Elektroforesis DNA Tumbuhan dengan Gel Agarosa

PJ: Latifa dan Dewa

Materi
Elektroforesis gel agarosa merupakan suatu metode pemisahan DNA atau RNA berdasar ukuran molekulnya.
Prinsip pemisahan molekul DNA tersebut berdasarkan pada migrasi molekul DNA menuju kutub positif (anoda),
dibantu oleh adanya aliran arus listrik. Kecepatan migrasi molekul bergantung pada ukurannya, semakin kecil molekul
maka migrasinya akan semakin cepat dibanding molekul yang berukuran besar. Pita-pita DNA hasil elektroforesis
dapat diidentifikasi menggunakan gel staining etidium bromide (EtBr) yang divisualisasi dengan UV transilluminator.
Metode kerja
1. Pembuatan buffer TAE 1x
1 mL larutan TAE 50x dilarutkan pada 49 mL air deion, kemudian disimpan pada botol scott.
2. Pembuatan gel agarosa 1%
Agarosa sebanyak 1 g ditambah 100 mL buffer TAE 1x di dalam botol scott. Kemudian dimasukkan ke microwave
selama 30 detik dengan tutup botol direnggangkan dan tingkat pemanasan high/medium. Setelah larut, cairan dituang
ke cetakan gel yang telah dipasang comb dan ditunggu hingga gel mengeras. Gel yang telah mengeras kemudian
dilepas comb-nya dan dipindahkan ke dalam chamber elektroforesis.
3. Pengoperasian perangkat elektroforesis
Alat elektroforesis dirakit sedemikian rupa, lalu buffer TAE 1x dituang ke dalam chamber elektroforesis hingga
seluruh bagian gel terendam. Pada masing-masing well (sumur), di-loading sampel sebanyak 5 L. DNA ladder juga
dimasukkan ke dalam well sebagai ruler/garis petunjuk ukuran pita DNA tertentu. Setelah loading selesai, perangkat
ditutup kemudian dihubungkan ke sumber listrik dan diatur voltasenya sebesar 100 volt selama 30 menit. Lalu, saat
running selesai, gel dikeluarkan dari chamber dan diamati dengan EtBr.
4. Visualisasi hasil elektroforesis
Gel yang telah dielektroforesis kemudian direndam dengan larutan EtBr selama 30-60 detik untuk
menginterkalasikan pewarna EtBr dengan DNA. Setelah dicelup, lalu dibilas dan di letakkan pada UV
transilluminator. Hasil elektroforesis yang berhasil akan memendarkan cahaya pekat dan dapat dianalisis ukurannya
dengan melihat perbandingannya dengan DNA ladder.

Gambar 1 Skema elektroforesis (Magdeldin, 2012)

Gambar 2 Perangkat elektroforesis (Magdeldin, 2012)

Gambar 3 Contoh hasil elektroforesis dengan pewarna EtBr (Magdeldin, 2012)

Pustaka:
Magdeldin, S. 2012. Gel Electrophoresis Principles and Basics. Rijeka: InTech.