TUGAS TERSTRUKTUR

METODE ANALISA DAB MANAJEMEN LABORATORIUM

METODE ANALISIS ASAM AMINO DENGAN ELEKTROFORESIS

Oleh :
Abhipraya Mahardhika

0410830002

Eri Fitriyah

0410830030

M. Aviv N. C

0410830055

Ovan Santoso

0410830059

Triyogo Tutut

0410830063

TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

FAKULTAS PERIKANAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2008

Asam Amino
Secara kimia,protein adalah heteropolimer dari asam-asam amino yang
terikat satu sama lain dengan ikatan peptida. Ada suatu universalisme didalam
molekul protein, yaitu protein apapun dan berasal dari makhluk apapun hanya
tersusun dari 20 macam asam amino saja. Perbedaan protein yang satu dengan
yang lain disebabkan oleh jumlah dan kedudukan asam amino dalam tiap molekul.
Keduapuluh asam amino itu mempunyai ciri umum yaitu; pertama, semuanya
mempunyai konfigurasi L. kedua, sama-sama mempunyai 1 gugus COOH dan 1
gugus NH2 yang terikat ke atom C . Perbedaan individual dari asam-asam amino
ini di sebabkan oleh perbedaan rantai samping, dimana perbedaan tersebut akan
menyebabkan perbedaan sifat kimia dan biologis molekul protein yang
disusunnya. Rantai samping R ini tidak ikut membentuk ikatan peptida. Muatan
protein dalam suatu larutan ditentukan oleh gugus NH2 bebas di satu ujung dan
gugus COOH bebas di ujung yang lain serta jumlah rantai yang bermuatan
(Soewoto, 2001).
Dari keduapuluh asam amino dapat digolongkan menjadi beberapa
golongan berdasarkan sifat kandungan gugus R, terutama polaritasnya, yakni
kecendrungan molekul untuk berinteraksi pada pH biologis yang dekat dengan pH
7,0. gugus R pada asam amino bervariasi polaritasnya, mulai dari gugus R tidak
polar atau hidrofobik dan bersifat amat polar atau hidrofilik. Berdasarkan sifat
ionik gugus R-nya, asam amino dapat digolongkan dalam kelompok asam amino
basa, yaitu gugus R bermuatan positif, contohnya arginin, histidin, lisin.
Sedangkan kelompok asam amino netral yaitu gugus R-nya selalu tidak
bermuatan, contohnya glisin, leusin, fenilalanin, asparagin, alanin, isoleusin, serin,
glutamin, valin, metionin, treonin, triptofan, dan prolin, (Moedjiharto, 2005).
Asam amino ialah asam karboksilat yang mempunyai gugus amino. Asam
amino yang terdapat sebagai komponen protein mempunyai gugus NH2 pada
atom karbon dari posisi gugus COOH (Poedjiadi, 1994). Karena atom C
masih mengikat gugus lain yang tak sama dengan gugus amino, maka atom C ini
bersifat asimetris, sehingga asam amino memiliki sifat optis aktif yang dapat

memutar bidang sinar terpolalisasi baik secara positif maupun negatif.

Konfigurasi atom C asam amino termasuk L (ke kiri) sesuai dengan bentuk L
dari gliseraldehid, yaitu :
CHO
HO

COOH

H2N

CH2OH

L-Gliseraldehid

L-Asam Amino

Sedangkan bentuk D (ke kanan) secara alamiah jarang dijumpai pada asam amino
di alam. Meskipun jarang, bentuk asam amino D dapat dijumpai dalam senyawa
antibiotika yang dihasilkan oleh bakteri tanah (Sudarmadji dkk, 1989).
Menurut Winarno (2002), asam amino dalam kondisi netral (pH
isoelektrik, pI) berada dalam bentuk ion dipolar atau disebut juga ion zwitter. Pada
asam amino yang dipolar, gugus amino mendapat tambahan proton dan gugus
karboksil terdisosiasi. Derajad ionisasi dari asam amino sangat dipengaruhi oleh
pH. Pada pH yang rendah, misalnya pH 1,0 gugus karboksilnya tidak terdisosiasi,
sedang gugus aminonya menjadi ion. Pada pH yang tinggi, misalnya pH 11,0,
karboksilnya terdisosiasi sedang gugusan aminonya tidak, seperti terikat pada
skema berikut ini :
NH3+

NH2
H

COOH

HH

R
Asam amino yang tidak mengion
NH3+
H

C
R
pH < pI

COO -

R
Asam amino dipolar (ion zwitter)
NH3+

COOH

H
H+

C
R
pH = pI

NH2
COO -

H
H+

C
R
pH > pI

COO -

Asam amino yang di sambung dengan ikatan peptida membentuk polimer

protein. Susunan asam amino menentukan sifat struktur sekunder dan tersier,
sehingga mempengaruhi sifat unsur protein. Dari 20 asam amino, hanya 8 yang
merupakan asam amino esensial untuk nutrisi manusia. Jumlah asam amino
esensial yang terdapat dalam protein menentukan kualitas gizi protein. Pada
umumnya kualitas protein hewan lebih tinggi daripada kualitas protein tumbuhan
(deMan, 1997). Protein ikan tersusun dari berbagai asam amino esensial dan asam
amino non-esensial. Asam amino esensial adalah asam amino yang diperlukan
oleh tubuh dan harus diberikan dari luar karena tubuh tidak dapat mensintesa,
sedangkan asam amino non-esensial dapat dibentuk di dalam tubuh (Hadiwiyoto,
1993).

Elektroforesis
Elektroforesis merupakan yang sudah dipakai oleh banyak peneliti
terutama

peneliti

yang

berkaitan

dengan

genetika

ataupun

molecular.

Elektroforesis merupakan tehnik yang digunakan untuk mengevaluasi kesamaan

protein. Contoh jaringan diperlakukan secara mekanis untuk mengacak struktur
membran sel, agar melepaskan protein yang larut air. Selanjutnya, protein ini
diletakkan dalam suatu gel, biasanya terbuat dari pati atau agar, yang selanjutnya
diperlakukan dengan menggunakan arus litrik. Kecepatan pergerakan respon
protein untuk berpindah atau bergerak tergantung pada ukuran molekulnya.
Kesamaan genetik dari indiviual dan spesies dapat dibandingkan dengan ada atau
tidak adanya protein yang dibedakan berdasarkan letak dalam gel. Elektroforesis
dapat digunakan untuk menguji variasi genetik dalam populasi.
Elektroforesis merupakan proses bergeraknya molekul bermuatan pada
suatu medan listrik. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik
tergantung pada muatan, bentuk dan ukuran. Dengan demikian elektroforesis
dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein dan asam nukleat).
Posisi molekul yang terseparasi pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau
autoradiografi,

ataupun

dilakukan

kuantifikasi

dengan

densitometer.

Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga untuk

mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang
digunakan. Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks penyangga yang
banyak dipakai untuk separasi protein dan asam nukleat. Elektroforesis yang
dibahas di bawah ini menggunakan matriks berupa gel poliakrilamida (PAGE =
polyacrilamida gel electrophoresis) untuk separasi sampel protein. Banyak
molekul biologi bermuatan listrik yang besarnya tergantung pada pH dan
komposisi medium dimana molekul biologi tersebut terlarut. Bila berada dalam
suatu medan listrik, molekul biologi yang bermuatan positif akan bermigrasi
keelektroda negatif dan sebaliknya. Prinsip inilah yang dipakai dalam
elektroforesis untuk memisahkan molekulmolekul berdasarkan muatannya.
Secara umum teknik elektroforesis ditujukan untuk memisahkan partikelpartikel biologis seperti karbohidrat, lipid, asam nukleat, dan kompleks lipid
karbohidrat atau kompleks lipid bermuatan berdasar pergerakan di bawah
pengaruh medan listrik. Melalui teknik elektroforesis dapat pula ditentukan :
1. Berat molekul suatau bahan (fragmen DNA, RNA atau protein)
2. Banyaknya jenis protein dalam sampel misalnya serum albumin
3. Terjadi kerusakan bahan atau pemalsuan bahan
4. Ada tidaknya infeksi virus atau bibit penyakit lainya dengan cara mendeteksi antibodi
yang terbentuk
5. Titik isoelektrik protein.

Cara elektroforesis didasarkan pada kecepatan bergerak yang berbedabeda dari protein dalam medan listrik, pada pH tertentu. Di dalam elektroforesis
biasanya memerlukan media penyangga sebagai tempat bermigrasinya molekul
biologi. Media penyangga ada bermacam-macam tergantung tujuan dan bahan
yang akan dianalisa, namun yang sering dipakai adalah kertas, selulosa asetat dan
gel. Gel yang didapat berupa pati, agarose ataupun poliakrilamida. Pergerakan
protein pada matrik padat akan jelas terlihat setelah penentuan kualitatif uji warna.
Keuntungan cara kedua adalah getaran tidak mempengaruhi laju protein yang
terjadi, dan panjang matrik padat bisa diatur sehingga elektroforesis berlangsung

sampai masing-masing protein dapat dipisahkan dalam lajur tersendiri

(Wirahadikusumah, 1989)
Tingkat keberhasilan Analisa molekuler secara modern yaitu pemaparan
bahan genetik menggunakan alat yang dikenal sebagai Elektroforesis dan ini
membutuhkan kemampuan listrik dan pendingin yang memadai. Selain itu factor
bahan kimia yang dibutuhkan dan alat-alat yang dipakai beragam. Prinsip dasar
elektroforesis yaitu bahwa setiap genom tumbuhan (enzim/protein dan DNA)
mempunyai berat yang berbeda-beda sehingga kecepatan bergeraknya pada media
gel juga berbeda-beda dan hal ini hanya dapat dilihat melalui pewarnaan
(troubleshooting).
Saat elektroforesis berlangsung, protein bergerak dari elektroda negatif
menuju positif sampai jarak tertentu pada gel poliakrilamid tergantung pada berat
molekulnya. Semakin rendah berat molekulnya maka semakin juah pula protein
bergerak dengan kata lain mobilitasnya tinggi. Sebaliknya protein dengan berat
molekul lebih besar akan bergerak pada jarak yang lebih pendek dengan kata lain
mobilitasnya rendah (Widiarti, 2000).
Elektroforesis gel merupakan tipe elektroforesis yang sering dilakukan di
laboratorium. Gel poliakrilamid dibentuk oleh polimerisasi akrilamid (CH2=CHCO-NH2) dan bisakrilamid (N,N- metilenbisakrilamid). Reaksi pembentukan
polimer diawali sistem yang menghasilkan radikal bebas. Umumnya, polimerisasi
diawali dengan menambahkan amonium persulfat (APS) sebagai inisiator dan
tetrametiletilendiamin (TEMED) sebagai akselerator. Pada sistem ini TEMED
mempercepat pemecahan molekul APS menjadi sulfat radikal bebas, yang
selanjutnya akan mengawali reaksi polimerisasi akrilamid dan bisakrilamid
(Suwoto, 2001).
Faktor-faktor yang berpengaruh terhadap teknik elektroforesis antara lain :
bentuk dan massa molekul, medan listrik yang digunakan, waktu pemisahan dan
pH larutan buffer. Disamping itu faktor panas yang dihasilkan proses
elektroforesis dan media penunjang. Pendinginan yang tidak merata dapat
menyebabkan terjadinya perbedaan suhu. Akibatnya dapat terjadi distorsi pada
pembentukan pita molekul yang dipisahkan.

Peristiwa Terjadinya Elektroforesis

Pada gambar, terlihat bahwa partikel-partikel koloid bermuatan positif
tersebut bergerak menuju elektrode dengan muatan berlawanan, yaitu elektrode
negatif. Jika sistem koloid bermuatan negatif, maka partikel itu akan menuju
elektrode positif