BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Tujuan Praktikum

1. Mempelajari cara penggunaan mikropipet
2. Mempelajari teknik isolasi DNA Tumbuhan
3. Mempelajari teknik isolasi DNA Hewan
4. Mempelajari teknik isolasi DNA Bakteri
5. Menentukan ada tidaknya hasil isolasi DNA
6. Melakukan kuantifikasi produk isolasi DNA
7. Mempelajari tahapan persiapan PCR
8. Mengamati proses PCR
9. Mempelajari hasil PCR

BAB II
 TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Mikropipet

Mikropipet merupakan alat yang digunakan untuk

memindahkan cairan dalam jumlah yang sangat kecil secara akurat
dan diujungnya terdapat tip sebagai tempat penyimpan cairan yang
diambil. Cairan yang dipindahkan berkisaran pada satuan
mikroliter. Penggunaan pipet tetes ataupun pipet ukur tidak
mempunyai akurasi tinggi pada satuan mikroliter. Mikropipet dapat
dibedakan menjadi single, channel, multichannel serta adjustable
dan fix. Terdapat beberapa macam merk mikropipet yang beredar
dipasaran seperti Gilson, Pipetman, dan lain sebagainya. (Yunisa,
2014).
Mikropipet terdiri dari beberapa ukuran yaitu P2 untuk
ukuran 0,2-2 µL, P10 untuk 1-10 µL, Farmaka Suplemen Volume
14 Nomor 2 216 P20 untuk 2-20 µL, P200 untuk 20-200 µL, dan
P1000 untuk ukuran 200-1000 µL. Dalam menggunakan
mikropipet harus secara hati-hati karena mikropipet merupakan
alat yang presisi. Sekarang sudah tersedia pipet yang terbuat dari
bahan plastik dalam kemasan steril dan disposable. (Wulandari dan
Yuni, 2016).

2.2 Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan langkah awal yang harus

dikerjakan dalam proses rekayasa genetika sebelum melangkah ke
proses selanjutnya. Prinsip dasar isolasi total DNA dari jaringan
adalah memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga
akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri DNA, RNA dan substansi
dasar lainnya. Ekstrak sel kemudian dipurifikasi sehingga
dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA/RNA total. Prinsip-
prinsip dalam melakukan isolasi DNA yaitu sentrifugasi dan
presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan
substansi berdasarkan berat jenis molekul. Hasil dari sentrifugasi
tersebut akan diperoleh DNA kromosom dan plasmid dengan
kemurnian cukup tinggi, dapat dilihat dari penampakan hasil
elektroforesis yang baik. Ketelitian dalam pelaksanaan penelitian
sangat menentukan hasil kemurnian DNA kromosom dan plasmid
(Faatih, 2009).
Terdapat tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA, yaitu
perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari bahan padat
seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA. Melalui proses
 tersebut DNA dipisahkan dari komponen seluler lain seperti
protein, RNA (Riboksi nukleat acid), dan lemak. Banyak metode
yang digunakan untuk mengisolasi DNA, tergantung spesimen
yang akan dideteksi. Metode tersebut pada dasarnya memiliki
prinsip yang sama, namun ada beberapa hal tertentu yang biasanya
digunakan modifikasi untuk dapat menghancurkan inhibitor yang
ada di dalam masing-masing sumber specimen (Langga, 2012).

2.3 Elektroforesis

Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan yang

memanfaatkan medan listrik yang dihasilkan dari elektroda-
elektroda untuk memisahkan senyawa-senyawa yang memiliki
muatan berupa kation ataupun anion. Elektroforesis membutuhkan
media pemisah berupa fase diam seperti sel Agarosa yang
tercampur larutan buffer untuk menjaga kondisi keasaman sampel
saat proses pemisahan. Alat ini sangat mendukung keterbaruan
penelitian khususnya dibidang teknologi rekayasa genetika.
Hasilnya akan memberikan rekam jejak berupa pita-pita pemisahan
senyawa. Kecepatan gerak molekul tergantung pada nisbah (rasio)
muatan terhadap massanya, serta tergantung pula pada bentuk
molekulnya. (Harahap, 2018).
Elektroforesis terdiri dari beberapa komponen utama dalam
penggunaanya. Yang pertama adalah larutan elektrolit yang
berfungsi sebagai pembawa komponen. Umumnya berupa larutan
buffer dengan pH tertentu sesuai dengan karakteristik senyawa
yang akan dipisahkan. Berikutnya media pemisah merupakan
tempat proses pemisahan terjadi. Media pemisah ini berupa kertas
(selulosa asetat, selulosa nitrat), gel kanji, gel polikrilamid, busa
poliuretan atau agar-agar. Selanjutnya yang paling penting adalah
elektroda yang berfungsi sebagai penghubung arus listrik dengan
media pemisah dan baterai atau arus listrik sebagai sumber energi
(source) pada rangkaian alat. (Harahap, 2018)

2.4 Polymerase Chain Reaction (PCR)

Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction,

PCR) adalah suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA
dengan cara in vitro. PCR ini pertama kali dikembangkan pada
tahun 1985 oleh Kary B. Mullis. Amplifikas DNA pada PCR dapat
dicapai bila menggunakan primer oligonukleotida yang disebut
amplimers. Primer DNA suatu sekuens oligonukleotida pendek
yang berfungsi mengawali sintesis rantai DNA. PCR
memungkinkan dilakukannya pelipatgandaan suatu fragmen DNA.
Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30
nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan
dilipatgandakan dan berasal dari patogen yang terdapat dalam
spesimen klinik. Enzim DNA polimerase merupakan enzim
termostabil Taq dari bakteri termofilik Thermus aquaticus.
Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) menempel pada ujung 3’
primer ketika proses pemanjangan dan ion magnesium
menstimulasi aktivasi polimerase. (Yusuf, 2010)

Terdapat tiga tahapan penting dalam proses PCR yang

selalu terulang dalam 30-40 siklus dan berlangsung dengan cepat :

1. Denaturasi

Di dalam proses PCR, denaturasi awal dilakukan sebelum

enzim taq polimerase ditambahkan ke dalam tabung reaksi.
Denaturasi DNA merupakan proses pembukaan DNA untai ganda
menjadi DNA untai tunggal. Ini biasanya berlangsung sekitar 3
menit, untuk meyakinkan bahwa molekul DNA terdenaturasi
menjadi DNA untai tunggal. Denaturasi yang tidak lengkap
mengakibatkan DNA mengalami renaturasi (membentuk DNA
untai ganda lagi) secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya
proses PCR. Adapun waktu denaturasi yang terlalu lama dapat
mengurangi aktifitas enzim Taq polymerase. Aktifitas enzim
tersebut mempunyai waktu paruh lebih dari 2 jam, 40 menit, 5
menit masing-masing pada suhu 92,5; 95 dan 97oC.

2. Annealing (penempelan primer)

Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer

yang baik adalah bahwa primer sebaiknya berukuran 18 – 25 basa,
mengandung 50 – 60 % G+C dan untuk kedua primer tersebut
sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam masing-masing primer itu
sendiri juga sebaiknya tidak saling berkomplemen, karena hal ini
akan mengakibatkan terbentuknya struktur sekunder pada primer
tersebut dan mengurangi efisiensi PCR.Waktu annealing yang
biasa digunakan dalam PCR adalah 30 – 45 detik. Semakin
panjang ukuran primer, semakin tinggi temperaturnya. Kisaran
temperatur penempelan yang digunakan adalah antara 36oC sampai
dengan 72 oC, namun suhu yang biasa dilakukan itu adalah antara
50 – 60 oC.

3. Pemanjangan Primer (Extention)

 Selama tahap ini Taq polymerase memulai aktivitasnya
memperpanjang DNA primer dari ujung 3’. Kecepatan penyusunan
nukleotida oleh enzim tersebut pada suhu 72 oC diperkirakan 35 –
100 nukleotida/detik, bergantung pada buffer, pH, konsentrasi
garam dan molekul DNA target. Dengan demikian untuk produk
PCR dengan panjang 2000 pasang basa, waktu 1 menit sudah lebih
dari cukup untuk tahap perpanjangan primer ini. Biasanya di akhir
siklus PCR waktu yang digunakan untuk tahap ini diperpanjang
sampai 5 menit sehingga seluruh produk PCR diharapkan terbentuk
DNA untai ganda. (Yusuf, 2010)

BAB III
HASIL PENGAMATAN

3.1 Mikropipet

Mikropipet merupakan alat yang membutuhkan keakuratan tinggi,

sehingga perlu kehati-hatian dalam memakainya. Tingkat
keakuratan suatu mikropipet dapat dihitung dari data percobaan
sebagai berikut :
 Ukuran Mikropipet (Nilai Maksimum) Nx-N0
P1000 P200 P20 P10
Ulangan 1 1. 0,18 g 1. 0,50 g 1. 0,40 g
2 2. 0,19 g 2. 0,50 g 2. 0,40 g
3 3. 0,20 g 3. 0,50 g 3. 0,40 g
Total 0,57 g 1,5 g 1,2 g
Rata-Rata 0,19 g 0,5 g 0,4 g
STD 0,10 0 0
SE 0,05 0 0

Ukuran Mikropipet (Nilai Minimum) Nx-N0

P1000 P200 P20 P10
Ulangan 1 1. 0,20 g 1. 0,30 g 1. 0,30 g
2 2. 0,20 g 2. 0,40 g 2. 0,30 g
3 3. 0,20 g 3. 0,30 g 3. 0,30 g
Total 0,60 g 1g 0,90 g
Rata-Rata 0,20 g 0,33 g 0,30 g
STD 0 0,058 0
SE 0 0,033 0

Perhitungan

Untuk mengetahui keakuratan sebuah mikropipet perlu

dihitung standar deviasi dan standar error mikropipet dengan
rumus sebagai berikut :

Rumus standar deviasi :

√
n

∑ (xi−x)2 , dimana xi = Nx – N0
i=1
s=
n−1

Rumus standar error :

s
SEx = x 100
√n
 P200
a. Maksimum

√
n

∑ (xi−x)2
i=1
s=
n−1
 s =

√ (0,18−0,19)2 +(0,19−0,19)2 +(0,20−0,19)2

s = 0,10
3−1

0,10
SE = x 100
√3
SE = 0,05

b. Minimum

√
n

∑ (xi−x)2
i=1
s=
n−1
s =

√ (0,20−0,20)2 +(0,20−0,20)2 +(0,20−0,20)2

s=0
3−1

0
SE = x 100
√3
SE = 0
 P20
a. Maksimum

√
n

∑ (xi−x)2
i=1
s=
n−1
s =

√ (0,50−0,50)2 +(0,50−0,50)2 +(0,50−0,50)2

s=0
3−1

0
SE = x 100
√3
SE = 0
b. Minimum

√
n

∑ (xi−x)2
i=1
s=
n−1
s =

√ (0,30−0,33)2 +(0,40−0,33)2 +( 0,30−0,33)2

s = 0,058
3−1
 0,058
SE = x 100
√3
SE = 0,33
 P10
a. Maksimum

√
n

∑ (xi−x)2
i=1
s=
n−1
s =

√ (0,40−0,40)2 +(0,40−0,40)2 +(0,40−0,40)2

s=0
3−1

0
SE = x 100
√3
SE = 0
b. Minimum

√
n

∑ (xi−x)2
i=1
s=
n−1
s =

√ (0,30−0,30)2 +(0,30−0,30)2 +(0,30−0,30)2

s=0
3−1

0
SE = x 100
√3
SE = 0

3.2 Isolasi DNA

Pada dasarnya, prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu lisis,

presipitasi dan resuspensi. Isolasi DNA yang digunakan yaitu
berasal dari tumbuhan (bayam merah, bayam hijau, keciwis),
hewan (ikan tuna dan daging sapi), dan bakteri (Eschericia coli).
Isolasi ini bertujuan untuk memisahkan molekul DNA dari molekul
molekul lain selain DNA sehingga didapatkan DNA murni yang
dapat digunakan sebagai penelitian. Hasil dari isolasi DNA adalah
sebagai berikut :
 Tabel 3.2.1 Pellet setelah diberi ethanol absolute

Tabel Larutan Bayam

Larutan Bayam Hijau Larutan Caisim
Merah
3.2.2
Pellet Ta

Pellet
Pellet

PelletPellet
Pellet Pellet

Larutan Bakteri
Larutan Ikan Dori Larutan Daging Sapi
E.coli

Tabel 3.2.2 Pellet setelah diberi ethanol 70%

Larutan Bayam
Larutan Bayam Hijau Larutan Caisim
Merah
 Pellet Pellet
Pellet

Larutan Bakteri
Larutan Ikan Dori Larutan Daging Sapi
E.coli

Pellet Pellet
Pellet

Tabel 3.2.3 Pellet DNA terisolasi

Larutan Bayam
Larutan Bayam Hijau Larutan Caisim
Merah

Pellet
Pellet Pellet

Larutan Ikan Dori Larutan Daging Sapi Larutan Bakteri E.coli

 Pellet

Pellet
Pellet

3.3 Eletroforesis

Elektroforesis bertujuan untuk melihat keberadaan hasil

isolasi DNA yang telah dilakukan sebelumnya. Hasil yang
didapatkan adalah sebagai berikut :

1 2 3 4 5 6

Gambar 3.3.1

Pada gambar diatas dapat disimpulkan bahwa DNA pada

ikan dori (1) dan Bakteri E.coli (6) tidak terlihat. Hal tersebut
diakibatkan karena ketidak telitian praktikan saat memasukan
isolasi DNA kedalam sumur pada gel agarosa sehingga DNA tidak
dapat teramati dengan baik pada elektroforesis kali ini. Sementara
hasil isolasi DNA pada daging sapi, keciwis, bayam hijau, bayam
merah dapat diamati dan tidak perlu dilakukan pengenceran sebab
sudah encer serta dapat dihitung konsentrasinya sebagai berikut :
 Tabel 3.3.1

Bayam Merah Bayam Hijau Keciwis Daging Sapi

Konsentrasi Konsentrasi Konsentrasi Konsentrasi
0,6 x 0,1 0,4 x 0,1 0,4 x 0,1 0,2 x 0,1
5 µl 5 µl 5 µl 5 µl
=0,012 µg/µl =0,008 µg/µl =0,008 µg/µl =0,004 µg/µl

3.4 Polymerase Chain Reaction (PCR)

Metode PCR dilakukan dengan menggunakan sampel DNA daging

sapi, bayam merah, dan bakteri Eschericia coli kemudian ditambahkan
Green master PCR seperti berikut :

Tabel 3.4.1

Bayam Merah Daging Sapi E.coli

Selanjutnya dilakukan PCR, dengan hasil sebagai berikut :

 Gambar 3.4.1

3 1 2

Gambar 3.4.2

Pada gambar diatas dapat disimpulkan bahwa tidak semua

DNA hasil PCR dapat terlihat ketika dilakukan elektroforesis
kembali, hal tersebut dikarenakan terdapat ketidak telitian
praktikan saat melakukan PCR. Hasil PCR tersebut dapat
didefinisikan dengan Rf dengan rumus sebagai berikut :

Jarak fragmen DNA yang bermigrasi dari sumur

Rf =
Jarak dari sumur ketitik referensi(loading dye)

1. Nilai Rf bayam merah

 Rf =
Jarak fragmen DNA yang bermigrasi dari sumur
Jarak dari sumur ketitik referensi(loading dye)
2,5
Rf =
3,5
Rf = 0,714
2. Nilai Rf bakteri E.coli
Rf =
Jarak fragmen DNA yang bermigrasi dari sumur
Jarak dari sumur ketitik referensi(loading dye)
0
Rf =
3,5
Rf = 0
3. Nilai Rf bakteri daging sapi
Rf =
Jarak fragmen DNA yang bermigrasi dari sumur
Jarak dari sumur ketitik referensi(loading dye)
2,5
Rf =
3,5
Rf = 0,743

BAB IV
PEMBAHASAN

4.1 Mikropipet

Pada pelaksanaan praktikum, digunakan mikropipet dengan

ukuran P200, P20, dan P10. Mikropipet dapat diset pada volume
berapapun selama dalam range volume mikropipet tersebut.
Mikropipet dapat dibedakan menjadi single, channel, multichannel
serta adjustable dan fix (Khopkar, 1990). Setiap mikroppipet
digunakan pada ukuran maksimum dan minimum. P200 digunakan
pada ukuran 20 µl dan 200 µl. P20 digunakan pada ukuran 2 µl dan
20 µl. P10 digunakan pada ukuran 0,5 µl dan 10 µl.
Masing-masing mikropipet ditiap ukuran yang diambil
dilakukan percobaan sebanyak 3 kali, sehingga didapatkan berat
rata-rata dari volume yang diambil. Setelah itu didapatkan standar
deviasi dari masing-masing ukuran. Yakni P200 maksimum 0,10
dan minimum 0, P20 maksimum 0 dan minimum 0,058, P10
maksimum 0 dan minimum 0. Setelah standar deviasi diketahui
dapat dicari standar error dari masing-masing larutan. Jika standar
error semakin kecil, maka mikropipet yang digunakan masih dalam
 keadaan baik. Namun, jika standar error melebihi angka 0,05 maka
dapat disimpulkan bahwa mikropipet yang digunakan sudah dalam
keadaan tidak baik atau terdapat human error ketika dilakukan
pemindahan larutan oleh praktikan. Dalam praktikum kali ini,
didapatkan bahwa semua mikropipet yang digunakan masih dalam
keadaan baik karena tidak ada yang memiliki standar error
melebihi 0,05.

4.2 Isolasi DNA

Prinsip isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni yang

tidak tercampur dengan komponen sel lainnya seperti protein dan
karbohidrat. Isolasi DNA genom dapat dilakukan dengan metode
lisis sel secara fisik dan kimia (Murtiyaningsih 2017).

Pada praktikum kali ini dibuat lakukan tahap lisis dengan

menggunakan 600 µl Nuclei Lysis Solution (NLS) yang bertujuan
untuk melisiskan membran sel sampel sehingga lipid dapat terurai.
Larutan Buffer dimasukkan terlebih dahulu sebelum memasukan
sampel ketika ingin melisiskan membran sel, hal tersebut
dilakukan agar sampel terlindungi dari degradasi enzim.
Selanjutnya, digerus sampel menggunakan micropastle sebagai
tahap pengahncuran dinding sel dari sampel secara fisik. Setelah
itu, sampel DNA diinkubasi pada suhu 37 oC untuk mencegah
pengendapan larutan. Kemudian, dilakukan sentrifugasi dengan
kecepatan dan waktu tertentu yang bertujuan untuk memisahkan
endapan pellet dengan supernatan DNA lalu dibuang supernatan
DNA yang dihasilkan (Irawan, 2014). Selanjutnya, ditambahkan
RNAse untuk memisahkan ekstrak DNA yang terkontaminasi
dengan RNA (Clark dan Pazdernik, 2009). Setelahnya,
ditambahkan Larutan Presipitasi Protein (LPP) sebanyak 200 µl
untuk memisahkan sisa-sisa protein dan dilakukan vortex pada
sampel tersebut. Lalu, diberi ethanol absolut sebagai presipitasi
dari fase aqueos menjadi pellet dan purifikasi DNA dari molekul
air garam yang kemudian akan mengendap atau menggumpal
dibagian bawah mikrotube. Selanjutnya ditambahkan ethanol 70%
agar sampel DNA terangkat dan dibuang ethanol 70% tersebut.
Setelah itu, Pellet DNA dikeringkan selama 10-15 menit agar
ethanol menguap dan tidak tersisa didalam mikrotube. Terakhir
pemberian DNA Rehydration yang bertujuan untuk memurnikan
DNA dengan cara penguapan (Irawan, 2014).
 Isolasi DNA yang dibuat adalah isolasi DNA dari bayam
merah, bayam hijau, keciwis, daging sapi, ikan dori, dan bakteri
E.coli.Semua sampel digunakan pada praktikum isolasi DNA
dengan baik. Namun, beberapa kali terjadi kekurangan larutan
yang harus ditambahkan saat dilakukan isolasi DNA yang
menyebabkan kegagalan pada hasil DNA yang akan dilihat dengan
elektroforesis. Kekurangan larutan terjadi ketika praktikan tidak
hati-hati saat mengambil larutan dengan menggunakan mikropipet.

4.3 Elektroforesis

Elektroforesis merupakan teknik pemisahan komponen atau

molekul bermuatan positif maupun negatif pada DNA berdasarkan
perbedaan tingkat migrasinya dalam aliran medan listrik yang
diberikan. Perbedaan tingkat migrasi disebabkan oleh perbedaan
ukuran dan berat molekul serta muatan listrik yang dimiliki oleh
molekul yang akan dipisahkan (Voet et al, 2011).

Pelaksanaan elektroforesis dalam praktikum kali ini diawali

dengan diangkatnya comb sebagai pencetak gel agarosa setelah
memadat. Gel agarosa berfungsi untuk pemisahan molekul asam
nukleat yang tersusun dari resistant nukleotida (Langga dkk, 2012).
Selanjutnya dimasukan gel agarosa kedalam tangki yang sudah
berisi larutan TAE Buffer yang terdiri dari basa tris, asam asetat
glasial 2,5 M, EDTA pH 8 dan akuades yang berfungsi untuk
keseimbangan ino H+ pada anoda dan OH- pada katoda (Ariputri,
2014). Setelah itu, direntangkan para film diluar tangki kemudian
diletakkan 1µl larutan loading dye diatas parafilm tersebut yang
merupakan pewarna pelacak yang ikut bermigrasi sepanjang gel
agarosa, bermuatan negatif seperti DNA dan berfungsi untuk
menambah densitas atau pemberat DNA, serta sebagai penanda
migrasi DNA pada saat elektroforesis berlangsung sehingga dapat
teramati (Subekti, 2014). Selanjutnya diambil 5 µl sampel dengan
menggunakan mikropipet lalu dicampurkan dengan loading dye.
Pencampuran dilakukan diatas parafilm dengan menggunakan
mikropipet. Setelah tercampur, diambil campuran larutan tersebut
dengan mikropipet dan dimasukkan kedalam sumur secara hati-hati
agar tidak menyebar keluar sumur ataupun merusak gel agarosa.
Dilakukan hal yang sama terhadap semua sampel DNA yang akan
dielektroforesis. Selanjutnya, dimasukkan larutan ladder pada
sumur pertama dan terakhir di gel agarosa yang berfungsi untuk
menentukan ukuran sampel yang dielektroforesis (Langga dkk,
2012). Setelah itu, dimasukkan kedalam alat elektroforesis dan
 dilakukan elektroforesis pada 80-100 V hinggan loading dye
mencapai 75-80% gel agarosa.

Proses elektroforesis berlangsung selama 45-60 menit.

Elektroforesis selesai maka dimatikan aliran listrik dan elektroda
dilepaskan dari sumber kemudian gel dipindahkan dengan hati-hati
kedalam tangki berbeda. Selanjutnya digunakan perangkat UV
transiluminator untuk melihat DNA. Pada hasil elektroforesis yang
dilihat dibawah sinar UV transluminator, terbentuk smear atau
keberagaman pita tipis dan tebal. Tidak semua sampel DNA terlihat
setelah proses elektroforesis karena banyak terjadi kesalahan dan
ketidaktelitian praktikan saat melakukan elektroforesis. Hal yang
menyebabkan terbentuknya smear yaitu terlalu banyak DNA yang
dielektroforesis, terlalu banyak garam pada DNA, DNA
terkontaminasi nuklease atau DNAse atau protein, band DNA yang
tidak terwarnai dengan tepat dan kondisi elektroforesis yang tidak
tepat (Ariputri, 2014).

4.3 Polymerase Chain Reaction (PCR)

PCR adalah reaksi polimerase berantai, yaitu reaksi yang

melibatkan enzim polimerase yang dilakukan secara berulang-
ulang. Perlakuan berulang merupakan proses pemisahan
untaiganda DNA menjadi untai tunggal, hibridisasi primer untuk
mengawali replikasi DNA dilanjutkan dengan proses penambahan
basa pada cetakan DNA oleh enzim polimerase, untuk melakukan
kegiatan ini dibutuhkan tabung PCR yang bersifat reponsif dengan
perubahan suhu dan mesin thermal cycler, suatu mesin yang
mampu menaikkan dan menurunkan suhu dengan cepat, dan
bahan-bahan untuk membuat reaksi PCR (Hasibuan, 2015)

Pada praktikum ini, sampel isolasi DNA yang digunakan

sama seperti pada elektroforesis sebab merupakan lanjutan proses
dari isolasi DNA yakni sampel DNA bayam merah, daging sapi
dan bakteri E.coli. Pertama-tama ditambahkan Thawing Green
Master PCR yang mengandung DreamTaq DNA Polymerase,
optimized DreamTaq Green buffer, dNTPs dan MgCl2 yang berperan
sebagai kofaktor untuk menstimulasi aktifitas DNA polimerase dan
meningkatkan interaksi primer dengan template (Handoyo dan
Rudiretna, 2001). Selanjutnya ditambahkan primer reverse yang
merupakan komplementasi rantai DNA anti-sense (5’-3’) dan
primer forward yang terletak pada rantai DNA sense (3’-5’)
(Retinen, 2001). DNA Primer yang digunakan dalam praktikum ini
 adalah Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) sebagai
penanda fragmen DNA dari amplifikasi PCR segmen acak dari
DNA genomik dengan primer tunggal dari urutan nukleotida acak
(NCBI, 2017). Setelah itu dimasukkan DNA template untuk
mencetak DNA kemudian divortex perlahan dan disentrifugasi
cepat agar dihasilkan suatu endapan. Selanjutnya dimasukkan
kedalam mesin PCR dengan siklus Pre-denaturasi 1 siklus pada
suhu 95oC selama 1-3 menit, Denaturasi 35 siklus pada suhu 95 oC
selama 30 detik, Annealing 35 siklus pada suhu Tm-5 selama 30
detik, Extention 35 siklus pada suhu 72oC selama 1 menit, dan
Final Extention 1 siklus pada suhu 72oC selama 5 menit.

Pada praktikum PCR ini digunakan ladder 100bp

thermofisher dan gel agarosa 1,5%. DNA template telah bereplikasi
dengan bantuan enzim DNA polimerase sehingga band dapat
terlihat pada beberapa sampel dengan konsentrasi DNA yang
tinggi. Hasil PCR yang terlihat adalah bayam merah dengan Rf
0,714 dan daging sapi dengan Rf 0,743

BAB V

PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Dari empat praktikum yang telah dilaksanakan didapatkan kesimpulan bahwa :

1. Mahasiswa terlatih dalam menggunakan alat-alat laboratorium biologi

molekuler seperti mikropipet dengan berbagai ukuran, elektroforesis, serta
PCR dengan benar agar dapat melakukan penelitian dengan mudah di
dalam laboratorium untuk kemudian hari.
2. Teknik dan metode yang dilakukan selama mempelajari biologi molekuler
yaitu teknik isolasi DNA, menganalisis hasil isolasi DNA dengan
elektroforesis, dan melakukan polymerase chain reaction untuk
memperbanyak DNA secara in vitro.
3. Sampel isolasi DNA yang di uji elektroforesis berupa sampel DNA
tumbuhan, hewan dan bakteri yang tidak diberi perlakuan yang sama.
5.2 Saran

Beberapa saran untuk praktikum biologi molekular yaitu:

1. Asisten laboratorium sangat diperlukan untuk menangani satu kelompok

dengan baik agar praktikum berjalan lancar
2. Sebaiknya kelompok praktikum dibuat dalam kelompok kecil dengan
maksimal 10 praktikan agar praktikan dapat mempelajari materi praktikum
dengan baik dan tercipta suasana praktikum lebih kondusif

DAFTAR PUSTAKA

Ariputri, D. K. 2014. Identifikasi Isolat Bakteri Penghasil Enzim Selulase dari

Limbah Ampas Tebu berdasarkan Analisis Homologi Gen Penyandi RNA.
Skripsi. Surabaya: Universitas Widya Kumala

Clark, D.P. dan N.J. Pazdernik. 2009. Biotechnology Applying the Genetic
Revolution. Academic Press. New York.

Faatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian
Sains dan Teknologi. 10(1): 61 – 67

Handoyo, D dan Ari Rudiretna. 2001. Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase
Chain Reaction (PCR). UNITAS vol. 9(1): 17-29.

Harahap, Muhammad Ridwan. 2018. Elektroforesis: Analisis Elektronika

Terhadap Biokimia Genetika. Circuit. 2(1) : 21-26

Hasibuan, Elliwati. 2015. Peranan Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR)

Terhadap Perkembangan Ilmu Pengetahuan. Medan : Universitas Sumatera
Irawan, Hery. 2014. Analisis DNA. Surabaya. Available online at web.unair.ac.id
(diakses pada Senin 29 April 2019, pukul 02.19)

Khopkar, S. M. 1990. Konsep Dasar Kimia Analitik. UI-Press : Jakarta

Langga, Indah Fajarwati .,Muh. Restu dan Tutik Kuswinanti. 2012. Optimalisasi
Suhu dan Lama Inkubasi dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex cofassus
Reinw) serta Analisis Keragaman Genetik dengan Teknik RAPD-PCR. Jurnal
sains & Teknologi. 12 (3)

Murtiyaningsih, Hidayah. 2017. Isolasi DNA Genom dan Identifikasi Kekerabatan

Genetik Nanas Menggunakan RAPD (Random Amplified Polimoric DNA).
Agritop. 15(1)

NCBI. 2017. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techrapd/ (Diakses pada 29 April
2019 pukul 12.10 WIB)

Retinen, S. 2001. Prime for Elongation Factor 1-α.

www.aftor.org/pdf/ef/primer.pdf/ (Diakses pada 29 April 2019 pukul 10.48
WIB).

Subekti, D. T. 2014. Perkembangan Struktur Mekanisme Kerja dan Efikasi

Typanosidial untuk Sura. Wartazoa. 24(1): 1-15.

Voet, D., Voet, J. G. & Pratt, C. W., 2011. 4th Edition Biochemistr. USA: Jhon
Wiley & Sons,Inc

Wulandari, M. I., Yuni E.H. 2016. Review : Studi Pustaka Peralatan yang
Digunakan untuk Kultur Sel. Farmaka. 14 (2)

Yunisa, Zahra. 2014. Pengenalan Alat. Jakarta : Universitas Islam Negeri Syarif
Hidayatullah

Yusuf, Z.K. 2010. Polymerase Chain Reaction. Saintek. 5(6)