MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

“Gel Elektroforesis”

Disusun untuk memenuhi tugas mata kuliah Biologi Molekuler

Oleh:

PEBRI RAMAYANTI
NIM P1337434117104
Tingkat 1 Reguler B

TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIK

POLITEKNIK KESEHATAN KEMENKES SEMARANG
2019
 KATA PENGANTAR

Segala puji bagi Allah yang maha pengasih lagi maha penyayang. Berkat

limpahan karunia nikmat-Nya saya dapat menyelesaikan makalah ini bertajuk

“GEL ELEKTROFORESIS”. Penyusunan makalah ini dalam rangka

memenuhi tugas Mata Kuliah Mikroskopis Bakteri. Dalam proses

penyusunannya tak lepas dari bantuan berbagai pihak. Untuk itu saya ucapkan

terimakasih atas partisipasinya dalam menyelesaikan makalah ini.

Meski demikian, saya menyadari masih banyak sekali kekurangan dan

kekeliruan didalam penulisan makalah ini, baik dari segi tanda baca tata bahasa
maupun isi. Sehingga penulis secara terbuka menerima segala kritik dan saran
positif dari pembaca.

Demikian yang dapat saya sampaikan, semoga makalah ini dapat

bermanfaat untuk masyarakat umumnya, dan untuk saya sendiri khususnya.

Semarang, November 2019

Penulis
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Teknik elektroforesis dikembangkan untuk memisahkan
biomolekul yang lebih besar. Tahun 1955 Smithies mendemonstrasikan
bahwa gel yang terbuat dari larutan kanji dapat digunakan untuk
memisahkan protein-protein serum manusia. Caranya yaitu dengan
menuangkan larutan kanji panas ke dalam cetakan plastik, setelah
dibiarkan mendingin kanji tersebut akan membentuk gel yang padat
namun rapuh. Gel kanji berperan sebagai fasa diam (stationary phase)
menggantikan kertas saring Whatman pada teknik terdahulu. Ternyata
elektroforesis gel yang diperkenalkan Smithies memicu para ilmuwan
untuk menemukan bahan kimia lain yang dapat digunakan sebagai bahan
gel yang lebih baik, seperti agarosa dan polimer akrilamida. Dan
penemuan elektroforesis gel kanji di awal karir Smithies membawanya
menerima hadiah nobel bidang kedokteran tahun 2007.
Teknik elektroforesis gel makin berkembang dan disempurnakan,
hingga 12 tahun kemudian ditemukan gel poliakrilamida (PAGE =
Polyacrilamide Gel Electrophoresis) yang terbentuk melalui proses
polimerisasi akrilamida dan bis-akrilamida. PAGE ini sanggup
memisahkan campuran DNA/RNA atau protein dengan ukuran lebih sar.
Meskipun aplikasi elektroforesis makin berkembang luas, namun ternyata
teknik ini masih menyerah jika digunakan untuk memisahkan DNA
dengan ukuran yang super besar, misalnya DNA kromosom. Campuran
DNA kromosom tidak dapat dipisahkan meskipun ukuran mereka berbeda-
beda.
B. Tujuan
1. Mengetahui pengertian dari elektroforesis gel
2. Mengetahui tujuan analisis elektrofoesis gel
3. Mengetahui keguanaan gel elktroforesis pada bebebrapa bidang
4. Macam-macam gel elektroforesis
5. Cara kerja gel elektroforesis
 BAB II

PEMBAHASAN

A. Definisi Gel Elektroforesis

Elektroforesis merupakan salah satu ilmu terapan di bidang
teknologi molekuler untuk memisahkan DNA, RNA, atau protein dari
molekul-molekul lainnya dalam suatu medan listrik. Proses elektroforesis
tersebut memerlukan gel (agar) sebagai medium untuk pemisahan DNA,
RNA, atau protein. Umumnya dikenal dua jenis gel dalam elektroforesis
gel yaitu agarosa dan poliakrilamida. Pemilihan diantara kedua jenis gel
tersebut akan mempengaruhi berhasil tidaknya fragmen molekul biologi
yang terbentuk sehingga haruslah diketahui karakterisitk gel yang
digunakan dan sampel yang akan dianalisis. Oleh sebab itu untuk tujuan
pemisahan molekul, dibutuhkan pertimbangan pemilihan gel karena gel
agarosa dan gel poliakrilamid masing-masing memiliki karakteristik yang
berbeda.
Elektroforesis gel merupakan teknik analisis yang sering dipakai
dalam bidang biokimia dan biologi molekular. Prinsip dasar teknik ini
adalah bahwa DNA, RNA, atau protein dapat dipisahkan oleh medan
listrik. Teknik elektroforesis mirip dengan kromatografi yaitu memisahkan
campuran senyawa berdasarkan perbedaan sifatnya. Dalam elektroforesis
gel, pemisahan dilakukan terhadap campuran senyawa dengan muatan
listrik yang berbeda-beda. Dalam elektroforesis gel terdapat dua material
dasar yang disebut fase diam dan fase bergerak (eluen). Fase diam
berfungsi sebagai penyaring, dimana ia “menyaring” senyawa yang akan
dipisahkan, sementara fase bergerak atau eluen berfungsi membawa
senyawa yang akan dipisah. Larutan penyangga yang ditambahkan pada
fase bergerak bertujuan untuk menjaga kestabilan eluen dari elektroforesis
gel.
B. Tujuan Gel Elektroforesis
Elektroforesis gel biasanya dilakukan untuk tujuan analisis, namun
dapat pula digunakan sebagai teknik preparatif untuk memurnikan molekul
 sebelum digunakan dalam metode-metode lain seperti spektrometri massa,
PCR, kloning, sekuensing DNA, atau immuno-blotting yang merupakan
metode-metode karakterisasi lebih lanjut. Gel yang digunakan biasanya
merupakan polimer bertautan silang (crosslinked) yang porositasnya dapat
diatur sesuai dengan kebutuhan dengan cara mengatur kadar konsentrasi
senyawa pembentuk gel. Untuk memisahkan protein atau asam nukleat
berukuran kecil (DNA, RNA, atau oligonukleotida), gel yang digunakan
biasanya merupakan gel poliakrilamida, dibuat dengan konsentrasi
berbeda-beda antara akrilamida dan bis-akrilamida yang merupakan zat
yang memungkinkan pertautan silang (cross-linker) antara akrilamida satu
dengan yang lain, menghasilkan jaringan poliakrilamida dengan ukuran
rongga berbeda-beda. Untuk memisahkan asam nukleat yang lebih besar
(lebih besar dari beberapa ratus basa), gel yang digunakan adalah agarosa
(dari ekstrak rumput laut) yang sudah dimurnikan.
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode untuk amplifikasi
(memperbanyakan) potongan DNA ,Teknik ini mampu memperbanyak
105-106 kali lipat dari jumlah potongan DNA sebelumnya.
C. Elektroforesis Dibeberapa Bidang
Elektroforesis digunakan untuk meneliti DNA dalam berbagai bidang,
misalnya:
1. Di bidang kepolisian teknik ini digunakan nuntuk pemeriksaan
DNA, setiap orang memiliki karakteristik khusus, misalnya sidik
jari. Sehingga membantu polisi dalam mengungkap sebuah kasus.
2. Dalam kegiatan biologi molekuler, elektroforesis merupakan salah
satu cara untuk memvisualisasikan keberadaan DNA, plasmid, dan
produk PCR.
3. Memudahkan identifikasi protein yang terdapat pada sebuah DNA.
D. Macam-macam gel elektroforesis
1. Elektroforesis ger agarosa
Elektroforesis gel agarosa dijadikan sebagai metode standar
untuk memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan fragmen
DNA atau RNA. Gel agarosa memiliki resolusi yang lebih rendah
 daripada gel poliakrilamid, akan tetapi gel ini dapat memisahkan
DNA yang berukuran sampai puluhan kilo pasang basa.
Elektroforesis gel agarosa dapat memisahkan fragmen DNA dan
RNA yang berukuran lebih besar dari 100 bp (base pair) hingga 50
kb dan memisahkan protein dengan ukuran > 200 kDa dengan
gerak medan yang digunakan adalah secara horizontal.
Konsentrasi agarosa mempengaruhi hasil elektroforesis
karena semakin tinggi konsentrasi maka ruang antar molekul pada
gel agarosa lebih kecil sehingga mempersulit pergerakan molekul
yang melewatinya. Dengan demikian untuk mempermudah
pergerakan molekul tersebut maka persentase konsentrasi yang
digunakan pun lebih rendah. Hal ini cukup menguntungkan karena
biaya yang dikeluarkan untuk membuat gel juga akan menjadi
lebih murah.
Kelebihan elektroforesis gel agarosa diantaranya teknik
yang digunakan sederhana, preparasi gel lebih cepat dilakukan
karena pembuatan gel agarosa lebih mudah dan bersifat non toksik,
laju pemisahan lebih cepat sehingga fragmen DNA pun lebih cepat
terbentuk, dan dapat memisahkan campuran potongan DNA sesuai
dengan ukurannya. Elektroforesis gel agarosa ini dapat dilakukan
pada suhu kamar. Akan tetapi kekurangan dari gel agarosa ini
yaitu lebih mudah rusak oleh tangan sehingga membutuhkan
kehati-hatian, dan bands yang dihasilkan dapat berkabut dan
menyebar agak jauh.
Hal yang perlu diperhatikan dalam elektroforesis gel
agarosa adalah penggunaan arus listrik. Voltase yang digunakan
haruslah rendah sebab jika terlalu besar dapat mengakibatkan
panas yang akan merubah bentuk pita DNA. Agarosa memiliki
sifat tidak dapat larut dalam air/bufer pada suhu kamar sehingga
diperlukan pemanasan dengan microwave.
2. elektoforesis gel poliakrilamid
 Berbeda dari gel agarosa, elektroforesis menggunakan gel
poliakrilamid dilakukan pada medan gerak vertikal dan
pembuatannya lebih sulit dibanding gel agarosa, karena biasanya
digunakan poliakrilamid dengan resolusi yang tinggi dan
membutuhkan biaya yang lebih mahal serta preparsi yang lebih
lama. Gel poliakrilamid bersifat toksik sehingga harus lebih
berhati-hati dalam penanganannya. Namun demikian, gel
poliakrilamid dapat menampung jumlah DNA yang lebih besar
daripada gel agarosa.
Gel poliakrilamid sering digunakan untuk uji kualitatif
protein, meskipun juga digunakan untuk uji kualitatif DNA.
Resolusi dalam memisahkan DNA lebih tinggi jika dibandingkan
gel agarosa sehingga panjang molekul DNA yang berbeda hanya
satu nukleotida dapat dideteksi. Elektroforesis gel poliakrilamid
dapat memisahkan protein dengan ukuran 5—200 kDa, sedangkan
untuk pemisahan fragmen DNA hanya dalam rentang ukuran DNA
yang sempit yaitu antara 5—500 bp.
apun gel poliakrilamid lebih murni serta dapat digunakan
untuk aplikasi lainnya. Namun demikian, laju pemisahan fragmen
lebih lambat dibandingkan menggunakan gel agarosa dan
membutuhkan persentase konsentrasi yang lebih banyak dal
voltase yang digunakan lebih tinggi.
E. Cara Pemeriksaan Gel Elektroforesisi
1. Elektroforesis gel agarosa
a) Buat 250 ml larutan buffer TAE 1x dengan cara
mencamnpurkan 5 ml TAE 50x ke dalam 245 ml akuades.
b) Buat gel agarosa 1% dengan cara menimbang agarosa 0,2 g
untuk dilarutkan ke dalam bufer TAE 1x hingga volume 20 ml.
Larutan agarosa dididihkan hingga larut sempurna.
c) Siapkan baki gel agarosa, lekatkan selotip di tiap ujung baki gel
agarosa (pastikan bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada
lubang pada masing-masing ujung baki)Pasang sisir
 elektroforesis di salah satu ujung baki gel agarosa dengan
posisi hampir menyentuh dasar baki
d) Periksalah suhu larutan agarosa dengan cara menempelkan
erlenmeyer ke tangan, jika suhunya sudah turun hingga sekitar
50-60 0C, tambahkan 1 µl etidium bromid (PERINGATAN
KERAS!!, gunakan sarung tangan karena bersifat
karsinogenik).
e) Larutan agarosa dihomogenkan sebentar, kemudian tuangkan
larutan ke dalam baki gel agarosa, biarkan hingga larutan
berubah menjadi gel yang padat.
f) ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung
baki.
g) masukkan baki yang telah berisi gel agarosa ke dalam tangki
elektroforesis yang telah diisi dengan larutan bufer TAE 1x
(pastikan bahwa gel terendam seluruhnya dalam TAE).
h) siapkan sekitar 5 cm kertas parafilm di dekat tangki
elektroforesis.
i) masukkan 10 µl sampel DNA dan 2 µl loading dye 6x ke dalam
sumuran gel agarosa dengan cara mencampurkan kedua bahan
tersebut terlebih dahulu secara merata pada kertas parafilm
menggunakan mikropipet.
j) buatlah catatan mengenai nomor sumuran dan jenis sampel
DNA yang dimasukkan.
k) hubungkan kabel dari sumber arus ke tangki elektroforesis
(pastikan bahwa kabel yang tersambung ke kutub negatif
berada di dekat sumuran; jika tidak demikian, ubahlah posisi
baki/gel ke arah sebaliknya).
l) nyalakan sumber arus, aturlah volatase dan waktu running
hingga diperoleh angka 70 V dan 45 menit dengan cara
menekan tombol yang sesuai pada sumber arus.
 m) jalankan elektroforesis (lakukan running) dengan cara menekan
tombol run pada sumber arus.
n) elektroforesis akan berhenti apabila waktu yang ditetapkan
sudah habis, yang ditandai oleh adanya bunyi alarm. Matikan
sumber arus dan angkatlah baki dari tangki elektroforesis.
o) keluarkan gel dan letakkan di atas UV transluminator (letakkan
selubung kaca hitam di atas UV transluminator).
p) nyalakan UV transluminator, amati pita-pita DNA yang
tervisualisasi.
2. elektoforesis gel poliakrilamid
a) 20 μL sampel ditambah 20 μL Reducing Sample Buffer (RSB)
dimasukkan dalam eppendorf
b) Panaskan selama 5 menit pada air mendidih
c) Tuangkan gel yang telah dibuat. Pertama main gel dituangkan
sampai garis batas atas main gel. Tuangkan stacking gel di atas
maingel. Buat cetakan sumuran pada stacking gel.
d) Masukan sampel pada sumuran elektroforesis. Pada praktikum
kali ini kita menuangkan pada sumuran: sumu 1 standart
marker, sumur 2 H. pillory pilli, sumur 3 Shigella
dysentery pilli, sumur 4 Shigella dysentery OMP, sumur 5 S.
typhipilli (cut 1), sumur 6 S. typhi (cut 2), sumur 7 S.
typhi OMP, dan sumur 8 enterocyte protein.
e) Running sampel pada 120 V selama 90 menit
f) Angkat gel, lakukan staining dengan Commasie brilliant blue
R 250 di atas shaker selama 20-30 menit
g) Pindahkan gel pada larutan destaining selama 1-2 jam di
atas shaker
h) Lakukan destaining semalam di atas shaker sampai gel
kelihatan bersih
i) Hitung berat molekul protein pada band (pita) protein yang
tampak pada gel berdasarkan persamaan regresi linier yang
mengacu pada berat molekul standart dari pita standart marker
 BAB III
PENUTUP
A. Simpulan
Elektroforesis gel merupakan teknik analisis yang sering dipakai dalam
bidang biokimia dan biologi molekular. Prinsip dasar teknik ini adalah bahwa
DNA, RNA, atau protein dapat dipisahkan oleh medan listrik. Teknik
elektroforesis mirip dengan kromatografi yaitu memisahkan campuran
senyawa berdasarkan perbedaan sifatnya. Dalam elektroforesis gel,
pemisahan dilakukan terhadap campuran senyawa dengan muatan listrik yang
berbeda-beda. Oleh sebab itu untuk tujuan pemisahan molekul, dibutuhkan
pertimbangan pemilihan gel karena gel agarosa dan gel poliakrilamid. Dalam
elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam dan fase
bergerak (eluen). Fase diam berfungsi sebagai penyaring, dimana ia
“menyaring” senyawa yang akan dipisahkan, sementara fase bergerak atau
eluen berfungsi membawa senyawa yang akan dipisah. Larutan penyangga
yang ditambahkan pada fase bergerak bertujuan untuk menjaga kestabilan
eluen dari elektroforesis gel. karakteristik tiap-tiap gel yang digunakan untuk
elektroforesis adalah berbeda satu sama lain. Dengan mengetahui
karakteristik gel yang akan digunakan diharapkan elektroforesis DNA, RNA,
atau protein berhasil dilakukan sehingga kesalahan dalam proses
elektroforesis dapat dikurangi.

REFERENSI

Ripani, M. 2010. Diagnostik Molekuler. Teknologi Laboratorium Kesehatan

(TLK) di Fakultas Farmasi Universitas Hasanuddin, Makassar.

Sulaiman, Adang Hardi G, Noor Anis Kundari. 2007. Pemisahan dan

Karakterisasi Spesi Senyawa Kompleks YTRIUM-90 DAN
STRONSIUM-90 dengan elektroforesis kertas. JFN, Vol.1 No.2.
Pusat Radioisotop dan Radiofarmaka – BATAN.
Susanto, Agus Hery. 2012. Bahan Ajar Biologi Molekuler. Fakultas Biologi
Unsoed, Purwokerto

Yepyhardi. 2009. Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular.