Soal Ujian Tengah Semester Ganjil Prodi

TLM Sarjana Terapan (D4) Jurusan Analis

Kesehatan Tahun Akademik 2021 / 2022
Ganti akun

Draf disimpan

* Wajib

Pilihlah jawaban atau pernyataan yang paling benar !

Petunjuk Umum :

Isi data-data pribadi mahasiswa seperti petunjuk yang disampaikan secara online (google form).
Soal ini terdiri dari 50 soal.
Waktu yang diperlukan selama 60 menit.
Pada saat ujian berlangsung, tidak diperkenankan berdiskusi dengan sesama peserta ujian
Pengumpulan lembar jawaban tidak lebih dari waktu yang telah ditetapkan, jika lebih maka google form akan tertutup secara otomatis dan diangg

Uji biologi molekuler saat ini telah berkembang di laboratorium digunakan dalam:
*

Identifikasi penyakit non infeksi Identifikasi genetik

Isolasi mikroorganisma penyebab penyakit Identifikasi penyakit infeksi
Efikasi dan uji toksifikasi obat
 Primer dalam PCR memiliki memiliki pengertian sebagai berikut, kecuali: *

Suatu polimer asam nukleat pendek (oligonukleotida) yang mempunyai urutan nukleotida yang komplementer den

Berfungsi sebagai inisiator dan pembatas fragmen DNA target yang akan diamplifikasi

Berfungsi sebagai template dalam sintesis DNA

Polimer yang menyediakan gugus hidroksi (-OH) pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses ekstensi/pemanjanga

Pada umumnya berukuran antara 18-24 pb

Dalam mendesain suatu primer, konten GC atau jumlah persentasi dari total basa G dan C dalam
dipersyaratkan? *

30-50%

40-60%

30-60%

20-50%

20-60%

Teknik dalam bioinformatik yang bertujuan untuk menyejajarkan dan analisa

kesamaan urutan basa disebut: *

DNA Analysis Phylogenetic Tree Struktur Prediction Bio Edit

Sequence alignment
Didapatkan hasil desain primer sebagai berikut. Dari hasil desain primer tersebut
berapa produk PCR yang dihasilkannya? *

94

488

45

395

55

Visualisasi Di atas merupakan interaksi asam amino dengan logam Zn. Bagaimana
untuk menampilkan visualisasi seperti ini. metode seleksi apa yang digunakan? *

within dan same resid

within dan name ZN
“from 5 of” dan “same residue as” Semua perintah benar
Ketika kita menjalankan program BLAST, salah satu outputnya akan didapatkan
seperti pada gambar dibawah ini. Informasi apa yang kita dapatkan dari hasil
tersebut? *

Urutan DNA yang dianalisis memiliki kesamaan <40 nukleotida dengan urutan yang ada
pada database

Urutan DNA yang dianalisis memiliki kesamaan 40-40 nukleotida dengan urutan yang ada pada
database

Urutan DNA yang dianalisis memiliki kesamaan 50-80 nukleotida dengan urutan yang ada pada
database

Urutan DNA yang dianalisis memiliki kesamaan 80-200 nukleotida dengan urutan yang
ada pada database

Urutan DNA yang dianalisis memiliki kesamaan >200 nukleotida dengan urutan yang ada
pada database
Dibawah ini merupakan prediksi adanya inisiasi transkripsi dengan menggunakan salah satu sof
situs untuk inisiasi transkripsinya? *

G dan C T dan C G dan A C dan T

T dan T
Dari hasil visualisasi di atas merupakan 1CA2.pdb untuk mengkatalisis karbonat
menjadi CO2 dan air menjadi karbonat. Dari gambar di atas terdapat struktur
sekunder alfa heliks, 3,10 heliks dan beta sheet. Manakah yang merupakan beta
sheet? *

Kuning

Merah

Hijau

Abu

Biru
 Identifikasi mikroorganisme yang memiliki beberapa spesies dalam satu genus
atau beberapa genom dalam satu gen lebih baik menggunakan teknik: *

Real time PCR RFLP

PCR Konovensional Nested PCR
Multiplex PCR

Teknik Touchdown PCR memiliki ciri utama : *

Dibaca pada saat reaksi amplifikasi sedang berjalan Berbasis gel elektroforesis
Menggunakan primer lebih dari satu pasang

Menggunakan teknik penurunan suhu annealing secara bertahap pada siklus pertamanya

Menggunakan enzim restriksi

Terdapat beberapa aplikasi online yang dapat dimanfaatkan dalam memprediksi

adanya promotor dalam suatu urutan DNA. Apakah aplikasi tersebut? *

Fruitfly Atottron NCBI

NEB Cutter

UCSC
 Dari sekian banyak faktor prediksi struktur protein, rantai samping asam amino dapat menjadi p
pengujian? *

5 – 40 residu

5 – 10 residu

10 residu awal

20 residu – 50 residu

13 - 17 residu

Jika pemeriksaan antibodi IgG Covid-19 menunjukan hasil positif artinya: *

Infeksi baru terjadi

Pasien pernah terpapar SARCov2-19 minimal 7 hari sebelumnya Virus SARCov2-19 masih tinggi dalam tubuh pasie
Pasien tidak perlu divaksin kembali

Kadar antibody IgM belum dapat terdeteksi oleh alat uji

Perhatikan struktur organisasi gen dibawah ini. Apakah bagaian dari struktur gen tersebut yang d
ORF Finder? *

Promotor RBS
Terminator
Kerangka baca terbuka Kodon Stop
 Dari hasil prediksi struktur asam amino di atas dapat diketahui terdapat 29 asam amino yang te
skor q3 untuk meotde ini? *

50,81%

49,19%

50,18%

49,15%

50%

Dalam struktur organisasi gen ada istilah yang dikenal dengan nama ORF (Open Reading Frame)
tersebut: *

Gen

Query cover Total score Protein

Coding sequence (CDS)
 Banyak Faktor yang mempengaruhi hasil PCR, diantaranya kualitas primer. Desain primer diperl
tersebut *

NCBI Blast Atottron Primer 3 UCSC

Ensembl

Dari tabel propensitas berdasarkan metode chou dan fasman ini bisa disimpulkan
bahwa : *

Prolin sangat baik jika berada di alfa heliks dibandingkan berada di belokan (turn) Valin sangat baik di alfa helix dib
Metionin tidak baik berada di helix namun sangat baik di belokan (turn)

Isoleusin sangat baik berada di lembar beta (beta sheet) sementara valin lebih baik di heliks dibandingkan tirosin
Glutamat dan Glisin lebih baik berada di dalam helix karena nilai propensitasnya sangat besar
 Berikut merupakan beberapa program BLAST yang ada pada NCBI. Untuk apa
program tblastn dipergunakan? *

Membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nu

Membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita milikidengan database sekuen protein.

Membandingkan produk translasi sebuah sekuennukleotida (translated nucleotide) yang kitamiliki dengan database

Membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
Membandingkan sekuen protein yang kita miliki dengan sekuen protein yang ada di database

Teknik PCR dengan menggunakan dua tahap siklus dalam setiap pemeriksaanya
adalah: *

Real time PCR RFLP

PCR Konovensional Nested PCR
Multiplex PCR
Dari hasil visualisasi di atas terdapat asam amino yang paling dekat dengan
logam Zn. Asam amino apakah yang paling depat dengan kofaktor Zn pada
struktur Carbonic anhydrase ? *

Histidin

Aspartat

Asparagin

Lysin Sistein
 Dalam mendesain primer, salah satu factor yang harus diperhatikan adalah Temperatur Melting.
optimal untuk proses tersebut? *

52-58 ºC

50-56 ºC

56-58 ºC

50-58 ºC

52-60 ºC

Contoh penggunaan uji biologi molekuler dalam identifikasi penyakit non infeksi
adalah: *

Uji DNA untuk mengetahui asal-usul keturunan Uji penyakit diabetes mellitus
Diagnostik poliomyelitis Pemeriksaan Tubercullosis
Uji spesifikasi obat baru
Gambar di atas merupakan hasil visualisasi dari protein myoglobulin dari sebuah
jaringan yang dikristalisasi dengan molekul CO yang terikat dalam cincin porfirin
dengan kode mbco. Dari hasil visualisasi tersebut mana menurut saudara
pernyataan di bawah ini yang benar : *

Struktur beta sheet diberikan metode pewarnaan (Coloring Method) secondary structure
dan metode gambar New Cartoon

Struktur yang bewarna kuning merupakan alfa heliks

Cincin Porfirin menggunakan metode pewarnaan Name dan metode gambar VDW (van der
Waals)

Struktur alfa heliks diberikan metode pewarnaan (Coloring Method) secondary

structure dan metode gambar New Cartoon

Tidak ada coil dan turn di dalam struktur di atas

 Soal ini mengacu pada gambar visualisasi mbco. Cincin porfirin yang terdapat
dalam gambar tersebut memiliki metode pewarnaan dan penggambaran apa ? *

Cincin Porfirin menggunakan metode pewarnaan Name dan metode gambar VDW (van der Waals)

Cincin Porfirin menggunakan metode pewarnaan Secondary Structure dan metode gambar lines

Cincin Porfirin menggunakan metode pewarnaan ColorID dan metode gambar Licorice

Cincin Porfirin menggunakan metode pewarnaan Secondary Structure dan metode gambar VDW

Cincin Porfirin menggunakan metode pewarnaan Restype dan metode gambar CPK

Di antara komponen utama dalam melakukan pemeriksaan PCR yang berfungsi sebagai pembata
eksistensi DNA adalah: *

dNTPs cetakan DNA

primer oligonukleotida enzim Taq DNA polymerase
Probe
 Adanya Terminator dalam suatu urutan nukleotida dapat diprediksi dengan
adanya situs yang berada pada urutan mRNA nya. Apakah situs yang dimaksud? *

Capping Poli A Signal RBS

ORF

Sequencer

Didapatkan hasil desain primer sebagai berikut. Dari hasil desain primer tersebut
berapa temperature melting dari primer forwad? *

54.95 ºC

45.00 ºC

55.31 ºC

54.31 ºC

35.31 ºC
Dalam studi bioinformatika terutama untuk protein diperlukan pengetahuan
tentang prediksi struktur protein ketika peneliti di bidang molekuler telah
berhasil memurnikan protein dari hasil ekspresi gen tertentu. Sebagai awal mula,
struktur sekunder perlu diketahui dibandingkan struktur yang lebih kompleks.
Menurut saudara mengapa struktur primer tidak perlu diprediksi? *

Dengan prediksi struktur sekunder, struktur primer dapat diketahui

Urutan asam amino sekunder sama dengan urutan asam amino pada struktur sekunder

Urutan asam amino primer dapat diketahui / diperoleh dari hasil translasi urutan DNA

Urutan asam amino primer sebelumnya sudah diketahui di dalam proses pemurnian protein

Semua pernyataan benar

Banyak faktor ketidakakuratan dalam pengukuran skor Q3 dalam prediksi
struktur protein. Perlu dilakukan asesmen yang didasarkan pada rasio besaran –
besaran berikutContoh untuk α-heliks 1. True positive (TP) = jumlah asam amino
yang terprediksi dengan akurat sebagai α-heliks 2. True negtive (TN) = jumlah
asam amino yang diprediksi dengan tepat membentuk β-sheet dan koil dan tidak
terprediksi sebagai β-heliks 3. False positive (FP) = jumlah asam amino yang salah
terprediksi sebagai α-heliks 4. False negative (FN) = jumlah asam amino yang
seharusnya α-heliks, tetapi diprediksi sebagai β-sheet atau koilJika diketahui
sensitifitas adalah Berpakah nilai sensitifitas untuk prediksi di atas : *

35%

40%

45%

50%

55%
 Salah satu keunggulan pemanfaatan teknik biologi molekuler dibandingkan
dengan teknik lain adalah : *

Teknik pemeriksaan yang lebih mudah Harga pemeriksaan yang lebih murah Tidak mudah terkontaminasi Sensitiv
Tidak memerlukan keahlian yang khusus

Dalam menjalankan program BLAST, sebelum memasukkan urutan DNA/Protein

kedalam programnya diharuskan memakai sebuah tanda terlebih dahulu. Apakah tanda tersebut?

<

>

“
 Berikut merupakan beberapa program BLAST yang ada pada NCBI. Untuk apa
program nucleotida blast dipergunakan? *

Membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.

Membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita milikidengan database sekuen protein.

Membandingkan produk translasi sebuah sekuennukleotida (translated nucleotide) yang kitamiliki dengan database

Membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
Membandingkan sekuen protein yang kita miliki dengan sekuen protein yang ada di database

Teknik Multiplex PCR memiliki ciri utama : *

Dibaca pada saat reaksi amplifikasi sedang berjalan Berbasis gel elektroforesis
Menggunakan primer lebih dari satu pasang

Menggunakan teknik penurunan suhu annealing secara bertahap pada siklus pertamanya

Menggunakan enzim restriksi

 Dalam memprediksi adanya promotor dalam suatu urutan DNA, kita dapat juga sekaligus memp
gen baik pada prokariot ataupun prokariot. Situs apakah yang dimaksud? *

Ribosom Binding Sites Inisiasi Transkripsi Start Kodon

Stop Kodon

ORF

Teknik biologi molekuler dengan tujuan mengetahui urutan basa penyusun DNA
adalah: *

Teknik PCR Teknik Cloning

Teknik Real time PCR Teknik Lyophilization
Teknik sequencing

Teknik Relatime PCR dengan menggunakan probe yang diujungnya ditempeli

Reporter dan Quencher adalah: *

TaqMan method Cyber Green method Eva-Green method LC-Green method

Cyber-Safe method
 Pemanfaatan teknik biologi molekuler untuk identifikasi Covid-19 saat ini pada
umumnya menggunakan teknik: *

Teknik Elektroforesis

Teknik Cloning

Teknik Real time

Teknik Lyophilization

Teknik sequencing

Mengingat pentingnya prediksi struktur dalam suatu protein, mana pernyataan

berikut yang PALING BENAR menurut saudara : *

Prediksi struktur dapat memprediksi folding dari urutan gen organisme

Prediksi struktur dapat memprediksi lipatan protein sehingga dapat diketahui fungsinya

Prediksi struktur dapat mengetahui sifat fisikokimia dari protein

Prediksi struktur dapat mengetahui sisi katalitik dari protein terutama enzim Prediksi struktur hanya studi awal yang

Real time PCR multiplexing dalam pemeriksaan Covid memiliki prinsip kerja: *

Dalam beberapa tabung terdapat beberapa probe dengan sepasang primer Dalam satu tabung terdapat satu primer da
Dalam satu tabung terdapat beberapa primer dan beberapa probe sekaligus
Dalam beberapa tabung terdapat masing-masing satu primer dan probe yang spesifik Dalam beberapa tabung terdapa
 Teknik Realtime PCR memiliki ciri utama : *

Dibaca pada saat reaksi amplifikasi sedang berjalan Berbasis gel elektroforesis
Menggunakan primer lebih dari satu pasang

Menggunakan teknik penurunan suhu annealing secara bertahap pada siklus pertamanya

Menggunakan enzim restriksi

Struktur native karbonik anhydrase distabilkan oleh ikatan ionik antara residu – residu bermuatan
mana pilihan di bawah ini untuk menampilkan jembatan garam ? *

Salt native Hbond Selection atoms

Graphic Representation

Salt Bridge

Metode yang digunakan dalam uji biologi molekuler adalah di bawah ini, kecuali: *

Teknik PCR Teknik Cloning

Teknik Real time PCR Teknik Lyophilization
Teknik sequencing
Perhatikan hasil pensejajaran dibawah ini. Apakah jenis basa yang ada pada
database yang sejajar dengan basa yang dianalisis pada urutan ke 59 *

A
 Hasil uj prediksi struktur wajib untuk divalidasi karena server berbasis web yang tidak semua wa
yang merupakan langkah untuk menguji kualitas hasil prediksi : *

Hasil prediksi dibandingkan dengan hasil eksperimen Hasil prediksi diupload ke molprobity
Hasil prediksi divalidasi oleh server berbasis web

Hasil prediksi dihitung persentasi sebagian asam aminonya

Hasil prediksi dihitung persentasi struktur rantai saamping dari asam amino struktur sekunder

Contoh pemanfaatan biologi molekuler dalam pencegahan penyakit adalah di

bawah ini, kecuali: *

Pembuatan vaksin RNA Pembuatan vaksin sub-unit

Pembuatan supplement makanan sehat Identifikasi penyakit genetik
Pembuatan vaksin berbasis vektor
Dalam melakukan pensejajaran urutan nukleotida, dikenal dengan istilah query
dan subject seperti yang terlihat pada gambar dibawah ini. Apa yang dimaksud
dengan istilah query? *

Urutan nukleotida yang di analisis

Urutan nukleotida yang dimiliki oleh bank data

Urutan nukleotida yang sejajar dengan yang dianalisis

Urutan nukleotida yang mirip dengan yang dianalisis Urutan

nukleotida yang dimiliki oleh subjek

Ketika kita memiliki beberapa urutan nukleotida yang akan dibandingkan dengan database atau
yang diinginkan, apakah program yang dipilih *

clustal omega just bio atottron

cc cleaner

softberry
 Hasil visualisasi lain banyaknya residu yang ternyata mempengaruhi dan memiliki
ikatan hydrogen dengan gugus HEM atau cincin porfirin. Untuk menampilkan
residu tersebut, perintah apa yang dituliskan dalam selected atoms sehingga
dapat menampilkan struktur asam amino yang dekat (jarak 5 Angstrom) dengan
gugus HEM? *

“within 5 of ” dan “same residue as”

“Resid within 5 of” saja

“same residue as” saja

“from 5 of” dan “same residue as”

Semua perintah benar

Halaman 2 dari 2
Kembali
Kirim Kosongkan formulir

Jangan pernah mengirimkan sandi melalui Google Formulir.

Konten ini tidak dibuat atau didukung oleh Google. L aporkan Penyalahgunaan - P ersy aratan Layanan - Kebijakan Privasi
Formulir