Nama : Andika Rifqi Rayendra

NIM : 20/462204/PA/20176
Mata Kuliah : Simulasi Molekular

TUGAS
Smith, W.R., and Qi, W., 2018, Molecular Simulation of Chemical Reaction Equilibrium by
Computationally Efficient Free Energy Minimization, ACS Cent Sci., 4, 1185-1193.

1. Model interaksi yang digunakan dalam simulasi

Dalam eksperimen ini, terdapat tiga varian model interaksi yang digunakan,
yakni classical force fields (CFFs), reactive force field (ReaxFF), dan quantum
mechanics (QM). Model interaksi CFFs digunakan dalam algoritma reaction ensemble
Monte Carlo (REMC) untuk menggambarkan lingkungan molekuler. Model ini
mencerminkan gaya-gaya antar molekul dan menghasilkan solusi numerik yang akurat.
Model interaksi ReaxFF digunakan dalam pendekatan reactive force field untuk
memodelkan reaksi kimia, yang mencakup pembentukan dan pemutusan ikatan kimia.
Model ini juga mempertimbangkan interaksi van der Waals dan Coulomb, serta mampu
memodelkan dinamika reaksi kimia. Model interaksi QM digunakan dalam simulasi
atom-atom sistem dan analisis struktur atomiknya. Model ini didasarkan pada analisis
kluster empiris dari struktur atomik yang setara dengan kriteria identifikasi molekuler.
2. Metode simulasi yang digunakan
Dalam penelitian ini, metode simulasi yang digunakan adalah reaction ensemble
Monte Carlo (REMC). Metode ini merupakan algoritma yang digunakan untuk
menghitung kesetimbangan reaksi kimia dalam sistem molekuler. REMC
menggabungkan pendekatan termodinamika makroskopik dengan simulasi molekuler
untuk menghitung potensial kimia residual dari setiap spesies dalam sistem. Metode ini
telah digunakan dalam berbagai penelitian untuk memodelkan kesetimbangan reaksi
kimia dalam sistem yang kompleks
3. Bagaimana peneliti membandingkan hasil simulasi dengan data eksperimen
sehingga diketahui kualitas dari simulasi molekul yang dilakukan
Untuk membandingkan hasil simulasi dengan data eksperimen dan
mengevaluasi kualitas dari simulasi molekul yang dilakukan, peneliti dapat
mengaplikasikan beberapa metode dan kriteria sebagai berikut:
 1. Perbandingan dengan Data Eksperimen: Peneliti dapat membandingkan hasil
simulasi dengan data eksperimen yang relevan. Contohnya, jika tujuan simulasi adalah
untuk memprediksi struktur molekul, maka peneliti dapat membandingkan struktur
yang diperoleh dari simulasi dengan struktur yang telah diukur secara eksperimental
menggunakan teknik seperti spektroskopi atau difraksi sinar-X. Perbandingan ini dapat
dilakukan dengan menghitung RMSD (Root Mean Square Deviation) atau metrik
lainnya yang mengukur perbedaan antara struktur hasil simulasi dan eksperimen.
2. Validasi Terhadap Data Terpublikasi: Peneliti dapat memvalidasi hasil simulasi
dengan data yang telah dipublikasikan dan telah divalidasi secara eksperimental.
Contohnya, jika simulasi bertujuan untuk memprediksi sifat fisikokimia suatu senyawa,
peneliti dapat membandingkan hasil simulasi dengan data yang telah diukur
eksperimental seperti titik didih, tekanan uap, atau konstanta kesetimbangan reaksi
yang tersedia dalam literatur. Perbandingan ini dapat dilakukan dengan menghitung
perbedaan absolut atau relatif antara hasil simulasi dan data terpublikasi.
3. Validasi Silang (Cross-Validation): Peneliti dapat memvalidasi hasil simulasi dengan
menggunakan data eksperimen yang tidak digunakan dalam tahap pengembangan
model atau parameter simulasi. Sebagai contoh, jika simulasi menggunakan suatu
model interaksi tertentu, peneliti dapat membandingkan hasil simulasi dengan data
eksperimen yang tidak digunakan dalam pengembangan model tersebut. Kesesuaian
hasil simulasi dengan data eksperimen yang independen ini dapat menunjukkan kualitas
yang baik dari model interaksi yang digunakan.

4. Jika Anda diminta untuk meneruskan penelitian tersebut, sebutkan topik apa
yang akan Anda pilih
Apabila saya ingin melanjutkan penelitian tersebut, topik yang akan saya pilih
adalah pengembangan model interaksi molekuler yang lebih akurat dan efisien. Saya
akan fokus pada pengembangan model interaksi ReaxFF yang dapat memodelkan
reaksi kimia dengan lebih baik dan lebih cepat. Selain itu, saya juga akan mencoba
mengintegrasikan model interaksi ReaxFF dengan metode simulasi lainnya, seperti
metode Monte Carlo atau metode dinamika molekuler, untuk memperoleh hasil yang
lebih akurat dan realistis.