ACC Nilai

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK

PENGGUNAAN SOFTWERE KIMIA DALAM PENGGAMBARAN
STRUKTUR MOLEKUL
Tujuan Percobaan : Mempelajari dan mengaplikasikan pengetahuan dan keterampilan
menggambar struktur molekul senyawa kimia menggunakan softwere CheSketch.
Pendahuluan
Kimia Organik adalah salah satu bidang kimia yang membahas tentang senyawa yang berasal
dari benda hidup sehingga munculah istilah organik. Kimia oerganik dapat didefinisikan sebagai
senyawa organik, tapi definisi ini tidak terlalu tepat karena beberapa senyawa karbon dinggap
sebagai senyawa anorganik. Senyawa karbon yang termasuk dalam senyawa anorganik yaitu seperti
karbon dioksida, natrium karbonat, dan kalium sianida. Definisi kimia organik adalah senyawa
krabon masih diterima karena senyawa organik umumnya mengandung karbon
(Fessenden & Fessenden, 1997).
Karbon yaitu suatu unsur yang selalu ada dalam senyawa organik. Unsur karbon ini dapat
terikat secara kovalen dengan atom karbon dan unsur-unsur lain. Unsur karbon ini begitu istimewa
karena ikatannya menghasilkan beragam senyawa dan jumlahnya hampir tak terhingga. Senyawa-
senyawa ini bervariasi, mulai dari metana (CH 4), komponen utama dari gas alam dan gas rawa,
sampaike asam nukleat yang rumit (Fessenden & Fessenden, 1997).
Dasar dari kimia organik adalah ikatan kovalen. Aspek mengenai struktur dan ikatan akan
dibahas pertama kali sebelum nomenklatur, dan reaksi kimia dibahas secara terinci. Struktur dari
senyawa akan sangat penting untuk mempelajari kimia organik selanjutnya. Kimia senyawa organik
umumnya unsur-unsur penyusunnya hampir sama, dengan begitu sangat membantu jika kita tahu
tentang strukturnya. Perbedaan struktur pada kimia organik akan sangat mempengaruhi cara
senyawa tersebut berperilaku dan caranya bereaksi (Pine dkk, 1998).
Perbedaan struktur dengan rumus molekul sama disebut isomer. Isomer memiliki unsur-unsur
yang jumlah penyusunnya sama namun dengan penempatan struktur yang berbeda. Isomer dibahas
dalam bab stereokimia. Stereokimia adalah studi mengenai molekul-molekul dalam ruang tiga
dimensi, yakni bagaimana atom-atom dalam sebuah molekul ditata dalam satu ruangan satu relatif
terhadap yang lain. Isomer geometris, konformasi molekul, dan kiralitas molekul merupakan
stereokimia. Struktur yang berbeda mengakibatkan perbedaan sifat fisik dan sifat kimia dari suatu
senyawa (Respati, 1986).
Model molekul pada mulanya diajarkan dengan menggunakan model tiga dimensional yaitu
dengan menggunakan alat peraga yang berbentuk bola-bola dari bahan plastik atau kayu.
Perkembangan teknologi komputer pada saat ini baik dari segi perangkat keras maupun perangkat
lunak memungkinkan untuk pemodelan molekul dengan menggunakan komputer. Perangkat lunak
yang tersedia di pasaran saat ini dapat digunakan untuk keperluaan visualisasi model molekul.
Penggambaran struktur molekul senyawa kimia organik dapat dengan mudah dibuat dengan
menggunakan aplikasi ACDChemSketch. ACD ChemSketch ini merupakan aplikasi penggambaran
yang dapat membuat struktur kimia dari berbagai senyawa, termasuk senyawa kimia organik,
organometalik, polimer dan struktur Markush. Aplikasi ini tidak hanya menyajikan gambar dalam
bentuk dua-dimensi namun juga dapat menyajikan gambar dalam bentuk tiga-dimensi, dan struktur
dalam bentuk tiga-dimensi ini dapat digerakkan sehingga akan lebih terlihat seperti sebenarnya dan
mudah untuk dipahami bagaimana struktur molekulnya. Struktur molekul yang dibuat di
ChemSketch dapat disimpan dalam berbagai format seperti *.mol dan *.s3d
(ACD/ChemSketch, 2017).
ChemSketch digunakan untuk program yang berhubungan dengan kimia. Ada banyak pilihan
yang dapat dilakukan, salah satunya adalah menyisipkan peralatan gelas yang biasa digunakan
dalam praktikum kimia. Pertama ubah mode dari Structure menjadi Draw. Pilih menu Template di
bagian atas (deretan menu), pilih Template Window, pilih Lab kit. Pilih peralatan gelas yang
diinginkan. Reaksi kimia juga dapat digambar dengan menggunakan mode Draw. Caranya sama
hanya menambahkan anak panah untuk melambangkan bahwa reaksi tersebut reaksi bolak-balik,
searah, atau resonansi (ACD/ChemSketch Tutorial, 2008).
Struktur dalam ChemSketch juga dapat disisipkan dalam microsoft word. Pertama buka
microsoft word kemudian ketikkan beberapa kalimat pengantar yang berhubungan dengan gambar.
Viewer kembali lagi keprogram 3D, putar molekul agar tampilannya sesuai dengan yang diinginkan.
Winsows yang tersedia dipilih menu Edit, pilih Copy, kemudian Paste di microsoft word
(Martoprawiro, 2008).
ACD ChemSketch memiliki banyak sekali ikon-ikon, jadi sebelum menggunakan harus tau
terlebih dahulu makna dan fungsi dari ikon-ikon tersebut. Aplikasi ini saat dibuka biasanya akan
langsung berupa mode ikon untuk membuat rantai karbon, jadi saat di klik di blank page akan
otomatis muncul rumus kimia metana, dan jika metana tersebut di klik lagi, akan muncul struktur
molekul etana dan begitu seterusnya, jadi untuk menambahkan gugus alkil klik lagi molekul
tersebut. Ikatan rangkap dapat dibuat dengan mengklik ikatan pada molekul. Gugus lain selain alkil
juga bisa ditambahkan dengan mengganti mode ikon ke unsur lain yang tersedia di sebelah kanan
dan kiri workpage secara vertikal (Tahir, 2003).
Menggambar bentuk molekul dalam bentuk 3D (misalkan molekul CH 4) dapat dilakukan
rotasi. Rotasi ini memberikan gambaran yang utuh, dapat dilakukan dengan cara berikut yaitu yang
pertama buka aplikasi Chemsketch yang telah terinstal lalu klik Atom C pada Mode Structure yang
ada di tool kiri dan klik sekali pada area kerja, hingga menghasilkan rumus molekul CH 4. Add
explicite hydrogen dari menu Tools untuk membuat bentangan rumus struktur, seleksi rumus
struktur. Klik menu Tools dan pilih Strucutre Properties maka akan muncul menu pop up, lalu pada
tab common beri centang All Show Carbons Optimisasi, kemudian untuk struktur 3D dengan cara
klik menu Tools kemudian klik 3D structure optimization, jika ada pilihan (klik yes untuk
menghilangkan atom H saat optimisasi 3D-nya), setelah itu buka 3D Viewer Acd Lab dari Start
menu, untuk mengopy Cemsketch dari 2D ke 3d dengan cara kembali ke Chemsketch 2D. Gerak
rotasi berfungsi untuk menunjukkan berbagai properties bentuk molekul seperti panjang ikatan dan
sudut yang dibentuk oleh 3 buah atom dengan ChemSketch ini (Martoprawiro, 2008).
Struktur molekul di ChemSketch dapat juga disisipkan/disalin pada worksheet microsoft word.
Penyalinan ini dilakukan dengan cara mengklik menu edit, lalu pilih copy, kemudian paste di
Microsoft Word. Fungsi ini sangat berguna untuk menyertakan gambar molekul yang diinginkan
dalam tugas/paper (Martoprawiro, 2008).
Prinsp Kerja :
Prinsip kerja dari percobaan kali ini adalah menggunakan aplikasi komputer ACD ChemSketch
untuk menggambar struktur molekul yang telah kita ketahui struktur senyawanya.
Alat :
Laptop atau PC, dan aplikasi ACDChemSketch.
Bahan :
-
Prosedur Kerja :
Instal aplikasi ACD Chemsktech pada PC atau laptop. Buka aplikasi ACD Chemsketch yang sudah
diinstal dengan meng-klik dua kali pada shortcut aplikasi yang ada di desktop. Operasikan
ChemSketch secara manual untuk membuat struktur sesuai dengan topik percobaan.
Waktu yang dibutuhkan

No. Pukul Perlakuan Waktu

1. 11.30 – 11.40 Persiapan 10 menit
2. 11.45 – 12.15 Pengenalan ChemSketch 30 menit
3. 12.20 – 13.20 Penggambaran struktur molekul 60 menit
sesuai dengan tabel percobaan pada
aplikasi ChemSketch
4. 13.25 – 13.45 Pemindahan gambar struktur di 20 menit
ChemSketch ke Microsoft Word
Total 120 menit

Hasil
Hasil dari praktikum kali ini tentang chemsketch sebagai berikut:
Nama Struktur Struktur 3 Dimensi
Propana

Butanol

Propanon

Asamasetat

Butanal
Metilmetanoat

2- butanamina

2-klorofenol

Nitrobenzena

Naftalena
Hasil
Aplikasi Chemsketch adalah aplikasi yang digunakan untuk menggambar struktur molekul
seperti pada tabel hasil diatas.

Aplikasi Chemsketchsaat pertama kali dibuka akan berada pada mode Structure, mode ini juga
dapat diubah ke mode Draw. Penggambaran struktur molekul dilakukan menggunakan ikon-ikon
yang berada di sebelah kiri layar kerja seperti unsur Cl, H, C, dan lain-lain yang dapat dipilih untuk
membuat rantai karbon atau penggambaran molekul lainnya. ACD ChemSketch memiliki banyak
sekali ikon-ikon, jadi sebelum menggunakan harus tau terlebih dahulu makna dan fungsi dari ikon-
ikon tersebut. Aplikasi ini saat dibuka biasanya akan langsung berupa mode ikon untuk membuat
rantai karbon, jadi saat di klik di blank page akan otomatis muncul rumus kimia metana, dan jika
metana tersebut di klik lagi, akan muncul struktur molekul etana dan begitu seterusnya, jadi untuk
menambahkan gugus alkil klik lagi molekul tersebut. Ikon Draw Chains disebelah atas layar kerja
berfungsi untuk menggambar rantai karbon secara langsung (tidak satu-satu). Ikatan rangkap dapat
dibuat dengan mengklik ikatan pada molekul. Gugus selain metana dapat ditambahkan dengan cara
mngeklik pilihan unsur yang terdapat pada menu kiri dan kanan menu chemsketch. Pada layar
sebelah kanan juga sudah terdapat template untuk molekul atau ion-ion khusus seperti benzena,
siklopentana, dan lain-lain, jadi tidak perlu lagi membuat struktur satu-satu namun bisa langsung
menggunakan template ini. Pada deret ini juga ada Table of Radical yang juga berfungsi sama
seperti template senyawa-senyawa seperti asam amino, karbon siklik dan lain-lain. Chemsketch ini
dapat menggambar struktur dengan berbagai bentu ada yang seperti gunung lembah dan ada juga
yang berbentuk horizontal, penggambaran senyawa ini menu yang bisa dipilih yaitu bagian atas dari
menu chemsketch ini. Unsur yang digambar disini dalam bentu 2D juga dapat diubah ke bentuk 3D,
menu yang digunakan yaitu pada bagian atas pada chemsketch.
Struktur yang telah dibentuk dapat secara otomatis diberi nama dengan cara mengklik menu
tools yang berada di paling atas layar kerja (worksheet) lalu klik generate>name forstrusture
sebaris dengan mode Structure dan Draw. Struktur molekul juga dapat dinamai secara otomatis
dengan cepat yaitu menekan ctrl+shift+I. Nama dari struktur molekul tersebut muncul dalam bahasa
inggris dan aplikasi ini sangat berguna dalam penggambaran senyawa molekul yang rumit.
Gambar struktur yang dibuat dapat ditampilkan menjadi struktur tiga dimensi dengan
memanfaatkan 3d Viewer, caranya klik menu ACD/Labs di deretan menu di bagian atas. Pilih 3D
Viewer dan program 3D viewer akan muncul dengan latar belakang berwarna hitam. Struktur
senyawa akan muncul dalam 3D Viewer namun masih dalam bentuk dua dimensi bukan tiga-
dimensi. Tampilan struktur tersebut dapat diubah dengan memilih ikon yang diinginkan disebelah
atas, ada wire,stick, ball-and-stick, space-fill dan cloud. Contoh dari gambar 3D ball-and-stick
dapat dilihat pada tabel hasil. Optimasi geometri dapat dilakukan dengan perintah menu Tools, pilih
3D Optimization. Menu ini bertujuan untuk memunculkan atom-atom Hidrogen yang terikat. Awan
elektron dapat juga disisipkan dengan mengklik ikon disebelah pilihan bentuk strukturnya. Struktur
tiga dimensi dapat pula diputar-putar dengan menggerakkan kursor. Background layar dapat diganti
dengan menggunakan menu Options, pilih Colors.
Struktur 3D dari molekul memilki bentuk bola-bola yang warnanya bervariasi. Perbedaan
warna yang terjadi pada penggambaran senyawa ini menunujukkan senyawa yang digambar
berikatan dengan atom yang berbeda-beda. Struktur nitrobenzena misalnya, senyawa ini pada saat
digambar pada bentuk 3D menghasilkan warna yang berbeda. Warna biru untuk unsur N +, warna
merah untuk unsur O, dan warna biru muda untuk unsur benzena. Struktur tertentu kadang juga
memiliki perbedaan ukuran bola-bola, misalnya saja pada struktur 2-klorofenol, terdapat bola hijau
yang ukurannya lebih besar dibanding bola lain. Bola hijau tersebut menunjukkan unsur Cl yang
memang memilki ukuran yang lebih besar dibanding karbon dan oksigen. Struktur 2D atau 3D yang
telah digambar juga dapat dipindah atau disalin ke lembar kerja lain misalnya Microsoft Word.
Penyalinan ini dilakukan dengan cara mengklik menu edit, lalu pilih copy, kemudian paste di
Microsoft Word. Fungsi ini sangat berguna untuk menyertakan gambar molekul yang diinginkan
dalam tugas/paper. Cara lain untuk menyalin atau menyisipkan gambara struktur adalah dengan
memilih struktur yang diinginkan lalu klik Ctrl+C untuk menyalin dan Ctrl+P untuk menempelkan
ke lembar kerja yang diinginkan.
Cara penggambaran propana yaitu dengan mengeklik tombol model penulisan yang
diinginkan disebelah atas menu chemsketch. Tekan di lembar yang sudah disediakan ditengan lalu
ditarik sampai jumlah rantainya ada 3. Propana ini merupakan senyawa ikatan tunggal dan tidak
bercabang. Propana ini jumlah c nya yaitu ada 3.
Butanol dibuat dengan menambahkan OH di belakang rantai, caranya sama dengan
penggambaran prpana tapi hanya ditambah OH. Penambahan OH disetiap rantai memiliki nama
yang berbeda, contohnya apabila saya menambahkan OH di akhir rantai namanya menjadi butanol,
tapi jika saya menambahkan OH di rantai kedua maka namanya menjadi 2-buatnol. Penggambaran
OH ini daoat memilih unsur H pada bagaian menu sebelah kiri. Tekan unsur tersebut lalu tekan lagi
di unsur yang mau dirubah.
Propanon merupakan salah satu dari keton. Propanon ini terdapat unsur C sebanyak 3 dan
ditengahnya nanti ditambah dengan O yang berikatan rangkap dan ikatannya pada atom C. Atom C
yang memiliki elektron valensi 4 habis berpasangan. Pengammabaran asam asetat yaitu
ditambahkan unsur OOH pada akhir rantai. Unsur OOH ii dapat dipilih pada bagaian menu sebelah
kanan. Menu itu langsung di klik lalu diklik pada bagian windows yang putih jadinya lngsung
terbentuk. Chemsketch ini digunakan untuk menggambar senyawa yang rumit. Alat peraga yag
biasa dibuat untuk membentuk senyawa molekul seara 3D tidak bisa sedetail yang di hasilkan oleh
chemsketch. Alat peraga yang dugankan pastinya akan sulit untuk digabung-gabungkan karena
banyaknya unsur yang berikatan.
1. Isopropyl 2-propenoat
H3C
O CH3
O
H2C
propan-2-yl prop-2-enoate

2. Karotenoid

CH3 H3C H3C

CH3 CH3
CH3 CH3
CH3 CH3
CH3
 3. Terpenoid
OH
OH

HO O

OH
O

Kesimpulan
Aplikasi cemsketch ini dapat dibuat untuk menggambar senyawa molekul kimia 2D maupun
3D. Gambar yang berbentuk 3D ini memudahkan melihat besar kecilnya unsur yang berikatan.
Menu-menu yang terdapat pada chemsketch terdapat unsur-unsur yang akan digunakan seperti atom
C, O, H, Cl, dan lain-lain, ada juga senyawa-senyawa seperti NO2. Chemsketch ini juga
memberikan nama pada senyawa dengan menekan ctrl+shift+i.
Referensi
ACD/ChemSketch. 2017. Tutorial Drawing Chemical Structures And Graphical Images. [Serial
Online] http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html. Diakses pada 11 September 2018.
Fessenden, R. J. & Fessenden, J.S., 1997. Kimia Organik, edisi kelima jilid I. (Pudjaatmaka,
A.H., penerjamah). Jakarta: Erlangga.
Martoprawiro. 2008. ChemSketch: Membuat Molekul di Windows. Jember: Universitas Jember.
Pine, S. H., Hendrikson, J. B., Cram, D. J., Hammond, G. S. 1998. Kimia Organik, edisi IV.
(Roeyati, J., Sasanti, W.P., Penerjemah). Bandung: ITB.
Respati. 1986. Pengantar Kimia Organik .Jakarta: Aksara Baru.
Tahir, Iqmal. 2003. Pemanfaatan Software KimiaKomputasi Untuk Pembelajran Ilmu Kimia
Tingkat Menengah Melalui Visualisasi Model Molekul. Yogyakarta: Universitas Gadjah
Mada.
Saran
Aplikasi Chemsketch yang digunakan harus resmi dari blog resmi ACDlab, agar aplikasi yang
digunakan tidak mengalami masalah seperti tidak bisa diberi nama, atau tidak bisa ditampilkan
dalam bentuk 3D per struktur molekul.

Nama Praktikan : Selma Ajeng Wulandari

NIM : 171810301069
Kelompok :4
Nama Asisten : Chanifah Dwi Happy P.