LAPORAN PRAKTIKUM

KI3161 Struktur dan Fungsi Biomolekul

MODUL 5

Pengantar Metode Visualisasi

Nama : Ikhsan Ibrahim

NIM : 10518069

Tanggal Percobaan : 22 November 2020

Tanggal Pengumpulan : 27 November 2020

Asisten Praktikum : Ikramah Magfirah

LABORATORIUM BIOKIMIA

PROGRAM STUDI KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG

2020
I. Judul Percobaan
Pengantar Metode Visualisasi

II. Tujuan Percobaan

- Visualisasi protein Myoglobin dengan aplikasi VMD
- Visualisasi enzim Carbonic Anhidrase dengan aplikasi VMD
- menentukan panjang/jarak residu yang membentuk jembatan garam

III. Teori Dasar

Visualisasi adalah salah satu metode yang sering digunakan untuk memperjelas
suatu analisis. Dengan bantuan visualisasi, maka deskripsi suatu analisis akan lebih
mudah dilakukan karena bisa langsung merujuk pada bagian-bagian tertentu dari
gambar visual suatu objek yang dideskripsikan tersebut.
Dalam percobaan ini, bagian pertama adalah ekspolari aplikasi VMD termasuk
pewarnaan, pengantian mode struktur dan setting display yang ditampilkan pada
aplikasi.untuk bagian kedua modul satu ini, lebih banyak membahas mengenai seleksi
moelkul yang ditampilkan dan pengantar bahasa TCL.

IV. Data Pengamatan

IV.1 Praktikum 1
4.1.1.Dimuat file pdb 3e5o.pdb ke layar window OpenGL VMD.
a) Protein : Surf (transparan) dan NewCartoon

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Protein ColorID Yellow Surf
(transparent
Protein Secondary Structure Opaque
(Opaque)
b) Gugus HEM tanpa FE: Licorice

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Resname HEM and not ColorID cyan (opaque) Licorice
(name FE)

c) Atom FE: VDW disesuaikan ukuran jari-jari atom agar nampak tidak terlalu besar

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Name FE ColorID white (opaque) VDW

d) Molekul CMO: VDW

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

resname CMO Name (opaque) VDW
 e) Warna: Surf = putih; NewCartoon = structure; Gugus HEM, FE & CMO: Name.

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

ColorID Yellow
Protein Surf
(transparent
Secondary Structure
Protein Opaque
(Opaque)
Resname HEM and not
ColorID cyan (opaque) Licorice
(name FE)
Name FE ColorID white (opaque) VDW
resname CMO Name (opaque) VDW

4.1.2. Dihapus representasi Surf, kemudian dilakukan metode seleksi untuk mencari asam a
mino yang ikut berperan dalam pembentukkan kompleks dengan ion Fe2+ dan
tampilkan asam amino tersebut dengan tampilan CPK dengan metode pewarnaan
“Name”.

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

 protein within 3 of name Name (opaque) CPK
FE

4.1.3 Dilakukan pula metode seleksi untuk mencari asam-asam amino yang berperan dalam
menstabilkan posisi residu HEM. Untuk melakukan analisis ini, persempit
pencarian dengan hanya menampilkan residu-residu yang dekat dengan gugus
HEM.

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

protein within 3.4 of Resame (opaque) CPK
resname HEM
residu asam aminonya adalah HIS93, HEM156, ILE99, LYS42, HIS97, HIS97, HIS93,
HEM 156, SER92, ARG45, PHE43.

4.1.4 Setelah residu asam amino yang berperan dalam stabilitas dan pembentukkan
kompleks diketahui, gunakan metode seleksi untuk menampilkan hanya residu-
residu tesebut dan gunakan representasi CPK atau licorice. Metode
pewarnaan harus disesuaikan sehingga identitas residu-residu yang
berperan tersebut dengan mudah dapat dibedakan satu sama lain.

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

protein within 3.4 of Resname (opaque) CPK
resname HEM
protein within 3 of name Res ame (opaque) CPK
FE
Keterangan :

warna residu

Biru HIS

Kuning SER

Putih ARG

Ungu PHE

Biru hijau LYS

hijau ILE
4.2. praktikum 2

4.2.1 Buka file 1CA2.pdb (Enzim carbonic anhydrase).

4.2.2 Ditampilkan komponen protein dengan representasi “New Cartoon” dan atom ZN
dengan representasi “VDW”. Gunakan metode pewarnaan “structure” untuk
protein dan “name”untuk atom ZN. Render hasilnya dengan metode
Tachyon dan simpan dalam file NIM_CA2.bmp.

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

protein Secondary Structur New Cartoon
(Opaque)
Name ZN name (opaque) VDW
 4.2.3 Enzim CA2 memiliki ion Zn2+, gunakan metode seleksi untuk mecari asam-asam
amino dan molekul air yang terlibat dalam pembentukkan kompleks. Apa
bentuk kompleks antara CA2 dengan residu-residu tersebut.

Untuk asam amino

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Protein within 3 of name Name (Opaque) VDW
ZN

Untuk air

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Water within 3 of mame Name (opaque) VDW
ZN
 4.2.4 Tampilkan residu-residu hasil penentuan pada no. 3 dengan representasi “Licorice”,
pilih warna yang sesuai. Render hasilnya dengan metode Tachyon dan simpan
dalam file NIM_CA2_activesite.bmp

Untuk asam amino

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Protein within 3 of name Name (Opaque) licorice
ZN

Untuk air

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Water within 3 of mame Name (opaque) licorice
ZN
4.2.5 Gunakan metode seleksi untuk menampilkan asam amino bermuatan negatif dan
positif. (untuk memudahkan pengamatan, pewarnaan protein diubah menjadi
ColorID) positif biru dan negatif merah.

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Disini saya menggunakan Restype (opaque) licorice
selection dengan memilih
tombol “Basic” lalu tekan
“or” dan tekan Acidic.
Maka otomatis kode nya
mucul di bar ini.
protein ColorID : black New Cartoon
(transparent)
 4.2.6 Diskusikan dengan asisten cara-cara yang lebih praktis untuk menemukan residu-
residu yang terlibat dalam pembentukkan jembatan garam dalam molekul
CA2.

Disini saya mempunyai cara sendiri untuk menampilkan asam amino yang terlibat dalam
pembentukan jembatan garam. Yakni dengan memilih opsi di extension>analysis>salt
bridge>find salt>done. Nanti residu yang membentuk jembatan garam ditampilkan dalam
page berikut :

4.2.7 Bila pasangan-pasangan residu yang membentuk jembatan garam telah ditemukan,
tampilkan residu-residu tersebut dengan metode representasi “Licorice” dan
metode pewarnaan “Restype”. Buat representasi “New Cartoon” untuk
protein menjadi transparan sehingga dapat diketahui dengan jelas seluruh
jembatan garam yang terdapat dalam molekul CA2.

Selected Atoms Coloring Methods Drawing Method

Resid 117 119 180 182 75 Restype (opaque) Licorice
89 117 107 71 76 234 172
101 227 69 58
Protein Secondary Structure NewCartoon
(transparent)
V. Pengolahan Data

Tabel 5.1 panjang ikatan antar jembatan garam

Residu Panjang ikatan Å

ASP71-LYS76 3.740747939639819
ASP75-ARG89 3.8843605131133923
ASP101-ARG227 4.524473988862999
ASP180-ARG182 3.42094339315797
GLU69-ARG58 3.7210487119993947
GLU117-HIS107 4.3026164499031445
GLU117-HIS119 4.405402318100666
GLU234-LYS172 3.177219225553953
VI. Pembahasan

Visualisasi protein adalah bidang yang sangat maju dan berkembang di akhir akhir
ini. Dengan mengakarakterisasi protein, kita dapat mengetahui residu – residu asam amino
penyusunnya. Dengan mengetahui residu penyusunnya ini, maka kita dapat mempelajari
interaksi antar molekul apa yang terjadi untuk diaplikasikan dalam suatu perlakuan kimiawi
tertentu. Metode fisika untuk penentuan konformasi protein ada 3, yakni difraksi sinar X,
mikroskop Cryoelektron, dan spektroskipi NMR.
Dalam percobaan ini, dilakukan visualisasi protein, dengan basis pengukuran dengan
sinar x. kita tahu bahwa protein merupakan molekul yang cukup besar dan dapat
menghamburkan sinar X membentuk pola pola difraksi tertentu. Hal ini diinterpretasikan
dalam densitas elektron yang berada dalam molekul protein tertentu. Dengan adanya
densitas elektron – elektron meliputi struktur dari protein ini, maka kita dapat menentukan
struktur 3 dimensi dari protein tertentu. Untuk mendapatkan pola difraksi tertentu, maka
protein harus di kristalkan sehingga molekul tersebut tersusun teratur dapat
menghamburkan sinar x yang diilustrasikan dalam gambar berikut :

Gambar 6.1 difraksi sinar X

Sumber : Skoog, 2016

Sebelum dilakukannya visualisasi protein dengan VMD, maka kita harus mencari protein
yang akan divisualisasikan dalam PDB. PDB merupakan data mengenai koordinat densitas
elektron, serta residu dari protein tertentu yang sudah di kristalkan dan di karakterisasi
dengan XRD. Isi dari PDB sendiri ini, berupa susunan data yang sudah jadi yang siap
diolah sesuai kebutuhan praktikan.

Gambar 6.2 file PDB

Sumber : https://www.rcsb.org
 Angka yang terletak dalam kolom nomor 2 dari sebelah kiri menunjukan nomor atom
yang berada dalam gugus resuidu dari asam – asam amino yang menuyusun protein
tertentu. Sebelah kanan dari kolom nomor itu terdapat label atom. Sebelah kanan dari label
atom adalah nama – nama residu asam amino yang disingkat menjadi 3 huruf, dimana ASN
berarti Asparagin, lalu PHE adalah fenilalanin. Lalu sebelah kanan dari nama residu asam
amino, terdapat data dari nomor urut asam amino tersebut, dalam data diatas berarti residu
Asparagin berada di residu nomor 19.
Untuk memulai visualisasi dari protein myoglobin dipilih file>new molekul, maka akan
tampil struktur tersier dari protein ini dalam Page windows openGl.. di nomor 1 dari
praktikum 1, kita diminta untuk memvisualisasikan protein dengan menggunakan variasi
warna (Coloring Method) dan metode penggambaran (Drawing Method).selain itu di
nomor satu praktikum 1 ini, diminta untuk memvisualisasikan komponen Fe, cincin
porfirin, dan molekul karbon monoksida yang terlibat dalam struktur tersier protein
tersebut. Ambil contoh jika ingin ditampilkan atom Fe, maka dapat ditulis “name Fe” ke
dalam kolom selected atoms dan untuk Drawing Methods nya dipilih VDW. Maka akan
terlihat tampilabn dari struktur 3 dimensi untuk protein beserta molekul Fe dalam
representasi Van Der Waals. Pengerjaan setiap tahap untuk menampilkan komponen Fe,
cincin porfirin, dan molekul karbon monoksida ini di tampilkan dalam bab pengamatan data
bab 4.1.1 . diakhir nomor 1 praktikum 1e, kita diminta untuk menampilkan gambar dengan
spesifikasi lebih spesifik, untuk proteinnya digunakan Drawing Method Surf, Color method
nya ColorID white (transparent) dan NewCartoon untuk menampilkan struktur
sekundernya, untuk gugus HEM, Fe dan karbon monoksida Drawing Methodnya adalah
Name.
Gambar yang ditampilkan dalam bab pengamatan 4.1.1 adalah gambar hasil render
protein setiap tahapnya. Untuk merender dapat dilakukan dengan memilih opsi File>render
lalu pilih Tychoon beserta set tempat / File dimana hasil gambar tersebut berada, dalam
percobaan ini gambar berada dalam format bmp.

Gambar 6.1 gambar hasil render praktikum 1 nomor 1e

Setelah selesai eksplorasi teknik pewarnaan dan teknik penggambaran dalam
nomor 1, kini dinomor selanjutnya (2,3,4) dipelajari lebih banyak mengenai metode seleksi
dan pelabelan. Untuk asam amino yang berperan dalam menstabilkan dengan ion Fe 2+.
Ditampilkan pula residu asam amino tersebut dengan tampilan CPK untuk membedakan
dari residu asam amino yang sebelumnya sudah ada. Dalam bar selected atom ditulis “
protein within 3 of name FE” yang berarti diinginkan representasi asam amino yang
berjarak 3 Å dari molekul Fe. Dengan dilakukannya tahap ini, maka dapat terlihat tampilan
dari asam amino berbentuk bulat yang terletak didekat Fe. Dengan pelabelan didapat bahwa
residu Histidin lah yang berjarak paling dekat dengan molekul Fe.

Gambar 6.2 nama residu yag berjarak dekat dengan molekul Fe.

Setelah itu di nomor 3 diinginkan seleksi untuk mencari residu asam amino yang
berperan dalam penstabilan residu HEM. Maka dalam menampilkan residu ini, dilakukan
pencarian asam amino yang berjarak sangat dekat dengan HEM. Diketikan “protein within
3.4 of resname HEM” untuk menampilkan asam amino berjarak 3,4 Å dari molekul HEM,
dan didapat tampilan dalam bab 4.1.3 . dilakukan pelabelan dengan menekan angka 2 dan
kursor akan berubah menjadi +, lalu klik dua kali untuk reidu yang akan dilabeli (dalam hal
ini, residu yang dekat dengan HEM) dimana residu – residu tersebut adalah HIS93,
HEM156, ILE99, LYS42, HIS97, HIS97, HIS93, HEM 156, SER92, ARG45, PHE43.
Dalam nomor 4 dilakukan seleksi untuk seluruh molekul yang sebelumnya sudah di
representasikan, menyisakan residu asam amino yang berperan dalam kestabilan gugus
HEM saja. Untuk menyeleksi dapat dilakukan dengan cara mengklik rep yang akan
dihilangkan sebanyak 2 kali, maka tulisan di rep tersebut menjadi merah dan rep molekul
tersebut hilang. Selain menyeleksi, di nomor 4 ini dilakukan pewarnaan agar residu tersebut
dapat dibedakan satu sama lain, maka digunakan Coloring method “Resname” dengan ini,
antara satu residu asam amino dengan asam amino lain berbeda warna. Keterangan warna
dari residu yang berbeda tersebut adalah :

Tabel 6.1 keterangan warna dari representasi asam amino

Residu asam amino warna
SER yellow
HIS cyan
ILE green
ARG white
 LYS cyan
PHE purple

Selanjutnya untuk praktikum 2 enzim yang digunakan adalah Carbonic Anhydrase

dengan kode PDB 1CA2. Memasukkan file PDB ini dalam vmd dilakukan sesuai
penjelasan yang sebelumnya yakni dengan memilih file>new molecule>browse lalu klik
file PDB tersebut.. dengan ini maka struktur tersier 3 dimensi protein ditampilkan.
Nomor 2 dari praktikum 2 adalah komponen protein dengan representasi “New Cartoon”
dan atom ZN dengan representasi “VDW”. Maka diketikan “protein” dalam kolom
selected atoms, dan ketik “ name ZN” untuk menampilkan Zn nya. Dalam perintah pula
sudah ditetapkan bahwa pewarnaan untuk protein adalah Structure, dan pewarnaan intuk
atom Zn name.

Gambar 6.3 struktur protein dan atom Zn

Untuk soal nomor 3 dari praktikum 2 mulai digunakan metode seleksi untuk mencari
asam – asam amino dan molekul air yang terlibat dalam pembentukan kompleks. Untuk
menampilkan asam amino maka di tulis dalam kolom selected atoms “protein within 3 of
name ZN” dan untuk menampilkan airnya diketik “water within 3 of name ZN”. Untuk
meninjau geometri dari kompleks yang dihasilkan maka dipilih Drawing method nya
VDW. Sehingga dalam display apat dilihat bahwa kompleks tersebut berbentuk tetrahedral.

Gambar 6.4 bentuk tetrahedral dari kompleks

 Nomor 4 hanya mengubah representasi dari molekul pembentuk kompleks tersebut
menjadi “Licorice”. Lalu gambar yang dihasilkan tersebut di render dengan langkah yang
sama seperti sebelum – sebelumnya. Gambar hasil render :

Gambar 6.5 hasil render praktikum 2 nomor 4

Di nomor 5 ditampilkan asam amino yang bermuatan positif dan negatif. Dalam hal ini
tidak lagi dilakukan pengetikan secara manual perintah yang digunakan dalam visualisasi
dalam kolom Selected Atoms. Tetapi saya menggunakan selection untuk melakukan
penulisan perintah secara otomatis. Dalam page selection dipilih “acidic” untuk
menampilkan residu bersifat asam. Lalu pilih “or” dan dilanjutkan dengan memilih “basic”
untuk memilih residu asam amino yang bersifat basa. Kenapa disini kita memilih untuk
menampilkan residu bersifat asam dan basa ?? karena kita tahu bahwa residu – residu yang
bermuatan positif (dalam pH fisiologis) adalam residu yang bersifat asam contohnya yakni
asam aspartat dan asam glutamat yang muatan positif nya berada di gugus fungsi
karboksilatnya. Sedangkan untuk asam amino yang bersifat negatif dapat dikaitkan dengan
residu yang bersifat basa, contohnya yakni arginin, histidin, dan lisin yang mempunyai
atom N bersifat basa. Untuk melihat gugus positif dan negatif menjadi lebih jelas, maka
komponen selain residu asam basa ini dibuat transparan.
Untuk soal yang terakhir, diminta untuk menampilkan jembatan garam yang terjadi
dalam residu yang terdapat dalam protein Carbic anhidrase ini. Cara untuk menampilkan
asam amino yang saya gunakan sedikit berbeda dengan pengarahan yang sudah
disampaikan. Disini saya menggunakan menu extension>analysis>find salt lalu klik done.
Maka didapati tampilan windows Consolenya menampilkan residu apa saja yang
membentuk jembatan garam antara 1 residu dengan yang lainnya.
 Gambar 6.6 residu yang membentuk jembatan garam

Untuk menentukan panjang ikatannya, dapat dilakukan sesuai dengan pengarahan yang
dijelaskan oleh asisten praktikum. Yakni dengan extension>analysis>find salt. Dalam Find
salt maka didapati page dimana kita dapat menentukan file data panjang ikatannya berada.
Lalu klik done, sehingga didapati data panjang ikatan yang ditampilkan dalam tabel 5.1.
tampilan page untuk mengekspor data dari salt bridge yakni :

Gambar 6.7 page untuk meng-export data jembatan garam

VII. Kesimpulan.

Dalam percobaan modul ini, dilakukan visualisasi sesuai dengan pengarahan secara
bertahap dalam modul berikut soal – soalnya. Hasil visualisasi ditampilkan dalam bab 4
pengamatan data. Untuk panjang/ jarak dari residu – residu penyusun jembatan gara,
ditampilkan dalam pengolahan data tabel 5.1.

VIII. Daftar Pustaka

Berg, J. M., Tymoczko, J., & Stryer, L. (2012). Biochemistry. New York: Kate Ahr
Parker.

Voet, D., & Voet, J. G. (1995). Biochemistry. New York: J. Wiley & Sons.

Tymoczko, Lubert Stryer, and Lubert Stryer. Biochemistry. New York: W.H.
Freeman, 2002. Print.