PERL PRIMER

Zarin Ilafah 122210101008

Tuhfatul Ulya 122210101038

PCR
PCR

merupakan amplifikasi DNAsecara in

vitro.
PCR merupakan DNA dalam bentuk double
strand yang diikat oleh komplemen.
Primer : Oligonukeotida pendek yang
digunakan untuk membatasi daerah DNA yang
akan diperpanjang.
Primer merupakan sekuen DNA yang
mengawali sintesis DNA.
PCR merupakan metode untuk memperbanyak
DNA.

Primer
Primer maju
(Forward
Primer)

Primer mundur
(Reverse
Primer)

Primer akan membentuk

ikatan hidrogen dengan
sekuen komplementernya
sehingga terbentuklah
molekul untai ganda yang
stabil

DNA yang diamplifikasi adalah gen dari

Helicobacter pylori dengan nucleotipe
urease.

Tujuan : Untuk mengidentifikasi apakah

seseorang terinfeksi H.pylori atau tidak.

PROSEDUR PERANCANGAN PRIMER

Membuka situs NCBI untuk mencari CDS gen DNA target

Ketik UreA pada kolom search lalu pilih bagian yang ingin dibuka

Selanjutnya klik FASTA dan di dapatkan susunan DNA nya saja

Copy lalu paste pada program PERLPRIMER di bagian sequence

Setting primer TM, length, difference, amplified, sesuai syarat

Tekan find primers untuk memulai pencarian primer terbaik

Muncul primer-primer yang berjumlah 4000.

Lalu pilih 3 yang paling sesuai persyaratan

Lakukan uji spesifitas primer

Pada PCR pemilihan primer sangat mempengaruhi hasil,

karena primer yang benar akan menghasilkan amplifikasi
fragmen DNA yang dikehendaki.

BEBERAPA PARAMETER YANG DIGUNAKAN

SEBAGAI KRITERIA AGAR PRIMER BERFUNGSI

MAKSIMAL

a. Primer length
b. Primer Tm
c. Amplified range

: 18 -24 nukleotida
: 50 60 C (selisih maksimal 5 C)
: diambil daerah 10-150
5I
diambil daerah 1000-1100
3I
d. Kandungan GC : 40 60 % (Guanin Cytosin)
e. Ujung 3I kedua primer tidak saling berkomplemen. Maksimal
ada 4 nukleotida yang berikatan antara primer forward dan
primer reverse

 Hal-hal yang perlu

diperhatikan
dalam pemilihan
primer :

1
Nilai Tm

Bentuk
dimer

BERIKUT SALAH SATU PASANGAN PRIMER YANG DIPILIH:

Apabila sudah didapatkan primer yang memenuhi

seluruh kriteria, maka perlu dilakukan uji spesifitas,
apakah daerah tersebut telah spesifik atau tidak.
Apabila hasil menunjukkan nilai 100% maka dapat
dikatakan bahwa daerah tersebut spesifik. Dan
rancangan primer yang terpilih bisa digunakan.

UJI SPESIFITAS PRIMER

Pengujian spesifitas dapat

dilakukan
dengan
bantuan BLAST di NCBI.
Jenis
BLAST
yang
digunakan adalah blastn
(nucleotide blast).

Buka
laman
BLAST
N

Masukkan
sekuen
primer
pada kotak
Enter
Query
Sequence

Atur
beberapa
parameter
jika belum
sesuai
kemudian
klik tombol
BLAST

Jika
memang
spesifik
maka akan
teridentifikas
i 100 %
Helicobacter
pylori

TAMPILAN HASIL BLAST SEBAGAI BERIKUT:

THANK YOU