PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

TEKNIK ELEKTROFORESI GEL AGAROSA

Disusun Oleh :
Rista Anggara wati A03227211
Rosi Nofrianti A03227212
Ruliana wati A03227213

S1 FARMASI ALIH JENJANG

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS SETIA BUDI

SURAKARTA

2022
 A. LANDASAN TEORI

Elektroforesis gel adalah elektroforesis gel yang menggunakan gel sebagai fase diam
untuk memisahkan molekul-molekul dengan bantuan medan listrik. Elektroforesis awalnya
dilakukan dengan medium gel kanji sebagai fase diam untuk memisahkan biomolekul yang lebih
besar seperti protein-protein, kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan
agarose dan poliakrilamida sebagai gel media. Gel agarose berfungsi untuk memisahkan DNA
dan RNA, sedangkan gel poliakrilamida berfungsi untuk memisahkan protein.

Prinsip pengerjaan elektroforesis :

1. Pembuatan gel dan tempatkan gel pada peralatan chamber

Pembuatan gel ini sama seperti pembuatan agar-agar, gel ini bisa gel agarpsa ataupun gel
poliakrilamida. Pertama, komponen gel ditimbang dan dilarutkan, lalu proses pemanasan
selanjutnya tuangkan gel pada chamber.

2. Memasukkan sampel
Sampel bisa berupa DNA atau protein. Gel akan dicetak dan dibuat sumuran, memasukan
sampel dengan micropipette, perlahan tambahkan buffer dan pastikan semua gel
terendam kedalam buffer. Sebagai alternative bisa memasukkan sampel setelah buffer
dimasukan, tetapi jangan lupa basic dye atau pewarnanya.

3. Proses pemisahan (Running)

Proses pemisahan harus menyambungkan kedalam listrik dengan voltase rendah,
kemudian pasang dalam chamber dan nyalakan saklar listriknya. Umumnya, akan selesai
dalam waktu satu jam.
 4. Hasil Visualisasi

Hasil visualisasi yang muncul akan seperti gambar diatas. Nomor 1 sampai dengan nomor
8 itu menunjukan nomor sumuran. Garis strip merupakan proses pemisahan, ada ukuran
500 bp, 400 bp, 300 bp, 200 bp dan 100 bp. Semakin jauh jarak ukuran bp semakin kecil.

Elektroforesis gel agarosa untuk memisahkan asam nukleat seperti DNA dan RNA,
pemisahannya berdasarkan muatan listrik, ukuran dan bentuknya. Gel agarosa berasal dari
rumput laut. Fase diam yang digunakan adalah gel agarose, dan ada fase gerak yaitu buffer Tris-
acetate EDTA (TAE) atau buffer Tris-borat EDTA (TBE). Kedua buffer ini memiliki kapasitas
buffering yang tinggi pada titik isoelektriknya, fungsi nya untuk menjaga kesetimbangan pH data
migrasi fragmen DNA berlangsung karena pH perubahan pH dapat mendenaturasi struktur DNA
sehingga mengubah elektromobilitas DNA.

Persentase gel agarose Ukuran resolusi DNA

(kb=1000)
0.5% 1 bp - 30 kb
0.7% 800 bp - 12 kb
1.0% 500 bp - 10 kb
1.2% 400 bp - 7 kb
1.5% 200 bp - 3 kb
2.0% 50 bp - 2 kb
Persentase gel agarose berbeda – beda tergantung peruntukannya. Gel agarose untuk
memisahkan DNA berukuran lebih dari 100 bp, sedangkan unruk memisahkan DNA dengan
ukuran pendek dapat menggunakan gel poliakrilamid. Semakin besar konsentrasi agarose yang
digunakan maka semakin kecil pori pro gel. Semakin kecil konsentrasi agarose maka semakin
besar pori pori gel.

Pemisahan fragmen DNA berdasarkan elektromobilitas berguna sebagai metode analitik

maupun preparative. Molekul DNA yang bermuatan negative karena adanya gugus fosfat akan
bergerak menuju anode (electrode bermuatan positif) saat dipisahkan dengan elektroforesis.
Fragmen DNA yang memiliki ukuran molekul yang sama akan memiliki elektromobilitas yang
sama dan menempuh jarak migrasi yang sama pula. Proses running elektroforesis DNA sampel
bersama dengan DNA yang diketahui ukurannya (standard) dapat berguna dalam analisis besar
ukuran DNA dalam sampel.

DNA yang mengalami supercoil migrasinya lebih cepat karena strukturnya sangat
kompak. DNA yang akan dielektroforesis pada umumnya dicampur dengan loading dye
(pewarna) yang berfungsi untuk memonitoring mobilitas elektroforesis dan loading dye
bermigrasi bersama molekul DNA. Laoding dye yang digunakan Bromphenol blue (bermigrasi
dengan DNA 0,5 kb) dan Xylenecyanol (bermigrasi dengan DNA 5 kb).
 Hasil elektroforesis dapat divisualisasi dengan menggunakan pewarna fluoresensi
ethidium bromide (Etbr). Secara teknis, setelah proses running, gel direndam dalam larutan
buffer TBE atau TAE yang mengandung ethidium bromide, selanjutnya ethidium bromide akan
berdifusi kedalam gel dan berasosiasi dengan DNA. Ethidium bromide mampu berinterkalasi
diantara pb nukleotida pada struktur double heliks dan saat gel hasil elektroforesis disinari
dengan ultraviolet maka fragmen-fragmen DNA yang telah terpisah tampak sebagai band-band
berwarna orange.

B. ALAT

1. Chamber 6. Well/sumuran

2. Timbangan 7. Casting tray

3. Oven 8. Comb

4. Erlenmeyer 9. Electrical supplay

5. Gelas ukur 10. Gel electrophoresis

C. BAHAN

1. Gel agarose 5. Bromphenol blue

2. Gel poliakrilimida 6. Ethidium bromide

3. DNA sampel 7. xylenecyanol

4. Buffer
 D. PROSEDUR
Prinsip pengerjaan elektroforesis

1. Pembuatan gel dilakukan dengan cara menimbang gel telebih dahulu kemudian
dilarutkan dan dipanaskan lalu dituangkan pada chamber.

2. Masukkan sampel DNA atau protein menggunakan mikropipet ke dalam sumuran.

Sebelum memasukkan sampel, buffer dimasukkan terlebih dahulu ke dalam sumuran
hingga gel terendam, kemudian sampelnya dimasukkan dan juga perwarna.

3. Proses pemisahan (running) yaitu menyambungkan alat ke listrik dengan voltase rendah,
lalu pasang pada chamber dan nyalakan saklar.

4. Visualisasikan dengan ethidium bromide.

Elektroforesis Gel Agaros

Fase diam: gel agaros

Fase gerak: buffer (tris-acetate atau tris-borat)

• gel agaros -> untuk memisahkan DNA > 100 bp

• gel poliakrilamida-> untuk ukuran yang lebih pendek