Analisis Jurnal dengan menjawab pertanyaan di bawah ini!

Pertanyaan Jurnal 1:
1. Apa tujuan penelitian tersebut?
Jawaban: membuat konstruksi kloning gen penyandi protein membran takizoit
(SAG1) ke dalam vektor ekspresi prokariotik pGEX-2T kemudian ditransfeksi ke
bakteri E. coli sebagai dasar untuk produksi protein rekombinan SAG1

2. Gen apa yang diinsersikan/disisipkan pada penelitian tersebut?

Jawaban: gen SAG1

3. Vektor apa yang digunakan pada penelitian tersebut?

Jawaban: vektor pGEX-2T

4. Enzim restriksi apa yang digunakan dalam rekombinasi gen/rekombinasi DNA pada
penelitian ini?
Jawaban: BamH1 dan EcoR1

5. Apakah gen yang disisipkan dipersiapkan terlebih dahulu atau menggunakan yang
sudah ada sebelumnya?
Jawaban: Gen yang disisipkan menggunakan sudah ada dari penelitian sebelumnya,
yakni digunakan 50 ng vektor yang sudah terpotong dan sekitar 50 ng fragmen DNA
SAG1 yang diisolasi dari pCR-SAG/mat. hasil penelitian sebelumnya

6. Apa informasi yang diperoleh dari Gambar 1?

Jawaban: terjadi proses kloning pada vektor ekspresi (pGEX-2T) dan transfeksi dalam
E. coli DH5

7. Peneliti melakukan Analisa hasil klon dengan apa?

Jawaban: elektroforesis pada agarose 1%

8. Apa yang bisa Anda sampaikan dari teori yang Anda dapat dengan analisis jurnal dari
menjawab pertanyaan di atas? Apakah memiliki prinsip yang sama? Jelaskan!
 Jawaban: Untuk melakukan sebuah rekombinasi DNA harus didahului melalui sebuah
metode atau teknik yang dinamakan gel elektroforesis, yakni sebuah teknik yang
digunakan untuk memisahkan atau menganalisis makro molekul seperti DNA, RNA,
atau protein berdasarkan berat molekulnya dengan bantuan arus listrik. Prinsip
dasarnya elektroforesis dilakukan untuk mempurifikasi hasil pemotongan DNA
sebelum diligasi, ditransoformasi, dan direkombinasikan dengan DNA lain

Pertanyaan Jurnal 2:
1. Apa tujuan penelitian tersebut?
Jawaban: melakukan rekombinasi gen penyandi β-xilosidase asal Geobacillus
thermoleovorans IT-08 dalam plasmid pHIS1525 yang menghasilkan plasmid
rekombinan (pSMX)

2. Gen apa yang diinsersikan/disisipkan pada penelitian tersebut?

Jawaban: gen penyandi β-xilosidase (xyl gene)

3. Vektor apa yang digunakan untuk menyisipkan gen yang diinginkan pada penelitian
tersebut?
Jawaban: plasmid pHIS1525

4. Enzim restriksi apa yang digunakan dalam rekombinasi gen/rekombinasi DNA pada
penelitian ini?
Jawaban: SacI dan SphI

5. Apakah gen yang disisipkan dipersiapkan terlebih dahulu atau menggunakan yang
sudah ada sebelumnya? Jelaskan!
Jawaban: dipersiapkan terlebih dahulu di mana harus melalui proses amplifikasi gen
dengan metode PCR menggunakan sepasang primer yang didesain dengan
memperhatikan data sekuen gen penyandi asal G. thermoleovorans IT-08 (GenBank
dengan nomor akses DQ345777) dan sekuen sisi restriksi di sekitar multiple cloning
sitei (MCS) dari vektor plasmid pHIS1525. Gen xyl diinsersikan ke dalam plasmid
pHIS1525 melalui MCS, secara langsung downstream sekuen penyandi signal peptide
di antara sisi restriksi SacI dan SphI
 6. Apakah proses atau tahapan untuk pembuatan DNA rekombinan pada jurnal 1 dan
jurnal 2 terdapat perbedaan? Jelaskan!
Jawaban: tidak ada perbedaan. Proses atau tahapan untuk pembuatan DNA
rekombinan pada kedua jurnal tersebut meliputi persiapan vektor, pemotongan ganda
(double digest), rekombinasi (ligasi), dan transformasi

Pertanyaan Jurnal 3:
1. Apa tujuan penelitian tersebut?
Jawaban: mendeteksi dan mengkarakterisasi gen LIPASE pada beberapa galur kapang

2. Sebutkan tahapan yang dilakukan peneliti pada penelitian tersebut!

Jawaban: perancangan primer heterologous dengan menggunakan pendekatan
bioinformatika, isolasi DNA genomik, reaksi PCR, dan sekuensing & analisis BLAST

3. Peneliti melakukan analisis dengan gel elektroforesis di tahap mana saja? Apa tujuan
penggunaan gel elektroforesis di masing-masing tahapan yang kalian sebutkan!
Jawaban: pada tahap akhir proses proses PCR dengan tujuan untuk me-running 5 µL
hasil PCR dengan elektroforesis gel agarosa 1,2%

4. Apa perbedaan tujuan penggunaan PCR pada jurnal 2 dan jurnal 3?

Jawaban: penggunaan PCR pada jurnal 2 bertujuan untuk mengamplifikasi gen
penyandi β-xilosidase (gen xyl) dari pTP510, sedangkan penggunaan PCR pada jurnal
3 bertujuan untuk mengamplifikasi fragmen DNA gen penyandi lipase dari kapang R.
oryzae dan A. corymbifera dengan panjang 466 bp (panjang basa)