Tugas Pendahuluan Praktikum PJP : Dr.

Popi Asri
Karakterisasi Biomolekul Kurniatin, S.Si, M.Si
Topik ke : 13 Asisten : Mikael Kristiadi
Tanggal : 24 November 2022 Nama : Monita Litania K.
Waktu : 13.00–16.00 WIB. NIM/Kel : G8401211046/K3

DENATURASI DAN AMPLIFIKASI DNA SECARA IN VITRO

1. Apa yang dimaksud dengan denaturasi DNA? Apakah yang terjadi pada
molekul DNA ketika terdenaturasi?
Jawab:
Denaturasi DNA merupakan proses pemisahan dsDNA menjadi untaian tunggal
yang menguntungkan untuk proses hibridisasi DNA. Rangkaian metode fisik
sederhana untuk mendenaturasi DNA di antaranya pemanasan, beads mill, serta
sonikasi langsung dan tidak langsung (Wang et al. 2014). Selama proses
denaturasi, molekul DNA dari untai ganda akan terbuka menjadi dua untai
tunggal. Hal ini karena suhu denaturasi yang tingi dapat membuat ikatan
hidrogen diantara basa-basa yang komplemen putus. Tahap ini membuat
seluruh reaksi 53 enzim tidak berjalan, sebagai contoh reaksi polimerisasi pada
siklus sebelumnya. Denaturasi terjadi pada kisaran suhu 90˚C – 95˚C (Gaffar
2007).

2. Apa saja yang dapat menyebabkan DNA terdenaturasi?

Jawab:
DNA terdenaturasi oleh beberapa faktor seperti suhu, pH, konsentrasi
isoelektrolit dan rasio basa nukleotida antara GC dan AT. Suhu tinggi
menyebabkan DNA beruntai ganda pecah menjadi untaian tunggal. pH ekstrim
sekitar 3 atau 10 menyebabkan denaturasi DNA. Konsentrasi isoelektrolit
seperti Na+ dan K dalam larutan ekstraksi digunakan untuk denaturasi DNA.
Konsentrasi GC yang tinggi memperlambat denaturasi DNA, sedangkan
konsentrasi AT yang tinggi menyebabkan untaian DNA mudah putus atau putus
(Zein 2014).

3. Mengapa DNA yang terdenaturasi akan menunjukkan peningkatan serapan

pada A260?
Jawab:
Perubahan derajat denaturasi DNA terjadi dengan memperlakukan DNA pada
suhu bertingkat dan mengukur absorbansi pada 260 nm. Peningkatan absorbansi
pada A260 menyebabkan denaturasi DNA karena panjang gelombang A260
adalah kemampuan basa asam nukleat untuk menyerap cahaya dengan kuat
pada panjang gelombang tersebut. Pada panjang gelombang λ260 juga diukur
nilai absorbansi konsentrasi sampel DNA. Jumlah cahaya yang diserap oleh
 molekul DNA tergantung pada struktur molekulnya. Semakin terorganisir
molekulnya, semakin sedikit cahaya yang diserap (Ningsih et al. 2018).

4. Jelaskan secara singkat bagaimana sintesis lagging strand pada proses replikasi
DNA di dalam sel. Jawab:
Okazaki menemukan bahwa untai DNA baru disintesis dalam bentuk potongan-
potongan pendek yang disebut "fragmen Okazaki". Untai DNA baru disintesis
secara terus-menerus sementara untai lainnya terputus-putus. Untai kontinyu,
atau untaian terdepan, adalah untai sintetik 5'→3' yang berjalan searah dengan
gerakan garpu. Untaian terputus-putus atau untai akhir adalah untai yang
sintesis 5'→3' terjadi berlawanan dengan arah pergerakan garpu replikasi,
seperti ditunjukkan pada Gambar 1. Panjang fragmen Okazaki bervariasi antara
seratus sampai seribu nukleotida tergantung pada sel. Tipe Fragmen Okazaki
kemudian disambung bersama oleh DNA ligase (Gaffar 2007).

5. Apakah yang dimaksud dengan polymerase chain reaction (PCR) Jawab:

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik untuk mensintesis dan
memperkuat jutaan salinan DNA hanya dalam beberapa jam. Ini melibatkan tiga
siklus suhu berturut-turut, yaitu denaturasi template (94-95˚C), pemasangan
polimer (anchor) untai ganda, DNA target (50-60˚C) dan pemanjangan (72˚C),
dan dipengaruhi oleh faktor-faktor penentu. termasuk konsentrasi dan kualitas
DNA, suhu annealing kedua primer, konsentrasi MgCl2, enzim polimerase,
konsentrasi dan kualitas primer, jumlah siklus PCR, deoxynucleotide
triphosphate (dNTP) dan faktor lain seperti larutan buffer. (Setyawati dan
Zubaidah 2021).

6. Enzim apakah yang digunakan dalam PCR untuk amplifikasi DNA secara
invitro? Jelaskan secara singkat mengenai enzim ini, bagaimana enzim ini
bekerja dan apa keunikan dari enzim ini.
Jawab:
Enzim yang digunakan dalam PCR untuk amplifikasi DNA secara in-vitro
adalah enzim DNA polimerase. Enzim DNA polimerase merupakan enzim
spesifik yang mampu menggabungkan DNA cetakan tunggal membentuk
untaian molekul DNA yang panjang. Enzim ini memerlukan primer serta DNA
cetakan seperti nukleotida yang terdiri atas empat basa, yaitu Adenine (A),
Thymine (T), Cytosine (C), dan Guanine (G). Reaksi amplifikasi ini dimulai
dengan melakukan denaturasi DNA cetakan dari berantai ganda menjadi
tunggal dan suhu diturunkan sehingga primer akan menempel (annealing) pada
DNA cetakan berantai tunggal. Setelah proses annealing, suhu dinaikkan
kembali sehingga enzim DNA polimerase ini dapat melakukan proses
polimerase rantai DNA yang baru dan selanjutnya menjadi cetakan pada reaksi
polimerase berikutnya. Keunikan enzim ini adalah mampu melakukan
amplifikasi DNA secara in-vitro dengan baik (Hewajuli dan Dharmayanti
2014).
Daftar Pustaka

Gaffar S. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung: Universitas Padjajaran.

Hewajuli DA, Dharmayanti NLPI. 2014. The advance of technology of reverse
transcriptase-polymerase chain reaction in identifying the genome of
avian influenza and Newcastle diseases. Indonesian Bulletin of Animal
and Veterinary Sciences. 24(1):16–29.
Ningsih TY, Wahyono DJ, Gumilas NSA. 2018. Deteksi gen litik BRLF1
EpsteinBarr virus pada penderita karsinoma nasofaring. Biosfera.
35(1):29–36.
Setyawati R, Zubaidah S. 2021. Optimasi konsentrasi primer dan suhu annealing
dalam mendeteksi gen leptin pada sapi peternakan ongole (PO)
menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Indonesian Journal of
Laboratory. 4(1):36–40.
Wang X, Lim HJ, Son A. 2014. Characterization of denaturation and renaturation
of DNA for DNA hybridization. Environmental Health and Toxicology.
1(1):1–8.
Zein HF. 2014. Studi transfer elektron dalam DNA dengan menggunakan
pendekatan Feyman path integral pada medan Gauge [skripsi]. Malang:
Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim.