Analisis

Materi
Genetik I
Kurdianto, S.Pi, M.Si
 Agenda

Dogma Sentral
01 DNA, RNA, dan Protein Analisis PCR
03 Dasar Teori dan
Workflow Analisis PCR

Analisis Materi Genetik

02 PCR, DNA Sequencing,
Microarray, Cytogenetics
 01
Dogma Sentral
Teori dasar Dogma Sentral pertama kali dikembangkan
oleh Francis Crick pada tahun 1958
 Apa itu Dogma Sentral ?

Dogma sentral biologi molekuler adalah

teori yang menyatakan bahwa informasi
genetik hanya mengalir dalam satu arah,
dari DNA, ke RNA, ke protein, atau RNA
langsung ke protein.

DNA > RNA > Protein Fenotip

 Apa itu Dogma Sentral ?
** Chordin gene sequences
between the twin-tail and single-
tail fish differed: the twin-tail fish
had a stop codon (TAG) at the
127th amino acid position of the
chordin protein, while the single-
tail fish had a glutamic acid codon
(GAG)
Source :
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.595959/full
 02
Analisis Materi Genetik
PCR, Sequencing, Cytogenetics, Microarray
Tehnik Analisis Genetik
Tehnik analisis materi genetik merupakan serangkaian
metode analisa laboratorium yang dilakukan untuk
menguji material genetik dan perubahannya, meliputi
DNA, RNA, dan kromosom.
Berikut adalah metode analisa genetik yang umum
digunakan :

● PCR (polymerase chain reaction)

● DNA Sequencing
● Microarray
● Cytogenetics
 PCR (Polymerase Chain Reaction)
Polymerase chain reaction (PCR) adalah teknik yang
digunakan untuk memperbanyak sekuens DNA
spesifik melalui reaksi enzimatik yang dilakukan
secara in vitro.

Metode ini terinspirasi proses amplifikasi/replikasi

DNA yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup.

Pertama kali ditemukan oleh seorang ahli Biokimia

Kary Mullis pada tahun 1983
 DNA Sequencing

DNA sequencing merupakan metode yang

digunakan untuk mengetahui urutan sekuens basa
nukelotida dalam DNA yang terdiri dari basa
adenin (A), guanin (G), sitosin (C), dan timin (T).

Ditemukan oleh Frederick Sanger

pada tahun 1977
 Microarray
DNA microarray/DNA Biochip merupakan metode yang digunakan
untuk mengindentifikasi dan mngukur level ekspresi dari banyak
gen dalam satu kali pembacaan.

Berisi spot-spot DNA yang

memiliki sekuens tertentu yang
berkaitan dengan gen terkait,
yang biasa disebut dengan
probe atau reporter.
 Cytogenetics
Cytogenetics merupakan cabang biologi yang berfokus pada studi
tentang kromosom dan pewarisannya, terutama yang diterapkan
pada genetika medis yang berfokus pada bagaimana kromosom
akan berpengaruh terhadap perilaku sel terutama saat proses
pembelahan mitosis atau meiosis.

Beberapa tehnik yang dilakukan

diantaranya karyotyping dan
fluorescence in situ hybridization
(FISH)
 03
Analisis PCR
Dasar Teori dan Workflow Analisis PCR
 PCR (Polymerase Chain Reaction)
Polymerase chain reaction (PCR) adalah teknik yang
digunakan untuk memperbanyak sekuens DNA
spesifik melalui reaksi enzimatik yang dilakukan
secara in vitro.

Metode ini terinspirasi proses amplifikasi/replikasi

DNA yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup.

Pertama kali ditemukan oleh seorang ahli Biokimia

Kary Mullis pada tahun 1983
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Mesin Fotocopy

Mesin PCR

Memperbanyak jumlah copy Memperbanyak jumlah copy

materi yang ada di kertas DNA yang ada di dalam
sesuai dengan jumlah yg sampel/tube sesuai dengan
diinginkan jumlah yg diinginkan
Komponen dalam PCR

 DNA Template > gDNA atau cDNA

 DNA Polymerase > mereplikasi DNA
 Primers (forward and reverse) > starting point
 Nucleotide triphosphate ( dNTPs ) > d(ATGC)
 Salts > Mg²⁺ menstabilisasi reaksi
 Buffer > Regulasi pH agar enzyme optimal
 Tahapan PCR

Denaturation Annealing Extension

Proses perpanjangan
Proses pemanasan Proses penempelan
sekuen DNA oleh
pada suhu tinggi dan berikatannya
DNA polymerase dari
(95°C), membuat primer pada daerah
posisi primer dengan
DNA yang beruntai komplementer pada
penambahan dNTPs,
ganda (double- sekuen DNA sampel.
hingga membentuk
stranded) menjadi Suhu annealing
strand DNA baru.
beruntai tunggal biasanya antara 55-
Suhu elongasi adalah
(single-stranded) 65°C
72°C
Tahapan PCR
Tahapan PCR
 Workflow Analisis PCR

Isolasi DNA Kuantifikasi Amplifikasi Deteksi

 Isolasi DNA

Proses untuk mengeluarkan material DNA dari dalam

inti sel dan memisahkannya dari material lain untuk
mendapatkan larutan DNA yang murni

Tiga tahapan utama dalam isolasi DNA :

1. Lisis sel : pemecahan dinding dan inti sel untuk

mengeluarkan DNA
2. Presipitasi : menghilangkan pengotor lain selain
material DNA, seperti protein dan lipid, dan
pengotor lainnya
3. Pemurnian : memurnikan DNA dengan proses
sentrifugasi dan filtrasi agar DNA yang didapatkan
murni dan siap digunakan
Isolasi DNA
 Kuantifikasi DNA

Proses untuk mengukur konsentasi dan kemurnian

DNA hasil isolasi pada tahapan sebelumnya.
Pengukuran menggunakan spektrofotometer pada
panjang gelombang 260 nm dan 280 nm.

DNA kualitas baik : A260/280 = 1.8 -2.0

 Amplifikasi DNA (PCR)
 Proses perbanyakan sekuen DNA dengan
menggunakan mesin PCR yang berpatokan
pada primer yang telah didesign
sebelumnya.
 Primer yang berkualitas akan menentukan
keberhasilan proses keakuratan amplifikasi
DNA.

 Pemilihan dan komposisi komponen PCR

yang benar akan menentukan keberhasilan
proses amplifikasi DNA.
PCR – Desain Primer
PCR – Pembuatan Mastermix
Deteksi – Agrose Gel Electrophoresis

Metode yang digunakan untuk memisahkan DNA

berdasarkan ukuran panjang basanya (basepair)
dengan menggunakan gel agarosa (0.7–2%)

DNA dimasukkan ke dalam gel agarosa, lalu

diletakkan dalam buffer, kemudian diberikan arus
listrik

DNA bermuatan negatif, sehingga akan bergerak

menuju muatan positif

Untuk dapat dideteksi DNA harus diwarnai dengan

Ethidium Bromide atau Gel Red, dan
didokumentasikan dalam UV transilluminator
Deteksi – Agrose Gel Electrophoresis
 Thanks!
Ada pertanyaan ?
Kurdianto.genetics@gmail.com
+62 88211280615

CREDITS: This presentation template was created by

Slidesgo, and includes icons by Flaticon, and infographics &
images by Freepik