Nama : Monita Litania K. PJP :Dr.Popi Asih Kurniatin S,Si.

M,Si
NIM : G8401211046 Asisten Praktiku :
Mata Kuliah : PKB 1. Puji Ayu Ningtyas Sujai
Pararel/kelompok : 1/3 2. Sekar Kusuma Febrianti
3. Mikael Kristiadi
4. Astrit Afrilia

EKSTRAKSI DAN KUANTIFIKASI ASAM NUKLEAT

PENDAHULUAN
Deoxyribonucleid acid atau DNA adalah suatu asam nukleat yang struktur
kimianya berupa makromolekul kompleks yang terdiri atas tiga macam molekul, yaktu
gula pentosa (deoksiribosa), asam fosfat, dan basa nitrogen, yang dibedakan menjadi
pirimidin (cytosine (C) dan thymine (T)) dan purin (adenine (A) dan guanine (G)).
Struktur DNA adalah semacam pita yang berpilin ganda kemudian disebut heliks
ganda, yang ditemukan Watson dan Crick. Sedangkan RNA atau ribonucleic acid
adalah asam nukleat yang struktur kimianya mirip dengan DNA, namun berbeda pada
salah satu basa nitrogen golongan pirimidinnya dan gula pentosanya. Pada RNA, basa
nitrogennya terdiri atas sitosin dan urasil (Aisah et al. 2017). Menurut Malik (2005),
pada keadaan normal RNA merupakan untai tunggal, namun dapat membentuk dupleks
dengan ikatan hidrogen. Menurut Anugrahati et al. (2003), terdapat dua jenis DNA
berdasarkan untainya, yaitu DNA benang tunggal dan ganda. DNA benang tunggal
larut pada akuades dan basa, relatif stabil terhadap oksidasi, namun tidak stabil
terhadap suhu tinggi dan cahaya.
Menurut Aisah et al. (2017), terdapat tiga jenis RNA di dalam sel berdasarkan
lokasi dan fungsinya. Pertama RNA messager atau mRNA, yang terletak di nukleus
dan dibuat oleh DNA melalui transkripsi. Fungsi mRNA adalah membawa keterangan
genetik yang diterimanya dari DNA untuk membentuk protein. Kedua, RNA transfer
atau tRNA, yang dicetak nukleus sebelum menempatkan diri di sitoplasma. Fungsi
tRNA adalah mengikat asam amino di dalam sitoplasma. Terakhir, RNA ribosom atau
rRNA yang dicetak dalam nukleus dan berlokasi di ribosom, berfungsi sebagai tempat
pertemuan mRNA dan tRNA pada sintesis protein.
Menurut Hardianto et al. (2015), DNA plasmid adalah molekul DNA
ekstrakromosomal yang mampu bereplikasi sencara mandiri dan berada pada sel
prokariot dan eukariot. Ukurannya bervariasi antara 1 sampai 200 kb. DNA
mitokondria atau umumnya dikenal sebagai mtDNA merupakan DNA yang terdapat di
mitokondria. Genom mtDNA manusia berbentuk sirkuler dengan panjang 16.569 bp.
Setiap mitokondria mengandung 2-10 mtDNA (Hidayat 2017). Menurut Goldman dan
Landweber (2016), DNA genom sering dideskripsikan sebagai gudang informasi dari
suatu organisme. Baik itu jutaan atau bahkan milyaran huruf DNA, transmisi lintas
generasinya memberikan media utama terkait pewarisan sifat organisme.
 METODE

Alat dan Bahan

Alat dan bahan yang dibutuhkan dalam percobaan ini adalah minyak ikan, TBHQ
(tersier butil hidrokuinon), KOH, etanol 96%, plat KLT (silica gel G), asam asetat,
asam fosfomolibdat, NaOH, akuades, n-heksana, HCL 6n, natrium sulfat anhidrat,
kloroform, aseton, dan fenolftalein.

Prosedur Percobaan

Isolasi RNA – Lisat didinginkan dalam es lalu ditambahkan 250 μL larutan NaCl
jenuh. Dicampukan dengan inversi, akan terbentuk endapan mengandung SDS, protein,
dan DNA. Lalu lisat diinkubasi dalam es, 10 menit dan disentrifus 10 menit pada
kecepatan tinggi dengan mikrosentrifus, 10.000-12.000 rpm, pada suhu ruang atau 4 ̊C.

Supernatant dipindahkan pada 2 tabung mikro dan ditambahkan ke dalam masing-

masing tabung 1 ml etanol 100% dingin lalu diendapkan selama 30 menit dalam es

kering atau overnight pada -20 ̊C. Kemudian, supernantant di-microsentrifus pada
kecepatan tinggi, 15 menit, 4oC. Pellet dibilas dengan 500 μL etanol 70% dingin dan
dikeringkan di udara. Pellet dilarutkan dengan air DEPC, lalu dincerkan 1 uL menjadi
100 μL dengan air DEPC dan diukur serapan A230, A260 dan A280. RNA yang tersisa
disimpan pada -70 ̊C.

HASIL DAN DISKUSI

Tabel 1 Hasil pengukuran sampel DNA genom dan RNA total.

Serapan Konsentrasi
Sampel Kemurnian
A230 A260 A280 (mg/mL)
Blanko 0,020 0,012 0,015 - -
DNA 1 0,765 0,862 0,519 1,687 4,25
DNA 2 0,487 0,488 0,289 1,737 2,38
DNA 3 0,715 0,701 0,422 1,693 3,445
DNA 4 0,588 0,591 0,362 1,669 2,895
DNA 5 0,464 0,475 0,302 1,613 2,315
DNA 6 0,539 0,528 0,327 1,654 2,58
DNA 7 0,446 0,317 0,214 1,533 1,525
RNA 1 0,755 0,613 0,406 1,537 2,404
RNA 2 0,251 0,111 0,088 1,356 0,396
RNA 3 0,346 0,086 0,081 1,121 0,296
RNA 4 0,383 0,101 0,095 1,113 0,356
RNA 5 0,127 0,064 0,058 1,209 0,208
RNA 6 0,212 0,267 0,164 1,711 1,02
RNA 7 0,154 0,115 0,084 1,493 0,412
RNA 8 0,507 0,681 0,335 2,091 2,676
Contoh perhitungan :
 Kemurnian sampel DNA 1 = A2#$%&l()*+ A2#$
A2-$%&l()*+ A2-$
$,/01%$,$22
= $,3$2%$,$21
$,-#2%$,$22
=
$,124%$,$21
= 1,687
 Konsetrasi sampel DNA 1 = A2#$%&l()*+ A2#$ x FP
$,$2
$,-#2%$,$22
= × 0.1
$,$2
= 4,25 mg/ml
 Kemurnian sampel RNA 1 = A2#$%&l()*+ A2#$
A2-$%&l()*+ A2-$
A2#$%&l()*+ A2#$
=
A2-$%&l()*+ A2-$
$,#23%$,$22
=
$,/$#%$,$21
= 1,537

Ekstraksi DNA merupakan proses pemisahan DNA dari komponen sel lainnya
seperti protein, karbohidrat, lemak dan lain- lain. Ekstraksi DNA terdiri dari tiga tahap
utama yakni perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari komponen lainnya
serta pemurnian DNA (Corkill dan Rapley 2008). Prinsip dasar ekstraksi DNA adalah
menghancurkan dinding dan membran sel tanaman lalu mengeluarkan DNA yang
terdapat dalam nukleus tanpa menyebabkan kerusakan pada DNA tersebut (Sharma et
al. 2010). Sementara menurut Chi et al. (2009), secara umum proses ekstraksi DNA
dibagi menjadi beberapa tahap yaitu persiapan materi yang akan digunakan, proses
penghancuran sel, penghilangan senyawa kontaminan, dan pengumpulan DNA.
Menurut Ogunkanmi et al. (2011) DNA yang diekstrak harus terbebas dari senyawa
kontaminan seperti polisakarida, polifenol, dan tanin yang seringkali ikut terbawa dan
dapat menghambat kerja beberapa enzim dalam kegiatan molekuler.
Nilai kemurnian sampel diperoleh dengan melakukan perbandingan terhadap
selisih nilai absorbansi sampel dan larutan blanko pada A260 dengan selisih nilai
absorbansi sampel dan larutan blanko pada A280. Sedangkan untuk memperoleh nilai
konsentrasi sampel, dilakukan perbandingan antara selisih nilai absorbansi sampel dan
larutan blanko pada A260 dengan 0,02 pada sampel DNA dan 0,025 pada sampel RNA,
kemudian dikalikan dengan faktor pengencerannya. Berdasarkan pada hasil
perhitungan di Tabel 1, nilai kemurnian sampel DNA tertinggi terdapat pada sampel
DNA 2 dengan nilai kemurnian sebesar 1,737 dan nilai konsentrasi sampel DNA
tertinggi terdapat pada sampel DNA 1 dengan hasil absorbansi sebesar 0,862 pada A260.
Pada sampel RNA, nilai kemurnian dan nilai konsentrasi sampel terbesar terdapat pada
sampel RNA 8 berturut-turut sebesar 2,091 dan 2,676 dengan absorbansi sebesar 0,681
pada A260. Hal ini menunjukkan bahwa semakin besar konsentrasi DNA, semakin besar
absorbansi.
Menurut Harahap (2017), DNA dapat memberikan serapan pada panjang
gelombang 260 nm karena pita ganda DNA dapat menyerap cahaya yang paling kuat.
Hal ini didukung dengan pernyataan dari Dewanata dan Mushlih (2021) yang
menyatakan bahwa pada panjang gelombang 260 nm, tidak hanya dsDNA atau double
strain DNA yang dapat menyerap gelombang tersebut, tetapi juga jenis asam nukleat
lain seperti single strain DNA dan RNA pun mampu menyerap gelombang dengan
panjang 260 nm. Selain itu, menurut Wasdili dan Gartinah (2018), panjang gelombang
260 nm merupakan serapan maksimum asam nukleat.

SIMPULAN

Pada percobaan ini, ekstraksi asam nukleat dilakukan pada sel bakteri dengan
melisis sel untuk mengambil isolat DNA bakteri dan mengisolasi RNA. Nilai
kemurnian dan konsentrasi sampel asam nukleat menunjukkan bahwa semakin besar
absorbansi yang dihasilkan, maka semakin besar konsentrasi asam nukleatnya.
 DAFTAR PUSTAKA

Aisah I, Fadilah FN, Suyudi M. 2017. Aplikasi logika matematika pada aljabar untaian
DNA pada proses hibridisasi. Sigma-Mu. 9(2): 1-8.
Anugrahati NA, Wijaya H, Abadi S. 2003. Potensi DNA sebagai penguat flavour.
Agritech. 23(3): 119-124.
Chi MH, Park SY, Lee YH. 2009. A quick and safe method for fungal DNA extraction.
Plant Pathol. J. 25(1): 108-111.
Corkill G, Rapley R. 2008. The Manipulation of Nucleic Acid: Basic Tools &
Techniques in Molecular Biomethods Handbook Ed ke-2. New York (NY):
Humana Press.
Dewanata PA, Mushlih M. 2021. Differences in DNA purity test using UV-VIS
spectrophotometer and nanodrop spectrophotometer in type 2 diabetes melitus
patients. Indonesian Journal of Inovation Studies. 15: 1-10.
Goldman AD, Landweber LF. 2016. What is a genome. P.Los Genet. 12(7).
Harahap AS. 2017. Uji kualitas dan kuantitas DNA beberapa populasi pohon kapur
sumatra. Journal of Animal Science and Agronomy Panca Budi. 2(2): 1-6.
Hardianto D, Indarto A, Sasongko ND. 2015. Optimasi metode lisis alkali untuk
meningkatkan konsentrasi plasmid. Jurnal Bioteknologi dan Biosains Indonesia.
2(2): 60-64.
Hidayat T. 2017. DNA mitokondria (mtDNA) sebagai salah satu pemeriksaan alternatif
untuk identifikasi bayi pada kasus infantisida. Jurnal Kesehatan Andalas. 6(1):
213-221.
Malik A. 2005. RNA therapeutic pendekatan baru dalam terapi gen. Majalah Ilmu
Kefarmasian. 2(2): 51-61.
Ogunkanmi AL, Oboh B, Onifade B, Ogunjobi AA, Taiwo IA, Ogundipe OT. 2008.
An improved method of extracting genomic DNA from preserved tissues of
Capsicum annuum for PCR amplification. EurAsia J BioSci. 2: 115-119.
Sharma P, Joshi N, Sharma A. 2010. Isolation of genomic DNA from medicinal plants
without liquid nitrogen. Indian J. Exp. Biol. 48: 610-614.
Wasdili FAQ, Gartinah T. 2018. Penentuan kualitas isolasi DNA Salmonella
typhimurium dengan metode spektrofotometri dan elektroforesis. Di dalam :
Khristian E, Hutabarat EM, Wisdyana, Susilowati, Bagus WP, editor. Pertemuan
Ilmiah Nasional Penelitian dan Pengabdian Masyarakat 1; 2018 Okt; Cimahi,
Indonesia. Cimahi : Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jenderal Achmad Yani
Cimahi. hlm. 578-582.
Penentuan kadar asam lemak bebas (%FFA) – Kadar asam lemak bebas dalam
sampel minyak ikan yang belum dihidrolisis dan setelah dihidrolisis ditentukan.
Sampel ditimbang sebanyak 10 g dan ditimbang sebanyak 10 g dan dimasukkan ke
dalam Erlenmeyer 200 mL. Kemudian ditambahkan dengan 25 mL alkohol 95% dan
larutan fenolftalein 2 mL. Titrasi dengan KOH 0,1 N sampai terjadi perubahan warna
merah muda dapat bertahan selama 10 detik. Lakukan juga titrasi terhadap blanko
(tanpa sampel).

HASIL DAN DISKUSI

Massa sampel + botol (sebelum penambahan etanol) : 101,14 gram

Massa botol : 101,13 gram
Massa botol bersih : 101,00 gram
Berat Sampel : 0,14 gram

Saponifikasi didefinisikan sebagai proses penyabunan yang mereaksikan suatu

lemak atau gliserida dengan basa (Widyasanti et al. 2017). Berdasarkan bentuknya,
sabun dapat berbentuk padat apabila basa yang digunakan adalah NaOH, sedangkan
basa KOH digunakan untuk menghasilkan sabun berbentuk cair karena sifatnya yang
mudah larut dalam air (Susanti dan Priamsari 2019). Prinsip reaksi saponifikasi ialah
ketika lemak dihidrolisis oleh basa sehingga menghasilkan gliserol dan sabun mentah.
Proses pencampuran antara minyak dan alkali selanjutnya membentuk cairan yang
kental, disebut trace. Lalu garam NaCl ditambahkan untuk memisahkan produk sabun
dan gliserol sehingga sabun akan menggumpal sebagai sabun padat yang terpisah dari
gliserol (Suarsa 2018). Rahmawati et al. (2017) menjelaskan prinsip reaksi saponifikasi
adalah reaksi yang terjadi antara minyak dan KOH/NaOH.
Analisis lipid menggunakan KLT memiliki prinsip pemisahan molekul melalui
dua metode yaitu pemisahan berdasarkan polaritas dan pemisahan berdasarkan muatan
ion. Prinsip pemisahan berdasarkan polaritas yaitu dimana analit terpisah karena
afinitas terhadap fase padat dan fase cair atau fase cair dan fase cair. Prinsip pemisahan
berdasarkan muatan ion dipengaruhi oleh jumlah ionisasi senyawa, pH lingkungan, dan
keberadaan ion lain. Pemisahan terjadi karena perbedaan arah dan kecepatan
pergerakan senyawa dalam sampel yang disebabkan adanya perbedaan jenis dan
intensitas muatan ion dalam medan listrik (Wulandari 2011). Menurut Oktaviantari
(2019), prinsip kromatografi lapis tipis ialah pemisahan senyawa multi komponen
dengan menggunakan dua fase yaitu fase diam dan fase gerak. Persyaratan utama
kromatografi adalah adanya fase diam dan fase gerak dimana fase diam tidak boleh
bereaksi dengan fase gerak. Selain itu komponen sampel harus terlarut dalam fase
gerak dan berinteraksi melalui fase diam. Fase gerak harus bisa mengalir melewati fase
diam, sedangkan fase diam harus terikat kuat di posisinya.
Titrasi merupakan proses analisis dimana suatu volum larutan standar (titran)
ditambahkan ke dalam larutan yang ingin diketahui komponen-komponennya (titrat).
Titran atau titer merupakan larutan yang digunakan untuk menitrasi dan biasanya sudah
diketahui konsentrasinya. Lalu titrat merupakan larutan yang dititrasi untuk diketahui
konsentrasi komponen tertentunya. Titik ekuivalen merupakan titik yang menyatakan
keadaan dimana banyaknya titran setara dengan banyaknya analit. Analit merupakan
suatu molekul yang dianalisis atau ditentukan konsentrasi atau strukturnya (Samiha et
al. 2016). Prinsip analisis dengan metode titrasi ini ialah menentukan kadar asam lemak
bebas yang didasarkan pada perubahan warna yang terjadi pada sampel yang sering
disebut titik akhir titrasi. Titrasi didefinisikan sebagai proses penambahan secara terus-
menerus suatu larutan yang konsentrasinya diketahui pada larutan lain yang
konsentrasinya tidak diketahui sampai terjadi reaksi kesetimbangan (Ainna 2019).
Free Fatty Acid (FFA) merupakan kandungan asam lemak bebas yang terdapat
dalam minyak. Besar kecilnya nilai % FFA dapat mempengaruhi kuali kualitas minyak,
dimana semakin tinggi kandungan % FFA maka sampel akan semakin sulit dimurnikan
karena terdapat pengotor seperti fosfotidam gliserida, lilin dan sebagainya (Susanti et
al. 2012). Asam lemak bebas dalam minyak dapat diketahui dengan titrasi yakni
menentukan % FFA menggunakan pereaksi basa yaitu KOH (Suroso 2013).
Salah satu metode analisis kuantitatif untuk menghitung persen asam lemak
bebas (%FFA) adalah dengan menggunakan metode alkalimetri. Analisis alkalimetri
atau volumetri adalah analisa kuantitatif dimana kadar komposisi dari zat uji ditetapkan
berdasarkan volume pereaksi yang ditambahkan ke dalam larutan zat uji. Titrasi
alkalimetri adalah titrasi larutan yang bersifat asam (asam lemak bebas dan larutan
garam-garam terhidrolisa yang masih bersifat asam) dengan titer basa kuat NaOH atau
KOH. Prinsip alkalimetri adalah netralisasi sampel asam dengan larutan titer basa.
Larutan basa yang digunakan adalah KOH dengan indikator basa fenoftalein yang
dalam suasana asam tidak berwarna, dan pada suasana basa berwarna merah. Titik
akhir titrasi ditandai dengan perubahan warna dari tidak berwarna menjadi merah
jambu pucat (Harahap 2017).
Fungsi penambahan indicator fenolstalein (PP) adalah sebagai indicator pH
sampel yang dititrasi dengan larutan basa. Sedangkan fungsi penambahan KOH adalah
untuk menetralkan asam lemak bebas yang terdapat dalam 1 gram minyak atau lemak.
Indikator yang digunakan akan berubah menjadi merah muda bila suasana basa dan
tidak berwarna jika dalam suasana asam (Fitri dan Fitriana 2020). TBHQ atau tetrabutil
hidrokuinon berperan sebagai antioksidan yang paling efektif untuk minyak (Suhadi
2016). Etanol berperan sebagai eluen atau fase gerak dalam KLT dan silika sebagai
fase diamnya.

SIMPULAN

Trigliserida adalah lemak sederhana dengan tiga molekul. Trigliserida dapat

terhidrolisis melalui berbagai aktivitas, misalnya aktivitas enzim lipase. Pada
percobaan, diperoleh hasil bahwa sampel mikroba yang digunakan ada yang
menghasilkan enzim lipase, ditunjukkan pada media tributirin yang menghasilkan zona
bening, dan ada yang tidak menghasilkan enzim lipase, ditunjukkan pada media yang
tetap mengeruh.

DAFTAR PUSTAKA

Ainna A. 2019. Penentuan kadar asam lemak bebas dan kandungan jenis asam lemak
dalam minyak yang dipanaskan dengan metode titrasi asam basa dan
kromatografi gas [skripsi]. Palembang (ID) : Universitas Sriwijaya.
Fitri AS, Fitriana YAN. 2020. Analisis Angka Asam pada Minyak Goreng dan Minyak
Zaitun. Sainteks. 16(2).
Harahap IY. 2017. Analisis kuantitatif asam lemak bebas pada minyak goreng yang
digunakan pada gorengan ayam di kawasan kecamatan medan johor dengan
metode alkalimetri [skripsi]. Medan (ID) : Politeknik Kesehatan Kemenkes
Medan.
Ketaren S. (2005). Minyak dan Lemak Pangan. Jakarta (ID) : UI Press.
Mamuaja CF. 2020. Lipida. Manado (ID) : Unsrat Press.
Nordestgaard BG, Varbo A. 2014. Triglycerides and cardiovascular disease. Journal
The Lancet. 384(9943) : 626-635.
Oktaviantari DE, Feladita N, Agustin R. 2019. Identifikasi hidrokuinon dalam sabun
pemutih pembersih wajah pada tiga klinik kecantikan di Bandar Lampungdengan
metode kromatografi lapis tipis dan spektrofotometri UV-vis. Jurnal Analisis
Farmasi. 4(2) : 91-97.
Rahmawati, Trimayasari, Mustaqim GA,Prastiwi WD, Wibowo EAP. 2017.
Pengoptimalan air leri dalam pembuatan sabun pembersih wajah alami yang
ekonomis. Jurnal Sains Terapan. 1(3) : 6-9.
Samiha YT, Syarifah, Elmiana DA. 2016. Analisis klorin pada beras di pasar induk
jakabaring dan sumbangsihnya terhadap mata pelajaran biologi pada materi
makanan bergizi dan menu seimbang di kelas XI SMA/MA. Jurnal Biota. 2(1) :
93-98.
Suarsa IW. 2018. Pembuatan sabun lunak dari minyak goreng bekas ditinjau dari
kinetika kimia [skripsi]. Bali (ID) : Universitas Udayana.
Suhadi A. 2016. Analisis kandungan antioksidan tbhq pada sampel biskuit wafer
menggunakan kromatografi cair kinerja tinggi [skripsi]. Bandung (ID) :
Universitas Islam Bandung
Sukeksi L, Sidabutar AJ, Sitorus C. 2017. Pembuatan sabun dengan menggunakan kulit
buah kapuk (Ceiba petandra) sebagai sumber alkali. Jurnal Teknik Kimia USU.
6(3) : 8-13.
Suroso AS. 2013. Kualitas minyak goring habis pakai ditinjau dari bilangan peroksida,
bilangan asam dan kadar air. Jurnal Kefarmasian Indonesia. 3(2):77-88.
Susanti AD, Ardiana D, Gumelar GP, Bening YG. 2012. Polaritas pelarut sebagai
pertimbangan dalam pemilihan pelarut untuk ekstraksi minyak bekatul dari
bekatul varietas ketan (Oryza sativa glatinosa). Simposium Nasional RAPI XI
FT UMS-2012; 2012; Surakarta, Indonesia. Surakarta (ID) : Universitas Negeri
Sebelas Maret. halm 8-14.
Susanti MM, Priamsari MR. 2019. P emberdayaan ibu-ibu PKK pengolahan limbah
minyak goreng bekas menjadi sabun cair di Desa Sidorejo Kabupaten Semarang.
Indonesian Journal of Community Service. 1(1) : 48-61.
Widyasanti A, Junita S, Nurjanah S. 2017. Pengaruh konsentrasi miyak kelapa murni
(virgin coconut oil) dan minyak jarak (Castor Oil) terhadap sifat fisikokimia dan
organoleptik sabun mandi cair. Jurnal Teknologi dan Industri Pertanian. 9(1) :
10-16.
Wulandari L. 2011. Kromatografi Lapis Tipis. Jember (ID) : PT. Taman Kampus
Presindo.
Yustinah, Susanti IA, Octavia YD. 2012. Hidrolisis pati talas menggunakan katalis
asam klorida. Jurnal Teknologi. 4(2) : 129-140.