Dosen Pengampu :
Prof. Dr. dr. Tri Indah Winarni, M.SiMed
Prof.dr. Mohammad Sulchan, M.Sc., Sp.GK.
Faizah Fulyani, S.Si., M.Sc., PhD
Dr. Diana Nur Afifah S.TP., M.Si
Disusun oleh:
Zahwa Helda Tantriyani 22030118110043
A. LATAR BELAKANG
Protein merupakan makro molekul yang terbentuk dari asam amino yang
tersusun dari atom nitrogen, karbon, hidrogen dan oksigen, beberapa jenis asam
amino yang mengandung sulfur (metionin, sistin dan sistein) yang dihubungkan
oleh ikatan peptida. Dalam makhluk hidup, protein berperan sebagai pembentuk
struktur sel dan beberapa jenis protein memiliki peran fisiologis.1
Protein adalah polimer dari asam amino. Semua organisme menggunakan 20
asam amino yang sama sebagai unit pembangun suatu molekul protein. Sumber
protein adalah telur, ikan, daging (pangan hewani), serta kacang-kacangan dan
biji-bijian (pangan nabati). Kedua puluh asam amino ini adalah asam amino
normal yang terdapat pada protein alami. Asam amino pertama yang ditemukan
adalah asparagin pada tahun 1806, sedangkan asam amino yang terakhir
ditemukan adalah treonin yang belum teridentifikasi hingga tahun 1938. Protein
alami terdiri dari kombinasi dari ke 20 asam amino. Kedua puluh asam amino ini
adalah α-amino acid. Struktur umum asam amino diperlihatkan pada Gambar 1.
2,3
B. TUJUAN
1. Untuk mengetahui prinsip analisis protein dengan metode Bradford.
2. Untuk mengetahui konsentrasi sampel petis udang, MJ terasi rebon,
cincalok, kecalok, terasi daun, dan rusip.
3. Untuk Mengetahui prinsip analisis protein dengan SDS-PAGE.
4. Untuk mengetahui berat molekul sampel petis udang, MJ terasi rebon,
cincalok, kecalok, terasi daun, dan rusip.
BAB II
METODE PRAKTIKUM
A. UJI BRAFORD
1. ALAT
a. Gelas Beker
b. Erlenmeyer
c. Micropipet
d. Tabung reaksi
e. Tip pipet
f. Rak tabung reaksi
g. Timbangan analitik
h. Pipet mikrogram
i. Botol gelap
j. Spektrofotometer
k. Neraca ohauss
l. Vortex
m. Bola penghisap
n. Tabung Eppendorf
o. Pipiet volume
p. Kertas saring
q. Kuvet
2. BAHAN
a. Coomassie Brilliant Blue (CBB)
b. Etanol 95%
c. Asam Orthophosphat 85%
d. Aquades
e. Bovine Serum Albumin
f. Aseton 10%
3. LANGKAH KERJA
Metode 1 : Membuat larutan bradford
a. Menimbang CBB sebanyak 100 mg
b. Menambahkan 1 ml etanol 95%
c. Mengomogenkan dengan vortex
d. Menuang larutan CBB ke dalam erlenmeyer
e. Menambahkan 4 ml etanol 95%,10 ml asam orthofosfat,dan aquades
hingga mencapai 100 ml.
f. Menghomogenkan larutan dengan dikocok/diaduk.
g. Menyaring larutan dengan kertas saring.
h. Menyimpan larutan pada botol gelap dengan kondisi suhu 4oC
Metode 2 : Membuat larutan sampel dengan konsentrasi 10.000 PPM
a. Menimbang masing-masing sampel sebanyak 100 mg
b. Menambahkan 10 ml aseton 10% ke masing-masing tabung reaksi.
c. Menutup tabung reaksi dengan kertas lalu homogenkan dengan
vortex
Metode 3 : Membuat larutan standar dengan konsentrasi 1000 PPM
a. Menimbang Bovine Serum Albumine sebanyak 100 mg dan masukan
ke dalam erlenmeyer
b. Menambahkan 1 ml aseton 10% ke dalam erlenmeyer tadi kemudian
tutup mulut erlenmeyer dengan kertas.
Metode 4 : Pengenceran larutan standar dengan konsentrasi 200
PPM,400 PPM,600 PPM dan 800 PPM
a. Mengambil larutan BSA dan tambahkan aseton ke dalam tabung
reaksi dengan jumlah sebagai berikut:
1) Mengambil 1 ml larutan BSA dan tambahkan 4 ml aseton (200
ppm)
2) Mengambil 2 ml larutan BSA dan tambahkan 3 ml aseton (400
ppm)
3) Mengambil 3 ml larutan BSA dan tambahkan 2 ml aseton (600
ppm)
4) Mengambil 4 ml larutan BSA dan tambahkan 1 ml aseton (800
ppm)
Metode 5 : Pengujian larutan blanko
a. Memasukkan 100µL aseton ke dalam tabung reaksi
b. Menambahkan 5 ml larutan bradford ke dalam tabung reaksi yang
berisi larutan saseton.
c. Menginkubasi selama 5 menit
d. Memasukkan larutan ke dalam spektrofotometer dengan panjang
gelombang 595nm
Metode 6 : Pengujian larutan standar
a. Memasukkan 100µL larutan standar ke dalam tabung reaksi
b. Menambahkan 5 ml larutan bradford ke dalam tabung reaksi yang
berisi larutan standar.
c. Menginkubasi selama 5 menit
d. Memasukkan larutan ke dalam spektrofotometer dengan panjang
gelombang 595nm
Metode 7 : Pengujian larutan sampel
a. Memasukkan 100µL larutan sampel ke dalam tabung reaksi.
b. Menambahkan 5 ml larutan bradford ke dalam tabung reaksi yang
berisi larutan sampel.
c. Menginkubasi selama 5 menit
d. Memasukkan larutan ke dalam spektrofotometer dengan panjang
gelombang 595nm
B. SDS PAGE
1. ALAT
a. Alat elektroforesis
b. Beker Glass
c. Timbangan digital
d. Spatula
e. Pipet Volume
f. Pipet Ball
g. Micropipet
h. Kompor Listrik
2. BAHAN
Bahan separating gel (10 mL)
a. Aquades 3,8 mL
b. 1,5 M Tris-HCL, pH 8,8 (2,6 mL)
c. 10% (w/v) SDS 0,1 mL
d. Acrylamide (30%/0,8% w/v) 3,4 mL
e. 10% (w/v) ammonium persulfate (AP) 100 µL
f. TEMED 10 µL
Bahan stacking gel (5 mL)
a. Aquades 2,975 mL
b. 1,5 M Tris-HCL, pH 8,8 (1,25 mL)
c. 10% (w/v) SDS 0,05 mL
d. Acrylamide (30%/0,8% w/v) 0,67 mL
e. 10% (w/v) ammonium persulfate (AP) 0,05 mL
f. TEMED 0,005 mL
C. LANGKAH KERJA
1. Menimbang APS sebanyak 0,02 gram, kemudian menambahkan aquades
sebanyak 180 µL.
2. Menghomogenkan larutan tadi menggunakan vortex hingga larut.
3. Menyatukan kedua casting frames, kemudian setting pada casting stands.
4. Mengisi masing-masing casting frames dengan aquades dan memastikan
tidak ada kebocoran di sisi bawah dan samping, kemudian
mengosongkannya kembali.
5. Membuat separating gel dengan memasukkan larutan berikut ke dalam gelas
beker kecil:
Menambahkan aquades sebanyak 3,8 mL
Menambahkan akrilamid sebanyak 3,4 mL.
Menambahkan 1,5 M-Tris sebanyak 2,6 mL.
Menambahkan SDS sebanyak 0,1 mL menggunakan mikropipet.
6. Setelah itu mengocok larutan sampai tercampur menggunakan mikropipet
ditandai dengan larutan agak berbusa.
7. Kemudian menambahkan 100 µL larutan APS dan 10 µL TEMED.
8. Masukan larutan separatting gel pada tiap frame sebanyak 4 mL dengan
menggunakan pipet mikroliter
9. Membuat lapisan atas horizontal tanpa gelembung, diisi dengan aquades
sampai penuh.
10. Setelah itu menunggu sekitar 20 – 30 menit sampai gel terbentuk.
11. Kemudian menyerap sisa air pada kertas saring.
12. Langkah berikutnya membuat stacking gel dengan memasukkan larutan
berikut ke dalam gelas beker kecil menggunakan pipet mikroliter:
Menambahkan aquades sebanyak 2,975 mL
Menambahkan 0,5 M Tris-HCl sebanyak 1,25 mL
Menambahkan SDS 10% sebanyak 0,05 mL
Menambahkan akrilamid sebanyak 0,67 mL.
13. Mencampur larutan tersebut hingga larut dan berbusa menggunakan
mikropipet.
14. Menambahkan APS 10% sebanyak 0,05 mL dan TEMED sebanyak 0,005
mL
15. Mengocok kembali campuran menggunakan mikropipet.
16. Setelah tercampur, memasukkan stacking gel ke dalam frames hingga penuh.
17. Setelah itu, menunggu sekitar 20 – 30 menit sampai stacking gel padat
terbentuk.
18. Kemudian dilanjutkan dengan pesiapan sampel yang diuji (produk
fermentasi hasil laut).
19. Langkah selanjutnya, menimbang sampel masing-masing 1 gram. Berikut
Sampel dan label pada microtube sample:
T = MJ terasi rebon
P = cincalok
U = petis udang
K = kecalo
R = rusip
D = terasi daun
20. Masing-masing sampel ditambahkan fosfat buffer salin 2 mL dengan
perbandingan sampel : buffer (1:2).
21. Homogenkan masing-masing sampel yang sudah dicampur pada vortex
selama 2 menit.
22. Memasukkan seluruh sampel kedalam sentrifugasi 3000 rpm selama 10
menit.
23. Running buffer dengan mencampurkan 950 µL Laemmi sampel buffer
dengan 50 µL beta ME ke dalam tabung reaksi
24. Homogenkan larutan running buffer menggunakan vortex hingga larut.
25. Kemudian mengambil 30 µL supernatant dari masing-masing sampel dan
menambahkannya dengan 30 µL buffer sampel.
26. Selanjutnya vortex campuran supernatant dan buffer sampel hingga
tercampur dan larut.
27. Setelah itu memanaskan tabung selama 5 menit dalam air mendidih.
28. Memasang frames pada alat elektroforesis, pastikan terpasang sesuai warna
(hitam – hitam) dan (merah – merah).
29. Mengisi bagian dalam casting frame dengan buffer sampai penuh, bagian
luar diisi setengah penuh.
30. Mempersiapkan well dengan melepaskan comb.
31. Menginjeksi well kedua dengan 7 µL protein marker (dual color) dan wel
kedua pada frames sebaliknya dengan 7 µL protein unstained.
32. Menginjeksi well keempat sampai sembilan dengan 7 µL dari masing-
masing sampel.
33. Kemudian mengulang langkah yang sama (langkah 31 – 32) pada frames
sebaliknya.
34. Selanjutnya meletakkan casting frames pada wadah yang telah diisi dengan
air dingin dan ice gel.
35. Lalu menutup dan menghubungkan dengan power supply yang telah diatur
120 Volt. Tanda adanya aliran arus listrik dengan timbulnya gelembung
kecil.
36. Menunggu sekitar 1 – 1,5 jam sampai sampel disetiap well turun.
37. Melepaskan frame dari stand kemudian diberi label A (unstained) dan label
B (dual color).
38. Melepaskan agar dari frame A dan B kemudian merendam dengan staining
Coomassie brilliant blue R-250 selama 24 jam pada suhu ruang sambil terus
dishaking.
39. Setelah 24 jam kemudian bilas dengan destaining Coomassie brilliant blue
R-250.
40. Bilas berulang kali sampai larutan pada bilasan berwarna bening.
41. Kemudian memindahkan agar ke mika yang telah diberi label A dan B.
42. Amati.
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
A. UJI BRADFORD
1. Tabel Pengamatan
Tabel 1. Hasil Pengamatan Larutan Standar
Pengulangan Larutan Larutan Standar
Blanko
200 400 600 800 1000
ppm ppm ppm ppm ppm
1 0.950 1.513 1.839 2.321 2.702 2.722
2 0.967 1.592 1.877 2.319 2.606 2.751
Rata-Rata 0,959 1,553 1,858 2,320 2,654 2,737
Absorbansi
(595 nm)
2. Kurva Standar
Kurva Standar
3
f(x) = 0 x + 1.11
2.5 R² = 0.96
2
Absorbansi
1.5
0.5
0
0 200 400 600 800 1000 1200
Konsentrasi Larutan Standar
3. Persamaan
Y = 0,0018x -1,1092
4. Hasil Percobaan Larutan Sampel
Tabel 2. Hasil Percobaan Larutan Sampel
Pengulangan Larutan Samoel
T P U K R D
1 1,187 1,144 1,162 0,716 1,121 1,060
2 1,258 1,200 1,162 0,661 1,045 1,053
Rata-Rata 1,223 1,172 1,162 0,689 1,083 1,057
B. SDS PAGE
1. Tabel Kurva Standar
a. Dual Color
Tabel 4. Tabel Kurva Standar Dual Color Terasi (T)
BM Jarak Jarak Rf log BM
migrasi Running
250 0.72 11.17 0.064458 2.39794
150 1.85 11.17 0.165622 2.176091
100 2.91 11.17 0.260519 2
75 3.78 11.17 0.338406 1.875061
50 5.23 11.17 0.468218 1.69897
37 6.21 11.17 0.555953 1.568202
25 7.71 11.17 0.690242 1.39794
20 8.38 11.17 0.750224 1.30103
15 9.8 11.17 0.87735 1.176091
10 10.61 11.17 0.949866 1
b. Unstained
Tabel 5. Tabel Kurva Standar Unstained Cincalok (P)
BM Jarak Jarak Rf log BM
migrasi Running
250 0.7 10.86 0.064457 2.39794
150 1.89 10.86 0.174033 2.176091
100 3.09 10.86 0.28453 2
75 4 10.86 0.368324 1.875061
50 5.26 10.86 0.484346 1.69897
37 6.16 10.86 0.567219 1.568202
25 7.55 10.86 0.695212 1.39794
20 8.06 10.86 0.742173 1.30103
15 8.96 10.86 0.825046 1.176091
10 9.9 10.86 0.911602 1
4. Kurva Standar
a. Dual Color
1.5
1
0.5
0
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1
Rf
b. Unstained
Kurva Standar (Unstained)
3
2.5
f(x) = − 1.59 x + 2.47
2 R² = 1
Log BM
1.5
0.5
0
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1
Rf
5. Hasil Sampel
a. Dual Color
Tabel 6. Tabel Kurva Sampel Dual Color Terasi (T)
Jarak Jarak Rf log BM BM (kD)
Migrasi Running
3.46 11.57 0.299049 1.975763 94.57215
5.34 11.57 0.461538 1.734223 54.22794
7.48 11.57 0.6465 1.465247 29.19086
8.72 11.57 0.753673 1.299965 19.951
10.22 11.57 0.883319 1.107246 12.80107
Rata-Rata BM 42.1486
b. Unstained
Tabel 8. Tabel Kurva Sampel Unstained Terasi (T)
Jarak Jarak Rf log BM BM (kD)
Migrasi Running
4.45 12.12 0.367162 1.888212 77.30578
5.34 12.12 0.440594 1.771814 59.13088
6.23 12.12 0.514026 1.655417 45.22898
7.89 12.12 0.65099 1.438316 27.43567
8.97 12.12 0.740099 1.297069 19.81842
10.65 12.12 0.878713 1.079322 12.00388
Rata-Rata BM 40.15393
C. PEMBAHASAN
Pada praktikum ini dilakukan uji dengan menggunakan metode
Bradford dan SDS-PAGE yang bertujuan untuk mengetahui konsentrasi
kandungan protein pada sampel hasil laut yang sebelumnya telah
dilakukan proses fermentasi. Untuk metode SDS-PAGE sendiri bertujuan
untuk mengetahui berat molekul yang terkandung pada sampel. Pada
praktikum ini menggunakan 6 sampel yaitu terasi (T), cincalok (P), petis
udang (U), kecalo (K), rusip (R) , dan terasi daun (D).
Pada sampel dengan metode Bradford pada panjang gelombang
595 nm diperoleh konsentrasi T 62,9 ppm, P 34,9 pp, dan U 29,3 ppm.
Dan pada sampel K,R, dan D didapatkan hasil negative tetapi pada kurva
Microsoft excel didapatkan hasil positif. Hal ini dapat disimpulkan bahwa
pada metode Bradford ini diketahui sampel T memiliki konsentrasi protein
paling tinggi, selajutnya sampel P dan U. Terjadinya konsentrasi yang
negative dapat disebabkan oleh pewarna pada Commassie Brilliant Blue
G-250 yang terdapat pada pereaksi Bradford tidak dilengkapi dengan
protein yang mengandung residu asam amino sehingga pada saat
absorbansi tersebut yang diukur menjadi rendah. Salah satu faktor yang
dapat menjadi hasil konsentrasi yang negative dapat disebabkan oleh
persamaan yang sudah terbentuk sehingga konsentrasi dapat bernilai
negative, terdapat senyawa kontamiasi, dilusi yang kurag akurat, dan
senyawa yang tidak kompatibel dengan reagen yang disediakan
BradFord.6,7
Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-
PAGE) merupakan metode yang digunakan untuk mengetahui berat
molekul dari suatu protein. Pada metode SDS-PAGE menggunakanan 2
sampel yaitu dual color dan unstained. Sampel pada dual color yaitu
sampel T, dan P. Pada sampel T diketahui berat molekuler yaitu 12,8 kD-
94,5 kD dengan rata-rata BM 42,1 kD, sampel P dengan berat molekul 9,1
kD- 92 kD dengan rata-rata BM 46,2 kD. Pada sampel unstained yaitu
mengunakan sampel T,P, dan D. Pada sampel T diketahui berat molekul
yaitu 12 kD-77,3 kD dengan rata-rata BM 40,1 kD, sampel P memiliki
berat molekul 8,4 kD-75,7 kD dengan rata-rata BM 35,6 kD. Pada sampel
D memiliki berat molekul 231,8 kD dan sampel R memiliki berat molekul
17,6 kD-22,8 kD dengan rata-rata BM 20,2 kD.
Kesalahan yang dapat terjadi pada metode SDS-PAGE dapat
disebabkan oleh saat perendaman gel dengan CBB G-250 kurang dari 24
jam sehingga pembentukan protein dengan pewarna tersebut tidak
maksimal dan menyebakan pita yang dihasilkan tidak terlihat/samar.
Diketahui juga, jika pemanasan melebihi 2-3 menit dapat menyebabkan
agresi dan protein tidak dapat terpisah sehingga menyebabkan hasil SDS-
PAGE kurang maksimal. Konsentrasi gel yang digunakan pun dapat
menyebabkan protein tidak dapat terpisah, semakin besar masa molekul
dari protein maka konsentrasi harus lebih rendah untuk membantu
memindahkan protein tersebut. Hal itu juga dapat menjadi salah satu
faktor yang menyebabkan perbedaan hasil pada metode SDS-PAGE ini.
Kesalahan praktikan dalam membaca pita tersebut juga dapat menjadi
faktor yang menyebabkan perbedaan hasil dalam berat molekul tersebut.
Pita yang dihasilkan dapat sangat tipis maupun tebal dimana hal ini
menyebabkan praktikan sulit dalam membaca dan menganalisa lebih
lanjut. Zat warna Coomassie Blue G-250 bereaksi cepat dengan residu
arginil dan lysil dari protein, sehingga menyebabkan adanya variasi hasil
pengukuran untuk jenis protein yang berbeda. Protein dengan residu
arginil dan lysil lebih banyak, akan menghasilkan warna biru yang lebih
intens. Sedangkan, protein yang memiliki residu arginil dan lysil lebih
sedikit, warna biru tidak lebih intens, walaupun jumlah proteinnya sama.8
Metode Bradford dan SDS-PAGE ini memiliki pengikatan tar2get
yang sama dimana hasil yang ditunjukan pada metode Bradofrd adalah
sampel T (terasi), P (cincalok), dan U (petis) memiliki konsentrasi paling
tinggi diantara 6 sampel yang diujikan. Sampel T dan P juga dapat terlihat
pada Gel di metode SDS-PAGE. Pada praktikum ini, sampel petis (U),
terasi juwana (D) dan rusip (R) tidak dapat diidentifikasi karena pita
protein tidak muncul atau samar yang dapat disebabkan oleh kesalahan
pada saat proses pengujian oleh praktikan. Sampel cincalok (P) memiliki
berat molekul paling tinggi (46,2 kD) pada metode SDS-PAGE dual color
dan terasi (T) memiliki berat molekul tertinggi (40,1 kD) pada metode
SDS-PAGE unstained.
BAB V
KESIMPULAN