MODUL PRAKTIKUM

DASAR BIOTEKNOLOGI LAUT

“Ekstraksi Senyawa Bioaktif dan Ekstraksi DNA”

OLEH :

TIM ASISTEN DASAR BIOTEKNOLOGI LAUT

JURUSAN PEMANFAATAN SUMBERDAYA PERIKANAN DAN KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2021
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa, penyusun ucapkan karena atas
limpahan rahmat-Nya modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut dapat diselesaikan.
Modul praktikum ini tidak terlepas dari kendala baik teknis maupun non-teknis selama
proses pengerjaannya, namun segala bentuk kendala dapat diatasi oleh tim
penyusun.

Modul ini dibuat sebagai dasar pegangan agar pelaksanaan praktikum dapat
berjalan sesuai dengan perencanaan untuk memperdalam teori yang diberikan
selama perkuliahan. Modul praktikum ini berisi panduan kesehatan dan keselamatan
pada saat bekerja di laboratorium, serta panduan dalam melakukan esktraksi
senyawa bioaktif dan ekstraksi DNA.

Penyusun menyadari perlu adanya kesempurnaan modul praktikum ini.

Perbaikan akan dilakukan seiring dengan perkembangan keilmuan yang dibutuhkan
oleh praktikan dalam bidang bioteknologi, sehingga dapat dijadikan masukan dan
saran untuk menyempurnakan cetakan modul praktikum Dasar Bioteknologi
Kelautan di praktikum selanjutnya.

Malang, 15 September 2021

Tim Asisten Dasar Bioteknologi Laut

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 2

 DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGANTAR ........................................................................................................................ 2
DAFTAR ISI..................................................................................................................................... 3
I. PENDAHULUAN ...................................................................................................................... 4
1.1 Latar Belakang .................................................................................................................. 4
1.2 Tujuan ............................................................................................................................... 5
II. MATERI PRAKTIKUM .............................................................................................................. 6
2.1 Panduan Kesehatan dan Keselamatan Laboratorium ........................................................ 6
2.1.1 Standar Pakaian di Laboratorium dan Keamanannya .................................................... 6
2.1.2 Aturan Dasar Pekerjaan Laboratorium ........................................................................... 7
2.1.3 Karakteristik Bahan Kimia .............................................................................................. 8
2.1.4 Alat dan Bahan yang digunakan di Laboratorium ......................................................... 12
2.2. Ekstraksi Senyawa Bioaktif ................................................................................................. 21
2.2.1 Preparasi Sampel ........................................................................................................ 21
2.2.2. Ekstraksi Sampel ......................................................................................................... 22
2.3. Ekstraksi DNA ................................................................................................................. 24
2.4. Elektroforesis .................................................................................................................. 25
2.4.1 Preparasi ..................................................................................................................... 25
2.4.2 Running Elektroforesis ................................................................................................. 25
III. PRAKTIK LABORATORIUM ............................................................................................... 28
3.1 Preparasi Sampel ............................................................................................................ 28
3.2 Ekstraksi Sampel............................................................................................................. 29
3.3 Ekstraksi DNA ................................................................................................................. 29
3.3.1 Metode Konvensional .................................................................................................. 29
3.3.2. Metode Chelex ............................................................................................................. 31
DAFTAR PUSTAKA ...................................................................................................................... 34
CATATAN PRAKTIKUM ................................................................................................................ 35
CATATAN PRAKTIKUM ................................................................................................................ 36
CATATAN PRAKTIKUM ................................................................................................................ 37
CATATAN PRAKTIKUM ................................................................................................................ 38
TIM ASISTEN DASAR BIOTEKNOLOGI LAUT ............................................................................. 39

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 3

 I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Aktivitas atau mekanisme yang terjadi pada level molekuler sangat penting
untuk dipelajari. Segala hal yang berhubungan dengan materi genetik dipelajari dan
diungkap menggunakan ilmu genetika, termasuk interaksi antara perbedaan tipe
DNA, RNA, protein, dan biosintesisnya. Sehingga dapat menunjukkan gen apa yang
mempengaruhi suatu penyakit genetik, identifikasi gen, identifikasi DNA, identifikasi
DNA forensik, terapi gen dalam mengobati, dan mencegah penyakit dan
sebagainya. Bahan genetik, sepeti molekul DNA (Deoxyribonucleic Acid) membawa
informasi genetik untuk diterjemahkan dalam rangkaian asam amino yang spesifik,
selanjutnya berperan dalam proses metabolisme. Pengaturan pengodean infomasi
biologi dan sistem metabolisme, fungsi dari sel. Sel dapat digolongkan berdasarkan
struktur dan organisasi sel, menjadi sel prokariot dan eukariot. Sel hidup tersusun
dari komponen kimia, seperti protein, asam nukelat, polisakarida, dan lemak
(Wahyudi, 2015).

Dewasa ini kajian yang bersifat molekuler sudah sangat berkembang. Biologi
molekuler merupakan ilmu pengetahuan merupakan multi disiplin ilmu dari biokimia,
biologisel, dan genetika yang mempelajari aktivitas biologi pada level molekular,
termasuk interaksi antara perbedaan tipe DNA, RNA, protein, dan biosintesisnya.
Aktivitas atau mekanisme apa yang terjadi pada level molecular sangat penting
untuk dipelajari sehingga dapat menunjukkan gen apa yang mempengaruhi suatu
penyakit genetik, identifikasi gen, identifikasi DNA, identifikasi DNA forensik, terapi
gen dalam mengobati, dan mencegah penyakit dan sebagainya.

Mangrove tumbuh dan berkembang pada lingkungan yang ekstrim pada

habitatnya selalu berubah-ubah sebagai akibat pengaruh lingkungan berupa,
temperatur tinggi, pasang surut, pengendapan lumpur, serta melimpahnya
mikroorganisme. Tanaman mangrove sejak lama diketahui mempunyai khasiat
sebagai obat-obatan tradisional untuk beberapa penyakit. Contoh penggunaan daun,
buah, kulit kayu, batang, akar, dan buah dari beberapa spesies mangrove dan
diambil ekstraknya. Namun pemanfaatan mangrove sebagai produk obat dan
makanan kesehatan belum banyak dilakukan. Hal ini disebabkan masih terbatasnya

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 4

informasi potensi bioaktif jenis mangrove Indonesia. Sehingga tanaman ini memiliki
potensi yang baik untuk diteliti mengenai senyawa metabolisme sekunder yang
dikandungnya (Oktavianus, 2013).

Ekstraksi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. Masalah-

masalah dalam ekstraksi DNA masih merupakan hal penting yang perlu diatasi.
Jumlah dan kualitas DNA hasil ekstraksi bervariasi tergantung dari spesies tanaman
ataupun hewan sehingga mempengaruhi analisis lebih lanjut seperti hibridisasi DNA,
pemotongan DNA dengan enzim restriksi maupun analisis dengan polymerase chain
reaction (PCR) ((Prayudo et al., 2015). Oleh karena itu, untuk mengetahui molekul
DNA dilakukan ekstraksi DNA dengan metode elektroforesis dan PCR (Polymerase
Chain Reaction).
1.2 Tujuan
Tujuan Praktikum Dasar Bioteknologi Laut adalah :
1. Mahasiswa dapat mengetahui panduan kesehatan dan keselamatan di
laboratorium.
2. Mahasiswa dapat melakukan proses ekstraksi senyawa bioaktif
3. Mahasiswa dapat melakukan proses ekstraksi DNA
4. Mahasiswa dapat melakukan proses elektroforesis

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 5

 II. MATERI PRAKTIKUM

2.1 Panduan Kesehatan dan Keselamatan Laboratorium

2.1.1 Standar Pakaian di Laboratorium dan Keamanannya
Keselamatan dan Keamanan Kerja (K3) atau Laboratory Safety memerlukan
perhatian khusus, karena penelitian menunjukkan telah terjadi kecelakaan kerja
dengan intensitas yang mengkhawatirkan yaitu 9 orang/hari. Oleh karena itu K3
sebaiknya melekat pada pelaksanaan praktikum dan penelitian di laboratorium.
Laboratorium adalah tempat staf pengajar, mahasiswa dan pekerja lab melakukan
eksperimen dengan bahan kimia, alat gelas dan alat khusus. Penggunaan bahan
kimia dan alat tersebut berpotensi terjadinya kecelakaan kerja. Pada umumnya
penyebab utama kecelakan kerja adalah kelalaian atau kecerobohan. Oleh karena itu
perlu dilakukan upaya untuk mencegah terjadinya kecelakaan dengan cara membina
dan mengembangkan kesadaran (attitudes) akan pentingnya K3 di laboratorium.

Pekerja laboratorium harus menaati etika berbusana ketika bekerja di

laboratorium. Busana yang dikenakan di laboratorium berbeda dengan busana yang
digunakan sehari hari. Busana atau pakaian di laboratorium hendaklah mengikuti
aturan sebagai berikut :
a. Mengenakan jas laboratorium, sarung tangan dan pelindung yang lain dengan
baik, meskipun penggunaan alat-alat keselamatan menjadikan tidak nyaman.
b. Dilarang memakai perhiasan yang dapat rusak oleh bahan kimia, sepatu yang
terbuka, sepatu licin, atau berhak tinggi.
c. Pria dan wanita yang memiliki rambut panjang harus diikat, rambut panjang
yang tidak terikat dapat menyebabkan kecelakaan. karena dapat tersangkut
pada alat yang berputar.

Seorang laboran pasti melakukan pekerjaan pemindahan bahan kimia pada

setiap kerjanya. Ketika melakukan pemindahan bahan kimia maka harus diperhatikan
hal hal sebagai berikut :
a. Membaca label bahan sekurang kurangnya dua kali untuk menghindari
kesalahan dalam pengambilan bahan misalnya antara asam sitrat dan asam
nitrat.
b. Memindahkan bahan kimia sesuai jumlah yang diperlukan.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 6

 c. Jangan menggunakan bahan kimia secara berlebihan
d. Jangan mengembalikan bahan kimia ke wadah botol semula untuk
menghindari kontaminasi, meskipun dalam hal ini kadang terasa boros.

Pembuangan Limbah Limbah bahan kimia secara umum meracuni lingkungan,

oleh karena itu perlu penanganan khusus :
a. Limbah bahan kimia tidak boleh dibuang langsung ke lingkungan.
b. Membuang limbah pada tempat yang disediakan.
c. Limbah organik dibuang pada tempat terpisah agar bisa didaur ulang.
d. Limbah padat (kertas saring, korek api, endapan) dibuang ditempat khusus.
e. Limbah yang tidak berbahaya (Misal : detergen) boleh langsung dibuang,
dengan pengenceran air yang cukup banyak.
f. Buang segera limbah bahan kimia setelah pengamatan selesai.
g. Limbah cair yang tidak larut dlm air dan beracun dikumpulkan pada botol dan
diberi label yg jelas.
2.1.2 Aturan Dasar Pekerjaan Laboratorium
Pada saat bekerja di laboratorium, perlu diperhatikan tata tertib dan etika ketika
bekerja terutama dengan alat-alat dan bahan yang digunakan, berikut ini adalah
beberapa aturan dasar pada saat bekerja di laboratorium

a. Pastikan anda mengetahui apa yang dilakukan jika terjadi kebakaran,

termasuk jalan keluar, menyalakan alarm kebakaran, dan titik kumpul dalam
meninggalkan gedung. Ingat yang paling utama adalah keselamatan, jika api
sudah membesar jangan mencoba memadamkan sendiri.
b. Laboratorium harus menunjukkan tempat P3K dan siapa yang harus
dihubungi ketika terjadi kecelakaan atau keadaan darurat. Laporkan segala
kecelakaan meskipul hal kecil,
c. Gunakan pakaian yang aman sepanjang waktu, jas lab yang bersih, dan
kacamata pelindung jika beresiko melukai mata
d. Jangan pernah merokok, makan, atau minum di laboratorium, karena
beresiko mengkontaminasi pernafasan dan pencernaan
e. Jangan pernah meniup/menyedot pipet yang berisi cairan
f. Berhati-hati dalam memegang dan mengoperasikan alat-alat berbahan kaca

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 7

 g. Mengetahui simbol bahaya dari bahan kimia
h. Jika menggunakan bahan berbahaya gunakan dalam jumlah sedikit
i. Bekerja dengan logika, sopan santun, dan minimalisir resiko dengan selalu
berfikir kedepan
j. Selalu rapikan dan bersihkan laboratorium setelah digunakan, karena terkait
keselamatan, dan tanggung jawab untuk penggunaan laboratorium kedepan
k. Kebanyakan laboratorium memiliki pembuangan khusus untuk benda tajam,
kaca, larutan berbahaya, dan limbah radioaktif
2.1.3 Karakteristik Bahan Kimia
Bahan kimia merupakan media yang mengandung unsur kimiawi yang sensitive
atau resistan terhadap kondisi lingkungan tertentu. Bahan kimia dapat ditemukan
sebagai reaktan, pelarut, katalis, inhibitor, sebagai bahan awal, produk jadi, produk
sampingan, kontaminan, atau produk di luar spesifikasi yang mungkin jenisnya
bervariasi dari murni, berbentuk zat tunggal, hingga formulasi eksklusif yang
kompleks. Paparannya mungkin melibatkan padatan, cairan, atau materi udara seperti
kabut, aerosol, debu, asap (yaitu partikulat berukuran µm), uap atau gas dalam
kombinasi apapun.

Bahan kimia merupakan media yang mengandung unsur kimiawi yang sensitive
atau resistan terhadap kondisi lingkungan tertentu sehingga dibutuhkan penanganan
khusus dalam proses penyimpanannya. Beberapa karakteristik bahan kimia yang
sering kita temui di laboratorium diantaranya yaitu :

a. Explosive (mudah meledak)

b. Oxidizing (mudah teroksidasi)
c. Flammable (mudah terbakar)
d. Toxic (beracun)
e. Harmful irritant (bahaya iritasi)
f. Corrosive (korosif)
g. Dangerous for environmental (Bahan berbahaya bagi lingkungan)

Penyimpanan bahan aktif antar bahan aktif akan berbeda sesuai dengan
karakteristiknya. Bahan kimia perlu dikelompokkan sesuai karakteristik sebelum
disimpan. Misal penyimpanan bahan kimia dengan karakteristik cairan mudah

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 8

terbakar dapat menggunakan tempat penyimpanan berupa lemari yang tidak mudah
terbakar atau lemari es. Tempat penyimpanan bahan juga harus tersedia alat
pemadam kebakaran serta Jauh dari sumber api atau panas, termasuk loncatan api
listrik dan bara rokok.
2.1.3.1 Explosive (Mudah Meledak)

Gambar 1. Logo Bahan Kimia Mudah Meledak

Bahan kimia dengan kategori explosive merupakan bahan kimia dengan sifat
yang mudah meledak. Penyebab ledakan dapat berupa benturan, pemanasan,
pukulan, gesekan, reaksi dengan bahan kimia lain, adanya sumber percikan api.
Ledakan terkadang dapat terjadi meski dalam kondisi tanpa oksigen. Contoh bahan
kimia dengan sifat explosive antara lain TNT, ammonium nitrat, dan nitroselulosa.
2.1.3.2 Oxidizing (Mudah Teroksidasi)

Gambar 2. Logo Bahan Kimia yang Mudah Teroksidasi

Bahan kimia dengan label tersebut merupakan bahan kimia yang bersifat
mudah menguap dan mudah terbakar melalui oksidasi (oxidizing). Penyebab
kebakaran dapat berupa reaksi bahan tersebut dengan udara yang panas, percikan
api, atau karena reaksi dengan bahan-bahan yang bersifat reduktor. Contoh bahan
kimia yang mudah teroksidasi antara lain hidrogen peroksida dan kalium perklorat.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 9

2.1.3.3 Flammable (Mudah Terbakar)

Gambar 3. Logo Bahan Kimia Mudah Terbakar

Terdapat dua kategori bahan kimia yang mudah bereaksi dengan oksigen dan
dapat menimbulkan kebakaran, yaitu :

a. Extremely Flammable (amat sangat mudah terbakar). titik nyala pada suhu 0
derajat Celcius dan titik didih pada suhu 35 derajat Celcius. umumnya berupa
gas pada suhu normal dan disimpan dalam tabung kedap udara bertekanan
tinggi.
b. Highly Flammable (sangat mudah terbakar). memiliki titik nyala pada suhu 21
derajat Celcius dan titik didih pada suhu yang tak terbatas. Pengaruh
kelembaban pada terbakar atau tidaknya bahan ini sangat besar. Oleh karena
itu, bahan ini biasanya disimpan pada kondisi kelembaban tinggi.

Contoh bahan bersifat flammable dapat diklasifikasikan sebagai berikut:

a. Zat terbakar langsung : aluminium alkil fosfor. Keamanan: hindari kontak bahan
dengan udara.
b. Gas amat mudah terbakar : butane dan propane. Keamanan: hindari kontak
bahan dengan udara dan sumber api.
c. Cairan mudah terbakar : aseton dan benzene. Keamanan: jauhkan dari sumber
api atau loncatan bunga api.
d. Zat sensitive terhadap air, yakni zat yang membentuk gas mudah terbakar bila
terkena air atau api.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 10

2.1.3.4 Toxic (Beracun)

Gambar 4. Logo Bahan Kimia Beracun

Keracunan akibat bahan kimia dapat bersifat akut dan kronis, bahkan hingga
menyebabkan kematian pada konsentrasi tinggi. Keracunan akibat bahan kimia bukan
hanya terjadi jika bahan masuk melalui mulut, bahan ini juga bisa meracuni lewat
proses pernafasan (inhalasi) atau melalui kontak dengan kulit. Contoh bahan kimia
yang memiliki sifat toxic antara lain arsen triklorida dan merkuri klorida.
2.1.3.5 Harmful Irritant (Bahaya Iritasi)
Simbol bahan kimia Harmful Irritant terbagi menjadi 2 kode, yakni :

a) Kode Xn menunjukan adanya risiko kesehatan jika bahan masuk melalui

pernafasan (inhalasi), melalui mulut (ingestion), dan melalui kontak kulit,
contoh bahan dengan kode Xn misalnya peridin.
b) Kode Xi menunjukan adanya risiko inflamasi jika bahan kontak langsung
dengan kulit dan selaput lendir, contoh bahan dengan kode Xi misalnya
ammonia dan benzyl klorida.

Gambar 5. Logo Bahan Kimia dengan Bahaya Iritasi

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 11

2.1.3.6 Corrosive (Korosif)

Gambar 6. Logo Bahan Kimia yang Bersifat Korosif

Simbol bahan kimia tersebut menunjukan bahwa suatu bahan kimia bersifat
korosif dan dapat merusak jaringan hidup. Karakteristik bahan dengan sifat ini
umumnya bisa dilihat dari tingkat keasamaannya. pH dari bahan bersifat korosif
lazimnya berada pada kisaran < 2 atau >11,5. Jangan menghirup uap dari bahan ini
dan kontak langsung dengan mata dan kulit. Contoh bahan kimia yang bersifat korosif
antara lain belerang oksida dan klor.
2.1.3.7 Dangerous for Enviromental (Bahan Berbahaya bagi Lingkungan)

Gambar 7. Logo Bahan Berbahaya Bagi Lingkungan

Simbol bahan kimia pada gambar di atas menunjukan bahwa bahan tersebut
berbahaya bagi lingkungan (dangerous for environment). Melepasnya langsung ke
lingkungan, baik itu ke tanah, udara, perairan, atau ke mikroorganisme dapat
menyebabkan kerusakan ekosistem. Contoh bahan berbahaya bagi lingkungan
antara lain tetraklorometan, tributil timah klorida, dan petroleum bensin.
2.1.4 Alat dan Bahan yang digunakan di Laboratorium
2.1.4.1 Rotary Evaporator
Rotary Evaporator merupakan alat yang digunakan di laboratorium untuk
menghilangkan pelarut secara efisien dan perlahan-lahan serta untuk preparasi
destilasi dan penemuan ekstrak. Rotary Evaporator digunakan pada komponen
pelarut yang akan dihilangkan dari sampel setelah ekstraksi segera setelah isolasi
dari produk ekstrak tersebut. Dengan Rotary Evaporator akan didapatkan cara

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 12

penguapan pelarut tanpa pemanasan berlebih dan terhindar dari resiko merusak
sampel yang biasanya merupakan molekul kombinasi yang sensitif dan kompleks
antara pelarut dan zat terlarutnya. Rotary Evaporator diterapkan untuk memisahkan
pelarut yang telah diturunkan titik didihnya dengan komponen yang akan berwujud
padat pada suhu dan tekanan kamar.

Gambar 8. Rotary Evaporator

Terdapat beberapa bagian dari alat Rotary Evaporator dengan fungsi sebagai
berikut :

a. Hot plate, berfungsi untuk mengatur suhu pada waterbath dengan

temperatur yang diinginkan (tergantung titik didih dari pelarut).
b. Waterbath, sebagai wadah air yang dipanaskan oleh hot plate untuk labu
alas yang berisi sampel.
c. Ujung Rotor Sampel, berfungsi sebagai tempat labu alas bulat sampel
bergantung.
d. Lubang Masuk kondensor, berfungsi sebagai pintu masuk bagi air
kedalam kondensor yang airnya disedot oleh pompa vakum.
e. Kondensor, berfungsi sebagai pendingin yang mempercepat proses
perubahan fasa, dari fasa gas ke fasa cair.
f. Lubang Keluar Kondensor, berfungsi sebagai pintu keluar bagi air dari
dalam kondensor.
g. Labu alas bulat penampung, berfungsi sebagai wadah bagi penampung
pelarut.
h. Ujung Rotor Penampung, berfungsi sebagai tempat labu alas bulat
penampung bergantung.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 13

2.1.4.2 Elektroforesis

Pada dasarnya, mesin elektroforesis merupakan rangkaian dari peralatan-

peralatan yang meliputi elektroda sebagai penghubung arus listrik dengan media
pemisah dan baterai atau arus listrik sebagai sumber energi pada rangkaian alat.
Voltase dan waktu penggunaan alat bervariasi sesuai dengan kebutuhan penelitian.
Kedua faktor terebut haruslah stabil karena tegangan yang lebih tinggi dapat
menyebabkan pemanasan yang merupakan salah satu faktor denaturasi DNA serta
dapat menguapkan kandungan air pada media. Namun salah satu keuntungan
dalam menggunakan tegangan tinggi adalah proses pemisahan yang lebih cepat.
Sebaliknya, proses pemisahan akan memakan waktu yang lebih lama pada
tegangan yang lebih rendah, sehingga meskipun aman, tidak optimum dilakukan
(Harahap, 2018).
Mesin elektroforesis digunakan pada saat elektroforesis dan terdiri dari
power supply dan kotak elektroforesis. Elektroforesis merupakan metode standar
untuk separasi makromolekul seperti protein, DNA, RNA berdasarkan ukurannya.
Saat elektroforesis kecepatan gerak molekul tergantung pada rasio muatan
terhadap massanya dan bentuk molekulnya seperti pada Gambar 3.

Gambar 9. Pergerakan molekul pada alat elektroforesis

2.1.4.3 Sentrifuge
Mesin sentrifuge digunakan untuk memisahkan DNA dari selnya
menggunakan prinsip sentrifugasi. Partikel dimasukkan pada tube dan dicampur
dengan media cair dan ketika mesin dinyalakan, rotor dengan tube yang telah
terpasang akan mulai bekerja dan berputar sesuai dengan kecepatan yang dipilih
oleh pengguna. Ketika rotor berputar, dihasilkan gaya sentrifugal yang
menyebabkan partikel mulai mengendap sesuai dengan besar gaya sentrifugal yang
diberikan. Kecepatan mengendapnya suatu partikel bergantung pada ukuran,
bentuk, densitas, ataupun kekentalannya, sehingga pada akhirnya, partikel-partikel
akan terpisahkan sesuai dengan sifat-sifat tersebut.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 14

 Gambar 10. Mekanisme kerja mesin sentrifuge

2.1.4.4 Mikropipet
Mikropipet menjadi alat yang sangat penting saat proses pengujian senyawa
bioaktif dan analisis DNA mulai proses ekstraksi hingga elektroforesis. Skala
mikropipet beragam mulai dari 10 µl, 20 µl, 100 µl, hingga 1000 µl.

Saat menggunakan mikropipet, ujung mikropipet dipasang tip yang sesuai

dengan ukuran skala mikropipet. Tip ini berfungsi untuk menghindari kontaminasi alat
dari larutan-larutan yang mungkin masuk.

Gambar 11. Mikropipet

Cara Penggunaan Mikropipet :

1) Diatur volume dengan memutar knop pengatur volume.

2) Dipasang tip dengan menancapkan pada ujung mikropipet.
3) Ditekan penyedot pipet sampai pada batas pertama (first stop).
4) Dimasukkan tip ke dalam larutan yang akan dipindahkan.
5) Diambil larutan ke dalam tip dengan menjaga tekanan balik secara perlahan
sampai tip terisi penuh dan posisi penyedot kembali seperti posisi sebelum
penyedotan.
6) Dibiarkan tip tetap di bawah permukaan larutan selama pengambilan
7) Berhenti sesaat, pastikan larutan sudah mengisi tip

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 15

 8) Dipindahkan tip dari larutan
9) Dikeluarkan larutan
10) Penyedot masih dalam posisi ditekan, tarik pipet dari wadah penampung
larutan
11) Dilepas tekanan penyedot secara pelan-pelan sampai kembali pada posisi
semula
12) Dilepas tip dengan menekan ejector

2.1.4.5 Kertas Saring Whatman 42

Gambar 12. Kertas Saring Whatman 42

Penyaringan adalah pembersihan partikel padat dari suatu fluida dengan

melewatkannya pada medium penyaringan, atau septum, yang di atasnya padatan
akan terendapkan. Rentang penyaringan pada industri mulai dari penyaringan
sederhana hingga pemisahan yang kompleks. Kertas saring adalah suatu kertas
semi-permeabel yang dipotong melingkar dan ditempatkan serenjang dalam suatu
corong pemisah, agar kotoran tidak larut tersaring dan memungkinkan bagian dari
larutan dapat terpisahkan melalui pori-pori kertas.

Secara umum hasil penelitian menunjukkan bahwa penyaringan menggunakan

kertas saring Whatman nomor 42 cukup efektif untuk mendapatkan mikropartikel
yang relatif kecil dan seragam tetapi tidak cukup efektif untuk mendapatkan
mikropartikel dengan distribusi ukuran yang lebih sempit.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 16

2.1.4.6 Larutan Lisis Buffer

Gambar 13. Larutan Lisis Buffer

Dalam proses ekstraksi DNA bertujuan untuk mengeluarkan DNA dari

nukleus, mitokondria, atau organel dan biasanya dilakukan dengan penambahan lisis
buffer untuk mencegah terjadinya kerusakan DNA. Pada saat ekstraksi DNA
dilakukan penumbukan sampel agar bahan sampel menjadi halus dan komposisinya
menyatu. Pada dasarnya ekstraksi DNA terdiri dari beberapa tahap, yaitu
homogenisasi, separasi, presipitasi, pencucian dan pelarutan DNA. Pembuatan
larutan lisis buffer mengggunakan 3 bahan, antara lain:
a. Sabun cuci berfungsi menjaga nilai pH agar tetap konstan. pH konstan untuk
mencegah terjadinya denaturasi DNA
b. Garam berfungsi sebagai pemecah membran sel dan membran inti untuk
mengeluarkan DNA dari dalam sel
c. Aquades sebagai pelarut
Kelebihan dari larutan lisis buffer untuk ekstraksi DNA, yaitu proses ekstraksinya
mudah, bahan yang digunakan memiliki harga yang ergonomis dan mudah diperoleh.
Kekurangan dari penggunaan larutan lisis buffer ialah kemurnian DNA kurang
(karena adanya protein, RNA), mudah terkontaminasi, serta berbahaya (phenol
chlorofoam).
2.1.4.7 Chelex 100 Resin

Gambar 14. Chelex 100 Resin

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 17

 Chelex merupakan resin pengkelat dengan afinitas yang tinggi terhadap ion besi
multivalent. Chelex merupakan singkatan dari Chelating Ion Exchange Resin. Resin
ini akan berikatan dengan ion-ion sehingga terbentuk DNA bebas ion, melindungi dari
kerusakan DNA pada suhu tinggi dan menghilangkan inhibitor Taq polymerase.
Chelex 100 resin menjadi penyusun utama larutan Chelex 10% yang memiliki
kelebihan dalam penggunaannya yaitu, membutuhkan waktu yang relatif singkat (30-
45 menit), proses pembuatan larutan resin Chelex sangat praktis (tidak rumit). Chelex
merupakan resin stabil yang marnpu bekerja secara efektif pada kisaran pH yang
luas, yaitu antara pH 2 - 14, dan juga dianggap sebagai pilihan reagen yang sangat
ekonomis untuk proses ekstraksi DNA, karena harganya relatif murah.
Kekurangan dari Chelex 100 antara lain DNA dan RNA yang dihasilkan relatif
sedikit, tahap pemanasan yang dilakukan selama proses ekstraksi dapat merusak
struktur rantai ganda DNA (denaturasi)yang dihasilkan, sehingga dibutuhkan pula
freeze shock setelah proses pemanasan untuk menormalkan kembali struktur DNA.
dan juga diperlukan ketrampilan yang handal untuk mengambil ekstrak DNA agar
tidak terkontaminasi oleh molekul ataupun senyawa lainnya. Selain itu, molekul DNA
maupun RNA yang dihasilkan dengan metode ini akan kurang stabil selama proses
penyimpanan dengan rentang waktu yang lama
2.1.4.8 Metanol

Gambar 15. Metanol

Metanol merupakan bahan kimia yang masuk dalam golongan Alkohol serta
memiliki nama dagang atau sinonim Alcohol metalico; Alcohol methylique; Carbinol;
Colonial spirit; Hydroxymethane; Metanolo; Methanol; Methylol; Methyl alcohol;
Methylalkohol; Methyl hydrate; Methyl hydroxide; Monohydroxymethane;
Olumbianspirits; Pyroxylic spirit; Synthetic wood naphtha; Wood alcohol;
Woodnaphtha; Wood spirit.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 18

 Penggunaan Metanol banyak digunakan dalam pembuatan cat, sebagai
penghilang vernis, sebagai pelarut dalam industri, sebagai penguat bahan bakar,
sebagai bahan bakar pada kompor portable, digunakan dalam pembuatan
formaldehid, asam asetat, derivat metil, dan asam anorganik. Jika tidak ditangani
dengan baik, penggunaan metanol dapat menyebabkan bahaya kesehatan seperti :

2.1.4.8.1 Terhirup
Jika terhirup dapat menyebabkan iritasi saluran napas, batuk, pusing, sakit
kepala, mual, lemah, gangguan penglihatan. Menghirup udara yang mengandung
kadar metanol tinggi dapat menyebabkan iritasi membran mukosa, sakit kepala,
rasa mengantuk, mual, kehilangan kesadaran, gangguan saluran cerna dan
penglihatan, bahkan kematian.

2.1.4.8.2 Kontak dengan kulit

Jika terkena kulit dapat menyebabkan iritasi kulit, kulit menjadi kering dan
kemerahan.

2.1.4.8.3 Kontak dengan mata

Jika terkena mata dapat menyebabkan iritasi mata, mata nyeri dan
kemerahan. Jika mata terkena cairan metanol atau uap metanol dengan
konsentrasi tinggi dapat menyebabkan iritasi, mata berair, dan terbakar.

2.1.4.8.4 Tertelan
Jika tertelan dapat menyebabkan nyeri perut, napas pendek, muntah, kejang,
tidak sadarkan diri, kebutaan, kematian. Menelan metanol walaupun hanya sedikit,
dapat menyebabkan kebutaan atau kematian. Efek sub letal dapat berupa mual,
sakit kepala, nyeri perut, muantah, gangguan penglihatan yang bervariasi dari
pandangan buram hingga sensitif terhadap cahaya.

Apabila bahaya tersebut terjadi, maka harus dilakukan pertolongan pertama

pada korban, diantaranya adalah :

a. Terhirup
Pindahkan korban ke tempat berudara segar. Berikan pernapasan buatan
jika dibutuhkan. Jika mengalami kesulitan bernapas, berikan oksigen. Segera
bawa ke rumah sakit atau fasilitas kesehatan terdekat.Jika Terhirup Serius :
Segera pindahkan korban ke tempat yang lebih aman. Longgarkan pakaian yang

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 19

melekat ketat, seperti kerah baju, dasi, atau ikat pinggang. Jika mengalami
kesulitan bernapas, berikan oksigen. Jika tidak bernapas, resusitasi dari mulut ke
mulut. Namun perlu diperhatikan kemungkinan bahaya dilakukannya pertolongan
resusitasi dari mulut ke mulut jika korban menghirup bahan yang beracun,
menginfeksi, atau korosif. Segera bawa ke rumah sakit atau fasilitas kesehatan
terdekat.

b. Kontak dengan kulit

Segera tanggalkan pakaian, perhiasan, dan sepatu yang terkontaminasi.

Cuci kulit, kuku, dan rambut menggunakan sabun dan air mengalir yang banyak
sampai dipastikan tidak ada bahan kimia yang tertinggal, sekurangnya selama 15-
20 menit. Beri emollient pada bagian kulit yang teriritasi. Bila perlu segera bawa
ke rumah sakit atau fasilitas kesehatan terdekat.

Kontak kulit serius: Cuci kulit menggunakan sabun desinfektan dan beri krim
antibakteri pada bagian kulit yang terkena bahan. Segera bawa ke rumah sakit
atau fasilitas kesehatan terdekat.

c. Kontak dengan mata

Segera cuci mata dengan air mengalir yang banyak, sekurangnya selama
15-20 menit dengan sesekali membuka kelopak mata bagian atas dan bawah
sampai dipastikan tidak ada lagi bahan kimia yang tertinggal. Segera bawa ke
rumah sakit atau fasilitas kesehatan terdekat

d. Tertelan
Menelan metanol berpotensi mengancam jiwa. Mula timbulnya (onset) gejala
dapat tertunda selama 18 hingga 24 jam setelah menelan metanol. Jangan

lakukan induksi muntah, kecuali ada instruksi dari petugas kesehatan. Jangan
berikan apapun melalui mulut pada korban yang tidak sadarkan diri. Longgarkan
pakaian yang melekat ketat, seperti kerah baju, ikat pinggang, atau dasi.
Bersihkan mulut menggunakan air bersih. Segera bawa ke rumah sakit atau
fasilitas kesehatan terdekat.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 20

2.2. Ekstraksi Senyawa Bioaktif
Senyawa bioaktif merupakan senyawa fungsional yang terdapat dalam bahan
pangan dan dapat memberikan pengaruh biologis maupun fisiologis. Mangrove

merupakan salah satu organisme yang mampu melakukan metabolisme

sekunder dan menghasilkan senyawa bioaktif. Metabolit sekunder berperan penting
dalam pertahanan mekanisme dan melindungi sel-sel alga terhadap kondisi stress.
Metabolit sekunder diklasifikasikan ke dalam berbagai kelompok senyawa bioaktif
tergantung pada konfigurasi strukturalnya. Kelas utamanya meliputi alkaloid,
flavonoid, fenolat, tanin, terpenoid yang menunjukkan sifat farmakologis yang
signifikan Berbagai penelitian tentang senyawa bioaktif telah dilakukan untuk tujuan
kesehatan manusia seperti antioksidan, anti-inflamasi, anti-aging, dan lain
sebagainya.

Fenol merupakan senyawa metabolit sekunder yang terdapat dalam suatu

organisme berfungsi untuk mencegah terjadinya kerusakan atau menurunnya
kemampuan bertahan hidup suatu organisme. Flavonoid merupakan kelompok
terbesar dari polifenol, Flavonoid pada tumbuhan berperan memberi warna, rasa
pada biji, bunga, dan buah serta aroma serta melindungi tumbuhan dari pengaruh
lingkungan, sebagai antimikroba, dan perlindungan dari paparan sinar UV.
2.2.1 Preparasi Sampel
Preparasi sampel merupakan tahapan awal dalam pengujian senyawa bioaktif
dari sampel buah mentah Sonneratia caseolaris. Preparasi ini terdiri dari
pengambilan sampel, pencucian, pengeringan, dan penghalusan.
2.2.1.1. Kriteria Sampel
Sampel yang digunakan dalam penelitian berupa buah mentah dan matang
yang diambil dari Pantai Serang, Kabupaten Blitar. Ukuran buah mangrove yang
digunakan berukuran kurang dari 6 cm (< 6 cm). Buah yang telah diambil dimasukkan

ke dalam trashbag kemudian dibawa menuju laboratorium, lalu ditimbang berat basah
sampel. Bagian kelopak buah dikeluarkan lalu dicuci bersih dan ditiriskan. Buah
tersebut selanjutnya dikeringkan dengan cara diangin-anginkan di ruang terbuka.
2.2.1.2. Pencucian
Pencucian merupakan salah satu tahapan yang dilakukan pada saat preparasi
sampel. Proses ini bertujuan untuk menghilangkan kotoran, garam, maupun epifit

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 21

 yang terdapat pada sampel. Hal ini dilakukan supaya kotoran yang ada pada
sampel tidak mempengaruhi proses uji fitokimia. Pencucian terhadap buah
mangrove dilakukan pada air mengalir. Proses pencucian dilakukan dengan
menggunakan air tawar lalu dibilas dengan akuades untuk memastikan
kebersihannya.
2.2.1.3. Pengeringan
Salah satu proses yang berperan penting terhadap mutu simplisia adalah proses
pengeringan. Proses pengeringan berpengaruh terhadap kandungan senyawa kimia
maupun efek farmakologis yang terkandung dalam suatu tanaman obat. Hal ini
berpengaruh terhadap senyawa yang berkhasiat sebagai antioksidan. Kandungan
fenolik dan flavonoid total dalam suatu simplisia yang mempunyai aktivitas antioksidan
kestabilannya dapat dipengaruhi oleh proses pengeringan. Metode pengeringan
dibagi menjadi empat macam yang meliputi pengeringan oven, sinar matahari
langsung, sinar matahari tidak langsung dan kering angin.

Tujuan dilakukannya pengeringan yaitu untuk menghilangkan kadar air yang

terkandung pada sampel. Metode pengeringan yang dilakukan nantinya akan
berpengaruh terhadap uji fitokimia yang dilakukan. Metode pengeringan dibagi
menjadi 4 macam yakni pengeringan oven, pengeringan sinar matahari langsung,
pengeringan sinar matahari tidak langsung dan pengeringan angin. Pada praktikum
bioteknologi kelautan, sampel buah mentah mangrove dikeringkan dengan metode
pengeringan oven. Hal ini dilakukan karena pengeringan dengan metode oven jauh
lebih cepat dan efisien.
2.2.1.4. Penghalusan
Penghalusan merupakan salah satu tahap preparasi sampel yang bertujuan
untuk menghaluskan permukaan sampel buah mangrove yang akan di ekstraksi.
Penghalusan terhadap sampel buah mangrove dilakukan secara mekanik. Alat yang

digunakan pada saat penghalusan bisa secara otomatis (dengan bantuan mesin)
maupun secara manual (menggunakan alu mortar). Sampel yang sudah halus akan
dikemas dengan kemasan plastik hingga siap digunakan untuk pengujian fitokimia.
Proses penghalusan merupakan proses terakhir dalam tahapan preparasi sampel.

2.2.2. Ekstraksi Sampel

Ekstraksi adalah proses penarikan atau pemisahan suatu komponen aktif

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 22

pada simplisia dengan menggunakan pelarut tertentu. Salah satu faktor yang
mampu mempengaruhi kualitas dan kuantitas ekstrak yaitu metode ekstraksi yang
digunakan. Dua metode ekstraksi yang lazim digunakan adalah maserasi dan
sokletasi.
2.2.2.1. Maserasi

Maserasi adalah teknik yang digunakan untuk menarik atau mengambil

senyawa yang diinginkan dari suatu larutan atau padatan dengan teknik perendaman
terhadap bahan yang akan diekstraksi. Sampel yang telah dihaluskan direndam dalam
suatu pelarut organik selama beberapa waktu. Perendaman sampel tumbuhan
menyebabkan terjadinya pemecahan dinding dan membran sel akibat perbedaan
tekanan antara di dalam dan di luar sel, sehingga metabolit sekunder yang ada dalam
sitoplasma akan terlarut dalam pelarut organik dan ekstraksi senyawa akan sempurna
karena dapat diatur lama perendaman yang dilakukan. Hasil maserasi dipengaruhi
oleh jenis pelarut yang digunakan, lama waktu maserasi, dan sifat senyawa bioaktif
yang terekstrak bergantung pada kepolaran pelarut itu sendiri.

Gambar 16. Ekstraksi dengan metode maserasi

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 23

2.2.2.2. Perbandingan Maserasi dan Sokletasi
Tabel 1. Perbandingan Maserasi dan Sokletasi
Maserasi Sokletasi

Teknis Cara dingin Cara panas

Tingkat kesulitan Sederhana Rumit

Prinsip Pencapaian kesetimbangan Ekstraksi secara kontiniu

konsentrasi dengan pelarut yang relatif
konstan

Waktu Butuh waktu lebih lama Waktu relatif cepat

Penyaringan Penyaringan kurang Tidak perlu penyaringan

sempurna

2.3. Ekstraksi DNA

Menurut Marwayana (2015), ekstraksi DNA adalah proses tahapan pertama
yang dilakukan untuk mendapatkan total DNA dari suatu biota. Secara umum
ekstraksi DNA meliputi beberapa tahapan proses penting, yaitu dari mulai tahap
persiapan hingga akhirnya diperoleh ekstrak DNA yang terlarut dalam suatu
larutan penyangga (buffer) khusus. Larutan tersebut akan digunakan untuk
menyimpan dan mempertahankan kondisi DNA secara kualitatif dan kuantitatif
dalam jangka waktu yang relatif lama. Secara kualitatif, berarti larutan penyangga
tersebut harus dapat mempertahankan kualitas DNA yang terlarut tetap dalam
kondisi baik. Sedangkan secara kuantitatif berarti larutan penyangga tersebut
harus mampu mempertahankan jumlah DNA yang terlarut, sehingga jumlahnya
tetap (tidak terdegradasi/rusak) dan cukup untuk digunakan dalam tahapan
selanjutnya tanpa mengalami penurunan kualitas maupun kuantitas DNA terlarut.

Ekstraksi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari nukleus, mitokondria,

atau organel dan biasanya dilakuakan dengan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisis untuk mencegah terjadinya kerusakan DNA. Terdapat banyak metode
ekstraksi DNA yang tergantung pada tujuannya diantaranya adalah secara
konvensional yang menggunakan larutan Lisis Buffer dan juga dengan larutan
Chelex 10%.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 24

2.4. Elektroforesis

Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan yang memanfaatkan

medan listrik yang dihasilkan oleh elektroda-elektroda untuk memisahkan
senyawa-senyawa yang memiliki muatan berupa kation maupun anion (Harahap,
2018). Molekul dari senyawa-senyawa tersebut akan bergerak menuju kutub-kutub
elektroda yang memiliki muatan yang berlawanan dengan kecepatan yang
tergantung pada rasio muatan terhadap massanya dan bentuk molekulnya.
2.4.1 Preparasi
Terdapat 2 komponen penting dalam melakukan elektroforesis, yaitu larutan
penyangga yang juga berfungsi untuk menampung komponen serta media
pemisah. Larutan penyangga yang umum digunakan adalah TBE Buffer. TBE (Tris
Boric EDTA) buffer, sesuai dengan namanya, terdiri atas 3 komponen: Tris base
yang berfungsi sebagai pengondisi basa serta bersama dengan Boric acid
menetralkan buffer, Boric acid yang berfungsi sebagai pengondisi asam serta
bersama dengan Tris base menetralkan buffer, dan yang terakhir adalah EDTA
(Ethylenediamine tetraacetic acid) yang berfungsi sebagai agen chealating yang
mengikat Mg2+ agar tidak mengaktivasi DNAse (Enzim yang dapat mendegradasi
DNA.
Keberhasilan proses elektroforesis juga bergantung pada media yang
digunakan. Salah satu media yang paling umum digunakan adalah gel agarose.
Agarose merupakan polisakarida yang telah dimurnikan dari agar sehingga
komponen yang bersifat merusak DNA/RNA telah dipisahkan. Gel agarose
memiliki matriks yang permeabel; molekul berukuran kecil mampu bermigrasi lebih
cepat sehingga mampu berpindah dengan jarak yang lebih jauh. Hal sebaliknya
terjadi pada molekul besar. Komponen dari gel agarose meliputi: Bubuk agarose
sebagai bahan utama pembentuk gel, TBE Buffer (yang telah dibuat sebelumnya)
sebagai larutan penyangga dalam proses elektroforesis, serta gel red yang
berfungsi sebagai pewarna molekul sehingga nantinya dapat dilihat dibawah sinar
UV.
2.4.2 Running Elektroforesis
Running elektroforesis mengacu pada penggunaan mesin elektroforesis
dalam melakukan proses elektroforesis. Mesin elektroforesis inilah yang

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 25

memberikan muatan listrik pada molekul sehingga dapat bergerak menuju kutub-
kutub elektroda yang berlawanan. Mesin ini juga mampu mengatur waktu serta
voltase yang digunakan dalam proses running sesuai dengan kebutuhan
penelitian. Setelah dilakukannya running elektroforesis, hasil dapat dibaca
menggunakan UV transilluminator, yaitu sebuah alat yang dapat memancarkan
sinar UV untuk memvisualisasikan baik media dan juga DNA yang telah dilakukan
proses elektroforesis. Pada hasil akhir, molekul dapat terlihat terpisah-pisah
sesuai dengan ukurannya akibat adanya proses running serta sifat dari media
yang memisahkan molekul sesuai ukurannya.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 26

 III. PRAKTIK LABORATORIUM

3.1 Preparasi Sampel

Preparasi merupakan tahap awal dalam pengujian antioksidan pada praktikum
ini. Preparasi terdiri dari pengambilan sampel, pencucian, pengeringan, dan
penghalusan sampel.

a. Pengambilan sampel
Pengambilan sampel

- Tentukan titik lokasi

- Ambil sampel buah mangrove matang (lebih besar), dan buah mentah
(lebih kecil)
- Masukan sampel buah yang sudah diambil ke dalam trashbag
- Timbang berat basah sampel yang sudah diambil
Hasil

b. Pencucian sampel

Pencucian Sampel

- Ambil sampel
- Cuci menggunakan air mengalir
- Bilas sampel dengan tangan secara perlahan
- Tiriskan sampel buah
Hasil

c. Pengeringan sampel

Pengeringan sampel

- Letakkan buah yang sudah dicuci ke penampang oven

- Ratakan buah yang terdapat pada penampang oven
- Masukan ke dalam oven dengan suhu 40oC selama 3 hari
- Timbang sampel buah yang sudah dikeringkan
Hasil

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 28

 d. Penghalusan sampel

Penghalusan

- Ambil sampel yang sudah dikeringkan

- Masukan sampel ke dalam mesin penghalusan
- Setelah melalui proses penghalusan bersihkan sisa sampel yang sudah
dihaluskan
- Timbang berat hasil dari proses penghalusan

Hasil

3.2 Ekstraksi Sampel

Ekstraksi adalah proses pemisahan suatu komponen aktif pada simplisia
dengan menggunakan pelarut tertentu. Pada praktikum kali ini metode ekstraksi yang
digunakan adalah maserasi. Hasil maserasi selanjutnya dilakukan proses evaporasi
pada rotary evaporator. Hasil ekstraksi nantinya akan berbentuk pasta.

a. Maserasi sampel

Maserasi sampel

- Ambil sampel yan g sudah dihaluskan ditimbang dengan perbandingan 1:5

dengan pelarut me tanol
- Masukan ke dalam wadah maserasi
- Inkubasi sampel se lama 1X24 jam
- Saring sampel yang sudah di maserasi dengan menggunakan kertas saring

Hasil

3.3 Ekstraksi DNA

Terdapat banyak metode ekstraksi DNA yang tergantung pada tujuannya

diantaranya adalah secara konvensional yang menggunakan larutan Lisis Buffer
dan juga dengan larutan Chelex 10%.
3.3.1 Metode Konvensional

Metode konvensional merupakan metode yang umumnya memakan waktu

yang lama. Berikut merupakan tahapan ekstraksi DNA dengan metode konvensional.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 29

3.3.1.1 Pembuatan Larutan Buffer Ekstraksi.
Alat :
1. Gelas ukur
2. Timbangan digital
3. Beaker glass

Bahan :
1. Deterjen/sabun cuci
2. Garam
3. Aquades

Prosedur Kerja:
1. Diukur sabun cuci sebanyak 5 ml
2. Ditimbang garam seberat 1 gr
3. Dihomogenkan dalam beaker glass dengan aquades 45 ml

3.4.1.2 Ekstraksi DNA Sel Tumbuhan dan Hewan

Alat :

1. Mikropipet
2. Timbangan
3. Gelas ukur
4. Beaker glass
5. Mini centrifuge

Bahan:
1. Masing-masing 0,6 gram stroberi dan tomat
2. Masing-masing 0,3 gram hati ayam dan ikan kembung
3. Larutan Lisis Buffer ekstraksi
4. Microtube
5. Kantung plastik zip
6. Aquades
7. Alkohol 96% dingin

Cara Kerja Ekstraksi DNA :

1. Dibersihkan sampel terlebih dahulu
2. Ditimbang tomat dan stroberi seberat masing-masing 6 gram, dimasukkan ke
dalam plastik zip dan dihancurkan

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 30

 3. Ditimbang kembali tomat dan stroberi yang telah dihancurkan masing
masing seberat 0,6 gram kemudian dimasukkan ke dalam microtube

4. Ditimbang hati ayam dan ikan kembung seberat masing-masing 3

gram, dimasukkan ke dalam plastik zip dan dihancurkan
5. Ditimbang kembali hati ayam dan ikan kembung yang telah
dihancurkan masing-masing seberat 0,3 gram kemudian dimasukkan
ke dalam microtube
6. Dimasukkan larutan Lisis Buffer ekstraksi ke dalam microtube
sebanyak 1 ml dan dihomogenkan dengan centrifuge pada kecepatan
12000 rpm selama 5 menit
7. Diambil supernatant-nya ± 100 µl dan dipindahkan ke microtube lainnya
8. Ditambahkan alkohol 96% dengan perbandingan 1:1

9. Disentrifuge tube dengan kecepatan 12000 rpm selama 5 menit agar

pada sampel DNA terpisah dengan alkohol

10. Dikeringkan sampel DNA sehingga diperoleh pellet-nya

11. Ditambahkan aquabides ke dalam tube sebanyak 100 µl

3.3.2. Metode Chelex

Metode chelex merupakan metode ekstraksi DNA yang efektif dan efisien. Berikut
merupakan tahapan-tahapan ekstraksi DNA dengan metode Chelex.
3.3.2.1 Pembuatan Larutan Chelex 10%
Alat :
1. Mikropipet
2. Magnetic bar stirrer
3. Hot plate
4. Beaker glass
5. Toples penyimpan stock
6. Timbangan digital
Bahan :
1. Microtube
2. Tip pipet
3. Lateks
4. Chelex 100 Resin
5. Aquabides

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 31

 Prosedur Kerja:
1. Ditimbang bubuk Chelex sebanyak 1 gr dan dimasukkan ke beaker
glass
2. Ditambahkan aquabides sampai volume akhir mencapai 10 ml dan
diaduk menggunakan magnetic bar stirrer sampai tercampur
3. Disiapkan tabung eppendorf 0.6 ml di rak tube dan diisi dengan 300
µl larutan Chelex 10% tersebut kemudian ditutup rapat
4. Dimasukkan tube yang sudah berisi larutan Chelex 10% dalam toples
dan disimpan dalam lemari pendingin
3.3.2.2 Ekstraksi DNA Sel Tumbuhan dan Hewan
Alat :
1. Hot plate
2. Bunsen
3. Korek api
4. Pinset
5. Gunting bedah
6. Mini centrifuge
7. Vortex
Bahan :
1. Jaringan stroberi dan tomat
2. Jaringan hati ayam dan ikan kembung
3. Label
4. Larutan Chelex 10%
5. Aquades
6. Alkohol 96%

Cara Kerja Ekstraksi DNA :

1. Disiapkan hot plate dan panaskan aquades sampai suhu 95°C
2. Disiapkan stok Chelex dan diberi label sesuai ID sampel
3. Sterilisasi pinset dengan cara direndam ke dalam alkohol 96%
dan pijarkan dengan nyala api bunsen
4. Diambil jaringan sampel satu tarikan kecil dengan bantuan
pinset dan dimasukkan ke dalam tube berisi larutan Chelex 10%
5. Divortex sampel tersebut selama ±15 detik lalu di-spin menggunakan
mini centrifuge selama 5 menit dengan kecepatan 12000 rpm

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 32

6. Dipanaskan sampel selama ±45 menit pada hot plate kemudian
divortex dan di-spin kembali menggunakan mini centrifuge
selama 1 menit dengan kecepatan 12000 rpm
7. Diambil supernatan dari sampel tersebut sebagai hasil ekstraksi
DNA sebanyak 150 µl pada microtube yang baru

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 33

 DAFTAR PUSTAKA

Harahap, M.H. 2018. Elektroforesis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia Genetika.

CIRCUIT: Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro. 2 (1): 21-26
Marwayana O. N. 2015. Ekstraksi Asam Deoksiribonukleat (DNA) dari Sampel Otot
Jaringan. Oseana. 11 (2) : 1-9.
Oktavianus, S. 2013. Uji daya hambat ekstrak daun mangrove jenis Avicennia marina
terhadap bakteri Vibrio parahaemolyticus. Universitas Hasanuddin, Makassar.
Prayudo, Ayndri Nico., Novian, Okky., Setyadi dan Antaresti. 2015. Koefisien Transfer
Massa Kurkumin Dari Temulawak. Jurnal Ilmiah Widya Teknik. 14 (1).
Wahyudi, Ivan Arie. 2015. Biologi Molekular : Prinsip Dasar Analisis. Jurnal Tekno
Sains. 4 : 101-198.

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 34

 CATATAN PRAKTIKUM

Materi :

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 35

 CATATAN PRAKTIKUM

Materi :

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 36

 CATATAN PRAKTIKUM

Materi :

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 37

 CATATAN PRAKTIKUM

Materi :

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 38

 TIM ASISTEN DASAR BIOTEKNOLOGI LAUT

NAMA NIM KONTAK

Mahillah Nur Anisa 185080600111004 082336980175

Fatrah Sulaeman Hutasuhut 185080201111023 081260376920

Aliya Zalfa 185080600111008 081281851344

Sri Marta Isnainik Mustikarani 185080200111035 081333116707

Mutiara Antini Sukma 185080607111005 089665937359

Bima Sahidsyah Putra Wibowo 175080607111023 081217723269

Lailaturrohmah Naililmuna 175080200111010 082227299686

Syafril Mayu Dinata 175080207111024 081330470347

Amalia Widyaratri 175080600111040 081908777147

Risda Ayu Nabila 175080601111014 081917101209

Achmadika Avisina 175080607111004 081333971114

Modul Praktikum Dasar Bioteknologi Laut 2021 39