LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ELEKTROFORESIS PROTEIN DENGAN METODE SDS-PAGE

Oleh :

Kelompok IV :

Ni Luh Candra Kalpika Swari (1508505041)

Putu Ayu Indra Apsari Siaka (1508505053)

Ida Ayu Pradnya Dwi Cahya (1508505065)

JURUSAN FARMASI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS UDAYANA

2016
 PEMURNIAN PROTEIN

I. TUJUAN PERCOBAAN
I.1 Mahasiswa memahami prinsip dasar pemurnian protein
I.2 Mahasiswa mampu memahami dan melakukan fraksinasi protein dengan garam
ammonium sulfat
I.3 Mahasiswa mampu memahami metode SDS-PAGE protein
II. DASAR TEORI
II.1Protein
Kata protein berasal dari kata protos atau proteos yang berarti pertama atau utama.
Protein merupakan komponen penting sel hewan atau manusia sehingga fungsi utama
protein yaitu sebagai zat pembentukan dan pertumbuhan tubuh. Protein adalah
komponen yang terdiri atas atom karbon, hydrogen, oksigen, nitrogen, dan beberapa
ada yang mengandung sulfur dan fosfor. Tersusun dari serangkaian asam amino dengan
berat molekul yang relatif sangat besar, yaitu berkisar 8.000 sampai 10.000. Protein
yang tersusun dari hanya asam amino disebut protein sederhana. Adapun protein yang
mengandung bahan selain asam amino, seperti turunan vitamin, lemak, dan karbohidrat,
disebut protein kompleks. Secara biokimiawi, 20% dari susunan tubuh orang dewasa
terdiri dari protein. Kualitas protein ditentukan oleh jumlah den jenis asam aminonya
(Devi, 2010).
Protein sangat berperan penting dalam proses tubuh. Proses kimia tubuh dapat
berlangsung dengan baik karena adanya enzim, suatu protein yang berfungsi sebagai
biokatalis. Di samping itu, hemoglobin dalam butir-butir darah merah (eritrosit) yang
berfungsi sebagai pengangkut oksigen dari paru-paru ke seluruh bagian tubuh adalah
suatu jenis protein. Demikian juga zat-zat yang berperan untuk melawan bakteri atau
yang biasa disebut antigen juga suatu protein. Protein merupakan jenis zat gizi yang
diperlukan tubuh untuk menggantikan sel-sel yang rusak dan juga untuk pertumbuhan.
Kita memperoleh protein dari makanan yang berasal dari hewan ataupun tumbuhan.
Protein yang berasal dari hewan disebut protein hewani, sedangkan yang berasal dari
tumbuhan disebut protein nabati. Beberapa makanan sumber protein adalah daging,
telur, susu, ikan, beras, kacang, kedelai, gandum, jagung, dan buah-buahan.

2.1.1 Sifat Fisis Protein

 Protein murni tidak berwarna dan tidak berbau. Jika protein tersebut dipanaskan,
warnanya berubah menjadi coklat dan baunya seperti bau bulu atau bau rambut
terbakar. Keratin misalnya, yaitu protein yang monomernya banyak mengandung asam
amino sistein. Jika keratin dibakar, timbul bau yang tidak enak. Protein alam yang
murni juga tidak memiliki rasa, tetapi hasil hidrolisis protein, yaitu proteosa, pepton,
dan peptida, mempunyai rasa pahit. Pada umumnya, protein terdapat dalam bentuk
amorf dan hanya sedikit sekali yang terdapat dalam bentuk Kristal. Protein nabati
umumnya lebih mudah membentuk Kristal dibandingkan dengan protein hewani.
Protein hewani seperti hemoglobin mudah membentuk suatu Kristal, sedangkan
albumin sukar. Kandungan protein pada setiap bahan berbeda-beda. Beberapa protein
enzim, seperti tripsin, pepsin, urease, dan katalase juga dapat membentuk Kristal
(Sumardjo, 2008).
Viskositas larutan protein dipengaruhi oleh jenis dan konsentrasi protein. Pada
konsentrasi yang sama, larutan protein fibrosa mempunyai viskositas yang lebih tinggi
dibandingkan dengan protein globular. Jadi, juga pada konsentrasi yang sama, larutan
protein bermolekul besar mempunyai viskositas yang lebih tinggi dibandingkan dengan
larutan protein bermolekul kecil. Viskositas protein paling rendah yaitu pada titik
isoelektriknya. Kelarutan protein dalam pelbagai pelarut (air, alcohol, dan garam encer)
berlainan. Protein yang kaya akan radikal-radikal nonpolar bebas lebih mudah larut
dalam campuran alcohol-air dari pada dalam air. Protein yang miskin akan radikal-
radikal polar bebas cenderung untuk mengendap dengan penambahan sedikit alcohol
atau aseton. Protein tidak larut dalam air, tetapi kaya akan radikal-radikal yang
bermuatan, dan mudah larut dalam garam-garam netral. Tinggi rendahnya suhu dapat
memengaruhi kelarutan protein dalam larutan garam. Dalam larutan garamfosfat
misalnya karboksi hemoglobin kuda pada suhu 0oC mempunyai kelarutan sepuluh kali
lebih besar dari pada suhu 25oC. Protein yang terdapat pada biji-biji tanaman lebih
mudah larut dalam larutan garam pada suhu tinggi dibandingkan dengan suhu rendah.
Namun, kenaikan suhu tidak banyak memengaruhi kelarutan albumin telur dalam
larutan garam (Sumardjo, 2008).

2.1.2 Amfoter
Adanya gugus amino dan karboksil bebas pada ujung-ujung rantai molekul protein,
menyebabkan protein mempunyai banyak muatan (polielektrolit) dan bersifat amfoter
(dapat bereaksi dengan asam maupun dengan basa). Dalam kimia, amfoter merujuk
 pada zat yang dapat bereaksi sebagai asam atau basa. Perilaku ini dapat terjadi karena
memiliki dua gugus asam dan basa sekaligus atau karena zatnya sendiri mempunyai
kemampuan seperti itu. Zat amfoter yang klasik adalah asam amino, protein, dan air.
Beberapa logam, seperti seng, timah, aluminium, dan berilium, dapat membentuk
oksida amfoterik. Gejala ini dapat dimanfaatkan untuk memisahkan kation dalam
larutan, misalnya seng dari mangan (Linggih, 2004).

2.2 Elektroforesis
Elektroforesis adalah sebuah metode untuk separasi atau pemisahan sebuah molekul
besar (seperti protein, fragmen, DNA, RNA dll) dari campuran molekul yang serupa.
Elektroforesis digunakan untuk memisahkan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Sebuah arus
listrik dilewatkan melalui medium yang mengandung sampel yang akan
dipisahkan.Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada
padama kromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul yang
bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium (misal agarosa), maka molekul
tersebut akan bergerak dari muatan negatif menuju muatan positif. Kecepatan gerak
molekul tersebut tergantung pada rasio muatan terhadap massanya dan bentuk
molekulnya (Yuwono, 2008).

Tujuan analisis protein dengan metode elektroforesis yaitu untuk memisahkan

protein berdasarkan berat molekul dengan menggunakan matriks penyangga akrilamid.
Selain itu dengan elektroforesisakan diketahui jenis protein dalam bahan atau sampel
yang akan dianalisis. Elektroforesis dalam skala besar memungkinkan digunakan
sebagai metode pemisahan untuk menentukan komponen dari protein (Wibowo, 2010)

Ada 2 jenis elektroforesis yaitu Elektroforesis Kertas dan Elektroforesis Gel

1. Elektroforesis Kertas: merupakan jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas
sebagaifase diam dan partikel bermuatan yang terlarut (terutama ion-ion kompleks)
sebagaifase gerak. Pemisahan tersebut terjadi karena adanya gradasi konsentrasi
sepanjangsistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan
atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan, konsentrasi
elektrolit,kekuatan ion, pH, viskositas, dan daya absopsi zat terlarut (Boyer, 2004).
2. Elektroforesis Gel: merupakan elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam
untuk memisahkan molekul-molekul seperti DNA dan protein menjadi pita-pitayang
 masing-masing terdiri atas molekul-molekul dengan panjang yang sama. Elektroforesis
gel merupakan teknik memisahkan suatu makromolekul dengan cara memberi gaya
pada makro molekul tersebut untuk melewati medium berisi gel yang dibantu dengan
tenaga listrik. Elektroforesis gel memisahkan berdasarkan laju perpindahannya
melewati suatu gel di bawah pengaruh medan listrik. Media atau gel yang dapat
digunakan yaitu agarose gel (elektroforesis DNA) dan poliakrilamid gel (elektroforesis
protein). Laju pergerakan molekul dipengaruhi oleh ukuran molekul,konsentrasi gel,
bentuk molekul, densitas muatan, pori-pori gel, voltase, dan larutan buffer
elektroforesis (Martin, 2006).
SDS (sodium dodecyl sulfat) merupakan detergen anionik, yang apabila dilarutkan
molekulnya memiliki muatan negatif dalam range pH yang luas. Fungsi utama SDS
padametode SDS-PAGE (SDS-Polyacrylamide gel electrophoresis) yaitu untuk
memberikan muatan negatif pada protein yang akan dianalisis, selain itu SDS dapat
mendenaturasi protein, mempermudah menyamakan kondisi, dan menyederhanakan
protein (bentuk, ukuran, dan muatan). Muatan negatif SDS akan menghancurkan
sebagian stuktur kompleks protein dan secara kuat tertarik ke arah anoda bila
ditempatkan pada suatu medan listrik (Anam, 2009).
Fungsi akrilamid pada metode SDS-PAGE yaitu untuk mencegah difusi akibat
timbulnya panas pada arus listrik. Selain itu gel akrilamid sering dimanfaatkan untuk
memisahkan molekul protein yang kecil. Konsentrasi akrilamid total dalam gel dapat
mempengaruhi migrasi protein. Pada proses pembuatan gel, akrilamid akan
berpolimerisasi secara spontan bila tidak ada oksigen (Prihanto, 2011).

III. ALAT DAN BAHAN

III.1 Alat
1. Bio-Rad Mini-Protean II
2. Power Supply
3. Tabung eppendorf
4. Gel loading tips
III.2 Bahan
1. Akrilamid : bis-akrilamid (39:1)
2. Tris-HCl pH 6,8 IM
3. Tris-HCl pH 8,7 IM
4. SDS 20%
 5. N,N,N”,N” –tetrametiletilendiamin (TEMED)
6. Amonium persulfat 10%
7. Running buffer (1 gr SDS 3,03 gr Tris, 14,4 gr glisisn, ditambahkan air sampai
dengan 100 ml)
8. Larutan stanning 940 ml metanol, 15 ml asam asetat, 0,1 gr Coomasie blue,
ditambahkan air sampai dengan 100 ml)
9. Larutan destaining (10 ml methanol, 7,5 ml asam asetat, ditambahkan air
sampai dengan 100 ml)
10. 5 x sample buffer (12,5 ml 1 M tris pH 6,8 20 ml, gliserol, 10 ml
merkaptoethanol, 40 ml 10% SDS, 15 mg Bromophenol Blue.

IV. PROSEDUR KERJA

IV.1 Persiapan Gel

Campurka semua larutan untuk separating jel dengan urutan penambahan

sesuai dengan table satu

Dituangkan (dengan menggunakan pipet) larutan ke dalam jel sandwich

sampai kira-kira 1,5 cm dari bagian atas plate.

Ditambahkan air sampai ketinggian kira-kira 1-5 mm

Didiamkan sampai terjadi polimerisasi (30 menit)

Dicampurkan semua larutan untuk stacking gel dengan urutan

penambahan sesuai dengan abel di atas

Dibuang air yang terdapat pada bagian atas separating gel

Dituangkan campuran stacking gel di atas separating gel dan sisipkan

comb

Diamkan sampai terjadi polimerisasi 30 menit

IV.2 Persiapan Sampel

Disiapkan larutan protein standar dan sampel protein

 Ditambahkan larutan 5x sample buffer

Didihkan selama 5 menit

Didinginkan dalam es selama 5 menit

4.3 Elektroforesis gel

Dipasangkan gel sandwich yang telah disiapkan ke alat elektroforesis

Dituangkan running buffer ke dalam tank elektroforesis

Dimasukkan sampel protein 10-20 µg) ke dalam tiap – tiap lubang gel
dengan pipet mikro (eppendorf)

Dipasang penutup alat elektroforesis

Disambungkan ke power supply dan lakukan elektroforesis pada voltase

tetap 200v

Dimatikan alat setelah bluedye tepat keluar dari gel (kira-kira 60 menit)

4.4 staining dan destaining

Dikeluarkan gel dari plate (gunakan sarung tangan) masukkan ke dalam

larutan staining (20ml)

Dimasukkan ke dalam larutan staining (20ml)

Dibiarkan selama 15 menit

Dipindahkan ke dalam larutan destaining (50ml)

Dibiarkan sampai gel menjadi bersih (30 menit – semalam)

 V. Data Hasil Percobaan

 Penentuan Isolat Streptokokus Grup B (SGB)

Isolat yang telah dideteksi menunjukkan aktivitas
hyaluronidase(menunjukkanzonabening) menggunakan test agar hyaluronidase (Christ,1989),
selanjutnya dipilih salah satu isolat untuk produksi enzim. Untuk kemudian dilakukan tahap-
tahap pemurnian dan karakterisasi dari hyaluronidase yang dihasilkan oleh Streptokokus
Grup B tersebut. Pertumbuhan dan Produksi Hyaluronidase SGB Pertumbuhan dan produksi
hyaluronidase SGB diamati pada media cair THB (ditambah 2% asam hyaluronat). Dilakukan
pengamatan terhadap data turbiditas suspensi sel (panjang gelombang 650 nm) yang diukur
tiap selang waktu tertentu, disamping itu pula dilakukan pengambilan suspensi sel untuk
pengukuran aktivitas hyaluronidase dan kadar proteinnya. Berikut gambar data hasil
percobaan :

 Pengendapan Amonium Sulfat dan Dialisa

Sebelum dilakukan pemurnian dengan filtrasi gel, hyaluronidase SGB terlebih dahulu
dipekatkan menggunakan garam amonium sulfat. Pengendapan menggunakan garam
didasarkan pada kelarutan protein yang berinteraksi polar dengan molekul air, interaksi jonik
protein dengan garam, dan daya tolak menolak protein yang bermuatan sama. Kelarutan
protein (pada pH dan suhu tertentu) meningkat pada kenaikan konsentrasi garam (salting in).
Kenaikan kelarutan protein akan meningkatkan kekuatan ion larutan. Penambahan garam
tertentu akan menyebabkan kelarutan protein menurun (salting out). Molekul air yang
berikatan dengan ion-ion garam semakin banyak yang akhirnya menyebabkan penarikan
selubung air yang mengelilingi permukaan protein,sehingga menyebabkan protein saling
berinteraksi , beragregasi, dan kemudian mengendap. Amonium sulfat merupakan garam
yang paling sering digunakan untuk mengendapkan protein karena memiliki daya larut tinggi
didalam air, relatif tidak mahal (Scopes, 1987).
  SDS-PAGE
Tingkat kemurnian enzim dapat diketahui dengan menggunakan teknik elektroforesis
gel poliakrilmida, SDS-PAGE. Gel disusun oleh akrilamida dan N,N’-metilen - bis –
akrilamida yang berpolimerisasi melalui mekanisme radikal bebas dengan bantuan katalisator
N,N,N’,N’,- tetrametilen diamina (TEMED) dan inisiator. Amonium persulfat (APS)
(Dunn,1989). Prinsip analisis SDS-PAGE yaitu pemisahan protein berdasarkan ukuran
molekul. Deterjen ionik (SDS) akan bereaksi dengan protein dan membentuk komplekyang
mengandung muatan negatif, sehingga pergerakan protein dalam medan listrik hanya
didasrakan pada ukuran molekul. Protein yang berukuran kecil akan bergerak lebih cepat
dibandingkan dengan protein berukuran besar. Berat molekul protein dapat diukur dengan
menggunakan protein standar yang telah diketahui berat molekulnya dengan cara
membandingkan nilai mobilitas relatif (Rf) (Smith, 1984).
 VI. PEMBAHASAN
Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan
molekul-molekul protein di dalam medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam
medan listrik dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul.
Pemisahan dilakukan berdasarkan perbedaan ukuran berat molekul dan muatan listrik yang
dikandung oleh makromolekul tersebut. Bila arus listrik dialirkan pada suatu medium
penyangga yang telah berisi protein plasma maka komponen-komponen protein tersebut akan
mulai bermigrasi (Pratiwi, 2001).
Protein hasil pemurnian dianalisa denganSodium Dodecyl Sulphate polyachrilamide
GelElectroforesis (SDS-PAGE) untuk mengetahui tingkat kemurniannya.
Peralatanelektroforesis yang digunakan adalah tipe vertikal.Elektroforesis SDS-PAGE
menggunakan sistem geldiskontinue yang terdiri dari stacking gel danseparating gel. Marker
yang digunakan adalahHigh molecular Weight. Gel disusun olehakrilamida dan N,N’-metilen
- bis – akrilamidayang berpolimerisasi melalui mekanisme radikalbebas dengan bantuan
katalisator N,N,N’,N’,-tetrametilen diamina (TEMED) dan inisiatoramoniumpersulfat (APS)
(Dunn,1989). Prinsipanalisis SDS-PAGE yaitu pemisahan proteinberdasarkan ukuran
molekul.Sampel sebanyak 15 μlditambahkan buffer sampel 10 μl dididihkan selamasatu
menit sebelum diinjeksikan kedalam sumur.Elektroforesis dijalankan dengan arus 20 mA
danvoltage 50 volt. Elektroforesis dihentikan bilapewarna sampel mencapai batas 0,3 - 0,5
cmdibagian bawah gel. Gel direndam didalam pewarnacommasie brilliant blue sambil
diagitasi perlahanselama dua jam, selanjutnya dilakukan pencuciandengan merendam gel
pada larutan destainning,sehingga gel bening dan pita terlihat jelas.Pengukuran berat molekul
protein enzimhyaluronidase didasarkan pada kurva standar yangdiperoleh dari persamaan
garis antara berat molekulprotein standar dengan nilai mobilitas relatif (Rf)nya.(Smith 1984).
Deterjen ionik (SDS) akan bereaksi denganprotein dan membentuk komplek
yangmengandung muatan negatif, sehinggapergerakan protein dalam medan listrik
hanyadidasrakan pada ukuran molekul. Protein yangberukuran kecil akan bergerak lebih
cepat dibandingkan dengan protein berukuran besar. Beratmolekul protein dapat diukur
denganmenggunakan protein standar yang telah diketahuiberat molekulnya dengan cara
membandingkannilai mobilitas relatif (Rf) (Smith, 1984).
Berdasarkan hasil SDS-PAGE, pada sumurketiga (3) merupakan hyaluronidase SGB
yangdiisolasi dari supernatan, terlihat masih banyakterdapat pita-pita protein baik protein
yangmerupakan hyaluronidase maupun protein darienzim-enzim yang lain. Hal ini terindikasi
denganmasih rendahnya aktivitas hyaluronidase.Selanjutnya pada sumur keempat (4) dan
kelima (5)merupakan hasil pengendapan dengan 45%(NH4)2SO4 (amonium sulfat) dan
dialisa.Pengandapan ini bertujuan untuk memisahkanenzim dari senyawa-senyawa yang
tidakdikehendaki. Hasil elektroforesis menunjukkan hasilpita-pita yang lebih jelas
dibandingkan denganekstrak kasar. Hal ini diperkirakan denganmeningkatnya tingkat
kemurnian proteinenzim tersebut maka terjadi reaksi yang lebihoptimum antara protein enzim
dengan pewarnacoomassie briliant blue.Sedangkan hasil pemurnian dengan kolomSephadex
G-100 menujukkan hasil dua pita yangtersisa (1) dengan berat molekul sekitar 106 kDdan
102 kD. Pita-pita tersebut diperkirakanmerupakan hyaluronidase SGB, hal ini ditandaidengan
tingginya aktivitas hyaluronidase padafraksi tersebut. Enzim standar hyaluronat lyase(sumur
kedua) menunjukkan satu pita dengan beratmolekul yaitu sekitar 100 kD. Hal ini didukung
puladengan hasil penelitian Pitchard,dkk.(1994) bahwahyaluronidase dari SGB menunjukkan
satu pita protein 100 kD dengan menggunakan SDS-PAGE.
 KESIMPULAN

1. Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan
molekul-molekul protein di dalam medan listrik (titik isoelektrik).Pada saat elektoforesis
berlangsung, protein akan bergerak dari elektroda negatif menuju elektroda positif sampai
pada jarak tertentu pada gel poliakrilamid tergantung pada berat molekulnya. Semakin
rendah berat molekulnya maka semakin jauh pula protein bergerak atau mobilitasnya
tinggi. Sebaliknya protein dengan berat molekul lebih besar akan bergerak pada jarak
yang lebih yang lebih pendek atau mobilitasnya rendah.
2. Migrasi dari suatu molekul ditentukan oleh bobot molekul, ukuran molekul, konsentrasi
gel, medium penyangga, kekuatan voltase dan temperatur medium disaat proses
elektroforesis berlangsung.
 DAFTAR PUSTAKA

Anam, K. 2009. SDS-PAGE dengan Silver Staining dan Zimogram. Bogor : Bioteknologi
Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor.
Boyer, R. 2004. Modern Experimental Biochemistry. California : The Benjamin Publishing
Company.
Devi, Nirmala. 2010. Nutrition and Food Gizi untuk Keluarga. Jakarta: PT Kompas Media
Nusantara.

Dunn, Christ.1989, Untersuchungen an Streptococcus uberisunter besonder Berucksichtigung

mutmaBlicherpathogenitatsfatoren. Aus der professur furBakteriologie und
immunologie der Justus-Universitat GiBen.33-34.
Linggih, S. R dan P. Wibowo. 2004. Ringkasan Kimia. Bandung : Ganeca Exact
Martin, R. 2006. Gel Electroforesis: Nucleid Acids. Oxford : Bros Scientific Publishers Ltd.

Pratiwi, R. 2001. Mengenal Metode Elektroforesis.(cited 2011 Oct, 9). Avaliable from:
http://katalog.pdii.lipi.go. id.pdf
Prihanto, A.A. 2011. Teknik Molekuler : Elektroforesis. http://asep.lecture.ob.ac.id. Diakses
pada tanggal 12 November 2016.

Pritchard, D.G., BoLin, T.R. Willingham, and J.R. Baker. 1994.Characterization of The
Group B StreptococcalHyaluronate Lyase. Archives of Biochem and Biophysic.315
(2):431-437.
Scopes RK.1987. Protein Purification Principles and Practice. Edisi ke-2. New York:
SpringerVerlag.
Smith, BJ.1984.SDS polyacrylamide gel electrophoresisof proteins. Di dalam Walker
JM,editor. Proteins: Methoda in Molecular Biology. Volume ke-1.Clifton:Humana
Pr.hlm 41-55.
Sumardjo, Damin. 2008. Pengantar Kimia: Buku Panduan Kuliah Mahasiswa Kedokteran
dan Program Strata I Fakultas Bioeksakta. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC.
Wibowo, M.S. 2010. Elektroforesis. Bandung : Sekolah Farmasi Institut Teknologi Bandung.
Yuwono, T. 2008. Biologi Molekuler. Jakarta : Penerbit Erlangga.
 LAMPIRAN
Pertanyaan :
1. Jelaskan reaksi pembentukan polimer poliakrilamid dan sebutkan fungsi biakrilamid,
TEMED, ammonium persulfat, merkaptoetanol !
Polimerisasi akrilamid adalah reaksi adisi atau sering pula disebut reaksi rantai, yaitu
reaksi yang berlangsung sangat cepat dan menghasilkan produk dengan berat molekul tinggi.
Reaksi adisi ini membutuhkan inisiator yang akan membentuk pusat aktif tumbuhnya
polimer. Inisiator yang sering dipakai adalah inisiator radikal bebas, anionic dan kationik.
Inisiator lain yang dapat digunakan adalah panas, energi tinggi, gelombang ultrasonik. Pusat
reaktif dari radikal, anion dan kation ini akan bereaksi dengan monomer dan bertumbuh
dengan cepat sehingga ukuran molekul polimer bertambah besar. Berat molekul polimer
relatif tetap selama polimerisasi meskipun konversi keseluruhan meningkat terhadap waktu
reaksi

2. Jelaskan prinsip elektroforesis !

Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan

negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub positif (anode),
sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif
(anode) (Klug & Cummings 1994: A-6).  Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil
amplifikasi dari DNA.  Hasil elektroforesis yang terlihat adalah terbentuknya band yang
merupakan fragmen DNA hasil amplifikasi dan menunjukkan potongan-potongan jumlah
pasangan basanya

3. Jelaskan bagaimana cara memvisualisasikan protein hasil pemishan dengan SDS-PAGE!

Untuk melihat hasil pemisahan protein menggunakan SDS PAGE, dapat dilakukan
pewarnaan gel dengan coomasie atau pewarnaan perak. Teknik visualisasi lain yang dapat
digunakan adalah fluorografi dan autoradiografi (penggunaan radioaktif). Di dalam satu gel,
bisa terdapat ribuan titik protein yang dapat dianalisis atau diambil (dipisahkan)
menggunakan perangkat lunak tertentu. Setelah dilakukan pemilihan dan pemisahan protein
(berupa titik pada gel), analisis lebih lanjut biasanya dilakukan dengan melakukan digesti
protein dan kemudian melalui tahap analisis menggunakan spektofotometer massa (MALDI-
TOF).