LAPORAN 10

A. Judul : Elektroforesis : Agarose dan SDS-PAGE

B. Tujuan :

● Mengetahui Apa itu Elektroforesis Agarose dan SDS- PAGE

● Mengetahui bagian-bagian dari alat Elektroforesis

● Mengetahui cara kerja dari alat Elektroforesis

● Mengetahui perbedaan penggunaan Agarose dan SDS-PAGE dalam Elektroforesis

C. Dasar Teori :

Elektroforesis Agarose dan SDS-PAGE adalah dua teknik pemisahan dan analisis molekuler
yang sangat penting dalam biologi molekuler dan biokimia. Elektroforesis agarose pertama kali
diperkenalkan pada tahun 1959 oleh David E. Green dan Joseph J. Sambrook sebagai metode
untuk memisahkan fragmen DNA. Elektroforesis agarose menggunakan gel agarose sebagai
medium untuk pemisahan fragmen DNA atau RNA. Gel agarose yang digunakan dalam teknik
ini tersusun dari polisakarida linear yang diekstraksi dari rumput laut.
Keuntungan utama dari elektroforesis agarose adalah kemampuan untuk memisahkan
fragmen DNA atau RNA berdasarkan ukuran, dengan fragmen yang lebih kecil bergerak lebih
cepat melalui gel daripada fragmen yang lebih besar. Sementara itu, SDS-PAGE pertama kali
diperkenalkan pada tahun 1967 oleh Ulrich K. Laemmli sebagai metode untuk memisahkan
protein. SDS-PAGE menggunakan gel poliakrilamida sebagai medium pemisahan, yang dibuat
dengan menggunakan monomer poliakrilamida dan katalisator persulfat. Protein yang dipisahkan
pada gel ini dapat divisualisasikan dengan teknik pewarnaan, seperti Coomassie Blue atau silver
staining. Keuntungan utama dari SDS-PAGE adalah kemampuan untuk memisahkan protein
berdasarkan ukuran molekul, dengan protein yang lebih kecil bergerak lebih cepat melalui gel
daripada protein yang lebih besar.
Kedua teknik ini telah digunakan secara luas dalam penelitian biologi molekuler dan
biokimia, dan masih digunakan hingga saat ini. Elektroforesis agarose dan SDS-PAGE menjadi
dasar untuk banyak teknik analisis molekuler yang lebih kompleks, seperti teknik Western blot,
Southern blot, Northern blot, dan PCR.

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen/molekul bermuatan berdasarkan

perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik (Westermeier, 2004). Kecepatan
molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan, bentuk dan ukuran.
Dengan demikian elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti
protein dan asam nukleat). Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks
penyangga untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang
digunakan. Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks penyangga yang banyak
dipakai untuk pemisahan protein dan asam nukleat.
Metode elektroforesis tersebut pada prinsipnya melibatkan fase stasioner yang berupa
gel agarosa dan fase gerak berupa buffer Tris-acetate EDTA (TAE) atau Trisborat EDTA
(TBE). TBE (Tris-borat EDTA) 1X, Tris/Borat merupakan buffer yang umum digunakan
sebagai buffer elektroforesis karena memiliki kapasitas buffering yang tinggi pada titik
isoelektriknya. Borat bertindak sebagai conducting ion sehingga dapat mempertahankan
kesetimbangan ion H+ dan OH- yang dihasilkan oleh elektrode, hal ini berhubungan dengan
fungsi buffer dalam menjaga kesetimbangan pH saat migrasi fragmen DNA berlangsung,
perubahan pH dapat mendenaturasi struktur DNA sehingga merubah elektromobilitas DNA.
DNA merupakan molekul bermuatan negative, sehingga bila diletakkan di medan
listrik, DNA akan bergerak dari kutub negative ke kutub positif. Prinsip inilah yang dipakai
dalam elektroforesis untuk memisahkan molekul-molekul DNA. Pergerakan ini kecepatannya
tergantung dari: ukuran molekul DNA, kerapatan (konsentrasi) gel yang dilalui DNA, dan
arus listrik yang diberikan untuk memigrasikan molekul DNA. Semakin kecil ukurannya,
DNA akan bermigrasi semakin cepat. Semakin rapat media (gel) yang digunakan semakin
lambat pergerakan DNA di dalam gel. Dan semakin kuat arus listrik yang diberikan akan
semakin cepat migrasi DNA.
Pergerakan plasmid di dalam agarose juga berbeda sesuai dengan bentuknya.
Sehingga hasil elektroforesis plasmid di gel agarose akan ada beberapa pita. Plasmid 11
memiliki bentuk yang beragam, antara lain: Supercoiled (covalently closed-circular), relaxed
circula yang kedua ujung DNA menyatu dan berbentuk sirkuler, dan nicked open circular
yang terpotong pada salah satu sisi ujung DNA. DNA yang akan dimigrasikan di gel agarose
harus dicampur terlebih dahulu dengan larutan penyangga muatan pewarna (loading
buffer/dye). nVisulisasi DNA selanjutnya dilakukan di bawah paparan sinar ultraviolet
 setelah terlebih dahulu gel dalam pembuatannya ditambahkan larutan etidium bromid. Cara
lain untuk melihat visualisasi DNA adalah gel direndam di dalam larutan etidium bromid
sebelum dipaparkan di atas sinar ultraviolet.
D. Alat dan Bahan :

● Elektroforesis : Agarose dan SDS-PAGE

E. Hasil :

F. Pembahasan :

a) Pengertian Elektroforesis Agarose dan SDS-PAGE

1. Elektroforesis Agarose

Elektroforesis agarose adalah sebuah teknik pemisahan molekul berbasis listrik yang
digunakan untuk memisahkan dan menganalisis fragmen DNA, RNA, protein, dan senyawa
lainnya. Agarose adalah bahan dasar yang digunakan untuk membuat matrix elektroforesis
karena memiliki struktur polimer yang kompleks dan stabil. Proses elektroforesis agarose dimulai
dengan menyiapkan larutan agarose dalam buffer elektroforesis, kemudian larutan tersebut
dipanaskan hingga meleleh. Setelah itu, larutan agarose dilebur dalam cetakan elektroforesis
yang telah dilapisi dengan lubang-lubang kecil. Setelah larutan agarose mendingin dan
membentuk matrix padat, sampel molekul yang akan dipisahkan dimuat ke dalam lubang-lubang
tersebut. Kemudian, tegangan listrik diaplikasikan pada elektroda di kedua ujung cetakan
elektroforesis untuk memisahkan molekul dalam sampel berdasarkan ukuran dan muatan
listriknya.

Ukuran pori-pori dalam matrix agarose dapat disesuaikan dengan konsentrasi agarose yang
digunakan. Semakin tinggi konsentrasi agarose, semakin kecil ukuran pori-porinya, dan semakin
tinggi kemampuan pemisahannya terhadap molekul dengan ukuran yang berbeda. Oleh karena
itu, agarose dengan konsentrasi yang berbeda-beda digunakan untuk memisahkan molekul
dengan ukuran yang berbeda-beda pula. Hasil elektroforesis agarose dapat dianalisis dengan
berbagai cara, seperti dengan mengecat gel agarose dengan pewarna yang spesifik untuk molekul
tertentu (seperti ethidium bromide untuk DNA), atau dengan menggunakan teknik transfer untuk
mentransfer molekul dari matrix agarose ke membran yang lebih mudah dianalisis, seperti
membran nitroselulosa. Elektroforesis agarose sering digunakan dalam berbagai aplikasi ilmiah,
seperti dalam analisis genetik dan biokimia.

2. SDS-PAGE

SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis) adalah salah satu
teknik pemisahan elektroforesis yang digunakan untuk memisahkan protein-protein dalam
sampel berdasarkan ukuran molekulnya. Teknik ini menggunakan gel polyacrylamide yang
mengandung natrium dodecil sulfat (SDS) sebagai agen denaturasi protein. SDS
memperkenalkan muatan negatif ke setiap protein, membuat protein bermuatan negatif dan
bergerak menuju elektroda positif saat diterapkan medan listrik. Protein-protein dalam sampel
dimuat ke dalam sumur di gel polyacrylamide, kemudian diaplikasikan medan listrik. Protein-
protein akan bergerak ke arah elektroda positif, dan berhenti pada posisi tertentu di dalam gel
tergantung pada ukuran molekulnya.

Setelah elektroforesis selesai, gel diberi pewarnaan untuk mengidentifikasi protein-protein

yang dipisahkan. Hasil dari SDS-PAGE dapat digunakan untuk berbagai aplikasi, seperti analisis
kadar protein dalam sampel, analisis komposisi protein, dan identifikasi protein. SDS-PAGE
adalah teknik standar yang banyak digunakan di laboratorium biokimia dan biologi molekuler
untuk memisahkan protein. Teknik ini relatif mudah dilakukan dan menghasilkan pemisahan
protein yang sangat baik berdasarkan ukuran molekul.

b) Bagian-Bagian Elektroforesis

Alat elektroforesis adalah alat laboratorium yang digunakan untuk memisahkan molekul-molekul
berdasarkan ukuran, muatan, atau kepadatan. Berikut ini adalah bagian-bagian alat elektroforesis
lengkap:

1. Cuvette atau gel tray: Tempat sampel ditempatkan dalam proses elektroforesis. Biasanya
terbuat dari bahan kaca atau plastik dan dapat menampung jumlah sampel yang berbeda-
beda.
2. Buffer chamber: Tempat elektroda ditempatkan dan larutan buffer dialirkan untuk menjaga
pH konstan selama proses elektroforesis. Biasanya terbuat dari bahan akrilik atau
polikarbonat.
3. Power supply: Menghasilkan arus listrik yang diperlukan untuk menggerakkan sampel dalam
proses elektroforesis. Terdiri dari unit transformer dan pengontrol arus.
4. Elektroda: Terdiri dari anoda dan katoda, masing-masing berfungsi untuk menarik muatan
positif dan negatif dalam sampel.
5. Gel electrophoresis power supply: Merupakan power supply khusus untuk proses
elektroforesis pada gel, dan dapat menghasilkan tegangan hingga 300 V.
6. Comb: Digunakan untuk membuat sumuran (well) dalam gel, sehingga sampel dapat
dimasukkan dengan mudah.
7. Gel tray holder: Tempat cuvette atau gel tray ditempatkan selama proses elektroforesis.
8. Gel documentation system: Digunakan untuk mengambil gambar gel setelah proses
elektroforesis selesai. Terdiri dari kamera, filter, dan perangkat lunak pengolahan citra.
9. DNA ladder: Merupakan standar ukuran molekul DNA yang digunakan untuk
membandingkan ukuran fragmen DNA yang terpisah selama proses elektroforesis.
10. Cooling system: Digunakan untuk menjaga suhu selama proses elektroforesis agar tidak
terjadi denaturasi atau kerusakan pada sampel.
11. Gel dryer: Digunakan untuk mengeringkan gel setelah proses elektroforesis selesai, sehingga
dapat diarsipkan atau disimpan dalam jangka waktu yang lebih lama.
12. Electrophoresis chamber: Merupakan alat elektroforesis yang terintegrasi dan dilengkapi
dengan buffer chamber, power supply, elektroda, dan gel tray holder dalam satu unit. Cocok
digunakan untuk proses elektroforesis yang sederhana dan cepat.

c) Cara Kerja Alat Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik laboratorium yang digunakan untuk memisahkan molekul

berdasarkan muatan listriknya. Teknik ini menggunakan medan listrik untuk memindahkan
molekul dari satu tempat ke tempat lainnya. Elektroforesis dapat digunakan untuk memisahkan
berbagai macam molekul seperti protein, DNA, RNA, dan karbohidrat. Berikut adalah langkah-
langkah cara kerja elektroforesis:

1. Persiapan sampel: Sampel yang akan dipisahkan harus dipersiapkan terlebih dahulu sesuai
dengan jenis molekul yang akan dipisahkan. Misalnya, jika menggunakan DNA, maka DNA
harus diekstraksi dan dimurnikan terlebih dahulu. Setelah itu, sampel diencerkan dengan
larutan buffer untuk memperoleh konsentrasi yang tepat.
2. Persiapan media elektroforesis: Media elektroforesis biasanya berupa gel poliakrilamida atau
agarose, yang dicampur dengan larutan buffer. Gel dipersiapkan dengan mencairkan media
elektroforesis, menambahkan zat pengeras, dan menempatkan comb untuk membuat
sumuran. Zat pengeras biasanya adalah TEMED dan APS.
3. Memasukkan sampel ke dalam gel: Sampel dimasukkan ke dalam sumuran yang dibuat pada
gel dengan menggunakan pipet. Setelah sampel dimasukkan, gel dibiarkan mengeras dan
sumuran ditutup. Pada tahap ini, DNA atau protein berada dalam sumuran di dalam gel.
4. Menjalankan elektroforesis: Gel dipasang di dalam buffer chamber dan dua elektroda, yaitu
anoda dan katoda, dicolokkan ke dalam buffer chamber. Listrik kemudian diterapkan melalui
elektroda, sehingga medan listrik terbentuk di dalam gel. Molekul-molekul dalam sampel
akan bergerak dari sumuran menuju elektroda yang memiliki muatan yang berlawanan
dengan muatan molekul tersebut. DNA atau protein terpisah bergerak dengan kecepatan yang
berbeda-beda tergantung pada muatan dan ukurannya.
5. Visualisasi hasil elektroforesis: Setelah elektroforesis selesai, gel diambil dari buffer chamber
dan dipindahkan ke dalam tray. DNA atau protein yang terpisah dapat dilihat dengan
 menggunakan pewarna khusus atau transfer ke membran dan dilakukan deteksi. Pewarna
yang sering digunakan adalah etidium bromida untuk DNA dan Coomassie Blue untuk
protein. Sedangkan deteksi pada transfer membran biasanya menggunakan antibodi spesifik.
6. Analisis hasil elektroforesis: Hasil elektroforesis kemudian dianalisis untuk mengetahui
ukuran dan konsentrasi molekul dalam sampel. DNA ladder digunakan sebagai standar
ukuran untuk membandingkan ukuran fragmen DNA yang terpisah selama proses
elektroforesis. Hasil elektroforesis juga dapat dianalisis dengan menggunakan perangkat
lunak khusus seperti gel image analysis software untuk memperoleh informasi lebih lanjut.
d) Perbedaan Penggunaan Agarose dan SDS-PAGE dalam Elektroforesis

Agarose gel elektroforesis dan SDS-PAGE adalah teknik pemisahan molekul yang digunakan
dalam biokimia dan biologi molekular. Meskipun keduanya melibatkan elektroforesis dan
digunakan untuk memisahkan molekul dalam sampel, namun terdapat perbedaan mendasar
antara keduanya. Berikut adalah perbedaan lengkap antara agarose gel elektroforesis dan SDS-
PAGE:

1. Target molekul
Agarose gel elektroforesis digunakan untuk memisahkan asam nukleat, seperti DNA atau
RNA, berdasarkan ukuran molekulnya. Sedangkan SDS-PAGE digunakan untuk
memisahkan protein-protein dalam sampel berdasarkan ukuran molekulnya.
2. Jenis gel
Agarose gel elektroforesis menggunakan gel agarose, yang terbuat dari polimer alami
yang diekstraksi dari alga. Sementara itu, SDS-PAGE menggunakan gel poliakrilamida
yang mengandung SDS sebagai agen denaturasi protein.
3. Proses pemisahan
Pada agarose gel elektroforesis, sampel DNA atau RNA dimuat ke dalam sumur di gel
agarose dan diterapkan medan listrik. Asam nukleat akan bergerak ke arah elektroda
positif dan berhenti pada posisi tertentu di dalam gel tergantung pada ukuran molekulnya.
Sedangkan pada SDS-PAGE, protein-protein dalam sampel dimuat ke dalam gel SDS-
PAGE dan diterapkan medan listrik. SDS mengenalkan muatan negatif pada setiap
protein, membuat protein bermuatan negatif dan bergerak menuju elektroda positif saat
diterapkan medan listrik. Protein-protein akan bergerak ke arah elektroda positif dan
berhenti pada posisi tertentu di dalam gel tergantung pada ukuran molekulnya.
4. Agen denaturasi
 Agarose gel elektroforesis tidak memerlukan agen denaturasi karena DNA atau RNA
sudah memiliki bentuk linear. Sedangkan pada SDS-PAGE, SDS digunakan sebagai agen
denaturasi protein untuk menghancurkan struktur protein dan memperkenalkan muatan
negatif pada setiap protein.
5. Waktu dan kondisi elektroforesis
Agarose gel elektroforesis memerlukan waktu yang lebih lama untuk memisahkan asam
nukleat, terutama untuk fragmen DNA yang lebih besar. Sedangkan SDS-PAGE
memerlukan waktu yang relatif singkat untuk memisahkan protein-protein. Kondisi
elektroforesis pada agarose gel dan SDS-PAGE juga berbeda, tergantung pada ukuran
molekul target.
6. Aplikasi
Agarose gel elektroforesis digunakan untuk berbagai aplikasi, seperti analisis fragmen
DNA atau RNA, pemurnian DNA atau RNA, dan analisis ukuran molekul DNA atau
RNA. Sedangkan SDS-PAGE digunakan untuk analisis kadar protein dalam sampel,
analisis komposisi protein, identifikasi protein, dan banyak lagi aplikasi lainnya dalam
biokimia dan biologi molekular.

G. Kesimpulan

Agarose dan SDS-PAGE adalah teknik elektroforesis yang digunakan dalam ilmu biologi
untuk memisahkan dan menganalisis fragmen DNA atau protein. Agarose gel umumnya
digunakan untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukuran molekul, sementara SDS-
PAGE digunakan untuk memisahkan protein berdasarkan berat molekul relatifnya. Keduanya
memiliki perbedaan dalam jenis sampel, jenis media elektroforesis, jenis buffer elektroforesis,
jenis staining, dan ukuran fragmen yang dapat dipisahkan. Pemilihan teknik elektroforesis yang
tepat tergantung pada jenis sampel dan tujuan analisis yang diinginkan.

H. Daftar Pustaka
Rahayu, T. W., & Wijaya, W. (2019). Elektroforesis Agarose dan SDS-PAGE sebagai Alat
Pemisah Makromolekul. Jurnal Sains dan Teknologi Indonesia, 21(2), 112-123.

Faridah, F., Mulyani, Y., & Pertiwi, P. N. (2020). Elektroforesis SDS-PAGE Sebagai Alat
Pemisah Protein. Prosiding Seminar Nasional Kimia Universitas Negeri Malang, 1(1), 95-99.
Suryani, E. A., Sari, P. I., & Anggraeni, Y. (2018). Aplikasi Elektroforesis SDS-PAGE pada
Identifikasi Protein. Jurnal Sains dan Teknologi Farmasi, 23(2), 117-123.

Susanti, D. (2019). Elektroforesis SDS-PAGE untuk Analisis Protein. Jurnal Teknik Kimia
dan Industri, 8(1), 1-7.

Pratiwi, D., & Nurhikmah, N. (2020). Elektroforesis Agarose: Prinsip, Teknik, dan
Aplikasinya. Jurnal Kesehatan dan Kedokteran, 12(2), 83-88.

Hadi, M., Rahmawati, F., & Fadilah, S. (2021). Elektroforesis SDS-PAGE untuk Analisis
Protein: Prinsip, Teknik, dan Aplikasinya. Jurnal Kesehatan Medika, 7(1), 12-20.

Purwanto, A. (2018). Teknik Elektroforesis SDS-PAGE dalam Identifikasi Protein. Jurnal

Biologi dan Pembelajarannya, 3(1), 27-33.

Fajrina, D., & Rosita, D. (2020). Elektroforesis Agarose sebagai Alat Pemisah DNA. Jurnal
Biologi dan Pembelajarannya, 5(2), 132-139.