Rahadian
Keteknikan Asam Nukleat dan Protein Pratama, S.Si, M.Si.
Topik ke 4 Asisten Paulina Ratualisa S.
Tanggal 23 Sept 2022 Nama Khalissa Sekar A S
Waktu 08.00-11.00 WIB NIM/Kel G8401201005//K1
DESIGN PRIMER
PENDAHULUAN
METODE
Prosedur Percobaan
Laptop dinyalakan lalu software Primer-BLAST NCBI diakses pada link
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast melalui laman pencarian. Pada
bagian PCR Template sekuens DNA Aspergillus niger disalin atau unggah dokumen
dalam format .fasta. Jika nomor aksesi urutan referensi mRNA NCBI digunakan, alat
akan secara otomatis mendesain primer yang spesifik untuk varian sambungan
tersebut.
Pada bagian ‘Primers Parameter’ dimasukkan satu atau kedua urutan primer
akan digunakan dalam pencarian. Primer-BLAST hanya melakukan pemeriksaan
spesifisitas ketika template target dan kedua primer disediakan. Pada bagian ‘PCR
product size’ nilai MIN diubah menjadi 500. Selanjutnya, pada bagian ‘Primer Pair
Specifity Checking Parameters’ dicantumkan Aspergillus niger sebagai organisme
sumber dengan Database yang dipilih adalah Refseq representative genomes. Setelah
sesuai, tombol ‘Get Primers’ ditekan untuk mengirimkan pencarian dan mengambil
pasangan primer tertentu. Hasil primer akan muncul setelah beberapa menit dalam
bentuk grafik dan data parameter tiap pasang primer.
SIMPULAN
Cahyadi M, Barido FH, Hertanto BS. 2018. Specific primer design of mitochondrial 12S
rRNA for species identification in raw meats. IOP Conference Series: Earth and
Environmental Science. 102(1): 012038
Garibyan L, Avashia N. 2013. Research techniques made simple: polymerase chain
reaction (PCR). The Journal of investigative dermatology, 133(3): e6.
Jaric M, Segal J, Silva-Herzog, E., Schneper L, Mathee, K, Narasimhan, G., 2013,
December. Better primer design for metagenomics applications by increasing
taxonomic distinguishability. BMC proceedings.
Maitriani LKB, Wirajana IN, Yowani SC. 2015. Desain primer untuk amplifikasi
fragmen gen inha isolat 134 multidrug resistance tuberculosis (mdr-tb) dengan
metode polymerase chain reaction. Cakra Kimia (Indonesia E-Journal of Applied
Chemistry. 3(2): 89-96.
Messe Y, Budiarsa IM, Laenggeng AH. 2020. Desain Primer Polymerase Chain Reaction
(PCR) secara In Silico untuk Amplifikasi Gen gyrA Extensively Drug Resistant
Tuberculosis (XDR-TB). Journal of Biology Science and Education, 8(2): 616-
622.
Praja RK, Rosalina R. 2021. Perancangan primer gen IktB pada Fusobacterium
necrophorum untuk analisis PCR. Jurnal Sains dan Teknologi Peternakan. 2(2):
47- 55.
Sari EN, Dewi RW, Dewi VR, Yowani SC, Yustiantara PS. 2018. Desain primer untuk
amplifikasi regio promoter gen inhA isolat P016 multidrug resistance
Mycobacterium tuberculosis dengan metode polymerase chain reaction. Jurnal
Farmasi Udayana. 7(1): 34-39.
Sasmitha LV, Yustiantara PS, Yowani SC. 2018. Desain DNA primer secara in silico
sebagai pendeteksi mutasi gen gyrA Mycrobacterium tuberculosis untuk metode
polymerase chain reaction. Cakra Kimia (Indonesian E-Journal of Applied
Chemistry). 8(1): 63-69.
Sasmito DEK, Kurniawan R, Muhimmah I. 2014. Karakteristik primer pada polymerase
chain reaction (PCR) untuk sekuensing DNA: mini review. Di dalam: Sasmito D,
editor. Seminar Nasional Informatika Media; 2014 Des 6; Yogyakarta, Indonesia.
Yogyakarta (ID): hlm 93-102.
Pradnyaniti DG, Wirajana IN, Yowani SC. 2013. Desain primer secara in silico untuk
amplifikasi fragmen gen rpoB Mycobacterium tuberculosis dengan polymerase
chain reaction (PCR). Jurnal Farmasi Udayana. 2(3): 124-130.
Ye J, Coulouris G, Zaretskaya I, Cutcutache I, Rozen S, Madden TL. 2012. Primer-
BLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain
reaction.BMC bioinformatics, 13(1): 1-11.
Yustinadewi PD, Yustiantara PS, Narayani I. 2018. Teknik perancangan primer untuk
sekuen gen mdr-1 varian 1199 pada sampel buffy coat pasien anak dengan LLA.
Jurnal Metamorfosa. 5(1): 105-111.