Pedoman Praktikum Bioinformatika

1. Pembuatan Primer DNA

- Buka web ncbi.nlm.nih.gov -> ketik p53 dan pilih ‘Gene’ di pilihan search -> keluar hasil
search pilih dan klik TP53 punya human
- SNIP (clinical variations) ditandai dengan rs……… yaitu yang sudah dicari orang, apa ada
efek terhadap penderita
- Jika ada warna merah: dikonfirmasi punya efek, SNIP punya dampak (patogenik alel)
- Beda cDNA dengan DNA: cDNA tidak punya intron
- Mencari primer -> diblok di bagian yang diinginkan sesuai SNIP yang diinginkan -> bisa
diubah PCRnya min:70, max 1000 -> klik ‘Get Primer’ atau gunakan set yang sudah ada
- Jika sudah mendapat primer, blok bagian SNIP yang diinginkan lalu cek primer dari 1-10,
jangan gunakan primer yang terlalu dekat ke ujung karena nanti tidak terbaca
2. Sequence Analyzer
- Kalau peak single: bagus
- Merah warnanya di bagian nukleotida -> software tidak yakin jadi harus dikonfirmasi si
pemeriksa, cek apa double peak (berarti heterozigot atau polimorfisme) cek warnanya
(misalkan A dan G maka tentukan subjektif pemeriksa)
3. Bioedit
- Buka File-> New Alignment -> import -> sequence alignment (pilih contoh 1-4)
- NNN bagian depan dihapus dulu s/d sekitar 20-30 basa dan bagian paling belakang tidak
usah dibaca karena kemungkinan salah
- Buka Accessory App -> CAP Contig untuk mengepaskan -> jika sudah ada tulisan ‘SHOW’
pencet Enter
4. Apakah ada perubahana asam amino atau tidak?
- Buka BIoedit -> File -> graphic view -> 1-letter translation
- Untuk menyimpan : File-> export as rich text -> buka dengan Ms Word
5. Mengetahui kesamaan nukleotida dengan milik human
- Menu di Bioedit (cap…,cap….,cap…., contig-D) di-klik 2x -> Copy -> BLAST (centang yang
human) -> keluar hasil ‘Query cover’ 93% berarti yang diperiksa 93%. ‘Ident’ 99% berarti
99% mirip/sama dengan Human
6. Membangun model protein
- Buka di internet Swiss Model -> klik Start Modelling -> kopi protein yang diinginkan di
NCBI (search dengan protein di pilihan search, misal p53) -> Build Model
7. Memvisualisasikan model protein
- Simpan hasil dari Swiss Model (bentuk winzip) -> ekstraksi -> buka -> yang bisa dibuka
adalah jenis file PDB -> buka dengan PyMOL -> pilih ‘A’ atau all -> pencet pilihan ‘Cartoon’
jika ingin visual seperti kartun
- Ingin tahu asam amino : klik ‘S’ di kanan bawah PyMOL -> klik2 di sekitar daerah yang
ingin diketahui -> beri warna berbeda -> berarti di sheet atau bagian itu ada warna beda,
lihat di urutan asam amino di atas model mana warna yang beda
8. Membandingkan protein model 3D, ada mutasi atau variasi pada Simple structure (gunakan
YASARA view atau PyMOL)
PyMOL
- File -> Load -> model
- File-> Load -> model1
- PyMOL pilih Command: align model,model1
- Akan diketahui mana perbedaan kedua model
 YASARA
- Style scene -> ribbon & ligand
- Analyze -> algin -> Object with mustang
- Pilih molekul 1 dan molekul 2 -> klik Align
9. Kalau asam amino yang dibandingkan hanya berbeda sedikitt
- Buka Project Hope di internet ( bisa cek struktur berubah atau tidak, hidrofobisitas
berubah atau tidak) -> input -> paste asam amino -> submit sequence -> klik pada 1 asam
amino lalu pilih perubahannya (misal E jadi H) -> confirm
- Nanti keluar hasil Project Hope
10. Ingin tahu ikatan Reseptor-Ligan kuat atau tidak
- Ingin tahu energy berapa, dimana, kalau lihat Docking protein, nukleotida : HEX
- File-> Open -> Reseptor and Ligand -> open reseptor -> kedua open ligand
- Langkah pertama: berikan hydrogen di surface: Control -> Molecule -> Show Hydrogen ->
dismiss
- Kedua: Control -> docking -> grid : dalam Armstrong, misal 0.6 maka dimajukan setiap 0.6
A
- Ketiga (Reseptor, Ligan) Range -> berarti diputar seberapa banyak, bisa diset -> Activate
11. Ingin tahu energy total, mau lihat binding
- Dari HEX di Save -> both/complex -> buka PyMOL atau YASARA
- (ini YASARA) Show-> sidechain -> lines/sticks -> biru antara ikatan itulah hydrogen
- Label -> aminoacid residues
- LigPLUS lebih efisien untuk melihat ikatan hydrogen
- LigPLUS download softwarenya, pilih DIMPLOT -> run, masukkan nama domain msl: 1-100
lalu Show Interaction
12. YASARA analisis ikatan Hidrogen
- Molekul B dan Y di YES -> View -> bonds antara 2 molekul -> Y -> OK -> terlihat ikatannya
- Tampilkan gugus samping molekul Y dan B -> Show -> atoms (untuk lihat ikatannya)
- Window -> Console -> gambar garis itu ikatan hydrogen
- Ingin tahu urutan asam amino -> di klik saja di asam amino di model
13. Docking protein dengan small molecule
- Harus 3D di model atau ambil dari database (di internet buka PDB.org)
- Small molecule diambil di NCBI/ Zinc (internet buka Zinc)
- Setelah buka PDB.org (masukkan protein)
- NCBI dibuka di internet : pilih di menu Search (Chemical & Bioassay) -> PubChem
Compounds -> bs search berdasar nama/struktur -> pilih Substructure -> gambar struktur
small molecule kita -> Search
- Setelah ketemu yang diinginkan, di klik, cari bagian ‘Chanonical SMILES’ karena itu penting
untuk analisis bioinformatik
- Download 3D Conformer -> pilih file type yang diinginkan
- Search: Zinc compound, ambil Subset
- Buka Swiss Dock di internet -> harus punya PDB file (baik reseptor maupun ligan) misal:
masukkan 2BCJ, cek di RSCB -> search -> centang A/B/C/D (blok yang ingin dilihat) -> Dock
- Ligannya (misal: 8215481 (kode didapat dari Zinc)-> search -> centang (oke) sesuai
maksud kita
14. PyRX
- Untuk menggunakan auto Dock Vina (lebih mudah)
- Load molekul reseptor dan ligannya
 - 1. Preparasi : autodock make macromolecule (di bagian reseptor)
 Zinc make ligand
- Select Vina Wizard -> Start -> pilih Ligan dan reseptor
15. Ingin cek Protein-protein interaction : string.db.org
- Masukkan nama protein (sesuai official name) -> select pada organisme apa
- Enrichment-> digunakan untuk tahu fungsi protein itu apa
- Klik More(+) untuk tambahkan protein
- Pathway: Enrichment -> KEGG
- Klik di garis yang diinginkan untuk tahu penjelasannya
16. Ingin cek pathway protein / disease
- Gunakan KEGG database : KEGG pathway -> masukkan nama pathway
- NCBI buka di internet -> pilih Biosystem di pilihan -> nama protein/gen/disease
- reactome.org dan uniprot.org juga bisa digunakan untuk cari protein
17. pembuatan Vaksin
- cari antigen dulu baru mapping
- database: tools.iedb.org/main
- antigen panjang, yang mana epitope, apa epitope itu punya antigenicity, apa ada
similarities dengan sel host jd bisa autoimun atau tidak
- dari grafik hasil, Kuning: berfungsi sebagai epitope
- Checking apa sesuai dengan human -> di BLAST
- Kalau sama dengan protein human bukan reseptor, tidak apa-apa
- Kalau sama dengan reseptor jangan > 30% similarities
18. Penggunaan Discovery Studio: untuk mengecek small-macromolecule interaction (reseptor-
ligan)
- Open -> Display Reseptor (untuk tahu : pilih Interaction Options)