuat struktur berbentuk
loop yang
18
berakhir dengan urutan poli U
pada ujung 3’. Hal ini
mengakibatkan
RNA polymerase menjadi
berkurang kecepatannya dan
proses sintesis
diakhiri.
• Terminator y
2.5 Proses Translasi pada Sintesis Protein Sel Prokariotik
1. Tahap inisiasi
Pada tanslasi sel prokariot dimulai pada kode AUG yang akan mengkode asam
amino formil-metionin dan diawali dengan IF-2 membawa tRNA f-met
bergabung untuk membentuk bakal kompleks. tRNA f-met ini langsung
masuk menuju ribosom site-P. Pada sisi lainnya, ribosom sub-unit kecil (30s)
19
dengan melibatkan IF-3, bergabung bersama mRNA dan membentuk bakal
kompleks lainnya. Kemudian IF-1 dan GTP bergabung bersamaan dengan
seluruh bakal kompleks sebelumnya dan membentuk bakal kompleks inisiasi.
Kompleks inisiasi belum terbentuk karena ribosom sub-unit besar (50s) belum
bergabung. Selanjutnya, IF-3 dilepaskan dari bakal kompleks inisiasi agar
ribosom sub-unit besar (50s) dapat bergabung ke bakal kompleks inisiasi.
Pada GTP terjadi peristiwa pemecahan menjadi GDP dan gugus fosfat.
Peristiwa pemecahan GTP tersebut terjadi bersamaan dengan lepasnya IF-1 dan
IF-2 dari bakal kompleks inisiasi sekaligus menandakan terbentuknya kompleks
inisiasi. Dengan terbentuknya kompleks inisiasi, maka proses tahap inisiasi pada
translasi dinyatakan selesai. Selain itu, terdapat peristiwa yang terjadi saat
pembentukan bakal kompleks kedua, yaitu terbentuknya suatu sekuens yang
disebut sekuens shine-dalgarno yang terletak di depan kodon start. Sekuens ini
terbentuk akibat adanya interaksi antara sekuens rRNA penyusun ribosom sub-
unit kecil dengan mRNA.
2. Pemanjanga (Elongasi)
Penambahan asam amino dilakukan satu per satu ke asam amino
sebelumnya. Diawali dengan masuknya tRNA aminoasil ke ribosom site-A setelah
terlebih dahulu membentuk kompleks dengan EF-tu (Elongation Factor Tu) yang
membawa GTP. Setelah kompleks antara tRNA aminoasil dan EF-Tu memasuki
ribosom site-A, EF-Tu yang membawa GTP akan memisahkan diri dan berubah
menjadi GDP. Kemudian, dengan peran EF-Ts, GDP yang dibawa EF-Tu
diubah kembali menjadi GTP agar EF-Tu yang membawa GTP tersebut
dapat kembali membentuk kompleks dengan tRNA aminoasil lainnya dan
membawa tRNA aminoasil tersebut masuk ke ribosom site-A.
20
Saat tRNA aminoasil pertama menempati ribosom site-A, asam amino yang
menempel pada tRNA di ribosom site-P berpindah dan menempel dengan asam
amino yang menempati ribosom site-A. Perpindahan tersebut menyebabkan
terbentuknya ikatan peptida sehingga tRNA pada site-P tidak membawa asam
amino. Proses ini dilanjutkan masuknya EF-g yang membawa GTP ke ribosom.
GTP ini berperan dalam peristiwa berpindahnya ribosom sepanjang tiga basa
mRNA yang disebut translokasi. Dengan berpindahnya ribosom ke ujung 3`
mRNA, maka tRNA yang ada pada site-P pun berpindah menuju site-E dan tRNA
yang terletak di site-A berpindah ke ribosom site-P. Pada ribosom site-A yang
telah kosong, terjadi lagi peristiwa awal elongasi yaitu masuknya kompleks
tRNA dan EF-tu yang membawa GTP. Kemudian, rantai polipeptida yang
menempel pada tRNA yang terletak di ribosom site-P akan terlepas lalu
berpindah dan menempel pada asam amino yang menempel pada tRNA di
ribosom site-A dan kembali membentuk ikatan peptida. Di sisi lainnya, tRNA
yang tidak membawa asam amino pada ribosom. site-E terlepas dari ribosom
sehingga ribosom site-E pun kosong. Keadaan ribosom site-E yang kosong
menyebabkan terjadinya kembali peristiwa translokasi.
3. Terminasi
21
Terminasi terjadi saat salah satu kodon stop (UAA, UAG, UGA) di
mRNA mencapai site-A. Pada tahap ini, terdapat suatu protein yang disebut RF
(release factor). RF pada sel prokariot terbagi menjadi dua, yaitu RF-1 dan RF-2.
RF-1 akan mengenali kodon UAA dan UAG, sedangkan RF-2 akan
mengenali kodon UAA dan UGA.
Ketika ribosom bertemu salah satu kodon stop, maka salah satu RF akan
mengenali dan masuk ke ribosom site-A dan memutus rantai kodon. Setelah
ribosom site-A terisi, tRNA pada site-E pun terlepas. Selanjutnya, rantai
polipeptida yang menempel pada tRNA di ribosom site-P terlepas saat akan
berpindah menuju ribosom site-A. Hal ini disebabkan tidak adanya tRNA pada
ribosom site-A yang diisi oleh RF. Kemudian, ribosom kembali melakukan
translokasi yang menyebabkan lepasnya tRNA terakhir pada ribosom tersebut.
RF dan tRNA terlepas dari ribosom pada saat yang bersamaan. Proses terakhir
pada tahap terminasi adalah berpisahnya ribosom sub-unit besar, sub-unit
kecil, dan mRNA yang sebelumnya membentuk suatu kompleks dengan
hidrolisis dari dua molekul GTP, sekaligus menandai akhirnya translasi.
2.6 Proses Trankripsi Pada Sel Eukariotik
Perbedaanya pada sel eukariotik, transkripsi terjadi di inti sel dan translasi terjadi
di sitoplasma tepatnya di ribosom. Selain itu, dalam tahap transkripsi terdapat
pemrosesan mRNA sebelum keluar ke sitoplasma.Transkripsi adalah penyalinan kode
genetik pada DNA yang menghasilkan RNAd, proses ini terjadi di dalam nukleus.
Transkripsi melalui 3 tahapan proses, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
Penjelasan yaitu sebagai berikut:
22
1. Inisiasi (Permulaan)
Proses inisiasi dimulai ketika RNA polimerase menempel pada promotor gen.
promotor mencakup titik awal (start point). Fungsi promotor untuk menentukan
tempat dimulainya transkripsi dan menentukan satu rantai DNA yang akan
digunakan sebagai cetakan. Daerah Promotor pada eukariota ditemukan bagian
hulu
(upstream) dari situs transkripsi. RNA polimerase berikatan dengan promotor inti
untuk memulai transkripsi. Proses transkripsi lebih kompleks pada eukariota.
Sekelompok protein yang disebut faktor transkripsi memediasi pengikatan RNA
polimerase dan memulai transkripsi. Jadi pada tahap ini RNA polimerase
berikatan dengan suatu daerah promoter dari satu untai DNA template (TATA
box/kotak GC/Kotak CCAAT) terikat faktor-faktor transkripsi.
2. Elongasi (Pemanjangan)
Elongasi terjadi saat RNA polimerase membuka untai ganda DNA. RNA
polimerase selanjutnya akan menyusun nukleotida-nukleotida RNA membentuk
rantai RNAd. RNA polimerase melintasi untai cetakan dan menambahkan basa
untuk melengkapi template DNA dan membuat salinan RNA atau dengan kata lain
RNA polimerase menambahkan nukleutida baru (RNA) dalam arah 5’ ke 3’.
Elongasi pada eukariota juga melibatkan mekanisme proofreading yang
menggantikan basa yang salah ditempatkan.
23
Penyusunan nukleotida RNA terjadi sebagai berikut:
- Salah satu utas DNA pada sebuah gen akan berperan sebagai cetakan untuk
Menyusun nukleotida RNA. Utas ini disebut utas pencetak atau template.
- Nukleotida RNA kemudian akan disusun membentuk rantai RNAd
berdasarkan urutan basa nitrogen pada DNA pencetak. Utas RNAd yang
dihasilkan nantinya memiliki urutan basa nitrogen yang merupakan
komplemen dari urutan basa nitrogen pada DNA pencetak
- Misalkan, apabila pada DNA pencetak terdapat basa nitrogen Timin maka
nukleotida RNA yang tercetak adalah basa nitrogen Adenin
- Basa nitrogen Guanin akan mencetak Sitosin
- Adenin akan mencetak Urasil demikian seterusnya.
3. Terminasi (Pengakhiran)
Proses transkripsi akan berhenti setelah sampai pada terminator, yakni urutan
DNA yang berfungsi menghentikan transkripsi. RNA polimerase menemukan
daerah terminasi (AAUAAA) di dalam pra mRNA kemudian RNA lepas (mRNA
belum matang dan RNA polimerase lepas dari DNA). Pematangan mRNA akan
terjadi melalui proses modifikasi pasca transkripsi atau dikenal juga dengan
sebutan pemprosesan RNA), yang meliputi: penambahan tutup (cap) pada ujung
5’, penambahan ekor (poli A) pada ujung 3’ dan splicing mRNA.
24
2.3 Proses Translasi Pada Sel Eukariotik
Translasi adalah penerjemahan kode genetik pada RNAd oleh ribosom
menghasilkan polipeptida. Translasi terjadi melalui 3 tahapan, seperti transkripsi
yaitu, inisiasi, elongasi, dan terminasi.
1. Inisiasi (Permulaan)
Pada tahap ini ribosom merakit di sekitar mRNA untuk dibaca dan tRNA
pertama yang membawa asam amino metionin (yang cocok dengan start kodon,
AUG). Bagian ini diperlukan agar tahap translasi bisa dimulai. Setiap tiga basa
nitrogen pada RNAd akan membentuk kodon. Setiap kodon akan mengkode suatu
jenis asam amino tertentu.Setiap tiga basa nitrogen pada RNAd akan membentuk
kodon. Setiap kodon akan mengkode suatu jenis asam amino tertentu.
Urutan kodon pada RNAd inilah yang nantinya berperan menentukan jenis
asam amino yang akan ditambahkan selama proses penyusunan polipeptida.
Untuk mengetahui jenis-jenis asam amino yang dikode oleh pada masing-masing
kodon dapat diamati pada table berikut.
25
Misalkan, kodon yang tersusun oleh basa nitrogen UUU akan diterjemahkan
sebagai asam amino finilalanin, kodon USU diterjemahkan sebagai asam amino
Serin dan sebagainya. Terdapat 4 kodon yang berbeda fungsinya dengan kodon
yang lain, yang pertama adalah start kodon AUG. selain berfungsi mengkode
asam amino metionin, AUG juga berperan sebagai kodon pertama yang memulai
proses translasi .
Sementara kodon UAA, UAG, dan UGA disebut sebagai stop kodon karena
memicu berakhirnya proses transasi. Kodon stop disebut juga nonsense atau
kodon tidak bermakna karena tidak mengkode jenis asam amino apapun.Translasi
diawali dengan ribosom subunit kecil berikatan pada RNAd dibagian start kodon
yaitu AUG.
26
Setiap asam amino dibawa menuju ribosom oleh RNAt yang bersifat spesifik
setiap RNAt memiliki urutan tiga basa nitrogen yang bersifat komplemen dengan
kodon yang mengkode asam amino yang dibawa. Asam amino akan berikatan
dengan RNAt yang memiliki urutan basa nitrogen komplemen dengan kodon yang
mengkodenya. Urutan basa nitrogen komplemen pada RNAt disebut anti kodon.
Misalkan,
AUG
adalah
kodon
yang
mengkode
asam amino metionin. Maka metionin akan dibawa oleh RNAt yang memiliki anti
kodon UAS. Dengan demikian, makan anti kodon RNAt akan dapat berikatan
dengan kodon pada RNAd. Setelah start kodon berikatan dengan anti kodon
spesifiknya, ribosom unit besar kemudia berikatan untuk membentuk kompleks
translasi.
2. Elongasi (Pemanjangan)
Ribosom unit besar memilki 3 ruangan yang disebut situs E, P, dan A. Selama
elongasi ribosom akan membaca kodon-kodon yang berada di ditus A. Asam
amino yang memiliki anticodon yang sesuai. Apabila kodon berikutnya adalah
UUU maka fenilalanin akan dibawa oleh RNAt yang memiliki anticodon AAA.
RNAt tersebut kemudian memasuki situs A. Pada tahap berikutnya, asam amino
27
yang berada disitus P akan terputus dari RNAt nya, lalu berikatan dengan
asamamino yang berada di situs A. Ketika ribosom bergeser, RNAt yang tidak
membawa asam amino berpindah ke situs E, kemudian akan keluar dari
Kompleks translasi. RNAt yang mengikat asam amino berpindah dari situs A ke
situs P sehingga situs A menjadi kosong. Karena situs A kosong maka RNAt yang
selanjutnya dapat masuk membawa asam amino yang sesuai dengan kodon pada
situs A. Asam amino dari situs P akan berikatan dengan asam amino disitus A,
kemudian ribosom bergeser kembali demikianseterusnya sehingga proses ini
akan menghasilkan rantai asam amino. Proses ini akan diulang terus menerus saat
kodon baru dibaca dan asam amino baru ditambahkan ke rantai.
3. Terminasi (Pengakhiran)
Tahap terminasi transkripsi akan terjadi apabila ribosom mencapai stop kodon.
Faktor pelepas akan berikatan pada stop kodondi situs A memicu polipeptida
disitus P terlepas dan kompleks translasi terurai. Proses ini dimulai Ketika stop
kodon (UAG, UAA, atau UGA) memasuki ribosom, membuat rantai polipeptida
terpisah daro tRNA dan lepas keluar dari ribosom. Faktor pelepas ini
menyebabkan penambahan molekul air, bukan asam amino, pada rantai
polipeptida. Reaksi ini menghidrolisis polipeptida yang sudah selesai ini dari
tRNA yang berada di situs P, melepaskan polipeptida dari ribosom. Akibatnya,
urutan asam amino dalam bentuk poilipeptida terlepas, komplek ribosom juga
terpisah antara ribosom sub unit kecil dan ribosom sub unit besar. Dengan
demikian, maka selesailah proses translasi. Polipeptida yang dihasilkan dari
28
transkripsi dan translasi ini, kemudian akan diproses menjadi sebuah protein
tertentu.
29
dilakukan secara bersamaan. Selain itu, proses transkripsi dan translasi organisme
prokariotik terjadi di sitoplasma karena organisme tersebut tidak memiliki
membran inti sel dan nukleus, melainkan hanya memiliki nukleoid. Berbeda
dengan organisme eukariotik yang telah memiliki inti sel dengan membran
yang membatasi keduanya sehingga proses transkripsi terjadi di dalam inti
sel (nukleus), dilanjut dengan proses translasi yang terjadi di sitoplasma.
30
BAB III
KESIMPULAN
33