A. Total protein dan Profil protein menggunakan metode Sodium Dodecyl Sulfat
Polyacrylamid Gel Electrophoresis (SDS-PAGE)
1. Hari / tanggal
:
Sabtu, 12 Desember 2015
2. Tempat
:
Laboratorium Biologi Molekuler Universitas Muhammadiyah Semarang
3. Tujuan
:
a. Agar mahasiswa dapat memahami prinsip dasar elektroforesis SDS-PAGE
b. Agar mahasiswa dapat menggunakan alat elektroforesis dengan benar untuk membaca
nilai berat molekul protein dari sampel
c. Agar mahasiswa dapat memahami teknik centrifugasi untuk pemisahan bagian-bagian
sel.
d. Agar mahasiswa dapat menentukan protein total dengan metode SDS-PAGE
4. Prinsip kerja
:
Elektroforesis adalah suatu cara untuk memisahkan fraksi-fraksi suatu campuran
berdasarkan atas pergerakan partikel koloid yang bermuatan di bawah pengaruh medan
listrik.
Sodium Dodecyl Sulfat Polyacrylamid Gel Elektroforesis (SDS-PAGE) adalah tehnik
untuk memisahkan rantai polipeptida pada protein berdasarkan kemampuannya untuk
bergerak dalam arus listrik.
5. Teori Dasar
Protein (protos yang berarti paling utama) adalah senyawa organik kompleks yang
mempuyai bobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam
amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Peptida dan protein
merupakan polimer kondensasi asam amino dengan penghilangan unsur air dari gugus amino
dan gugus karboksil. Jika bobot molekul senyawa lebih kecil dari 6.000, biasanya
digolongkan sebagai polipeptida.
Asam amino merupakan unit pembangun protein yang dihubungkan melalui ikatan
peptida pada setiap ujungnya. Protein tersusun dari atom C, H, O, dan N, serta kadangkadang P dan S. Dari keseluruhan asam amino yang terdapat di alam hanya 20 asam amino
yang yang biasa dijumpai pada protein. Asam amino mempunyai dua gugus pada tiap
molekulnya, yaitu gugus amino dan gugus karboksil, yang digambarkan sebagai struktur ion
dipolar. Gugus amino dan gugus karboksil pada asam amino menunjukkan sifat-sifat
spesifiknya. Karena asam amino mengandung kedua gugus tersebut, senyawa ini akan
memberikan reaksi kimia yang yang mencirikan gugus-gugusnya. Asam amino juga bersifat
amfoter, yaitu dapat bersifat sebagai asam dan memberikan proton kepada basa kuat, atau
dapat bersifat sebagai basa dan menerima proton dari basa kuat.
Semua asam amino yang ditemukan pada protein mempunyai ciri yang sama, gugus
karboksil dan amino diikat pada atom karbon yang sama. Masing-masing berbeda satu
dengan yang lain pada gugus R-nya, yang bervariasi dalam struktur, ukuran, muatan listrik,
dan kelarutan dalam air. Protein tersusun atas asam-asam amino melalui ikatan peptide, yaitu
ikatan antara gugus karboksil (-COOH) dan gugus amina (-NH 2). Oleh karena itu protein
juga disebut polipeptida.Ikatan yang terjadi pada protein selain ikatan peptide antar asamasam amino penyusunnya, juga terjadi ikatan-ikatan yang lain. Misalnya, ikatan hydrogen
yang terjadi pada gugus N-H dan pada gugus O-H, ikatan disulfide yaitu S S
menyokong terjadinya ikatan yang kompleks pada protein. Ikatan ion pada protein juga
terjadi bila di dalamnya terdapat gugus ion logam, dan ikatan koordinasi, misalnya ikatan
koordinasi antara ion Fe3+ dengan hemoglobin pada darah.
Protein merupakan kelompok biomakromolekul yang sangat heterogen. Ketika berada di
luar makhluk hidup atau sel, protein sangat tidak stabil. Untuk mempertahankan fungsinya,
setiap jenis protein membutuhkan kondisi tertentu ketika diekstraksi dari normal biological
milie. Protein yang diekstraksi hendaknya dihindarkan dari proteolisis atau dipertahankan
aktivitas enzimatiknya.
Analisa Protein
Untuk menganalisa protein yang ada di dalam sel tersebut, diperlukan prosedur fraksinasi sel
yaitu :
Isolasi protein yaitu memisahkan protein dari makromolekul yang lain atau memisahkan
protein dengan sifat tertentu dan protein dari protein lain lain yang tidak diinginkan dalam
analisa.
Suatu teknik isolasi dan identifikasi protein harus mempertimbangkan sifat-sifat fisik,
kimiawi dan kelistrikan suatu protein sedemikian rupa sehingga konformasi dan aktifitasnya
tidak berubah. Pada tahap awal isolasi, biasanya digunakan metode yang memiliki daya
pemisah terendah seperti pengendapan dengan ammonium sulfat. Pengendapan ini
dipengaruhi olah berbagai factor antara lain jumlah dan posisi gugus polar, berat molekul,
pH dan temperature larutan.
6. Alat
a. Mikropipet
b. Mikrotube
c. Bluetip
d. Yellowtipe
e.
f.
g.
h.
i.
j.
k.
Whitetip
Centrifus
Alat penggerus
Spektrofotometer
Beaker glass
Erlenmeyer
Alat elektroforesis
7. Bahan
:
a. 1,5 Tris/HCL (pH 8,8), tidak butuh pengaturan pH
Tris base
: 36,8 gr
1N HCL
: 45 ml
H2O (akuades) : Sampai volume 200 ml
b. 1M Tris/HCL (pH 6,8)
Tris base
: 24,2 gr
H2O (akuades) : 150 ml
*atur pH sampai 6,8 menggunakan HCL sampai volume 200 ml
c. 5x Tris /Glysin Electrode Buffer (final 25 mM Tris, 250 mM glysin, 0,1% SDS)
Tris base
: 15,1 gr
Glysin
: 94 gr
10% SDS
: 50 ml
H2O
: Sampai volume 100 ml
d. 2x Loading Buffer (NAIST)
1M Tris/HCL (pH 6,8)
: 1 ml
10% SDS
: 4 ml
Bromophenol Blue : 20 mg
Glycerol
: 2ml
H2O (akuades)
: sampai 9 ml
e. 30% Larutan Acrylamid
Acrylamid
: 14,5 gr
Bisacrylamid
: 0,5 gr
H2O
: Sampai volume 50 ml
f. Larutan staining CBB
Comassie blue 0,1% : 0,1 gr
Metanol
: 40 ml
Asam acetat glacial : 10 ml
H2O (akuades)
: 50 ml
*total volume 100 ml
g. Larutan Destaining
Metanol 50%
: 500 ml
Asam acetat glacial 10%
: 100 ml
H2O (akuades)
: 400 ml
*total volume 1000 ml
h. PBS (>>>............) 5X pH 7,4
NaCl
: 42,4 gr
Na2HPO4
: 6,6 gr
NaH2PO4
: 1,72 gr
dH2O
: Sampai volume 1000 ml
Preparasi Gel
a. Separating gel 12%
Polyacrylamid 30% 6,0 ml (6000 l)
1,5 M Tris (pH 8,8) 3,8 ml (3800 l)
10% SDS 0,15 ml (150 l)
dH2O 4,9 ml (4900 l)
Temed 0,006 ml (6 l)
10 APS 0,15 ml (150 l)
b. 5% stacking gel
dH2O 2,7 ml (2700 l)
Acrylamid 30% 0,67 ml (670 l)
1,0 Tris (pH 6,8) 0,5 ml (500 l)
10% SDS 0,04 ml (40 l)
10% APS 0,04 ml (40 l)
Temed 0,004 (4 l)
Sampel
a. Daging ayam
b. Daging sapi
c. Daging kambing
d. Daging ikan belanak
e. Telur ikan belanak
8. Cara kerja
:
a. Cara kerja pembuatan Total Protein
Dipotong sampel daging ayam, kambing dan sapi, kemudian haluskan. Tambahkan NaCl
fisiologis kemudian homogenkan. Dimasukkan daging kedalam mikrotube sebanyak
1500 l, Kemudian centrifus dengan kecepatan 3000 rpm selama 15 menit pada suhu
4C. Daging yang telah di centrifus kemudian diambil supernatannya. Dibaca
menggunakan alat spektrofotometer.
b. Cara kerja pembuat Separating Gel
Dipipet akuades steril 4900 l, polyacrylamid 30% 6000 l, 1.5 M tris (pH 8,8) 3800 l,
10% SDS 150 l, 10% APS 150 l dan TEMED 6 l masukkan kedalam erlenmeyer,
homogenkan. Masukkan gradien gel ke dalam glassplate dengan cepat agar gel tidak
membeku. Hindari gelembung , untuk meratakan permukaan gel tambahkan isopropanol (butanol). Setelah berubah menjadi gel, butanolnya dibuang. Cuci permukaan
gel menggunakan akuades
c. Cara kerja pembuatan stacking gel 5%
Dipipet akuades steril (dH2O) 2700 l, polyacrylamid 30% 670 l, 1,0 M Tris (pH 6,8)
500 l, 10% SDS 40 l, 10% APS 40 l dan Temed 4 l masukkan kedalam ke dalam
erlenmeyer. Masukkan larutan stacking gel kedalam glassplates. Masukkan sisir secara
perlahan, hindari gelembung. Setelah beku, ambil sisir dari stacking gel hingga
terbentuk cetakan. Siapkan elektrode buffer 1x sebanyak 1000 ml. Ketika polimerasi
sudah sempurna, siapkan tangki elektroforesis.
d. Cara kerja isolasi protein
Dipipet 5 l sampel, masukkan ke lubang sumuran cetakan. Setelah semua sampel
dimasukkan ke dalam sumuran, alat elektroforesis dihidupkan dengan 100 volt sampai
blue dye mencapai dasar stacking gel, rubah 200 volt saat blue dye sampai pada gradient
gel, setelah blue dye mencapai dasar gradient gel matikan alat elektroforesis
1
0
1
1
1
2
b. Perhitungan
1. Perhitungan Rf Marker
Rf dihitung dengan rumus :
a.
b.
c.
d.
e.
f.
g.
h.
i.
j.
k.
Marker 1 =
Marker 2 =
Marker 3 =
Marker 4 =
Marker 5 =
Marker 6 =
Marker 7 =
Marker 8 =
Marker 9 =
Marker 10=
Marker 11=
0.6
1
8.6
8.6
1.4
8.6
1.9
8.6
2.2
8.6
3.2
8.6
3.5
8.6
4.5
8.6
5.7
6.9
8.6
8.6
8.5 no 1
2. Perhitungan Rf sampel
8.6 :
Rf dihitung dengan rumus
Band 1 =
Band 2 =
Band 3 =
Band 4 =
Band 5 =
Band 6 =
Band 7 =
Band 8 =
Band 9 =
Band 10 =
Band 11 =
1
1.5
8.6
8.6
2.2
8.6
2.5
8.6
2.7
8.6
2.9
3.1
8.6
8.6
3.5
3.8
8.6
4.1
8.6
8.6
4.5
8.6
= 0.12
= 0.22
= 0.26
= 0.29
= 0.31
= 0.34
= 0.36
= 0.41
= 0.44
= 0.48
= 0.52
= 0.07
= 0.12
= 0.16
= 0.22
= 0.26
= 0.36
= 0.86
= 0.52
= 0.66
= 0.80
= 0.99
Band 12 =
Band 13 =
Band 14 =
Band 15 =
Band 16 =
Band 17 =
Band 18 =
Band 19 =
Band 20 =
Band 21 =
Band 21 =
5.5
5.7
8.6
8.6
6.1
6.4
8.6
8.6
6.9
8.6
7.5
8.6
7.7
8.0
8.6
8.2
8.6
8.4
8.6
8.6
8.6
= 0.64
= 0.66
= 0.71
= 0.74
= 0.80
= 0.87
= 0.92
= 0.93
= 0.95
= 0.98
= 1.00
c. Dari Rf Sampel yang diketahui, hasil diplotkan ke grafik yang dibuat dari Rf dan
BM Marker. Didapatkan data sebagai berikut :
Rf
0.07
0.12
0.16
0.22
0.26
0.36
0.41
0.52
0.66
0.80
0.99
MARKER
BM
200
150
120
100
85
70
60
50
40
30
25
Rf
0.12
0.22
0.26
0.29
0.31
0.34
0.36
0.41
0.44
0.48
0.52
0.64
0.66
0.71
0.74
0.80
0.87
0.90
0.93
0.95
0.98
1.00
SAMPEL
BM
150
100
85
77
73
72
70
60
56
53
50
41
40
36
34
30
28
27
26.5
26
25.5
25
BM Protein ( kDa )
0.12
0.22
0.26
0.29
0.31
0.34
0.36
0.41
0.44
0.48
0.52
0.64
Keterangan
150
100
85
77
73
72
70
60
56
53
50
41
Minor
Minor
Mayor
Mayor
Mayor
Minor
Mayor
Minor
Mayor
Minor
Mayor
Mayor
0.66
0.71
0.74
0.80
0.87
0.90
0.93
0.95
0.98
1.00
40
36
34
30
28
27
26.5
26
25.5
25
Mayor
Minor
Mayor
Mayor
Mayor
Mayor
Minor
Minor
Minor
Minor
1.
Tanggal
19 Desember 2015
2.
Praktikum
Mata Kuliah
Biomolekuler
3.
Materi
4.
Praktikum
Tujuan
5.
Metode
Elektroforesa Agarrose
6.
Prinsip
Analisa
dingin
7.
Dasar Teori
menyediakan
informasi
mengenaiukuran,muatan,danjeniskomponen
yang dielektroforesis (Fairbanks & Andersen
1999:280).Aplikasielektroforesis yaituuntuk
uji paternitas dan identifikasi pelaku kejahatan
(DNA fingerprinting). Elektrofo resis juga
berperandalamhumangenomeproject.
Terdapat lima jenis gel yang dapat digunakan
dalam elektroforesis DNA yaitu gel
poliakrilamida,gelalkalinagarosa,gelagarosa,
pati, dan cellulose acetat. Gel poliakrilamida
berfungsi untuk menganalisis hasil
ekstensiprimer. Gel alkalin agarosa berfungsi
untukmemisahkanrantaiDNAyangberukuran
besar.Gelagarosaberfungsiuntukmenyediakan
sistem elektroforesis yang digunakan untuk
fraksi RNA pada ukuran standar, pati dan
cellulose acetat digunakan untuk memisahkan
protein(Amershambiosciences1999:6).
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat
molekul yang bermuatan listrik ditempatkan
padamediumberisitenagalistrik.Molekulyang
digunakan dalam praktikum elektroforesis
adalah molekul DNA yang bermuatan negatif.
Molekul akan bermigrasi menuju kutub positif
voltase, dan
Alat dan
Bahan
9.
a. Alat.
- Sentrifuge
- Conical
- Vortex
- Pipet
- Pisau dan Gunting
- Blue tip & Yellow tip
- Refrigerator
- Elektroforesis
- Rotator
- Neraca Analitik.
b. Bahan / reagen
- Daging Kambing
- Buffer lisis
- Proteinase K
- Phenol CIAA
- Ethanol absolute
- Ethanol 70 %
- Reagen TE
Prosedur Kerja
a.
b.
c.
d.
e.
f.
g.
h.
i.
j.
k.
l.
m.
n.
o.
p.
10.
Hasil Analisa :
Tampak bercak hasil isolasi DNA Darah.
11.
Pembahasan :
DNA yang bermuatan negative akan bergerak menuju kotub positif melalui pori
agarose.
Deteksi DNA daging kambing dengan penambahan Ethidium bromide bila terkena
sinaar UV maka akan terjadi pendaran fluoresensi orange.
Menggunakan marker DNA
12.
Kesimpulan :
DNA darah tredeteksi.
13.
Pustaka
-