IDENTIFIKASI HALAL DNA BABI DALAM PRODUK SOSIS

DAN ABON MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR SERTA

PENGUJIAN KADAR KEMURNIAN MENGGUNAKAN
SPEKTROFOTOMETER DNA

Laporan Praktik Lapang

Laboratorium Kesehatan Daerah
Provinsi DKI Jakarta
Jalan Rawa Sari Selatan No. 2, Jakarta Timur 10510

MONITA LITANIA KOSWANDY

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2023

1
IDENTIFIKASI HALAL DNA BABI DALAM PRODUK SOSIS
DAN ABON MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR SERTA
PENGUJIAN KADAR KEMURNIAN MENGGUNAKAN
SPEKTROFOTOMETER DNA

Laporan Praktik Lapang

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana pada
Program Studi Biokimia

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2023

1
Judul : Identifikasi Halal DNA Babi dalam Produk Sosis dan Abon
Menggunakan Real-Time PCR serta Pengujian Kadar Kemurnian
Menggunakan Spektrofotometer DNA
Nama : Monita Litania Koswandy
NIM : G8401211046

Disetujui oleh

Pembimbing Utama:
__________________
Dr. rer. nat Rahadian Pratama, S.Si, M.Si

Pembimbing Lapangan:
__________________
Sri Mulyaningsih, S.Si,Apt.,

Diketahui oleh

Ketua Departemen Biokimia

Dr. Mega Safithri, S.Si., M.Si. __________________
NIP 197709152005012002
 PRAKATA

Puji dan syukur saya panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala
karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih
dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Juni 2023 sampai bulan Juli 2023
dengan judul “Identifikasi Halal DNA Babi pada Produk Sosis dan Abon
menggunakan Real-Time PCR serta Pengujian Kadar Kemurnian menggunakan
Spektrofotometer DNA”
Terima kasih saya ucapkan kepada pembimbing Akademik Dr. rer. nat
Rahadian Pratama, S.Si, M.Si serta pembimbing Lapangan Sri Mulyaningsih,
S.Si,Apt., yang telah membimbing dan banyak memberi saran. Ucapan terima kasih
juga disampaikan kepada pembimbing akademik, moderator seminar, dan penguji
luar komisi pembimbing. Di samping itu, penghargaan saya sampaikan kepada
Laboratorium Kesehatan Daerah DKI Jakarta beserta staf Laboratorium dan laboran
yang telah membantu selama pengumpulan data. Ungkapan terima kasih juga
disampaikan kepada ayah, ibu, serta seluruh keluarga, kak Liza, teman-teman dan
orang terdekat saya yang telah memberikan dukungan, doa, dan kasih sayangnya
sehingga saya dapat menyelesaikan laporan ini.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat bagi pihak yang membutuhkan dan bagi
kemajuan ilmu pengetahuan..

Bogor, Agustus 2023

Monita Litania Koswandy

G8401211046

1
 DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL v
DAFTAR GAMBAR v
DAFTAR LAMPIRAN v
I PENDAHULUAN 1
II 6
2.1 Error! Bookmark not defined.2
2.2 Error! Bookmark not defined.2
2.3 Error! Bookmark not defined.Sarana dan Prasarana
2.4 Error! Bookmark not defined.3
2.4.1 Laboratorium Pemeriksaan Doping dan Kimia
2.4.2 Laboratorium Toksikologi
2.4.3 Laboratorium Obat dan Makanan
2.5 Error! Bookmark not defined.4
2.6 Error! Bookmark not defined.4
III 123.1 DNA
3.1.1 Definisi DNA
3.1.2 DNA Sebagai Marker Deteksi Adanya Campuran Daging Babi
3.1.2.1 Ekstraksi DNA
3.2 PCR
3.2.1 Komponen PCR
3.2.2 Real-Time PCR
IV 1
4.1 1
4.2 1
4.3 1
IV 2
4.1 Error! Bookmark not defined.
4.2 Error! Bookmark not defined.
V 3
5.1 3
5.2 3
DAFTAR PUSTAKA 7
LAMPIRAN 8
 DAFTAR TABEL

1. Tingkat kekerasan dan kandungan gula buah pisang ambon pada suhu
simpan yang berbeda dan pemberian putresina 2
2. Tingkat kekerasan buah pisang raja pada suhu simpan yang berbeda dan
pemberian putresina 12

DAFTAR GAMBAR

1 Contoh gambar 1
2 Contoh judul gambar lebih dari satu baris maka baris kedua dimulai tepat
di bawah huruf pertama judul gambar 2

DAFTAR LAMPIRAN

1 Lampiran 1 Rata-rata dan simpangan baku beberapa sifat físik dan kimia
tanah dari 78 contoh tanah di Kebun Percobaan Ciheuleut 9
2 Lampiran 2 Umur, indeks luas daun, dan hasil biji kering jagung yang
ditanam pada lima ketinggian tempat 11

1
 1. PENDAHULUAN

Kegiatan praktik lapangan yang dilakukan di Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi

DKI Jakarta merupakan kegiatan untuk mengamati dan mempelajari ilmu biokimia di bidang
biologi molekular dan genetika. Dipilihnya Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi DKI
Jakarta sebagai tempat pelaksanaan praktik lapangan memiliki alasan karena penulis tertarik
dalam mempelajari genetika dalam perspektif ilmu Biokimia.

Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi DKI Jakarta merupakan perusahaan yang menyediakan
layanan dalam bentuk pemerikasaan atau pengujian dalam bidang kimia doping, NAPZA, kimia
air, mutu obat, toksikologi, kimia klinik, kosmetik, penelitian makanan dan minuman serta
pemeriksaan Kesehatan lainnya. Saat ini, Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi DKI Jakarta
sedang mendirikan satu laboratorium baru yaitu laboratorium halal yang mana bertujuan untuk
menguji sekaligus mengecek kandungan unsur haram dalam produk pangan yang beredar.
Permasalahan yang dihadapi adalah karena bau berdirinya laboratorium ini maka perlu dilakukan
banyak uji sertifikasi yang di wadahi oleh Lembaga Badan Pemeriksaan Obat dan Makanan
(BPOM).

Adapun tujuan umum yang diharapkan dari praktik lapangan ini, antara lain menerapkan
teori-teori biokimia yang diberikan selama perkuliahan, khususnya mengenai biologi molekular
dan genetika melalui proses yang ada di lapangan danmengamati secara langsung proses analisis
terhadap produk-produk makanan dan turunannya. Selain tujuan umum, kegiatan ini memiliki
tujuan khusus, antara lain menganalisis unsur haram dalam produk pangan, menerangkan proses
pengidentifikasian berbagai produk pangan dan minuman di Laboratorium Kesehatan Daerah
DKI Jakarta.

Kegiatan praktik lapangan yang dilakukan selama 25 hari berisi pengamatan dan
percobaan cara mengindentifikasi berbagai jenis unsur haram dan produk-produk turunannya,
mulai dari makanan dan minuman, Setelah menyelesaikan kegiatan praktik lapangan dilanjutkan
denganpenulisan laporan kegiatan dan presentasi mengenai seluruh kegiatan praktik lapangan
kepada dosen pembimbing akademik dan seorang perwakilan yang bertindak sebagai penguji
dari Departemen Biokimia Institut Pertanian Bogor.
 I
2.I KEADAAN UMUM PERUSAHAAN

2.1 Lokasi dan Sejarah

Kegiatan Praktik Lapangan (PL) dilakukan di Laboratorium Kesehatan Daerah DKI

Jakarta, Jl. Rawasari Sel. No.2, RT.16/RW.2, Cemp. Putih Tim., Kec. Cemp. Putih,
Kota Jakarta Pusat, Daerah Khusus Ibukota Jakarta 10510, Indonesia.

Periode Tahun 1996 – 2001. Laboratorium Kesehatan Daerah (LABKESDA) Provinsi DKI
Jakarta pada awalnya merupakan Laboratorium Pengawasan Doping Jakarta (Jakarta Doping
Control Laboratory) yang didirikan untuk menunjang program pengembangan dan pembinaan
prestasi olah raga di indonesia dan membantu Komisi Anti Doping Indonesia dalam memutuskan
keabsahan prestasi seorang atlet, menegakkan Fair play serta melindungi kesehatan atlet. Pada
tanggal 30 Agustus 1996 Gubernur Provinsi DKI Jakarta yang pada saat itu dipimpin oleh Bapak
Surjadi Sudirja meresmikan Laboratorium Pengawasan Doping Jakarta dibawah pembinaan DR.
Ray Kazlaukas (ASDTL, Sydney, Australia).

Tugas Laboratorium Pengawasan Doping Jakarta pada awalnya ditetapkan dalam

Keputusan Gubernur Provinsi DKI Jakarta No. 685 tahun 1997 Tentang Organisasi dan Tata
Kerja Laboratorium Pengawasan Doping DKI Jakarta yang pertama kali adalah pemeriksaan
sampel doping atlet Pekan Olah Raga Nasional ke XIV 9-25 September 1996 di Jakarta sebanyak
1135 sampel. Pada saat itu Laboratorium Pengawasan Doping Jakarta yang dilengkapi dengan
peralatan canggih serta sumber daya manusia yang handal merupakan satu-satunya laboratorium
di indonesia yang memiliki kemampuan khusus dalam memeriksa seorang atlet yang baru selesai
mengikuti nomor final suatu kejuaraan cabang olah raga atau pada saat pelatihan, apakah
menggunakan obat atau minuman yang bersifat doping, sehingga pemeriksaan laboratorium
hanya untuk masyarakat olah raga.
Untuk meningkatkan utilitas dan peranan laboratorium serta pengembangan laboratorium
agar lebih luas fungsinya sehingga dapat menunjang Program Pemda DKI Jakarta pada umumnya
dan Program Dinas Kesehatan pada khususnya maka Laboratorium Pengawasan Doping Jakarta
pada tahun 2002 dikembangkan menjadi Laboratorium Kesehatan Daerah yang merupakan Unit
Pelaksana Teknis Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta berdasarkan Keputusan Gubernur
Provinsi DKI Jakarta No. 106 Tahun 2002 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Unit
Pelaksana Teknis di Lingkungan Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta tertanggal 6 Agustus

1
2002 sehingga layanan laboratorium tidak hanya doping tetapi juga layanan pemeriksaan analisis
laboratorium napza, obat, makanan dan minuman, toksikologi, kimia air, hematologi, patologi
klinik.
Pada tahun 2009 dilaksanakan perampingan struktur organisasi Laboratorium Kesehatan
Daerah Provinsi DKI Jakarta berdasarkan Perda DKI Jakarta No. 10 Tahun 2008 tentang
Organisasi Perangkat Daerah dan Peraturan Gubernur Provinsi DKI Jakarta No. 139 Tahun 2010
Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Laboratorium Kesehatan Daerah tertanggal 19
Juli 2010.

Periode Tahun 2019 – Sekarang. Selain melakukan pemeriksaan rutin, Desember 2019
Labkesda DKI Jakarta ditunjuk sebagai lab untuk collecting sampel Covid-19 yang kemudian
dirujuk ke Litbangkes RI untuk proses PCR. Berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor
HK.01.07/MENKES/214/2020 Tahun 2020 tentang JEJARING LABORATORIUM
PEMERIKSAAN CORONAVIRUS DISEASE 2019 (COVID-19), Maka Labkesda DKI sebagai
salah satu lab pemeriksaan sampel Covid-19 berbasis PCR mulai beroperasi dalam penerimaan
sampel dari Litbangkes pada tanggal 9 Maret 2020 dimana Labkesda DKI hanya melakukan
proses ekstraksi saja, sementara untuk proses analisis PCR serta pengeluaran hasil dilakukan
oleh Litbangkes.
Senin, 23 Maret 2020 Labkesda sudah mulai beroperasional dalam penerimaan sampel
Covid-19 dari fasyankes tetapi proses PCR masih dilakukan oleh LItbangkes. Sedangkan pada
tanggla 29 Maret 2020 Labkesda DKI sudah mendapatkan reagen yang diperlukan untuk proses
analisis PCR, sehingga pertama kalinya Labkesda DKI dapat melakukan pemeriksaan PCR. Sejak
tanggal 29 Maret Labkesda DKI sudah dapat melakukan proses labeling (pemeriksaan identitas
sampel dgn data pasien), Proses Ekstraksi RNA hingga proses analisa PCR dan pengeluaran hasil
COVID-19.
 I
2.2 Visi dan Misi I

Laboratorium Kesehatan DKI Jakarta memiliki visi dan misi sebagai berikut :

Visi : Menjadikan Labkesda Provinsi DKI sebagai laboratorium terpercaya berkualitas

internasional

Misi :

1. Meningkatkan kualitas sumber saya sanusia sesuai dengan perkembangan IPTEK

2. Meningkatkan mutu pengujian yang cepat dan akurat
3. Meningkatkan sarana dan prasarana laboratorium sesuai dengan perkembangan
IPTEK
4. Menciptakan lingkungan kerja yang aman, nyaman dan harmonis
5. Menjalin kemitraan secara profesional dengan institusi terkait dan masyarakat

2.3 Sarana dan Prasarana

Fasilitas yang dimiliki Laboratorium Kesehatan Daerah DKI Jakarta antara lain :
1. Ruang Kepala Labkesda
2. Ruang Tata Usaha
3. Ruang Staf
4. Loket Penerimaan Sampel
5. Laboratorium Kimia Doping
6. Laboratorium Kimia Air
7. Laboratorium Toksikologi
8. Laboratorium Mikrobiologi
9. Laboratorium NAPZA
10. Laboratorium Obat, Makanan dan Minuman
11. Lift Orang
12. Lift Barang
13. Pos satpam
14. Mushollah
15. Kamar Mandi
16. Tangga Darurat

1
2.4 Tugas Pokok dan Fungsi

Dalam rangka mewujudkan praktik profesional yang baik dalam pelaksanaan pemeriksaan
laboratorium sehingga seluruh hasil kerjanya terjamin mutunya dan dapat
dipertanggungjawabkan, serta mengutamakan kepuasan pelanggan, Laboratorium Kesehatan
DKI Jakarta mengimplementasikan ISO/IEC 17025:2005 dengan Sertifikat Akreditasi nomor.
LP-157-IDN sejak tanggal 6 November Tahun 2002.
Akreditasi Laboratorium lain yang telah diperoleh Akreditasi Laboratorium Lingkungan
dari SARPEDAL-BPLHD dan OHSAS 18001, akreditasi sedang dalam proses antara lain
Akreditasi Laboratorium Doping dari World Anti-Doping Agency, ISO 15189. Untuk selalu
menjamin mutu pemeriksaan laboratorium, Laboratorium Kesehatan DKI Jakarta ikut serta
dalam Proficiency Test dari Komite Akreditasi Nasional (KAN), Program Nasional Pemantapan
Mutu Eksternal dari DEPKESRI, BPOM, AUSTOX Urine Toxicology Proficiency Programmer.
2.4.1 Laboratorium pemeriksaan Doping dan Kimia
1) Pemeriksaan Doping
Doping adalah bahan-bahan kimia maupun alami yang memperbaiki kondisi
fisik dan psikologi atlet sebelum atau selama pertandingan yang memberikan efek
merugikan bagi para atlet. Salah satu jenis pemeriksaannya yaitu pemeriksaan
glucocorticosteroids.
2) Pemeriksaan NAPZA
Tujuan dari pemeriksaan NAPZA adalah untuk mendeteksi adanya zat
narkotika atau psikotropika dan zat aditif lainnya yang terkadung dalam cairan
tubuh dengan mengutamakan kecepatan dan keakuratan yang didukung pelayanan
yang ramah dan efesien. Contoh pemeriksannya yaitu pemeriksaan amphetamine
dan pemeriksaan cannabis.
2.4.2 Laboratorium Toksikologi
Indonesia aturan untuk registrasi bahan baru sebelum dipakai secara komersil
dituangkan dalam bentuk Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor 472 Tahun 1996
tentang aturan untuk Registrasi B3. Ilmu toksikologi dibutuhkan untuk melakukan uji
toksisitas bahan baku sebelum beredar dimasyarakat. Uji toksisitas dilakukan untuk
mengidentifikasi zat beracun dan bahaya. Salah satu pemeriksaannya adalah
pemeriksaan timbal dalam darah.
 I
2.4.3 Laboratorium IObat dan Makanan
Bahan tambahan makanan menurut Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor 033
Tahun 2012 adalah bahan yang ditambahkan ke dalam pangan untuk mempengaruhi sifat
atau bentuk pangan. Standar kualitas bahan tambahan merupakan persyaratan yang harus
dipenuhi dan tercantum dalam Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor 033 Tahun 2012.
Contoh pemeriksaannya yaitu pemeriksaan zat pewarna, pemeriksaan zat pengawet, dan
pemeriksaan formalin.

2.5 Struktur Organisasi

Berdasarkan Peraturan Gubernur DKI Jakarta Nomor 383 Tahun 2016 tentang
Pembentukkan Organisasi dan Tata Kerja Laboratorium Kesehatan Daerah Jakarta.
Berikut ini adalah gambar struktur organisasi Labkesda DKI Jakarta :

Gambar 1. Struktur Organisasi

1
2.6 Sumber Daya Manusia

Sumber Daya Manusia yang berada di Laboratorium Kesehatan Daerah DKI Jakarta
berjumlah 67 orang, yang terdiri dari :
1. Kepala LABKESDA berjumlah 1 orang.
2. Tata Usaha berjumlah 29 orang.
3. Kimia Doping berjumlah 18 orang.
4. Kesehatan Masyarakat berjumlah 19 orang.

3. TINJAUAN PUSTAKA

3. 1 DNA

3.1.1 Definisi DNA

Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) adalah
polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis yang membawa informasi genetik
yang diteruskan ke keturunannya. Informasi genetik disusun sebagai kodon yang
merupakan tiga pasangan basa nukleotida.

Gambar 2. Struktur dan Komponen untai ganda DNA

Menurut Rohman (2012) Menurut Rohman (2012), secara struktural DNA

merupakan polimer nukleotida yang setiap nukleotidanya tersusun atas gula deoksiribosa,
fosfat, dan basa. Polimer membentuk heliks ganda beruntai dua yang dihubungkan
bersama oleh ikatan hidrogen antara basa yang ada, seperti dalam Gambar 2
Terdapat empat basa pada DNA yaitu adenin (A), sitosin (C), guanin (G) dan timin (T).
Adenin akan membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin akan
membentuk tiga ikatan hidrogen dengan sitosin. Kombinasi jumlah dan susunan yang
I
terbentuk antara ikatan dasar tersebut memungkinkan setiap individu memiliki pola genetik
I
yang spesifik dibandingkan organisme lain.
DNA organisme hidup terdapat pada inti sel (nukleus), mitokondria, dan klorofil. Pada
manusia, DNA ditemukan di inti sel dan mitokondria. DNA dalam nukleus berbentuk linier
dan mengandung sekitar tiga miliar pasangan basa, sedangkan DNA mitokondria (mtDNA)
berbentuk lingkaran dan memiliki pasangan basa lebih sedikit, sekitar 160.000. Namun jika
mutasi terjadi pada DNA mitokondria, kerusakan dapat terjadi pada sistem yang sensitif
terhadap kebutuhan energi seperti sistem saraf dan otot. Saez et al (2014)
3.1.2 DNA Sebagai Marker Deteksi Adanya Campuran Daging Babi
Identifikasi DNA merupakan upaya untuk membandingkan profil DNA suatu barang
bukti dengan profil DNA suatu pembanding sehingga dapat ditentukan apakah profil DNA
barang bukti tersebut sesuai dengan profil DNA pembanding. Pola transmisi spesifik dalam
pengenalan DNA menggerakkan DNA inti dan DNA mitokondria. Identifikasi DNA inti
dapat dilakukan dari seluruh sel berinti dalam tubuh Purves dkk (2013).

Sampel yang diambil dari pasar harus ditangani sebaik mungkin. Oleh karena itu
pengambilan sampel harus dilakukan dengan hati-hati, disimpan dan diawetkan agar hasil
pemeriksaannya baik. Pengambilan sampel yang tidak tepat dapat menyebabkan degradasi
DNA atau fragmen DNA terlalu pendek untuk dianalisis. Aspek penting lainnya adalah
pencegahan kontaminasi sampel. Sulistyaningsih (2017)
Identifikasi DNA sampel terdiri atas tigas langkah.
1. Ekstraksi DNA
2. Amplifikasi DNA yang telah diekstrak menggunakan PCR
3. Pemisahan dan visualisasi profil DNA
3.1.2.1 Ekstraksi DNA
Terdapat banyak metode dan teknologi untuk isolasi gen. Secara umum semua metode
meliputi penghancuran sel dan jaringan, penghilangan protein dan RNA (pemurnian), dan
pengendapan DNA (Muladno, 2010). Penghapusan protein dicapai dengan pencernaan
menggunakan proteinase K diikuti dengan garam dan ekstrak organik. DNA diendapkan
dengan etanol atau isopropanol.
Secara umum kualitas DNA dapat ditentukan oleh adanya RNA, protein, lipid dan komponen
seluler lainnya yang terkait dengan enzim restriksi, ligase, dan DNA termostabil. Lebih penting
lagi, sediaan tidak boleh mengandung DNAse polimerase karena kemungkinan kerusakan DNA
(Merante et al., 1998). Selain analisis DNA, kebutuhan akan diagnostik molekuler dan
filogenetik molekuler semakin meningkat pesat, memerlukan kecepatan, prosedur sederhana,
hasil pemisahan DNA yang akurat dari berbagai jenis sampel, sehingga menciptakan
perkembangan teknologi baru untuk pemisahan DNA yang lebih mudah dan cepat. daripada
sebelumnya.
Salah satu perkembangan teknik pemurnian DNA adalah penggunaan kit reagen.
Pemurnian DNA dapat dilakukan secara otomatis, cepat dan efisien. Pemurnian DNA dapat
dilakukan pada sampel cair atau padat, seperti sampel darah, sel, dan jaringan. Instrumen ini
dapat memproses hingga 16 sampel dalam 30 hingga 40 menit. Pemurni DNA membersihkan
sampel menggunakan partikel paramagnetik (PMPs). Perangkat ini dilengkapi dengan kartrid
1
yang berisi buffer lisis, pmps magnesylr, buffer pencuci, dan dielusi dengan buffer lisis. .
dielusi dengan pmps magnesylr (Promega 2007). DNA murni yang dihasilkan dapat langsung
diterapkan pada restriksi dengan enzim endnuklease, PCR dan elektroforesis gel agarosa.
Molekul DNA harus dipisahkan dari bahan seluler lainnya sebelum dapat diuji. Protein
seluler yang melapisi dan melindungi DNA dapat menghambat kemampuan menganalisis DNA.
Oleh karena itu, metode ekstraksi DNA telah dikembangkan untuk memisahkan protein dan
bahan seluler lainnya dari molekul DNA. Selain itu, kuantitas dan kualitas DNA sering kali
diukur sebelum diproses lebih lanjut untuk memastikan diperoleh hasil yang optimal. Secara
umum, ekstraksi DNA melibatkan langkah-langkah termasuk isolasi jaringan, lisis dinding sel
dan membran, ekstraksi larutan, pemurnian, dan pengendapan atau pemadatan.

Gambar 3. Langkah-langkah Ekstraksi DNA

Dalam proses ini terdapat tiga larutan penting dalam isolasi DNA, yaitu buffer lisis,
buffer pencernaan, dan protein kinase K. Penghancuran sel secara kimia (lisis) dilakukan dengan
menggunakan senyawa kimia seperti EDTA (etil). Ediamine Tetra Asetat) dan SDS (Etil
Ediamine Tetra Asetat). Sodium dodesil sulfat). EDTA merusak atau menghancurkan sel dengan
mengikat ion magnesium. Ion magnesium bekerja dengan cara menjaga integritas sel dan
meningkatkan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat. Ada tiga teknik utama,
seperti yang ditunjukkan pada Gambar 4. digunakan di laboratorium DNA untuk ekstraksi DNA
yaitu ekstrak organik (fenol-kloroform), ekstrak Chelex dan kertas FTA.
 I
I

Gambar 4. Macam Metode dan Proses Ekstraksi DNA

3.2 PCR

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu teknik amplifikasi asam
nukleat in vitro yang paling banyak dipelajari dan digunakan. Sembilan tahun setelah
proposal pertama oleh para ilmuwan di Cetus Corporation, PCR telah menjadi teknik
utama di laboratorium biologi molekuler, termasuk transkripsi in vitro dari sampel PCR,
sintesis PCR rekombinan, sidik jari DNAse I, pengurutan menggunakan promotor fag,
dll. 1999).

PCR digunakan untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
dengan cara mensintesis molekul DNA baru yang bersifat komplementer terhadap
molekul DNA target menggunakan enzim dan oligonukleotida yang berperan sebagai
primer pada DNA target. Panjang DNA target bervariasi dari puluhan hingga ribuan
1
nukleotida yang ditempatkan di antara sepasang primer. Primer yang terletak sebelum
daerah sasaran disebut primer maju (forward primers) dan primer yang terletak di
belakang daerah sasaran disebut primer terbalik (reverse primer). Enzim yang digunakan
sebagai pencetak rangkaian molekul DNA yang baru dikenali disebut enzim polimerase.
Untuk dapat mencetak sequence tersebut dengan PCR juga diperlukan dNTP yang
meliputi dATP, dCTP, dGTP dan dTTP (Muladno, 2010).
PCR terdiri dari beberapa siklus yang masing-masing terdiri dari tiga langkah
berurutan, yaitu denaturasi untai DNA templat, anil pasangan primer dengan DNA target,
dan pemanjangan primer atau polimerisasi yang dikatalisis oleh DNA polimerase
(Gaffar, 2007).

Pada akhir siklus pertama, satu molekul DNA beruntai ganda berlipat ganda
jumlahnya menjadi dua molekul DNA beruntai ganda. Dua molekul DNA untai ganda
yang diamplifikasi pada siklus pertama menjadi DNA target dan dikalikan menjadi empat
molekul DNA, yang kemudian dikalikan menjadi delapan, dan seterusnya. (Muladno,
2010).

PCR secara konvensional mempunyai prinsip cara kerja yaitumengamplifikasi Fragmen

DNA tertentu dalam beberapa siklus, berikut adalah tahapan pada proses PCR :

1.) Denaturasi

Denaturasi merupakan reaksi yang berlangsung dalam suhu tinggi, yaitu 95°C hingga
97°C yang bertujuan untuk memutus ikatan hidrogen DNA atau terdenaturasi dan DNA
menjadi berutas tunggal (Mulado, 2010).

2.) Annealing

Pada tahap ini, primer akan menuju daerah yang spesifik yang komplemen dengan urutan
primer. hidrogen akan terbentuk antara primer degan urutan komplemen pada templat (Gaffar,
2007)

3.) Elongasi

Elongasi adalah proses perpanjangan rantai terjadi terjadi pada suhu 72 0C karena
merupakan suhu optimum Taq polymerase. Primer yang telah menempel tadi akan mengalami
perpanjangan pada sisi 3'nya dengan penambahan dNTP yang komplemen dengan template
oleh DNA polimerase (Gaffar, 2007).
3.2.1 Komponen PCR

Beberapa komponen
I penting yang dibutuhkan dalam reaksi PCR adalah
DNA I
template, sepasang primer oligonukleotida, DNA polymerase,
deoksinukleosida trifosfat (dNTP), dan larutan buffer (Muladno, 2010; Gaffar,
2007; Sulistyaningsih, 2007):

1. DNA Template
DNA Template merupakan molekul DNA beruntai ganda yang mengandung
sekuens target yang akan diamplifikasi. Ukuran DNA bukanlah faktor utama
keberhasilan PCR, berapapun panjangnya, jika tidak mengandung sekuens yang
diinginkan maka PCR akan gagal, namun sebaliknya jika ukuran DNA tidak terlalu
besar tetapi mengandung sekuens yang diinginkan, PCR akan berhasil.

Konsentrasi DNA juga dapat mempengaruhi keberhasilan PCR. Jika

konsentrasinya terlalu rendah, primer mungkin tidak menemukan targetnya, dan
jika konsentrasinya terlalu tinggi, risiko umpan yang buruk akan meningkat. Selain
itu, kemurnian sampel juga harus diperhatikan karena akan mempengaruhi hasil
reaksi.

Konsentrasi DNA juga dapat mempengaruhi keberhasilan PCR. Jika

konsentrasinya terlalu rendah maka primer mungkin tidak dapat menemukan target
dan jika konsentrasi terlalu tinggi akan meningkatkan kemungkinan mispriming.
Disamping itu perlu diperhatikan kemurnian template karena akan mempengaruhi
hasil reaksi.

2. Primer
Susunan primer merupakan salah satu kunci keberhasilan PCR. Pasangan
primer terdiri dari 2 oligonukleotida yang mengandung 18-28 nukleotida dan
memiliki kandungan GC 40-60%. Urutan primer yang lebih pendek memicu
amplifikasi produk PCR nonspesifik. Ujung 3' primer penting dalam menentukan
spesifisitas dan sensitivitas PCR.

Tip ini tidak boleh memiliki 3 atau lebih basa G atau C, karena ini dapat
menstabilkan primer anil secara tidak spesifik. Selain itu, ujung 3' kedua primer
tidak saling melengkapi, karena hal ini akan menyebabkan terbentuknya primer-
dimer yang mengurangi rendemen produk yang diinginkan.

1
 Ujung 5' primer tidak diperlukan untuk hibridisasi primer, sehingga
rangkaian spesifik seperti situs restriksi enzim, kodon awal ATG, atau rangkaian
promotor dapat ditambahkan. Konsentrasi primer biasanya optimal pada 0,1-0,5
μM.halaman Konsentrasi primer yang terlalu tinggi akan mengakibatkan primer
buruk (mengikat situs nonspesifik) dan terakumulasinya produk nonspesifik serta
meningkatkan kerentanan pembentukan primer-dimer, sebaliknya jika konsentrasi
primer terlalu rendah maka PCR akan menjadi kurang efisien sehingga hasilnya
akan lemah.

3. DNA polymerase

DNA polimerase adalah enzim yang mengkatalisis polimerisasi DNA.

Dalam perkembangannya, enzim Taq DNA polymerase kini banyak digunakan
karena bekerja pada suhu tinggi, sehingga penambahan enzim tidak perlu dilakukan
setiap siklus dan PCR dapat dilakukan dalam satu mesin (Gaffar, 2007). .

Taq DNA polimerase terdiri dari dua jenis yaitu enzim alami yang diisolasi
dari sel bakteri Thermus Aquacus dan enzim rekombinan yang disintesis dalam sel
bakteri Escherichia coli (Muladno, 2010). Enzim ini masih mempunyai aktivitas
eksonuklease 5' sampai 3' tetapi tidak ada aktivitas eksonuklease 3' sampai 5'.
Konsentrasi enzim yang diperlukan untuk PCR biasanya antara 0,5 dan 2,5 unit.
Jumlah enzim yang berlebihan akan menyebabkan penumpukan produk yang tidak
spesifik, sedangkan jumlah enzim yang terlalu sedikit akan menghasilkan produk
yang diinginkan dalam jumlah kecil (Sulistyaningsih, 2007).

4. Deoxynucleotide Triphosphate (dNTP)

Deoksinukleotida trifosfat merupakan bahan baku utama sintesis DNA pada

PCR antara lain dATP, dGTP, dCTP dan dTTP. Setiap konsentrasi dNTP dari 20–
200 μM menawarkan keseimbangan optimal antara hasil, spesifisitas, dan akurasi
PCR. Konsentrasi masing-masing dNTP harus seimbang untuk meminimalkan
kesalahan asosiasi. Deoksinukleotida trifosfat akan mereduksi Mg2+ bebas
sehingga mempengaruhi aktivitas polimerase dan menurunkan hibridisasi primer.
Konsentrasi dNTP yang rendah meminimalkan kesalahan priming di wilayah non-
target dan mengurangi risiko pemanjangan nukleotida yang salah. Akibatnya,
spesifisitas dan akurasi PCR meningkat pada konsentrasi dNTP yang lebih rendah
(Sulistyaningsih, 2007).
 5. Larutan buffer
Larutan buffer yang biasa digunakan untuk reaksi PCR mengandung 10 mM
Tris-HCl pH 8,3, 50 ImM KCl, dan 1,5 mM MgCl2. Optimalisasi konsentrasi ion
I
Mg2+ merupakan hal yang penting (Sulistyaningsih, 2007).

3.2.2 Real-Time PCR

PCR real-time mampu melakukan analisis sensitif dan spesifik sehingga mengurangi
kesalahan dalam hasil (Burns et al, 2005). Perangkat PCR real-time mendeteksi amplikon
dengan mengukur peningkatan kadar pewarnaan (dye) fluorescent yang bersinar ketika terikat
pada DNA beruntai ganda. Berkat sifat ini, pertumbuhan fragmen DNA yang diperkuat dapat
segera dipantau: semakin banyak DNA yang terbentuk, semakin tinggi intensitas fluoresensi
yang dihasilkan.

SYBR Green dan TaqMan adalah dua jenis reporter fluoresen yang biasa digunakan dalam
PCR waktu nyata. PCR kuantitatif dapat secara akurat mendeteksi konsentrasi DNA hingga
beberapa pikogram atau setara dengan sel tunggal karena sensitivitas pewarna yang sangat
tinggi. Peningkatan fluoresensi yang dihasilkan digambarkan dengan kurva penguatan yang
menunjukkan tiga fase, yaitu fase awal, fase eksponensial atau fase puncak, dan fase tunak atau
fase tunak (Vaerman, 2004).

1
 PAGE \*
MERGEFORMAT 9

4. METODE

4.1 Waktu dan Tempat

Kegiatan praktik lapangan (PL) dilaksanakan dari tanggal 19 Juni 2023

sampai dengan 29 Juli 2023 di Lab. Makanan dan Minuman Laboratorium
Kesehatan Daerah DKI Jakarta. Kegiatandilakukan sesuai jam kerja perusahaan
dari hari Senin−Jumat selama 8 jam.
4.2 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan selama kegiatan praktik lapangan ini antara lain : Real-
Time PCR, Neraca, Spektrofotometer DNA, Vortex, Sentrifuge, Heat
Block/Dry Bath, mikropipet dan tips. Sedangkan bahan yang digunakan antara
lain InstaTm GeneMatrix, iTaqTm universal Probes SMX 200, sampel abon dan sosis,
Nuclease free water
4.3 Prosedur Kerja

4.3.1 Ekstraksi DNA

Timbang 30-50 mg sampel yang sudah dihaluskan/hancurkan sebelumnya, lalu

dimasukkan pada tube 1.5 ml. Tambahkan 200 μl Buffer GA. Tambahkan 20 ul proteinase
K dan vortex hingga homogen. Inkubasi pada suhu 56°C selama 1 jam (waktu bervariasi
antara 1-3 jam) Ditambahkan 200 ul Buffer GB ke dalam sampel, vortex agar homogen
lalu spin down dan inkubasi di 70°C selama 10 menit. Ditambahkan 200 ul etanol (96-
100%) ke dalam sampel, vortex selama 15 detik lalu spin down. Pipet dan masukkan
campuran tersebut ke dalam (TIANamp spin colom CB3, bang Lalu sentrifuge 30 detik,
12.000 rpm. Buang cairan yang ada di dalam kolom уж microtube dan tempatkan spin
colom ke dalam collection tube. Ditambahkan 500 ul Buffer GD ke dalam spin colom. Lalu
sentrifuge 30 detik, 12000 rpm.
Buang cairan yang ada di dalam kolom microtube dan tempatkan spin colom ke
dalam collection tube Ditambahkan 700 ul Buffer PW ke dalam spin kolom. Lalu sentrifuge
30 detik, 12.000 rpm. Buang cairan yang ada di dalam kolom microtube dan tempatkan
spin colom ke dalam collection tube Ditambahkan 500 ul Buffer PW ke dalam spin kolom.
Lalu sentrifuge 30 detik, 12.000 rpm. Buang cairan yang ada di dalam kolom microtube
dan tempatkan spin colom ke dalam collection tube. Sentrifuge 2 menit, 12.000 rpm untuk
mengeringkan membran. Tempatkan kolom CB3 ke dalam tube 1,5 ml yang baru. Lalu
tambahkan 50- 200 ul Buffer TE ke tengah membrane. Inkubasi di suhu ruang 2-5 menit.
Lalu sentrifuge 2 menit, 12.000 rpm. Total DNA, lakukan identifikasi molekuler atau
simpan suhu -20C hingga -80C.

4.3.2 Amplifikasi

Persiapan sampel pengujian : Lakukan thawing semua reagen yang akan digunakan,
lakukan homogenisasi dan spindown. semua pekerjaan dilakukan on-ice. Campurkan semua
komponen mastermix kecuali DNA template, dalam tube 1.5 mL (volume disesuaikan dengan
jumlah reaksi), lalu dilanjut dengan running di alat RealTime-PCR.

1
PAGE \*
MERGEFORMAT 8 5 HASIL DAN PEMBAHASAN

5.1 Hasil Isolasi dan Kemurnian DNA Sampel

Sampel produk sosis dan abon yang digunakan dalam penelitian ini didapatkan atau
dibeli dari pasr tradisional di Jakarta Timur, serta beberapa toko frozen food di pinggiran Kota
Jakarta. Uji kemurnian DNA sampel diambil dengan teknik duplo. Hasil isolasi dan
kemurnian DNA pada sampel penelitian terlihat pada Tabel 1. Berikut ini :

5.2 Hasil Real-Time PCR

Hasil pemeriksaan Real-Time PCR dinyatakan positif bila terdapat akumulasi sinyal
fluoresens. Nilai cycle threshold atau Ct adalah jumlah siklus yang dibutuhka sampai sinyal
fluresens melewati ambang (threshold). Nilai Ct tersebut secara proporsional berbanding
terbalik dengan jumlah target asam nukleat didalam sampel, artinya semakin rendah nilai Ct
maka semakin banyak jumlah asam nukleat didalam sampel. Pada umumnya batas ambang
nilai Ct adalah 40 interprestasi :
• Nilai Ct <29 : positif kuat, terdapat target asam nukleat dalam jumlah banyak
• Nilai Ct antara 30-37 : positif, terdapat target asam nukleat dalam jumlah sedang
• Nilai Ct antara 38-40 : positif lemah, terdapat target asam nukleat dalam jumlah sedikit
dan terdapat kemungkinan kontaminasi dari lingkungan.
Tinggi atau rendahnya nilai Ct sangat bergantung pada teknis pengerjaan, jumlah RNA
didalam sampel, metode pengambilan sampel, metode ekstraksi RNA yang digunakan reagen
dan primer yang digunakan dalam reaksi PCR.
Kurva hasil dalam Gambar 5. Menunjukan bahwa dalam semua sampel yang telah
diuji terdapat tiga sampel positif, salah satunya yaitu control positif dan dua lainnya
merupakan sampel produk yang diuji. Hasil kuantitatif dari Real-Time PCR

Gambar 5. Kurva Amplifikasi

 PAGE \*
MERGEFORMAT 9
Tabel 2. Data Kuantitatif Hasil Real-Time PCR
Target Content Sampel Cq Cq Mean

Analisa Negatif Control NEC N/A 0,00

Analisa Positif Control Plasmid 31,46 31,46
Analisa Negatif Control NTC N/A 0,00
Analisa Unknown Sosis 1a N/A 0,00
Analisa Unknown Sosis 1b N/A 0,00
Analisa Unknown Abon 1a N/A 0,00
Analisa Unknown Abon 1b N/A 0,00
Analisa Unknown Abon 2a 21,22 21,22
Analisa Unknown Abon 2b 22,68 22,68

6 SIMPULAN DAN SARAN

6.1 Simpulan

Sampel produk sosis dan abon yang digunakan dalam penelitian ini yang dibeli dari
pasar tradisional di Jakarta Timur serta dari beberapa toko frozen food di pinggiran kota
Jakarta, beberapa sampel terbukti terdapat kandungan DNA Babi atau berbahan baku Babi.

6.2 Saran
Berdasarkan hasil penelitian ini, para konsumen atau masyarakat di sekitaran daerah
Jakarta Timur harus lebih sleektif dalam hal pemilihan bahan makan untuk dikonsumsi
sehingga ummat Islam bisa mendapatkan ketenangan bathin untuk mengkonsumsinya. Untuk
pemerintah wilayah DKI Jakarta diharapkan lebih menjaring produsen-produsen yang
menjual bahan pangan berlabel halal tetapi masih mengandung unur haram di dalamnya, yaitu
DNA Babi.

DAFTAR PUSTAKA

Widowati W, Jasaputra DK, Wargasetia TL, Eltania TF, Azizah AM, Subangkit M, Lister
INE, Ginting CN, Girsang E, Faried A. 2020. Apoptotic potential of secretome from
interleukin-induced natural killer cells toward breast cancer cell line by transwell assay.
HAYATI J Biosci. 27(3):186–196. doi:10.4308/hjb.27.3.186.
Bente AD, Rico-Hesse R. 2006. Model of dengue virus infection. Drug Discov Today Dis
Models. 3(1):97-103. doi: 10.1016/j.ddmod. 2006.03.014.
Bernardo L, Izquierdo A, Prado I, Rosario D, Alvarez M, Santana E, Castro J, Martinez J,
Rodriguez R, Morier L et al. 2008. Primary and secondary infections of Macaca