ACC Nilai

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK

PENGGUNAAN SOFTWARE KIMIA
DALAM PENGGAMBARAN STRUKTUR MOLEKUL
Tujuan : Mempelajari dan mengaplikasikan pengetahuan dan ketrampilan menggambar struktur
molekul senyawa kimia menggunakan software Chemsketch.

Pendahuluan :
Menggambar struktur molekul atau senyawa merupakan hal yang dilakukakan untuk
mengetahui bagaimana atom-atom saling terikat dalam molekul. Menurut Kurniadewi, dkk. (2015),
ChemSketch merupakan perangkat lunak tanpa bayar (freeware) untuk menggambarkan struktur
molekul, termasuk struktur molekul organik, senyawa organologam, polimer, dan struktur
Markush. Tidak hanya dalam bentuk 2 dimensi, ChemSketch juga dapat mengubah struktur
tersebut menjadi struktur 3 dimensi, sehingga molekul lebih terlihat seperti sebenarnya. Aplikasi
ini juga menyediakan beberapa fitur penting:
a. Kalkulasi sifat fisik dan kimia (massa molekul, kerapatan, kereaktifan, pKa),
b. Optimaisi struktur 2D dan 3D,
c. Penamaan struktur dengan sistem tatanama IUPAC bagi molekul yang paling banyak
tersusun atas 50 atom dan 3 cincin,
d. Menggambarkan reaksi dan mekanisme reaksi,
e. Menghitung stoikiometri reaksi,
f. Prediksi log P (untuk studi farmakologi),
g. Gambar struktur yang telah dibuat melalui ChemSketch dapat diintegrasikan dengan
perangkat lunak lain, seperti Microsoft Word dan Microsoft PowerPoint, ataupun
diunggah ke website, blog, maupun formulir online yang memerlukan pengunggahan
gambar struktur.
Gambar struktur molekul yang telah dibuat pada ChemSketch dapat disimpan dalam format
ChemSketch Documents (*.sk2), Molfiles (*.mol), ChemDraw (*.cdx), Adobe document (*.pdf),
dan beberapa format data grafik (*.bmp, *.gif, *.tif, *.png). Untuk fitur yang lebih beragam,
ACD/Labs menyediakan pula versi berbayar dari ChemSketch. Fasilitas yang diperoleh dengan
aplikasi berbayar adalah:
a. ACD/Dictionary: fasilitas pustaka molekul yang dapat digunakan untuk menyimpan
 ataupun memanggil data nama dan struktur molekul yang telah diketahui.
b. ACD/3D Viewer: fasilitas penggambaran struktur 3D dari molekul
c. ACS/ChemBasic: fasilitas pemrograman kimia dan perhitungan komputasi
d. Technical support: fasilitas bantuan secara online jika pengguna mengalami kesulitan
dalam pengoperasian program
Berikut tampilan ChemSketch pada layar komputer saat mengeporasikan aplikasi:

Gambar 1. Tampilan aplikasi ChemSketch pada layar komputer

Sumber : Kurniadewi dkk. (2015)
ChemSketch mempunyai mode operasi yaitu Structure dan Draw. Mode operasi Structure hanya
digunakan untuk menggambar rumus struktur dua dimensi dan tiga dimensi suatu molekul atau
senyawa. Mode operasi Draw tidak hanya menggambar rumus struktur molekul tetapi dapat
ditambahkan beberapa teks pendek (biasanya untuk memberi nama suatu molekul), simbol,
gambar dan lain sebagainya (Martoprawiro,2009).
Ikon yang dimiliki banyak ditemukan saat menjalankan program ChemSketch, dan sangat
penting agar mengetahui masing-masing fungsi dari ikon tersebut. Pertama pastikan bahwa
komputer telah menginstal program ChemSketch yaitu dengan membuka Start menu kemudian
ketikkan ChemSketch di kolom pencarian. Klik pada gambar ChemSketch, kemudian muncul
tampilan program ChemSketch. Klik OK ketika muncul dialog pembuka dan Tip Of The Day.
Klik NO jika muncul dialog untuk mengubah format penyimpanan dalam komputer.
Penggambaran rumus struktur senyawa kimia dapat dilakukan setelahnya, pastikan bahwa
mode Structure yang digunakan untuk menggambar (ACD/ChemSketch Tutorial, 2008).
Ikon merupakan ikon normal yang digunakan dalam ChemSketch. Ikon dapat menggambar
struktur kimia hidrokarbon dengan ikatan tunggal, rangkap dua dan rangkap tiga dengan dua
dimensi. Klikkan pada worksheet kosong maka akan muncul molekul CH4, klik pada molekul
tersebut jika ingin menambahkan gugus alkil. Klik ikatan jika ingin menjadikannya menjadi
rangkap dua maupun rangkap tiga. Posisi ikatan dapat diatur dengan ikon . Untuk menghapus
atom atau molekul gunakan ikon . Klik CTRL + Z untuk membatalkan input. Untuk mengganti
input sesuai atom yang diinginkan, klik pada kolom sebelah kiri. Ada banyak pilihan atom yang
dapat digunakan seperti O, N, H, F, Na, P,S, Cl, K dan masih banyak lain. Terdapat pilihan gugus
lain yang dapat dipilih sesuai kebutuhan di kolom vertikal sebelah kanan, seperti gugus hidroksil,
gugus propil, karboksil, amina, alkil, ada pula struktur siklik untuk cincin berantai 5, 6 dan
aromatik benzena (ACD/ChemSketch Tutorial, 2008).

Gambar 2. Ikatan rangkap pada cincin

Sumber : Kurniadewi, dkk. (2015)

Penyimpanan struktur bisa dalam berbagai format. Caranya klik tombol menu File di pojok
kiri atas, kemudian beri nama dan klik Save. Untuk dapat menyimpan dalam format lain klik
Save As Type setelah memberi nama. Kita juga dapat membuat polimer dengan bantuan ikon .
Ketikkan jumlah polimer (index) yang akan digunakan. Terdapat banyak atom yang tersedia di
dalam ChemSketch. Jika ingin menggantinya dengan unsur yang diinginkan, buka Periodic Table
yang tersedia didalam ChemSketch. Ikon Periodic Table ada disebelah kiri deretan vertikal, ikon
nomer tiga diatas ikon C. Struktur dua dimensi yang digambar dapat dijadikan struktur tiga
dimensi dengan memanfaatkan 3d Viewer. Caranya klik menu ACD/Labs di deretan menu di
bagian atas. Pilih 1 3D Viewer (Freeware). Program 3D viewer akan muncul dengan latar
belakang berwarna hitam. Untuk menyisipkan struktur senyawa yang digambar, kembali ke 1-
ChemSketch di bagian bawah ujung sebelah kiri. Salin molekul dengan mengklik 2-Copy to 3D
di bagian bawah ujung kiri. Struktur senyawa akan muncul dalam 3D Viewer namun masih dalam
bentuk dua dimensi. Tampilan struktur tersebut dapat diubah dengan memilih ikon yang
diinginkan disebelah atas, ada wire,stick, ball-and-stick, space-fill dan cloud. Lakukan pula
optimasi geometri dengan perintah menu Tools, pilih 3D Optimization. Menu Tools bertujuan
untuk memunculkan atom-atom Hidrogen yang terikat. Sisipkan pula awan elektron dengan
mengklik ikon disebelah pilihan bentuk strukturnya. Struktur tiga dimensi dapat pula diputar-
putar dengan menggerakkan kursor. Mengganti background layar gunakan menu Options, pilih
Colors, kemudian ganti dengan warna yang kita inginkan (Martoprawiro, 2008).
Program yang berhubungan dengan kimia dapat menggunakan ChemSketch. Terdapat
beberapa pilihan yang dapat dilakukan, salah satunya adalah menyisipkan peralatan gelas yang
biasa digunakan dalam praktikum kimia. Pertama ubah mode dari Structure menjadi Draw. Pilih
menu Template di bagian atas (deretan menu), pilih Template Window, pilih Lab kit. Pilih
peralatan gelas yang diinginkan. Reaksi kimia juga dapat digambar dengan menggunakan
mode Draw. Caranya sama hanya menambahkan anak panah untuk melambangkan bahwa reaksi
tersebut reaksi searah, bolak-balik, atau resonansi (ACD/ChemSketch Tutorial, 2008).
ChemSketch juga dapat melakukan penyisipan struktur ke dalam Microsoft Word. Pertama
buka Microsoft Word kemudian ketikkan beberapa kalimat pengantar yang berhubungan dengan
gambar. Kembali ke program 3D Viewer, putar molekul agar tampilannya sesuai dengan yang
diinginkan. Pilih menu Edit, pilih Copy, lalu Pate di Microsoft Word (Martoprawiro/2008).

Prinsip Kerja :
Prinsip kerja dari aplikasi chemsketch adalah membuat dan menggambar struktur molekul kimia
dengan menggunakan manual Chemsketch dalam bentuk 2D atau 3D. Sebelum menggambar
menggunakan ChemSketch, harus diketahui dulu molekul apa yang dibuat dan bagaimana bentuk
strukturnya.

Alat :
Laptop atau PC, dan aplikasi ACD Chemsketch.

Prosedur Kerja :
Prosedur pertama adalah menghidupkan laptop atau PC, kedua membuka Software ACD
Chemsketch, dan kemudian menggambar struktur senyawa kimia.
Waktu yang Dibutuhkan :
No. Kegiatan Waktu
1. Persiapan praktikum dan menyalakan laptop 5 menit
2. Penginstalan aplikasi dan membuka aplikasi 5 menit
4. Mengoperasikan aplikasi 70 menit
Total 85 menit

Hasil :
No Nama Struktur Kekule Struktur 3-D (Ball and Stick)

1. Propana

2. Butanol

3. Propanon
4. Asam asetat

5. Butanal

Metil
6.
metanoat

2-butan
7.
amina

8. 2-klorofenol
 Nitrobenzen
9.
a

10. Naftalena

Pembahasan :
Percobaan kali ini tentang penggunaan aplikasi kimia yaitu Chemsketch. Chemsketch
adalah software yang digunakan untuk menggambar struktur molekul kimia dalam bentuk dua
dimensi dan tiga dimensi. Penggunaan Software chemsketch sangat mudah dan sederhana, yaitu
hanya dengan menekan menu-menu yang tersedia untuk menggambar struktur yang diinginkan.
Aplikasi chemsketch dapat menggambar bentuk molekul dalam bentuk dua dimensi dan tiga
dimensi sesuai keinginan misalkan molekul CH4. Program ChemSketch dapat dijalankan melalui
icon di desktop komputer ataupun start menu. Senyawa organik yang digambarkan pada
praktikum ini mulai dari menggambar struktur yang sederhana hingga menggambar propana,
butana, propanon, asam asetat, butanal, metil metanoat, 2-butanamina, 2-kloroferol, nitrobenzena
dan Naftalena. Penggambaran struktur sederhana pada gambar 1a dapat digambarkan melalu
tools yang tersedia pada lembar kerja chemsketch melalui tools icon ini . Penggambaran rantai
karbon yang panjang sesuai gambar yang diinginkan dapat menggunakan tools Draw Chains.
Penggambaran cabang tinggal menambahkan CH3 dengan Draw Normal yang diletakan pada
atom C yang akan diberi cabang. Hal yang dilakukan pertama kali adalah membuat struktur atom,
misal propana.
Molekul tersebut dapat digambar dengan cara mengklik tombol Draw Chain pada tool yang
tersedia, danmengklik “C”pada bagian kiri lembar kerja, kemudian ditarik hingga membentuk
rantai seperti pada gambar. Mengganti rumus yang diinginkan juga dapat dilakukan dengan cara
memilih dengan menekan tombol “Atom Chemical Properties”, kemudian ketik rumus yang
diinginkan. Pemberian nama molekul dapat dilakukan dengan Tools>Generate>Name for
Structure atau ikon pada bagian atas kanan editor atau menggunakan Ctrl+Shift+I. nama dari
suatu senyawa tersebut akan muncul dibawah struktur molekul. Penmabahan cabang juga dapat
dilakukan dengan cara meng-klik tombol Carbon atau pada bagian samping editor jika ingin
menambahkan atom karbon atau sesuai dengan yang diinginkan. Kursor diletakkan pada sudut
yang akan diberi cabang kemudian tarik ke atas atau ke bawah untuk menambah rantai karbon
sesuai keinginan. Penambahan atom pada cabang juga memiliki bannyak jenis pilihan seperti
oksigen, hidrogen, dan yang lain. Chemsketch juga memiliki fitur yang menmpilkan bentuk 3D
dari struktur molekul tersebut. Cara penampilan 3D yaitu dengan membuat struktur molekul
kemudian diblok. Tekan tombol 3D viewer maka secara langsung akan muncul tampilan 3D dari
suatu struktur molekul.
Penggambaran senyawa yang pertama yaitu propana. Propana merupakan senyawa yang
berbentuk cair dan tidak berwarna. Propana merupakan senyawa turunan alkana yaitu keton yang
paling sederhana. Propana adalah senyawa alkana tiga karbon dengan rumus kimia 𝐶3 𝐻8 .
Propana memiliki rantai karbon sebnyak 3. Penggambaran propana seperti biasa menggunakan
Draw Chains lalu membuat rantai karbonnya. Sesuai dengan rumus kimia dari propana.
Penggambaran yang kedua yaitu butanol. Butanol merupakan senyawa turunan alkana yang
merupakan gabungan dari turunan alkana dengan alkohol. Penggambarannya seperti biasa
menggunakan Draw Chains dengan rantai karbon sebnayak 4. Rantai karbon tersebut diberi
gugus fungsi alkohol yaitu OH, maka secara otomatis penggambaran butanol terbentuk.
Penggambaran keiga yaitu senyawa propanon. Senyawa propanon merupakan senyawa
turunan alkana dengan alkanon, dimana propanon memiliki rantai karbon sebnyak 3. Propanon
salah satu rantai karbonnya membentuk ikatan rangkap dengan O. Penggambaran dilakukan
menggunakan Draw Chains dengan memberikan ikatan rangkap O antara rantai C dengan
mengikat O.
Penggambaran keempat yaitu asam asetat. Penggambaran asam astat dilkukan dengan
menggunakan gugus fungsi asam alkanoat yang tersedia disebelah kanan lebar kerja lalu
dipasangkan gugus alkilnya yaitu toolnya pada kiri lembar kerja yaitu C. penggabaran asam
asetat dilakukan hal yang berbeda karena langsung menggunakan gugus fungsinya.
Penggambaran kelima yaitu Butanal. Butanal merupakan senyawa yang diturunkan dari
senyawa turunan alkanal. Penggambaran butanal dilakukan menggunakan Draw Chains
menggunakan rantai karbon sebanyak 4. Pada karbon yang terakhir dilakukan dengan merangkap
O dengan cara klik tool C pada kanan lemba kerja, lalu klik pada rantai yang akan diubah
menjadi O dengan rantai yang berangkap 2.
Penggambaran keenam yaitu metil metanoat. Metil metanoat merupakan senyawa turunan
dari alkana dan alkanoat. Penggambarannya dilakukan menggunakan Draw Chains.
Penggambaran metil metanoat dengan 1 cabang karbo, satu cabang O, dan satu cabang O dengan
rangkap 2. Pengambaran metil metanoat tetpa menggunaan gugus fungsi yang ada di sebelah kiri
lembar kerja.
Penggambaran yang ketujuh yaitu 2-butanamina. 2-butanamina merupakan senyawa yang
terdri dari turnanan alkil amina. Gugus fungsi yang digunakan adalah NH. Penggambaran 2-
butanamina menggunakan rantai karbon 4 dengan rantai yang kedua berikatan rangkap dengan
NH. Penggambaran 2-butanamina juga menggunakan draw Chains.
Penggambaran yang kedelapan yaitu 2-klorofenol. Penggambaran ini menggunakan
benzene dengan penambahan unsur Cl dan senyawa alkanol. Penggambaran ini dilakukan
menggunakan icon yang ada di sebelah kanan lembar kerja dengan senyawa Cl beradapada rantai
ke-2.
Penggambaran kesembilan yaitu Nitrobenzena. Nitrobenzena merupakan senyawa dari
turunan benzen dengan penambahan unsur N. unsur N didapant dari icon yang ada di sebelaah
kiri lembar kerja. Nitrogen berikatan pada turunan benzen yang icon benzen berada di sebelah
kanan lembar kerja.
Penggambaran kesepuluh yaitu Naftalena. Naftalena merupakan senyawa dai turunan
benzen. Penggambaran naftalena menggunakan icon senyawa disebelah kanan lembar kerja.
Struktur dua dimensi yang digambar dapat dijadikan struktur tiga dimensi dengan memanfaatkan
3d Viewer. Caranya klik menu ACD/Labs di deretan menu di bagian atas. Pilih 1 3D Viewer
(Freeware). Program 3D viewer akan muncul dengan latar belakang berwarna hitam. Untuk
menyisipkan struktur senyawa yang digambar, kembali ke 1-ChemSketch di bagian bawah ujung
sebelah kiri. Salin molekul dengan mengklik 2-Copy to 3D di bagian bawah ujung kiri. Struktur
senyawa akan muncul dalam 3D Viewer namun masih dalam bentuk dua dimensi. Tampilan
struktur tersebut dapat diubah dengan memilih ikon yang diinginkan disebelah atas,
ada wire,stick, ball-and-stick, space-fill dan cloud. Lakukan pula optimasi geometri dengan
perintah menu Tools, pilih 3D Optimization. Menu Tools bertujuan untuk memunculkan atom-
atom Hidrogen yang terikat. Sisipkan pula awan elektron dengan mengklik ikon disebelah pilihan
bentuk strukturnya. Struktur tiga dimensi dapat pula diputar-putar dengan menggerakkan kursor.
Mengganti background layar gunakan menu Options, pilih Colors, kemudian ganti dengan warna
yang kita inginkan.
Ikon merupakan ikon normal yang digunakan dalam ChemSketch. Ikon dapat
menggambar struktur kimia hidrokarbon dengan ikatan tunggal, rangkap dua dan rangkap tiga
dengan dua dimensi. Klikkan pada worksheet kosong maka akan muncul molekul CH4, klik pada
molekul tersebut jika ingin menambahkan gugus alkil. Klik ikatan jika ingin menjadikannya
menjadi rangkap dua maupun rangkap tiga. Posisi ikatan dapat diatur dengan ikon . Untuk
menghapus atom atau molekul gunakan ikon . Klik CTRL + Z untuk membatalkan input. Untuk
mengganti input sesuai atom yang diinginkan, klik pada kolom sebelah kiri. Ada banyak pilihan
atom yang dapat digunakan seperti O, N, H, F, Na, P,S, Cl, K dan masih banyak lain. Terdapat
pilihan gugus lain yang dapat dipilih sesuai kebutuhan di kolom vertikal sebelah kanan, seperti
gugus hidroksil, gugus propil, karboksil, amina, alkil, ada pula struktur siklik untuk cincin
berantai 5, 6 dan aromatik benzena. Penyisipan struktur ke dalam Microsoft Word, pertama buka
Microsoft Word kemudian ketikkan beberapa kalimat pengantar yang berhubungan dengan
gambar. Kembali ke program 3D Viewer, putar molekul agar tampilannya sesuai dengan yang
diinginkan. Pilih menu Edit, pilih Copy, lalu Pate di Microsoft Word. Penggambaran struktur
suatu senyawa sangat mudah dilakukan menggunakan Chemsketch.

Kesimpulan :
Chemsketch adalah software yang digunakan untuk menggambar struktur molekul senyawa
kimia dalam bentuk dua dimensi atau tiga dimensi. Penggunaan Chemsketh sangat membenatu
dalam pebelajaran. Penggambaran suatu struktur senyawa dilakukan dengan menjalankan ikon
yang ada digunakan sesuai dengan unsur-unsur yang akan dilakukan pengikatan.

Saran :
Sebelum melakukan praktikum, sebaiknya mengnstal aplikasi terlebih dahulu dan
mempelajarinya agar saat melakukan praktikum sangat mudah dan berjalan denga sangat lancar.

Referensi :
ACD/labs. 2017.www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/. Diakses pada 10 September
2018.
Kadir dan Triwahyuni. 2003. Pengenalan Teknologi Informasi. Yogyakarta: ANDI
Kurniadewi, dkk. 2015. Penggunaan Software Chemsketch untuk Pembelajaran Kimia. Jakarta:
Universitas Negeri Jakarta.
Tim Penyusun. 2018. Petunjuk Praktikum Kimia Organik. Jember: Univesitas Jember.
Martoprawiro, Muhammad. 2008. Chemsketch: Membuat Molekul di Windows. (www.e-
learning.unej.ac.id). Diakses pada 10 September 2018.

Nama Praktikan :
Nama : Nahdiatul Ummah
NIM : 171810301061
Kelompok : A 5
Asisten : Pungky Vidya Jayanti