ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

Oleh :

Sazza Aizah 24030115140083

Kelompok 4

Departemen Kimia

Fakultas Sains dan Matematika

Universitas Diponegoro

2017

LEMBAR PENGESAHAN
LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA
Judul Praktikum : Isolasi dan Karakterisasi DNA
Nama : Sazza Aizah 24030115140083

Semarang, 16 Oktober 2017

Menyetujui, Mahasiswa Praktikum

Asisten Praktikum,

Ovie Sazza Aizah

NIM. 240301141 NIM.24030115140083
 ABSTRAK

Percobaan isolasi dan karakterisasi DNA bertujuan untuk memperoleh dan

menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA. Sampel yang digunakan
adalah jambu biji dan nanas. Prinsip dari percobaan ini adalah perusakan sel ekstrak
dari jambu biji secara mekanik dan kimiawi agar terjadi pemecahan sel dan
karakterisasi dengan pengamatan kelarutan. Metode yang digunakan adalah metode
kelarutan. Dari percobaan ini diperoleh hasil yaitu pellet DNA dapat larut dalam
aquadest, tidak larut sempurna dalam etanol, dan tidak dapat larut dalam kloroform,
eter, dan n-heksan.
 PERCOBAAN 7
ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

I. TUJUAN
Untuk memperoleh dan menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul
DNA

II. TINJAUAN PUSTAKA

II.1DNA
Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA, adalah sejenis asam
nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap
organisme. DNA umumnya terdapat di dalam sel. DNA merupakan suatu
polimer, rekombinan DNA merupakan suatu proses almiah dengan unsur-
unsur material genetik (pecahan-pecahan molekul DNA) dipersatukan ke
dalam suatu molekul DNA yang lain. DNA produk dirujuk sebagai suatu DNA
rekombinan.
(Fessenden, 1986)

DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari ribuan

deoksiribosa nukleotida yang tergabung dalam suatu urutan yang bersifat khas
bagis etiap organisme. Molekul ini biasanya berbentuk rantai ganda.
Kromosom sel kariotik merupakan satu molekul besar DNA yang berikatan
erat menjadi suatu daerah inti atau nukleotida. Sel eukariotik mengandung
sejumlah molekul DNA. Masing-masing pada umumnya memiliki ukuran
jauh lebih besar daripada sel prokariotik. Molekul DNA dalam eukariotik
bergabung dengan molekul protein dan dikelompokkan menjadi serabut
kromatin di dalam nukleus, yang dikelilingi sistem ganda yang kompleks.
DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik secara lengkap yang
diperlukan untuk menentukan struktur semua protein dari tiap-tiap spesies
organisme agar biosintesis sel dan jaringan berlangsung secara teratur, untuk
 menentukan aktivitas organisme sepanjang siklus hidupnya dan untuk
menentukan kekhususan organisme tertentu. Basa purin yang terdapat dalam
DNA adalah adenin dan guanin sedangkan basa pirimidin yang terdapat dalam
DNA adalah sitosin dan timin. Antara basa-basa yang terdapat pada rantai
asam nukleat ini terikat dengan suatu ikatan hidrogen. Adenin dapat
membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin (A = T), sedangkan guanin dan
sitosin dapat membentuk tiga ikatan hidrogen (G ≡ C). Ikatan yang terbentuk
antara basa-basa tersebut dapat dilihat dari struktur berikut :

H3C
N N Sitosin
Timin

O N OH HN N O

H H H H H

HN N O N N H

Adenin Guanin

N N
N N

N N
(Lehninger, 1982)

II.2Sentrifugasi
Sentrifugasi merupakan suatu teknik pemisahan yang dilakukan
berdasarkan sifat partikel dalam medan gaya sentrifugal. Partikel yang
berbeda dalam berat jenis, ukuran dan bentuk akan mengendap searah dengan
arah gaya sentrifugal yaitu arah jari-jari ke luar (menjauhi sumbu). Untuk
partikel yang akan dipisahkan biasanya disuspensikan dalam medium
cairyang dimasukan dalam tabung sentrifugal dan ditempatkan dalam motor
yang berputar. Rotor terdapat pada pusat sumbu simetri.
 (Wirahadikusumah,1989)

II.3Sifat-Sifat DNA
Beberapa sifat penting dari DNA adalah :

1. Mengabsorpsi sinar ultraviolet pada panjang gelombang 260 nm

2. Menunjukkan rotasi optis yang kuat

3. Dalam laturan menunjukkan viskositas yang tinggi karena struktur heliknya

yang kokoh

4. Mengalami denaturasi akibat adanya pemanasan (agitasi) akibat pemecahan

ikatan hidrogen, pendinginan memperbaiki ikatan hidrogen antara pasangan-
pasangan basa.

5. Ikatan hidrogen dapat dipecah dalam pH asam atau basa.

(Hart, 1963)

II.4Struktur DNA
Struktur asam nukleat dapat diketahui lebih terinci lagi. Gugus hidroksi 3’
dari ribosa terikat pada hidroksil 5’ dan ribosa berikutnya melalui ikatan
fosfodiester. Tentu saja basa heterosiklik dihubungkan dengan unit
deoksiribosa oleh ikatan N-glikosida. Pada DNA tidak ada lagi gugus
hidroksil unit deoksiribosa yang tersisa. Pada setiap fosfat masih mempunyai
satu proton bersifat asam yang biasanya mengion pada pH 7. Jika proton ada,
zat tersebut adalah suatu asam, karena itulah bernama asam nukleat. Struktur
sebagian dari molekul DNA adalah sebagai berikut :
 NH2

5' N
N
Adenin

O N N
5' NH2
O P O CH2 H
O
4'H H 1' NH
OH 3' 2'
3' Sitosin
H H
O H H N O
5' O
O P O CH2
O
N
OH H H NH Guanin
3'
5' H
H H
O H N N O NH 2
5'
O P O CH2 H3C
O
NH
OH H H
3'
Timin
H H
O H H N O
5'
O P O CH2
O
4' H H 1'
O- 3' 2'
H H
OH H

(Hart, 1963)

II.5Struktur Sekunder DNA

Sejak tahun 1938 telah diketahui bahwa molekul DNA mempunyai
bentuk tertentu, karena hasil sinar-x pada analisis DNA menunjukkan pola
teratur secara berkala. Penelitian pada tahun 1950 menunjukkan hal-hal
penting mengenai struktur DNA. Chargaff menganalisis kandungan basa DNA
dari berbagai organisme dan ia menemukan bahwa komposisinya selalu sama.
Ketika dilakukan penelitian di Cambridge University ditunjukkan sifat-sifat
DNA heliks.

Ciri-ciri penting DNA heliks adalah

1. DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida yang melingkar menurut satu
sumbu heliks
 2. Kedua sumbu heliks bersifat putar kanan dan arahnya berlawanan menurut
ujung-ujung 3’ dan 5’ nya

3. Basa purin dan pirimidin terletak di dalam heliks pada bidang yang tegak
lurus sumbu heliks, sedangkan gugus-gugus deoksiribosa dan fosfat
terletak di bagian luar heliks

4. Kedua rantai mempunyai pasangan basa purin dan pirimidin dihubungkan

oleh ikatan hidrogen, adenin selalu berpasangan dengan timin dan guanin
selalu berpasangan dengan sitosin.

5. Tidak ada pembatasan pada urutan basa di sepanjang rantai polinukleotida,

urutan yang pasti menentukan informasi genetik.

(Lehninger, 1982)
Tulang belakang molekul DNA adalah suatu rantai panjang yang terdiri
dari molekul gula deoksiribosa yang diikat menjadi satu oleh gugus-gugus
fosfat. Satu ujung rantai mempunyai satu gugus OH pada karbon lima,
menurut penomoran gula, ujung yang lain mempunyai satu gugus OH pada
karbon nomor 3’.
Tiap molekul gula dalam DNA juga dihubungkan ke satu molekul cincin
heterosiklik, yang bisa dirujuk sebagai basa. Hanya empat basa utama yang
terdapat dalam DNA. Dua sari basa ini adalah pirimidin tersubstitusi dan dua
lagi adalah purin tersubstitusi.
(Fessenden, 1986)

II.6Denaturasi dan Renaturasi DNA

Dua buah pita nukleotida yang berbentuk double heliks pada molekul
DNA dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang sangat lunak. Jika suatu
larutan yang mengandung DNA dipanaskan atau dibubuhi alkali yang kuat,
maka ikatan hidrogen ini menjadi labil dan putus lalu pita spiral dari molekul
DNA itu terbuka. Proses ini dinamakan denaturasi DNA. Jika larutan tersebut
 kemudian didinginkan kembali, atau dinetralisir secara perlahan-lahan maka
terbentuk pasangan-pasangan basa itu kembali. Peristiwa kembalinya ikatan
hidrogen antar basa tersebut dinamakan renaturasi.
(Surya, 1989)

II.7Isolasi DNA
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan.
Proses ini harus dilakukan secara hati-hati agar tidak merusak DNA yang
diisolasi. Untuk mengeluarkan DNA dari sel dapat dilakukan dengan
memecahan dinding sel, membran plasma dan membran inti sel baik secara
mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan
pemblenderan atau menggerus dengan mortar, sedangkan cara kimiawi dapat
dilakukan dengan senyawa yang dapat merusak membrane sel dan membrane
inti, salah satunya adalah detergen.
Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen
dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk
detergen dengan protein-protein kompleks. Ikatan tersebut dapat terbentuk
karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofobik, demikian juga dengan
detergen sehinga dapat membentuk suatu ikatan kimia.
(Mahmud, 2006)

Akhir-akhir ini, isolasi DNA menggunakan nanopartikel magnetik telah

mendapat perhatian yang cukup besar. Sehingga diperlukan teknik yang
efisien untuk mengisolasi DNA untuk aplikasi diagnostik yang sangat sensitif
yaitu metode untuk mengisolasi dan memurnikan DNA menggunakan
nanopartikel superparamagnetik biofungsional yang disintesis dengan metode
poliol yang dimodifikasi untuk mendapatkan monodespersitas yang
diinginkan, diikuti oleh modifikasi permukaan dengan asam meso-2,3-
dimercaptosuksinat (DMSA) yang mengandung gugus karboksil untuk
 penyerapan DNA. Dopan berlapis nanopartikel magnetik (DMSA-MNPs)
digunakan untuk isolasi DNA, dengan hasil maksimum 86,16 %. Hasilnya
isolasi DNA dengan sedikit DMSA-MNPs jauh lebih efisien dan berhasil
digunakan dalam isolasi DNA genomik dari darah manusia.
(Min J. et al, 2014)

II.8Penggunaan DNA dalam Teknologi

Penemuan Teknologi DNA rekombinan membuat kegiatan analisis dan
rekayasa genetik semakin berkembang khususnya dalam bidang-bidang yang
telah lama mempraktikkan pemodelan dan analisis genetik seperti kedokteran,
pertanian, dan industri. Transfer gen antar organisme saat ini dapat dilakukan
bahkan di antara organisme-organisme yang secara biologi dahulu tidak bisa
bergabung. Proses transfer gen yang secara konvensional menggunakan
reproduksi seksual yaitu persilangan dapat dihindari, misalnya pada produksi
jagung “Bt” yang salah satunya tersusun dari gen bakteri yang ditransfer ke
tanaman jagung untuk membuat jagung tahan terhadap hama penggerek di
Eropa. Penanda molekuler telah tersedia untuk membuat proses seleksi
menjadi lebih efektif dan efisien.
Dalam dunia kesehatan, produk komersial pertama yang dihasilkan
dengan teknologi DNA rekombinan adalah insulin. Penelitian dan proyek
insulin ini dimulai sebelum peraturan dan kebijakan pemerintah tentang
pemanfaatan secara luas dan komersial tentang DNA rekombinan dibuat.
Ketika penelitian dasar teknologi DNA rekombinan terus dilakukan untuk
mencari efisiensi dan manfaat bagi umat manusia, pemanfaatan secara
komersial produk-produk yang dihasilkan dari teknologi ini dikendalikan oleh
perilaku pasar dan modal-modal investasi yang diberikan.
(wikipedia.com, 2017)
II.9Salting Out dan Salting In
Salting Out adalah metode untuk memisahkan protein berdasarkan prinsip
bahwa protein kurang terlarut di tinggi garam konsentrasi. Konsentrasi garam
yang diperlukan untuk protein untuk mempercepat keluar dari solusi berbeda
dari protein terhadap protein. Proses ini juga digunakan untuk
berkonsentrasi mencairkan solusi dari protein. Dialisis dapat digunakan untuk
menghilangkan garam jika diperlukan.
Salting In adalah peningkatan dalam kelarutan (seperti yang diamati untuk
beberapa protein) olehlarutan encer garam (dibandingkan dengan air yang
murni).
(Hart, 1963)

II.10 Elektroforesis
Elektroforesis adalah sebuah metode untuk separasi atau pemisahan
sebuah molekul besar (seperti protein, fragmen DNA, RNA dll) dari campuran
molekul yang serupa. Elektroforesis digunakan untuk memisahkan komponen
atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam
sebuah medan listrik. Sebuah arus listrik dilewatkan melalui medium yang
mengandung sampel yang akan dipisahkan.
Mobilitas atau pergerakan DNA relatif tergantung pada faktor-faktor
tertentu, terutama pada konsentrasi agarose dalam gel, kekuatan arus yang
digunakan, kekuatan ionik dari larutan buffer dan konformasi fragmen DNA
itu sendiri. Secara umum, molekul yang lebih kecil bergerak lebih cepat dan
bermigrasi lebih jauh dari molekul kecil karena memiliki gesekan yang lebih
rendah saat bergerak menuju elektroda positif. Konsentrasi yang rendah pada
gel agarose memberikan resolusi yang lebih baik untuk fragmen besar dengan
memberikan fragmen yang lebih besar. Konsentrasi gen yang lebih tinggi, di
sisi lain, dapat mengurangi kecepatan migrasi fragmen panjang yang
sementara dapat memfasilitasi pemisahan yang lebih baik pada fragmen DNA.
 Elekroforesis gel bermanfaat untuk mengetahui ukuran fragmen DNA
dari produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda
ukuran, lalu dapat disequencing, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi
DNA. Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai jenis kegiatan, antara
lain membandingkan gen homolog dari spesies yang berbeda, mengetahui
susunan sekuens berbagai genom, DNA finger printing, mengetahui ada atau
tidaknya gen-gen penyebab kelainan genetik atau penyakit tertentu,
mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau jaringan tertentu,
mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai sel organism atau
aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu, mempelajari
tingkat evolusi di tingkat molekuler, mengetahui variasi genetik dalam
populasi natural di alam, menentukan berat molekul fragmen DNA, RNA,
protein dan aktivitas enzimatik, menganalisa fragmen DNA yang
diamplifikasi melalui PCR, mengidentifikasi persamaan dan perbedaan
genetik antara individu dan menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon
dalam rekombinan plasmid DNA.
Disamping itu, elektroforesis gel juga memiliki kekurangan yaitu pada
deteksi atau identifikasi amplikon. Penggunaan elektroforesis gen dirasakan
kurang efisien karena pengerjaanya lama dan terbatasnya jumlah sampel yang
dapat diperiksa. Terkadang hasil PCR dalam gel, muncul pita yang tidak
terbentuk atau pita yang terlampau banyak sehingga hasilnya sulit
diinterpretasikan.
(Chandra,2007)

II.11 Nanas dan Jambu Biji

Nanas berasal dari Brasilia (Amerika Selatan) di kawasan lembah Sungai
Parana, Paraguay. Bangsa Indian diduga melakukan seleksi dari berbagai jenis
nenas sehingga diperoleh jenis Ananas comosus yang enak dimakan dan
sekarang dibudidayakan secara luas diseluruh dunia. Beberapa kultivar nenas
berbeda dalam ukuran tanaman, ukuran buah, warna dan rasa daging buah,
serta ada atau tidaknya duri pada daun. Kultivar-kultivar tersebut tersebar
keseluruh wilayah sehingga memiliki nama yang berbeda-beda. Buah nenas
yang mempunyai arti komersial adalah Smooth Cayenne, Queen, Spanish dan
Abacaxi. Tanaman nenas merupakan famili Bromeliaceae atau bromeliad.
Famili ini terdiri atas 45 genus dan 2000 spesies. Secara sistematis tanaman
nanas diklasifikasikan sebagai berikut:
Divisi :Spermatophyta
Sub Divisi : Angiospermae
Class : Monocotyledone
Ordo : Ferinosae
Famili : Bromeliacae
Genus : Ananas
Spesies : Ananas comosus (L).Merr
Buah nanas kaya akan enzim bromelin. Yang berguna untuk
melegakan tenggorokan dan membantu pencernaan. Enzim bromelain
mencerna protein di dalam makanan dan menyiapkannya agar mudah
untuk diserap oleh tubuh. Nanas juga dapat digunakan untuk
mengempukkan daging. Selain kegunaan di atas.Nanas mengandung citric
dan malic acid yang memberi rasa manis dan asam pada buahnya. Asam
ini membuat nanas menjadi bahan makanan yang digunakan secara luas
untuk membuat masakan asam manis. Bromelin membantu penyembuhan
luka dan mengurangi pembengkakan atau peradangan di dalam tubuh.

(Chandra, 2007)
Tanaman jambu biji merupakan salah satu spesies dari famili
Myrtaceae. Jambu biji yang berbentuk bulat dan berbentuk buah pir
dahulu dianggap sebagai spesies terpisah; P. pomiferum L. dan P.
 pyriferum L., tetapi sekarang hal tersebut dianggap sebagai variasi
saja.Secara taksonomi jambu biji dapat diklasifikasikan sebagai berikut:

Kingdom : Plantae

Divisi : Spermatophyta

Subdivisi : Angiospermae

Kelas : Dicotyledonae

Ordo : Myrtales

Famili : Myrtaceae

Genus : Psidium

Spesies : Psidium guajava L.

Buah jambu biji memiliki variasi yang besar baik dalam ukuran
buah,bentuk buah, maupun warnanya. Buah berdompolan, bentuknya globose,
bulat telur, lonjong atau berbentuk buah pir, dengan ukuran beragam diameter
sekitar 2,5-10 cm bergantung pada sifat bawaan, umur pohon, kesuburan
tanah, dan ketersediaan air .

Jambu biji memiliki beberapa kelebihan, antara lain buahnya dapat

dimakan sebagai buah segar, dapat diolah menjadi berbagai bentuk makanan
dan minuman. Selain itu, buah jambu biji bermanfaat untuk pengobatan
(terapi) bermacam-macam penyakit, seperti memperlancar pencernaan,
menurunkan kolesterol, antioksidan, menghilangkan rasa lelah dan lesu,
demam berdarah, dan sariawan.

(Cahyono B, 2010)
II.12 Analisa Bahan
II.12.1 Eter
Sifat Fisik : Titik leleh -116,3oC, Titik didih 34,6o
Sifat Kimia : Senyawa yang relative lembam (inert), biasanya tidak
bereaksi dengan asam encer ataupun basa encer, digunakan sebagai
pelarut organik.
(Hart, 2003)
II.12.2 NaCl
Sifat Fisik : Padatan kristalin putih. Densitas 2,17 Titik leleh 801 oC,
Titik didih 1413oC
Sifat Kimia : Larut dalam air dan sedikit larut dalam etanol, dijumpai
sebagai mineral dalam air laut
(Daintith, 1994)

II.12.3 Heksana
Sifat Fisik : Rumus molekul C6H14, didapat dari fraksi minyak bumi
yang ringan pada titik 69oC, Densitas 0,66
Sifat Kimia : Banyak digunakan sebagai pelarut, merupakan pelarut
non polar.
(Arsyad, 2000)

II.12.4 Aquadest
Sifat Fisik : Cairan tak berwarna, tak berasa dan tak berbau, berat
molekul 12,016gr/mol, Indeks bias 1,332, Titik leleh 0oC,
Titik didih 100oC.
Sifat Kimia : Bersifat Polar, digunakan sebagai pelarut universal.
(Basri, 1996)

II.12.5 Etanol
Sifat Fisik : Larutan tidak berwarna, rumus molekul C2H5OH, berat
molekul 46.0414 gr/mol, titik leleh -114.1, titik didih 78
 Sifat Kimia : larut dalam air, stabil dibawah suhu normal dan tekanan.
(Basri, 1996)

II.12.6 Jambu biji

Sifat fisik : rasanya manis, sifatnya netral, berkhasiat astrigen
(pengelat)
Sifat kimia : berkhasiat antioksidan karena kandungan betakaroten dan
vitamin C yang tinggi sehingga dapat meningkatkan daya
tahan tubuh.
(Daintith, 1994)

II.12.7 Nanas
Sifat fisik : Rasa manis pada buah yang masak dan rasa asam pada
buah yang muda, Daging buah berwarna kuning
Sifat kimia : mencegah kanker dan melindungi tubuh dari radikal
bebas, menyehatkan sistim pencernaan, membantu menurunkan berat
badan, meningkatkan daya tahan tubuh, meredakan peradangan.
(Daintith, 1994)
II.12.8 Kloroform
Sifat fisik : BM = 119,3 g/mol, densitas 1,484, C=18,05%, H=0,84%,
Cl = 89,10 %.
Sifat Kimia : diperoleh dengan mereaksikan Cl2 dengan
aseton/alkohol, bersifat volatil

(Daintith, 1994)
III. METODE PERCOBAAN
III.1 Alat dan Bahan

III.1.1 Alat

Pisau

Kertas saring

Gelas bekker

Gelas Ukur

Rak tabung

Mesin blender

Spatula

Batang pengaduk

Tabung reaksi

Sentrifuge

III.1.2 Bahan

Sampel DNA (Jambu biji)

Etanol

Ekstrak Bromelin (buah nanas)

Eter/Heksana

Garam dapur

Deterjen

Akuades

Kloroform
III.2 Skema Kerja

III.2.1 Isolasi DNA dengan metode sederhana

Sampel: jambu biji

- Pencucian sampel dengan akuades

- Pemasukan jambu biji dalam blender sebanyak
100g
- Penambahan 200 ml akuades dan 1 g NaCl, nanas
10 g
- Pemblenderan sampai halus

Hasil

Detergen 2 mL

- Penambahan akuades sampai 20 mL

- Pengadukan sampai 15 menit

Hasil

4 ml jus sampel + 4 ml detergen

Erlenmeyer
- Pengadukan selama 15 menit
- Penyaringan sebanyak 2x

Filtrat Residu
Tabung
- Penambahan 9 ml etanol
- Pengamatan
- Pemisahan DNA dari larutannya

Residu
Karakterisasi DNA

Pellet DNA
-Penimbangan berat pellet DNA
-Pelarutan pellet DNA dalam berbagai pelarut akuades,
etanol, eter, heksana, kloroform
-Pengamatan proses denaturasi dan renaturasi DNA

Hasil
IV. DATA PENGAMATAN

No Perlakuan Hasil
1 Isolasi DNA dengan metode sederhana
- Pelarutan 2 mL detergen pada 20 ml
Aquades dalam gelas beker -Larutan berwarna
merah muda dan
- 100 gram buah jambu biji + 10 gram berbusa

nanas
- Penambahan 200 ml akuades dan 1 g NaCl
- Blender selama 15 menit
- Pencampuran 4 ml jus sampel dengan 4 ml -Jambu biji menjadi
larutan detergen halus
- Pengadukan selama 15 menit hingga -Larutan berwarna
campuran homogen merah muda
- Penyaringan campuran sebanyak 2 kali
- Penambahan 9 ml etanol 96% dingin
- Pengamatan proses timbulnya DNA
- Pengambilan pellet DNA
Terbentuk gumpalan
Karakterisasi DNA
- Pelarutan pellet DNA dalam pelarut bergelembung
akuades, etanol, eter, heksana, dan (DNA)
kloroform
- Pengamatan denaturasi
2. -DNA larut
sempurna dalam
aquades
-DNA larut tidak
sempurna dalam
etanol
-DNA tidak larut
dalam
kloroform,heksana,
dan eter
V. HIPOTESA
Dalam percobaan Isolasi dan Karakterisasi DNA ini bertujuan untuk
memperoleh dan menentukan sifat – sifat (karakter) umum molekul DNA.
Sampel yang digunakan adalah buah jambu biji dan nanas. Pada
percobaan ini mempunyai prinsip yakni perusakan sel dari buah jambu biji
secara mekanik dan kimiawi agar terjadi pengecahan sel dan karakterisasi
dengan pengamatan kelarutan. Sedangkan metode yang digunakan dalam
percobaan ini adalah penglisisan sel dengan cara mekanik yaitu dengan
pemblenderan dan secara kimiawi dengan penambahan detergen. Dari
percobaan ini diprediksikan akan diperoleh DNA dari sampel jambu biji
dengan menambahkan etanol 96%, dan juga akan dilakukan karakterisasi
dari DNA yang sudah dihasilkan dengan identifikasi berupa Pelarutan.
Pada pelarutan akan diprediksikan bahwa pelarutan terhadap pelarut polar
DNA yang dihasilkan akan larut semua, sedangkan pada pelarut non polar
tidak larut.
VI. PEMBAHASAN
Percobaan isolasi dan karakterisasi DNA bertujuan untuk
memperoleh dan menentukan sifat-sifat atau karakter umum molekul
DNA. Sampel yang digunakan adalah jambu biji. Prinsip dari percobaan
ini adalah perusakan sel ekstrak dari jambu biji secara mekanik dan
kimiawi agar terjadi pemecahan sel dan karakterisasi dengan pengamatan
kelarutan. Metode yang digunakan adalah metode kelarutan.
DNA adalah master molekul yang mengandung semua informasi
yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. DNA
adalah asam polimer yang terdiri dari molekul-molekul
deoksiribosanukleat yang terikat satu dengan yang lain, sehingga
membentuk rantai polinukleotida yang panjang. Molekul DNA ini tersusun
atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan
phosphat yang membentuk suatu nukleotida.
Basa purin yang terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin
sedangkan basa pirimidin yang terdapat dalam DNA adalah sitosin dan
timin. Antara basa-basa yang terdapat pada rantai asam nukleat ini terikat
dengan suatu ikatan hidrogen. Adenin dapat membentuk dua ikatan
hidrogen dengan timin (A=T), sedangkan Guanin dan sitosin dapat
membentuk tiga ikatan hidrogen (G C).
Ikatan yang terbentuk antara basa-basa tersebut dapat dilihat dari
struktur berikut:

H3 C
N N Sitosin
Timin

O N OH HN N O

H H H H H

HN N O N N H

Adenin Guanin

N N
N N

N N

(Poedjiadi,1994)
 Struktur sebagian dari molekul DNA adalah sebagai berikut:
NH2

5' N
N
Adenin

O N N
5' NH2
O P O CH2 H
O
4'H H 1' NH
OH 3' 2'
3' Sitosin
H H
O H H N O
5' O
O P O CH2
O
N
OH H H NH Guanin
3'
5' H
H H
O H N N O NH 2
5'
O P O CH2 H3 C
O
NH
OH H H
3'
Tim in
H H
O H H N O
5'
O P O CH2
O
- 4' H H 1'
O 3' 2'
H H
OH H

(Poedjiadi, 1994)

Molekul DNA yang panjang itu terbentuk oleh ikatan antara atom
C nomor 3 dengan atom nomor 5 pada molekul deoksiribosa dengan
perantaraan gugus phosphat. DNA dapat mengalami denaturasi dan
renaturasi. Selain itu molekul DNA juga dapat diisolasi yaitu yang terikat
dan membentuk kromosom dan ditemukan di nukleus, mitokondria, dan
kloroplas.

VI.1 Isolasi DNA

Pada Isolasi DNA ini bertujuan untuk memperoleh DNA dari buah
jambu biji dan mengetahui pengaruh detergen pada perolehan DNA. Pada
percobaan ini sampel yang digunakan adalah buah jambu biji dan buah
nanas sebagai sumber enzim bromelin. Prinsip dari percobaan ini adalah
pemecahan membran sel dengan pemblenderan dan penambahan sabun
sehingga DNA dapat dikeluarkan dari dalam sel. Detergen yang digunakan
dalam percobaan ini adalah bentuk cair.
 Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain:
Pelarutan detergen, preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak
sel, dan presipitasi DNA. Isolasi DNA dapat dilakukan dengan beberapa
cara namun setiap jenis buah tentunya akan memberikan hasil yang
berbeda karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA.

Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda
jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar
air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. Suatu sumber
menyatakan bahwa dalam proses pembuatan sumber DNA untuk isolasi
DNA hendaknya jangan terlalu encer karena semakin encer sumber DNA,
DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Karena sel yang lisis di
dalam air tentunya lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA
yang lebih kental (Anonim, 2005). Namun, masalah pengaruh keenceran
terhadap hasil isolasi DNA dapat diatasi dengan pengurangan jumlah
akuades yang digunakan. Maka walaupun sumber DNA yang digunakan
adalah buah dengan kadar air tinggi, tetap dapat diperoleh ekstrak yang
cukup kental. Pada percobaan ini sampel jambu biji memiliki kandungan
air yang cukup tinggi, maka tidak digunakan banyak aquadest dalam
proses pemblenderan agar DNA yang terpresipitasi bisa lebih banyak.

Tahap pertama yang dilakukan adalah pelarutan detergen dengan

detergen cair yang dilarutkan dalam aquades, berfungsi sebagai penyebab
kerusakan membran sel pada dinding sel.

Tahap kedua dari isolasi DNA yaitu pengeluaran DNA dari sel dengan
jalan merusak dinding dan membran sel serta membran inti. Pengrusakan
dapat dilakukan dengan cara mekanik atau cara kimiawi. Cara mekanik
adalah dengan pemblenderan sedangkan cara kimiawi adalah dengan
menambahkan senyawa kimia, misalnya sabun yakni seperti detergen.
 Pemblenderan buah jambu biji dan nanas bertujuan untuk merusak
membran dan dinding sel sehingga DNA dapat dikeluarkan.
Pemblenderan ini dilakukan dengan menambahkan sedikit aquades yang
berfungsi untuk mempermudah pemblenderan. Penambahan aquadesnya
hanya sedikit karena apabila larutan terlalu encer maka DNA yang
terpresipitasi akan semakin sedikit. Hal ini disebabkan sel yang lisis di
dalam air akan lebih sedikit jika dibanding dengan larutan kental.

Penambahan garam dapur pada saat pemblenderan bertujuan untuk

terjadinya proses salting out yaitu proses pengendapan kerena kelarutan
berkurang yang diakibatkan oleh penambahan garam berlebih. Garam
dapur/NaCl digunakan untuk menetralisir muatan permukaan dari DNA.
Pada pengendapan DNA ini garam akan berikatan dengan gugus phosphat
dalam DNA yang menyebabkan DNA menjadi berkumpul. Penambahan
garam juga menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam
larutan yang kemudian tersaring pada proses penyaringan. Garam dapur
juga berfungsi untuk mengurangi kadar air dalam sampel sehingga sel
tersebut kekurangan air dan dinding sel menjadi pecah.

Sedangkan buah nanas digunakan sebagai bahan tambahan untuk

mengisolasi DNA karena buah nanas mampu memudahkan proses
presipitasi DNA. Di dalam buah nanas terkandung enzim bromelin yang
merupakan golongan enzim protease, dimana enzim itu berfungsi untuk
memutus DNAse dari DNA dan mampu menghidrolisis ikatan peptida
pada protein atau polipeptida menjadi molekul yang lebih kecil yaitu
asam amino.

Sampel ditambah dengan larutan detergen dan dilakukan pengadukan.

Penambahan detergen berfungsi untuk merusak membran sel dan
membran inti sehingga DNA dapat dikeluarkan dari sel, melalui ikatan
yang dibentuk pada sisi hidrofobik detergen dengan protein dan lemak
pada membran membentuk senyawa ”lipid protein-detergen kompleks”.
Senyawa ini terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik
dan hidrofobik.

(Machmud, 2006)

Pada dasarnya deterjen berfungsi untuk mengikat lemak atau lipid.

Hal ini disebabkan karena dinding sel terbuat dari lipid, sehingga ketika
molekul dari deterjen yang sudah dicairkan menempel ke dinding sel,
maka lipid pada dinding sel akan terikat dan berangsur-angsur dinding sel
akan terbuka dan memungkinkan kita untuk mengekstrak DNA.Detergen
sendiri mengandung sodium dodesil sulfet (SDS) yang dapat
menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga
struktur membran akan rusak dan menglisiskan isi sel. Detergen dapat
menyebabkan kerusakan membran sel dengan cara mengemulsi lipid dan
protein sel serta menghambat interaksi polar yang menyatukan membran
sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfate yang
fungsinya sama dengan dudesil sulfat. Pada pengrusakan membran sel
melalui ikatan yang dibentuk pada sisi hidrofobik. Detergen juga
mempunyai ujung yang berbeda yaitu hidrofilik dan hidrofobik sehingga
dapat membentuk ikatan antara air dan enzim. Pengadukan bertujuan
untuk mempercepat proses pengrusakan membran sel, membran inti dan
dinding sel oleh detergen.

Sentrifugasi dilakukan dengan 2 cara yaitu cara manual dan cara

modern. Untuk sentrifugasi cara mekanik itu dilakukan dengan cara
diputar selama 10 menit, dan hasilnya adalah bentuknya masih kental dan
warnanya merah muda artinya antara filtrat dan endapannya belum
terpisah secara sempurna. Sedangkan sentrifugasi modern yaitu
menggunakan sentrifuge pada 6000 rpm, dan hasilnya adalah bentuknya
cair dan warnanya ada jauh lebih bening dibanding cara manual.

Kemudian dilakukan penyaringan yang bertujuan untuk memisahkan

endapan dengan filtratnya, dimana endapan ini merupakan kontaminan
 yang berupa tubuh sel buah tersebut. Hasil penyaringan ditambahkan
dengan etanol 96% dingin yang bertujuan untuk mempermudah proses
presipitasi DNA. Sehingga DNA yang telah terkumpul akan mampu
terpisah dari larutan dan membentuk lapisan-lapisan yang dapat
diidentifikasi unsur penyusunnya. Etanol bersifat polar sehingga dapat
melarutkan DNA yang juga bersifat polar. Setelah penambahan etanol
dingin larutan didiamkan dan diamati DNA yang terbentuk.

Dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu
dibawah 20˚ C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam
nukleat polimerik dengan baik. Pemekatan ini dilakukan dengan
penambahan ethanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi pesipitasi
DNA pada perbatasan kedua larutan. Dalam proses ini ion Na+ akan
membentuk ikatan dengan kutub negatif ion fosfat DNA. Kutub tersebut
bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain
sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif
fosfat DNA, DNA akan bergabung. Garam juga berperan penting, yaitu
untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat
menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan
detergen.

VI.2 Karakterisasi DNA

Karakterisasi DNA dilakukan bertujuan untuk mengetahui sifat-sifat

molekul DNA. Pelarutan ini berdasarkan prinsip ”like disolve like”,
dimana pelarut polar akan melarutkan zat yang bersifat polar sedangkan
pelarut non polar akan melarutkan zat yang bersifat non polar.

Karakterisasi DNA dilakukan dengan pengamatan kelarutan

dengan variasi pelarut yaitu aquadest, kloroform, etanol, eter, dan n-
heksana. Pellet DNA yang terbentuk dilarutkan dalam pelarut yang
berbeda yaitu aquadest, etanol, kloroform, eter, dan n-heksana yang
memiliki sifat kepolaran berbeda-beda. Dimana aquadest adalah pelarut
yang sifatnya polar ; etanol adalah pelarut yang sifatnya semi polar;
sedangkan eter, kloroform dan n-heksan adalah pelarut yang sifatnya non
polar.

Berdasarkan percobaan ini diperoleh hasil pellet DNA larut

sempurna dalam pelarut aquadest, pellet DNA larut tak sempurna dalam
pelarut etanol, tetapi pellet DNA tidak larut dalam pelarut kloroform, eter,
dan n-heksana. Hal ini terjadi karena DNA bersifat polar sehingga aquades
yang bersifat polar dapat melarutkan DNA dengan sempurrna. Sedangkan
eter, kloroform dan n-heksana bersifat non polar sehingga pelarut n-
heksana, eter, dan kloroform tidak dapat melarutkan DNA. Untuk etanol,
karena kepolaran dari DNA lebih besar dari pada etanol, maka etanol dapat
melarutkan DNA namun tidak sempurna.
VII. PENUTUP
VII.1 Kesimpulan
7.1.1 DNA dapat diperoleh dengan perusakan sel ekstrak dari jambu biji
dan nanas secara mekanik (dengan pemblenderan) dan kimiawi
(dengan penambahan detergen)
7.1.2 Dari percobaan ini diperoleh hasil pellet DNA larut sempurna
dalam aquadest, dan larut tak sempurna dalam etanol, tetapi tidak
larut dalam kloroform, eter, dan n-heksana.
VII.2 Saran
VII.2.1 Pada saat melakukan sentrifugasi secara manual seharusnya
putarannya dilakukan dalam keadaan yang konstan
VII.2.2 Isolasi dan karakterisasi DNA dapat dilakukan pada buah selain jambu
biji
VII.2.3 Lakukan penyaringan dengan hati-hati.
VII.2.4 Hati-hati pada saat pengadukan.
 DAFTAR PUSTAKA

Anonim, 2010, Deterjen, dalam http://www.chem-is-try.org/2010/sabun-dan-

deterjen/

Arsyad, M., 2000, “Kamus Kimia”, Erlangga, Jakarta

Basri, S., 1996, “Kamus Kimia”, P.T Rineka Cipta, Jakarta

Cahyono, B. 2010. “Sukses Budi Daya Jambu Biji di Pekarangan dan

Perkebunan” Andi, Yogyakarta

Chandra, 2007, Nanas, dalam http://dchandra.wordpress.com/2007/11/06/nanas-

buah-dengan-banyak-manfaat/

Daintith, J., 1994, “Kamus Lengkap Kimia”, Erlangga, Jakarta

Fessenden, R., 1986, “Kimia Organik”, Erlangga, Jakarta

Hart, H., 1963, “Organic Chemistry A Short Course”, Houghton Milli and
Company, Boston

Lehninger, 1982, “Dasar-Dasar Biokimia”, Erlangga, Jakarta

Mahmud, 2006, “Penentuan LC 50 48 jam detergen dan Pengaruhnya terhadap

Mortakitas Larva Ikan Mas Ras Punten dengan Tipe Ploidi yang
berbeda”, Jurusan Biologi FMIPA, Malang

Min, Ji Hyun, Mi-Kyung Woo, Ha Young Yoon, Jin Woo Jang, Jun Hua Wu,
Chae-Seung Lim, Young Keun Kim, isolation of DNA using magnetic
nanopartickes coated with dimercaptosuccinic acid. Analytical
Biochemistry 447 (2014) 114-118, Korea

Ostos, F.J., J.A. Lebron, M.L. Moya, M.Deasy, P. Lopez-Cornejo,Binding of DNA

by a dinitro-diester calix[4]arene : Deanturation and condensation of
DNA, colloids and surfaces B : Biointerfaces 127 (2015) 65-72

Surya, 1989., “Genetika”, Binarupa Aksara, Jakarta

Underwood, A. L & R. A. Day, JR., 2001, Analisis Kimia Kuantitatif, Penerbit
Erlangga, Jakarta

Wirahadikusumah, M., 1989, “Biokimia : Protein, Enzim dan Asam Nukleat”,

ITB, Bandung