DESAIN PRIMER PADA PCR GEN Epstein-Barr

Oleh :

Nama : Edi Robiyanto

NIM : B1A017112
Rombongan : II
Kelompok : 2
Asisten : Citra Mawada Entristiana

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA HEWAN II

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO

2020
 I. PENDAHULUAN

Menurut Joko et al. (2011), menyatakan bahwa primer merupakan salah satu
factor penting yang akan mempengaruhi kualitas hasil identifikasi dengan
menggunakan teknik PCR. Primer merupakan oligonukleotida yang berperan dalam
mengawali proses amplifikasi DNA dan keberadaannya yang akan membua gen
target teramplifikasi sepanjang reaksi berlangsung. Primer juga berperan sebagai
pembatas DNA yang akan diamplifikasi dan menyediakan gugus hidroksi (-OH)
pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA. Selama perancangan
dan penentuan primer yang baik diperlukan beberapa kriteria yang harus terpenuhi
seperti panjang primer, persentase jumlah basa G dan C, nilai melting temperature
(Tm), selisih melting temperature (ΔTm), dan interaksi primer (dimer dan hairpins)
(Sasmitha et al., 2018).
Desain primer dilakukan untuk memperoleh primer yang dapat digunakan
dalam amplifikasi DNA dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR).
Keberhasilan amplifikasi DNA tergantung dari ketepatan primer yang digunakan.
Primer yang digunakan dalam proses PCR harus dapat membatasi daerah yang akan
diamplifikasi. Primer berfungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan
diamplifikasi. Primer dimer merupakan primer yang menemper pada primer yang
lain. Hal ini dapat disebabkan karena perbedaan suhu annealing ppad kedua primer
tersebut (Yusuf, 2010).
PCR adalah teknologi yang digunakan untuk menggandakan sekuens DNA
spesifik dengan primer yang spesifik. Teknologi ini sudah digunakan untuk kontrol
keamanan makanan dikarenakan kesensifitas, kecepatan dan kespesifikan teknik ini
(Cheng et al., 2016). Menurut Sambrook & Russel (2001), sintesis PCR melibatkan
tiga tahap, antara lain denaturasi, annealing, dan ekstensi. PCR adalah suatu teknik
yang melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan pada setiap siklus
terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda DNA templat
(unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian didinginkan
hingga mencapai suatusuhu tertentu untuk memberikan waktu pada primer
menempel (anneal primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA
digunakan untuk memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs
(dATP, dCTP, dGTP, dan dTTP) dan buffer yang sesuai. SDW digunakan sebagai
pelarut, buffer digunakan untuk mengkondisikan reaksi agar optimum, MgCl2
digunakan sebagai ko-faktor DNA polimerase, dNTP digunakan sebagai pembentuk
basa komplementer dan penyusun DNA (Newton & Graham, 1994). Alasan
penggunaan software desain untuk PCR adalah agar kita dapat mengunakan primer
spesifik yang diinginkan guna penelitian maupun kegiatan lainya.
 Tujuan praktikum kali ini adalah untuk melakukan deteksi Virus dengan
teknik polymerase chain reaction (PCR) pada genom virus Epstein-Barr melalui
desain primer yang memenuhi kriteria optimal primer.
 II. HASIL DAN PEMBAHASAN

1.

2.

3.
 4.

5.

6.
7.

8.

9.
10.

11.

12.

hai

Cara kerja praktikum ini yaitu buka link ncbi.nlm.nih.gov/ setelah itu pilih Gene.
Masukkan nama gen yang akan dicari yaitu LMP-1. Muncul tampilan beragam gen dan
pilih gen LMP-1 (Human herpesvirus 4 type 2). Klik genbank lalu klikk FASTA.
Muncul sekuen gen tersebut. Pilih banyaknya gen yang dibutuhkan. Lalu buka
primer3.ut.ee/ dan paste sekuen yang telah di copy pada tempat yang telah disediakan.
Pergi ke product size range dan pilih panjang sekuennya sesuai dengan sekuen yang di
copy tadi. Klik pick primer untuk menunjukan hasil primer yang diinginkan. Muncul 2
tipe primer yaitu oligo dan additional oligo, pilih salah satu. Copy salah satu primer
yang diinginkan ke dalam aplikasi Perlprimer. Masukkan primer tadi kedalam kotak
yang tersedia. Klik calculate Tm untuk menunjukkkan hasilnya.

Gambar 2.1 Hasil Perlprimer dari Sekuen yang Dipilih

Berdasarkan hasil didapatkan suhu melting kedua primer memenuhi standar
primer yang baik yaitu sebesar 62.02oC dan 61.83 oC. selain itu kedua primer memiliki
kandungan GC sebanyak 50 %. Panjang kedua primer yaitu 20pb. Hasil Perlprimer
menunjukkan adanya dimerisasi pada primer reverse Vs reverseyang menunjukkan dG
sebesar -8.39 kcal/mol. Hal ini sesuai dengan Sasmitha et al. (2018), bahwa primer yang
baik memiliki panjang berkisar 17-28pb. Selain itu komposisi basa nukleotida G+C
harus dalam kisaran 50-60%. Suhu melting yang dianjurkan yaitu sebesar 55-80 oC.
Struktur sekunder internal harus ada dalam rentang (dG) -3-0 untuk menhindari
dimerisasi primer.
 III. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil praktikum dapat disimpulkan bahwa desain primer

yang dilakukan sudah memenuhi kriteria primer yang baik meliputi panjang
sebesar 17-28pb, GC content berada pada rentang 50-60%, suhu melting ada
pada rentang 55-80OC, dan dG ada pada rentang -3.0-0.

B. Saran

Saran untuk praktikum ini yaitu tidak ada

C.
 DAFTAR PUSTAKA

Cheng, J. H., Chou, H. T., Lee, M. S., & Shue, S. C., 2016. Development of qualitative
and quantitative PCR analysis for meat adulteration from RNA samples. Food
Chemistry, 192(2016), 336-342.
Joko, T., Kusumandari, N. & Hartono, S., 2011. Optimasi Metode PCR untuk
Deteksi Pectobacterium carotovorum, Penyebab Penyakit Busuk Lunak
Anggrek. Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, 17(2), p. 54–59.
Newton, C. R., & Graham, A., 1994. PCR. Oxford: BIOS Scientific Publishers Limited.
Sambrook, J., & Russel D. W., 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual
3rd Ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sasmitha, L. V., Yustiantara, P. S. & Yowani, S. C., 2018. Desain DNA Primer Secara
In Silico Sebagai Pendeteksi Mutasi Gen Gyra Mycrobacterium tuberculosis
untuk Metode Polymerase Chain Reaction. Cakra Kimia (Indonesian E-Journal
of Applied Chemistry), 6(1), pp. 63-69.
Yusuf, Z. K., 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR). Saintek, 5(6), pp. 1-6.