M.

K Bioteknologi Pertanian
Dosen Pengampu : Noladhi Wicaksana, PhD.
Tugas Individu 1A
Guiding Question

Meliana Risza Salsabilah

150510210106

JURUSAN AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS PADJAJARAN
2022
1. What is biotechnology?
Jawab :
Bioteknologi telah berkembang dari waktu ke waktu untuk produksi (Nurcahyo, 2011).
Bioteknologi merupakan cabag ilmu Biologi yang mempelajari pemanfaatan makhluk hidup
(enzim, alkohol, antibiotik, asam organik) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang
dan jasa yang dapat digunakan oleh manuasia. Dewasa ini, perkembangan bioteknologi tidak
hanya didasari pada biologi semata, tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan murni lainnya,
seperti biokimia, komputer, biologi molekular, mikrobiologi, genetika, kimia, matematika,
dan lain sebagainya, dengan kata lain, bioteknologi adalah ilmu terapan yang menggabungkan
berbagai cabang ilmu dalam proses produksi barang dan jasa

2. What are differences between the traditional biotechnology and modern biotechnology?
Jawab :
Bioteknologi konvensional memanfaatkan mikrooganisme secara utuh dan tidak bisa
diproduksi dalam jumlah yang sangat besar. Oleh karena itu, meskipun bisa diproduksi secara
massal melalui pabrik, tetapi tidak bisa diproduksi dalam jumlah besar. Bioteknologi
konvensional juga dilakukan tanpa adanya fertilisasi , tetapi menggunakan teknik
fermentasi. Teknik fermentasi akan terjadi perubahan sifat subtract dan senyawa kompleks
terpecah menjadi senyawa yang lebih sederhana. Selain itu, fermentasi juga menghasilkan
senyawa asam dan gas.

Bioteknologi modern dilakukan dengan peralatan yang sudah jauh lebih canggih. Oleh
karena itu, bioteknologi modern bisa memproduksi hasil dan jumlah yang lebih banyak.
Selain itu, ada proses sterilisasi yang terlibat di dalam proses. Proses ini hanya memanfaatkan
sedikit bagian dari organisme dan menggunakan prinsip ilmiah dengan teknik kulturinitro dan
rekayasa genetika.

3. Can you explain about tissue culture and basic theory in applying of tissue culture?
Jawab :
Kultur jaringan/Kultur In Vitro/Tissue Culture adalah suatu teknik untuk mengisolasi, sel,
protoplasma, jaringan, dan organ dan menumbuhkan bagian tersebut pada nutrisi yang
mengandung zat pengatur tumbuh tanaman pada kondisi aseptik,sehingga bagian-bagian
tersebut dapat memperbanyak diri dan beregenerasi menjadi tanaman sempurna kembali
Kultur jaringan tanaman didasari oleh teori totipotensi sel (cellular totipotency) yang
menyebutkan bahwa setiap sel tanaman memiliki kapasitas untuk beregenerasi membentuk
tanaman secara utuh. Tanaman baru yang diperoleh dengan cara ini bersifat identik dengan
induknya, dan disebut plantlet. Prinsip utama dari teknik kultur jaringan adalah perbanyakan
 tanaman dengan menggunakan bagian vegetatif tanaman menggunakan media buatan yang
dilakukan di tempat steril.

4. What is micropropagation? How is it different from vegetative propagation?

Jawab :
Mikropropagasi adalah perbanyakan tumbuhan yang dilakukan melalui teknik kultur in vitro
dengan menumbuhkan dan mengembangkan eksplan dalam kondisi buatan yang aseptik.
Eksplan dapat berupa sel, jaringan, atau organ. Mikropropagasi bertujuan menghasilkan
secara massal tumbuhan yang mempunyai materi genetik identik, fisiologi seragam,
perkembangan normal dan bebas patogen, serta dapat diaklimatisasi dalam waktu singkat
dengan biaya yang hemat (Rahayu et al., 2015).

Perbanyakan mikropropagasi dengan perbanyakan vegetatif memiliki perbedaan dengan

mikropropagasi, yaitu dalam teknik mikropropagasi bahan tanaman yang dipergunakan lebih
kecil, lingkungan tumbuh kultur in vitro harus aseptik, dapat menghasilkan benih bebas
penyakit dari induk yang sudah mengandung patogen internal dan membutuhkan tempat yang
relatif kecil untuk menghasilkan jumlah benih yang lebih banyak.

5. Can you explain about somaclonal variations and it‟s significance in plant breeding.
Jawab :
Variasi somaklonal adalah variasi genetik tanaman yang dihasilkan melalui kultur jaringan
atau kultur sel, yang meliputi semua variasi genetik yang terjadi pada tanaman yang
diregenerasikan dari sel yang tidak berdiffrensiasi protoplas, kalus ataupun jaringan (Larkin
dan Scowcroft, 1981).

Keuntungan utama dari variasi somaklonal adalah meningkatkan pengadaptasian variabilitas

genetik, membentuk tanaman yang berguna dari segi agronomi, tanpa proses hibridisasi.
Variasi ini akan berguna jika seleksi in vitro dimungkinkan terjadi atau metode pemeriksaan
secara cepat yang tepat. Hal ini dapat dipercaya bahwa variasi somaklonal dapat ditingkatkan
selama kultur in vitro untuk beberapa karakter, seperti resisten terhadap penyakit, herbisida,
dan toleransi terhadap lingkungan dan stress terhadap bahan kimia.

Variasi somaklonal merupakan hal yang sangat berharga pada pemuliaan tanaman. Dimana
pemanfaatan variasi somaklonal dapat digunakan dalam pengembangan tanaman dengan sifat
yang baru (Bhatia dan Sharma, 2015).
6. What is an explant? How will you induce callus from it? Please explain it step by step
Jawab :
Eksplan adalah potongan/bagian jaringan yang diisolasi dari tanaman yangdigunakan untuk
inisiasi suatu kultur in vitro. Eksplan merupakan potongan tanaman yang diisolasi untuk
inisiasi kultur jaringan.

Agar dapat dihasilkan kalus, eksplan diambil dari daun dan tangkai bunga. Kemudian eksplan
diletakkan dalam media kultur yang sesuai. Eksplan tersebut akan terus membelah
membentuk masa sel yang belum terdifferensiasi yang disebut kalus. Setelah itu kalus
dipindahkan ke media differensiasi yang akan terus tumbuh dan berkembang menjadi
tanaman kecil (Plantet).

7. What is molecular markers and the advantages of using them for selection in plant breeding
over morphological and biochemical markers?
Jawab :
Marka molekuler adalah sekuen DNA yang dapat diidentifikasi, dan terdapat pada lokasi
tertentu pada genom, dan dapat diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya dengan
mengikuti hukum pewarisan sifat.

Marka molekuler dapat membantu pemulia dalam mengidentifikasi dan mengelompokkan

genotipe-genotipe tanaman serta menentukan kombinasi tetua persilangan terbaik untuk
mendapatkan hibrida dengan sifat yang unggul.

8. Discuss in detail different types of molecular markers used in plant breeding

Jawab :
Berbagai prinsip dasar dan metodologi dari marka molekuler yang dapat digunakan, dapat
dikelompokkan dalam empat kelompok
A. Hibridisasi Berdasarkan Marka
- RLFPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms),
- drDNA (Dispersed Repetitive DNA).
B. PCR Berdasarkan Marka
Metoda-metoda yang didasarkan atas PCR memiliki potensial dapat menurunkan
waktu, usaha dan marker molekuler yang dibutuhkan dalam teknik ini. Berdasarkan
pasangan primer yang digunakan dalam teknik ini, maka ada dua macam teknik yaitu:
1. Metode yang menggunakan sepasang primer (primer yang ditempatkan di awal dan
di akhir unit transkripsi)
• AP-PCR (Arbitrary Primed PCR),
• RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA dan DAF (DNA
Amplification Fingerprinting)
• Amplifikasi dari drDNA/VNTRs dan Retroposon

2. Metode yang menggunakan primer tunggal (primer yang ditempatkan di awal unit
transkripsi atau di akhir unit transkripsi).
• STSs (Sequence-Tagged Sites) dan (SCARs) Sequence Characterized
Amplified Regions
• DALP (Direct Amplification of Length Polymorphism)
• SSRs (Simple Sequence Repeats)
• IFLP (Intron Fragment Length Polymorphism)
• ESTs (Expressed Sequence Tags)
• RAMP (Random Amplified Microsatellite Polymorphism) dan REMAP
(Retroposon-Microsatellite Amplified Polymorphism)
• AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
• SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism).

C. Marka molekuler berdasarkan PCR yang dilanjutkan dengan hibridisasi

Marka molekuler yang diperoleh dari PCR yang dilanjutkan hirbridisasi dilakukan dengan
teknik fingerprinting oligonukleotida menggunakan fragmen RAPD atau MP-PCR sebagai
probe. Metoda ini menggabungkan berbagai kelebihan fingerprinting oligonukleotida dari
RAPD-PCR dan MP-PCR (microsatellite primed PCR).

D. Kelompok marka molekuler dengan metoda Sekuens SNPs (Single Nucleotide

Polymorphisms) dapat dilakukan dengan:
- Menggunakan gel sebagai dasar untuk mendapatkan hasil PCR untuk deteksi SNP
- Menggunakan bukan gel sebagai dasar mendapatkah hasil PCR untuk deteksi SNP
(Mohan et al., 1997; Gupta et al., 1999).
9. What is PCR technology and what are the role of this technology for plant breeding?
Jawab :
Menurut (Dorado et al., 2019), Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknologi canggih
yang dapat mendeteksi DNA dengan cara amplifikasi DNA. PCR memperbanyak
(amplifikasi) fragmen DNA spesifik menggunakan penanda molekuler dengan bantuan
enzim polymerase.

Perannya teknologi PCR dalam teknologi pemuliaan tanaman adalah keterlibatannya dalam
teknologi pemanfaatan markah DNA. Markah DNA terdapat beberapa tipe, salah satunya
terdapat markah yang berdasarkan pada reaksi rantai polimerase (PCR) dengan memakai
sekuen sekuen nukleotida sebagai primer.

10. Can you explain the each steps involved in the PCR reaction?
Jawab :
Tahapan kerja pada reaksi PCR ada tiga, yaitu:
a. Denaturing (94°) : Fase saat double strand DNA menjadi single strand DNA. Pada tahap
ini, ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi unting tunggal. Pemisahan
ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat bagi primer.
b. Annealing (55°-59°C) : Penempelan antara primer dengan target sequence. Primer
menempel pada bagian DNA templat yang komplementer urutan basanya.
c. Extension (72°C) : Sintesis rantai DNA (polymerase atau elongation)

11. What is transgenic technology? Please explain about the advantages and disadvantages of this
technology
Jawab :
Teknologi transgenik adalah teknologi yang dilakukan dengan cara mengintroduksi gen
tertentu ke dalam tubuh tanaman maupun hewan, sehingga dihasilkan sifat yang diinginkan
(Karmana, 2009). Disatu sisi penggunaan tanaman ini menguntungkan, namun disisi lain juga
mempunyai kelemahan. Menurut (Jayanto, 2018), kelebihan dan kekurangannya, yaitu:
Kelebihan :
a. Dapat menghasilkan tanaman yang tahan terhadap serangan hama dan kondisi lingkungan
b. Hasil panen lebih besar
c. Dapat menghasil zat tertentu pada tanaman
Kekurangan :
a. Menyebabkan resiko gangguan kesehatan
b. Hilang/punahnya tumbuhan asli
c. Transfer gen horizontal
12. Describe the various techniques utilized for introducing foreign DNA into plant cells
Jawab :
Proses Transformasi Genetik
Beberapa tahapan yang dilakukan dalam proses transformasi genetik, di antaranya: insersi
transgen, integrasi transgen ke genom tanaman, dan ekspresi transgen yang terintegrasi pada
genom. Tahap insersi transgen membutuhkan metode agar transgen dapat terinsersi ke sel
tanaman.

Saat transgen telah masuk ke sel tanaman, maka perlu dipastikan transgen tersebut harus
benar-benar terintergrasi ke genom tanaman. Berikutnya, transgen yang telah terintegrasi akan
terekspresi bersama dengan ekspresi gen tanaman.

Pada tahapan tersebut, DNA yang telah ditranskripsi akan menjadi RNA dan terbentuk
protein yang dikode oleh gen melalui proses translasi. Jika suatu gen berhasil ditranskripsi
dan ditranslasi, maka dapat dikatakan gen tersebut telah berfungsi.

Terdapat beberapa cara untuk melakukan metode insersi di antaranya metode Microprojectile
bombardment dan Agrobacterium-mediated transformation, ialah dua metode yang kerap
digunakan dibandingkan lainnya. Hal ini disebabkan, kedua metode tersebut memiliki
kelebihan, antara lain menghasilkan tanaman transgenik fertile, relatif murah dan mudah
dilakukan serta transgen yang disisipkan ke genom tanaman dapat diturunkan kepada
progeninya berdasarkan hukum Mendel.

Metode Agrobacterium-mediated transformation

Berikut tata cara transformasi tanaman menggunakan Agrobacterium.
1. Perkembangan Agrobacterium yang membawa vektor kointegrasi atau biner dengan gen
yang diinginkan.
2. Mengidentifikasi eksplan yang cocok, misalnya sel, protoplas, jaringan, kapalan, organ.
3. Ko-kultur eksplan dengan Agrobacterium.
4. Membunuh Agrobacterium dengan antibiotik yang sesuai tanpa merusak jaringan tanaman.
5. Seleksi sel tumbuhan yang diubah.
6. Regenerasi seluruh tanaman.
 Metode Microprojectile bombardment (penembakan dengan peluru mikro atau senjata
gen)
Metode ini, dilakukan dengan menembakkan partikel emas yang membawa DNA asing ke
dalam sel tumbuhan. Partikel tersebut, melewati dinding sel tumbuhan kemudian memasuki
inti sel (tempat transgen menyatu ke dalam kromosom tumbuhan).

Hadirnya teknik transfer gen diharapkan dapat terciptanya tanaman yang dapat tahan terhadap
penyakit, hama, dan herbisida sehingga meningkatnya hasil produksi. Hasil produksi
transformasi genetik tersebut merupakan produk GMO (genetically modified organism).

13. What do you mean by bio safety? Discuss in detail the biosafety guidelines and regulations
for release of genetically engineered microorganisms.
Jawab :
Biosafety atau keamanan hayati Produk Rekayasa Genetik (PRG) adalah keamanan mengenai
keamanan lingkungan, pangan, dan/atau pakan dalam PRG (Estiati & Herman, 2016)

Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 21 Tahun 2005 tentang Keamanan Hayati PRG
yang diberlakukan baik untuk PRG yang diintroduksi dari luar negeri maupun hasil riset
nasional. Pemberlakuan PP No. 21/2005 ditujukan untuk mencegah kemungkinan timbulnya
risiko yang merugikan bagi keanekaragaman hayati sebagai akibat pemanfatan PRG dan
mencegah timbulnya risiko yang merugikan dan membahayakan kesehatan manusia dan
hewan dan ikan sebagai akibat dari proses produksi, penyiapan, penyimpanan, peredaran, dan
pemanfaatan pangan PRG.

14. Can you describe the differences between the biosafety procedure for release of gmo (genetic
modified organism) and non gmo?
Jawab :
Terdapat beberapa regulasi untuk menjaga keamanan hayati GMO. Untuk melepas GMO,
terdapat beberapa regulasi yang harus diikuti dengan tujuan memastikan keamanan pangan
dan pakan produk yang akan diedarkan di masyarakat. Pemerintah meresmikan Protokol
Cartagena mengenai Biosafety pada Agustus 2004. Pemerintah Indonesia mengesahkan
Protokol Cartagena tentang Biosafety atas konvensi tentang keanekaragaman hayati dengan
Undang-Undang Republik Indonesia No.21 Tahun 2004.
 Protokol tersebut memiliki tujuan untuk memberikan konstribusi dan memastikan
keamanandi lingkungan serta menangani dan memberikan sarana bagi organismetransgenik
agar tidak merugikan keanekaragaman hayati dengan mempertimbangkan juga pula resikonya
terhadap kesehatan manusia.Protokol tersebut juga berlaku bagi perpindahan lintas batas,
persinggahan, penanganan, dan penggunaan semua organisme hasil modifikasi yang mungkin
memiliki efek buruk pada konservasi dan pemanfaatan secara berkelanjutan keanekaragaman
hayati, dengan mempertimbangkan pula risiko terhadap kesehatan manusia

15. Write a brief note on bioethics in plant genetic engineering. Discuss the „bioethics in plant
genetic engineering‟
Jawab :
Bioetika atau bioethics atau etika biologi didefinisikan oleh Samuel Gorovitz (dalam
Shannon, 1995) sebagai “penyelidikan kritis tentang dimensi-dimensi moral dari pengambilan
keputusan dalam konteks berkaitan dengan kesehatan dan dalam konteks yang melibatkan
ilmu-ilmu biologi”. juga mengemukakan bahwa bioetika berperan antara lain sebagai
pengaman bagi riset bioteknologi (Sugianto, 2017)

Dalam upaya memanfaatkan bioteknologisecara efektif, efisien dan aman, telah disusun
rancangan keputusan Menteri Pertanian Republik Indonesia tentang. Ketentuan Keamanan
Hayati Produk Bioteknologi Pertanian Hasil Rekayasa Genetik. Rancangan tersebut memuat
ketentuan umum, maksud dan tujuan, yaitu untuk mengatur dan mengawasi pemanfaatan
PBPHRG serta bertujuan untuk menjamin keamanan dan kesehatanmanusia, keamanan hayati
dan lingkungan yang berkaitan dengan pemanfaatan PBPHRG. Sedangkan ruang lingkup dari
rancangan tersebut mencakup pengaturanjenis-jenis,syarat-syarat, hak dan kewajiban,
pemantauan dan pelaporan pemanfaatan PBPHRG serta pengawasannya
 DAFTAR PUSTAKA

Nurcahyo, Heru. (2011). Diktat Bioteknologi. Jurusan pendidikan Biologi. FMIPA. UNY.
Yogyakarta.

Aqilah, Yasmine. (2021). BIOTEKNOLOGI PERTANIAN.

Adrianto, Hebert & Purwanti, Eny & Yusal, & Dyah, Ayu & Widyastuti, Eko & Sutrisno,
Kevin & Tamaela, Muhammad & Dailami, Rini & Purbowati, La & Angga, Anggi &
Khairina, Hanum & Hariri, Dessyre & Chrisnawati, Lili. (2021). Bioteknologi.

Dorado, G., Besnard, G., Unver, T., & Hernández, P. (2019). Polymerase Chain Reaction
(PCR). Encyclopedia of Biomedical Engineering, 1–3(6), 473–492.
https://doi.org/10.1016/B978-0-
12-801238-3.08997-2

Rahayu, E. S., Anggraito, U., & Dwisada, S. F. (2015). Kultur Fotoautotrofik :

Mikropropagasi,
Solusi Berkayu, Tumbuhan. MiPA Unnes Press, 78, 89.