LAPORAN PRATIKUM SDS PAGE

BIOKIMIA II

DISUSUN OLEH :
NAMA : PRISKA SARI PAYUNG
NIM : B1D120072
KELAS : B/2020

PROGRAM STUDI DIV TEKNOLOGI

LABORATORIUM MEDIS
UNIVERSITAS MEGAREZKY
2021
 BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Elektroforesis merupakan teknik
yang digunakan untuk memisahkan dan
memurnikan suatu makromolekul
khususnya protein dan asam nukleat
berdasarkan perbedaan berat molekul.
Elektroforesis gel adalah teknik yang paling
sering digunakan di laboratorium untuk
analisis protein dan DNA.
Prinsip kerja elektroforesis gel
dimulai saat makromolekul yang bermuatan
listrik ditempatkan pada medium berisi
tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut
akan bermigrasi menuju kutub positif atau
kutub negatif berdasarkan muatan yang
terkandung di dalamnya. Molekul-molekul
yang bermuatan negatif (anoda) akan
bergerak menuju kutub positif (katoda),
sedangkan molekul-molekul yang
bermuatan positif (katoda) akan bergerak
menuju kutub negatif (anoda).
Elektroforesis gel memisahkan molekul
DNA menjadi pita-pita yang masingmasing
terdiri atas molekul DNA dengan panjang
yang sama.
Ada beberapa gel yang dapat
digunakan dalam elektroforesis.
Diantaranya gel agarosa yang digunakan
untuk memisahkan fragmen DNA yang
lebih besar dari 200 bp dan gel
poliakrilamida digunakan untuk fragmen
kecil kurang dari 200 bp. Molekul DNA
 bermigrasi melalui pori-pori kecil yang
terbentuk dalam padatan gel. Secara umum,
molekul yang lebih kecil bergerak lebih
cepat dan bermigrasi lebih jauh dari molekul
kecil karena memiliki gesekan yang lebih
rendah saat bergerak menuju elektroda
positif. Konsentrasi yang rendah pada gel
memberikan resolusi yang lebih baik untuk
fragmen besar, dengan memberikan
pemisahan yang lebih besar antara band
yang secara ukuran tidak terlalu jauh
berbeda. Konsentrasi gel yang lebih tinggi,
di sisi lain, dapat mengurangi kecepatan
migrasi fragmen panjang yang sementara itu
dapat memfasilitasi pemisahan yang lebih
baik pada fragmen DNA kecil.
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang tersebut, dapat
dirumuskan masalah dalam penelitian ini,
 yaitu: Bagaimana profil protein
(Rhynchophorus ferruginesus) hasil
pemanggangan dengan oven dan microwave
dengan variasi waktu 1, 2 dan 3 menit
berbasis SDS-PAGE.
C. Tujuan
Untuk menganalisis dan mengaplikasikan
SDS PAGE

BAB II
 TINJAUAN PUSTAKA
Protein merupakan suatu komponen bahan
makanan yang sangat penting bagi tubuh, karena
berfungsi sebagai zat pembangun dan pengatur
berbagai fungsi dalam tubuh. Protein merupakan
makromolekul yang terbentuk dari asam amino
yang tersusun dari atom nitrogen, karbon, hidrogen
dan oksigen, beberapa jenis asam amino yang
mengandung sulfur (metionin, sistin dan sistein)
yang dihubungkan oleh ikatan peptida (Budiyanto,
2002).
Sagu merupakan makanan pokok
masyarakat Indonesia Timur, khususnya di daerah
Papua dan Maluku. Pohon sagu yang sudah
ditebang atau membusuk akan dihinggapi oleh
kumbang, dan larva kumbang yang hidup dipohon
sagu yang telah membusuk akan menjadi ulat sagu
(Rhynchophorus ferruginesus) (Hastuty, 2016)
 Pengolahan ulat sagu yang biasa dilakukan
oleh masyarakat adalah menggunakan temperature
tinggi yang akan menyebabkan perubahan
kandungan gizi dalam bahan. Penggunaan
temperature tinggi dapat memberikan efek positif
pada sifat protein. Namun bila pemanasan yang
dilakukan tidak terkontrol maka dapat
menimbulkan berkurangnya nilai protein serta asam
amino yang terkandung dalam bahan pangan
tersebut (Salamah, 2013).
Menurut Palupi (2015), protein ulat sagu
dapat berkurang akibat pengolahan dengan
pemanasan. Pemanasan menyebabkan terjadinya
kelarutan protein, sehingga mempengaruhi jumlah
dan jenis protein yang dapat terekstrak dalam
proses isolasi protein. Proses pengolahan bahan
dengan pemanasan juga akan menyebabkan
terjadinya koagulasi. Koagulasi atau penggumpalan
adalah perubahan struktur protein ulat sagu yang
mengakibatkan peningkatan kekentalan dan
hilangnya kelarutan. Koagulasi dapat juga diartikan
sebagai proses perubahan bentuk dari cair (sol)
menjadi bentuk padat atau semi padat (gel).
Koagulasi disebabkan karena molekul-molekul
protein mengalami agregasi dan terbentuknya
ikatan-ikatan antar molekulya itu ikatan hidrofobik,
ikatan hidrogen dan ikatan disulfide. Adanya
ikatan-ikatan tersebut menyebabkan protein yang
terkoagulasi bersifat tidak larut
Ulat sagu adalah larva dari kumbang merah
kelapa (Rhynchophorus ferruginesus). Yang
merupakan serangga ambivalen, artinya serangga
ini dapat menjadi organisme yang merugikan
sebagai hama dalam sektor perkebunan dan juga
dapat menguntungkan sebagai sumber protein
(Edrus dan Bustaman, 2007).
bagai macam teknik atau cara. Adapun
teknik dasar pengolahan makanan dibedakan
menjadi 2 yaitu, teknik pengolahan makanan panas
basah (moist heat) dan teknik pengolahan panas
kering (dry heat cooking). Teknik pengolahan
panas basah yaitu pengolahan makanan dengan
bantuan cairan. Teknik pengolaha bahan makanan
panas basah memiliki berbagai cara, diantaranya
(Hamidah dan Komariah, 2013)
Cara kerja SDS-PAGE adalah dengan
menghambat interaksi hidrofobik dan merusak
ikatan hydrogen. Metode SDS-PAGE digunakan
untuk memisahkan protein demi keperluan
biokimia, genetika forensik, dan biologi molekuler.
Pewarna yang dapat digunakan dalam SDS-
PAGE adalah Commasie Brilliat Blue dan Silver
Salt Staining.
- Commasie Brilliant Blue mengikat protein
secara spesifik dengan ikatan kovalen.
 - Silver Salt Staining memiliki sifat lebih
sensitif dan akurat namun membutuhkan proses
yang lebih lama.
 BAB III
METODE PERCOBAAN
A. Alat Dan Bahan
1. Plat glass
2. Tangki elektroforesis dan power
supply
3. Sisir(well)
4. Acrylamide/bis
5. 0,5m Tris-HCL
6. TEMED
7. 10% APS
8. 10% SDS
9. Dih2O
10.1,5m Tris-HCL
B. Prosedur Kerja
 (Note: semua larutan yang disimpan dalam
kulkas, terlebih dahulu diletakkan disuhu ruang
kecuali APS harus fresh, disiapkan setiap kali
membuat gel)
1. Masukkan larutan resolving dan stacking
gel (kecuali APS) ke dalam gelas
erlenmeyer yang berbeda
2. Diamkan sambil mengeset alat (siapkan
cetakan kaca dan sisir). Beri tanda ± 3 cm
pada kaca sebagai batas larutan resolving
gel
3. Tepat sebelum dimasukkan kedalam
cetakan, tambahkan 25% APS. Goyangkan
perlahan
4. Masukan resolving gel kedalam cetakan,
tambahkan isopropanol atau aquadest.
Diamkan kurang lebih 20-40 menit hingga
gel mengalami polimerisasi. Buang
 isopropanol/aquadest dari cetakan lalu hisap
dengan menggunakan kertas hisap
5. Tuang larutan stacking gel, pasang sisir
pada cetakan dan diamkan kurang lebih 20
menit. Setelah terjadi polimerisasi, ambil
sisir dengan hati-hati agar sumuran tidak
rusak
6. Pasang gel poliakrilamid ke dalam tangki
elektroforesis, tuang dengan running buffer
(Buffer Tris-Gly-SDS). Masukkan sampel
protein dan marker protein kedalam
sumuran.
7. Lakukan proses running (kurang lebih 2
jam) pada tegangan 100 volt sampai larutan
sampel dalam sumuran yang berwarna biru
berada dibaawah
8. Setelah selesai, ambil gel dari cetakan dan
warnai dengan menggunakan Commasie
brilliant blue selama semalam, setelah itu
 masukkan kedalam larutan destaining.
Amati pita protein yang terbentuk dan
hitunglah berat molekul protein berdasarkan
kurva log berat molekul protein.

C. Staining dengan Coomasie Briliant Blue

Alat dan bahan yang digunakan adalah 1 buah
wadah plastik bertutup, Staining Solution (100 ml)
yang dibuat dari Coomassie Briliant Blue 0,25 gr,
Methanol 40 ml, Asam Acetat Glacial 10 ml, dan
ditambah dengan DI water sampai 100 ml. Adapun
prosedurnya adalah sebagai berikut : Gel direndam
dalam staining solution Coomasie Brilliant Blue
kemudian diletakkan di dalam shaker selama 30
meni

D. Destaining
Alat dan bahan yang digunakan adalah 1 buah
wadah plastik bertutup, Destaining Solution (100
ml) yang dibuat dari Methanol 20 ml, Asam Acetat
Glacial 10 ml, dan ditambah DI water sampai 100
ml. Adapun prosedurnya adalah gel direndam
dalam destaining solution ± 1 – 2 jam sambil tetap
di shaker sampai gel kelihatan bersih. Gel siap
dianalisa hasilnya.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil pengamatan
 Perhitungan berat molekul (BM) dari masing-
masing protein didasarkan pada marker yang
tersedia. Perhitungan dilakukan dengan mengukur
total jarak tracking dari stacking gel ke separating
gel, dilanjutkan dengan mengukur jarak tracking
dari stacking gel ke masing-masing band protein
yang terbentuk, kemudian dari BM masing-masing
band marker di log kan, kemudian dicari retardation
factor (RF) dengan membagi jarak tracking masing-
masing band dengan jarak tracking total. Setelah itu
dimasukkan Rumus: BM sampel = anti log BM
sampel log BM sampel = (RF kecil – RF sampel) x
(log BM besar – log BM kecil) + log BM kecil (RF
kecil – RF besar)
Karena pada saat praktikum Analisis gel
Electroforesis SDS PAGE menggunakan Sofware
gel-analyzer maka line dan band dapat di deteksi
secara otomatis, Kalibrasi Rf untuk memperbaiki
distorsi gel run, perhitungan kuantitas dan berat
molekul akurat dengan 4 jenis kurva kalibrasi yang
berbeda.

B. Pembahasan
Pada elektroforesis vertical ini digunakan
metode SDS PAGE dengan gel berbahan dasar
polikrilamida karena sampel yang digunakan adalah
sampel protein. Pemilihan komposisi stacking gel
dan separating gel didasarkan pada berat molekul
protein yang akan di – running, bila sampel protein
yang akan di running belum diketahui berat
molekulnya, maka digunakan gel dengan komposisi
12,5% terlebih dahulu, jika kemudian saat running
terjadi loss protein, maka komposisi gel dinaikkan
menjadi 25% dan seterusnya.
Komposisi gel berpengaruh terhadap hasil
running sampel protein. Gel berperan sebagai pori
atau saringan yang akan menyaring protein
berdasarkan ukuran molekul. Protein dengan berat
molekul kecil akan turun terlebih dahulu dengan
cepat menuju ke dasar gel dan protein dengan berat
molekul besar akan tertahan di gel bagian atas. Jika
komposisi gel yang digunakan tidak sesuai,
misalnya komposisi gel terlalu kecil maka pori dari
gel menjadi longgar sehingga protein dengan berat
molekul kecil akan terus turun, sedangkan jika
komposisi gel terlalu besar maka pori dari gel
menjadi rapat sehingga protein dengan berat
molekul besar akan tertahan di atas.
Aliran listrik yang digunakan sebesar 90 – 120
V berfungsi untuk memberi muatan pada protein
untuk bergerak melewati pori gel dan bergerak dari
atas ke bawah gel sesuai dengan berat molekul
sampel protein tersebut. Protein dengan berat
molekul kecil akan bergerak terlebih dahulu dengan
cepat melewati pori sampai batas di mana pori tidak
cukup besar untuk melewati pori gel. Batas tersebut
lah yang terlihat sebagai band pada gel. Aliran
muatan listrik mengalir ke protein lewat running
buffer yang diisikan pada kit elektroforesis. Setelah
itu dilakukan staining dengan menggunakan
Coomasie Brilliant Blue dalam waterbath agar band
yang timbul tampak jelas dan kemudian dilakukan
destaining agar band dapat diamati. Berat molekul
protein sampel dihitung dengan menggunakan
Sofware gelanalyzer.
 BAB V
PENUTUP
A. Kesimpulan
Berdasarkan dari hasil dan pembahasan
maka dapat disimpulkan bahwa:
1. Elektroforesis gel adalah teknik
memisahkan protein berdasarkan perbedaan
berat molekulnya dengan menggunakan
medium gel, prinsip kerja elektroforesis gel
adalah protein akan bermigrasi menuju
kutub positif atau kutub negatif berdasarkan
muatan yang terkandung di dalamnya,
 prosedur kerja elektroforesis gel meliputi
pembuatan gel, elektroforesis, staining dan
destaining.
B. Saran
Ada pembahasan khusus kenapa pita DNA tidak
jelas terlihat, baik pada elektroforesis gel agarose
dan elektoforesis SDS PAGE.

DAFTAR PUSTAKA
Budiyanto, M.A.K. 2002. Dasar-Dasar Ilmu
Gizi. Universitas MSuhammadiyah Malang.
Press.Malang.
Hastuty, S. 2016. Pengolahan Ulat Sagu
(Rhynchophorus Ferrugeninenes)di Kelurahan
Bosso Kecamatan Walenrang Utara Kabupaten
Luwu, Volume 1. Universitas Cokroaminoto,
Palopo.
Salamah,. 2013. Pembuatan dan
Karakteristik Hidrolisat Protein Dari Ikan Lele
Dumbo (Clarias Gariepinus) Menggunakan Enzim
Papain. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan
Indonesia
Palupi, N.S. Sitorus, S.R dan Kusnandi, F.
2015. Perubahan Alergenisitas Protein Kacang
Kedelai dan Kacang Bogor Akibat Pengolahan.
Departemen Ilmu dan Teknologi Pangan Fakultas
Teknologi Pertanian Institut Pertanian Bogor.
Bogor
Edrus, I.N., A. Laetimia, H. Mahu, dan M.
Tohulelu. 2007. Laporan Hasil PengkajianPotensi
dan Budi Daya Ulat Sagu. Balai Pengkajian
Teknologi Pertanian Maluku. Ambon.