NAMA : Rakha Rizki Ady P

NIM : 2250071034

Soal latihan 3

1. Salah satu metode kimia komputasi yang digunakan untuk menentukan energi dari
suatu senyawa adalah MM (mekanika molekul). Persamaan mekanika molekul
dinyatakan sebagai berikut :

E = ∑_ikatan▒k_b(r−r_0)^2 + ∑▒sudut k_θ(θ−θ_0)^2 + ∑▒torsi A (1+cos⁡(nτ−Φ)^

a. Jelaskan makna masing-masing suku dalam persamaan di atas sehingga dapat

dijelaskan parameter-parameter kontribusi setiap komponen penentu besaran
energi
b. Jelaskan kekuatan dan kelemahan metode mekanika molekul dalam penentuan
sifat senyawa

2. Kestabilan bentuk kursi dan bentuk perahu senyawa sikloheksana dapat ditentukan
dengan menentukan struktur yang paling stabil dari bentuk-bentuk tersebut. Dari
perhitungan medan gaya AMBER dihasilkan data energi struktur berikut :

Konformasi Energi single point (kkal/mol) Energi teroptimasi (kkal/mol)

Kursi 3,6094 3,1102

Perahu 14,3245 11,4719

a. Mengapa energi terhitung hasil optimasi selalu lebih rendah dari energi single
point ? Jelaskan apa yang terjadi pada proses optimasi
b. Struktur mana yang lebih stabil dari dua bentuk sikloheksana tersebut.
Gambarkan strukturnya.

3. Prediksi struktur DNA protein banyak memanfaatkan metode MM dalam melakukan

perhitungan kimia komputasi. Mengapa? Jika berinteraksi dengan protein berupa
spesies bermuatan, apakah penggunaan MM masih dapat menghasilkan data
interaksi yang teliti ?

4. Docking molecular suatu obat dengan reseptor juga seringkali menggunakan

metode MM, mengapa tidak ab initio atau semi empiris ?. Bagaimana pendekatan
QM/MM dalam menganalisis interaksi antar molekul, seperti halnya pada obat dan
reseptor?
Jawaban:

1 A. Penjelasan tentang Persamaan Mekanika Molekul:

∑_𝑖𝑘𝑎𝑡𝑎𝑛▒〖𝑘_𝑏 (〖𝑟−𝑟_0)〗^2 〗: Ini adalah suku yang menggambarkan ikatan

kovalen antara atom-atom dalam molekul. Di sini, 𝑟 adalah panjang ikatan aktual
antara atom (𝑟) dan 𝑟_0 adalah panjang ikatan referensi. 𝑘_𝑏 adalah konstanta gaya
ikatan yang mengukur kekuatan ikatan.

∑▒〖𝑠𝑢𝑑𝑢𝑡 𝑘_θ (〖θ−θ_0)〗^2 〗: Suku ini menggambarkan sudut ikatan antara

ikatan kimia dalam molekul. θ adalah sudut ikatan aktual dan θ_0 adalah sudut
referensi. 𝑘_θ adalah konstanta sudut yang mengukur kekakuan sudut ikatan.

∑▒〖𝑡𝑜𝑟𝑠𝑖 𝐴 (1+cos⁡(𝑛τ〖−𝛷)〗^ 〗: Ini adalah suku yang menggambarkan torsi di

sekitar ikatan tunggal dalam molekul. 𝜏 adalah torsi aktual, 𝜏 adalah sudut torsi
referensi, 𝐴 adalah konstanta torsi, 𝑛 adalah bilangan torsi, dan 𝛷 adalah fase torsi.

B. Kekuatan dan Kelemahan Metode Mekanika Molekul:

Kekuatan Metode Mekanika Molekul:

Kecepatan Komputasi: Metode mekanika molekul lebih cepat daripada metode

mekanika kuantum yang lebih akurat. Ini memungkinkan untuk memodelkan molekul
yang lebih besar atau melakukan simulasi dinamika molekuler dalam skala waktu
yang wajar.
Pemahaman Ikatan: Metode ini memberikan pemahaman yang cukup baik tentang
struktur ikatan dan energi dalam molekul organik, yang berguna dalam merancang
senyawa dan memprediksi sifat kimia mereka.
Kelemahan Metode Mekanika Molekul:

Kurang Akurat: Metode mekanika molekul kurang akurat daripada metode mekanika
kuantum yang lebih rumit. Ini tidak cocok untuk meramalkan sifat yang sangat tepat
atau efek yang sangat halus dalam molekul.
Parameter Empiris: Metode ini sering memerlukan parameter empiris (seperti 𝑘_𝑏, 𝑘_θ,
𝐴, 𝑛, 𝛷) yang harus diterapkan pada setiap molekul secara terpisah. Penggunaan
parameter ini dapat membatasi keakuratan.

Jadi, metode mekanika molekul cocok untuk perhitungan yang cepat dan kasar
tentang molekul besar, tetapi harus digunakan dengan hati-hati karena keterbatasan
dalam akurasi
2. A. Mengapa energi terhitung hasil optimasi selalu lebih rendah dari energi single
point?
Energi terhitung hasil optimasi lebih rendah daripada energi single point karena dalam
proses optimasi, program komputer berusaha menemukan struktur molekuler yang
paling stabil dengan cara menggeser atom-atom dalam molekul untuk mencapai
posisi yang memiliki energi minimum. Ini melibatkan pencarian iteratif yang
menghitung energi pada berbagai posisi atom dan memperbarui posisi atom untuk
mencapai energi minimum.
Sementara itu, energi single point adalah perhitungan energi yang dilakukan pada
posisi atom yang diberikan tanpa penyesuaian lebih lanjut. Ini seperti "foto" cepat dari
struktur molekuler pada suatu titik tertentu. Karena tidak ada penyesuaian dalam
energi single point, energi ini sering kali lebih tinggi daripada energi terhitung hasil
optimasi, di mana struktur telah disesuaikan untuk mencapai konformasi paling stabil.

B. Proses Optimasi dan Struktur yang Lebih Stabil:

Proses optimasi dalam konteks ini mengacu pada upaya mencari konformasi
sikloheksana yang memiliki energi terendah. Selama optimasi, program komputer
mengubah posisi atom-atom dalam molekul untuk mencapai minimum energi
potensial.
Untuk menentukan struktur yang lebih stabil, kita dapat membandingkan energi
teroptimasi dari bentuk kursi dan perahu sikloheksana:
Energi teroptimasi kursi = 3.1102 kkal/mol
Energi teroptimasi perahu = 11.4719 kkal/mol
Energi teroptimasi kursi lebih rendah daripada energi teroptimasi perahu, sehingga
bentuk kursi sikloheksana lebih stabil dari kedua bentuk tersebut. Bentuk kursi
sikloheksana memiliki tatanama yang menghindari tumpang tindih elektron yang
menghasilkan konformasi yang lebih stabil secara energetik.
Namun, perlu diingat bahwa energi terhitung dalam kimia komputasi bersifat teoretis,
dan perbedaan kecil dalam metode perhitungan atau parameter dapat memengaruhi
hasilnya. Jadi, hasil ini harus diinterpretasikan dengan hati-hati dalam konteks

3. Metode MM (Mekanika Molekul) sering digunakan dalam perhitungan kimia

komputasi untuk memprediksi struktur interaksi antara DNA dan protein karena
metode ini cukup cepat dan dapat memberikan wawasan yang bermanfaat tentang
interaksi molekuler di dalam sistem biologis. Berikut alasan mengapa MM sering
digunakan:

Efisiensi Komputasi: Metode MM lebih cepat daripada metode mekanika kuantum

yang lebih akurat. Karena interaksi antara DNA dan protein biasanya melibatkan
sistem yang besar dan kompleks, metode MM memungkinkan untuk memodelkan
interaksi ini dalam skala yang lebih besar dan dalam waktu yang wajar.

Studi Konformasi dan Dinamika: Metode MM dapat digunakan untuk memahami

konformasi molekuler dan dinamika kompleks DNA-protein. Ini membantu dalam
memahami bagaimana protein berinteraksi dengan DNA dan bagaimana struktur ini
dapat berubah seiring waktu.
Namun, penting untuk diingat bahwa metode MM memiliki keterbatasan dalam
menggambarkan interaksi berbasis muatan secara akurat. Jika DNA atau protein
berinteraksi dengan spesies bermuatan, seperti ion logam atau ion lainnya, metode
MM mungkin tidak memberikan hasil yang sangat akurat. Hal ini karena metode MM
biasanya menggunakan potensial gaya yang sederhana yang tidak
mempertimbangkan perhitungan muatan yang sangat tepat seperti yang dilakukan
oleh metode mekanika kuantum.
Untuk interaksi yang melibatkan spesies bermuatan, metode yang lebih canggih
seperti perhitungan mekanika kuantum atau dinamika molekuler dengan perhitungan
muatan yang tepat mungkin diperlukan untuk mendapatkan data interaksi yang lebih
teliti. Dalam situasi seperti itu, metode MM dapat digunakan sebagai langkah awal
untuk mendapatkan pemahaman kasar tentang interaksi sebelum melakukan
perhitungan yang lebih canggih.