Kelompok 8

1. Teto M. Wue Djo

2. Salsa Bella Rohyat
3. Chrisna Y. Selan
4. Diana Kause
 Genomik

 Pendahuluan
 Genom dipakai untuk menunjukkan keseluruhan kode genetik
pada kromosom yang ada pada suatu organisme.
 Materi dari kode genetik itu adalah DNA. DNA berbentuk
double helix.
 DNA terdiri dari empat struktur kimia yang hampir sama
susunannya, dinamakan nukleotida, yaitu Adenin (A), Timin
(T), Sitosin (C) dan Guanin (G).
 Dalam sel tumbuhan terdapat tiga jenis genom yaitu genom
inti sel, genom kloroplas dan genom mitokondria. Genom
manusia dan makhluk hidup bersel lainnya terbuat dari DNA
(asam deoksiribonukleat), namun sejumlah virus memiliki
genom RNA (asam ribonukleat).
 
 Kajian yang mempelajari genom dikenal sebagai
genomik (genomics).
 Genomik dibagi menjadi dua kelompok yaitu genomik
fungsional dan struktural.
 Genomik struktural untuk mengungkapkan informasi
genetik organisme dengan pemetaan genetik dan fisik dan
metode sekuensing DNA & dasar.
 Genomik fungsional untuk menganalisis fungsi gen dalam
hal ekspresi gen, konformasi, konsentrasi dan waktu pada
tingkat genom.
Manfaat Genomik

 Menentukan urutan genom adalah awal genomik.
 Urutan genom digunakan untuk mempelajari fungsi dari berbagai
gen (genomik fungsional),
 Untuk membandingkan gen dari satu organisme dengan organisme
lain (genomik komparatif),
 atau untuk menghasilkan struktur 3-D dari satu atau lebih banyak
protein dari masing-masing jenis protein, sebagai petunjuk untuk
fungsi mereka (genomik struktural).
 Di bidang pertanian tanaman, tujuan utama dari penerapan
genomik adalah untuk mendapatkan pemahaman yang lebih baik
dari seluruh genom tanaman. Agronomis gen penting dapat
diidentifikasi dan ditargetkan untuk menghasilkan makanan yang
lebih bergizi dan aman, sementara pada saat yang sama
melestarikan lingkungan.
 Aplikasi Genomik
 Kedokteran Molekular
 Peningkatan diagnosis penyakit

 Deteksi kecenderungan genetik
terhadap penyakit
 Desain obat rasional
 Terapi gen dan sistem kontrol
untuk obat
 Pharmacogenomics "custom
obat“
 Energi dan Lingkungan Aplikasi
 Gunakan mikroba penelitian
genomik untuk menciptakan
sumber energi baru (biofuel)
 Gunakan mikroba penelitian
genomik untuk mengembangkan
teknik pemantauan lingkungan
untuk mendeteksi polutan
 Gunakan mikroba penelitian
genomik untuk aman, rehabilitasi
lingkungan efisien
 Gunakan mikroba penelitian
genomik untuk penyerapan
karbon
 Penilaian resiko
 Menilai kesehatan kerusakan dan
risiko yang disebabkan oleh paparan
radiasi, termasuk paparan dosis
rendah
 Menilai kesehatan kerusakan dan
risiko yang disebabkan oleh paparan
bahan kimia mutagenik dan racun
penyebab kanker .
 Mengurangi kemungkinan mutasi
diwariskan .
 Bioarchaeology, Antropologi,
Evolusi, dan Migrasi Manusia
• Studi evolusi melalui mutasi germline
dalam garis keturunan
• Studi migrasi dari kelompok populasi
yang berbeda berdasarkan warisan
genetik perempuan
• Studi mutasi pada kromosom Y
untuk menelusuri garis keturunan
dan migrasi dari laki-laki
• Bandingkan breakpoints dalam
evolusi mutasi dengan usia populasi
dan peristiwa sejarah
 DNA Forensik (Identifikasi)
• Identifikasi calon tersangka yang mungkin cocok dengan
bukti DNA di TKP

• membebaskan orang yang bersalah dalam tuduhan
kejahatan
• Mengidentifikasi kejahatan dan korban bencana
• Identifikasi spesies langka dan dilindungi sebagai bantuan
kepada pejabat satwa liar (dapat digunakan untuk para
pemburu menuntut)
• Mendeteksi bakteri dan organisme lain yang dapat
mencemari udara, air, tanah, dan makanan
• Match organ donor dengan penerima dalam program-
program transplantasi
• Tentukan silsilah untuk bibit bibit atau ternak
• Mengotentikasi habis pakai seperti kaviar dan anggur
 
 Pertanian, Pembibitan Peternakan, dan Bioprocessing
 Membuat tanaman lebih tahan penyakit dan menyediakan
bagi konsumen dengan lebih bergizi, bebas pestisida.
 Petani menggunakan benih buatan yang tahan kekeringan
dan memerlukan pestisida sedikit bahkan tidak ada.
 Petani telah mampu meningkatkan output dan mengurangi
limbah karena tanaman mereka dipakai sebagai pakan
lembu sapi.
 Alternatif untuk tanaman seperti tembakau. Salah satu
peneliti telah melakukan rekayasa genetika tanaman
tembakau di laboratorium untuk menghasilkan enzim
bakteri yang memecah bahan peledak seperti TNT dan
dinitroglycerin.
 Transkriptomik

 Pendahuluan
 Transkriptomik adalah bagian dari molekul molekuler
yang mengkaji tentang produk transkripsi secara
keseluruhan (transkripton).
 Sebuah transkriptom merepresentasikan lima persen
dari kode genetic yang diterjemahkan menjadi
molekul RNA. Setiap gen dapat memproduksi lebih
dari satu varian mRNA dikarenakan proses alami
seperti alternative splicing dan transkripsi alternatif
pada 5’-UTR (situsinisiasi) atau 3’-UTR
(situsterminal).
 Manfaat transkriptomik
 Teknologi sekuensing RNA atau yang dikenal sebagai RNAseq
memberikan solusi untuk konstruksi bank cDNA dalam


jumlah besar dan dalam waktu yang lebih singkat. Teknologi
ini menggunakan pendekatan yang sama seperti sekuensing
DNA, hanya saja sampel yang digunakan adalah RNA yang
kemudian disintesis menjadi cDNA.
 Teknologi RNAseq merupakan salah satu pendekatan untuk
mengumpulkan data transkriptomik. Data tersebut pada
umumnya kemudian disimpan dalam sebuah basis data yang
berfungsi sebagai transcriptomic resources. Basis data tersebut
dapat diperbaharui dan disempurnakan dengan menambah
informasi transkrip dari berbagai jaringan baru.
 Sebagai contoh, teknologi RNAseq telah digunakan pada
berbagai tanaman untuk mengidentifikasi satu set famili
gen yang berperan penting dalam respon terhadap gas etilen.
 Studi transkriptomik digunakan dalam berbagai spesies
tanaman, pemahaman terhadap transkrip sebuah gen dengan
mempertimbangkan segala regulasi terkait, tentu saja akan
meningkatkan pemahaman yang lebih baik lagi antara genom
dan fungsi sel.
 
 Aplikasi
 Analisis transkriptomik untuk pengesahan khasiat
herba
 Analisis pengekspresan gen menggunakan qPCR
 Aplikasi analisis transkriptomik dalam pembangunan
produk herba di MARDI
 Proteomik

 Pendahuluan
 Kata "proteome" adalah campuran dari "protein" dan
"genom", dan diciptakan oleh Marc Wilkins pada tahun
1994. Proteome adalah komplemen seluruh protein.
 Protein merupakan komponen dari jalur metabolisme
fisiologis sel.
 Istilah proteomik pertama kali diciptakan pada tahun 1997
untuk membuat analogi dengan genomik, penelitian gen.
 Proteomik menjelaskan struktur, lokalisasi, konsentrasi,
modifikasi pasca-translasi, fungsi sel dan jaringan dan interaksi
dengan protein lain dan molekul makro dari semua protein
dalam waktu tertentu dan tempat.
 Proteomik adalah studi skala besar protein, khususnya
struktur dan fungsi.
 
 Manfaat
 Mengkaji modifikasi pada akhir translasi protein
 Indentifikasi target protein baru untuk obat
 Analisis tumor atau kanker
 Membandingkan antara jaringan normal dan jaringan
sakit
 Membandingkan antara jaringan sakit dan jaringan
yang mendapatkan pengobatan
 Aplikasi



Sebuah aplikasi proteomik dikenal sebagai protein “ekspresi profiling” di
mana protein diidentifikasi pada waktu tertentu dalam suatu organisme
sebagai akibat dari ekspresi untuk stimulus.
 Proteomik juga dapat digunakan untuk mengembangkan peta protein-
jaringan di mana interaksi antara protein dapat ditentukan untuk sistem
hidup tertentu.
 Proteomik juga dapat diterapkan untuk memetakan modifikasi protein untuk
menentukan perbedaan antara organisme yang dimodifikasi secara genetik.
Hal ini juga digunakan untuk mempelajari interaksi protein-protein yang
terlibat dalam reaksi pertahanan tanaman.
 Misalnya, penelitian proteomik di Iowa State University, USA meliputi:
• Pemeriksaan perubahan protein dalam proteome jagung selama suhu rendah
yang merupakan masalah utama bagi bibit jagung muda;
• Analisis perbedaan yang terjadi pada ekspresi genom dalam mengembangkan
kedelai ditekankan oleh suhu tinggi; dan
• Mengidentifikasi protein diekspresikan dalam menanggapi penyakit seperti
kista kedelai nematoda.
 Metabolomik

 Pendahuluan
 Metabolomik merupakan bidang ilmu yang melibatkan
pengukuran metabolit secara komprehensif.
 Tiga pendekatan utama yang digunakan dalam
metabolomik:
 Targeted approach yakni analisis yang ditargetkan komponen
metabolitnya (pengukuran kuantitatif dan tepat dari
konsentrasi metabolit yang diketahui)
 Untargeted approach (pengukuran metabolomik secara
komprehensif)
 Metabolite fingerprinting (pengukuran cepat, evaluasi total
biochemical fingerprint untuk diskriminasi sampel yang
berbeda dimana identifikasi metabolit tidak diperlukan).
 
 Kekuatan metabolomik terletak pada perolehan data analitik dimana
metabolit dalam sistem seluler dihitung secara keseluruhan, dan ekstraksi
elemen data yang paling berperan pada sampel dengan menggunakan
berbagai jenis analisis data menggunakan pendekatan statistik.
 Bidang metabolomik terus bertumbuh dengan cepat dalam memprediksi dan
menjelaskan fenotip kompleks dalam sistem biologis yang beragam.
Penerapan teknologi metabolomik di bidang biologi mencakup :
 Analisis informatif untuk mengkarakterisasi dan mengidentifikasi senyawa yang
diinginkan (disebut sebagai “metabolomik informatif”)
 Prediksi berbagai fenotip melalui analisis multivariat dengan menggunakan data
metabolom sebagai variabel penjelas (di sini disebut "metabolomik prediktif")
 Metabolomik komparatif untuk menentukan metabolit yang bertanggung jawab
untuk klas-ifikasi sampel menurut jenis atau untuk tujuan diskriminatif.
 Secara umum, alur kerja metabolomik terdiri dari pembuatan rancangan
penelitian, persiapan sampel biologis, analisis dengan menggunakan berbagai
instrumen, pengolahan data dan analisis data.
 Manfaat

 Metabolome mengacu pada set lengkap senyawa dengan
berat molekul rendah dalam sampel. Senyawa ini adalah
substrat dan produk reaksi enzimatik dan memiliki efek
langsung pada fenotip sel. Dengan demikian, metabolomik
bertujuan untuk mengetahui profil sampel senyawa ini pada
waktu tertentu di bawah kondisi lingkungan tertentu.
 Metabolomik dapat digunakan untuk menentukan perbedaan
antara tingkat ribuan molekul antara tanaman sehat dan
sakit. Teknologi ini juga dapat digunakan untuk menentukan
perbedaan nutrisi antara tanaman tradisional dan rekayasa
genetika, dan dalam mengidentifikasi metabolit pertahanan
tanaman.
 Aplikasi

 Aplikasi teknologi metabolomik dalam ilmu pangan
meliputi :
 Analisis informatif untuk mengkarakterisasi dan
mengidentifikasi senyawa target, memprediksi nilai
kuantitatif fungsi pangan dengan bantuan analisis
multivariat (metabolomik prediktif)
 Metabolomik komparatif untuk menentukan metabolit
yang bertanggung jawab dalam pengelompokkan sampel
(diskriminatif)
 Sekian
dan
terima kasih