Paraf Asisten

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK

Judul

: Penggunaan Software Kimia Dalam Penggambarn Struktur

Molekul

Tujuan Percobaan

: Mempelajari dan mengaplikasikan pengetahuan dan ketrampilan

menggambar struktur molekul senyawa kimia menggunakan software
Chemsketch.

Pendahuluan
Jaman modern ini merupakan era dimana terjadinya kemajuan teknologi didunia.
Kemajuan teknologi tersebut terjadi diberbagai bidang yaitu elektronik,kedokteran, pertanian,
sains dan lain-lain. Kemajuan tersebut juga juga berpengaruh terhadap ilmu kimia baik
peralatannya yang canggih maupun software yang sangat membantu dalam kaitannya untuk
menggambarkan struktur molekul. Software kimia diciptakan untuk mempermudah dalam
mempelajari ilmu kimia. Chemsketch merupakan salah satu bentuk software kimia yang sangat
bermanfaat bagi pelajar yang menekuni ilmu kimia karena pada dasarnya metode pembelajaran
secara langsung atau praktek akan lebih mudah dipahami daripada penjelasan dengan
lisan(Rizka, 2015)..
Model molekul pada mulanya diajarkan dengan menggunakan model tiga dimensional
yaitu dengan menggunakan alat peraga yang berbentuk bola-bola dari bahan plastik atau kayu.
Perkembangan teknologi komputer pada saat ini baik dari segi hardware maupun software yang
memungkinkan untuk pemodelan molekul dengan menggunakan komputer. Software yang
tersedia saat ini dapat digunakan untuk keperluan visualisasi model molekul (Tahir,2003).
Fasilitas komputer yang ada dapat dimanfaatkan sebagai alternatif untuk keperluan
praktek pembelajaran ilmu kimia. Contonya adalah pembahasan tentang ukuran atom dan
periodesitasnya, bentuk geometri dari struktur molekul, stereokimia dan lain-lain. Struktur
molekul tersebut dapat divisualisasikan dengan chemsketch. Pengenalan dan pemahaman
penggunaan software ini diperlukan untuk meningkatkan pemahaman terhadap struktur molekul
(Tahir, 2003)
Chemsketch

merupakan

software

yang

digunakan

untuk

menggambarkandan

memodelkan struktur molekul. Software chemsketch dapat menggambarkan struktur molekul

dalam bentuk 2D atau 3D. Chemsketch ini sangat mudah digunakan hanya dengan klik dan drag
tool-tool yang tersedia untuk menggambar struktur yang diinginkan. Program tersebut juga

menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat, asam nukleat, DNA/RNA, peralatan
laboratorium berupa gelas, orbital, steroid, terpen dan lain-lain yang tersimpan dalam menu
template. Software ini juga menyediakan penggambaran kurva dan grafik. Chemsketch
dikeluarkan oleh ACD/Labs.com yang dapat diunduh secara gratis (Anonim,2014).
Fitur-fitur yang terdapat dalam chemsketch diantaranya :

Membentuk dan melihat struktur dalam 2D (2 dimensi) atau membuat bentuk 3D agar

dapat dilihat dari berbagai sudut.

Menggambar reaksi dan menghitung kuantitas reaktan.
Menghasilkan struktur dari InChI
Menghasilkan nama sistematik (IUPAC) untuk berbagai molekul hingga 50 atom dan 3

cincin (siklis)
Memprediksi log P untuk struktur individu.
Chemsketch menyediakan lebih dari 165 ribu struktur dengan nama sistematik dan
trivial.
(Anonim, 2014).
Keuntungan

yang

didapat

dengan

menggunakan

chemsketch

adalah

dapat

memvisualisasikan struktur kimia dalam bidang 2 dimensi (2D) atau 3 dimensi (3D) dengan
harapan dapat memperoleh pengetahuan lebih mengenai konfigurasi ruang dan hubungan antara
sifat-sifat molekul. chemsketch juga dapat mengecek bentuk tautomer lain dari struktur yang
telah dibuat. Bentuk tautomer sangat penting untuk pencarian struktur, prediksi pKa dan sifat
psikokimia, serta interpetasi atau penerjemahan (NMR, MS dan data analitik lainnya) (Rizka,
2015).
Software ACD / Labs dapat membantu dalam pengajaran konsep kimia untuk SMA,
sarjana, dan mahasiswa pascasarjana kimia. Siswa ataupun mahasiswa juga mendapatkan
manfaat menggunakan ACD/chemsketch pada saat belajar, untuk dapat dijadikan pengalaman
pada saat berada di dunia kerja. Prinsip kerja software chemsktech digunakan yaitu untuk
mempermudah pembuatan gambar struktur molekul senyawa-senyawa yang cukup rumit
sehingga akan memerlukan perangkat lunak (software) yang dapat membuat gambar struktur
molekul

yang

diinginkan,

dan

dapat

dikerjakan

dengan

menggunakan

bantuan

komputer/laptop(Anonim,2014).
Cara menjalankan software chemsketch serupa dengan menjalankan program-program
lain pada komputer, akan tetapi terlebih dahulu harus menginstall software chemsketch. Cara
memulai program chemsketch yang telah terinstall yaitu dari menu windows kemudian klik start,
klik program, pilih ACDLABS 11.0 dan kemudian pilih chemsketch dan software akan
terbuka(Martoprawiryo, 2008).

Prinsip Kerja
Software chemsktech digunakan untuk mempermudah penggambaran struktur molekul
senyawa-senyawa yang cukup rumit sehingga adanya (software) yang dapat membuat gambar
struktur molekul yang diinginkan, dan dapat dikerjakan dengan menggunakan bantuan
komputer/laptop.
Alat
Laptop atau PC, dan aplikasi ACD ChemSketch.
Prosedur Kerja
Prosedur kerja yang dilakukan yaitu menyalakan laptop, menginstall chemsketch yang
telah didownload, setelah selesai menginstall dan tersimpan software chemsketch dibuka dan
mulai menggambar struktur molekul.
Waktu yang dibutuhkan
No

Kegiatan

.
1.
2.
3.

Persiapan Praktikan
Pengenalan icon dasar software Chemsketch

4.

Waktu yang dibutuhkan

15 menit
15 menit
Praktek pembuatan struktur molekul dengan software 90 menit
Chemsketch yang terdiri dari: penggambaran struktur
sederhana, penggambaran struktur yang lebih
kompleks, pemberian muatan, stereodescriftor, dan
membuat ikatan terkoordinasi
Memperbaiki dan mengumpulkan hasil praktikum
30 menit

Hasil
No
1.

Judul
Menggambar

Gambar Struktur Molekul

CH3

H3C
3

struktur

Step-step
-buat rantai induk 9
-beri cabang no.2

CH3

sederhana

-beri kurung siku dan indeks yg

sesuai
metilethylpoly (1methylhexane1,6diyl)

(CH 2)3Ph
F

C no.1 dan C no.10 diganti

F
CH3

(4,11-difluorododecyl)benzene

Buat rantai induk 10 dengan

atom F
Tambah subtituen CH3 pada

Menjadi

H2C

pada C no.9
Tarik garis dari subtituen

CH3 ke C induk no.9

Klik icon clean structure

Buat induk sikloheksana dan

siklopentana
Tambahkan subtituen CH3
pada setiap cabang sesuai

1,3,7-trimethyl-2,6dimethylidene-2,3,6,7tetrahydro-1H-purine

Menggambar
Struktur
yang
lebih kompleks

N
CH3

2.

C no.2
Tambah subtituen (CH2)3Ph

(CH 2)3Ph

1,3-difluoro-1-(3phenylpropyl)cyclononane
CH2
CH

H3C

gambar
Tambah ikatan rangkap pada

cabang tetentu sesuai gambar

Ganti atom C induk dengan
atom N sesuai gambar

HO
O

Buat induk sikloheksana dan

siklopentana sesuai gambar

Tambahkan subtituen CH3

OH

HO

O
O

pada setiap cabang sesuai

OH
OH

O
O

OH

gambar
Ganti subtituen CH3 tetsebut

dengan OH
Beri ikatan rangkap pada
cabang OH sesuai gambar

3.

Memberi

H3C

NH2

Muatan

CH3

sehingga menjadi cabang O

Buat induk butana
Ganti C no.2 dengan atom N
Beri muatan positif

Buat rantai induk pentana

Beri cabang Cl pada atom

no.4 dan cabang CH3 no.2

Ikatan rangkap pada C no.2
Hapus CH3 no.1
Ganti ikatan pada cabang Cl

N-methylethanaminium

4.

Stereodescriftor

S CH3

CH3

Cl

(2Z,4S)-4-chloropent-2-ene

dengan ikatan yang menjauhi

bidang datar

Beri

sifat

stereodescriptornya
5.

Membuat ikatan
terkoordinasi

O
O

CH3

Li
O

CH3

{1,1'-(oxy-O)bis[2-(methoxyO)ethane]}(phenyl)lithium

Atau dengan cara lain

CH3
O

Li

Buat induk yang terdiri dari

2 siklopentana
Beri cabang benzena dan

CH3 sesuai gambar

Ganti atom C dengan atom O

dan Li sesuai gambar

Ganti ikatan dengan panah
koordinasi

Atau dengan cara lain

-

Buat induk nonana

Ganti atom C dengan atom O

pada C2,C5,dan C8
Gambar benzena

subtituen Li
Gabungkan

sehingga

CH3

dengan
keduanya

sama

dengan

molekul sebelumnya

Menjadi
O
O

Li
O

6.

CH3

CH3

{1-(methoxy-O)-2-[2-(methoxyO)ethoxy-O]ethane}
(phenyl)lithium
H3C
CH3

Ikatan
dan
H3C
Muatan
terdelokalisasi

Buat

sikloheksana
Beri cabang

CH3 sesuai

gambar
Beri
tanda

delokalisasi

CH3

CH3

7.

Markush Bond

CH3

Br

rantai

induk

elektronnya

Buat rantai induk Benzena

Beri cabang CH3 sesuai

gambar
Beri tanda markush bond
dan ganti CH3 dengan Br

8.

Menggambar
Peptida
Siklik
Tyr-Ala-Trp

HO
O
NH

terdiri dari Tyrosin, alanin

NH

O
H3C

N
H

Buat rantai induk yang

dan triptofan
Ketiganya digabungkan

N
H

Pembahasan Hasil
Percobaan pertama praktikum kimia organik yaitu penggunaan software kimia dalam
penggambaran struktur molekul yaitu dengan menggunakan software chemsketch. ChemSketch
dapat digunakan untuk menggambarkan dan memodelkan struktur molekul. ACD Chemsketch
merupakan salah satu aplikasi kimia yang tersedia free sebagai Software yang sifatnya open
source. Program tersebut berguna untuk penggambaran rumus kimia dan pemanfaatan grafik dari
ACD/Lab yang dibuat untuk menggambarkan struktur molekul, reaksi, dan diagram dengan
mudah dan cepat. Selain itu dapat digunakan juga untuk menghitung rumus kimia serta dapat
menggambarkan struktur molekul dalam bentuk 2D atau 3D. Website untuk mendownload versi
free nya yaitu http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html. Program ChemSketch yang telah
terinstall langsung dapat digunakan dengan klik start pada menu windows, klik program, pilih
ChemSketch maka jendela program ChemSketch akan terbuka. Penggambaran struktur molekul
dalam bentuk rantai terbuka maupun cincin dapat dilakukan dengan mudah, demikian juga rantai
ikatan tunggal, rangkap dua maupun rangkap tiga(Tim Penyusun,2016).

Struktur molekul yang pertama digambar yaitu struktur molekul sederhana yang
terdiri

dari

molekul

yang

berbeda.

Molekul

sederhana

yang

pertama

yaitu

metilet h ylpoly(1met h yl h exane1,6diyl) , prosedurnya dengan menggambar

rantai induk nonana dengan klik icon

2 dengan cara mengklik dulu icon

, dibagian atas, diberi cabang metil pada atom C nomor

dan diberi kurung siku dengan mengklik

dan diberi

indeks yg sesuai. Jika ingin mengubah nilai indeksnya yaitu dengan mengubah nilainya pada
kotak dialog

dan mengklik apply. Struktur molekul yang kedua yaitu (4,11-

difluorododecyl)benzene dengan cara menggambar rantai induk dekana seperti yang langkah
yang telah dilakukan sebelumnya, memberi cabang metil pada atom C nomor 2 dan cabang
fenilpropil pada atom C nomor 9. Cara untuk mengubah cabang menjadi fenilpropil yaitu dengan
mengklik icon

pada left tool. Atom C nomor 1 dan 10 lalu diganti dengan atom F dengan

mengklik icon

. Selanjutnya agar menjadi 1,3-difluoro-1-(3-phenylpropyl)cyclononane maka

ditarik garis dari atom C nomor 9 ke atom C pada subtituen metil nomor 2 dengan sebelumnya
mengklik
digambar

. Kemudian agar menjadi siklik klik icon clean structure

selanjutnya

yaitu

. Molekul yang

1,3,7-trimethyl-2,6-dimethylidene-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purine

dengan cara yang pertama membuat induk sikloheksana

dan siklopentana

yang terdapat

di right tool lalu ditambahkan subtituen metil pada setiap cabang sesuai gambar, menambah
ikatan rangkap pada cabang tetentu sesuai gambar dengan cara mengaktifkan dulu icon
lalu mengklik pada ikatan yang diinginkan menjadi rangkap, lalu mengganti atom C dengan N
dengan mengklik icon

Kegiatan selanjutnya yaitu menggambar menggambar struktur yang lebih kompleks

seperti gambar yang terlihat pada tabel nomor 2. Caranya yaitu pertama membuat 2 sikloheksana
dan dan 2 siklopentana dengan cara yang sama seperti sebelumnya, lalu ditambahkan subtituen
metil pada setiap cabang sesuai gambar dengan cara yang sama seperti sebelumnya. Selanjutnya
mengganti subtituen metil tersebut dengan OH dengan mengklik

pada atom C di CH3,

kemudian diberi ikatan rangkap pada cabang OH dengan mengklik pada ikatannya. Jika
molekul-molekul sebelumnya dapat dinamai dengan memanfaatkan aplikasi chemsketch dengan
cara menekan tombol Ctrl+Shift+I , molekul ini tidak bisa dinamai dengan chemsketch karena
sangat kompleks dan didalamnya terdapat lebih dari 50 atom-atom.

Kegiatan

berikutnya

yaitu

memberi

muatan

suatu

senyawa

yaitu

N-

methylethanaminium. Caranya yang pertama yaitu menggambar rantai induk butana dengan cara
yang sama seperti sebelumnya lalu mengganti atom C nomor 2 dengan atom N dengan cara yang
sama seperti sebelumnya. Kemudian untuk memberi muatan dengan cara mengklik icon

pada left tool

dan meletakkannya pada atom N.

Kegiatan selanjutnya yaitu menggambar struktur molekul (2Z,4S)-4-chloropent-2-ene.

Caranya yang pertama yaitu membuat rantai induk pentana, diberi cabang Cl pada atom C nomor 4
dengan mengklik

dan membuat cabang metil juga pada atom C nomor 2. Kemudian beri ikatan

rangkap pada atom C nomor 2, lalu metil pada C nomor 1 dihapus. Ikatan pada cabang Cl diganti dengan
tanda ikatan yang menjauhi bidang datar dengan mengklik
stereodescriptornya dengan cara memblok molekul dengan mengklik

, lalu untuk memunculkan

lalu pilih menu Tools,

pilih generate dan pilih stereodescriftor, maka akan muncul tanda stereodescriptornya yang mana
Z berarti Cis dan S berarti molekul tersebut kiral dengan perputaran berlawanan arah jarum jam.
Kegiatan selanjutnya yaitu menggambar molekul {1,1'-(oxy-O)bis[2-(methoxyO)ethane]}(phenyl)lithium Yang memiliki ikatan terkoordinasi. Caranya yang pertama yaitu
dengan membuat induk yang terdiri dari 2 siklopentana, memberi cabang benzena diantara 2
siklopentana tersebut dan meletakkan subtituen dimetil pada atom C siklopentana disampingsamping subtituen benzena. Beberapa Atom C pada siklopentana diganti dengan O sesuai
gambar. Atom C yang diikat benzena diganti dengan atom Li dengan mengklik

pada left

tool. Ikatan antara atom O dan Li diganti dengan ikatan yang menunjukkan panah koordinasi
yaitu dengan mengklik

. Panah tersebut menunjukkan adanya ikatan koordinasi yang

terbentuk antara atom O dan logam Li. Struktur molekul ini juga dapat digambar dengan cara
yang berbeda yaitu pertama dengan menggabar dulu rantai induk nonana, lalu mengganti atom C
pada C nomor 2,C nomor 5,dan C nomor 8 dengan atom O. Kemudian menggambar benzena
dengan subtituen Li. Selanjutnya panah koordinasi ditarik dari atom-atom O pada rantai induk
kearah Li pada benzena. Untuk menjadikan siklik dengan mengklik clean structure pada tool
atas.
Kegiatan selanjutnya yaitu menggambar struktur molekul dengan muatan
terdelokalisasi. Cara yaitu yang pertama membuat siklohesana dan diberi cabang-cabang metil
sesuai gambar. Langkah selanjutnya untuk memberi tanda muatan terdelokalisasi dengan
memblok pada struktur yang mengalami delokalisasi yaitu dengan mengklik

, lalu mengklik

icon

untuk membuat muatan terdelokalisasi.

Kegiatan berikutnya yaitu menggambar struktur yang memiliki markush bond.

Caranya yaitu pertama membuat rantai induk benzena, lalu diberi cabang metil dan diblok pada
bagian yang akan ditandai sebagai markush bond dengan cara mengklik
subtituen molekul, lalu klik

tanpa mengenai

dan pilih markush bond with shadow maka akan muncul

subtituen metil baru. Subtituen tersebut diganti dengan Br. Hal tersebut menandakan atom Br
sebagai gugus pendorong bisa berada pada posisi okto, meta maupun para.
Molekul yang digambar selanjutnya yaitu Peptida Siklik Tyr-Ala-Trp. Prosedurnya
yaitu cari tyrosin dari icon
alanin dari tool

di right tool lalu dibalik dengan mengklik

, kemudian cari

dan diikatkan pada NH tyrosin, lalu cari triptofan dari tool

ke NH2 alanin, kemudian ditarik garis NH ke CH3 lalu klik clean structure

dan ikatkan

, blok dan klik flip

to bottom
Kesimpulan
Chemsketch merupakan software kimia yang bersifat open source dan dapat dengan
mudah digunakan untuk menggambarkan struktur molekul, baik berupa 2D maupun 3D serta
dapat juga menggambarkan sifat struktur molekul tersebut misalnya delokalisasi elektron atau
stereodescriptor. Selain itu Chemsketch juga dapat digunakan untuk penamaan beberapa struktur
molekul.
Referensi
Anonim. 2014. Perangkat Lunak Software Pemodelan Molekul : ACD/ChemSketch [serial
online]

http://nabiungkangkung.blogspot.com/2013/04/perangkat-lunak-pemodelan-

molekul.html [1 Februari 2016].

Fitriani, Rizka.2014. Laporan Praktikum Penggunaan Software Kimia Dalam Penggambarn
Struktur Molekul.http://scribd.com[1 Februari 2016]
Martoprawiro, Muhamad. 2008. Chemsketch :Membuat Molekul di Windows. (www.elearning.unej.ac.id). Diakses pada 1 Februari 2016.
Tahir,Iqmal.2003.Pemanfaatan Software Kimia Komputasi Untuk Pembelajaran Ilmu Kimia
Tingkat Menengah Melalui Visualisasi Model Molekul.Yogyakarta: Universitas Gajah
mada.
Saran

Sebaiknya jika praktikumnya berupa kegiatan praktik dengan software, praktikan

mencatat langkah-langkah yang diajarkan sehingga tidak bingung lagi jika akan membuat
sendiri.
Nama Praktikan
Ainul Avida

141810301042