BAB I

PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Metode pemisahan merupakan aspek penting dalam bidang ilmu kimia karena
kebanyakan materi yang terdapat di alam dapat berupa campuran. Untuk memperoleh materi
murni dari suatu campuran, kita harus melakukan suatu pemisahan. Berbagai
teknik pemisahan dapat diterapkan untuk memisahkan campuran. Seiring dengan kemajuan
zaman yang semakin pesat di negara-negara berkermbangakan selalu diikuti pula dengan
kemajuan ilmu pengetahuan yang semakin marak di bidang teknologi. Ringkasnya metode
elektroforesis ini mulai berkembang akhir abad ke 19 setelah ditemukan penelitianyang
menunjukkan adanya efek dari listrik terhadap partikel-partikel atau molekul-molekulyang
bermuatan listrik, dalam hal ini termasuk juga protein.
B. Pengertian Elektroforesis
Elektroforesis berasal dari bahasa Yunani yang mempunyai arti transport atau
perpindahan melalui partikel-partikel listrik. Metode elektroforesis telah digunakan dan
dikembangkan dalam teknik analisa untuk penelitian di bidang biologi dan genetika. Metode
tersebut berkembang sangat pesat sekali di zaman kemajuan teknologi, disebabkan karena
pengerjaannya yang sangat sederhana dan sangat mudah. Didalam ilmu biologi maupun
biologi molecular, metode elektroforesis banyak digunakan untuk taksonomi, sistematik, dan
genetic dari hewan ataupun tumbuhan.
Elektroforesis merupakan Elektroforesis merupakan salah satu teknik analisis
DNA, RNA, protein, karbohidrat dan lain-lain yang berdasarkan pada bobot molekul
menggunakan muatan listrik. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan lisrtik
tergantung pada muatan, bentuk dan ukuran. Posisi molekul yang terseparasi pada gel
dapat di deteksi dengan pewarnaan atau autoradiografi, atau pun dilakukan
kuantifikasi dengan densitometer. Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan
pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif (anion), dalam hal tersebut DNA,
yang bergerak menuju kutub positif (katode), sedangkan partikel-partikel bermuatan
positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (anode).
Metode pemisahan elektroforesis didasarkan pada interaksi partikel-partikel
bermuatan oleh medan listrik. Partikel bermuatan listrik negatiaf akan bergerak ke
kutub positif (anoda). Sebaliknya , partikel bermuatan listrik positif akan bergerak ke

kutub negative (katoda). Sementara partikel netral tidak bergerak . Jadi medan listrik
menyebabkan pemisahan pada metode elktroforesis.
Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada
makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul yang bermuatan
negatif dilewatkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu
kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak
dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada
muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya.
Setelah proses elektroforesis selesai, dilakukan proses pewarnaan (staining) agar
molekul sampel yang telah terpisah dapat dilihat. Etidium bromida, perak, atau
pewarna "biru Coomassie" (Coomassie blue) dapat digunakan untuk keperluan ini.
Jika molekul sampel berpendar dalam sinar ultraviolet (misalnya setelah "diwarnai"
dengan etidium bromida).
Jenis-jenis elektroforessis terbagi menjadi 2:
1. Elektroforesis kertas
Elektroforesis kertas merupakan jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas
sebagai fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak,
terutama ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi
konsentrasi sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas
tergantung pada muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang
digunakan, konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan adsorpsivitas
zat terlarut.
Kelebihan Elektroforesis Kertas :

Proses migrasi lebih cepat

Pemisahan spot menjadi lebih kecil
Mudah memisahkan sample dengan spektrofotometri
Mudah dilarutkan dalam pelarut dalam jumlah sedikit

Kekurangan Elektroforesisi Kertas :

Adanya gangguan yang disebabkan oleh adalanya gugus OH yang terdapat
pada selulosa yang dapat berinteraksi dengan molekul polar sehingga daya
migrasi molekul terganggu dan menjadi lebih rendah.

2. Elektroforesis Gel

Elektroforesis gel merupakan elektroforesis yang menggunakan gel

sebagai fase diam untuk memisahkan molekul-molekul.
Ada 3 jenis gel yang dapat digunakan dalam elektoforesis DNA yaitu:
1. Gel poliakrilaramida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penandaan
oligonukleotida dan menganalisis hasil ekstensi primer.
2. Gel agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran besar.
3. Gel agarose elektroforesis gel poliakrilamid - SDS ( SDS-PAGE) berfungsi
untuk memisahkan protein berdasarkan sifat (pemisahan komponen atau
molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasi dan berat
molekulnya atau BM dalam sebuah medan listrik).
Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel kanji (sebagai fase
diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-protein.
Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media.
Elektroforesi gel merupakan salah satu teknik utama dalam biologi molekular.
Prinsip dasar teknik ini adalah bahwa DNA, RNA, atau protein dapat dipisahkan
oleh medan listrik. Untuk memisahkan asam nukleat yang lebih besar (lebih besar
dari beberapa ratus basa) gel yang digunakan adalah agarosa (dari ekstrak rumput
laut) yang sudah dimurnikan. Dalam proses elektroforesis, sampel molekul
ditempatkan ke dalam sumur (well) pada gel yang ditempatkan di dalam larutan
penyangga, dan listrik dialirkan kepadanya. Molekul-molekul sampel tersebut
akan bergerak di dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan
muatannya. Dalam hal asam nukleat, arah pergerakan adalah menuju
elektrodapositif, disebabkan oleh muatan negatif alami pada rangka gula-fosfat
yang dimilikinya.
Setelah proses elektroforesis selesai, dilakukan proses pewarnaan (staining)
agar molekul sampel yang telah terpisah dapat dilihat. Etidium bromida, perak,
atau pewarna "biru Coomassie" (Coomassie blue) dapat digunakan untuk
keperluan ini. Jika molekul sampel berpencar dalam sinar ultraviolet (misalnya
setelah "diwarnai" dengan etidium bromida). .
Pita-pita (band) pada lajur-lajur (lane) yang berbeda pada gel akan tampak
setelah proses pewarnaan; satu lajur merupakan arah pergerakan sampel dari
"sumur" gel. Pita-pitayang berjarak sama dari sumur gel pada akhir elektroforesis
mengandung molekul-molekul yang bergerak di dalam gel selama elektroforesis

dengan kecepatan yang sama, yang biasanya berarti bahwa molekul-molekul

tersebut berukuran sama. "Marka" atau penanda (marker) yang merupakan
campuran molekul dengan ukuran berbeda-beda dapat digunakan untuk
menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan mengelektroforesis marka
tersebut pada lajur di gel yang paralel dengan sampel. Pita-pita pada lajur marka
tersebut dapat dibandingkan dengan pita sampel untuk menentukan ukurannya.
Jarak pita dari sumur gel berbanding terbalik terhadap logaritma ukuran molekul.

Kelebihan Elektroforesis Gel :

Mudahnya mengamati reaksi kimia selama proses berlangsung
Sample dapat ditangani dengan baik dan cepat
Gel dari hasil percobaan dapat disimpan dalam kantong plastic dan didingin
dan setelah percobaan sehingga dapat dipaki untuk dokumentasi penting yang

dapat dipelajari lebih lanjut dilain waktu.

Kekurangan Elektroforesis Gel :
Rawan terjaddi kesalahan pada proses pemindahan campuran sample kedalam
slot gel, karena slot gel ukurannya sangat kecil.

Fungsi elektroforesis:
Menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi dan muatan dari protein

dan asam nukleat.

Sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan

komponen dari protein atau asam nukleat setiap induvidu.

Pada bidang kepolisian teknik metode in digunakan untuk pemeriksaan DNA

karakteristik khusus misalnya sidik jari.

Dalam bidang molekuler, elektroforesis merupakan salah satu cara untuk
memvisualisasikan keberadaaan DNA.

C. Tujuan
1. Mengetahui pengertian dam jenis-jenis elektroforesis
2. Mengetahui pengaplikasian elektroforesis.
3. Mengetahui cara perhitungan elektroforesis.

BAB II
METODE PENGGUNAAN
1. Gambar Alat elektroforesis beserta bagian-bagiannya

Gambar 1.1 merupakan bagian-bagian alat elektrofarosis

A. Elektroforesis Kertas
Terbuat dari kertas saring Whatman nomor 3, sebuah tangki kecil dan berbagai
larutan penyangga (buffer). Nukleotida yang sudah terhidrolisis diletakkan di atas
kertas saring, kemudian arus listrik dialirkan melalui kedua ujung alat elektroforesis.
Arus listrik yang dialirkan ini ternyata dapat memisahkan campuran kompleks.
Reaksi tadi menjadi komponen-komponennya, ini akibat ada perbedaan minor antara
struktur molekul RNA yang belum terhidrolisis, zat antara (intermediate) dan hasil
reaksi yang menyebabkan mobilitas atau pergerakan mereka pada kertas saring
berbeda-beda kecepatannya. Karena pada akhir proses elektroforesis komponen
tersebut terpisah-pisah, sehingga dapat mengisolasi dan mengidentifikasi setiap
komponen tersebut.

Gambar 1.2 merupakan gambar alat elektroforesis kertas

B. Elektroforesis Gel
Langkah pertama yaitu membuat gel agarose. Gel agarose dapat dibuat dengan
menambahkan 1 gram bubuk agarose ke dalam 100 ml TAE pada tabung erlenmeyer.
Setelah itu, dimasukkan ke dalam microwave selama 60 detik. Gel dituangkan ke
dalam cetakan dan ditunggu sampai mengeras. Setelah mengeras, gel ditempatkan
pada chamber.
Langkah kedua yaitu loading sampel ke dalam gel. Loading buffer dibuat dengan
komposisi sukrosa, EDTA, dan bromfenol biru. Komposisi tersebut dihomogenisasi
dengan melakukan parafilm. Setelah loading buffer berhasil dibuat, ke dalam loading
buffer tersebut ditambahkan DNA. Selanjutnya, campuran tersebut dimasukkan ke
dalam wells. Langkah ketiga yaitu running buffer. Penutup chamber dipasang
kemudian sambungkan ke power supply. Setelah 30 - 40 menit, alat dimatikan dan
gel dikeluarkan dari chamber. Langkah keempat yaitu dokumentasi gel. Gel diamati
dalam Gel Doc sehingga ukuran DNA dapat diketahui. Selanjutnya, DNA hasil
elektroforesis di analisis menggunakan DNA marker.

Gambar 1.3 merupakan bagian dari alat elektroforesis gel

2. Cara penggunaan alat elektroforesis
Secara umum penggunaan alat elektroforesis sama meskipun jenis alat
elektroforesis terbagi dalam beberapa jenis, yang membedakan yaitu media yang
digunakan. Contohnya seperti kertas, dan gel, oleh karena itu sebelum alat
elektroforesis dihidupkan atau dinyalakan terlebih dahulu menyiapkan media yang
diperlukan. Berikut cara menggunakan atau menghidupkan mesin elektroforesis.
1. Pasang elektrode pada chamber elektroforesis sesuai dengan kutub positif dan
negatifnya dengan cara menghubungkan elektroda conector pada chamber dengan
lubang pada eletrode.
2. Tutup chamber elektroforesis dengan penutup chamber.
3. Tancapkan steker pada trafo step down yang telah ditancapkan terlebih dahulu
pada sumber tegangan.
4. Atur kecepatan running dengan memilih tombol VOLTAGE SELECTOR yang
sesuai (25V, 50V, 100V, 135V).
5. Lama waktu running dapat diatur dengan menekan tombol TIMER SET
BUTTONS, dan lama waktu running akan muncul pada TIMER DISPLAY dalam
satuan menit.
6. Nyalakan elektroforesis dengan menekan tombol ON yang terdapat pada
elektroda hingga lampu indikator pada elektroda menyala.

7. Matikan elektroforesis chamber dengan menekan tombol OFF cabut steker dari
sumber tegangan.

BAB III
APLIKASI ELEKTROFORESIS
Secara umum elektroforesis digunakan untuk menganalisis DNA, RNA dan protein.
Elektroforesis gel terbagi menjadi 3:
1. Gel poliakrilaramida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penandaan
oligonukleotida dan menganalisis hasil ekstensi primer.
2. Gel agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran
besar.
3. Gel agarose elektroforesis gel poliakrilamid - SDS ( SDS-PAGE)
berfungsi untuk memisahkan protein berdasarkan sifat (pemisahan
komponen atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasi
dan berat molekulnya atau BM dalam sebuah medan listri).

Contoh soal perhitungan elektroforesis

1. Tentukan Berat Molekul sampel !
Diperoleh data sebagai berikut :
Ban

Protein

Distanc

RF

Log

d
1

e
4

0.05882

Protein
2.21729

164.929

3
99.7837

10.5

4
0.15441

8
1.99906

7
82.2474

13

2
0.191176 1.91512

1
67.7929

15.5

0.22794

2
1.831185

5
51.7215

19

1
0.27941

1.71367

8
22.0976

30

2
2
0.441176 1.34434

6
Kurva Log Protein

Log Protein
2.5
f(x) = - 2.28x + 2.35
R = 1

Log Protein

1.5

Linear (Log Protein)

1
0.5
0
0

0.1

0.2

0.3

Gambar sampel hasil percobaan:

Cara Penyelesaian:

0.4

0.5

1. Perhitungan RF dengan Menggunakn rumus RF =

A
B

setelah itu masukan

kedalam kolom.
Keterangan :
RF ( Retention Factor ) : Sampel.
A : Panjang Pita Sampel
B : Panjang Seperating Gel.
2.
3.
4.
5.
6.

Buat kurva dari table RF dan Log Protein.

Buat Persamaan Reagennya
Hitung RF sampel lalu masukan kedalam persamaan reagen yang telah ditemukan.
Hasil dari perhitungan persamaan reagen di antilogkan.
Hasil dari antilog itulah yang menjadi Berat Molekum dari sample.

BAB IV
KESIMPULAN
A. Kesimpulan
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik . Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. Secara
umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan memurnikan
fragmen DNA, RNA dan lain-lain.
Adapun jenis elektroforesis adalah :
1. Elektroforesis Gel adalah teknik pemisahan suatu makromolekul dengan cara
memberi gaya pada makromolekul tersebut untuk melewati medium berisi Gel
dibantu dengan tenaga listrik.
2. Elektroforesis Kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase
diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah ion-ion
kompleks.

DAFTAR PUSTAKA
Endang S., S. Setasih. 2009. Handout Kuliah Bioteknologi. Dept Kimia FMIPA
UI.
Wibowo, M.S. 2010. Elektroforesis. Sekolah Farmasi Institut Teknologi Bandung.
Yuwono, T. 2008.Bilogi Molekular. Jakarta : Penerbitan Erlangga
Fatchiyah. 2012. Analisis Biologi Molekuler. Laboratorium Biomol: Malang
Ripani, M. 2010. Diagnostik Molekuler. Teknologi Laboratorium Kesehatan
(TLK) di Fakultas
Farmasi Universitas Hasanuddin: Makassar
Sudarmanto, Arie. 2008. Protein. www.ariebs.staff.ugm.ac.id. Diakses tanggal 25
Mei 2014
https://www.academia.edu/7533397/Elektroforesis_SDS-PAGE Diakses pada
tanggal 5 Oktober 2016
Fatchiyah, A., dkk2011.Biologi Molekuler: Prinsip Dasar Analisis. Jakarta:
Penerbit Erlangga