Praktikum BIO1102_Semester Ganjil_TA 2023/2024

Nama : Jonathan Melvin S Asisten PJ Materi

: Kania Salsabila
Power of Miracle
Gavriel Allenfar
NIM : A2401231027 Nilai :
Kelompok : 2 Tanggal Praktikum : 20 September 2023
==================================================================

Laporan Praktikum
Isolasi DNA, Elektroforesis Gel, dan Polymerase Chain Reaction

Pendahuluan
DNA adalah polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa
informasi genetik yang diturunkan kepada jasad kteturunannya. Informasi genetik disusun
dalam bentuk kodon yang berupa tiga pasang basa nukleotida dan menentukan bentuk,struktur,
maupun fisiologi suatu jasad. Secara struktural, DNA merupakan polimer nukleotida, di mana
untuk setiap nukleotida tersusun atas gula deoksiribosa, pospat, dan basa. Polimer tersebut
membentuk struktur double heliks, di mana kedua heliks disatukan oleh ikatan hidrogen yang
terjadi antara basa-basa yang ada. Ada empat macam basa yang terdapat di dalam DNA, yaitu
Adenin, Sitosin, Guanin, dan Timin. Adenin akan membentuk dua ikatan hidrogen dengan
Timin, sedangkan Guanin akan membentuk tiga ikatan hidrogen dengan Sitosin. Kombinasi
jumlah dan susunan yang terjadi antara ikatan-ikatan basa ini memungkinkan setiap organisme
memilik cetak biru genetik yang spesifik (khas) yang membedakannya dari cetak biru milik
organisme lainnya. ( Pinontoan,Beny. 2017 )
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. DNA dapat diisolasi
dari sel tanaman, hewan, manusia, maupun bakteri. Isolasi DNA digunakan untuk berbagai
macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis maupun
spektrofotometri. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan
lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip dasar elektroforesis adalah pergerakan
molekul bermuatan atau ion melalui medium semisolid di bawah pengaruh suatu medan listrik.
Elektroforesis dapat digunakan untuk mengetahui ukuran DNA dengan menggunakan DNA
marker yang sudah diketahui ukurannya. DNA marker ini berfungsi sebagai pembanding
sehingga bisa diketahui perkiraan ukuran DNA sampel.
( Sundari, Sri dan Bambang Priadi.2019 )
PCR dikembangkan pada tahun 1984 oleh seorang biokimiawan bernama Kary Mullis.PCR
atau reaksi berantai polimerase adalah suatu metode enzimatis dalam bidang biologi molekuler
yang bertujuan untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu
dengan jumlah kelipatan ribuan hingga jutaan salinan secara in vitro. Proses PCR merupakan
proses siklus yang berulang meliputi tahap denaturasi, pemisahan kedua untai DNA pada
temperatur tinggi. DNA akan terdenaturasi pada temperatur 90 hingga 97 ºC. Pada teknik PCR,
denaturasi optimum terjadi pada temperatur 95ºC selama 30 detik; annealing, tahap
penempelan primer pada pita DNA yang sesuai, pada suhu 55 hingga 60ºC selama 30 detik;
dan ekstensi oleh enzim DNA polimerase pada suhu 72ºC dalam waktu yang disesuaikan
dengan panjang atau pendeknya ukuran DNA yang diharapkan sebagai produk amplifikasi.
Waktu yang digunakan untuk eksistensi DNA pada PCR sekitar 2-3 menit.
( Feranisa,Anggun.2016 )
Praktikum BIO1102_Semester Ganjil_TA 2023/2024
2

Tujuan Praktikum
1. Mempelajari Teknik isolasi DNA untuk mendapatkan DNA yang dapat digunakan
sebagai template CPR
2. Mempelajari teknik elektroforesis gel agrose untuk memisahkan fragmen DNA
3. Mempelajari teknik amplifikasi DNA dengan Polymerase Chai Reaction

Hasil dan Pembahasan

A. Isolasi DNA

Penghalusan Bawang Bombay Penambahan Larutan Buffer Penyaringan suspensi

DNA terlihat

Penambahan Alkohol dingin Setelah didiamkan 2-3 menit

A. Apa fungsi larutan buffer lisis pada isolasi DNA ?

Larutan buffer lisis pada isolasi DNA brfungsi sebagai penghancur jaringan dan
membran sela tau berfungsi sebagai pemisah DNA genom dengan sel-sel lainnya.
( Triani,Nova.2020 )

B. Apa fungsi penembahan alkohol absolut dingin pada isolasi DNA ?

Fungsi penambahan alkohol absolut pada isolasi DNA adalah untuk memperjelas
visualisasi DNA atau menghilangkan kontaminan debu dan mikroorganisme yang
menempel pada suspensi atau DNA. Selain itu juga dapat mempermudah endapan
sehingga DNA muncul dalam bentuk benang. ( Triani,Nova.2020 )
Praktikum BIO1102_Semester Ganjil_TA 2023/2024
3

B. Elektroforesis Gel
Tahapan Elektroforesis Gel :
1. Letakkan gel agarose dalam media elektroforesis
2. Tuangkan larutan buffer masuk ke dalam reservoir samapai dua ruang elektroforesis
terisi dan gel agrosa tergenang dan tertutupi larutan setinggi 2mm.
3. Gunakanlah micropipette untuk memasukkan sampel untaian DNA ke dalam sel
agarosa
4. Untuk menghindari guncangan, stabilkan tempat dan tutup media elektroforesis
5. Nyalakan power supply Ketika kabel elektroda sudah disambungkan
6. Perhatikan kesesuaian tegangan listrik dengan waktu yang ditetapkan power supply
7. Tunggu hingga fragmen DNA mulai terjadi pergerakkan atau pemisahan

A. Apa yang anda ketahui tentang gel agarose ?

Gel agarose adalah partikel agar yang diisolasi dari alga merah. Partikel agar pada gel
agarose akan menjadi matriks berpori, besar kecilnya pori disebabkan banyak
sedikitnya bubuk agarose yang digunakan. Konsentrasi gel agarose mempengaruhi
laju migrasi DNA pada proses elektroforesis. Semakin rendah konsentrasi agarose
maka pori-pori gel akan semakin besar dan fragmen DNA dapat dipisah semakin jauh
begitupun sebaliknya, semakin tinggi konsentrasi agarose maka pori-pori gel semaik
kecil dan sulit untuk dipisah. ( Zahra,Raihanah.2022 )

B. Apa fungsi larutan buffer pada teknik elektroforesis gel agarose ?

Larutan buffer berfungsi untuk mempertahankan pH di dalam medium pemisah, dan
berfungsi sebagai media penyedia elektrolit pada proses pergerakan aliran listrik.
( Ridwan Harahap, Muhammad.2018 )

C. Mengapa sel DNA harus diletakkan pada sisi negatif ?

Karena sampel DNA harus diletakkan pada sisi katoda karena molekul DNA yang
dialiri arus listrik akan bermigrasi dari kutub negative ke kutub positif melalui
matriks gel.

D. Apa tujuan memberikan arus listrik pada elektroforesis gel agarosa ?

Pemberian arus listrik bertujuan untuk menghasilkan medan magnet dan apabila kuat
medan magnet lebih besar dari 10V/cm akan menghasilkan panas yang menbantu
proses denaturasi. ( Ridwan Harahap, Muhammad. 2018 )

E. Apa yang menyebabkan fragmen DNA terpisah satu sama lain pada gel agarosa ?
Disebabkan oleh penambahan buffer sebagai media pemisah dan juga sebagai
penyedia elektrolit bagi listrik. Aliran listrik juga berpengaruh pada pemisahan
fragmen DNA,panas yang dihasilkan membantu proses denaturasi.
( Ridwan Harahap, Muhammad . 2018 )

F. Mengapa fragmen DNA yang berukuran lebih besar akan berada dekat dengan kutub
negatif,sedangkan yang lebih kecil akan berada jauh dari kutub negative ?
Dipengaruhi oleh kerapatan gel agarosa semakin banyak gel agarose yang digunakan
akan membuat pori semakin kecil,sehingga fragmen yang lebih besar akan susah
untuk bergerak. Sedangkan fragmen yang lebih kecil akan lebih mudah bergerak
sehinnga dekat katoda.( Zahra,Raihanah.2022 )
Praktikum BIO1102_Semester Ganjil_TA 2023/2024
4

C. Teknik Polymerase Chain Reaction

A. Fenomena sel mana yang ditiru oleh PCR ?

Replikasi DNA ( Yustina Dewi et al.2018 )

B. Utas DNA mana dari template DNA yang diamplifikasi ?

Utas DNA pendek, utas DNA pendek atau fragmen yang ukuranya sama dengan jarak
antara kedua tempat penempelan primer merupakan urutan target yang akan diimplifikasi.
( Utami et al.2013 )

C. Apa fungsi primer ?

Primer akan membatasi fragmen DNA target yang akan diamplifikasi
( Yowani Chandra,Agung et al 2015 )

D. Apa fungsi enzim DNA polymerase ?

Fungsi dari enzim DNA polymerase adalah untuk menduplikasi DNA ketika sel
membelah. ( Kusnadi & Arumningtyas E L.2020 )

E. Pada suhu berapa utas DNA bisa terpisah,dan pada suhu berapa DNA bisa disintesis ?
Utas DNA bisa terpisah pada suhu tinggi yaitu, 94°C - 98°C.untaian DNA ganda akan
menjadi untaian tunggal. Proses sintesis terjadi pada suhu 72°C dimana akan terbentuk
DNA baru berdasarkan informasi yang ada pada DNA cetakan dengan bantuan
polymerase. ( Herman MN & Roslim DI . 2018 )
Praktikum BIO1102_Semester Ganjil_TA 2023/2024
5

F. Berapa molekul DNA yang terbentuk dari satu molekul DNA yang diamplifikasi dengan
PCR setelah 35 siklus ?
Y= ( 2n – 2n ) X
Y= ( 235 – 2.35 ) . 1
Y= 34.359.738.298 molekul

Ket :
Y : jumlah amplicon
n : jumlah siklus
X : jumlah molekul DNA template semula

G. Apa fungsi perubahan suhu pada proses PCR ini ?

Menentukan keberhasilan proses PCR seperti denaturasi,annealing,dan extension.
( Aulia Sl et al. 2021)

H. Mengapa ketika suhu denaturasi 50°C tidak terbentuk produk PCR ?

Karena suhu yang ideal untuk terjadinya proses denaturasi adalah suhu tinggi dengan
jarak 94°C - 98°C. Oleh sebab itu tidak terbentuk produk PCR.
( Herman MN & Roslim DI . 2018 )

I. Faktor apa saja yang memengaruhi keberhasilan PCR ?

Faktor yang memengaruhi keberhasilan PCR antara lain, konsentrasi
deoksiribonukleotida triphosphate, magnesium klorida, dan larutan buffer,
oligonukleotida yang digunakan DNA template, suhu, enzim ,jumlah siklus reaksi dan
faktor teknis dan non teknis lain seperti kontaminasi.
( Feranisa,Anggun.2016 )

J. Kondisi PCR seperti apa dari simulasi yang anda kerjakan yang menghasilkan produk
paling optimum ?
Dari simulasi PCR yang dilakukan menghasilkan produk paling optimum yakni sebanyak
100.1 terjadi ketika pengulangan ke-1 jumlah siklus 35 dengan suhu annealing 56°C,
kombinasi waktu antara denaturasi,annealing,dan extenxion berturut-turut adalah
30,30,60. Suhu denaturasi 94°C dan suhu extenxion 72°C ,plasmid sebanyak 100 ng ,
polymerase 1 𝜇L, masing-masing dNTP dan primer berturut-turut 0,5 𝜇L dan 0,1 𝜇L,dan
jenis DNA polymerase Taq.
Praktikum BIO1102_Semester Ganjil_TA 2023/2024
6

Daftar Pustaka
Sundari,Sri dan Bambang Priadi.2019. Tenik isolasi dan elektroforesis DNA ikan tapah.
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur. 17 (2), 2019,87-90.
Pinontoan,Beny.2017. Identifikasi perubahan struktur DNA terhadap pembentukkan
sel kanker menggunakan dekomposisi graf. Jurnal Ilmiah Sains. Vol.17, No.2
November 2017.
Feranisa,Anggun.2016. Komparasi antara polymerase chain reaction (PCR) dan loop
mediated isothermal amplification ( LAMP ) dalam diagnosis molekuler.
Odonto Dental Journal. Vol.3, No.2 (2016).
Triani,Nova.2020. Isolasi DNA tanaman jeruk dengan menggunakan metode CTAB
(cetyl trimethyl ammonium bromide ) Jurnal Teknik Terapan G-TECH. Vol.3
No.2 , April 2020.
Zahra,Raihanah.2022. Gambaran konsentrasi gel agarosa pada elektroforesis DNA bakteri
escherichia coli. Universitas Bakti Tunas Husada.
Ridwan Harahap,Muhammad.2018. Elektroforesis : analisis elektronika terhadap biokimia
genetika. Jurnal Ilmiah Pendidikan Elektro. Vol.2 No.1 , Februari 2018,hal 21-26.
Yustinadewi PD,Yustiantara PS, Naryani I . 2018. Teknik perancangan primer untuk sekuen
gen MDR-1 varian 1199 pada sampel buffy coat pasien anak dengan LLA.
Jurnal Metamorfosa. 5(1) : 105-111.
Utami ST, Kurshayati DF, Pramono H.2013. Pemeriksaan bakteri Leptospira pada sampel
darah manusia suspect leptospirosis menggunakan metode PCR ( polymerase chain
reaction ). Jurnal Balaba. 9(2): 74-81.
Ayu,Gusti AS, Yustiantara PS , Yowani Chandra A. 2015. Analisis primer untuk amplifikasi
promotor MDR-TB ( multidrug resistance tuberculosis ) dengan metode PCR.
Jurnal Farmasi FMIPA Universitas Udayana,Bukit Jimbaran, Bali .
Kusnadi J & Arumningtyas EL.2020. Polymerase Chain Reaction (PCR) : Teknik dan Fungsi
Malang 65145 Indonesia : UB Press
Herman MN & Roslim DI.2018. Optimasi suhu annealing untuk empat primer RAPD pada
kacang hijau ( Vigna radiata L.)
Aulia SL, Suwignyo SA , Hameda M. 2021. Optimasi suhu annealing untuk amplifikasi DNA
Padi hasil persilangan varietas tahan terendam dengan metode polymerase chain
reaction. Jurnal Ilmiah Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.Vol.18 No.1
1 Juni 2021.
Praktikum BIO1102_Semester Ganjil_TA 2023/2024
7

Lampiran
Praktikum BIO1102_Semester Ganjil_TA 2023/2024
8