Cara Kerja Visualisasi DNA :

1. Membuat Gel Agarose

2. Menggunakan buffer elektroforesis yaitu TAE.
Tae digunakan karena mempunyai resolving power yang baik untuk berat
molekul yang tinggi serta dapan mengelektroforesis dengan baik DNA
yang supercoiled.
3. Mencampur gel loading buffer dengan DNA sampel.
4. Mewarnai DNA di dalam gel dengan menggunakan ethidium bromida.
Satu molekul ethidium bromida akan berinterkalasi di setiap 2,5 pb.
Setelah masuk ke heliks, pewarna ethidium bromida akan terletak tegak
lurus pada aksis heliks dan membuat ikatan van der waals dengan
pasangan basa di atas dan di bawahnya.
5. Visualisasi DNA di dalam gel
Visualisasi dengan menggunakan alat UV transilluminator. Flourens hasil
dari kompleks DNA dengan ethidium brommida akan tampak dengan baik
pada panjang gelombang 254-302 nm dan akan optimal pada panjang
gelombang 302nm.
6. Dokumentasi hasil visualisasi DNA
Setelah visualisasi DNA, dilakukan dokumentasi untuk mendapatkan data
dengan menggunakan foto polaroid dengan menggunakan filter orange
dan diafragma 8-11mm. Prinsip umum fotografi berlaku pula pada
dokumentasi. Bila pita yang dihasilkan lemah, dapat dipakai bukaan lebih
lebar dengan resiko gambar yang dihasilkan tidak terlalu tajam, atau
waktu pembukaan diafragma dapat diperlambat tapi posisi kamera dan
gel benar-benar harus bebas dari gerakan.

Cara kerja rancangan primer : ( gw tulis nya syarat2 nya aja ya, gk
ad cara kerja nya
Primer adalah oligonukleotida dengan sekuens komplementer dari segmen yang
akan diperbanyak. Primer merupakan starter yang nantinya akan diperpanjang
sampai membentuk sekuens yang diinginkan.

Secara umum primer yang baik harus memenuhi beberapa persyaratan :

a. Komposisi Basa
Kandungan G+C dalam suatu primer haruslah antara 40-60%.
b. Panjang Primer
Panjang dari regio yang berkomplementer dengan primer sebaiknya
antara 18-25 nukleotida. Pasangan primer sebaiknya tidak mempunyai
selisih panjang lebih dari 3 pasangan basa nukleotida.
c. Sekuens berulang dan berkomplementer intra primer.
Tidak boleh ada sekuens berulang yang berseberangan dan
berkomplementer intra primer lebih dari 3 pasangan basa. Sekuens ini
akan menyebabkan pembentukan hairpin structure. Hal ini dapat
mencegah annealing primer ke targen DNA cetakan.
d. Komplementer antar pasangan primer
 Terminal 3 dari primer yang satu tidak boleh berikatan dengan bagian dari
primer pasangannya. Pada saat awal PCR dimana primer hadir dalam
konsentrasi tinggi, dapat terjadi hibridiasi antar pasangan primer dan
membentuk primer dimer sehinggal amplifikasi lambat.
e. Melting temperature
Perkiraan melting temperature antar pasangan primer tidak boleh lebih
dari 5C
f. Terminus 3
Usahakan untuk terminus 3 berakhiran dengan G atau C. Walaupun
demikian primer dengan sekuens ...NNCG atau ...NNGC tidak dianjurkan
karena memiliki kecenderungan untuk membentuk hairpin structure dan
primer dimer.
g. Penambahan sekuens untuk tempat pemotongan enzim restriksi,
promoter bakteriofaga dan lainnya pada terminus 5
Sekuens yang berguna untuk maksud tertentu, selama tidak
berkomplementer dengan DNA target dapat ditambahakan pada terminus
5
h. Pemilihan daerah primer
Untuk amplifikasi cDNA yang dibentuk dari mRNA sebaiknya dipilih
pasangan primer yang berasal dari ekson yang berbeda. Hal ini
membedakan produk amplifikasi dari cDNA dan kontaminasi dari DNA
genom,
i. Primer untuk PCR degenerasi
Bila sekuens asam amino telah diketahui dari sekuensing protein, PCR
untuk sekuens dapat dilakukan dengan menggukanan kumpulan dari
degenerate oligonukletodia.