Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 1

Nama : Dena Fassa Phadmasana Asisten PJ Materi : Fitri Arafatananda

NIM : B0401221148 Nilai :
Kelompok : 2 Tanggal Praktikum : 27 September 2022
==================================================================

Laporan Praktikum
Isolasi DNA, Elektroforesis Gel, dan Polymerase Chain Reaction

Pendahuluan
Menurut Setiawan et al. (2021) isolasi DNA adalah proses memisahkan DNA dari sel
termasuk memisahkannya dari membran pembungkus atau bahan organik lainnya yang ada di
dalam sel. Tujuan dilakukannya isolasi DNA ini adalah untuk mendapatkan DNA yang murni
tanpa adanya zat pengotor lain seperti protein, fenol, lemak, karbohidrat, atau RNA dari sel.
Elektroforesis gel menurut Mastang (2016) adalah teknik pemisahan molekul seluler
berdasarkan ukurannya dengan memanfaatkan medan listrik yang dialirkan pada medium gel
agarosa yang mengandung sampel molekul yang akan dipisahkan. Dalam praktikum ini,
sampel molekul yang dipisahkan adalah DNA. Elektroforesis gel pada DNA dapat dilakukan
utuk menganalisis fragmen-fragmen DNA yang telah dipotong oleh enzim restriksi.
Polymerase chain reaction (PCR) adalah sebuah teknik yang dikembangkan dengan mengacu
pada amplifikasi DNA secara alami pada tubuh, yaitu replikasi DNA. Pengembangan teknik
PCR ini dapat digunakan untuk menggandakan untaian DNA dalam jumlah banyak sesuai
kebutuhan meskipun dengan DNA templat yang terbatas (Kusnadi dan Arumingtyas 2020).

Tujuan Praktikum
Praktikum isolasi DNA, elektroforesis gel, dan polymerase chain reaction ini bertujuan
mempelajari teknik isolasi DNA untuk mendapatkan DNA yang dapat digunakan sebagai
templat dalam proses PCR, mempelajari teknik elektoforesis gel agarose untuk memisahkan
fragmen DNA, dan mempelajari teknik amplifikasi DNA dengan polymerase chain reaction.

Hasil dan Pembahasan

A. Isolasi DNA

Gambar 1.1 Penambahan alkohol absolut

dingin ke dalam suspensi
DNA bawang bombay
Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 2

Gambar 1.2 Suspensi DNA yang telah

ditambah alkohol dan
didiamkan selama 2-3 menit

DNA bawang bombay.

Gambar 1.3 DNA bawang bombay

Pada hasil percobaan yang telah praktikan lakukan, DNA bawang bombay di akhir
percobaan tampak seperti zat berwarna putih namun tidak membentuk untaian panjang
seperti yang seharusnya terjadi sesuai dengan teori. DNA bawang bombay yang praktikan
dapatkan hanya berupa zat putih yang terpecah-pecah dan tidak bisa diambil dari
larutannya. Hal ini kemungkinan besar disebabkan oleh penambahan alkohol yang terlalu
terburu-buru atau karena faktor lain seperti gerusan bawang bombay yang kurang halus.
Dapat diaktakan bahwa DNA bawang bombay dalam percobaan ini rusak yang mana
seharusnya hal ini dapat dicegah karena ekstrak bawang bombay telah diberi larutan buffer
lisis yang bertujuan untuk mencegah kerusakan DNA (Setiawan et al. 2021). Penggunaan
larutan buffer lisis akan mengendapkan asam nukleat dan polisakarida asam tanpa merusak
DNA. Selain penambahan larutan buffer lisis, proses isolasi DNA juga dilakukan dengan
menambahkan alkohol absolut dingin. Pemberian alkohol ini merupakan tahapan yang
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 3

disebut sebagai pencucian DNA karena difat asam nukleat yang sulit larut dalam etanol
sehingga DNA akan mengendap bersama senyawa polifenol sementara zat lainnya yang
dapat dikatakan sebagai zat pengotor akan larut dalam etanol (Nugroho, et al. 2015)

B. Elektroforesis Gel
Elektroforesis gel dilakukan melalui beberapa tahapan sebagai berikut:
1. Memasukkan gel agaorose ke dalam ruang elektroforesis.
2. Memasukkan larutan buffer ke dalam tempat penampung (reservoir) yang ada pada
kedua ruang elektroforesis hingga larutan buffer menutupi gel agarose sampai sekitar
2 mm.
3. Memasukkan sampel DNA ke dalam ruang elektroforesis menggunakan pipet mikro.
4. Menutup perangkat elektroforesis untuk menghindari adanya guncangan ketika
proses elektroforesis berlangsung.
5. Menyambungkan kabel elektroda pada perangkat elektroforesis ke power supply lalu
nyalakan power supply.
6. Mengatur tegangan listrik dan waktu yang akan diterapkan pada proses
elektroforeses.
7. Mengamati pergerakan fragmen DNA dari katoda menuju anoda.
Agarosa merupakan suatu senyawa polisakaradia yang berasal dari isolasi makroalga
seperti Gracilaria fisheri, Gracilaria edulis, Gracilaria sp., Gracilaria curtissiae,
Gracilaria cylindrical, Gracilaria changii, dan Atteromonas agarzyticus. Agarosa dapat
diaplikasikan pada banyak bidang bioteknologi khususnya elekroforesis gel karena
sifatnya yang tidak bermuatan (Aslinda dan Ahmad 2016). Selain gel agarosa, larutan
buffer juga berfungsi dalam proses elektroforesis gel. Fungsi larutan buffer dalam
elektroforesis adalah untuk menciptakan lingkungan yang sesuai dan mendukung proses
reaksi (Choerunnisa 2021). Larutan buffer yang sesuai dan adanya arus listrik yang
mengalir ketika proses elektroforesis akan menyebabkan DNA bergerak menuju kutub
positif (Vivikananda 2014).
Pada proses elektroforesis gel, sampel DNA diletakkan pada sisi negatif dari ruang
elektroforesis karena DNA sendiri bermuatan negatif (Deswiniyanti dan Astarini 2018)
sehingga ketika dialiri arus listrik DNA akan bergerak ke kutub positif. Pergerakan sampel
DNA menuju kutub positif juga menunjukkan adanya pemisahan fragmen DNA. Hal
tersebut disebabkan oleh adanya perbedaan bentuk dan ukuran molekul DNA. Semakin
kecil molekul DNA, maka semakin cepat DNA akan bermigrasi melewati gel agarose
begitu pula sebaliknya. Kecepatan molekul DNA berukuran kecil untuk melintasi gel
agarose menyebabkan molekul berukuran kecil tersebut berada lebih dekat dengan kutub
positif, sementara fragmen DNA yang berukuran lebih besar akan berada dekat dengan
kutub negatif karena pergerakan migrasinya yang lebih lambat dibandingkan dengan
molekul DNA berukuran kecil (Sanjaya et al. 2016)
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 4

C. Teknik Polymerase Chain Reaction

Tabel 3.1 Hasil simulasi PCR
No. Waktu Ulangan Kombinasi suhu annealing dan siklus PCR
denaturasi, 45°C 56°C 68°C
annealing, 15 25 35 15 25 35 15 25 35
dan ekstensi
(s)
1 10, 10, 20 1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Rata-rata 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
2 30, 30, 60 1 18.4 57.8 66.8 51.2 98.7 100.1 1.9 6.6 23.2
2 15.8 39/7 79.2 42.3 80.2 112.3 1.4 4.7 19.3
3 14.5 54.7 76.5 39.0 90.0 98.7 1.4 8.5 9.8
4 23.4 66.3 79.8 54.0 94.1 100.2 2.2 4.9 19.3
5 20.2 54.8 91.9 55.0 89.6 94.6 1.4 5.8 15.9
Rata-rata 18.5 54.7 78.84 48.1 90.5 101.2 1.7 6.1 17.4

Menurut Kusnadi dan Arumingtyas (2020) polymerase chain reaction (PCR) adalah
sebuah teknik yang dikembangkan dengan mengacu pada amplifikasi DNA secara alami
pada tubuh, lebih tepatnya adalah pada fenomena replikasi DNA. Teknik yang dilakukan
dalam proses PCR adalah mengamplifikasi setiap urutan basa nukleotida yang ada pada
DNA template. Sebelum terjadi proses amplifikasi pada sekuens yang diinginkan, DNA
template dicampur dengan primer oligonukleotida yang berfungsi sebagai komplemen dari
ujung-ujung sekuens yang akan diamplifikasi.
Secara keseluruhan, satu siklus proses PCR meliputi tiga tahapan, yaitu denaturasi,
annealing, dan ekstensi. Ketiga tahapan tersebut berlangsung dan dilakukan berulang-
ulang oleh enzim DNA polymerase. Enzim ini akan menjadi katalisator dalam reaksi
polimerasi deoksiribonukleotida menjadi untai DNA. Tahapan awal PCR, yaitu denaturasi
yang merupakan tahap pemisahan heliks ganda DNA menjadi dua untai DNA tunggal,
terjadi pada suhu 95°C. Selanjutnya teknik PCR akan memasuki tahapan annealing di
mana primer akan menempel pada DNA template. Tahap annealing ini terjadi pada suhu
55-60°C. Tahapan terakhir merupakan tahap ekstensi atau sintesis untai DNA baru melalui
proses polimerasi yang terjadi pada suhu 72°C. Berdasarkan teori, teknik PCR yang
meliputi tiga tahapan ini menghasilkan molekul DNA terbentuk sejumlah 2 n yang mana n
merupakan jumlah siklus. Sebagai contoh, amplifikasi PCR setelah 35 siklus akan
menghasilkan molekul DNA sebanyak 3.436 × 1010.
Proses PCR dilakukan dengan menubah-ubah suhu pada setiap tahapannya. Perbedaan
suhu ini bermaksud agar tiap tahapannya dapat berlangsung secara optimal karena masing-
masing tahapan memiliki suhu optimalnya sesuai dengan yang sudah dijabarkan
sebelumnya. Contohnya pada tahap denaturasi tidak akan dihasilkan produk PCR jika suhu
denaturasi berada di bawah kondisi optimalnya, yaitu 95°C. Menurut Feranisa (2016),
selain pengaturan suhu dalam setiap tahapannya, keberhasilan PCR juga ditentukan oleh
beberapa hal lain seperti deoksiribonukleotida triphosphate (dNTP), DNA template,
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 5

oligonukleotida primer, jumlah siklus reaksi, komposisi larutan buffer, enzim yang
digunakan, dan faktor lain seperti adanya kontaminasi. Seperti pada hasil percobaan
simulasi PCR sesuai dengan tabel 3.1, tidak semua kondisi dapat menghasilkan hasil PCR
yang maksimal, bahkan pada beberapa kondisi didapatkan hasil PCR 0. Kondisi PCR yang
optimal sesuai dengan data percobaan adalah pada suhu annealing 56°C yang dijalankan
dalam 35 siklus dengan waktu denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30,
30, dan 60 sekon.

Daftar Pustaka
Aslinda W, Ahmad A. 2016. Isolasi dan karakteristik agarose dari makroalga merah Euchema
cottoni untuk pemisahan fragmen DNA. Online Journal of Natural Science (5) 3: hlm
307-315
Choerunnisa N. 2021. Analisis variasi genetic tanaman gandaria (Bouea macrophylla grifith)
menggunakan penanda srap (sequence-related amplified polymorphism) [skripsi].
Bandung: Universitas Bhakti Kencana.
Deswiniyanti NW, Astarini IA. 2018. Ekstrasi DNA daun dan biji jarak pagar (Jatropha curcas
L.) dengan metode Doyle dan Doyle. Prosiding Sintesa LP2M Undhira; 2018 Nov 2;
Bali.
Feranisa A. 2016. Komparasi antara polymerase chain reaction (PCR) dan loopmeditated
isothermal amplification (LAMP) dalam diagnosis molekuler. ODONTO: Dental
Journal (3) 2: hlm. 145-151
Kusnadi J, Arumingtyas EL. 2020. Polymerase Chain Reaction (PCR): Teknik dan Fungsi.
Malang: UB Press
Kristianto N, Terryana RT, Lestari P. 2015. Optimasi metode isolasi DNA pada Jatropha spp.
Jurnal Agroteknologi (5) 2: hlm 15-22.
Mastang. 2016. Isolasi dan indentifikasi bakteri pengakumulasi logam berat timbal (Pb) pada
endapan sedimen kanal sekitar rumah susun Kota Makassar [skripsi]. Makassar: UIN
Alauddin Makassar
Rizko N, et al. 2020. Isolasi DNA daun jeruk bali merah (Citrus maxima Merr.) dengan
modifikasi metode Doyle and Doyle. Jurnal Berkala Bioteknologi (3) 2: hlm 6-7.
Sanjaya SI, Roslim DI, Herman. 2016. Isolasi dan elektroforesis DNA total dari ubi kayu
(Manihot esculenta Crantz) genotype variegate dan keriting asal Provinsi Riau.
Setiawan WA, Handayani K, Kanedi M. 2021. Pelatihan analisis DNA secara sederhana untuk
praktikum biologi bagi guru IPA SMA di Bandar Lampung. Prosiding Seminar
Nasional Hasil Penelitian dan Pengabdian Masyarakat; 2021 Okt 13; Yogyakarta: hlm
481-489
Vivikananda E. 2014. Deteksi DNA babi dan DNA sapi dengan menggunakan metode
insulated isothermal polymerase chain reaction (ii-PCR) [skripsi]. Jakarta: UIN
Syarif Hidayatullah.
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 6

Lampiran
Gambar 4.1 Simulasi PCR untuk suhu annealing 45°C pada jumlah siklus 15 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon

Gambar 4.2 Simulasi PCR untuk suhu annealing 45°C pada jumlah siklus 25 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon

Gambar 4.3 Simulasi PCR untuk suhu annealing 45°C pada jumlah siklus 35 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 7

Gambar 4.4 Simulasi PCR untuk suhu annealing 56°C pada jumlah siklus 15 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon

Gambar 4.5 Simulasi PCR untuk suhu annealing 56°C pada jumlah siklus 25 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon

Gambar 4.6 Simulasi PCR untuk suhu annealing 56°C pada jumlah siklus 35 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 8

Gambar 4.7 Simulasi PCR untuk suhu annealing 68°C pada jumlah siklus 15 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon

Gambar 4.8 Simulasi PCR untuk suhu annealing 68°C pada jumlah siklus 25 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon

Gambar 4.9 Simulasi PCR untuk suhu annealing 68°C pada jumlah siklus 35 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 10, 10, dan 20 sekon
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 9

Gambar 4.10 Simulasi PCR untuk suhu annealing 45°C pada jumlah siklus 15 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon

Gambar 4.11. Simulasi PCR untuk suhu annealing 45°C pada jumlah siklus 25 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon

Gambar 4.12 Simulasi PCR untuk suhu annealing 45°C pada jumlah siklus 35 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 10

Gambar 4.13 Simulasi PCR untuk suhu annealing 56°C pada jumlah siklus 15 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon

Gambar 4.14 Simulasi PCR untuk suhu annealing 56°C pada jumlah siklus 25 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon

Gambar 4.15 Simulasi PCR untuk suhu annealing 56°C pada jumlah siklus 35 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Ganjil2022 Lembar Kerja 07 11

Gambar 4.16 Simulasi PCR untuk suhu annealing 68°C pada jumlah siklus 15 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon

Gambar 4.17 Simulasi PCR untuk suhu annealing 68°C pada jumlah siklus 25 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon

Gambar 4.18 Simulasi PCR untuk suhu annealing 68°C pada jumlah siklus 35 dengan waktu
denaturasi, annealing, dan ekstensi berturut-turut adalah 30, 30, dan 60 sekon