TUGAS KELOMPOK

MATA KULIAH BIOTEKNOLOGI

OLEH

KELOMPOK 2 :

1. Lidia ZindartiNurmia (E1A019052)

2. Nasipatul Pajriati (E1A018063)
3. Ni Kadek Mardiani Puspayanti (E1A018064)
4. Ni Nyoman Nopiantari Sasmita (E1A018065)
5. Ni Nyoman Sugiartini (E1A018066)
6. Nida an Khovia (E1A018068)
7. Nur Zaerina (E1A018071)
8. Nur Janah (E1A018074)
9. Ranti Eka Lestari (E1A018080)
10. Safika Umu Rahma (E1A018085)
11. Shabilla Ramadhita Algiani (E1A018090)
12. Uswatun Hasanah (E1A018107)
13. Yenny Nurmawaddah (E1A018112)
14. Yeny Martina (E1A018113)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS MATARAM

2020
 PRINSIP AGAROSE GEL ELEKTROFORESIS

A. Pengertian Elektroforesis
Elektroforesis adalah sebuah teknik yang digunakan untuk memisahkan fragmen
DNA dan kadang-kadang memurnikan makromolekul, khususnya protein dan asam
nukleat. Pemisahan dilakuakn berdasarkan perbedaan ukuran atau muatan. Prinsip dari
elektroforesis adalah proses migrasi dari fragmen DNA di dalam gel yang direndam
dalam larutan penyangga, yang mana fragmen yang berukuran kecil bermigrasi lebih
cepat daripada fragmen yang berukuran besar.perjalanan molekul DNA di dalam gel
mengikuti arus listrik dari kutub negative ke kutub positif. Hal ini dikarenakan DNA atau
asam nukleat mempunyai backbone/ikatan posphodiester yang berarti DNA membawa
banyak molekuler fosfat yang mempunyai muatan negative sehingga saat elektroforesis
DNA akan cenderung bermigrasi ke kutub positif.
Molekul DNA biasanya dielektroforesis di dalam sebuah matriks atau gel yang
mempunyai sumur (wells) utnuk meletakkan sampel. Gel tersebut terbuat dari agarose
atau polyacrylamide. Agarose adalah polysaccharide yang diekstraksi dari rumput laut
dan biasanya digunakan pada konsentrasi 0,5% sampai 2%. Gel agarose adalah media
elektroforesis yang paling sering digunakan dalam analysis DNA atau lainnya
dikarenakan gel agarose sangat mudah dalam pembuatannya, sederhana dan mudah
diperoleh (Hartatik, 2015).

B. Prinsip Kerja Operasi Elektroforesis

Elektroforesis merupakan suatu teknik analisis penting dan sangat sering dipakai
dalam bidang biokimia dan biologi molekular. Secara prinsip, teknik ini mirip dengan
kromatografi : memisahkan campuran bahan-bahan berdasarkan perbedaan sifatnya.
Dalam elektroforesis, pemisahan dilakukan berdasarkan adanya pergerakan komponen
bermuatan positif (+) pada kutub negative (-) serta komponen bermuatan negative (-)
pada kutub positif (+). Pergerakan yang terjadi disebut elektrokinetik. Hasil yang
didapatkan dari elektroforesis adalah elektroforegram yang memberikan informasi
mengenai seberapa cepat perpindahan komponen (tm) atau biasa disebut kecepatan
migrasi.
Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks penyangga yang banyak
dipakai untuk separasi protein dan asam nukleat. Banyak molekul biologi bermuatan
listrik yang besarnya tergantung pada pH dan komposisi medium dimana molekul biologi
tersebut terlarut. Bila berada dalam suatu medan listrik, molekul biologi yang bermuatan
positif akan bermigrasi ke elektroda negatif dan sebaliknya. Prinsip inilah yang dipakai
dalam elektroforesis untuk memisahkan molekul-molekul berdasarkan muatannya. Dalam
hal ini protein diberi muatan negatif. Sampel protein dimasukkan ke dalam slot atau
sumuran pada ujung agar. Karena sampel ini memiliki berat, mereka akan turun ke dasar
sumuran (Yowono, 2016).
Menurut George Stokes besarnya gaya gesek pada fluida disebabkan viskositas
fluida. Semakin besar viskositas (kekentalan) fluida maka akan semakin sulit suatu fluida
untuk mengalir dan juga menunjukkan semakin sulit suatu benda bergerak dalam fluida
tersebut. Di dalam zat cair viskositas dihasilkan oleh gaya kohesi antara molekul zat cair.
Gaya ini disebut gaya Stoke. Suatu molekul bermuatan Q dalam medan listrik
berkekuatan x akan bergerak dengan kecepatan v karena mengalami gaya sebesar qx. Jika
f merupakan koefisien gesekan (friksi), maka molekul tersebut akan mengalami gaya
hambat sebesar vf, sehingga qx = vf. Maka koefisien gesekan (f) adalah sebagai berikut:

Pada elektroforesis media pemisahnya berupa gel Agarosa atau lainnya yang
memiliki tingkat viskositas tinggi. Dengan demikian dapat dihitung laju molekulnya
adalah sebagai berikut (Harahap, 2018) :

1. Cara Kerja Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen/molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Kecepatan
molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan, bentuk dan
ukuran. Dengan demikian elektroforesis dapat digunakan untuk separasi
makromolekul (seperti protein dan asam nukleat). Posisi molekul yang terseparasi
pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau autoradiografi, atau pun dilakukan
kuantifikasi dengan densitometer.
Dalam proses elektroforesis, sampel molekul ditempatkan pada kolom-kolom
(disebut well atau "sumur") pada sisi elektroda negatif, kemudian dialirkan listrik
dengan kutub yang terpisah satu sisi dengan sisi lainnya. Ketika aliran listrik
diberikan, maka terjadi pengaliran elektron, sehingga zat objek akan bergerak dari
elektroda negatif ke arah sisi elektroda positif. Molekul-molekul sampel tersebut akan
bergerak di dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan
muatannya. Kecepatan pergerakan ini berbeda-beda, tergantung dari muatan dan
berat molekul DNA.
Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga untuk
mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan.
Pada elektroforesis terdapat dua material dasar yang disebut fase diam dan fase
bergerak. Fase diam berfungsi menyaring objek yang akan dipisah, sementara fase
bergerak berfungsi membawa objek yang akan dipisah. Elektroda positif dan negatif
diletakkan pada masing-masing ujung aparat elektroforesis.

Berdasarkan bentuk alat, elektroforesis dibagi menjadi 2, yaitu :

1. Elektroforesis Planar
2. Elektroforesis Kolom

Pemisahan pada elektroforesis, selain disebabkan oleh fenomena

elektrokinetik juga dapat disebabkan karena adanya filtrasi, yakni interaksi dengan
fasa diam. Pemisahan yang disebabkan karena interaksi tersebut tidak disebut
elektroforesis melainkan “elektrokromatografi”. Arus yang digunakan pada
elektroforesis adalah arus DC dengan nilai tegangan kurang dari 1000 volt. Apabila
digunakan lebih dari 1000 volt maka akan terjadi efek pemanasan pada media gel.
Efek pemanasan tersebut disebut “efek joule” yang disebabkan karena adanya
tumbukan partikel electron. Efek pemanasan dapat dihilangkan dengan dua cara,
yakni :
 1. Pendinginan
2. Efek Konveksi
Efek konvensi adalah suatu cara untuk membebaskan panas dengan mengganti
bentuk planar menjadi bentuk kolom atau kapiler. Kapiler yang digunakan dibuat
dari silica yang bermuatan netral atau negative. Bagian luar kapiler dilapisi
dengan polimer agar bersifat lentur (Yowono, 2016).

C. Metode Atau Tahapan Kerja Elektroforesis

Teknik elektroforesis dapat dibedakan menjadi elektroforesis larutan dan
elektroforesis daerah. Elektroforesis daerah disebut sebagai elektroforesis gel dengan 2
macam model, yaitu metode horizontal dan metode vertikal.
1. Elektroforesis horizontal
Elektroforesis horizontal digunakan untuk mendeteksi molekul DNA
dengan ukuran yang panjang. Bahan dasar gel yang digunakan adalah tipe agarose
yang telah dicetak dalam tray dengan sumuran sebagai tempat sampel DNA-nya.
Metode ini memiliki beberapa keuntungan, yaitu (a) peralatan yang digunakan
sederhana, (b) relatif murah, dan (c) pemisahan untuk enzim tertentu dapat
menghasilkan pemisahan yang lebih baik. Ada 3 tahapan dalam elektroforesis
horizontal, yaitu:
a. Persiapan
Persiapan yang dilakukan yaitu mempersiapkan alat dan bahan untuk
membuat gel agarose dan juga mempersiapkan alat dan bahan untuk tahap
elektroforesis DNA. Untuk membuat gel agarose 0,8% tahapan yang harus
dilakukan adalah:
- Timbang agarose sebanyak 0,8 gram lalu masukkan ke dalam gelas erlenmeyer.
- Tambahkan 1 x TBE sebanyak 100 ml.
- Panaskan erlenmeyer tersebut di dalam microwave 180 watt selama 5 menit.
- Ambil erlenmeyer dan dinginkan.
- Tunggu hingga cairan gel agarose mencapai suhu 45-50°C.
- Tambahkan 1 µl ethidium bromide dan goyang hingga homogen.
- Masukkan ke dalam plate yang sudah diatur comb-nya.
- Tunggu hingga mengeras dan menjadi gel.
b. Pelaksanaan
- Masukkan gel tray ke dalam mupid yang berisi buffer 1 x TBE. Siapkan parafilm
secukupnya.
- Buatlah bulatan-bulatan kecil yang terdiri dari 1 µl loading dye, 5 µl DDW, dan 1
µl sampel DNA.
- Campurlah untuk setiap sampel DNA-nya. Ulang hingga seluruh sumuran terisi.
- Masukkan sampel ke sumuran gel.
- Tekan tombol ON pada stabilizer serta pada mupid yang telah di-setting pada
tegangan 50 volt.
- Elektroforesis dimulai (reaksi dari kutub negatif menuju kutub positif) ± 30 menit.
- Letakkan gel agarose di atas UV transimullator.
- Matikan lampu (ruangan dalam keadaan gelap) dan tutup mesin UV.
- Tekan ON pada sebelah kiri mesin.
- Hasil akhir visualisasi produk isolasi DNA.
c. Visualisasi dengan sinar UV
Visualisasi DNA dilakukan di bawah paparan sinar UV setelah gel
ditambahkan pewarna. Pewarna yang biasanya digunakan adalah ethidium
bromide (Hartatik, 2015).
2. Elektroforesis Vertikal
Prinsip kerja pada metode elektroforesis vertikal sama dengan metode
horizontal. Perbedaan antara kedua metode adalah tipe gel yang dipakai dan
tujuan pemakaian. Tipe gel yang digunakan adalah gel poliakrilamid yang
biasanya digunakan untuk elektrofosesis molekul DNA dengan ukuran yang
rendah/kecil seperti molekul DNA produk PCR atau digesti. Hasil elektroforesis
dengan gel gel akrilamid mempunyai tingkat resulusi yang lebih tinggi dibanding
dengan gel agarose. Berikut ini adalah tahapan selama elektroforesis vertikal dari
persiapan hingga visual.
 Tahap 1. Persiapan
a) Persiapan alat dan bahan
 Peralatan yang dibutuhkan adalah seperangkat vertical electrophoresis
yang terdiri dari plate 2 sisi, sisir (comb), erlenmeyer glass 50 ml, micropipette
1.000µl, 200µl dan 10µl, blue tip, yellow tip, dan white tip, gloves. Bahan yang
harus disiapkan adalah 30%bis acrylamide, 10 APS (ammonium persulfate),
10xTBE, double destilated water, tetramethylethylenediamine (TEMED),
ethidium bromide, loading buffer atau loading dye, kertas parafilm, aquadest,
sampel DNA hasil PCR atau hasildigesti (PCR-RFLP).
b) Pembuatan gel 12% akrilamid untuk total volume 15 ml
Berikut ini contoh penggunaan bahan dan volume yang dibutuhkan untuk
gel 12% akrilamid.

BAHAN JUMLAH
DDW 7,38 ml
10 x TBE 1,5 ml
30% Bis Acrylamide 6 ml
10% APS (Ammoniumpersulfate) 90 µl
TEMED (Tetramethylethylenediamine) 30 µl
TOTAL 15 ml

Penambahan TEMED dilakukan paling akhir. Setelah semua bahan

dicampurkan harus segera dimasukkan ke dalam plate yang telah dipasang pada
vertical electrophoresis. Selanjutnya, sisir dipasang pada plate dan ditunggu
sampai gel mengeras, kira-kira membutuhkan waktu selama ± 30 menit. Sebagai
indikator bawah gel sedah mengeras dapat dilakukan dengan cara menyisakan
larutan pada erlenmeyer glass.
 Tahap 2. Elektroforesis DNA dan visualisasi dengan gel akrilamid
Berikut ini adalah tahap elektroforesis vertikal dan visualisasi hasil
PCR-RFLP dengan menggunakan gel akrilamid.
a) Siapkan sampel produk hasil digesti masing-masing sebanyak 10µl atau sesuai
dengan kebutuhan.
b) Siapkan alat elektroforesis vertikal dan isi bak vertikal elecrophoresis dengan
larutan 1 x TBE sampai plate terendam.
c) Ambil kertas parafilm sesuai dengan kebutuhan. Campurkan 1 µl loading
buffer atau loading dye beserta sampel hasil produk digesti.
 d) Sambungkan kabel pada adapter sesuai dengan kutub-kutubnya (anoda atau
katoda).
e) Tekan tombol ON pada power supply yang sebelumnya telah di-setting pada
voltase 50 V dengan waktu 3 jam30 menit.
f) Ambil plate yang berisi gel akrilamid dari tank buffer TE.
g) Tiriskan gel dari buffer TBE.
h) Angkat plate yang berisi sampel, kemudian lepas pelan-pelan dari plate agar
gel tidak sobek (Hartatik, 2015).

D. Keuntungan Elektroforesis Gel

Keuntungan atau manfaat dari elektroforsesis gel antara lain digunakan untuk
mengetahui fragmen DNA dari produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti
yang berbeda ukuran, untuk pemurnian atau purifikasi DNA yang lebih lanjut dapat
disekuensing. Aplikasi elektroforesis digunakan untuk berbagai tujuan antara lain
membandingkan letak homolog dari spesies yang berbeda, mengetahui susunan sekuens
berbagai genom, DNA finger printing, mengetahui ada tidaknya gen-gen penyebab
kelainan genetik atau penyakit tertentu, mendeteksi ekspresi mRNA untuk mengetahui
aktivitas gen selama perkembangan tipe sel organisme sebelum dan sesudah diberi
perlakuan tertentu, mempelajari evolusi ditingkat molekular, mengetahui variasi genetik
dalam populasi pada lingkungan tertentu, menentukan dan mengidentifikasi berat
molekul fragmen DNA melalui PCR, mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik
antar individu, dan menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam rekombinan
plasmid DNA serta dapat digunakan sebagai teknik preparatif untuk memurnikan
molekul sebelum digunakan dalam metode-metode lain seperti spektometer massa,PCR,
kloning, sekuensing DNA, atau immuno-blotting yang merupakan metode lebih lanjut.
Dalam elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam dan
fase bergerak. Pada fase diam digunakan untuk menyaring objek yang akan dipisah
sedangkan pada fase bergerak digunakan untuk membawa objek yang akan dipisah.
Kelebihan elektroforesis gel agarosa diantaranya teknik yang digunakan sederhana,
preparasi gel lebih cepat dilakukan karena pembuatan gel agarosa lebih mudah dan
bersifat non toksik, laju pemisahan lebih cepat sehingga fragmen DNA pun lebih cepat
 terbentuk, dan dapat memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya.
Elektroforesis gel agarosa ini dapat dilakukan pada suhu kamar (Anonim, 2020).

E. Kerugian Elektroforesis Gel

Kerugian dalam penggunaan gel agrosa untuk elektroforesis DNA yaitu salah satu
masalah serius yang terkait dengan gel agrosa karena serat gel bermuatan negatif , yang
diperlukan untuk bermigrasi ke arah katoda . Kerugian elektroforesis juga dapat meleleh
selama prosedur elekroforesis karena suhu tinggi yang dihasilkan oleh peralatan yang
juga dapat menyebabkan buffer menguap dan mengekspos gel. Pada molekul genetika
secara merata yang dapat merusak gel atau mempersulit pemulihan molekul untuk
percobaan selanjutnya . Menjalankan elektroforesis terlebih lagi sistemnya menjadi lebih
canggih namun pengaruh kontaminasi sperti vanidium dan selenium dapat menggangu
hasil gel terutama jika proses dibiarkan berjalan dalam jangka waktu yang lama.Kerugian
utama dalam penilaian kuantittif keanekaragaman hayati dan menggabungkan gen dalam
regulasi untuk membuat keterkaitan filogenetik , kerugian lainnya adalah penjepit GC
dapat diubah- ubah setiap kali disintesis. Menggunakan media pemisah dengan gabungan
poliakrilamida- natrium jenis ini memiliki sifat yang lebih sensitif dan lebih akurat
namun membutuhkan proses yang lebih lama . Penggunaan medium pemisah dipengaruhi
dengan medium pemisahnya , medium yang digunakan untuk mengidentifikasi serta
kemurnian fragmen – fragmen DNA tersebut merupakan pembawa genetik makhluk
hidup , keuntungan dari gel ini lebih mudah, sederhana dan laju pemisahnya lebih cepat
membentuk fragmen – fragmen dan tidak bersifat tosik (Harahap, 2018).

F. Kegunaan Elektroforesis Gel Dalam Bidang Kesehatan

Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi dan
memainkan fragmen DNA. Elektroforesis digunakan untuk meneliti DNA dalam
berbagai bidang, misalnya dalam bidang kepolisian, teknik ini digunakan untuk
pemeriksaan DNA, setiap orang memiliki karakteristik khusus, misalnya sidik jari.
Sehingga membantu polisi dalam mengungkap sebuah kasus. Sementara itu, dalam
kegiatan biologi molekuler, elektroforesis merupakan salah satu cara untuk
memvisualisasikan keberadaan DNA, plasmid, dan produk PCR. Selain itu juga,
diigunakan untuk mendeteksi kompleks-kompleks antigen-antibodi, dan untuk analisis
molekul DNA, RNA dan molekul protein (Aslinda, 2016).
Kegunaan lainnya yaitu :
 Proses pemurnian protein tidak dapat diketahui atau disimpulkan keberhasilannya
tanpa menganalisis kemurniannya. Melalui elektroforesis, protein murni ditunjukkan
dengan adanya satu pita protein pada gel yang divisualisasikan dengan senyawa
penanda. Teknik ini umumnya menggunakan gel yang terbentuk dari polimer
akrilamida, yang tingkat pori-pori polimernya dapat diatur berdasarkan jumlah dan
rasio monomer yang dipakai. Gel elektroforesis adalah cara yang paling umum untuk
digunakan, dimana peningkatan kemurnian protein dapat diamati dengan
berkurangnya jumlah pita protein yang tervisualisasi pada gel. Hal yang penting
dilakukan selama dan setelah melakukan protein adalah mengetahui berapa banyak
protein yang berhasil diperoleh. Hal ini penting untuk menghitung efisiensi dari
pemilihan sumber protein dan dari proses pemurniannnya. Dalam proses pemurnian,
selalu terjadi pertimbangan antara banyaknya protein yang didapat dan tingkat
kemurnian, dimana salah satu dari dua parameter tersebut akan dikorbankan (trade
off). Semakin tinggi tingkat kemurnian protein biasanya diikuti dengan semakin
sedikit protein yang diperoleh (yield), dan sebaliknya. Selain itu, kadar protein dalam
larutan juga penting untuk diketahui karena berkorelasi dengan fungsi bahkan
kestabilan protein tersebut. Protein berkadar tinggi menunjukkan aktivitas tinggi, dan
sebaliknya. Misalnya, dalam aplikasi protein di bidang kesehatan (sebagai obat), kaar
protein sangat penting diketahui karena menentukan dosis obat yang harus diberikan .
dosis yang terlalu kecil akan menyebabkan pemberian obat menjadi tidak efektif,
sedangkan dosis terlalu besar dapat memberikan efek samping yang berpotensi
membahayakan. Elektroforesis melalui gel agrosa atau poliakrilamid merupakan
metode standar untuk pemisahan, identifikasi, dan pemurnian fragmen DNA. Selain
itu elektroforesis gel poliakriamid dapat juga digunakan untuk pemisahan identifikasi
dan pemurnian protein . Teknik ini merupakan teknik sederhana, cepat dan dapat
memisahkan molekul yang diinginkan dari matriksnya yang tidak dapat dilakukan
oleh prosedur lainnya seperti satrifugasi gradien . Fragmen DNA dengan panjang
tertentu bermigrasi dengan kecepatan yang berbeda pada gel yang mengandung
 kosentrasi agrosa berbeda. Ada hubungan antara logaritma mobilitas DNA dan
kosentrasi agrosa (Thenawidjaja, 2017).
 Hibrididasi asam nukleat merupakan metode digunakan sekarang , metode ini
digunakan dalam menganalisis maupun menentukan karakter suatu fragmen DNA.
Metode hibrididasi ini dapat diterapkan pada beberapa keperluan , mulai dari mencari
informasi letak suatu fragmen DNA dalam genom, analisis transkripsi dan
regulasinya, deteksi penyakit genetik dan sidik jari DNA. Ada beberapa macam
hibrididasi yaitu hibrididasi soultherm, DNA genom biasanya dilakukan dengan
teknikyang ditemukan oleh Soultherm , dalam hal ini DNA genom dipotong dengan
enzim restriksi endonuklease, dan fregmen yang dihasilkan dipisahkan berdasarkan
ukurannya dengan elektroforesis gel agrosa. DNA kemudian didenaturasi dan
dipindahkan dari gel ke membran nilon atau membran nitroselulosa. DNA yang
menempel pada filter dihibrididasi dengan pelacak DNA berlabel radioaktif dan
autoradiografi digunakan untuk menentukan letak pita yang komplemen dengan
pelacak dan berkembang penggunaan pelacak DNA bersifat non – radioaktif.
 DNA fingerpriting / sidik jari , metode ini digunakan untuk determinasi infeksi, DNA
dari mikroorganisme dengan pemotongan enzim restriksi yang sama dari hasil
pemotongan dipisahkan dengan elektroforesis pada agar gel (Sudjadi, 2008).

G. Alat-Alat Elektroforesis Gel

1. Sentrifuge
Sentrifuge adalah suatu alat yang digunakan untuk memisahkan senyawa dengan
berat molekul yang berbeda dengan memanfaatkan gaya sentrifugal. Besarnya gaya
tersebut tergantung pada besar jari-jari dari titik pusat dan kecepatan sudut.
Sentrifuge tersebut berfungsi untuk memisahkan DNA dengan jaringan, protein,
RNA, dan lainnya (Hartatik, 2019 : 23).
2. General purpose centrifuge
General purpose centrifuge merupakan jenis centrifuge yang biasanya dapat
diletakkan di atas meja dan dirancang untuk pemisahan sampel darah, urin, serum,
atau cairan lain dari bahan padat yang tidak larut (Hartatik, 2019 : 23).
3. Mikro centrifuge
 Mikro centrifuge biasa disebut microfuges dapat menggunakan microtube yang
berukuran 0,6 sampai 2,0 ml dan kecepatan maksimal mencapai 10.000 rpm dengan
kapasitas maksimal 12 tube (Hartatik, 2019 : 25).
4. Thermobath
Thermobath mirip dengan waterbath tetapi kering. Alat ini juga disebut sebagai
multiheater yang berfungsi untuk inkubasi sesuai temperature yang diinginkan, baik
pada proses isolasi DNA maupun PCR-RLFP (digesti). Fungsinya pada tahap lisis
proteinase dan RNAse sedangkan pada PCR-RFLP yakni pada tahapan pemotong
enzim terhadap produk PCR (Hartatik, 2019 : 25).
5. Thermocycler
Thermocycler berguna untuk perbanyakan DNA (gen target) sesuai pengaturan
suhu. Fungsinya adalah untuk amplifikasi suatu gen. Alat ini merupakan alat
laboratorium yang sering digunakan untuk amplifikasi segmen pada DNA dengan
menggunakan PCR (Hartatik, 2019 : 26).
6. Autoklaf
Autoklaf berguna untuk menstrelisasi peralatan laboratorium dan bahan larutan
dengan suhu 105 sampai 121°C. Autoklaf dapat mensterilkan berbagai macam
peralatan dan bahan dengan menggunakan uap air panas bertekanan (Hartatik, 2019 :
26).
7. Oven/microwave
Oven atau microwave merek electrolux dengan daya 1.300 watt berguna untuk
mencairkan agarose dalam larutan TBE dengan suhu 180°C dan waktunya
menyesuaikan dengan volume. Semakin besar volume maka semakin lama waktu
yang dibutuhkan. Microwave oven adalah alat yang mampu memanaskan gelombang
mikro pada tekanan atmosfer. Penggunaan alat di samping untuk sterilisasi peralatan
gelas dapat juga untuk memanaskan bahan cair atau mencairkan agar-agar. (Hartatik,
2019 : 23).
8. Mikrotube dan mikropipet
Alat analisis DNA mulai dari ekstraksi DNA sampai dengan persiapan sekuensing
DNA selalu memerlukan mikrotube dan mikropipet. Beberapa tipe mikrotube
berdasarkan ukurannya, yaitu Microtube ukuran 1,5 ml untuk isolasi DNA, 0,6 ml
 untuk tahap digesti, dan 0,2 ml untuk PCR. Microtube berguna untuk memasukkan
larutan. Microtube merupakan tabung kecil yang berfungsi untuk menampung
berbagai larutan dalam satuan mikroliter agar terlindung dari kebocoran dan
ketumpahan selama proses reaksi. Mikropipet merupakan alat untuk mengambil
cairan. Pipet merupakan alat yang umum digunakan di laboratorium kimia, biologi,
dan kesehatan sebagai media untuk mentransfer cairan dengan volume tertentu.
(Hartatik, 2019 : 23).
9. Vortex
Vortex merupakan alat yang berfungsi untuk mencampur larutan pemecahan
dalam kondisi yang homogen. Alat ini digunakan dengan baik pada proses isolasi
DNA, persiapan adonan PCR maupun pencampuran adonan untuk larutan digesti
(PCR-RFLP) (Hartatik, 2019 : 23).
10. Freezer
Freezer dengan suhu -21 ° C berfungsi untuk menyimpan bahan, reagen, dan
produk PCR untuk pemakaian jangka lama. Kulkas dengan suhu -4°C sampai 4°C
berfungsi untuk menyimpan bahan, reagen, dan produk PCR yang langsung dipakai.
Penyimpanan DNA pada suhu menunjukkan kondisi penyimpanan dan stabil pada
suhu lingkungan, sampel berbentuk cair yang disimpan dalam wadah kaca atau
plastik lebih baik disimpan di dalam lemari es karena sampel dapat rusak jika
disimpan dalam freezer. Sampel yang ditambahkan atau mengandung bahan
pengawet (misal: EDTA) dapat disimpan dalam jangka waktu lama dalam lemari es
(Hartatik, 2019 : 23).

11. GeneQuant
GeneQuant merupakan alat yang dapat digunakan untuk menghitung konsentrasi
dan kemurnian dari asam nukleat dan protein sampel. GeneQuant bekerja dengan
prinsip spektrofotometer dengan mengukur absorbansi dan konsentrasi panjang
gelombang alat ini dapat mengukur absorbansi sampel pada panjang gelombang 230,
260, 280, dan 320 nm. Konsentrasi DNA dapat diukur pada panjang gelombang 260
nm. Alat ini sering dikenal dengan kalkulator DNA atau RNA (Hartatik, 2019 : 23).
12. Ultraviolet trans illuminator
 Ultraviolet trans iluminator berguna untuk memendarkan hasil elektroforesis,
yaitu pemunculan DNA dalam bentuk pita (band). UV trans iluminator digunakan di
laboratorium biologi molekuler untuk melihat DNA (atau RNA) yang telah
ditentukan dengan elektroforesis melalui gel agarose. Setelah elektroforesis, gel
agarose diwarnai dengan pewarna fluorescent yang mengikat asam nukleat (ethidium
bromide). Mengekspos gel agarose yang mengandung ethidium bromide ke sumber
cahaya UV menyebabkan DNA berpendar dan menjadi terlihat. Teknik ini digunakan
untuk melihat detail ukuran sampel DNA, misalnya ukuran PCR, ukuran pita DNA
setelah dipotong dengan enzim tertentu, dan melihat keberadaan DNA maupun RNA
setelah ekstraksi (Hartatik, 2019 : 23).
 DAFTAR PUSTAKA

Anonim, 2020. Diakses dari:

(https://www.slideshare.net/mobile/Altafunnisaicha/elektroforesis-63463991). Pada 18
September 2020 pukul 17.21 Wita.
Anonim. 2020. Diakses melalui:

(https://blogs.uajy.ac.id/berlindis/2013/05/27/elektroforesis-gelpilih-gel-agarosa-atau-gel-
poliakrilamid/). Pada 19 September 2020 pukul 08:03 Wita.

Aslinda, Wery dan Ahyar Ahmad. 2016. Isolation and Characterization of Agarose from Red
Macroalgae of Euchema Cottoni for DNA Fragments Separation. Journal Of Natural
Science. 5(3) : 307-317.
Hartatik, Tety. 2015. Analisis genetika molekuler sapi Madura. Yogyakarta: Gadjah Mada

University Press.

Hartatik, Tety. 2019. Pendekatan Praktis : Deteksi Polimorfisme DNA Sapi Aceh. Yogyakarta :

UGM University Press.

Harahap, Muhammad Ridwan. (2018). Elektroforsis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia

Genetika. Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro. Vol.2(1) 21-26.

Sudjadi . (2008) . Bioteknologi Kesehatan . Yogyakarta : Kanisius.

Thenawidjaja, Maggy., Wangsa Tirta Ismaya dan Debbie Soefie Retnoningrum. (2017).
Protein : Serial Bikomia Mudah dan Menggugah. Jakarta : PT. Gramedia.

Yowono, Triwibowo. 2016. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.