WESTERN BLOTTING
Oleh :
Krisna Chandra
156070122011006
Elektroforesis adalah suatu metode yang digunakan untuk memisahkan molekul tertentu
dalam suatu larutan dengan memanfaatkan aliran listrik yang dialirkan melalui elektroda.
Elektroforesis pertama kali dikerjakan pada awal tahun 1950. Pada masa itu, jenis elektroforesis
yang dilakukan hanya zone electrophoresis (ZE), yang menggunakan solid support, seperti kertas dan
selulose, untuk melakukan separasi molekul. Sekitar setahun berikutnya, gel elektroforesis
ditemukan oleh Oliver Smithies. Pada awalnya, gel elektroforesis digunakan untuk analisis
bioanalitik, namun seiring dengan ditemukannya teknik untuk purifikasi biomolekul, teknik ini juga
sudah mulai digunakan untuk mengisolasi molekul tertentu. Molekul yang telah didapatkan tersebut
nantinya dapat diproses lebih lanjut, seperti dilakukan immunoblotting, spectrometry, PCR, atau
DNA sequencing.
SDS PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate – PolyAcrylamide Gel Electrophoresis) adalah salah satu
jenis elektroforesis yang telah banyak digunakan untuk menganalisis suatu protein, terutama berat
molekul protein tersebut, dalam suatu ekstrak yang kompleks. SDS PAGE pertama kali diperkenalkan
oleh Laemmli (1970). Pada dasarnya, sistem ini menggunakan dua macam gel, yaitu running gel, dan
stacking gel. Pada stacking gel, protein yang akan dipisahkan ditempatkan / dikonsentrasikan di gel
tersebut terlebih, sedangkan pada running gel, protein akan dipisahkan berdasarkan berat
molekulnya. Perbedaan komposisi antara stacking gel, running gel, dan buffer elektroforesis
membentuk suatu sistem yang mampu memisahkan protein – protein berdasarkan berat
molekulnya. Nantinya, akan terbentuk band – band protein, yang dapat dianalisis, atau diisolasi,
sehingga dapat dilakukan pemrosesan lebih lanjut. Pada masa sekarang ini, penggunaan
elektroforesis, termasuk SDS PAGE, sudah sangat luas. Beberapa penggunaan yang penting
diantaranya seperti untuk analisis DNA, analisis protein, pengembangan antibiotik dan vaksin.
Western blot (juga dikenal dengan protein immunoblot) merupakan suatu teknik analisis
untuk mendeteksi protein spesifik pada sampel tertentu yang berasal dari homogenat atau ekstrak
jaringan. Western blot ini menggunakan gel elektroforesis untuk memisahkan protein dalam bentuk
naif dengan struktur tiga dimensinya, atau protein yang telah didenaturasi dengan panjang
polipeptidanya. Protein tersebut kemudian ditransfer ke sebuah membran, dapat berupa membran
nitroselulosa atau membran PVDF, dan kemudian akan diwarnai dengan antibodi spesifik terhadap
protein target. Dengan menganalisis lokasi dan intensitas dari reaksi spesifik, detail ekspresi dari
protein target pada homogenat sel atau jaringan dapat diketahui. Western blot dapat mendeteksi
protein target hingga 1 ng karena resolusi gel elektroforesis yang tinggi. Selain itu, sensitivitas dan
spesifisitas western blot ini juga tinggi, sehingga metode ini dapat mendeteksi protein meskipun
levelnya sangat rendah. Western blot ini telah digunakan pada berbagai bidang, seperti biologi
molekuler, biokimiawi, imunogenetika, dan ilmu biologi molekuler lainnya, termasuk bidang medis.
Beberapa penerapan western blot pada midang medis pada umumnya digunakan untuk
mendiagnosis penyakit tertentu. Seperti misalnya pada tes konfirmasi HIV, dimana western blot
dilakukan untuk mendeteksi antibodi anti-HIV dalam sampel yang berupa serum manusia. Selain itu,
western blot juga digunakan sebagai uji definitif terhadap penyakit bovine spongiform
encephalopathy, Lyme disease, hepatitis B, serta infeksi HSV-2.
PRINSIP DASAR
Persiapan Sampel
1. Menyiapkan sampel yang akan digunakan
2. Memasukkan 100 μl sampel dalam eppendorf tube
3. Menambahkan 100 μl RSB ke dalam eppendorf tube yang berisi sampel, kemudian
dihomogenkan dengan vortex
4. Melakukan denaturasi protein pada sampel dengan memanaskan campuran sampel
dan RSB dengan suhu 95 oC selama 10 menit
Running Gel
1. Memasukkan 10 μl marker protein ke dalam well stacking gel
2. Memasukkan sampel ke dalam masing – masing well stacking gel yang telah
tercetak, masing – masing 15 – 20 μl/well
3. Melakukan running gel selama 35 menit dengan tegangan 200 V constant voltage
4. Memperhatikan gerakan marker protein dan tracking dye
5. Menghentikan proses running apabila tracking dye sudah mencapai garis hijau pada
gel cassette
Staining Gel
1. Melepaskan gel dari gel cassette secara perlahan
2. Memasukkan gel ke dalam staining box
3. Menuangkan larutan staining buffer (Coomassie blue) hingga gel terendam
seluruhnya
4. Melakukan inkubasi selama 4 – 16 jam dalam shaker incubator
5. Mengganti larutan staining buffer dengan larutan destaining buffer
6. Melakukan inkubasi dalam shaker incubator hingga pita – pita protein tampak jelas
terlihat
7. Melakukan pembacaan gel dengan menggunakan gel doc, atau melanjutkan ke
proses western blotting
Western Blotting
Proses transfer pita protein dari gel SDS-PAGE ke membran nitroselulosa dengan semi dry trans blot
equipment
1. Meletakkan kertas saring yang telah dibasahi dengan larutan buffer
2. Meletakkan membran nitroselulosa yang telah direndam dalam larutan transfer buffer
selama 30 menit
3. Meletakkan gel SDS-PAGE yang telah direndam dalam larutan transfer buffer
4. Meletakkan kertas saring yang telah dibasahi larutan transfer buffer
5. Melakukan running selama 2 jam, dengan tegangan 20 V dan arus listrik 300 mA
Inkubasi substrat
1. Melakukan washing pada membran sebanyak tiga kali selama lima menit dengan alrutan
TBS-Tween 20% 0,05% sambil menggoyangkannya perlahan – lahan (atau menggunakan
shaker)
2. Merendam membran dalam substrat TMB atau Western blue dalam ruangan yang gelap
3. Menginkubasi membran selama 30 – 60 menit
4. Menghentikan reaksi dengan menggunakan DD H2O
5. Mengangin – anginkan membran hingga kering
6. Melakukan scanning untuk menganalisis hasil western blotting
HASIL DAN PEMBAHASAN
Western blotting merupakan suatu metode yang dikerjakan dengan tujuan untuk
mengisolasi dan mengidentifikasi protein tertentu yang spesifik dalam sampel. Western blotting ini
perlu dilakukan, mengingat dengan berat molekul tertentu, bukan berarti hanya terdapat satu
protein saja. Oleh karena itu, dengan dilakukannya western blotting protein yang diisolasi menjadi
jauh lebih spesifik, karena digunakan antibodi primer yang spesifik terhadap protein tersebut, yang
kemudian akan ditambahkan antibodi sekunder yang telah dikonjugasi dengan enzim tertentu yang
mampu merubah substrat tertentu yang tidak berwarna menjadi substrat lainnya yang berwarna,
sehingga bisa dibaca dan dianalisis.
Dalam praktikum ini telah dilakukan demonstrasi mengenai langkah – langkah dalam
melakukan western blotting. Western blotting memberikan kemudahan bagi peneliti untuk
mengisolasi protein tertentu dengan langkah yang tidak terlalu sulit dengan biaya yang cukup
terjangkau, sehingga pemahaman dan kemampuan untuk melakukan western blotting sangat
diperlukan.
DAFTAR PUSTAKA
Gelperin DM, White MA, Wilkinson ML et al. 2005. Biochemical and genetic analysis of the
yeast proteome with a movable orf collection. Genes Develop 19: 2816-2826
Laemmli UK. 1970. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of
bacteriophage T4. Nature 227: 680-685
Shapiro AL, Vinuela E, Maizel JV. 1967. Molecular weight estimation of polypeptide chains
by electrophoresis in SDS-polyacrylamide gels. Biochem Biophys Res Commun 28: 215-
820
Steinberg TH. 2009. Protein gel staining methods: An introduction and overview. Method
Enzymol 463: 542-563
SDS-PAGE (PolyAcrylamide Gel Electrophoresis).
http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/method/sdspage/sdspage.html .
Diakses tanggal 11 Mei 2016
SDS Polyacrylamide Gel Electrophoresis – Analysis of Purified Fluorescent Protein.
http://www.babec.org/files/GFP_Labs_2012/PAGEAnalysis_SV.pdf. Diakses tanggal 11
Mei 2016
Western Blot Principle. http://www.bosterbio.com/protocol-and-troubleshooting/western-
blot-principle. Diakses tanggal 14 Mei 2016
LAMPIRAN