LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PANGAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN

UNIVERSITAS KATOLIK SOEGIJAPRANATA
SEMARANG

ELEKTROFORESIS SDS PAGE DAN KUANTITATIF PROTEIN

Kelompok: 15
Jonathan Felim 18.I1.0056
Valerina 18.I1.0057
Katarina Lia S. 18.I1.0058

Abstrak
Elektroforesis merupakan metode pemisahan yang digunakan untuk memisahkan molekul dengan
menggunakan gaya tarik elektrostatis. Cara melakukan elektroforesis menggunakan SDS-PAGE di
mana glass plate dibersihkan dengan alkohol 75%, karet penyangga dipasang, direkatkan,
pemeriksaan pemasangan kaca dengan etanol 95%. Larutan running gel dimasukkan ke glass
plate. Setelah mengeras, stacking gel ditambahkan dan dipasangkan comb, tunggu mengeras.
Rangkaian glass plate dimasukkan ke elektroforesis, tank buffer ditambahkan. Semua perangkat
terpasang, disambungkan power supply, arus 10mA, tegangan 50V, 30 menit hingga running gel.
Arus diganti menjadi 15mA, 100V, 90 menit. Sampel diinkubasi (5 menit), dimasukkan
elektroforesis. Running dijalankan hingga pewarna mencapai bagian bawah gel. Alat dimatikan,
gel dipindahkan ke stain solution, didiamkan 30 menit. Stain solution diganti destain solution (1
malam). Destain diganti hingga warna biru pada background gel hilang dan pita protein terlihat.
Berdasarkan hasil penelitian didapatkan 5 profil protein yaitu Egl nine homolog 1, Microtubule-
associated protein tau, Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase, EstD11, dan Regulatory
Subunit of Protein Kinase A (cAMP-dependent) from Euglena gracilis. Berdasarkan hasil
pengukuran berat molekul maka ditemukan 5 profil protein dalam 1 well. Berat molekul yang
berbeda menghasilkan profil protein yang berbeda pula.
Kata kunci : elektroforesis,SDS PAGE, protein, berat molekul, pita
dan dimanfaatkan untuk memisahkan molekul
1. TINJAUAN PUSTAKA protein yang kecil (Fatchiyah, 2012). TEMED
Elektroforesis adalah metode pemisahan dengan pada pembuatan gel berfungsi sebagai
resolusi tinggi yang digunakan pada molekul, katalisator untuk mempercepat polimerisasi
pemisahan ini menggunakan gaya tarik acrylamide menjadi gel polyacrylamide. SDS
elektrostatis pada molekul tersebut sehingga digunakan untuk mendenaturasi protein agar
dapat untuk melihat tingkat kemurniannya struktur terbuka (Lawrence, 1989). APS
(Syafaruddin et al., 2011). SDS PAGE atau berfungsi sebagai inisiator untuk mengaktifkan
Sodium Dodydecylsulphat Polyacrylamide Gel acrylamide supaya bereaksi dengan molekul
Electrophoresis merupakan metode yang acrylamide lainnya dan membentuk rantai
digunakan dalam pengujian berdasarkan dari polimer panjang. Tris HCl pH 6,8 dan 8,8
berat molekul protein. Elektroforesis berfungsi digunakan untuk menjaga pH campuran supaya
sebagai pemisahan molekul biologi seperti tidak berubah apabila ada asam atau basa, panas
protein. Prinsip dari SDS PAGE yaitu dengan sehingga menjaga protein tetap aktif (Dolnik,
melibatkan denaturasi dari komponen protein 1997). Aquabidest digunakan sebagai pelarut.
dengan deterjen anonik yang dapat berikatan
dengan protein. Molekul yang memiliki berat Bioinformatika merupakan alat yang digunakan
yang besar maka berjalan secara lambat untuk menyederhanakan teknik komputasional
sedangkan molekul dengan massa rendah untuk mengolah informasi biologis dan
berjalan dengan lebih cepat.(Machsun & Enny, berbagai ilmu multidisiplin lainnya seperti
2017). pengembangan database, prediksi protein,
Acrylamide yang berfungsi mencegah lipatan RNA, identifikasi coding dan promotor,
terjadinya difusi akibat panas pada arus listrik serta mengukur jejak evolusi (Barnes & Gray,

1
2003; Jones et al., 2004). Website rcsb.org
digunakan untuk mencari struktur protein tiga
dimensi untuk informasi bioinformatika
(Goodsell et al., 2020). Menu search dipilih dan
dipilih advance search, lalu klik pada bagian
start advance search. Setelah itu, pilih “Choose
a Query Type”. Lalu pilih “Molecular weight”
dan diketik berat molekulnya lalu submit query.
2. TUJUAN PRAKTIKUM
Tujuan dilakukannya praktikum ini
adalah untuk mengidentifikasi profil
protein sampel berdasarkan berat
molekulnya dengan alat SDS PAGE,
untuk mengukur berat molekul protein dari
hasil SDS PAGE dan mengetahui profil
protein yang diketahui berat molekulnya.
3. METODE PRAKTIKUM
3.1. Materi
3.1.1. Alat
Alat yang digunakan adalah mikropipet,
mikro tube, glass beaker, Biometra
Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide
Gel Electrophoresis, comb, glas plate,
water bath, shaker, buffer tank, sample
loading, electrode assembly, casting
module, glass plate
3.1.2. Bahan
Bahan yang digunakan adalah alkohol
75%, alkohol 95%, ethanol 95%, 30%
acrylamide, 1.5M Tris HCl pH 8.8, 0.5M
Tris HCl pH 6.8, aqua bidest (DDH2O),
10% SDS, 10% APS, (NH₄)₂S₂O₈),
TEMED, AccuRuler RGB prestained
protein ladder, SDS PAGE sample buffer,
stain solution (Coomassie Brilliant Blue
R), serta destain solution.
3.2. Metode
3.2.1. Persiapan Gel dan Elektroforesis
Metode persiapan gel dan elektroforesis yaitu
dengan glass plate dibersihkan dengan alkohol
75% pada kedua sisi hingga tidak meninggalkan
kotoran. Lalu, karet penyangga (silicone rubber
seal) dipasangkan pada kaca yang kemudian
direkatkan dengan klip, kemudian dilakukan
pemeriksaan pada pemasangan kaca dengan
2
menuangkan ethanol 95% kedalamnya.
Selanjutnya didiamkan beberapa saat, jika tidak
ada kebocoran, ethanol 95% dibuang dan
bagian dalam kaca dikeringkan. Tetapi jika ada
kebocoran, pemasangan karet terhadap kaca
diulangi kembali hingga tidak terjadi
kebocoran. Sementara menunggu pengecekan,
dapat dilakukan pembuatan stacking gel dan
running gel. Jika tidak ada bagian yang bocor
dari glass plate, larutan running gel dimasukkan
kedalam glass plate secara perlahan hingga
batas yang telah ditentukan. Perlu diperhatikan
untuk tidak sampai terbentuk gelembung udara
selama pengisian running gel. Jika terbentuk
gelembung, ditambahkan alkohol 95%. Setelah
running gel mengeras, stacking gel
ditambahkan di atasnya hingga mencapai batas
permukaan. Kemudian dipasangkan comb pada
stacking gel dan tunggu hingga mengeras.
Setelah gel mengeras, rangkaian glass plate
dipindahkan kedalam alat elektroforesis.
Setelah dipasangkan dengan rapat, tank buffer
ditambahkan pada bagian dalam alat hingga
penuh. Semua perangkat dipasangkan dan
disambungkan dengan power supply, mesin
dinyalakan, dan dilihat apakah dapat bekerja
dengan baik atau tidak. Jika dapat bekerja
dengan baik, mesin dimatikan kemudian diatur
kondisi arus pada 10 mA dan tegangan 50 volt
selama 30 menit, atau hingga sampel mencapai
running gel. Kemudian arus diganti menjadi 15
mA dan tegangan 100 volt selama 90 menit atau
hingga sampel mencapai dasar gel. Sampel
yang akan digunakan untuk elektroforesis
diinkubasi terlebih dahulu di dalam water bath
(air mendidih) selama 5 menit. Sampel yang
dimasukkan ke dalam elektroforesis
sebelumnya dihitung jumlahnya (v) berdasarkan
perbandingan dengan konsentrasi (M) masing-
masing sampel. Running dijalankan hingga
pewarna sudah mencapai bagian bawah gel.
Power supply dimatikan, kabel dicabut, dan
penutup dibuka. Kemudian glass plate dibuka
secara perlahan dan gel dipindahkan kedalam
stain solution dan didiamkan pada shaker
sekitar 30 menit. Setelah itu stain solution
dibuang dan diganti dengan destain solution
selama 4 jam – 1 malam. Destain solution
diganti sebanyak 3-4 kali atau hingga warna
biru pada background gel hilang dan pita
protein dapat terlihat jelas.
 Material Running Gel Stacking Gel Berat molekul sebesar 130 kDa memiliki nilai
(Lower Gel) (Upper Gel) log BM sebesar 2,1139 dan Rf sebesar 0,4808.
Demikian pula dengan pengukuran ketiga
30% 5 0,66 sampai terakhir yang nilainya menyesuaikan
acrylamide (ml) berat molekul dan panjang pita yang dihasilkan.
Hal ini menunjukkan bahwa semakin panjang
1,5 Tris-HCl 2,4 - pita maka semakin besar nilai Rf maka semakin
pH 8,8 (ml) panjang pita yang dihasilkan.
0,5 Tris-HCl - 0,8 Grafik 1. Kurva Persamaan Linear Gel dengan
pH 6,8 (ml) Buffer Aquabidest
ddH2O (ml) 2,2 0,8
Berdasarkan grafik 1., dapat dilihat bahwa
SDS (ml)* 2,4 1,74 semakin tinggi pengukuran Rf, semakin rendah
nilai log berat molekul. Persamaan kurva yang
10% APS (µl)* 60 20 dihasilkan menggunakan persamaan linear yaitu
y = -1,4527x + 2,8194 dengan nilai regresi
TEMED (µl)* 10 4 sebesar 0,9708.

Keterangan : *3 bahan terakhir (10% SDS, 10% 4.1. Pengukuran Kuantitatif Protein
APS, dan TEMED) harus dimasukkan
berurutan Tabel 2. Hasil Pengukuran Berat Molekul dan
Profil Protein.
3.2.2. Kuantitatif Protein
Mula-mula, gel hasil SDS PAGE discan, diukur Berdasarkan Tabel 2., dapat dilihat bahwa
jarak pita dengan rumus Rf dan dimasukkan ke pengukuran berat molekul dan profil protein
persamaan regresi linier sebagai x. Hasil dilakukan pada well pertama. Pengukuran well
penelitian di antilog. BM digunakan dan pertama memiliki 5 ladder protein percobaan.
dilakukan analisis bioinformatika. Hasil pengukuran ladder pertama sampai
kelima adalah 4,5; 4,87; 5,67; 7,17, dan 9,24
Rumus yang digunakan sebagai berikut: cm. Lalu hasil pengukuran pita digunakan untuk
mengukur berat molekul senyawa yang dituju.
jarak pergerakan pita proteindari tempat awal
Rf = Berat molekul yang diperoleh dari 5 percobaan
jarak pergerakan warna pelacak dari tempat awal
adalah 155,1772; 137,7670; 106, 5142;
4. HASIL PENGAMATAN 65,7658; 33,7831 kDa. Pengukuran berat
molekul dilakukan untuk mengetahui profil
protein pada bahan. Profil protein yang terlihat
4.1. Perhitungan Rf Protein Ladder Gel dalam bahan adalah Egl nine homolog 1,
Microtubule-associated protein tau,
Tabel 1. Hasil Perhitungan Rf Protein Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase,
Ladder Gel EstD11, dan Regulatory Subunit of Protein
Kinase A (cAMP-dependent).
Berdasarkan Tabel 1., dapat dilihat bahwa hasil
perhitungan Rf protein ladder gel dilakukan 5. PEMBAHASAN
pengukuran panjang pita dan berat molekul
menggunakan buffer aquabidest sebanyak 7 Prinsip SDS PAGE melibatkan denaturasi dari
kali dengan pengukuran pergerakan warna dari komponen protein dengan deterjen anonik yang
tempat awal sebesar 10,4 cm. Data yang dapat berikatan dengan protein. Kemudian
dihasilkan berupa data log Berat molekul dan terjadi proses pemberian muatan negatif yang
Rf. Pada panjang pita sebesar 4,5 cm dan berat sebanding dengan massa molekul dari protein.
molekul sebesar 180 kDa memiliki log BM Lalu, terjadi proses elektroforesis yang melalui
sebesar 2,2553 dan Rf sebesar 0,4327. Begitu akrilamida matriks gel berpori. Hasilnya berupa
pula dengan panjang pita sebesar 5 cm dengan pemisahan protein. Molekul yang memiliki

3
berat yang besar maka berjalan secara lambat
maka pita yang dihasilkan akan semakin dekat
dengan well pada gel, sedangkan molekul
dengan massa rendah berjalan dengan lebih
cepat (Machsun & Enny, 2017).
Tahap pertama dengan membersihkan glass
plate menggunakan alkohol 75% pada kedua
sisi. Alkohol 75% digunakan untuk
membersihkan kotoran sehingga glass plate
menjadi aseptis (Dolnik, 1997). Lalu, karet
penyangga dipasangkan pada kaca, direkatkan
dengan klip, kemudian dilakukan pemeriksaan
pada pemasangan kaca dengan menuangkan
ethanol kedalamnya. Kaca dapat mengalami
kebocoran bila glass plate rusak,
ketidaksejajaran dalam pemasangan spacer,
serta kurang bersihnya karet yang digunakan
(Hafidz, 2011). Selanjutnya didiamkan
beberapa saat, jika tidak ada kebocoran yang
berarti , ethanol 95% dibuang dan bagian dalam
kaca dikeringkan. Bila ada kebocoran,
pemasangan karet diulangi. Selanjutnya
pembuatan stacking gel dan running gel.
Acrylamide berfungsi mencegah difusi akibat
panas arus listrik dan untuk memisahkan
molekul protein yang kecil (Fatchiyah, 2012).
TEMED berfungsi sebagai katalisator untuk
mempercepat polimerisasi acrylamide menjadi
gel polyacrylamide. SDS digunakan untuk
mendenaturasi protein agar struktur terbuka
(Lawrence, 1989). APS berfungsi sebagai
inisiator untuk mengaktifkan acrylamide supaya
bereaksi dengan molekul acrylamide lainnya
dan membentuk rantai polimer panjang. Tris
HCl pH 6,8 dan 8,8 digunakan untuk menjaga
pH campuran supaya tidak berubah apabila ada
asam atau basa, panas sehingga menjaga protein
tetap aktif (Dolnik, 1997). Aquabidest
digunakan sebagai pelarut. Kemudian, larutan
running gel dimasukkan ke dalam glass plate
secara pelan sampai batas tertentu. Saat
pengisian, diusahakan tidak terbentuk
gelembung. Gelembung membuat arah DNA
berjalan ke kutub negatif. Sedangkan pada
kondisi netral DNA akan bermuatan negatif dan
bergerak dari kutub negatif menuju kutub
positif bila bermuatan listrik (Suwanto et al.,
2019). Pembentukan gelembung dapat diatasi
dengan alkohol 95%. Bila running gel sudah
mengeras, stacking gel dimasukkan di atas
sampai batas permukaan. Fungsi stacking gel
untuk mencetak well pada gel sebagai jalur
4
pergerakan protein serta menahan sampel
sementara sebelum bermigrasi melalui running
gel. Running gel berfungsi sebagai jalan protein
bermigrasi ke arah bawah sesuai berat
molekulnya (Sheehan, 2000). Comb
dipasangkan di stacking gel sampai mengeras.
Comb berfungsi membentuk sumuran sampel
pada gel acrylamide sebelum terjadi
polimerisasi gel. Setelah mengeras, rangkaian
glass plate dipindah ke alat elektroforesis.
Setelah terpasang rapat, tank buffer
ditambahkan pada bagian dalam alat sampai
penuh. Fungsi tank buffer untuk membawa ion
dalam sistem buffer, menjaga kestabilan pH,
dan sebagai media disipasi panas (Boyer, 2004).
Semua alat disambungkan dengan power
supply, lalu mesin dinyalakan untuk
memastikan mesin berkerja dengan baik. Jika
dapat bekerja, mesin dimatikan dan diatur pada
kondisi arus 10 mA dan tegangan 50 Volt
selama 30 menit atau sampai mencapai running
gel. Lalu diganti arusnya menjadi 15 mA dan
tegangan 100 volt selama 90 menit hingga
sampel mencapai dasar gel. Pemberian arus dan
tegangan dilakukan untuk memberikan aliran
listrik pada sumber sehingga molekul protein
dapat bergerak ke running gel berdasarkan berat
molekulnya (Shetty, 2006). Sampel yang
digunakan di waterbath selama 5 menit.
Waterbath berfungsi mendenaturasi protein di
sampel sehingga struktur protein terbuka dan
mempercepat reaksi dengan sample buffer dan
menyetimbangkan densitas protein pada sampel
(Boyer, 2004). Sampel dihitung jumlahnya
berdasarkan perbandingan dengan konsentrasi.
Running dijalankan hingga pewarna mencapai
bagian bawah gel. Power supply dimatikan,
kabel dicabut, penutup dibuka. Glass plate
dibuka perlahan dan gel dipindahkan ke stain
solution dan didiamkan pada shaker selama 30
menit. Stain solution dibuang dan diganti
dengan destain solution selama 4 jam-1 malam.
Destain solution diganti sebanyak 3-4 kali atau
hingga warna biru pada background gel hilang
dan pita protein terlihat jelas. Stain solution
digunakan untuk mewarnai sampel, sedangkan
destain solution digunakan untuk
menghilangkan background gel sehingga pita
protein dapat terlihat jelas.
Hasilnya discan dan diukur jarak antar pita
dengan rumus Rf dan dimasukkan ke dalam
persamaan regresi linier. Pengukuran protein
dari sampel pada gel dan dicari Rf diukur.
Kemudian dimasukkan ke dalam persamaan
regresi linier sebagai X. Hasilnya lalu diantilog
dan didapatkan berat molekul. Analisa melalui
proses bioinformatika melalui Protein Data
Bank pada Research Collaboratory for
Structural Bioinformatics (www.rcsb.org).
Bioinformatika merupakan alat yang digunakan
untuk menyederhanakan teknik komputasional
untuk mengolah informasi biologis dan
berbagai ilmu multidisiplin lainnya seperti
pengembangan database, prediksi protein,
lipatan RNA, identifikasi coding dan promotor,
serta mengukur jejak evolusi (Barnes & Gray,
2003; Jones et al., 2004). Website rcsb.org
digunakan untuk mencari struktur protein tiga
dimensi untuk informasi bioinformatika
(Goodsell et al., 2020).
Berdasarkan hasil pengukuran berat molekul
maka ditemukan berbagai profil protein.
Berdasarkan berat molekul 155,18 kDA,
didapatkan profil protein Egl nine homolog 1,
atau yang disebut juga sebagai prolyl
hydroxylase domain disebut sebagai prolyl
hydroxylase domain yang mengandung 2
protein (PHD2). Protein ini termasuk dalam
isoform hipoksia yang sering disebut dengan
HIF prolyl- hydroxylase. Protein bekerja
sebagai sensor oksigen seluler (Pruitt et al.,
2012). Profil protein dengan berat molekul
137,77 yaitu microtubule-associated protein tau.
microtubule-associated protein tau termasuk
dalam isoform protein yang berfungsi sebagai
penjaga stabilitas dari mikrotubulus yang
berada pada akson dan banyak berada di neuron
saraf pusat (Black et al., 1996). Profil protein
lainnya, yaitu Decaprenylphosphoryl-beta-D-
ribose oxidase atau DprE1 dengan berat
molekul 106,51. DprE1 adalah enzim yang
berada dalam komponen dinding sel. Selain itu,
DprE1 berfungsi untuk mengkatalisis oksidasi
dari ribose lain. DprE1 yang bersifat inhibitor
mampu melawan mikroba bakteri secara
makromolekular dengan kandungan nanomolar
yang rendah (Li, 2014). Berdasarkan hasil berat
molekul 65,77 ditemukan profil protein EstD11.
EstD11 merupakan esterase termofilik dan
termostabil pada suhu 600C dan termasuk dalam
famili dari hormon sensitif lipase atau disebut
HSL yang tersusun dari dua subdomain
sehingga memudahkan masuknya substrat.
EstD11 berfungsi sebagai penghubung antara
5
alkohol ester dengan karboksil (Ruano et al.,
2020). Profil protein lainnya yaitu regulatory
subunit of protein kinase a (cAMP-dependent)
from euglena gracilis. Protein ini dapat
dihambat oleh regulator subunit dan cAMP
dapat melepaskan sub-unit yang mampu
mengkatalisis proses, sehingga mampu
memfosforilasi protein pada substrat (Kiriyama
et al., 1999).
6. KESIMPULAN
 SDS PAGE atau Sodium Dodecyl Sulphate
Polyacrylamide Gel Electrophoresis
merupakan metode yang digunakan dalam
pengujian berdasarkan dari berat molekul
protein.
 Molekul protein hasil SDS PAGE dapat
bergerak sepanjang running gel akibat
pergerakan muatan yang terjadi di dalamnya.
 Berat molekul yang berbeda menghasilkan
profil protein yang berbeda pula.
 Prinsip dari SDS PAGE yaitu dengan
melibatkan denaturasi dari komponen protein
dengan deterjen anonik yang dapat berikatan
dengan protein.
 Profil protein dalam SDS-PAGE dapat
diidentifikasi menggunakan analisa
bioinformatika melalui website
www.rcsb.org.
7. DAFTAR PUSTAKA
Barnes, M. R., & Gray, I. C. (2003).
Bioinformatics for Geneticists. John
Wiley & Sons.
Black M. M., Slaughter T., Moshiach S.,
Obrocka M., Fischer I. (1996). Tau is
enriched on dynamic microtubules in the
distal region of growing axons. Journal
Neurosci. Volume 16: 3601–3619.
Boyer, R. 2004. Modern Experimental
Biochemistry. California: The Benjamin
Publishing Company.
Dolnik, V. (1997). Capillary zone
electrophoresis of proteins,
Electrophoresis, Vol. 18, No. 12-13
 (1997) pp. 2353-2361, ISSN: 0173- Machsun, Idea Rahmania dan Enny Zulaika.
0835.
Fatchiyah, A. (2012). Biologi Molekuler :
Prinsip Dasar Analisis. Jakarta :
Penerbit Erlangga.
Fibriana, F. et al. (2012) ‘Deteksi Daging Babi
Pada Produk Bakso di Pusat Kota Salatiga
Menggunakan Teknik Polymerase Chain
Reaction’, 4(2).
Goodsell, D. S., Zardecki, C., Costanzo, L. D.,
Duarte, J. M., Hudson, B. P., Persikova, I.,
Segura, J., Shao, C., Voigt, M., Westbrook,
J. D., Young, J. Y., & Burley, S. K. (2020).
RCSB Protein Data Bank: Enabling
biomedical research and drug discovery.
Protein Science, 29(1), 52–65.
Hafidz RN, Yaakob CM, Amin I, Noorfaizan A.
2011. Chemical and functional properties
of bovine and porcine skin gelatin.
International Food Research Journal. 18:
813-817.
Hermanto, S., Saputra, F. R. and Zilhadia (2016)
‘Aplikasi Metode SDS-PAGE ( Sodium
Dodecyl Sulphate Poly Acrylamide Gel
Electrophoresis ) untuk Mengidentifikasi
Sumber Asal Gelatin pada Kapsul Keras’,
1(1), pp. 26–32.
Jones, N. C., Pevzner, P. A., & Pevzner, P.
(2004). An Introduction to Bioinformatics
Algorithms. MIT Press.
Kiriyama, H., Nanmori, T., Hari, K., Matsuoka,
D., Fukami, Y., Kikkawa, U., & Yasuda, T.
(1999). Identification of the catalytic
subunit of cAMP-dependent protein kinase Syafaruddin, Randriani, E. and Santoso, T. J.
from the photosynthetic flagellate,Euglena
gracilisZ1. Federation of European
Biochemical Society, Volume 450(1), 95–
100.
Lawrence, E. 1989. Henderson’s dictionary of
biological terms. 10th ed. New York: John
Will & Sons.
Li, Hua dan Gerwald Jogi. 2014. Crystal
Structure of Decaprenylphosphoryl-Beta-
D-Ribose 2’-Epimerase from
Mycobacterium smegmatis. Journal HHS
Public Access. Volume (1):1-7.
6
2017. Profil Protein Bakteri Ureolitik,
Jurnal Sains dan Seni ITS. Volume
6(2):2337-3520.
Magdeldin, Sameh. (2012). Gel Electrophoresis
– Principles and Basics. Croatia: InTech.
Pruitt, K., Brown, G., Tatusova, T., Maglott,
D. 2012. The NCBI Handbook Chapter
18 The Reference Sequence (RefSeq)
Database.
Ruano, Vega Miguel, Ivanna Rivera, dan
Jelena Rajkovic. (2021) Biochemical
and Structural Characterization of a
novel thermophilic esterase EstD11
provide catalytic insights for the HSL
family. Journal Pre-proofs. Volume 21:
1-53.
Saputra, F. R. (2014) ‘Aplikasi Metode Sds-
page (Sodium Dodecyl Sulphate
Polyacrylamide Gel Electrophoresis)
Untuk Mengidentifikasi Sumber Gelatin
Pada Kapsul Keras’, pp. 16–36.
Sheehan, D. (2000). Physical biochemistry:
Principles and applications, John Wiley
and sons, ISBN 0 471 98663, New
York, pp. 153-211.
Shetty, K. (Ed.). (2006). Food biotechnology
(2nd ed). CRC Press, Taylor & Francis.
Suwanto, P. A., M.Sc, S. S., & candra, D. K.
P. (2019). Teknik Percobaan dalam
Genetika Molekuler. Penerbit Unika
Atma Jaya Jakarta.
(2011) ‘Efektivitas dan Efisiensi Teknik
Isolasi dan Purifikasi DNA pada Jambu
Mete (Anacardium occidantale L.)’,
2(2), pp. 151–160.
8. LAMPIRAN

8.1. Hasil Pengamatan

Tabel 1. Hasil Perhitungan Rf Protein Ladder Gel

BM(kDa) Panjang Pita Log (BM) Rf

180 4,5 2,2553 0,4327

130 5,0 2,1139 0,4808
100 5,8 2 0,5577
75 6,4 1,8751 0,6154
63 7,1 1,7993 0,6827
48 8,0 1,6812 0,7692
35 9,5 1,5441 0,9135

Tabel 2. Hasil Pengukuran Berat Molekul dan Profil Protein

Well 1 Panjang Rf Y (Log BM (kDa) Profil Protein

Pita (cm) BM)

1 4,5 0,4327 2,1908 155,1772 Egl nine homolog 1

2 4,87 0,4683 2,1391 137,7670 Microtubule-associated

protein tau

3 5,67 0,5452 2,0274 106,5142 Decaprenylphosphoryl-beta-

D-ribose oxidase

4 7,17 0,6894 1,8180 65,7658 EstD11

5 9,24 0,8885 1,5287 33,7831 Regulatory Subunit of

Protein Kinase A (cAMP-
dependent) from Euglena
gracilis

7
8.2. Laporan Sementara

8
8.3. Perhitungan
Perhitungan Tabel 1

Rumus:
jarak pergerakan pita proteindari tempat awal
Rf =
jarak pergerakan warna pelacak dari tempat awal

BM= 180 6,4

Rf= = 0,6154
Panjang pita= 4,5 cm 10,4
Panjang gel = 10,4 cm
4,5 BM= 63
Rf= = 0,4327
10,4 Panjang pita= 7,1 cm
Panjang gel = 10,4 cm
BM= 130 7,1
Rf= = 0,6827
Panjang pita= 5,0 cm 10,4
Panjang gel = 10,4 cm
5,0 BM= 48
Rf= = 0,4808
10,4 Panjang pita= 8,0 cm
Panjang gel = 10,4 cm
BM= 100 8,0
Rf= = 0,7692
Panjang pita= 5,8 cm 10,4
Panjang gel = 10,4 cm
5,8 BM= 35
Rf= = 0,5577
10,4 Panjang pita= 9,5 cm
Panjang gel = 10,4 cm
BM= 75 9,5
Rf= = 0,9135
Panjang pita= 6,4 cm 10,4
Panjang gel = 10,4 cm

Perhitungan Tabel 2
Rumus:
jarak pergerakan pita protein daritempat awal
x=Rf =
jarak pergerakan warna pelacak dari tempat awal
Y = -1,4527x + 2,8194
BM = anti log Y

Well 1 (1) 4,87

x = Rf= = 0,4683
Panjang gel 5 = 4,5 cm 10,4
Panjang pita gel 5 = 10,4 cm Y= -1,4527 (0,4683) + 2,8194
4,5 Y= 2,1391
x = Rf= = 0,4327
10,4 BM= anti log (2,1391)
Y= -1,4527 (0,4327) + 2,8194 BM= 137,7670
Y= 2,1908
BM= anti log (2,1908) Well 1 (3)
BM= 155,1772 Panjang gel 5 = 5,67 cm
Panjang pita gel 5 = 10,4 cm
5,67
x = Rf= = 0,5452
Well 1 (2) 10,4
Panjang gel 5 = 4,87 cm Y= -1,4527 (0,5452) + 2,8194
Panjang pita gel 5 = 10,4 cm Y= 2,0274

9
BM= anti log (2,0274) BM= 65,7658
BM= 106,5124
Well 1 (5)
Well 1 (4) Panjang gel 7 = 9,24 cm
Panjang gel 6 = 7,17 cm Panjang pita gel 7 = 10,4 cm
Panjang pita gel 6 = 10,4 cm 9,24
7,17 x = Rf= = 0,8885
10,4
x = Rf= = 0,6894
10,4 Y= -1,4527 (0,8885) + 2,8194
Y= -1,4527 (0,6894) + 2,8194 Y= 1,5287
Y= 1,8180 BM= anti log (1,5287)
BM= anti log (1,8180) BM = 33,7831

8.4. Foto

10
11