MATERI VI

ELEKTROFORESIS HASIL PCR

A. Ringkasan

Elektroforesis adalah suatu proses yang dapat memisahkan atau memigrasikan

fragmen DNA pada matriks berpori di bawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis
dilakukan untuk menentukan keutuhan DNA total. Elektroforesis DNA (hasil ekstraksi DNA
maupun hasil PCR) dilakukan menggunakan 0.52% gel agarose dalam TAE (Tris-Acetic
acid-EDTA) pada mesin elektroforesis DNA horizontal, Gel hasil elektroforesis diwamai
dengan larutan 2 ul etidium bromida lalu divisualisasikan dengan bantuan UV transluminator
(A = 320 nm). Elektroforesis merupakan proses bergeraknya molekul yang bermuatan (dari
kutub negative menuju ke kutub positif) di dalam gel yang direndam dalam larutan
penyangga. Ada bermacam-macam zat kimia yang dapat digunakan sebagai gel di dalam
proses elektroforesis. Penggunaan jenis gel disesuaikan dengan tujuan yang akan dicapai.
Secara umum ada 2 jenis gel yang biasa digunakan yaitu Agarose Gel Electrophoresis (AGE)
dengan visualisasi menggunakan ethidium bromide dan Polyacrilamide Gel Electrophoresis
(PAGE) dengan visualisasi menggunakan silver staining. Kedua cara elektroforesis ini
banyak digunakan dalam visualisasi produk PCR. Prinsipnya alat elektroforesis dibagi
menjadi 2 yaitu horizontal elektrophoresis dan vertical elektrophoresis.

B. Tinjauan Pustaka
A. Definisi
Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan molekul yang menggunakan
medan listrik (elektro) sebagai penggerak molekul dari matriks penyangga berpori
(foresis). Metode ini sangat umum digunakan untuk memisahkan molekul yang
bermuatan atau dibuat bermuatan. Teknik ini dapat digunakan untuk memanfaatkan
muatan listrik yang ada pada molekul misalnya DNA yang bersifat negatif. Molekul
yang dapat dipisahkan antara lain DNA, RNA, atau protein. Jika suatu molekul yang
bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium, msalnya gel agarosa, kemudian
dialiri aurs listrik dari satu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya, maka
molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif.

Elektroforesis DNA umumnya menggunakan metode elektroforesis gel agarose.

Elektroforesis DNA dilakukan misalnya untuk menganalisis fragmen-fragmen DNA
hasil pemotongan dengan enzim restriksi. Fragmen molekul DNA yang telah
dipotong-potong dapat ditentukan ukurannya dengan cara membuat gel agarosa, yaitu
bahan semi-padat berupa polisakarida yang diekstraksi dari rumput laut. Gel agarosa
dibuat dengan melarutkannya dalam suatu buffer. Agar dapat larut dengan baik,
pelarutannya dibantu dengan pemanasan hingga gel agarosa dalam keadaan cair
sehingga mudah dituang ke atas lempeng, dan sebelum mendingin dibuat sumuran
dengan menggunakan perspex menyerupai sisir yang ditancapkan pada salah satu
ujung gel yang masih cair. Sehingga ketika gel memadat, terbentuklah sumuran-
sumuran kecil. Kedalam sumuran inilah nantinya molekul DNA dimasukkan.

Agarosa merupakan polisakarida yang terdiri dari unit agarobiosa. Konsentrasi

agarosa yang biasa digunakan antara 1-3%. Ukuran pori gel bergantung pada
konsentrasi agarose, semakin tinggi konsentrasi agarosa maka semakin kecil ukuran
pori. Sebaliknya, semakin rendah konsentrasi agarosa maka semakin besar ukuran
pori. Agarosa juga mengandung sulfat, semakin rendah konsentrasi sulfat maka
semakin murni agarosa. Keuntungan menggunakan agarosa adalah agarosa leleh pada
suhu yang rendah (62-65°).
 Elektroforesis adalah teknik pemisahan suatu partikel/ spesies/ ion atau
partikel koloid berdasarkan kemampuan berpindah melalui medium konduktif,
biasanya berupa larutan bufer, sebagai respon adanya suatu medan listrik. Secara
teknis, elektroforesis merupakan istilah yang diberikan untuk migrasi partikel yang
bermuatan akibat diberikan arus listrik searah atau DC (Direct Current). Umumnya
teknik dari cikal-bakal elektroforesis digunakan untuk menentukan muatan dari suatu
koloid. Teknik elektroforesis ditentukan oleh ciri molekular ionik dan adanya muatan
sebagai sifat fisik. Arah dan laju pergerakan tergantung pada spot dan intensitas
muatan ionik. Bufer elektroda digunakan untuk konduktor arus dengan menjadi
jembatan konduksi diantara dua elektroda sehingga memungkinkan terjadinya aliran
medan listrik.
Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada
pada makromolekul misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul yang
bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari
suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan
bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul tersebut
tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk
molekulnya.
Pergerakan ini dapat dijelaskan dengan gaya Lorentz, yang terkait dengan sifat-sifat
dasar elektris bahan yang diamati dan kondisi elektris lingkungan:

F adalah gaya Lorentz, q adalah muatan yang dibawa oleh objek, E adalah medan
listrik.

Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan

memurnikan fragmen DNA.
Pergerakan molekul terutama tergantung di muatan yang ada pada permukaan
partikel, tanda dan besarnya muatan pembawa oleh variasi group ionogenik.
Tergantung kepada kekuatan molekul listrik dan pH dari medium dalam
mengkateristik, sehingga pemisahan molekul dapat terjadi karena efek seleksi dan
medium yang sesuai.

 Prinsip kerja Elektrofoesis

Prinsip kerja dari elektroforesis adalah adanya pergerakan komponen bermuatan
positif (+) pada kutub negatif (-) serta komponen bermuatan negatif (-) pada kutub
positif (+). Pegerakan yang terjadi disebut "elektrokinetik" . Hasil yang
didapatkan dari elektroforesis adalaha elektroforegram yang memberikan
informasi mengenai seberapa cepat perpindahan komponen (tm) atau biasa disebut
kecepatan migrasi. Besaran yang digunakan sama dengan pada proses
kromatografi.
 Skema Elektroforesis

Dari gambar diatas dapat dilihat bahwa komponen yang bermuatan

positif akan bergerak searah dengan medan listrik menuju kutub negatif.
Apabila dalam campuran terdapat dua jenis komponen, yakni (1) komponen
negatif (-), dan (2) komponen netral (N), maka komponen negatif akan
bergerak menuju kutub positif (+) sedangkan komponen netral (N) akan tetap
diam. Skema alat elektroforesis secara sederhana dapat dilihat pada gambar di
bawah ini. Pada gambar tersebut dapat dilihat komponen yang bermuatan
positif akan mengalir ke arah kutub negatif, sedangkan komponen bermuatan
negatif akan mengalir ke arah kutub positif.

B. Macam elektroforesis
1. Elektroforesis kertas
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai
fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah
ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi
sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada
muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan,
konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan adsorpsivitas zat terlarut.

Sesuai dengan perkembangan ilmu bahan, elektroforesis kertas menjadi fasa

pertama dari perkembangan elektroforesis zona. Dengan menggunakan medium
kertas, pemisahan dan analisis terhadap asam amino, peptida, nukleotida, dan ion-
ion logam yang kecil dapat dilakukan.

Kelemahan penggunaan kertas selulosa asetat adalah: adanya gangguan yang

disebabkan oleh adanya gugus OH- yang terdapat pada selulosa yang dapat
berinteraksi dengan molekul polar sehingga daya migrasi molekul tersebut
terganggu dan menjadi lebih rendah (Harjadi 1993). Kelemahan ini dapat diatasi
dengan cara asetilasi gugus hidroksil dengan menggunakan kertas selulosa asetat
yang tidak polar. Hal ini menyebabkan migrasi molekul polar tidak terganggu,
resolusi lebih baik, dan proses pemisahan berlangsung lebih cepat.

Keuntungan penggunaan kertas selulosa asetat adalah:

 proses migrasi lebih cepat
 pemisahan spot menjadi lebih kecil
 mudah memisahkan sampel dengan spektrofotometri
 mudah dilarutkan dalam pelarut dalam jumlah sedikit.
Pada elektroforesis kertas selulosa asetat, kertas selulosa asetat harus
dibersihkan dengan cara kering dalam percobaan ini. Cara kering lebih baik
resolusinya dan spotnya lebih kecil daripada cara basah. Oleh karena itu,
percobaan ini menggunakan medium selulosa asetat.
2. Elektroforesis gel

Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase

diam untuk memisahkan molekul-molekul. Awalnya elektoforesis gel dilakukan
dengan medium gel kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang
lebih besar seperti protein-protein. Kemudian elektroforesis gel berkembang
dengan menjadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai gel media.
Dalam elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam
dan fase bergerak (eluen). Fase diam berfungsi "menyaring" objek yang akan
dipisah, sementara fase bergerak berfungsi membawa objek yang akan dipisah.
Sering kali ditambahkan larutan penyangga pada fase bergerak untuk menjaga
kestabilan objek elektroforesis gel. Elektroda positif dan negatif diletakkan pada
masing-masing ujung aparat elektroforesis gel.
Zat yang akan dielektroforesis dimuat pada kolom (disebut well) pada sisi
elektroda negatif. Apabila aliran listrik diberikan, terjadi aliran elektron dan zat
objek akan bergerak dari elektroda negatif ke arah sisi elektroda positif.
Kecepatan pergerakan ini berbeda-beda, tergantung dari muatan dan berat molekul
DNA. Kisi-kisi gel berfungsi sebagai pemisah. Objek yang berberat molekul lebih
besar akan lebih lambat berpindah.

Gambar Prosedur Kerja Elektroforesis Gel

3. Elektroforesis kapiler
 Elektroforesis kapiler adalah metode elektroforesis yang digunakan untuk
memisahkan asam amino, protein, lipid, karbohidrat, dan nukleotida dengan
resolusi tinggi yang dilakukan pada pipa kapiler berisi buffer. Metode ini
mulai digunakan secara luas pada akhir tahun 1940 untuk aplikasi dalam
berbagai bidang seperti bioteknologi, kimia, lingkungan, dan analisis farmasi.
Elektroforesis kapiler menggunakan listrik bertegangan tinggi yang

menyebabkan semua komponen ion atau molekul netral bergerak ke katoda.

Deteksi dapat dilakukan dengan teknik pendeteksian spektrometri atau
elektrokimia. Teknik pemisahan ini dipengaruhi oleh tegangan listrik,
koefisien difusi, panjang, dan diameter pipa kapiler, serta konsentrasi sampel.
Metode ini memiliki efisiensi dan selektivitas yang baik namun boros listrik
karena menggunakan tegangan tinggi dan alatnya juga mahal.

Elektroforesis kapiler (CE), juga dikenal sebagai zona elektroforesis kapiler, dapat
digunakan untuk memisahkan spesies ion oleh muatan mereka dan gesekan
kekuatan dan radius hidrodinamika. Elektroforesis , bermuatan listrik bergerak
analit dalam konduktif cairan menengah bawah pengaruh suatu medan listrik .
Diperkenalkan pada tahun 1960-an, teknik elektroforesis kapiler (CE) dirancang
untuk spesies terpisah berdasarkan ukuran mereka untuk mengisi rasio dalam
interior sebuah kapiler kecil penuh dengan elektrolit.

C. Medium pendukung
Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan medium pendukung untuk
mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan.
Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan medium pendukung yang banyak dipakai
untuk separasi protein dan asam nukleat. Efek penguapan juga dapat diturunkan
minimal jika elektroforesis dilakukan di medium pendukung yang dicelupkan dengan
larutan buffer. Pemisahan sempurna suatu campuran dapat terjadi efektif dalam zona
tertentu.
Meskipun medium pendukung relatif stabil (inert), komposisinya mungkin akan
menyebabkan penyerapan, migrasi elektron (elektro osmosis) atau penyaringan
berdasarkan ukuran molekulnya, yang kesemuanya mempengaruhi kecepatan gerak
senyawa.
 1. Cellulose asetat
2. Larutan Buffer
Larutan buffer (penyangga) ini menstabilkan pH medium pendukung. Buffer juga
dapat mempengaruhi kecepatan gerak senyawa karena beberapa hal, yaitu :
a. Komposisi
Buffer harus tidak mengikat senyawa yang dipisahkan karena akan
mempengaruhi kecepatan gerak. Buffer borat dipakai untuk memisahkan
karbohidrat, karena dapat membentuk gabungan yang bermuatan listrik
dengan karbohidrat.
b. Konsentrasi
Dengan naiknya kekuatan ion buffer, jumlah arus listrik yang terbawa
meningkat dan bagian aliran yang dibawa sampel menurun, sehingga
memperlambat geraknya. Kekuatan ion tinggi dalam buffer akan
meningkatkan arus keseluruhan sehingga panas juga meningkat, biasanya
dipilih 0,05 -0,10M.
c. pH
Tingkat ionisasi asam-asam organik akan bertambah apabila pH bertambah,
sebaliknya untuk basa-basa organik,oleh sebab itu tingkat kecepatan geraknya
juga terpengaruh oleh pH. Kedua pengaruh dapat terjadi pada senyawa seperti
asam aminoyang memiliki sifat asam dan basa.
3. Medan elektrik
Apabila voltase diberikan diantara dua elektroda, arus ditentukan oleh tahanan
dalam medium.
a. Voltase
Apabila jarak antara dua elektroda adalah 1 meter dan perbedaan potensial
antara keduanya adalah V volt sehingga gradient potensialnya adalah V/1m.
Kenaikan gradient potensial akan menyebabkan kecepatan gerak ion.
b. Aliran listrik
Arus aliran listrik dalam larutan antara dua elektroda disebabkan umumnya
oleh ion buffer dan sedikit oleh ion dalam sampel. Kenaikan voltase akan
meningkatkan jumlah muatan yang dipindahkan setiap detik kearah elektroda.
Jarak yang ditempuh ion akan sebanding dengan waktunya.
c. Tahanan
Medium elektroforesa menimbulkan pada aliran ion sebanding dengan jenis
medium, jenis buffer dan konsentrasinya. Tahanan akan meningkat dengan
bertambahnya jarak antara elektroda, namun berkurang dengan bertambahnya
luas permukaan elektroda dan konsentrasi ion dalam buffer.

D. Komponen utama alat

1. Larutan elektrolit: larutan pembawa komponen umumnya buffer dengan pH
tertentu.
2. Zat pendukung: tempat pemisahan terjadi. Biasanya berupa kertas(selulosa asetat,
selulosa nitrat), gel kanji, gel polikrilamid, busa poliuretan, agar-agar.
3. Elektroda: dengan anoda dan katoda yang dihubungkan arus listrik.
 Rangkaian Alat Elektroforesis

Berdasarkan bentuk alat, elektroforesis dibagi menjadi dua:

1. Elektroforesis Planar
2. Elektroforesis Kolom
Pemisahan pada elektroforesis, selain disebabkan oleh fenomena
elektrokinetik, juga dapat disebabkan karena adanya filtrasi, yakni interaksi
dengan fasa diam. Pemisahan yang disebabkan karena interaksi tersebut tidak
disebut elektroforesis, melainkan "elektrokromatografi". Arus yang digunakan
pada elektroforesis adalah arus DC dengan nilai tegangan kurang dari 1000 volt.
Apabila digunakan lebih dari 1000 volt maka akan terjadi efek pemanasan pada
media gel. Efek pemanasan tersebut disebut "efek Joule" yang disebabkan karena
adanya tumbukan partikel elektron. Efek pemanasan dapat dihilangkan dengan
dua cara, yakni:
1. Pendinginan
2. Efek Konveksi. Efek konveksi adalah suatu cara untuk membebaskan panas
dengan mengganti bentuk planar menjadi bentuk kolom atau kapiler. Kapiler
yang digunakan dibuat dari silika yang bermuatan netral atau negatif. Bagian
luar kapiler dilapisi dengan polimer agar bersifat lentur.

Electro Osmotic Flow (EOF)

 Jika kapiler pada elektroforesis diberi tegangan, maka akan terjadi perpindahan
muatan ke arah kutub negatif (-). Perpindahan yang terjadi disebut "electroosmotic
flow (EOF)". Pergerakan elektrolit yang tidak dipengaruhi oleh EOF disebut
"elektroforetik". Prinsip kerja EOF dapat dilihat pada gambar berikut.

Dari gambar diatas dapat dilihat bahwa terjadi pemisahan anatara muatan positif
dengan muatan negatif akibat adanya lapis rangkap listrik. Lapis rangkap listrik terjadi akibat
pemberian tegangan yang sangat tinggi pada dinding pipa kapiler. Sebelum diberi tegangan,
permukaan kapiler akan bermuatan netral, setelah diberi tegangan, maka ion negatif akan
menempel pada permukaan sebagai lapis pertama. Ion positif akan mengikuti ion negatif
membentuk lapisan pada permukaan, dalam hal ini ion positif akan membentuk lapisan
kedua. Sistem ini disebut lapis rangkap listrik.
Kecepatan migrasi elektroforesis dipengaruhi oleh ukuran, bentuk, serta muatan dari
masing-masing komponen. Kecepatan migrasi yang tinggi akan terjadi jika komponen
memiliki muatan tinggi dan ukuran rendah, dengan kata lain memiliki densitas muatan yang
tinggi. Densitas muatan sendiri adalah perbandingan anatara muatan dengan ukuran yang
dimiliki oleh suatu komponen.

E. Manfaat
Elektroforesis gel secara luas digunakan untuk memperkirakan ukuran fragmen
DNA , misalnya dalam pemetaan pembatasan DNA kloning. Metode ini juga
digunakan dalam diagnosis genetika molekuler atau sidik jari genetik melalui analisis
PCR. Elektroforesis gel agarosa juga digunakan untuk menyelesaikan DNA melingkar
dengan perbedaan superkoil topologi, dan untuk menyelesaikan fragmen yang
berbeda karena sintesis DNA. Selain menyediakan media yang tepat untuk analisis
ukuran fragmen, gel memungkinkan pemurnian fragmen DNA.
B. Tujuan

Mengetahui dan memahami proses elektroforesis pada sampel DNA hasil PCR.

C. Alat dan Bahan

1. Horizontal Agarose Gel Electrophoresis Apparatus

2. Well-Forming Combs (Sisir pembentuk Sumur)

3. Microwave atau Hotplate

4. Transilluminator Blue, Yellow, White Tip

5. Mikropipet

6. 1xbuffer TAE

7. Ethidium Bromide (10mg/ml)

8. Loading Dye

9. Agarose DNA ladder

10. UV filter

11. Camera Polaroid

12. Power Supply

D. Cara Kerja

1. Pembuatan Gel Agarose

 Tentukan konsentrasi atau persentase agarose yang dibutühkan, dan hal ini tergantung
dari ukuran fragmen DNA yang dianalisis. Persentase gel agarose yang
direkomendasikan, adalah sebagai berikul:

a. 0.5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 1.000-30.000 pb.

b. 0.7% agarose untuk fragmen DNA berukuran 800-12.000 pb.

c. 1.5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 200-3.000 pb.

d. 2.0% agarose untuk fragmen DNA berukuran 50-2.000 pb.

 Pilih tipe agarose yang digunakan. Kebanyakan tipe yang digunakan adalah standard
agarose. Misalnya telah ditentukan akan dibuat 2% gel agarose dalam volume 200ml
 1xbuffer TAE, maka jumlah agarose yang akan ditimbang yaitu 2 gram/100ml x
200ml = 4 gram.
 Tempatkan 4 gram agarose ke dalam erlenmeyer dan isi dengan larutan 1x buffer TAE
sampai volume 200ml, kemudian kocok dari merata

 Panaskan dalam microwave sampai mendidih dan menjadi jernih

 Dinginkan agarose kira-kira sampai 60°C dan tambahkan 5 pf ethidium bromide

(10mg/ml) dan campur hingga merata

 Larutan selanjutnya dituang ke dalam tray dan pasang well-forming combs, tunggu
kurang lebih 30 menit atau sampai gel mengeras. Lepas well- forming combs secara
perlahan-lahan dan gel agarose siap digunakan untuk elektroforesis.

2. Proses Elektroforesis

 Letakkan tray yang berisi agarose di dalam tank elektroforesis dan tuang larutan
1xbuffer TAE ke dalam tank tersebut hingga sekitar 1 mm di atas permukaan gel

 Ambil sampel dengan micropipet sebanyak kapasitas somur (well) yang biasanya
sekitar 4-8ul Letakkan sampel di atas parafilm atau plastic cling wrap dan tambahkan
loading dye buffer sebanyak 1/10 volume sampel kemudian aduk hingga merata.
Ambil farutan tersebut dengan mikropipet dan masukkan ke dalam sumur (well) pada
gel agarose

 Setelah sampel dimasukkan dalam sumur (well), tutup tank elektroforesis dan
hubungkan arus listrik (hati-hati tegangan listrik cukup tinggi). Setelah itu proses
elektroforesis siap dijalankan.

 Lamanya elektroforesis tergantung persentase gel agarose, tegangan arus listrik, dan
ukuran molekul DNA. Sebagai gambaran proses elektroforesis untuk: tegangan listrik
yang digunakan 100 volt. Ukuran fragmen DNA yang dianalisis 50-2000 pasang basa
maka proses elektroforesis memerlukan waktu sekitar 30 menit.

 Setelah proses elektroforesis selesai, matikan arus listrik dan ambil tray dengan
menggunakan sarung tangan. Taruh gel pada UV transilluminator dan Jika pita/band
molekul DNA kelihatan terang maka ambil dokumentasi dengan menggunakan
kamera Polaroid.

E.Pertanyaan
Jelaskan mekanisme pergerakan DNA pada gel yang digunakan dalam praktikum init.
Jawab :
Pita-pita DNA hasil elektroforesis dengan nomor sumuran dan jenis
sampelnya. Perkirakan ukuran masing-masing fragmen/pita dengan
membandingkannya dengan posisi migrasi pada DNA marker. Metode ini didasarkan
pada pergerakan molekul bermuatan dalam media penyangga matriks stabil, di bawah
pengaruh medan listrik. Media yang umum digunakan adalah sel agarosa atau
poliakrilamid. Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA
yang berukuran lebih besar dari 100 pb dan dijalankan secara horizontal, sedangkan
elektroforesis poliakrilamid dapat memisahkan 1 pb dan dijalankan secara vertical.
Elektroforesis poliakrilamid biasanya digunakan untuk menentukan DNA
(sekuensing).
Larutan yang bermuatan negatif dimasukkan ke dalam sumur-sumur yang
terdapat pada gel agarosa dan diletakkan di kutub negatif, apabila dialiri arus listrik
dengan menggunakan larutan buffer yang sesuai maka DNA akan bergerak ke kutub
positif. Laju migrasi DNA dalam medan listrik berbanding terbalik dengan massa
DNA. Migrasi DNA terutama ditentukan oleh ukuran panjang dan bentuk DNA.
Fragmen DNA yang berukuran kecil akan bermigrasi lebih cepat dibandingkan yang
berukuran besar, sehingga elektroforesis mampu memisahkan fragmen DNA
berdasarkan ukuran panjangnya. Untuk visualisasi maka ditambahkan larutan etidium
bromida yang akan masuk diantara ikatan hydrogen pada DNA, sehingga pita
fragmen DNA akan kelihatan dibawah lammpu UV. Panjang amplikon bisa
diperkirakan dengan membandingkannya dengan pita DNA standar.
Karena pita-pita atau puncak-puncak protein terlalu rapat cenderung saling
tumpah-tindih, metode pemisahan satu dimensi, seperti elektroforesis gel
poliakrilamida SDS atau kromatografi, hanya mampu menguraikan protein dalam
jumlah yang relatif kecil (umumnya kurang dari 50). Sehingga digunakan
elektroforesis gel dua dimensi yang menggabungkan dua prosedur pemisahan yang
berbeda. metode ini dapat menguraikan lebih dari 1000 macam protein melalui
pemetaan dua dimensi.