Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Genap 2023 1

Nama : ADI ARYANTO M Asisten PJ Materi

: 1. Marsha Shidqi
Dzakiyya (A24190110)
2. Irvana Sania R
(G34190004)
3. Galih Saputra
(E3401201076)
NIM : F4401221034 Nilai :
Kelompok : 4 Tanggal Praktikum : 10 Maret 2023
==================================================================

Laporan Praktikum
Isolasi DNA, Elektroforesis Gel, dan Polymerase Chain Reaction

Pendahuluan
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan makromolekul yang berperan penting
dalam kehidupan semua jenis makhluk hidup. DNA tersusun dari asam nukleat
(deoksiribosa), asam fosfat, dan basa nitrogen (Aisah et al. 2017). DNA berperan sebagai
pembawa informasi genetik dari satu generasi ke generasi yang lain. Struktur DNA yang
berupa rangkaian nukleotida memberi sifat kimia yang bermuatan negatif pada pH netral
seperti sel pada umumnya sehingga dapat dipisahkan/diisolasi DNA dari komponen sel yang
lain. Isolasi DNA merupakan metode dalam biologi yang dilakukan untuk mendeteksi
karakteristik organisme pada tingkat molekuler dengan cara memisahkan DNA dari bahan
biologis kompleks untuk mendapatkan DNA murni yang dapat digunakan untuk aplikasi
dalam biologi molekuler (Kurniawan dan Pudjiraharti 2015). Selain itu, terdapat teknik
elektroforesis gel yang digunakan untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukuran
fragmen. Media yang paling sering digunakan dalam elektroforesis gel adalah gel agarose.

Tujuan Praktikum
Praktikum kali ini bertujuan mempelajari teknik isolasi DNA untuk mendapatkan
DNA yang dapat digunakan sebagai template PCR, mempelajari teknik elektroforesis gel
agarose untuk memisahkan fragmen DNA, dan mempelajari teknik amplifikasi DNA dengan
Polymerase Chain Reaction.

Hasil dan Pembahasan

A. Isolasi DNA

Gambar 1 Larutan bawang bombay yang dicampurkan dengan alkohol dingin sebelum 3
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Genap 2023 2

menit.

Gambar 2 Larutan bawang bombay yang dicampurkan dengan alkohol dingin sesudah 3
menit

Dalam percobaan ini larutan buffer lisis digunakan untuk memecahkan sel,
menghancurkan jaringan dan membran sel. Fungsi larutan buffer adalah untuk menjaga
struktur DNA selama proses lisis dan pemurnian. Hasil dari isolasi DNA menggunakan
larutan buffer lisis berupa DNA genom (Iqbal et al.2016). Selain itu, percobaan ini juga
dilakukan penambahan alkohol absolut dingin pada isolasi DNA yang bertujuan untuk
mengendapkan DNA dari larutan. Alkohol dingin menyebabkan DNA menjadi tidak larut
dan menggumpal sehingga mudah diperoleh (Adedokun et al. 2020).

B. Elektroforesis Gel
Elektroforesis gel agarosa merupakan teknik pemisahan molekul-molekul berdasarkan
ukuran dan muatan listriknya dengan menggunakan medan listrik yang dihasilkan oleh
tegangan listrik pada elektroda di dalam buffer elektroforesis. Gel agarosa digunakan sebagai
media elektroforesis karena mempunyai struktur berpori sehingga gel dapat dilewati
molekul-molekul secara mudah (Mursyidah et al. 2018).

Elektroforesis gel diawali dengan memisahkan mini-sub sel dan memasukkan gel agarose
ke dalam ruang sel. Setelah itu ditambahkan larutan buffer ke tempat penyimpanan air di
ujung ruang gel, letakkan sampel pada ukuran yang sesuai, lalu tekan tombol pendorong
pada mikropipet saat stop pertama. Ujung mikropipet dimasukkan dan diletakkan ke bawah
sampel kemudian pendorong diletakkan perlahan, pipet yang dipakai harus dijaga tetap tegak
lurus terhadap deretan sumur. Setelah itu, perhatikanlah ujung bawah pipet hingga
memecahkan permukaan buffer. Bila sudah pecah maka tombol plunger diletakkan kembali
dengan perlahan untuk mengisi sampel. Ruang gel ditutup menggunakan terminal yang
diletakkan secara tepat melalui pencocokan elektroda, elektroda disambungkan ken daya
dengan voltase konstan dan waktu yang tepat. Lalu tekan tombol start untuk memulai aliran
arus agar DNA fragmen terpisah, pastikan agar gelembung terlihat pada setiap ujung kotak
gel. Sampel DNA bergerak dari elektroda negatif ke positif.

Gel agarose merupakan polimer pembentuk gel netral dan tidak mengandung sulfat. Gel
agarosa merupakan campuran molekul dengan muatan yang paling rendah sehingga mampu
membentuk gel yang kuat. Larutan buffer pada teknik elektroforesis gel berfungsi untuk
menjaga kesetimbangan pH saat migrasi fragmen DNA berlangsung karena perubahan pH
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Genap 2023 3

dapat mendenaturasi struktur DNA sehingga mampu mengubah elektromobilitas DNA.

Sampel DNA harus diletakkan di sisi negatif karena DNA merupakan molekul negatif
sehingga DNA akan pergi menuju bagian positif. Tujuan pemberian arus listrik pada
elektroforesis gel agarose adalah untuk memisahkan senyawa-senyawa anoda dan katoda
dengan memanfaatkan konsep medan medan listrik. Hukum coulomb mendasari
elektroforesis sel. Fragmen DNA pada gel agarose dapat dipisahkan karena adanya muatan
listrik yang menyebabkan terbawanya fragmen DNA. Fragmen DNA yang berukuran lebih
besar akan berada dekat kutub negatif karena fragmen DNA yang besar akan menyebabkan
menurunnya kekuatan perpindahan, sedangkan yang lebih kecil akan berada jauh dari kutub
negatif karena ukurannya yang kecil memudahkannya untuk berpindah.

C. Teknik Polymerase Chain Reaction

Tabel 1 Hasil Simulasi PCR
Waktu Kombinasi Suhu Annealing dan Siklus PCR
denaturasi,
No Annealing, Ulangan 45oC 56oC 68oC
dan 15 25 35 15 25 35 15 25 35
ekstension
1. 10, 10, 20 1 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0
2 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0
3 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0
4 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0
5 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0

Rata-rata 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2. 30, 30, 60 1 18,4 57,8 66,8 51,2 98,7 100,1 1,9 6,6 23,3
2 15,8 39,7 79,2 42,3 80,2 112,3 1,4 4,7 19,3
3 14,5 54,7 76,5 39,0 90,0 98,7 1,4 8,5 9,8
4 23,4 66,3 79,8 54,0 94,1 100,2 2,2 4,9 19,3
5 20,2 54,8 91,9 55,0 89,6 94,6 1,4 5,8 15,9

Rata-rata 18,46 54,66 78,84 48,3 90,52 101,18 1,66 6,1 17,52

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan teknik sintesis dan amplifikasi segmen
DNA secara in vitro. Dalam teknik PCR fenomena sel yang ditiru adalah replikasi DNA,
yaitu mekanisme replikasi DNA secara in vitro. Utas yang diimplikasi dalam hal ini adalah
DNA target. Primer berfungsi untuk menentukan mana produk DNA yang tepat untuk
diperkuat dalam rekasi. Enzim DNA polimerase berfungsi mendeteksi gen serta
menggabungkan nukleotida dengan suatu primer secara terus menerus tanpa terdisosiasi dari
kompleks DNA cetakan. Selain itu, enzim DNA polimerase berfungsi sebagai katalisis dalam
reaksi polimerisasi DNA. Pada proses PCR enzim ini berperan dalam tahap ekstensi DNA
(Handoyo et al. 2000). Utas DNA dapat terpisah atau terdenaturasi dalam suhu 94oC – 96oC.
Selain itu, utas DNA dapat disintesiskan atau anneling dalam suhu 55oC – 68oC serta untuk
pembentukan DNA atau ektensi dalam suhu 72oC. Dalam proses amplifikasi DNA
diperlukan 35 siklus yang diprediksi hasilnya sebesar 3,4 x 1010 dengan perhitungan
menggunakan rumus y = 2n dengan n=35 sebagai jumlah siklus PCR (Katz et al. 2010).

Dalam proses PCR dilakukan perubahan suhu. Hal ini dilakukan karena beberapa
tahapan-tahapan dalam proses PCR seperti denaturasi, annealing, dan elongasi membutuhkan
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Genap 2023 4

suhu tertentu. Seperti tahap denaturasi yang membutuhkan suhu sekitar 94-98oC, annealing
yang membutuhkan suhu sekitar 55-65oC, dan Elongasi yang membutuhkan suhu sekitar 72-
74oC. Jika suhu denaturasi tidak optimal maka tidak akan terbentuk PCR karena DNA
menjadi rusak. Selain suhu, terdapat beberapa faktor lainnya yang mempengaruhi
keberhasilan PCR seperti jumlah larutan buffer lisis, jumlah siklus reaksi, enzim,
deoksirinukleotida triphosphat (Dntp), oligonukleotida primer, template DNA serta faktor
teknis dan nonteknis lainnya. Kondisi PCR menghasilkan nilai optimum dalam simulasi
berada pada siklis 35, suhu denaturasi 94oC, annealing 56oC, dan ekstensi 72oC, serta pada
waktu yang diatur pada 30, 30, dan 60 detik.

Daftar Pustaka
Aisah I, Fadilah FN, Suyudi M. 2017. Aplikasi Logika Matematika Pada Aljabar Untaian
DNA Dalam Proses Hibridisasi. SIGMA-Mu : Jurnal Publikasi Hasil Penelitian dan
Gagasan Ilmiah Multidisiplin. 9(2): 1-8. DOI https://doi.org/10.35313/sigmamu.v9i2.970
Kurniawan IH, Pudjiraharti S. 2015. Isolasi DNA dan Aplikasinya dalam Biologi Molekuler.
Jurnal Sains dan Matematika. 23(1): 20-31.
Iqbal M, Buwono ID, Kurniawati N. 2016. Analisis Perbandingan Metode Isolasi DNA
Untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vaname (Litopenaeus
vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan. 8(1):54-65.
Adedokun SA, Olayemi AB, Olagunju AI. 2020. The Use of Salt and Alcohol in DNA
Ekstraction. A Review: Journal of Advances in Biology & Biotechnology. 23(2): 1-8.
Mursyidah TA, Sudiana IM, Widiyanti P. 2018. Elektroforesis Gel Agarosa dalam
Identifikasi Polimorfisme DNA. Prosiding Seminar Nasional FMIPA Universitas
Lampung. 1(1): 110-116.
Setyawati R, Zubaidah S. 2021. Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing dalam
Mendeteksi Gen Leptin pada Sapi Peranakan Ongole (PO) Menggunakan Polymerase
Chain Reaction (PCR). Indonesian Journal of Laboratory. 4(1): 36-40.
Handoyo D, Rudiretna R. 2000. Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction
(PCR). Pusat Studi Bioteknologi. 9(1): 17-29.
Katz J, Smith T. 2010. Quantifying DNA Amplification Effeciency Using the PCR Cycle
Number. Journal of Molecular Biology. 374(3): 564-571.

Lampiran

Gambar 3 Simulasi PCR waktu denaturasi 10 Gambar 4 Simulasi PCR waktu denaturasi
Detik, waktu annealing 10 detik, 10 detik, waktu annealing 10 detik
Waktu ekstension 20 detik, suhu waktu ekstention 20 detik, suhu
Annealing 45℃ dan siklus 25 kali. Annealing 45℃ siklus 35 kali.
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Genap 2023 5

Gambar 5 Simulasi PCR waktu denaturasi 10 Gambar 6 Simulasi PCR waktu denaturasi 10
Detik, waktu annealing 10 detik, detik, waktu annealing 10 detik,
waktu ekstension 20 detik, suhu waktu ekstention 20 detik, suhu
annaealing 56℃ dan siklus 15 kali. Annealing 56℃ dan siklus 25 kali.

Gambar 7 Simulasi PCR waktu denaturasi 10 Gambar 8 Simulasi PCR waktu denaturasi 10
detik, waktu annealing 10 detik, detik, waktu annealing 10 detik, waktu
ekstention 20 detik, suhu waktu ekstention 20 detik, suhu
annealing 56℃ dan siklus 35 kali. Annealing 68℃ dan siklus 15 kali.

Gambar 9 Simulasi PCR waktu denaturasi 10 Gambar 10 Simulasi PCR waktu denaturasi
10 detik, waktu annealing 10 detik, detik, waktu annealing 10 detik,
waktu ekstention 20 detik, suhu waktu ekstention 20 detik, suhu
annealing 45℃ dan siklus 25 kali. Annealing 68℃ dan siklus 25 kali.
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Genap 2023 6

Gambar 11 Simulasi PCR waktu denaturasi 10 Gambar 12 Simulasi PCR waktu denaturasi
30
Detik, waktu annealing 10 detik, detik, waktu annealing 30 detik,
waktu ekstention 20 detik, suhu waktu akstention 60 detik, suhu
annealing 68℃ dan siklus 35 kali. Annealing 45℃ dan siklus 15 kali.

Gambar 13 Simulasi PCR waktu denaturasi 30 Gambar 14 Simulasi PCR waktu denaturasi
30 detik, waktu annealing 30 detik, detik, waktu annealing 30 detik, waktu
ekstention 60 detik, suhu waktu ekstention 60 detik, suhu annealing 45℃ dan
siklus 25 kali. Annealing 45℃ dan siklus 35 kali.

Gambar 15 Simulasi PCR waktu denaturasi 30 Gambar 16 Simulasi PCR waktu denaturasi
30 detik, waktu annealing 30 detik, detik, waktu annealing 30 detik, waktu
ekstention 60 detik, suhu waktu ekstention 60 detik, suhu annealing 56℃ dan
siklus 15 kali. Annealing 56℃ dan siklus 25 kali.
 Praktikum BIO102 Biologi Dasar – Genap 2023 7

Gambar 17 Simulasi PCR waktu denaturasi 30 Gambar 18 Simulasi PCR waktu denaturasi
30
detik, waktu annealing 30 detik, detik, waktu annealing 30 detik,
waktu ekstention 60 detik, suhu waktu ekstention 60 detik, suhu
annealing 56℃ dan siklus 35 kali. Ennealing 68℃ dan siklus 15 kali.

Gambar 19 Simulasi PCR waktu denaturasi 30 Gambar 20 Simulasi PCR waktu denaturasi
30
detik, waktu annealing 30 detik, detik, waktu annealing 30 detik,
waktu akstention 60 detik, suhu waktu ekstention 60 detik, suhu
annealing 68℃ dan siklus 25 kali. annealing 68℃ dan siklus 35 kali.