LAPORAN PRAKTIKUM

BIOTEKNOLOGI TANAMAN
“UJI KUANTITAS DAN KUALITAS DNA”
Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Mata Kuliah Bioteknologi Tanaman

Disusun oleh :
Nama : Reny Larasati
NIM : 4442170073
Kelas : VI C
Kelompok : 3 (Tiga)

JURUSAN AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SULTAN AGENG TIRTAYASA
2020
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan
sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak
memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier
dan memiliki protein histon (Fatchiyah, 2011).
Isolasi DNA adalah prosedur rutin untuk mengumpulkan DNA untuk analisis
molekuler atau forensik berikutnya (Anderson, 1993). Isolasi DNA merupakan salah satu
teknik yang paling dasar dan penting dalam studi DNA. Ekstraksi DNA dari sel dan
pemurnian yang merupakan kepentingan utama untuk bidang bioteknologi dan forensik
(Purwantara, 2001).
Isolasi DNA dengan teknik sentrifugasi akan mengendapkan DNA. Supaya hasil
isolasi berupa DNA murni yang tidak tercampur dengan molekul-molekul lain maka
dalam proses isolasinya dicampurkan berbagai macam larutan. Larutan A berfungsi
sebagai resuspensi yaitu penggabungan kembali pelet yang telah terbentuk dengan larutan
yang dicampurkan. Selain itu larutan A juga berfungsi sebagai buffer dan pengkelat.
Pemilihan buffer tersebut dilihat dari kemampuan buffer menghasilhkan arus listrik.
Larutan B yang terdiri atas SDS dan NaOH berfungsi sebagai larutan pelisis. NaOH
sendiri dapat mendenaturasi protein. Sedangkan larutan C berfungsi untuk
merenarutasikan kembali. Etanol 70% yang digunakan dalam proses isolasi berfungsi
untuk mengeluarkan endapan garam karena Na+ bermuatan positif dan DNA bermuatan
negatif. Larutan ddH2O yang ditambahkan berfungsi agar endapan DNA yang dihasilkan
didapat dengan konsentrasi yang cukup tinggi. Larutan di vortex untuk memudahkan
bakteri tersuspensi (Purwantara 2001).
Analisis kuantitatif merupakan salah saru teknik analisis yang bertujuan untuk
menentukan jumlah atau seberapa banyak suatu zat atau komponen zat (Sambrook, 2001).
Analisis kuantitatif DNA dapat dilakukan dengan bantuan alat, yaitu spektrofotometer.
Spektrofotometer adalah alat yang dilengkapi dengan sumber cahaya (gelombang
elektromagnetik), baik cahaya UV (ultra-violet) atau pun cahaya nampak (visible).
Komponen utama dari alat ini adalah sumber cahaya, pengatur intensitas, monokromator,
kuvet, detector, penguat arus dan indicator atau layar. Sinar UV digunakan untuk
mengukur bahan larutan yang terbaca dengan panjang gelombang di bawah 400 nm. Sinar
visible light bisa digunakan untuk mengukur bahan dengan panjang gelombang 400-700
nm. Sumber cahaya dari alat tersebut memancarkan seberkas cahaya melalui dua buah
lensa dan celah masuk ke suatu sisi difraksi yang akan menyebarkan cahaya menjadi
berkas horizontal dengan semua warna spectrum. Cahaya yang mengenai suatu benda
dalam larutan contoh akan dihamburkan, sedangkan cahaya yang lolos atau diteruskan
akan melawati sampel akan mengaktivasi foto tabung dan akan menampilkan persen
transmitan. Biasanya absorban merupakan daya cahaya masuk dan daya cahaya yang
diteruskan melewati larutan contoh (Sari at al, 2013).
Elektroforesis merupakan teknik yang digunakan untuk memisahkan dan
memurnikan fragmen-fragmen DNA ataupun RNA. Prinsip elektroforesis adalah
memisahkan molekul berdasarkan muatannya. DNA yang bermuatan negatif karena
adanya phosphate akan bergerak kea rah kutub positif selama elektroforesis. Fragmen
DNA mempunyai muatan negatif yang sama untuk tiap-tiap ukuran panjang, sehingga
pergerakan DNA ini akan memiliki kecepatan yang
sama untuk mencapai kutub postif (Sari, 2013).
 Pergerakan yang sama antar molekul DNA ini tidak akan dapat digunakan
memisahkan DNA berdasarkan ukurannya. Hal inilah yang menyebabkan digunakannya
gel untuk memperlambat pergerakan DNA. Gel ini merupakan polymer sehingga akan
membentuk semacam jarring-jaring untuk memerangkap DNA. DNA dengan ukuran
yang lebih besar akan lebih sulit melewati lubang atau pori dari gel, sehingga DNA
dengan sendirinya akan terpisah berdasarkan besarnya ukuran karena kemampuan dari
DNA yang berbeda-beda dalam melewati pori dalam gel (Mulyani, 2011).

1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum kali ini diantaranya yaitu :
1. Untuk mengetahui kuantitas DNA menggunakan alat nanofotometer.
2. Untuk mengetahui kualitasDNA menggunakan elektroforesis gel agarose1%.

BAB II
METODE PRAKTIKUM

2.1 Waktu dan Tempat

Praktikum uji kualitas dan kuantitas DNA ini dilaksanakan pada hari Kamis, 23 April
2020 pukul 08.00 s.d 14.00 WIB dan bertempat di lantai 3 Laboratorium Bioteknologi
Fakultas Pertanian Universitas Sultan Ageng Tirtayasa.

2.2 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam praktikum analisis kualitas DNA adalah timbangan
analitik, alumunium foil, erlenmeyer, gelas ukur, hot plate /dan stirrer, alat elektroforesis
(cetakan agar, sisir, stavolt, tangki buffer), GelDoc, pipet mikro 0,5μL-10μL. Sedangkan
bahan yang digunakan adalah tips putih, kertas parafil/selotip, agarose, TAE 0,5x,
loading dye, gel red, aquadeststeril, Nucleic Acid Stain Water.
Adapun alat yang digunakan dalam analisis kuantitas DNA adalah nanophotometer
(spektrofotometer NanoDrop), kuvet, pipet mikro. Sedangkan bahan yang digunakan
adalah kim wipes, tip, DNA hasil isolasi, buffer TE

2.3 Cara Kerja

Adapun cara kerja yang dilakukan pada praktikum kali ini diantaranya yaitu :
2.3.1 Cara kerja uji kuantitas DNA
1. Disiapkan alat nanofotometer.
2. Dibersihkan (kuvet dan lid) dengan menggunakan kim wipes.
3. Kuvet dipasang dan dinyalakan “ON”.
4. Pilih “Nanovolume” → “Nucleic Acid” → dsDNA→ Lidfaktor = 10,
Dilution = 5000, Units=ng/μL.
5. Dibersihkan sisid alam kuvet.
6. Diambil1μL buffer TE dengan menggunakan pipet.
7. Diteteskan pada bagian atas kuvet.
8. Ditutup dengan Lid 10 faktor.
9. Ditekan “Blank” hingga konsentrasi 0,000.
10. Lid dibuka, dan dilap menggunakan kim wipes. Bagian bawah dan atas
permukaan kuvet ditutup.
11. DNA sampel diambil sebanyak 1μL.
12. Ditekan tombol “sampel”.
13. Dicatat kemurnian (A260/A280), dicatat konsentrasi.
14. Setiap pergantian sampel, kuvet dilap dengan kim wipes.
15. Ditekan “escape” untuk keluar.
2.3.2 Cara kerja uji kualitas DNA
 1. Disiapkan alat dan bahan
2. Ditimbang bubuk agarose sesuai kebutuhan =1%
Agarose = 1/100 x 40 mL = 0,4 gram
3. Dituang TAE 0,5x sebanyak 40 mL dengan gelas ukur.
4. Dimasukkan bubuk agarose kedalam 40 mL TAE 0,5x.
5. Dilarutkan hingga homogeny dengan menggunakan hotplate
6. Erlenmeyer didinginkan pada air mengalir hingga hangat, ditambahkan
0,5 μL gel red.
7. Dimasukkan larutan kedalam cetakan, ditunggu hingga gel mengeras15-
20 menit.
8. Cetakkan dipindahkan kedalam tangki yang berisi TAE 0,5x.
9. Diambil loading dye 2 μL dan DNA 8 μL pada alumunium
10. Sampel diresus (dimix), lalu diinjeksikan pada sumurgel.
11. Diset 55 volt dengan waktu 40menit.

BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Hasil
Hasi Uji Kuantitastas DNA

Kelas A Kelas B Kelas C

Samp Konsentr Kemurni Samp Konsentr Kemurni Samp Konsentr Kemurni
el asi an el asi an el asi an

(ng/μL) (A260/28 (ng/μL) (A260/28 (ng/μL) (A260/28

0) 0) 0)
MW1 207 1,562 MW1 - - IR1 - -
MW2 - - MW2 - - IR2 276 1,542
PG3 - - PG3 - - MW3 150 2,05
PG4 - - PG4 - - MW4 - -
IR5 - - IR5 - - PG5 136,6 2,074
IR6 190 1,526 IR6 - - PG6 104,8 2,15

Hasil Uji Kualitas DNA

 Keterangan Sampel:
MW1 = Mentik Wangi 1 (Kelas A)
IR6 = IR 6 (Kelas A)
IR2 = IR 2 (Kelas C)
MW3 = Mentik Wangi 3 (Kelas C)
PG6 = Pare gajah 6 (Kelas C)
L = DNA Ladder
Sampel 1-5 adalah DNA sampel tanaman padi hasil PCR
Sampel 6-10 adalah DNA sampel tanaman padi setelah diencerkan 10x kemudian di
PCR

3.2 Pembahasan
Praktikum kali ini adalah praktikum lanjutan sebelumnya. Bahan yang akan di uji
DNA nya adalah DNA yang berasal dari daun tanaman padi. Bagian yang digunakan
adalah daun karena daun memiliki kloroplas dimana mengandung DNA.
Pada praktikum sebelumnya melakukan ekstrasi, isolasi dan purifikasi DNA.
Isolasi DNA merupakan cara ataupun metode yang digunakan untuk memisahkan DNA
dari sel, baik dari inti, mitokondria maupun kloroplas. Praktikum isolasi DNA diawali
dengan proses ekstraksi DNA jaringan tanaman, yaitu daun tanaman padi. Ekstraksi DNA
dapat dilakukan dengan berbagai metode, baik konvensional maupun menggunakan kit.
Ekstraksi DNA secara konvensional bisa dilakukan antara lain dengan metode
CTAB/NaCl (Mulyani dkk., 2011), Menurut Sunarno et al. (2014) DNA yang diekstrak
harus terbebas dari senyawa kontaminan seperti polisakarida, polifenol, dan tanin yang
seringkali ikut terbawa dan dapat menghambat kerja beberapa enzim dalam kegiatan
molekuler.
Pada praktikum mengenai uji kuantitas DNA ini menggunakan alat bernama
nanophotometer. Alat tersebut dapat digunakan untuk mengetahui nilai absorbansi larutan
dari sampel berupa asam nukleat (DNA/RNA), protein, dan sel (OD600). Uji
kuantitatif merupakan metode analisis untuk mengukur konsentrasi suatu senyawa
berdasarkan kemampuan senyawa tersebut mengabsorbsi berkas sinar atau cahaya.
Spektofotometer menghasilkan sinar dari spektrum dengan panjang gelombang tertentu
(Fatchiyah, 2011).
Pada praktikum uji kuantitas DNA kami menggunakan alat nanofotometer dengan
panjang gelombang 260 nm – 280 nm. Dimana menurut Teare (2009) mengatakan bahwa
uji kuantitatif DNA merupakan analisis untuk mementukan kandungan atau jumlah DNA
yang terdapat di dalam suatu sampel. DNA dan RNA menyerap pada panjang gelombang
maksimal 260 nm, sementara protein menyerap kuat pada gelombang 180 nm. Selain itu,
asam nukleat dapat menyerap secara signifikan pada panjang gelombang 280 nm dan
sebagian protein dapat menyerap kuat pada 260 nm. Sehingga untuk mengukur dengan
akurat konsentrasi DNA, RNA, dan protein dalam suatu campuran yang kompleks bukan
hal yang mudah.
Berdasarkan data hasil praktikum dengan panjang gelombang 260 nm - 280 nm,
dari ketiga sampel yang telah dilakukan uji kuantitas DNA memiliki hasil kemurnian
DNA yaitu, pada sampel 1 (kelas A) memiliki nilai kemurnian DNA yaitu 1,526 dengan
konsentrasi DNA 190 µg/ml, kemudian pada sampel 2 (kelas B) memiliki nilai
kemurnian DNA yaitu tidak ada dengan konsentrasi DNA tidak ada. Dan pada sampel 3
(kelas C) memiliki nilai kemurnian DNA yang paling tinggi yaitu 2,15 dengan
konsentrasi DNA 104,8 µg/ml. Rendahnya nilai kemurnian DNA yang diukur dapat
terjadi karena sampel yang diuji terkontaminasi oleh protein. Hal ini sesuai dengan
pendapat Teare (2009), yang mengatakan bahwa, pengukuran absorbansi pada panjang
gelombang 260 nm dan 280 nm dapat memberikan validasi kemurnian sampel asam
nukleat dengan nilai 1,8 untuk DNA dan 2,0 untuk RNA yang mengindikasikan sampel
murni. Nilai yang rendah akan menunjukkan adanya kontaminan lain atau terdapatnya
protein.
Kemudian Gardner (1991) mengatakan bahwa absorbansi spektrofotometri adalah
teknik yang cepat dan akurat untuk menentukan konsentrasi sampel DNA murni. Hal ini
menjadi kurang akurat ketika sampel DNA mengandung protein, RNA, oligonukleotida
primer atau nukleotida. RNA, primer dan nukleotida menyerap kuat pada 260 nm dan
tidak bisa dibedakan dari DNA. Kontaminan seperti protein dapat menyebabkan
kelebihan isi DNA dalam sampel campuran. Masalah ini dapat diatasi dengan
menggunakan metode alternatif untuk mengukur DNA saja dalam sampel dan dapat
diatasi juga dengan menambahkan suatu senyawa berfluoresensi, yaitu DNA quant 200.
Metode pemurnian sampel (DNA) juga dapat dilakukan secara kimiawi, yaitu dengan
cara merusak sel kemudian diberi buffer lisis yang berisi senyawa kimia yang dapat
merusak integritas barrier dinding sel, senyawa kimia yang dipakai diantaranya lisosom,
EDTA (etilen diamin, tetra asetat), Tris-CL atau deterjen, SDS (sodium dosecycle
sulphate).
Dari hasil praktikum yang didapat dari analisis kuantitatif DNA yaitu, nilai
kemurnian DNA berkisar 1,526 hingga 2,15. Sehingga DNA dapat dikatakan memiliki
tingkat kemurnian DNA yang rendah. Hal ini menunjukkan bahwa masih banyak terdapat
pengotor fenol dan protein. DNA yang murni memiliki rasio 1,8. Apabila nilai rasio lebih
dari 1,8 menunjukkan adanya RNA, hal ini karena RNA juga diserap pada panjang
gelombang yang sama yaitu λ260 - λ280 nm.
Berdasarkan nilai absorbansi pada ʎ =260 nm dari ketiga sampel DNA tersebut,
dapat dikatakan DNA kromosomal ketiga sampel yang diisolasi memiliki tingkat
kemurnian yang rendah dan kurang bersih. Menurut Tarigan, dkk (2011), secara teoritis
sampel DNA yang dianggap cukup murni memiliki perbandingan A260/A280 = 1,8-2,0.
Tingkat kemurnian DNA yang rendah dapat dimungkinkan terdapatnya kontaminasi
fenol. Rasio OD 260/OD 280 < 1,8 menunjukkan adanya kontaminasi fenol atau protein
hasil ekstraksi. Kemudian menurut Mulyani (2011) mengatakan bahwa pada umumnya
pemurnian DNA dilakukan dengan penambahan larutan fenol, klorofom, dan isoamil
alcohol yang berfungsi untuk menghilangkan senyawa yang dapat mengkontaminasi
DNA. Pemurnian DNA dengan penambahan fenol dan kloroform berguna untuk
mengendapkan protein dengan melalui proses sentrifugasi dan dihancurkan secara
enzimatis dengan protease.
DNA yang telah dibersihkan dari protein menggunakan fenol, masih bercampur
dengan RNA sehingga perlu ditambahkan RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA,
karena ekstraksel mengandung protein dan RNA disamping DNA dalam jumlah yang
besar (Thermo Scientific, 2009). Praktikum uji kuantitatif DNA tidak menggunakan
penambahan enzim RNAse sehingga kemungkinan masih banyaknya RNA yang
terkandung di dalam sampel, sehingga menyebabkan nilai kemurnian kedua DNA bakteri
tersebut kurang dari 1,8.
Pada analisis uji kualitas DNA kita menggunakan alat atau metode yang bernama
elektroforsis. Secara singkat, elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan molekul
selular berdasarkan ukurannya, dengan menggunakan medan listrik yang dialirkan pada
suatu medium yang mengandung sampel yang dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan
dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang
bermuatan negative.
Menurut Handoyo (2001) prinsip kerjanya adalah jika molekul yang bermuatan
negatif (DNA) dilewatkan melalui suatu medium, misalnya gel agarose, kemudian dialiri
arus listrik dari satu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya (positif), maka molekul
tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif (Elektroforesis) melalui
membran matriks gel agarose tersebut.
 Menurut Tarigan (2011) terdapat dua macam teknik elektroforesis yang telah
berkembang yaitu, elektroforesis horizontal maupun vertical.Berdasarkan jenisnya ada
dua macam elektroforesis yaitu:
1. Elektroforesis bebas (free electrophoresis) merupakan molekul atau partikel yang
akan dipisahkan tersebar di seluruh larutan. Pemberian arus listrik pada larutan yang
mengandung partikel tersebut akan menyebabkan terbentuknya batas di antara dua
larutan.
2. Elektroforesis zona merupakan jenis elektroforesis yang paling banyak digunakan,
mempergunakan media penunjang, seperti kertas, selulosa asetat, agarose atau
poliakrilamid
Dalam praktikum ini jenis elektroforesis yang digunakan adalah elektroforesis
zona dan menggunakan teknik elektroforesis horizontal karena menggunakan gel agarose
yang diletakkan pada alat elektroforesis secara horizontal dan teknik ini difungsikan
untuk analisais DNA.
Menurut Sari (2013) kelebihan metode ini adalah mudahnya mengamati reaksi
kimia selama proses berlangsung, sampel dapat ditangani dengan baik dan cepat, gel dari
hasil percobaan dapat disimpan dalam kantong plastik dan didinginkan setelah percobaan,
sehingga dapat dipakai untuk dokumentasi penting yang dapat dipelajari lebih lanjut di
lain waktu, dan beberapa kelebihan lainnya. Selain kelebihan, metode ini juga memiliki
kekurangan, yaitu rawan terjadi kesalahan pada proses pemindahan campuran sampel ke
dalam slot gel, karena slot gel ukurannya sangat kecil.
Teknik elektroforesis gel ini dimulai dengan pembuatan gel agarose 1%. Proses
pembuatan gel agarose 1% dilakukan dengan cara mencampurkan bubuk agarose dengan
larutan buffer TAE 0,5x sebanyak 40 ml, selanjutnya diberikan 0,5 µl gel red dan
kemudian dituangkan ke dalam cetakan yang telah disiapkan dengan comb-nya dan
tunggu sampai mengeras. Bubuk agarose yang digunakan sebanyak 0,4 gr dan larutan
running buffer TAE 0,5x (Trisasetat-EDTA) sebanyak 40 mL yang berperan untuk
memudahkan migrasi dari fragmen DNA berdasarkan perbedaan kekuatan ionik
(Magdeldin, 2012). Setelah gel mengeras, gel dimasukkan ke dalam ruang elektroforesis
dan dilakukan penambahan running buffer. Penambahan running buffer dilakukan dengan
tujuan mempermudah pengerasan gel saat dilakukan pemanasan (Gardner, 1991).
Tahap selanjutnya adalah mencampurkan DNA dengan loading buffer yang
memiliki fungsi membantu sampel turun ke dalam well dan membantu memonitor berapa
lama proses elektroforesis telah berlangsung karena memiliki pewarna bromofenol merah
(Magdeldin, 2012).
Selanjutnya dilakukan penuangan campuran loading buffer dengan produk DNA
sebanyak 8µl dan juga larutan marker sebanyak 2µl pada sumur/well yang telah dibentuk
pada gel. Sedangkan untuk marker dituang pada dua sisi ujung (atas dan bawah) well
yang ada. Proses pemindahan dilakukan dengan memakai mikropipet dan harus dilakukan
secara hati-hati agar campuran DNA dengan loading buffer tidak melebihi batas ke
bagian well yang lain. DNA memiliki muatan negatif (DNA mengandung gugus PO4)
sehingga diharapkan akan bergerak menuju kutub positif.
Marker adalah segmen DNA yang spesifik dan telah diketahui ukurannya. Marker
berfungsi sebagai acuan untuk mengetahui ukuran DNA hasil ampifikasi. Marker DNA
yang terdapat di dalam ruang elektroforesis berfungsi sebagai penanda posisi pasangan
basa dari molekul DNA yang bermigrasi. Marker-marker DNA tersebut merupakan
marker yang telah dibuat oleh pabrik sehingga tanda pasangan basanya jelas. Salah satu
contoh marker DNA adalah lambda HindIII. Marker tersebut memiliki delapan fragmen
DNA dengan kisaran 125 pb hingga 23.130 pb (Martin, 1996).
Berdasarkan dari hasil uji kualitas DNA terlihat bahwa semua sampel yang di uji
memiliki pita DNA pada Marker (M). Hasil pada sampel DNA murni yaitu MW 1, IR6,
IR2, MW3 terlihat bahwa sampel-sampel tersebut memiliki pita DNA namun ukuran dab
posisi pita DNA nya belum dapat terlihat, hal ini dikarenakan pita DNA tersebut
berbentuk bulat, tebal dan bergerombol sehingga sulit untuk terbaca. Kemudian hasil
pada sampel DNA + PCR yaitu sampel 1-5 memiliki pita DNA yang sudah berbentuk
elips atau fibril, namun pita DNAyang terlihat masih bergerombol sehingga masih terlihat
tebal, jadi masih agak sulit terbaca ukuran dan posisi DNA nya. Sedangkan pada DNA
yang diencerkan 10x + PCR yaitu sampel 6-10 memiliki bentuk pita DNA elips atau fibril
dan bentuknya sangat tipis sehingga DNA nya dapat terbaca ukuran dan posisisnya. Cara
membaca pita DNA tersebut yaitu berdasarkan DNA ladder nya, pita DNA akan terbaca
apabila pita DNA tersebut berbentuk elips atau fibril serta tidak bergerombol dengan
DNA yang lain (terlihat tipis) sehingga dapat terlihat posisi DNA yang sejajar dengan
DNA laddernya.
Pada praktikum ini pita DNA yang terbaca yaitu pada sampel DNA yang
diencerkan 10x + PCR, DNA tersebut sejajar dengan DNA leadernya yaitu memiliki
posisi yang agak naik ke atas sehingga memiliki ukuran sekitar 500 bp. Diberitahukan
oleh asisten praktikum bahwa pada praktikum ini DNA ladder yang digunakan kurang
bagus, karena kurang terbaca hasilnya di PCR. Hal ini dikarenakan DNA ladder yang
digunakan sudah cukup lama.
Menurut Sunarno et al (2014) dalam proses elektoforesis terdapat beberapa faktor
yang mempengaruhi laju pergerakan dari molekul DNA, yaitu:
1. Ukuran Molekul DNA, molekul yang berukuran lebih kecil akan cepat bergerak
melewati gel karena hambatan yang akan dihadapi tidak lebih banyak
dibandingkan molekul berukuran besar.
2. Konsentrasi gel, semakin tinggi konsentrasi agarosa, semakin kaku gel yang
dibuat sehingga sukar untuk dilewati molekul-molekul DNA. Konsentrasi
agarosa yang lebih tinggi memudahkan pemisahan DNA yang berukuran kecil,
konsentasi agarosa yang lebih rendah memudahkan pemisahan DNA dengan
ukuran yang lebih besar.
3. Bentuk molekul, molekul yang memiliki bentuk elips atau fibril akan lebih cepat
bergerak dibandingkan dengan yang berbentuk bulat.
4. Densitas muatan, densitas muatan yaitu muatan per unit volume
molekul. Molekul dengan densitas muatan tinggi akan bergerak lebih cepat
dibandingkan molekul dengan densitas muatan yang rendah.
5. Pori-pori gel, semakin kecil pori-pori gel yang digunakan, semakin lambat
pergerakan molekul DNA.
6. Voltase, semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan, semakin cepat
pergerakan molekul DNA.
7. Larutan buffer elektroforesis, buffer dengan kadar ion tinggi akan menaikkan
konduktansi listrik sehingga mempercepat migrasi DNA

BAB IV
PENUTUP

4.1 Simpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, maka dapat disimpulkan bahwa
pada uji kuantitas DNA, nilai kemurnian DNA berkisar 1,526 hingga 2,15. Sehingga
DNA dapat dikatakan memiliki tingkat kemurnian DNA yang rendah. Hal ini
menunjukkan bahwa masih banyak terdapat pengotor fenol dan protein. DNA yang murni
memiliki rasio 1,8. Apabila nilai rasio lebih dari 1,8 menunjukkan adanya RNA, hal ini
karena RNA juga diserap pada panjang gelombang yang sama yaitu λ260 - λ280 nm.
Kemudian paja uji kualitas DNA, ini pita DNA yang terbaca yaitu pada sampel
DNA yang diencerkan 10x + PCR, DNA tersebut sejajar dengan DNA leadernya yaitu
memiliki posisi yang agak naik ke atas sehingga memiliki ukuran sekitar 500 bp.
Diberitahukan oleh asisten praktikum bahwa pada praktikum ini DNA ladder yang
digunakan kurang bagus, karena kurang terbaca hasilnya di PCR. Hal ini dikarenakan
DNA ladder yang digunakan sudah cukup lama.

4.2 Saran
Saran untuk praktikum ini yaitu sebelum dimulainya praktikum para praktikan
harus sudah menguasai materi yang akan menjadi dasar dari praktikum. Hal ini
diwajibkan karena agar praktikum dapat berjalan dengan baik dan benar.

DAFTAR PUSTAKA

Fatchiyah, Estri, L. A, Sri, W., dan Sri, R. 2011. Biologi Molekular Prinsip Dasar
Analisis. Erlangga. Jakarta.
Gardner, E.J., M.J. Simmons, & D.P Snustad. 1991. Principles of genetics 8th ed. John
Wiley
& Sons Inc., New York.
Handoyo, D. & R. Ari. 2001. Prinsip umum dan pelaksanaan Polymerase Chain
Reaction (PCR). PCR 9: 17-28. Jean, Francois Giot. 2010. Agarose Gel
Electrophoresis – Aplications in Clinical Chemistry. Journal of Medical
Biochemistry 2010; 29 (1).
Magdeldin, Sameh. 2012. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. InTech Publisher :
Rijeka, Croatia.
Martin, R. 1996. Gel electrophoresis: Nucleid acids. Bros Scientific Publishers Ltd.,
Oxford.
Mulyani, Y., A. Purwanto dan I. Nurruhwati. 2011. Perbandingan Beberapa Metode
Isolasi DNA untuk deteksi didi Koi Herpes Virus (KHV) pada Ikan Mas (Cyprinus
caprio L.). J. Akuatika Vol. 2 (1).
Purwantara. 2001. Genetika, Biokimia, dan Biologi Molekuler. PT Rineka Cipta.
Bandung.
Sambrook, J and Russell. 2001. Fragment DNA in Bacterial System. pp 29-37 in Maniatis
T, Fritsch EF (eds). Molecular Cloning A Laboratory Manual. USA: Cold Spring
Harbor Laboratory.
Sari, Yuni Nurisva Maya., Syukur, Sumaryati dan Jamsari. 2013. Isolasi, Karakteristik,
dan Identifikasi DNA Bakteri Asam Laktat (BAL) yang Berfungsi Sebagai
Aantimikroba dari Fermentasi Markisa Kuning (Passiflora edulis var.
flavicarpa).
Jurusan Kimi FMIPA Universitas Andalas.
Sunarno et al. 2014. Metode Cepat Ekstraksi DNA Corynebacterium diphtheria untuk
Pemeriksaan PCR. Departemen Mikrobiologi Klinik. Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia.
Tarigan, Simson. 2011. Penggunaan Polymerase Chain Reaction Enzyme Linked
Oligonucelotide Sorbent Assay (PCR-ELOSA) untuk Deteksi Agen Penyakit.
WARTAZOA Vol. 21, No.1.
Teare, J.M. et al. 2009. Measurement of Nucleic Acid Concentration Using the DyNa
QuantTM and the GenequantTM. BioTechniques. 1997;22(6):1170-1171.
Thermo Scientific. 2009. Thermo Scientific Pierce Cell Lysis Technical Handbook :
Featuring Cell Lysis Reagent and Detergents Vol. 11, No.8
 LAMPIRAN

Lampiran 2. Proses Lampiran 3. Tangki

Lampiran 1. Stavolt elektroforesis dan gel Lampiran 4. Proses
PCR
agarose 1% spektrofotometer

Lampiran 8. Hasil
Lampiran 7. Proses
Lampiran 5. Lampiran 6. Bahan- uji kualitas DNA
penambahan mix
bahan PCR PCR pada DNA
sampel

LAMPIRAN HITUNG

Pengenceran DNA 10x

DNA = 5 μL
Nucleid Water = 45μL
Total = 50 μL

Pembuatan TAE 0,5x

TAE 1x = TAE 10x = 25 mL
= Aquades = 225mL
Total = 250 mL
Untuk menjadi TAE 0,5x maka ditambah aquades kembali sebanyak 250 mL

Pembuatan Gel Agarose 1% sebanyak 40 mL

Agarose = 1 x 40 mL = 0,4 gram bubuk agarose
100