LAPORAN PRAKTIKUM NUTRIGENOMIK

“SDS-PAGE”

Dosen Pengampu : Dr. Diana Nur Afifah, S.TP., M.Si.

Disusun oleh :
Faiza Fatin Fuadillah (22030119120006)

PROGRAM STUDI S-1 GIZI FAKUL-

TAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS
DIPONEGORO SEMARANG
2022
 PROGRAM STUDI ILMU GIZI
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG

SDS-PAGE

Faiza Fatin Fuadillah, 22030119120006

Kata kunci : Protein, Elektroforesis Gel, SDS-PAGE, Berat Molekul, Mobilitas

Molekul

Abstrak
Protein merupakan biomakromolekul yang tersusun dari unit-unit asam amino. Protein memiliki
karakteristik berupa berat molekul yang berbeda-beda tergantung jenisnya. Untuk mengetahui berat
molekul tersebut, maka dapat dilakukan elektroforesis SDS-PAGE. Elektroforesis SDS PAGE
merupakan metode yang banyak digunakan untuk memisahkan rantai polipeptida pada protein
berdasarkan kemampuannya untuk bergerak dalam arus listrik sesuai dengan berat molekulnya.
Untuk mengetahui berat molekul sampel, maka diperlukan protein marker sebagai pembanding. Pada
praktikum kali ini, digunakan sampel MJ terasi rebon, cincalok, petis udang, kecalo, rusip, dan terasi
daun, sementara protein marker yang digunakan adalah unstained (label A) dan dual color (label B).
Bahan-bahan lainnya yang digunakan adalah aquades, Tris-HCl, SDS, akrilamida, amonium
persulfat, TEMED, fosfat buffer salin, laemmi sample buffer, beta ME, staining CBB R-250 dan
destaining CBB R-250. Berdasarkan hasil elektroforesis, didapatkan persamaan linear label A adalah
y = -2,034x + 2,8075 (R2 = 0,998) dan label B adalah y = -1,8714x + 2,6981 (R 2 = 0,9909). Dari
persamaan tersebut, didapatkan berat molekul sampel MJ Terasi Rebon, Cincalok dan Rusip. MJ
Terasi Rebon memiliki berat molekul sekitar 15,578 hingga 136,053 kD, sementara berat molekul
cincalok sekitar 28,216 hingga 136,053 kD dan berat molekul Rusip sekitar 35,355 hingga 24,421
kD.

1 PENDAHULUAN

Protein merupakan biomakromolekul berukuran besar yang tersusun dari unit-unit asam amino
yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Protein dianggap sebagai molekul utama dalam tubuh
makhluk hidup dan bersifat sangat penting sebagai molekul utama dalam tubuh makhluk hidup dan
bersifat sangat penting bagi kelangsungan proses seluler. Berdasarkan struktur kimianya, protein
merupakan polimer yang disusun oleh asam amino, namun dengan jumlah asam amino yang lebih
besar. Asam amino penyusun protein ini dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Struktur
protein dapat disusun oleh sekitar 100-200 residu asam amino. Jenis asam amino yang terikat dalam
struktur protein ini akan memengaruhi sifat fisikokimia, seperti kelarutan, stabilitas terhadap proses
pemanasan, kemampuan membentuk gel. Selain itu, hal tersebut juga memengaruhi karaktersitik
protein, seperti berat molekul (1,2).
Berat molekul merupakan jumlah seluruh berat atom-atom dalam molekul. Berat molekul protein
sering dinyatakan dalam satuan dalton, dimana 1 dalton sama dengan unit satu masa atom (atomic
mass unit) (2). Setiap jenis asam amino memiliki berat molekulnya tersendiri. Suatu asam amino
dapat dikatakan sebagai protein apabila memiliki berat molekul >10.000 dalton atau >10 kDa,
sedangkan suatu asam amino dikatakan sebagai peptida apabila memiliki berat molekul <10.000
dalton atau <10 kDa (1). Salah satu metode yang dapat digunakan untuk melihat karakterisasi protein
berdasarkan berat molekulnya adalah elektroforesis. Hal ini disebabkan karena prinsip dasar
elektroforesis, dimana terjadi pemisahan suatu senyawa berdasarkan perpindahan molekul bermuatan
akibat pengaruh medan listrik. Elektroforesis memiliki banyak macam, diantaranya adalah
elektroforesis kertas, elektroforesis selulosa, dan elektroforesis gel (3). Elektroforesis gel merupakan
teknik pemisahan suatu makromolekul dengan cara memberi gaya pada makromolekul tersebut untuk
melewati medium berisi gel yang dibantu dengan tenaga listrik (4). Salah satu jenis elektroforesis
yang sering digunakan untuk melihat karakterisasi protein ini adalah elektroforesis SDS gel
poliakrilamida (SDS PAGE).
Elektroforesis SDS PAGE merupakan metode untuk memisahkan rantai polipeptida pada protein
berdasarkan kemampuannya untuk bergerak dalam arus listrik yang merupakan fungsi dari panjang
rantai polipeptida atau berat molekulnya (4). Sampel protein yang tercakup dalam SDS memiliki
muatan negatif atau dapat dikatakan menjadi anionik. Hal ini menyebabkan terjadinya migrasi
menuju anoda bermuatan positif dengan tegangan yang lebih tinggi melalui gel akrilamida. Protein
yang lebih kecil pun bermigrasi lebih cepat melalui gel ini daripada molekul yang lebih besar,
sehingga nantinya protein akan terpisah menurut berat molekulnya (3,5).
Elektroforesis SDS PAGE memiliki keuntungan yang lebih besar dibandingkan dengan
elektroforesis lainnya. Hal ini berhubungan dengan besarnya pori medium penyangga, perbandingan
konsentrasi akrilamida dan bis-metilen akrilamida serta gel yang tidak menimbulkan aliran panas
secara konveksi dan bersifat transparan sehingga lebih aman dan mudah dilakukan. Elektroforesis
SDS PAGE dapat digunakan dengan tujuan untuk membandingkan berat molekul dari protein sampel
dengan pembanding protein standar yang telah diketahui berat molekulnya (3). Pada praktikum ini,
dilakukan penentuan berat molekul sampel dengan menghubungkan mobilitas relatif (Rf) dengan log
berat molekul (logBM).

2 BAHAN DAN METODE

2.1 Bahan

Gambar 1. Bahan dan Sampel yang Digunakan

Sampel yang digunakan pada praktikum ini diantaranya adalah MJ terasi rebon, cincalok, petis
udang, kecalo, rusip, terasi daun yang merupakan produk makanan fermentasi hasil laut. Bahan
lainnya yang digunakan diantaranya adalah aquades, Tris-HCl, SDS, akrilamida, amonium persulfat,
TEMED, fosfat buffer salin, laemmi sample buffer, beta ME, staining CBB R-250 dan destaining
CBB R-250 serta protein marker.
Dalam metode SDS-PAGE, terdapat 2 jenis gel poliakrilamida yang sangat dibutuhkan dan
perlu dibuat, yaitu separating gel dan stacking gel. Separating gel merupakan gel yang berfungsi
sebagai pemisah, dimana protein yang diujikan akan bergerak menuju anoda melalui gel ini sehingga
protein pun akan terpisah sesuai berat molekulnya. Sementara itu, stacking gel berfungsi untuk
menimbun atau memekatkan protein yang diujikan menjadi satu jalur yang sempit sebelum protein
tersebut memasuki separating gel (4).
Untuk membuat separating gel sebanyak 10 ml, dibutuhkan campuran antara aquades sebanyak
3,8 ml; 1,5 M Tris-HCl (pH 8,8) sebanyak 2,6 ml; 10% (w/v) SDS sebanyak 0,1 ml, akrilamida
(30%/0,8% w/v) sebanyak 3,4 ml; 10% (w/v) amonium persulfat sebanyak 100 μl, dan TEMED 10
sebanyak μl. Sementara itu, untuk membuat stacking gel sebanyak 5 ml, dibutuhkan campuran antara
aquades sebanyak 2,975 ml; 0,5 M Tris-HCl (pH 8,8) sebanyak 1,25 ml; 10% (w/v) SDS sebanyak
0,05 ml, akrilamida (30%/0,8% w/v) sebanyak 0,67 ml; 10% (w/v) amonium persulfat sebanyak 0,05
ml, TEMED 0,005 ml.
 Terdapat beberapa komponen penting yang membentuk gel poliakrilamida diatas, diantaranya
adalah akrilamida yang merupakan senyawa utama yang menyusun gel, amonium persulfat (APS)
yang berfungsi sebagai inisiator yang mengaktifkan akrilamida agar bereaksi dengan molekul
akrilamida lainnya, serta TEMED yang berfungsi sebagai katalisator reaksi polimerisasi akrilamid
menjadi gel poliakrilamid sehingga dapat digunakan dalam pemisahan protein berdasarkan berat
molekul. Sementara itu, SDS merupakan detergen anionik yang apabila dilarutkan molekulnya
memiliki muatan negatif. Muatan negatif inilah yang akan mendenaturasi sebagian besar struktur
kompleks protein. Sementara itu, tris-HCl digunakan sebagai larutan buffer. Larutan buffer yang
terdapat dalam praktikum ini adalah fosfat buffer salin dan laemmi sample buffer. Campuran kedua
larutan ini dengan beta-ME (2-mercaptoethanol) digunakan untuk membuat running buffer.
Sementara itu, CBB R-250 (Coomasie Brilliant Blue) berfungsi sebagai ‘pewarna’ yang dapat
mewarnai protein menjadi warna biru dengan berikatan secara kovalen. Protein marker pada metode
ini digunakan sebagai standar dalam menentukan berat molekul protein sampel (4).

2.2 Alat

Gambar 2. Alat yang Digunakan

Alat yang digunakan dalam elektroforesis SDS-PAGE ini adalah alat elektroforesis yang telah
dilengkapi dengan tangki dengan penutup yang terhubung dengan kabel listrik, casting frame,
casting stands, combs untuk membuat sumur, serta power supply yang dapat menyediakan listrik
dengan tegangan sedemikian rupa. Selain itu, digunakan pula baker glass untuk menaruh dan
mencampurkan senyawa yang akan digunakan, timbangan digital untuk menimbang sampel dan
bahan, spatula untuk mengaduk dan mencampurkan bahan, pipet volume, pipet ball, dan mikropipet
untuk mengambil bahan berbentuk cairan dengan volume tertentu, kompor listrik sebagai sumber
panas untuk memanaskan tabung dalam tahapan pembuatan running buffer, vortex untuk
menghomogenkan larutan, dan alat sentrifugator untuk menyentrifugasikan larutan.

2.3 Langkah Kerja

2.3.1. Persiapan Awal
Amonium persulfat ditimbang sebanyak 0,02 gram, kemudian 180 μl aquades
ditambahkan ke dalam tabung yang berisikan amonium persulfat tersebut. Selanjutnya,
campuran larutan tersebut divortex hingga homogen. Kemudian, kedua casting frame disusun
dan disatukan, sementara itu casting stands juga disetting sedemikian rupa. Setelah disusun,
pada masing-masing casting frames diisi aquades. Pastikan tidak ada kebocoran disisi bawah
dan samping.

2.3.2. Pembuatan Separating Gel

Aquades sebanyak 3,8 ml aquades dimasukkan ke dalam baker glass kecil, kemudian
akrilamida sebanyak 3,4 ml ditambahkan ke dalam baker glass tersebut. Lalu, 1,5 M Tris-HCl
sebanyak 2,6 ml dan SDS sebanyak 0,1 ml ditambahkan menggunakan mikropipet.
Selanjutnya, larutan dicampurkan menggunakan mikropipet. Larutan tersebut telah tercampur
apabila sudah terlihat agak berbusa. Selanjutnya, ditambahkan 100 μl larutan APS dan 10 μl
TEMED. Setelah itu, 4 ml larutan separating gel dipipetkan dan dimasukkan pada setiap
frames. Kemudian, dibuat lapisan separating gel di bagian atas secara horizontal tanpa
gelembung dengan mengisikan aquades pada frames hingga penuh. Gel pun ditunggu sekitar
20-30 menit hingga terbentuk. Apabila terdapat sisa air, maka hal tersebut dapat diserap dengan
kertas saring.

2.3.3. Pembuatan Stacking Gel

Aquades sebanyak 2,975 ml dimasukkan ke dalam baker glass kecil, kemudian 0,5 M
Tris-HCl sebanyak 1,25 ml dan SDS 10% sebanyak 0,05 ml SDS ditambahkan menggunakan
mikropipet. Lalu, ditambahkan 0,67 ml akrilamid ke dalam baker glass kecil. Selanjutnya,
larutan dicampurkan menggunakan mikropipet. Larutan dapat dipastikan telah tercampur
apabila telah terlihat agak berbusa. Selanjutnya, ditambahkan 0,05 ml larutan APS 10% dan
0,005 ml TEMED. Larutan pun dicampurkan menggunakan mikropipet. Setelah itu, stacking
gel dipipetkan dan dimasukkan pada setiap frames hingga penuh. Kemudian, combs
ditempatkan di atas stacking gel untuk membuat ‘sumur’ pada masing-masing frames. Gel pun
ditunggu sekitar 20-30 menit hingga terbentuk menjadi lebih padat.

2.3.4. Persiapan Sampel

Masing-masing sampel ditimbang sebanyak 1 gram dengan timbangan ohaus,
kemudian masing-masing sampel diberi label pada microtubenya, dengan label T untuk MJ
Terasi Rebon, P untuk Cincalok, U untuk petis udang, K untuk kecalo, R untuk rusip, dan D
untuk Terasi Daun. Kemudian, masing-masing sampel ditambahkan fosfat buffer salin 2 ml
dengan perbandingan sampel dan buffer 1 : 2. Tiap campuran divortex selama 2 menit dan
disentrifugasi 3000 rpm selama 10 menit.

2.3.5. Pembuatan Running Buffer

Dicampurkan 950 μl laemmi sample buffer dengan 50 μl beta ME, kemudian larutan
pun divortex. Selanjutnya, running buffer dimasukkan ke dalam masing-masing sampel dengan
mengambil bagian supernatan larutan running buffer (berupa cairan diatas microtube) sebanyak
30 μl, kemudian dicampurkan dengan 30 μl pada setiap sampel. Agar homogen, setiap larutan
divortex. Lalu, tabung-tabung tersebut dipanaskan selama 5 menit dalam air mendidih.

2.3.6. Elektroforesis
Frames pun dipasang pada alat elektroforesis dan alat elektroforesis disusun
sedemikian rupa seperti gambar dibawah ini. Kabel yang dipasang pun harus dipastikan sesuai
dengan warnanya.

Gambar 3. Skema Alat Elektroforesis (6)

Pada bagian dalam casting frame, larutan buffer diisikan hingga penuh, sementara
bagian luar diisi hanya setengah penuh saja. Kemudian, ‘sumur’ disiapkan dengan melepaskan
comb yang masih terpasang pada frames. Kemudian, pada sumur ke-2 diinjeksikan sebanyak 7
μl protein marker (dual color), sementara sumur ke-4 hingga 9 diinjeksikan 7 μl masing-
masing sampel.
Langkah diatas diulangi pada frames yang sebaliknya, dimana pada sumur ke-2
diinjeksikan sebanyak 7 μl protein marker (unstained), sementara sumur ke-4 hingga 9
diinjeksikan 7 μl masing-masing sampel. Alat elektroforesis ini diletakkan pada wadah yang
 telah diisi dengan air dingin dan ice gel, kemudian ditutup dan dihubungkan dengan power
supply yang diatur untuk memiliki tegangan sebesar 120 volt. Alat elektroforesis pun diamati.
Apabila terdapat gelembung kecil, maka arus listrik telah mengalir. Alat ini ditunggu sekitar 1-
1,5 jam hingga sampel pada setiap ‘sumur’ turun seluruhnya. Setelah itu, frames yang
diinjeksikan protein marker unstained diberi label A dan yang diinjeksikan protein marker dual
color diberi label B.
Selanjutnya, gel pada frames A dan B dilepaskan dengan hati-hati. Kemudian, masing-
masing gel pun direndam dengan staining CBB R-250 selama 24 jam pada suhu ruang sambil
digoyangkan terus menerus. Setelah itu, gel dibilas dengan destaining CBB R-250 hingga
warnanya jernih kembali. Kemudian, diukur jarak running pada gel sebagaimana gambar
dibawah ini.

Gambar 4. Pengukuran Jarak Running

Berdasarkan video praktikum, didapatkan hasil bahwa jarak running adalah 6,3 cm.
Selanjutnya, masing-masing gel pun dimasukkan ke dalam plastik mika yang telah diberi label
untuk dibandingkan hasilnya dengan protein standar yang telah diketahui berat molekulnya
untuk mengetahui berat molekul sampel.

3 HASIL DAN DISKUSI

Pada praktikum kali ini, digunakan metode elektroforesis SDS-PAGE untuk karakterisasi protein
berdasarkan berat molekulnya. Prinsip kerja SDS-PAGE adalah menggunakan suatu medan listrik
untuk menggerakkan molekul yang telah dimuati listrik melalui matriks dari senyawa polimerasi.
Pada praktikum kali ini, digunakan gel poliakrilamida sebagai media tersebut. Kecepatan masing-
masing molekul pun tergantung pada sifat kedua sistem pemisahan dan molekulnya sendiri. Secara
umum, molekul yang telah dimuati listrik dan berukuran lebih kecil akan bermigrasi lebih cepat
melalui gel daripada molekul yang berukuran lebih besar. Maka dari itu, berat molekul yang terkecil
pada hasil elektroforesis nantinya akan menempati bagian terbawah gel, begitu pula sebaliknya. Agar
terlihat dengan jelas, maka digunakan Coomasie Brilliant Blue (CBB) sebagai pewarna sehingga
nantinya akan terlihat noda kebiruan yang membentuk beberapa garis pada gel (5). Berikut ini adalah
hasil elektroforesis SDS-PAGE dari kedua jenis protein marker, yaitu unstained dan dual color.

KETERANGAN
1=-
2 = Unstained
3=-
4 = Petis
5 = Terasi
6 = Cincalok
7 = Kecalok
8 = Terasi Juwana
9 = Rusip

Gambar 5. Hasil SDS-PAGE Protein Marker Unstained (Label A)

KETERANGAN
1=-
2 = Dual Color
3=-
4 = Petis
5 = Terasi
6 = Cincalok
7 = Kecalok
8 = Terasi Juwana
9 = Rusip

Gambar 6. Hasil SDS-PAGE Protein Marker Dual Color (Label B)

Pembacaan berat molekul sampel pun dapat dilihat dari pita yang terbentuk oleh marker. Untuk
mengkalkulasikan hal tersebut, dilakukan kalkulasi untuk menghitung mobilitas relatif (Rf), baik
pada protein marker maupun pada sampel dengan rumus sebagai berikut.
jarak migrasi sampel (cm)
Rf =
jarak running(cm)

Selanjutnya, dengan menggunakan berat molekul protein marker yang telah diketahui, dilakukan
plotting dan membuat regresi linear dengan persamaan y = ax + b, dimana x = Rf dan y = logBM.
Maka dari itu, berat molekul sampel dapat dihitung dengan rumus BM = anti log y. Berikut ini adalah
hasil pengamatan dan perhitungan berat molekul dari masing-masing label.

3.1 Perhitungan Berat Molekul Label A

3.1.1 Hasil Pengamatan Protein Marker Unstained (Sampel 2)

Tabel 1. Hasil Pengamatan Protein Marker Unstained

Pita ke- Jarak Migrasi Jarak Running Rf (x) Berat logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)

1 5,1 6,3 0,809 15 1,176

2 4,7 6,3 0,746 20 1,301
3 3,6 6,3 0,571 40 1,602
4 2,9 6,3 0,460 75 1,875
5 2,3 6,3 0,365 120 2,079
6 1,9 6,3 0,302 150 2,176
7 1,6 6,3 0,254 200 2,301
8 1,3 6,3 0,206 250 2,398

Kurva logBM :

logBM Protein Marker Unstained

3
2.5
f(x) = − 2.03400048286783 x + 2.80753047411103
logBM

2
R² = 0.998004343715779
1.5
1
0.5
0
0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9
Rf
logBM Protein Marker Unstained

Maka, persamaan untuk protein marker unstained (label A) adalah y = -2,034x + 2,8075.

3.1.2 Hasil Pengamatan Sampel Fermentasi Hasil Laut Label A

 Tabel 2. Hasil Pengamatan Sampel Label A

Sampel 4 (Petis)
Jarak Migrasi Jarak Running Berat
Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)

0 0 6,3 0 0 0

Sampel 5 (MJ Terasi Rebon)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat
Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
1 2,1 6,3 0,333 2,130 134,952
2 2,9 6,3 0,460 1,872 74,449
3 3,9 6,3 0,619 1,548 35,355
4 4,2 6,3 0,667 1,451 28,237
5 4,7 6,3 0,746 1,290 19,505
6 5,0 6,3 0,794 1,193 15,578

Sampel 6 (Cincalok)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat

Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
1 2,1 6,3 0,333 2,130 134,952
2 2,4 6,3 0,337 2,122 132,447
3 2,8 6,3 0,444 1,904 80,242
4 3,8 6,3 0,603 1,581 38,106
5 4,2 6,3 0,667 1,451 28,237

Sampel 7 (Kecalok)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat

Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
0 0 6,3 0 0 0

Sampel 8 (Terasi Juwana)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat

Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
0 0 6,3 0 0 0

Sampel 9 (Rusip)
Pita ke- Jarak Migrasi Jarak Running Rf (x) logBM (y) Berat
 Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
1 3,9 6,3 0,619 1,548 35,355
2 4,4 6,3 0,698 1,388 24,421

3.2 Perhitungan Berat Molekul Label B

3.2.1 Hasil Pengamatan Protein Marker Dual Color (Sampel 2)

Tabel 3. Hasil Pengamatan Protein Marker Dual Color

Pita ke- Jarak Migrasi Jarak Running Rf (x) Berat logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)

1 5,2 6,3 0,825 15 1,176

2 4,8 6,3 0,762 20 1,301
3 3,7 6,3 0,587 37 1,568
4 3,0 6,3 0,476 60 1,778
5 2,2 6,3 0,349 100 2,000
6 1,8 6,3 0,286 130 2,114
7 1,5 6,3 0,238 200 2,301
8 1,2 6,3 0,190 250 2,398

Kurva logBM :

logBM Protein Marker Dual Color

3
2.5
2 f(x) = − 1.8713747479322 x + 2.69805180488403
logBM

R² = 0.99093503654217
1.5
1
0.5
0
0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9
Rf
logBM Protein Marker Dual Color

Maka, persamaan untuk protein marker dual color (label B) adalah y = -1,8714x + 2,6981.

3.2.2 Hasil Pengamatan Sampel Fermentasi Hasil Laut Label B

 Tabel 4. Hasil Pengamatan Sampel Label B

Sampel 4 (Petis)
Jarak Migrasi Jarak Running Berat
Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
0 0 6,3 0 0 0

Sampel 5 (MJ Terasi Rebon)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat

Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
1 1,9 6,3 0,302 2,134 136,053
2 2,7 6,3 0,429 1,896 78,718
3 3,8 6,3 0,603 1,569 37,095
4 4,4 6,3 0,698 1,391 24,609
5 4,7 6,3 0,746 1,302 20,044

Sampel 6 (Cincalok)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat

Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
1 1,9 6,3 0,302 2,134 136,053
2 2,2 6,3 0,349 2,045 110,814
3 2,6 6,3 0,413 1,926 84,290
4 3,3 6,3 0,524 1,718 52,221
5 3,8 6,3 0,603 1,569 37,095
6 4,2 6,3 0,667 1,451 28,216

Sampel 7 (Kecalok)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat

Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
0 0 6,3 0 0 0

Sampel 8 (Terasi Juwana)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat

Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)

0 0 6,3 0 0 0

Sampel 9 (Rusip)

Jarak Migrasi Jarak Running Berat

Pita ke- Rf (x) logBM (y)
Sampel (cm) (cm) Molekul (kD)
 0 0 6,3 0 0 0

Berdasarkan hasil dan perhitungan diatas, didapatkan persamaan yang berbeda antara grafik
linear pada label A dan B, dimana label A yang menggunakan protein marker unstained memiliki
persamaan y = -2,034x + 2,8075 dengan R2 = 0,998. Sementara itu, label B yang menggunakan
protein marker dual color memiliki persamaan y = -1,8714x + 2,6981 dengan R 2 =
0,9909.
Berdasarkan hasil elektroforesis, hanya beberapa sampel saja yang terlihat hasilnya dan dapat
dihitung berat molekulnya. Sampel yang terlihat pada kedua label adalah MJ Terasi Rebon dan
Cincalok, sementara itu untuk sampel Rusip hanya terlihat pada label A saja.
Berdasarkan hasil perhitungan pada protein MJ Terasi Rebon di label A, didapatkan hasil bahwa
sampel ini memiliki berat molekul sekitar 134,952 hingga 15,578 kD. Sementara itu, berdasarkan
perhitungan label B, protein MJ Terasi Rebon memiliki berat molekul sekitar 136,053 hingga 20,044
kD. Berdasarkan hasil perhitungan pada protein Cincalok di label A, didapatkan hasil bahwa sampel
ini memiliki berat molekul sekitar 134,952 hingga 28,237 kD. Sementara itu, berdasarkan
perhitungan label B, protein Cincalok memiliki berat molekul sekitar 136,053 hingga 28,216 kD.
Berdasarkan perhitungan pada label A, didapatkan hasil bahwa protein Rusip memiliki berat molekul
35,355 hingga 24,421 kD. Untuk sampel lainnya, dikarenakan tidak terlihat noda pada gel yang
digunakan, maka berat molekul tidak dapat dihitung atau dapat dinyatakan bahwa berat molekulnya
sangat kecil.
Hasil dari berat molekul dan elektroforesis SDS-PAGE ini dipengaruhi oleh laju pergerakan
molekul. Hal tersebut dipengaruhi oleh beberapa hal sebagai berikut (3–5,7).
 Jumah muatan, ukuran dan bentuk molekul
Semakin besar ukuran molekul, maka pergerakan akan semakin lambat. Sementara itu, bentuk
molekul yang sekunder atau tersier memiliki pergerakan yang lebih lambat dibandingkan dengan
protein primer. Jumlah muatan total juga berbanding lurus dengan laju perpindahan, dimana
sampel dengan muatan total yang banyak akan memiliki laju perpindahan yang lebih lambat.
 Jenis gel, konsentrasi dan pori-pori gel
Setiap jenis gel memiliki sifat porous dan ukuran lubang yang berbeda. Pada gel akrilamida
yang juga digunakan pada praktikum ini, gel tersebut memiliki sifat porous yang baik dengan
ukuran pori berkisar dari 0,6-4,0 nm. Ukuran pori-pori ini juga dapat diatur dari konsentrasi
akrilamida. Konsentrasi gel juga memiliki dampak yang berbeda terhadap pergerakan protein.
Pada konsentrasi gel yang rendah, maka pergerakan protein lebih cepat, begitu pula sebaliknya.
 Tegangan listrik
 Semakin tinggi tegangan listrik yang digunakan, maka pergerakan protein dalam gel lebih
cepat, sementara pada tegangan listrik yang rendah, maka pergerakan proteinnya juga lebih
lambat.
 Larutan buffer dan pH
Larutan buffer berfungsi untuk mempertahankan pH di dalam medium pemisah, dan
berfungsi sebagai media penyedia elektrolit pada proses pergerakan aliran listrik sehingga
berpengaruh pada proses elektroforesis. Maka dari itu, larutan buffer yang digunakan harus
tepat, karena larutan ini juga dapat memengaruhi pH. Besar pH sangat berpengaruh, dikarenakan
akan memengaruhi titik isoelektrik protein yang memengaruhi tingkat dan arah pergerakan
protein pula.

4 KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum kali ini, prinsip dari elektroforesis SDS-PAGE adalah menggunakan
suatu medan listrik untuk menggerakkan molekul yang telah dimuati listrik melalui matriks dari
senyawa polimerasi, yaitu gel akrilamida. Dengan prinsip ini, sampel yang terlihat pada hasil gel
elektroforesis label A dan B adalah MJ Terasi Rebon, Cincalok dan Rusip. Berdasarkan perhitungan
dari persamaan regresi linear yang telah ada, didapatkan kesimpulan bahwa MJ Terasi Rebon
memiliki berat molekul sekitar 15,578-136,053 kD, sementara berat molekul cincalok sekitar 28,216-
136,053 kD dan berat molekul Rusip sekitar 35,355-24,421 kD. Hal ini dipengaruhi oleh beberapa
hal, seperti jumlah muatan, ukuran dan berat molekul, jenis gel, konsentrasi gel dan ukuran pori-pori
gel, tegangan listrik, larutan buffer dan pH yang berbeda-beda tergantung kondisi saat elektroforesis
berlangsung.
 DAFTAR PUSTAKA

1. Handayani Purba D, Marzuki I, Dailami M, Ade Saputra H, Mawarti H, Guming K, et al.

Biokimia. Jakarta: Yayasan Kita Menulis. (2021).

2. Laksamana Tarigan I. Dasar-dasar kimia air, makanan dan minuman. Malang: Media Nusa
Creative. (2019).

3. Bintang M, Rahmawati F, Maghraniq Safira U, Andrianto D. Biokimia Fisik. Bogor: IPB Press.
(2020).

4. Santoso U, Setyaningsih W, Ningrum A, Ardhi A, Sudarmanto. Analisis Pangan. Yogyakarta:

UGM Press. (2020).

5. Widyanto RM, Muslihah N, Yudani T, Sarita I, Yanuar C, Rizky A. Gizi Molekuler. Malang: UB
Press. (2021).

6. Mendel Y, Kaisermann J, Pawlowski M. Teknik Biologi Molekuler II. Britania Raya: Cambridge
Stanford Books. (2012).

7. Harahap MR. Elektroforesis : Analisis Elektronika Terhadap Biokimia Genetika. CIRCUIT J Ilm
Pendidik Tek Elektro. (2018) 2(1) : 21–6.