Laporan Praktikum Biologi Molekuler

 PROYEK SAINS
Christyan Natanael Harvey Davika Ginting - 1906377170
Universitas Indonesia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Departemen Biologi
Mei 2022

FORMAT
 Margin
Atas: 3 cm
Kiri: 1 cm
Bawah: 3 cm
Kanan: 1 cm
 Isi Laporan: 
Times New Roman 12, 2 kolom, spasi 1,5 

Abstrak
(meliputi latar belakang, tujuan, metode, hasil, dan kesimpulan).
Terdiri atas 200—250 kata
Kata kunci: (terdiri atas 3—5 kata yang relevan dalam laporan praktikum kali ini, diurutkan sesuai abjad)

1. Pendahuluan materi genetik suatu organisme yang diwarisi

Suatu sel pada dasarnya memiliki DNA dan berdasarkan genetik. DNA mengandung nukleotida
RNA. DNA dalam suatu sel berfungsi sebagai yang terdiri dari empat basa nitrogen yaitu guanin,
timin, adenin, dan sitosin.DNA memiliki struktur Pada isolasi DNA menggunakan deterjen yang
yang sangat panjang dan terdiri dari ribuan gen. digunakan merupakan buah pisang (Musa sp.)
Letak nukleotida pada DNA dapat menentukan dengan klasifikasi sebagai berikut
genotip begitu juga fenotip. Suatu genotype dapat Klasifikasi Buah Pisang
diamati dan dikenali melaui proses ekstraksi, Kingdom : Plantae
kuantifikasi, amplifikasi dan analisis (Campbell Divisi : Magnoliophyta
dkk. 2002 82—83). Kelas : Liliopsida
Praktikum dilakukan dengan melakukan 3 Ordo : Musales
metode isolasi DNA yaitu metode Chelex, metode Famili : Musaceae
GeneJet, dan menggunakan deterjen. Pada isolasi Genus : Musa
DNA metode Chelex dan GeneJet ikan yang Spesies : Musa sp.
digunakan merupakan ikan Patin (Pangasius kan
salmon (Oncorhynchus sp.) dengan klasifikasi Prinsip Ekstraksi pada DNA secara umum
sebagai berikut adalah proses pemisahan DNA dari komponen sel
1.) Klasifikasi Ikan Patin lain seperti protein, lemak, karbohidrat, dll.
Kingdom : Animalia Tahapan ekstraksi terbagi menjadi tiga yaitu tahap
Filum : Chordata perusakan dinding sel (lisis), tahap pemisahan DNA
Kelas : Osteichthyes dari komponen lain, dan tahap pemurnian DNA
Ordo : Siluriformes (Hutami dkk. 2018: 210). Teknik ekstraksi pada sel
Famili : Pangasiidae hewan lebih mudah dibandingkan dengan sel
Genus : Pangasius tumbuhan. Sel pada tumbuhan memiliki banyak
Spesies : Pangasius sp. komponen pengotor misalnya polisakarida, protein,
2.) Klasifikasi Ikan Salmon dsb. Tumbuhan juga memiliki dinding sel, pati, dan
Kingdom : Animalia protein yang menyulitkan Teknik ekstraksi pada sel
Filum : Vertebrata tumbuhan (Abdel-Latief & Osman 2017: 1)
Kelas : Actinopteri Spektrofotometer (Nanodrop) merupakan alat
Ordo : Salmoniformes yang memiliki prinsip kerja menghitung perbedaan
Famili : Salmonidae penyerapan cahaya UV dimana pita ganda DNA
Genus : Onchorhynchus dapat menyerap cahaya UV pada panjang
Spesies : Onchorhynchus sp. gelombang 260 nm sedangkan kontaminan seperti
protein dan fenol akan menyerap cahaya pada
panjang gelombang 280 nm. DNA murni dapat
menyerap cahaya ultraviolet karena adanya basa dibutuhkan dalam palaksanaan PCR adalah
purin dan pirimidin. (Hikmatyar dkk. 2015: 45). template DNA, primer, dNTPs, Buffer PCR dan
Dengan prinsip tersebut, dapat diketahui kemurnian MgCl2, Enzim polymerase DNA. Tahapan dalam
suatu DNA berkualitas baik atau tidak untuk proses PCR adalah denaturasi, annealing, ekstensi,
analisis selanjutnya. Kemurnian DNA dengan dan exponential amplification (Budiarto 2015: 1—
kualitas yang baik adalah 1,8-2,0. Kemurnian hasil 2).
isolasi DNA dapat diukur berdasarkan rasio Elektroforesis merupakan Teknik untuk
absorbansi terhadap panjang gelombang 260 nm mengukur laju perpindahan maupun pergerakan
dan 280 nm (Dewanata & Mushlih 2021: 7). partikel-partikel yang bemuatan di dalam suatu
Gen COI (cytochrome oxidase I) adalah gen medan listrik. Prinsip kerja elektroforesis
mitokondria yang digunakan dalam konstruksi menyatakan bahwa tiap molekul biologis memiliki
pohon filogeni yang berperan sebagai gen marker muatan listrik yang bervariasi yang dipengaruhi
dalam studi molekuler untuk mengatuhui dan molekul, pH, dan komposisi medium. Prinsip kerja
mempelajari karakteristik gen spesies maupun elektroforesis gel adalam saat makromolekul
individu. COI (cytochrome oxidase I) mempunyai bermuatan listrik ditempatkan pada suatu medium
keakuratan dalam proses identifikasi suatu spesies, bertenaga listrik. Muatan positif akan bergerak ke
gen ini biasanya digunakan sebagai “DNA muatan negatif begitu juga sebaliknya.
Barcoding” (Afifah dkk. 2021: 20). Gen COI Elektroforesis terbagi menjadi dua jenis yaitu
memiliki kelebihan sehingga digunakan untuk vertikal yang biasanya menggunakan gel akrilamida
karakteristik genetic karena gen tersebut sedikit dan horizontal yang biasanya menggunakan gel
mengalami delesi maupun insersi pada sekuennya, agarose. Elektroforesis dipengaruhi oleh sampel,
bersifat stabil karena susunan asam amino yang larutan buffer, dan medan listrik (Harahap 2018:23
disandi oleh gen COI jaran mengalami substitusi —24).
(Suriana dkk. 2019: 986—987). Analisis sekuens merupakan metode
PCR (polymerase chain reaction) merupakan identifikasi suatu spesies maupun individu yang
suatu Teknik biologi molekuler yang digunakan cepat, konsisten, dan dapat dipertanggungjawabkan.
untuk menyalin Salinan wilayah rantai DNA Analisis sekuens sangat penting khususnya dalam
tertentu. Prinsip kerja dengan melipatgandakan fungsi konservasi dan keanekaragaman. Identifikasi
suatu bagian fragmen DNA yang terdapat dalam menggunakan analisis sequens DNA dilakukan
komplek makromolekul genom dari berbagai menggunakan penanda molekuler. Salah satu
sumber seperti hewan, tumbuhan, dsb menjadi 2n penanda molekuler yang digunakan dalam
kali lipatnya secara enzimatis. Komponen yang taksonomi yaitu DNA barcoding yang merupakan
urutan sekuen DNA pendek yang menunjukkan
variasi genetic suatu spesies. Dalam proses DNA
barcoding gen tertentu akan menjadi marker untuk
digunakan dalam pembagian genetic spesies dan
rekonstruksi filogenetik (Irawan dkk. 2016:44).
Tujuan dari Praktikum adalah memahami
prinsip dan tahapan kerja dalam isolasi DNA dari
jaringan ikan dan buah, memahami prinsip dasar
pemisahan DNA dengan molekul lain melaui
sentrifugasi, memahami prinsip dan tahapan kerja
dalam amplifikasi gen COI, memahami prinsip dan
tahapan kerja dalam elektroforesis gen COI,
mengaitkan produk pita DNA pada elektroforesis
dengan keberhasilan amplifikasi gen COI,
menganalisis elektroferogram dari hasil sanger
sequencing, memahami dan mengetahui
penggunaan data hasil DNA sequencing untuk
analisis data selanjutnya (BLAST, BOLD, dan
analisis filogenetik)
2. Metode
2.1. Isolasi, Ekstraksi, dan Kuantifikasi
Isolasi DNA dilakukan dalam tiga perlakuan
yaitu dengan Metode Chelex, GeneJet, dan deterjen.
Alat yang diperlukan pada isolasi DNA terdiri atas
hotplate magnetic stirrer, mesin sentrifugasi, mesin
vortex, drybath, pinset, sendok teh, botol schott
duran 50 ml, mikropipet ukurat 0,5-10ul & ukuran
10-100ul, beaker glass 250 ml, rak tabung 2 ml,
icebox, dan saringan teh. Bahan-bahan yang
dibutuhkan pada isolasi DNA yaitu fillet ikan (ikan
patin dan salmon), buah pisang, deterjen, pisau silet,
tabung 2 ml, plastic, alcohol 70% 50 ml,
isopropanol 50 ml, kit GeneJet, Chelex 100 5% 20
ml, proteinase-K, garam dapur, Tips (ukuran 0,5-
10ul, ukuran 10-100ul, ukuran 100-1000ul), sarung
tangan, akuades. Isolasi DNA dari fillet ikan dengan
metode Chelex dilakukan dengan memotong fillet
ikan menggunakan silet menjadi berukuran kecil ±
2 mm³, sampel dimasukan ke dalam tabung
sentrifus berisi 200μL larutan Chelex 10%, Tabung
sentrifus diinkubasi pada suhu 60°C selama 20
menit dan 103°C selama 25 menit, tabung sentrifus
divortex setiap 5 menit selama proses inkubasi
berlangsung, tabung sentrifus disentrifugasi dengan
kecepatan 13.000 rpm selama 2 menit, supernatant
diambil tanpa sedimen resin Chelex dan
ditambahkan dengan TE buffer dengan rasio 1:1,
tabung disimpan pada suhu -20°C sampai
digunakan untuk analisis selanjutnya. . Isolasi DNA
dari fillet ikan dengan metode GeneJet dilakukan
dengan memotong fillet ikan menggunakan silet
menjadi berukuran kecil ± 2 mm³, sampel
dimasukan ke dalam tabung sentrifus berisi 180μL
Digestion solution dan 20μL Proteinase-K, vorteks
hingga homogen, tabung sentrifus diinkubasi pada
suhu 56°C selama 60 menit, Tambahkan 200μL
Lysis Solution, vortex hingga homogen, tambahkan
400 μL alcohol, vortex hingga homogen, pindahkan
lisat dari tabung ke GeneJet Genomic DNA
Purification Column yang sdah dipasangkan dengan
tabung koleksi 2ml, sentrifugasi dengan kecepatan
13.000 rpm selama 1 menit, buang supernatant dan
pasang kembali tabung koleksi 2ml dengan yang
baru, tambahkan 500 μL wash buffer I, sentrifugasi
dengan kecepatan 13.000 rpm selama 1 menit,
buang supernatant dan pasang kembali tabung
koleksi 2ml, tambahakan 500 μL wash buffer II ,
sentrifugasi kecepatan 13.000 r0m selama 3 menit,
buang supernatant dan pasang kembali tabun
koleksi 2 ml, sentrifugasi GeneJet Genomic DNA
Purification Column yang sudah dipasangkan
dengan tabung koleksi 2ml pada kecepatan 13.000
rpm selama 2 menit agar sisa alcohol hilang, 50
μLelution buffer ditambahkan ke GeneJet Genomic
DNA Purification Column, diamkan selama 2 menit
di suhu ruang, sentrifugasi keceptana 13.000 selama
1 menit, buang GeneJet Genomic DNA Purification
Column, dan simpan DNA yang ada di tabun 2 ml
di -20°C. Perlakuan terakhir Isolasi DNA dari buah
pisang menggunakan deterjen, 1 sendok teh garam
dan 2 sendok teh deterjen ditambahkan ke dalam
100 mL air dan diaduk perlahan sampai larut, 1/3
bagian pisang diambil, dimasukan kedalam plastic,
dihancurkan dengan tangan, 50 mL larutan ekstraksi
ditambahkan ke dalam plastik yang berisi pisang
yang dihancurkan, plastic ditutup, ambil gelas
kemudian saring larutan ekstraksi dan bisang
menggunakan saringan teh, tambahakan alcohol
70% sebanyak 2x volume larutan dan 0,6x
isopropanol ke ekstraksi pisang, biarkan selama 10
menit, bandingkan waktu presipitasi alcohol dan
isopropanol, ambil gumpalan yang terbentuk
dengan tusuk gigi dan pindahkan ke botol yang
berisi air mineral 1 ml, dan simpan dalam freezer.
Hasil Isolasi DNA yang telah didapatkan di
berbagai perlakuan kemudian dilakukan
kuantifikasi DNA menggunakan spektrofotmeter
UV-Vis, Kuvet, Mikropipet, dan sampel DNA yang
diukur. Spektrofotometer dinyalakan dan disetting
untuk panjang gelombang 260 nM, H2O atau 1X
TE digunakan sebagai pelarut untuk
mensuspensikan DNA, nol spektofotometer dengan
sampel pelarut, bilas kuvet dengan akuades sebelum
diisi dengan sampel DNA yang akan diukur jika
mengguna TE atau pelarut non-akuades, encerkan
sampel untuk meberikan penbacaan yang lebih
akurat antara 0,1 dan 1,0, absorbansi sampel pada λ
230 nm, λ 260 nm, dan λ nm diukur dan dicatat,
terakhir konsentrasi dan kemurnian sampel DNA
dihitung dengan mempertimbangkan faktor
pengenceran.
2.2. PCR
Praktikum PCR dilakukan dengan alat dan
bahan sebagai berikut mesin thermal cycler
miniPCR 16, mesin spindown, laptop, mikropipet
ukuran 0,5-10 μL dan 10-100 μL, isofreeze, PCR
tube 0,2 ml, rak tabung 2 ml, PCR tube rack,
sampel DNA, master mix PCR (gotaq green
mastermix), Primer forward 10 μM dan reverse 10
μM, nuclease free water, tube 0,2 ml, tips ukuran
0,5-10 μL, ukuran 10-100 μL, dan ukuran 100-1000
μL, tube 1,5 ml, dan plastik limbah. Langkah
pertama sampel DNA, master mix, nuclease free
water, dan primer disimpan dalam cooler box
kemudian dihomogenisasi dengan spindown selama
30 detik, campuran mastermix 25 μLdisipkan
dengan primer dan nuclease free water, sampel
DNA ditambahkan di tahapan paling akhir dan paling kiri gel sebanyak 1 μL, elektroforesis
dipastikan tidak ada gelembung di dalam master menggunakan voltase 70V selama 30 menit, amati
mix, campuran sampel DNA dan master mix pergerekan sampel dengan memastikan dua warna
dihomogenisasi di spindown selama 30 detik, profil yang terpisah, terakhir gel agarose yang sudah
reaksi PCR diatur pada perangkat lunak miniPCR selesai dielektroforesis diangkan dan dicek posisi
16, reaksi PCR akan berlansung selama 1 jam 30 pita DNA yang dihasilkan menggunakan gel
menit untuk total 35 siklus, angkat tube dari mesin documentation
dan simpan ke dalam cooler box jika sudah selesai, 2.4 Analisis Sekuens
masukan dalam freezer -20°C.
Analisis sekuens dilakukan mengunakan
2.3 Elektroforesis
computer, perangkat lunak Finch TV, DNA Baser
Elektroforesis dilakukan dengan menggunakan
Assembler v5.0.3., Bioedit v.7.2.5, MEGA 11, dan
alat dan bahan sebagai berikut, elektroforesis
urutan nukleotida yang ingin diujikan. Langkah
chamber, mesin spindown, cetakan gel yang terdiri
pertama dengan membuka file menggunakan
atas comb dan well. Mikropipet ukuran 0,5-10 μL
FinchTV dan DNA baser. Perangkat lunak Finch
dan 10-100 μL, isofreeze, gel documentation,
TV dibuka, pilih file dan open, kemudian pilih
kamera, PCR tube 0,2 ml, rak tabung 2 ml, PCR
sequence yang ingin digunakan. Bagian
tube rack, sampel DNA, tube 0,2 μL, safegreen, tips
chromatogram info dipilih untuk mengetahui urutan
ukuran 0,5-10 μL dan 10-100 μL, dan plastic
nukleotida dan pilih wrapped view untuk tampilan
limbah. Langkah pertama pada tahap elektroforesis
beberapa baris elektroferogram. Pada DNA Baser,
adalah membuat gel agarose 2% dengan 0,8 gr
aplikasi DNA Baser Assemble v5.0.3 dipilih, pilih
bubuk agarosa yang dilarutkan dalam 40ml larutan
projects, pilih show new project panel, pilih bagian
buffer TAE 1X, sampel DNA, master mix, dan
single sequence editing & cleaning, pilih sequence
primer, di homogenisasi dengan spindown selama
yang ingin digunakan kemudia klik sample
30 detik, campuran bubuk agarosa dan larutan
explorer, klik pada bagian elektroferogram untuk
buffer dipanaskan dala microwave selama 60 detik,
melakukan analisis dan pada bagian log untuk
safegreen μl ditambahkan ke dalam larutan agarosa,
melihat data pada tiap elektroferogram. Analisis
tuang kedalam cetakan, diamkan selama 30 menit
dilanjutkan dengan melakukan pengecekan urutan
hingga mengeras, campuran sampel DNA dan
nukleotida hasil trimming dengan database BLAST
master mix dihomogenisasi dengan spindown
dan BOLD. Pada BLAST, urutan nukleotida diinput
selama 30 detik, sampel produk amplifikasi gen
pada kemudian pilih BLAST. Sedangkan pada
CO1 diambila sebanyak 10 μL dan dilakukan
BOLD, urutan nukleotida diinput pada kemudian
elektroforesis, DNA lader ditambahkan pada posisi
pilih submit. Terakhir dilakukan analisis
menggunakan MEGA 11, namun dilakukan Tabel 1.1 Tabel perbandingan kualitas, kuantitas,
multiple alignment urutan nukleotida kelompok dan waktu o,6 isopropanol dan 2x ethanol
terlebih dahulu dengan urutan nukleotida tambahan [sumber: data kelompok]
yang diberikan menggunakan perangkat Bioedit. Berdasarkan hasil kuantifikasi DNA didapatkan
Clustal W alignment dilakukan kemudian file perbedaan kualitas kemurnian DNA dan konsentrasi
alignment disimpan dalam format FASTA. Setelah DNA buah menggunakan ethanol dan isopropanol
melakukan multiple alignment, masuk ke perangkat dan DNA ikan menggunakan metode Chelex 100
lunak MEGA 11, pilih data, open a file/session, dan GeneJet Kit yang disajikan pada tabel 1.2
pilih file hasil clustal W, pilih align, pilih vertebrate
mitochondria, pilih phylogeny, pilih construct/test Samp Kemurnian DNA Konsentrasi (ng/ul)
Neighbour-Joining diikuti parameter yang telah el (A260:280)
ditetapkan dan klik OK. Hasil kladogram akan Buah Ethan Isopropan Ethan Isopropan
menunjukan hasil identifikasi berdasarkan data ol ol ol ol
urutan-urutan nukleotida yang digunakan dalam 0,792 1,295 19 28,5
praktikum dengan pembanding database. Ikan Chele GeneJet Chele GeneJet
x 100 Kit x 100 Kit
3. Hasil dan Pembahasan 
1,352 1,753 144 71
3.1. Isolasi, Ekstraksi, dan Kuantifikasi
Tabel 1.2 Tabel perbandingan kemurnian dan
Isolasi dan ekstraksi DNA dilakukan dengan
konsentrasi DNA buah dan Ikan
beberapa metode menggunakan deterjen, Chelex,
[sumber: data kelompok]
dan GeneJet. Pada ekstraksi menggunakan deterjen
Hasil diatas menunjukan bahwa DNA buah selalu
(pelisisan kimiawi) dan presipitasi dilakukan
mendapatkan hasil lebih kecil dibandingkan dengan
dengan penambahan 0,6 isopropanol dan 2x ethanol
DNA ikan dengan metode apapun. Hal ini
didapatkan perbedaan hasil berdasarkan kualitas,
kemungkinan disebabkan karena sel tumbuhan
kuantitas, dan waktu sebagai berikut
tumbuhan memiliki banyak komponen pengotor
misalnya polisakarida, protein, dsb. (Abdel-Latief
Perbedaan 0,6 2x ethanol
& Osman 2017: 1). Hasil konsentrasi menggunakan
isopropanol
isopropanol lebih baik dibandingkan dengan
Kualitas 4/7 7/7
ethanol. Hal ini disebabkan kemungkinan karena
Kuantitas 5/7 7/7
adanya kontaminan, buffer yang digunakan,
Waktu 5 menit 13 2 menit 58
penerapan metode, kondisi dan durasi sampel hasil
detik detik
isolasi DNA (Koetsirr dkk. 2019: 2—3; Setiaputri
dkk. 2020: 455; Handayani dkk. 2021: 59). Hasil
kemurnian DNA ikan menggunakan metode chelex d.) Profil PCR
dan GeneJet secara berturut yaitu 1,352 dan 1,753,
-Initial denaturation:
hasil tersebut menunjukan DNA yang didapatkan
Suhu: 95.0oC
tidak murni dan tidak memenuhi syarat untuk
dilakukan analisis selanjutnya. Kemurnian DNA Waktu: 120 detik

dengan kualitas yang baik adalah 1,8-2,0 -Denaturation:

((Dewanata & Mushlih 2021: 7). Suhu: 94.0oC
3.2. PCR dan Elektroforesis Waktu: 30 detik
3.2.1 PCR
-Anneling:
a.)Primer yang digunakan pada praktikum
Suhu: 53.0oC
-forward: FishF1-5′TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC’3
Waktu: 40 detik
-reverse: FishR1-5’TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA’3
b.) Karakteristik mix PCR : GoTaq® Green Master - Extension:

Mix terdiri dari dNTP, MgCl2, Taq DNA Suhu: 72.0 oC

Waktu: 60 detik
c.) Komponen Reagen
-Final Extension:
No Komponen Jumlah Konsentrasi
Suhu: 72.0 oC
(ul)
Waktu: 180 detik
1 GoTaq® Green 12,5 1x -Jumlah Siklus: 35
Master Mix
3.2.2. Elektroforesis
2 Primer forward 0,5 0,2 uM
Berdasarkan hasil elektroforesis dengan pengaturan
3 Primer reverse 0,5 0,2 uM voltase 70V dalam waktu 30 menit didapatkan hasil
bahwa kelompok 5 siang berhasil mendapatkan
4 Nuclease free 9,5 -
band yang jelas dengan sedikit smearing yang
water
terjadi yang ditunjukan pada panah (a) di gambar
5 Sampel DNA 2 1-250ng/ul 1.1 dan 1.2. Kualitas dari hasil band dapat
dipengaruhi oleh berbagai hal seperti keluarnya
Tabel 1.3 Tabel Komponen Reagen
DNA dari gel, terjadinya difusi DNA,
[sumber: data kelompok]
ketidakcocokan primer, ketidaksesuaian optimasi
PCR dengan sampel yang digunakan, terjadinya
difusi DNA, tidak meratanya pewarnaan, kurangnya
sampel yang dimasukkan dsb. (Fermentas: 447-448

Gambar 1.3. Hasil Analisis sequence menggunakan

Finch TV
[sumber: Dokumentasi Pribadi]
Setelah melakukan analisis sequence kelompok
menggunakan perangkat lunak FinchTV,
didapatkan hasil sebagai berikut. Berdasarkan hasil
Gambar 1.1. Hasil Elektroforesis Kelompok 4,5,6 yang telah diberikan menjelaskan bahwa sequence
[sumber: Dokumentasi Asisten Praktikum Biologi kelompok memiliki kualitas yang baik dengan tipe
Molekuler] elektroferogram yang baik. Hal ini dapat dilihat
karena elektroferogram yang ditunjukan memiliki
jarak puncak yang seragam dan dapat dibedakan
berdasarkan warna. Puncak elektroferogram yang
tidak seragam dan rusak dapat menyebabkan tingkat
akurasi menjadi rendah dan tidak representative
Gambar 1.2 Hasil Elektroforesis kelompok parallel
untuk dijadikan data (Nurkholidah 2019: 18) Dapat
pagi dan siang
dilihat juga elektroferogram tidak memiliki banyak
[sumber: Dokumentasi Asisten Praktikum Biologi
pengotor, hal ini dapat didapatkan karena
Molekuler]
konsentrasi produk PCR dan primer yang sesuai,
kemurnian DNA, desain primer, kualitas primer
3.3 Analisis Sekuens
yang baik
3.3.1 Finch TV
3.3.2 DNA Baser
 ATGGCATTCCCTCGAATAAATAACATAAG
CTTCTGACTCCTTCCTCCATCCTTTCTCCTC
CTCCTGTCTTCATCAGGAGTTGAAGCCGG
CGCGGGTACTGGATGAACAGTATACCCCC
CTCTAGCCGGCAACCTCGCCCACGCAGGA
GCCTCTGTTGATTTAACTATCTTCTCCCTT
Gambar 1.4. Hasil Analisis sequence menggunakan CATTTAGCTGGGATCTCCTCAATTTTAGGA
DNA Baser GCCATTAATTTTATTACGACCATTATTAAC
[sumber: Dokumentasi Pribadi] ATAAAACCTCCAGCCATCTCTCAGTACCA
Hasil DNA Baser yang telah didapatkan melalui AACCCCCCTTTTCGTTTGAGCCGTGCTAGT
Perangkat Lunak DNA Baser Assembler v5.0.3 TACTGCTGTCCTTCTATTACTTTCCCTCCC
ditunjukkan pada gambar diatas, dapat dilihat DNA CGTCCTGGCAGCAGGCATTACTATGTTAC
Baser memberikan green area dan black area. Green TTACAGACCGAAATCTAAACACCACTTTC
area merupakan daerah sequens kelompok yang TTTGACCCGGCAGGCGGGGGAGATCCAAT
baik untuk digunakan pada analisis selanjutnya TTTATACCAACACCTCTTTTGATCTTGCAC
yang direkomendasikan oleh DNA Baser. CCCAAAA
Sedangkan grey area merupakan daerah yang
3.3.3 Analisis BLAST
kurang baik untuk digunakan, hal ini dilihat
Accession Max Score Total Query E-value Identity
berdasarkan nilai Q yang diberikan. Setalah analisis number Score Cover
MF621750.1 1125 1125 99% 0.0 99,68%
(Oncorhynchus
menggunakan DNA Baser, didapatkan hasil urutan KU756207.1 1125 1125 99% 0.0
mykiss)
99,68%
(Oncorhynchus

nukleotida yang baik digunakan untuk analisis KP013084.1 1125 1125 99% 0.0
mykiss)
99,68%
(Oncorhynchus
mykiss)
selanjutnya dari posisi awal 39 dan posisi akhir 664 MT413325.1 1125 1125 99% 0.0 99,68%
(Oncorhynchus
mykiss)

dengan nilai Q awal 31 dan nilai Q akhir 20. Urutan JX960921.1 1125 1125 99% 0.0 99,68%
(Oncorhynchus
mykiss)
JX960920.1 1125 1125 99% 0.0 99,68%
nukleotida yang didapatkan sebagai berikut, (Oncorhynchus
mykiss)
MT410879.1 1125 1125 99% 0.0 99,68%
(Oncorhynchus
mykiss)

Urutan Nukleotida: DQ288270.1 1125 1125 99% 0.0 99,68%

(Oncorhynchus
mykiss)
DQ288269.1 1125 1125 99% 0.0 99,68%
(Oncorhynchus
mykiss)
TGAGTCTACTGATTCGGGCGGAACTAAGC DQ288268.1 1125 1125 99% 0.0 99,68%
(Oncorhynchus
mykiss)

CAGCCGGGCGCTCTTCTGGGGGATGACCA
AATCTATAACGTGATCGTCACAGCCCATG
Tabel 1.4 Hasil BLAST sequence kelompok 5 siang
CCTTCGTTATGATTTTCTTTATAGTCATGC
[sumber: data pribadi yang menjadi data kelompok]
CAATTATAATCGGGGGCTTTGGAAACTGA
TTAATTCCCCTAATAATCGGAGCCCCTGAT
Tabel diatas merupakan hasil BLAST yang telah seperti yang dibeli oleh salah satu praktikan dalam
didapatkan dan diambil hasil 10 teratas. Hasil 10 kelompok seperti yang terlihat pada hasil
teratas memberikan hasil yang sama dengan kladogram pada perangkat MEGA 11. Ikan salmon
persentase 99% dan semua hasil menjelaskan yang dibawa merupakan salmon dengan spesies
bahwa urutan nukleotida merupakan ikan spesies Onchorhynchus mykiss
Oncorhynchus mykiss.

3.3.4 Analisis BOLD

Phylum Class Order Family Genus Species Similarity

(%)
Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus sp. 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Chordata Actinopterygii Salmoniformes Salmonidae Oncorhynchus mykiss 100

Tabel 1.4 BOLD sequence kelompok 5 siang

[sumber: data pribadi yang menjadi data kelompok]

Gambar 1.5. Hasil Kladogram Kelompok 5 siang

Hasil analisis pada perangkat lunak BOLD, paling
menggunakan MEGA 11
atas menjelaskan sequence masuk ke dalam
[sumber: Dokumentasi Pribadi]
Oncorhynchus sp. Dan sisanya menjelaskan
sequence masuk ke spesies Oncorhynchus mykiss
dengan persentase kesamaan sebesar 100%. Kesimpulan 
1. Prinsip isolasi DNA jaringan ikan dan buah
3.3.5 Analisis Kladogram menggunakan MEGA 11
adalah pelisisan sel menggunakan metode
Sequence kelompok, sequence 5 teratas dari Chelex 100, KitGenJet, dan deterjen.
BLAST, dan sequence yang telah diberikan 2. Prinsip dari kuantifikasi DNA
dilakukan analisis kladogram menggunakan MEGA menggunakan alat spektrofotometer adalah
X. Hasil yang didapatkan menjelaskan bahwa iradiasi sinar ultraviolet dapat diserap oleh
sequence ikan yang dipakai sebagai sampel nukleotida dan protein dalam larutan karena
kelompok sesuai dan masuk ke dalam ikan salmon adanya basa purin dan pirimidin. Hasil
 kemurnian DNA buah kelompok 5 bermigrasi menuju kutub positif (anoda).
menunjukkan hasil yang kurang baik, Tahapan kerja menggunakan gel agarose
sedangkan kemurnian DNA ikan kelompok dengan pewarna safegreen yang
5 adalah tidak murni, baik pada metode dielektrolisis pada voltase 70v selama 30
chelex maupun GeneJET. menit.
3. Prinsip dari kuantifikasi DNA 5. Kelompok 5 siang berhasil mendapatkan
menggunakan alat spektrofotometer adalah band yang jelas dengan kepadatan band
iradiasi sinar ultraviolet dapat diserap oleh yang baik dan sedikit smear.
nukleotida dan protein dalam larutan karena 6. Analisis elektroferogram yang dilakukan
adanya basa purin dan pirimidin. Hasil menggunakan FinchTV dan DNA baser
kemurnian DNA buah kelompok 5 menunjukkan hasil elektroferogram dengan
menunjukkan hasil yang kurang baik, kualitas baik karena memiliki puncak
sedangkan kemurnian DNA ikan kelompok elektroferogram dengan jarak yang seragam
5 adalah tidak murni, baik pada metode dan dapat dibedakan berdasarkan warna.
chelex maupun GeneJET. 7. Hasil DNA sequencing menunjukkan
4. Prinsip elektroforesis adalah memisahkan spesies Oncorhynchus mykiss, dimana hasil
molekul DNA berdasarkan ukurannya tersebut sesuai dengan sampel ikan yang
dengan bantuan medan listrik yang digunakan oleh kelompok 5.
menyebabkan DNA bermuatan negatif akan

1. Daftar Acuan

Abdel-Latief, A. & G. Osman. 2017. Comparison of three genomic DNA extraction methods to obtain
high DNA quality from maize. Plant methods (13): 1—9.

Afifah, I., D.D. Solihin & A. Sunkar. 2021. KARAKTERISTIK MOLEKULER KELELAWAR
(MICROCHIROPTERA), BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA (GEN COI) DI GUA SUKABUMI
DAN SENTUL JAWA BARAT. Jurnal Biologi 14(1): 20—28.

Budiarto, B.R. 2015. POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) : PERKEMBANGAN DAN

PERANNYA DALAM DIAGNOSTIK KESEHATAN. BioTrends 6(2): 29—38.
Campbell, N.A., J.B. Reece & L.G. Mitchell. 2002. Biologi Jilid 1. 5th ed. Erlangga, Jakarta: 438 hlm.

Dewanata, P.A & M. Mushih. 2021. Perbedaan Uji Kemurnian DNA Menggunakan Spektrofotometer UV-
Vis dan Spektrofotometer Nanodrop pada Pasien Diabetes Melitus Tipe 2. Indonesian journal of innovation
studies (15): 1—10.

Harahap, M.R. 2018. Elektroforesis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia

Genetika. Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro 2(1): 21—26.

Hikmatyar, M.F., J.I.Royani & Dasumiati. 2015. ISOLASI DAN AMPLIFIKASI DNA KELADI TIKUS
(Thyponium flagelliform) UNTUK IDENTIFIKASI KERAGAMAN GENETIK. Jurnal Bioteknologi &
Biosains Indonesia 2(2): 42—48.

Hutami, R., H. Bisyi, Sukarno, H. Nuraini & R. Ranasasmita. 2018. Ekstraksi DNA dari Daging Segar
untuk Analisis dengan Metode Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP). Jurnal Agroindustri
4(2): 209—216.

Irawan, P.D., T.E. Tallei & B.J. Kolondam. 2016. ANALISIS SEKUENS DAN FILOGENETIK
BEBERAPA TUMBUHAN Syzygium (MYRTACEAE) DI SULAWESI UTARA BERDASARKAN GEN
matK. Jurnal Ilmiah Sains 16(2): 43—50.

Nurkholidah, 2019. Karakterisasi Morfologi dan Barkoding Gen Globba atrosanguinea Teijsm. & Binn.
(Zingiberaceae). Skripsi S1. Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah, Jakarta: xii+42hlm.

Suriana, Marwansyah & Amirullah. 2019. Karakteristik Segmen Gen sitokrom C Oksidase Sub-unit I (COI)
Ngengat Plusia chalcites (Lepidoptera: Noctuidae). Jurnal Penelitian Bioloi 6 (2): 985—994.
Sumber acuan yang digunakan minimal 5 tanpa batasan tahun. Sumber dapat berasal dari buku, jurnal,
artikel ilmiah, dan website. Sumber yang digunakan adalah sumber yang kredibel dan dapat dipertanggung
jawabkan.