LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

ACARA VI
“EKSTRAKSI DNA DAN ELEKTROFORESIS”

REFI A. RAHMADINA

1804020017

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN DAN PERIKANAN

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO

2021
 Rabu, 28 April 2021

ACARA VI
EKSTRAKSI DNA DAN ELEKTROFORESIS

I. Tujuan
1. Untuk mengetahui hasil akhir yang diperoleh dari praktikum ektraksi
DNA.
2. Untuk mengetahui pengaruh pemberian larutan elektrolit buffer pada gel
elektroforesis.
3. Untuk mengetahui kualitas DNA yang baik pada saat dilakukannya
elektroforesis DNA.
II. Dasar Teori
DNA merupakan asam nukleat yang mengandung materi genetik yang
mempunyai fungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk
kehidupan secara seluler. DNA berada pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas.
Ketiganya memiliki perbedaan adalah DNA nukleus mempunyai bentuk yaitu
linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas mempunyai bentuk yaitu sirkular dan tidak berasosiasi
dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri
khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan
DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari
organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan
berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki
protein histon (Krizman, 2006).
DNA adalah senyawa yang terkandung informasi genetik makhluk hidup
dari satu generasi ke generasi selanjutnya. DNA keseluruhan dalam suatu sel akan
membentuk genom. Genom tersebut meliputi bagian gen yang fungsional maupun
non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen.
Deoxyribonucleic acid atau DNA ialah senyawa kimia yang sangat penting dalam
makhluk hidup. (Suryo, 2004).
 Kualitas DNA yang baik yang diperoleh dari hasil ekstraksi termasuk syarat
dasar dalam studi molekuler yang harus dipenuhi, terutama dalam penandaan sidik
jari DNA. CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) adalah salah satu
metode yang umum digunakan dalam mengekstraksi DNA tanaman yang banyak
mengandung polisakarida dan senyawa polifenol (Lumaret et al., 1998; Jose dan
Usha, 2000). Terdapat tiga langkah utama dalam proses ekstraksi DNA, yaitu
seperti perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (Nicholl, 1993; Surzycki, 2000).
Ekstraksi DNA adalah salah satu tahap penting dalam kegiatan pemuliaan
berbasis molekuler (Kristianto, 2016). Dalam kegiatan pemuliaan berbasis
molekuler, ekstraksi DNA merupakan tahap yang sangat penting dan menentukan
tahapan selanjutnya (Fulton et al., 1995). DNA diperlukan dengan kualitas dan
kuantitas yang memadai untuk kegiatan berbasis molekuler seperti Polymerase
Chain Reaction (PCR), Southern blotting, konstruksi pustaka genomik, hingga
sekuensing (Ibrahim, 2010). Adanya senyawa kontaminan seperti polisakarida dan
polifenol yang ikut terekstraksi yang dapat menghambat kerja enzim tertentu
sehingga hal tersebut harus dihindari (Hoarau et al., 2007). Oleh karena itu,
dibutuhkannya metode ekstraksi yang mampu menghasilkan DNA dengan
kuantitas dan kualitas yang baik.
Terdapat berbagai macam metode isolasi DNA tanaman. Metode-metode
tersebut menggunakan CTAB dan SDS dalam ekstraksi DNA (Ribeiro et al.
2007). Beberapa metode isolasi DNA juga menggunakan nitrogen cair pada tahap
awal ekstraksi untuk menghasilkan kualitas DNA terbaik. Protokol Doyle &
Doyle (1999) sering digunakan untuk ekstraksi DNA tanaman (Ribeiro et al.
2007). Menurut Dellaporta et al. (1983), Jobes et al. (1995), Zheng et al. (1995)
menyatakan bahwa masih banyak lagi metode-metode lainnya dalam ekstrasi
DNA. Namun, tidak semua protokol-protokol tersebut cocok untuk semua jenis
tanaman.
Isolasi DNA salah satu langkah dalam mempelajari DNA. Salah satu prinsip
dalam isolasi DNA yaitu sentrifugasi. Sentrifugasi yaitu teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai
berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan
berada pada bagian atas tabung . Hasil sentrifugasi dapat menunjukkan 2 macam
fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelle atau natan pada
bagian bawah. Prinsip dasar dalam ekstraksi DNA yaitu menghancurkan dinding
serta membran sel tanaman lalu mengeluarkan DNA yang terdapat dalam nukleus
tanpa menyebabkan kerusakan pada DNA tersebut (Sharma et al. 2010).
Sementara menurut Chi et al. (2009), menyatakan bahwa proses ekstraksi DNA
secara umum terbagi menjadi beberapa tahap yaitu persiapan materi yang akan
digunakan, proses penghancuran sel, penghilangan senyawa kontaminan, dan
pengumpulan DNA. Menurut Ogunkanmi et al. (2011), menyatakan bahwa DNA
yang diekstrak harus terbebas dari senyawa kontaminan seperti polisakarida,
polifenol, dan tanin yang biasanya ikut terbawa dan menyebabkan terhambatnya
kerja dari beberapa enzim dalam kegiatan molekuler.
Electrophoresis DNA adalah suatu cara dalam analisis kimiawi yang
berdasarkan pada pergerakan molekul-molekul bermuatan di dalam medan listrik
(titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik tersebut dipengaruhi
oleh bentuk, ukuran, dan besar muatan dari molekul (Titrawani, 1996). Metode
pemisahan Gel Electrophoresis System yaitu salah satu metode yang murah dan
mudah dikembangkan. Metode ini biasanya digunakan dalam pemisahan DNA
dan protein. Faktor yang mempengaruhi pergerakan molekul yaitu massa, bentuk
molekul dan suhu, porositas dan viskositas media. Larutan elektrolit sangat
diperlukan dalam metode elektroforesis gel. Larutan elektrolit mempunyai fungsi
sebagai penghantar arus listrik dalam proses elektroforesis DNA. Larutan
elektrolit yang biasa digunakan adalah buffer (Atik, 2016). Metode elektroforesis
dibagi menjadi beberapa jenis yang berdasarkan media yang akan digunakan
dalam proses elektroforesis yaitu elektroforesis kertas, gel elektroforesis dan
elektroforesis kapiler. Metode elektroforesis yang seringkali digunakan adalah gel
elektroforesis. Gel elektroforesis seringkali digunakan sebagai penentuan suatu
protein serta asam amino (Mckee, 2012). Gel elektroforesis menggunakan
matrik/gel yang mempunyai fungsi dalam meminimalisir konveksi sebagai tempat
bergeraknya molekul dan penyaring ukuran molekul (Holde, 2006). Gel
 elektroforesis mempunyai keuntungan yaitu harga yang relatif murah dan dalam
satu kali analisis bisa digunakan untuk beberapa sampel tergantung dari ukuran
lebar gel yang digunakan.
III.Alat dan Bahan
1. Alat
a. Ektraksi DNA

- Alat tulis - Tisu

- Kertas prosedur - Tabung eppendorf vol 2 ml
- Kamera handphone - Mortar dan pestel
- Timbangan analitik - Spatula
- Waterbath - Sentrifuge
- Gunting - Micropipet
- Termos (tempat nitrogen cair) - Blue tip dan yellow tip
- Lateks - Vortex

b. Elektroforesis

- Alat tulis - Spatula

- Kertas prosedur - Gelas ukur
- Kamera handphone - Comb/sisir
- Timbangan analitik - Tray/cetakan
- Microwave - Micropipet
- Erlenmeyer vol 100 ml - White tip dan yellow tip
- Elektroforesis chamber - PCR tube
- Power supply - UV transluminator
- Lateks

2. Bahan
a. Ekstraksi DNA
 - CTAB buffer - Ethanol absolute
- Alkohol 70% - 7.5 M ammonium acetate
- Daun kelapa kopyor - Ethanol 70%
- Nitrogen cair - TE buffer
- CIAA (chloroform isoamyl
alkohol 24:1)

b. Elektroforesis
- TBE buffer - Loading buffer
- DNA kelapa - Ethidium bromida
- Agarose

IV. Cara Kerja

a. Ektraksi DNA
1. Menyiapkan alat dan bahan yang akan digunakan.
2. Menyiapkan CTAB buffer sebanyak 2 kali volume atau sebanyak berat sampel
(1 ml) lalu memasukkan kedalam inkubator atau waterbath yang sudah
disetting dengan suhu 65 0C.
3. Mengambil daun kelapa lalu mengguntingnya sesuai kebutuhan lalu
menimbangnya sebanyak 0,5 gram kemudian memasukkan daun kelama
kedalam mortar lalu menambahkan nitrogen cair dan menggerusnya hingga
halus atau menjadi serbuk.
4. Memasukkan serbuk daun tersebut menggunakan spatula kedalam tabung
eppendorf vol 2 ml yang sudah berisi CTAB buffer kemudian
memvorteksnya.
5. Menginkubasi sampel dengan menggunakan waterbath selama 1 jam dan
setiap 15 menit sekali sampel divorteks.
6. Mensentrifuge sampel dengan kecepatan 11.000 rpm selama 20 menit agar
homogen dan kemudain mengambil supernatan lalu memindahkannya
kedalam tabung eppendorf vol 2 ml yang baru.
7. Menambahkan CIAA sebanyak ½ dari volume supernatan lalu diflicking
sampai tercampur.
8. Mensentrifuge sampel kembali dengan kecepatan yang sama yaitu 11.000 rpm
selama 20 menit agar homogen.
9. Mengambil supernatan dan memasukkannya kedalam tube baru, lalu
menambahkan 1 ml ethanol absolute dan 0,1 ml ammonium asetat konsentrasi
7,5 M. Memficking kembali sampai campuran sampel tercampur.
10. Menginkubasi sampel kedalam kulkas dan dibiarkan selama 24 jam atau
sehari dan kemudian setelah 24 jam, sampel disentrifuge kembali dengan
kecepatan 13.000 rpm selama 15 menit.
11. Membuang cairan dan kumpulan DNA yang tertinggal didalam tabung
eppendorf dicuci dengan menggunakan ethanol 70 % (1 ml) lalu
mengeringanginkan dan kemudian menambahkan TE buffer sebanyak 300
mikroliter dan DNA siap untuk dielektroforesis.
b. Elektroforesis
1. Menyiapkan alat dan bahan yang akan digunakan saat praktikum dan
menimbang agarose sebanyak 0,4 gram.
2. Mencampurkan agarose dengan TBE buffer sebanyak 40 ml didalam tabung
erlenmeyer. Presentase agarose yaitu 1 %. Setelah itu menimbang dan
mencatat berat awalnya.
3. Memasak agarose dengan menggunakan microwave setelah matang
menimbang kembali beratnya. Apabila beratnya berkurang maka
menambahkan TBE buffer kembali sampai tercapai berat semula.
4. Membiarkannya selama 3 menit dan kemduian setelah itu memasukkan
ethidium bromide sebanyak 1 mikroliter kedalam tabung erlenmeyer,
homogenkan dengan cara menggoyang-goyangkan tabung erlenmeyer.
5. Memasukkan agarose 1% tadi kedalam cetakan atau tray yang sudah dipasang
comb atau sisir. Menunggu sampai agar benar-benar padat.
6. Setelah sudah benar-benar padat, comb diambil sehingga terbentuk sumuran
lalu memasukkan agarose beserta traynya kedalam elektroforesis chamber
(jangan terbalik posisinya, ujung agarose yang ada sumurannya harus berada
 didepan kutub negatif), lalu menambahkan TBE buffer sampai batas yang
sudah ditentukan.
7. Mengeluarkan sampel dari kulkas lalu divorteks terlebih dahulu.
8. Mengambil loading buffer sebanyak 5 mikroliter lalu mencampurkan dengan
20 mikroliter sampel DNA. Proses mencampurkan ini dilakukan di PCR tube.
9. Mengambil sebanyak 20 mikroliter campuran sampel kemudian masukkan
sampel DNA kedalam salah satu sumuran.
10. Mengambil DNA ladder sebanyak 6 mikroliter lalu masukkan kedalam salah
satu sumuran.
11. Menyalakan power supply dan mensetting pada voltase 70-75 volt.
12. Menghubungkan elektroforesis chamber dengan power supply. Menunggu
kurang lebih 1 jam atau sampai bercak hampir berada diujung agarose.
13. Mematikkan power supply lalu mengambil tray atau cetakan yang berisi
agarose.
14. Mengamati dengan menggunakan UV transluminator.
V. Hasil Pengamatan
Terlampir.
VI. Pembahasan
a. Ekstraksi DNA
Metode ekstraksi DNA terbagi menjadi dua yaitu secara konvensional dan
secara menggunakan kit. Ekstraksi DNA secara konvensional bisa dilakukan
dengan metode CTAB/NaCl (Mulyani et al., 2011), metode SDS (Sambrook
et al., 1982), dan metode fenol kloroform (Tenriulo et al., 2001).
Bahan yang digunakan dalam mengekstraksi DNA yaitu CTAB buffer,
nitrogen cair, CIAA (Cloroform Isoamyl Alkohol 24:1), ethanol absolute, 7.5
m ammonium acetate, ethanol 70% dan TE buffer. Bahan-bahan tersebut
mempunyai tujuan dalam proses ekstraksi DNA, antara lain :
Menganalisis DNA memulainya dengan mengekstraksi DNA secara total
dari organ-organ tanaman menggunakan metode CTAB (cetyl
trimethylammonium bromide). CTAB adalah secara umum metode yang
menggunakan dalam proses ekstraksi DNA yang menggunakan organ tanaman
serta banyak memiliki kandungan polisakarida dan senyawa polifenol. CTAB
ini sejenis deterjen dapat mendegradasi dinding sel, mendenaturasi pada
protein, memisahkan karbohidrat, merusaknya membran pada sel dan
melarutkan DNA. Dinding sel yang terdegradasi mengakibatkan semua isi
pada sel keluar termasuk DNA dan melepaskan ke dalam buffer ekstraksi.
Dalam mengekstraksi DNA adanya langkah dilakukannya pemanasan. Proses
pemanasan pertama mempunyai tujuan untuk melarutkan CTAB buffer.
Sedangkan pemanasan yang kedua mempunyai tujuan dalam memdegradasi
protein serta dinding sel (Jose dan Usha, 2000).
Metode ekstraksi DNA dengan menggunakan metode CTAB dapat
menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA
dari polisakarida karena adanya perbedaan karakteristik kelarutan (differensial
of solubility). Metode CTAB juga akan diperoleh fragmen DNA dan RNA
dengan pita yang tipis terletak jauh berada dibawah pita DNA. Pita RNA
berada tergantung dengan bahan yang akan diekstraksi. Metode CTAB ini
tidak membutuhkan biaya yang lebih mahal apabila dibandingkannya metode
dengan menggunakan kit. Kelebihan ekstraksi ini yaitu pita DNA yang
diproleh lebih tebal apabila dibandingkan dengan ektraksi metode fenol dan
tanpa fenol. Tetapi dari hasil dengan menggunakan metode ini masih
terdapatnya pita smear dan DNA yang dihasilkan lebih sedikit daripada
ektraksi dengan menggunakan kit. Kendala umum yang terjadi dalam proses
ekstraksi dengan metode CTAB yaitu adanya inhibitor pada inang, rendahnya
konsentrasi vius dan pengaruh cara maupun lama waktu penyimpanan.
Keberhasilan dari metode CTAB bergantung pada komposisi bufer CTAB.
Larutan CTAB salah satu komponen bufer. Konsentrasi CTAB mempunyai
pengaruh terhadap kualitas dan kuantitas DNA yang dihasilkan. Variasi pada
konsentrasi CTAB perlu dilakukan agar menghasilkan isolat DNA dengan
kualitas dan kuantitas yang tinggi. Konsentrasi CTAB 1% yang menghasilkan
pita DNA yang tidak smear dan kemurniannya mencapai 1,9–2,9 (Shisarmini,
Ambarwati, Santoso, Utami, & Herman, 2001)
 Nitrogen cair digunakan bertujuan untuk menghasilkan kualitas DNA
terbaik. Perkembangan dalam metode ekstraksi DNA pada umumnya
menggunakan nitrogen cair yang mempunyai fungsi dalam menghancurkan
dinding sel tanaman serta menonaktifkan komponen kimiawi sel tertentu
(Sharma et al., 2010). Kelemahan dalam penggunaan nitrogen cair akan
muncul bila lokasi penelitian jauh dari kota sehingga nitrogen cair sulit
diperoleh (Dhakshanamoorthy dan Selvaraj, 2009). Selain itu menurut Ahmed
et al. (2009), menyatakan bahwa nitrogen cair adalah komponen yang tidak
aman karena untuk penyimpanannya memerlukan penyimpanan khusus.
Klorofrom dan isoamil alkohol (CIAA) mempunyai fungsi dalam
mengekstrak serta mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer
ektraksi yang mengkontaminasi larutan DNA. Pemberian isopropanol dan
etanol dilakukan agar terjadi dehidrasi DNA sehingga terjadi presipitasi.
Menambahkan Kloroform dan isoamil alkohol (24:1) untuk membersihkan
isolat dari komponen pengotor. Penambahan kloroform dan isoamil-alkohol
ini dimaksudkan dalam membersihkan DNA dari protein, dan senyawa
pewarna pada tumbuhan tersebut seperti klorofil dan pigmen warna tumbuhan.
Isoamil alkohol mempunyai fungsi lain yaitu untuk mengurangi busa selama
proses ekstraksi berlangsung (Azmat, 2012).
Etanol absolute digunakan untuk mengurangi kontaminan yang mengikat
DNA dan penambahan etanol absolut juga mempunyai pengaruh terhadap
kemurnian DNA. Proses presipitasi DNA merupakan proses pengendapan
DNA. Pengendapan DNA ini dibantu oleh penambahan etanol absolut. Etanol
absolut dingin dapat memekatkan DNA serta menghilangkan residu
kloroform. DNA yang tercampur dengan etanol absolut akan menggumpal dan
membentuk pellet atau natan. Penambahan etanol absolut dingin dapat
menurunkan aktivitas molekul air (Surzycki, 2000). Etanol/isopropanol
menghilangkan H2O disekitar fosfat. Oleh karena itu, molekul DNA yang
mempunyai muatan netral terendapkan menjadi pelet (Kumar & Anandaraj,
2014).
 Ammonium asetat mempunyai fungsi untuk dialisis anggota berasal dari
satu cara pemurnian/ekstraksi protein untuk menghilangkan kontaminan
melalui diifusi. Penambahan garam ammonium asetat yang dapat menetralkan
muatan negatif DNA. Muatan DNA yang telah netral dapat menurunkan
kelarutan DNA dalam air. Lapisan air yang masih mengandung kontaminan
RNA dapat dihilangkan oleh enzim RNAse. Enzim RNAse akan membantu
mendenaturasi RNA (Clark & Crhistopher, 2000). Pemurnian pelet DNA
merupakan proses pencucian DNA yang kemungkinan masih terdapat sisa-sisa
kontaminan. Etanol 70% biasanya digunakan dalam proses pencucian DNA.
Etanol 70% membersihakan DNA dari sisa- sisa garam atau ammonium
asetat. Pellet DNA yang telah murni dilarutkan dengan bufer TE bertujuan
untuk menjaga sampel DNA agar tetap stabil (Somma, 2006).
Buffer TE tris electrophoresis berfungsi untuk melarutkan DNA yang
dihasilkan dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak. Buffer TE mempunyai
kandungan EDTA atau Ethylene Diamine Tetra Acid yang fungsinya sebagai
senyawa pengkelat yang mengikat ion Magnesium, yaitu kofaktor yang
diperlukan untuk altivtas berbagai enzim nuclease.
Langkah awal dalam mengekstraksi DNA yaitu dengan menyiapkan alat
dan bahan yang akan digunakan. Alat-alat yang digunakan sebelumnya
disterilkan terlebih dahulu. Memakai jas Laboratorium dan lateks agar tetap
steril dan tidak terjadi kontaminasi serta mencegah agar sel kulit mati ditangan
kita tidak masuk kedalam sampel yang digunakan yang akan mempengaruhi
pada DNA yang dihasilkan. Menyiapkan CTAB buffer sebanyak sebanyak 1
ml atau 2 kali volume/berat sampel lalu masukkan kedalam inkubator atau
waterbath yang sudah disetting suhunya di 650 C. Proses pemanasan pertama
ini bertujuan untuk melarutkan CTAB buffer. Menurut Bintang (2010) CTAB
adalah deterjen kationik yang memiliki sifat yang dapat menghancurkan sel,
mengurai protein, dan memisahkan karbohidrat dari asam nukleat.
Sampel yang akan digunakan dibersihkan terlebih dahulu dengan
menggunakan alkohol 70%, menyemprot keatas permukaan daun kemudian
dilap dengan menggunakan tisu. memotong daun sesuai dengan kebutuhan.
Gunting yang digunakan dalam memotong daun disemprot terlebih dahulu
dengan menggunakan alkohol 70% lalu dilap dengan tisu setelah itu
menimbang daun sebanyak 0,5 gr. Memasukkan daun dalam mortar yang
sudah disiapkan lalu campurkan nitrogen cair kedalam sampel kemudian
digerus sampai halus. Dalam menggerus daun harus diperhatikan daun benar-
benar halus. Penggunaan nitrogen cair dalam penggerusan agar mendapatkan
sampel berupa bubuk/serbuk dan dalam proses penggerusan harus dengan
cepat karena nitrogen cair mudah menguap. Penggunaan organ tanaman
berupa daun karena dalam bagian ini mudah untuk diekstrak dibandingkan
dengan organ tanaman yang lain. Dalam mengekstrak lebih baik
menggunakan daun muda karena mempunyai tekstur yang lunak dibandingkan
daun tua sehingga mudah untuk dihaluskan atau digerus. Selain itu, daun
muda mempunyai kandungan polisakarida, polifenol dan metabolit sekunder
lebih sedikit dibandingkan daun tua sehingga diharapkan hasil isolasi DNA
yang lebih murni (Syafaruddin, 2011). Menurut Li et al. (2011), menyatakan
bahwa dalam proses penghancuran jaringan, senyawa polifenol yang berasal
dari vakuola akan teroksidasi serta berikatan secara kovalen dengan protein
serta asam nukleat dan larutan DNA yang diekstrak berwarna coklat. Isolasi
DNA dengan menggunakan metode CTAB bahwa daun yang digunakan
dalam ekstraksi dapat menghasilkan pita DNA yang lebih jelas dan bersih
dibandingkan dengan biji (Nuraidah, 2010).
Setelah sampel sudah menjadi serbuk, masukkan serbuk daun kelapa
kedalam tabung eppendorf vol 2 ml yang sudah berisi CTAB buffer sebanyak
1 ml (jumlah CTAB buffer 2 kali berat sampel) kemudian divortex agar
CTAB buffer dan sampel tercampur merata. Menginkubasi sampel didalam
waterbath atau inkubator dengan suhu 65 0C selama 1 jam dan setiap 15 menit
sekali sampel divortex. Selanjutnya mensentrifuge sampeldengan
memposisikannya secara seimbang dengan kecepatan 11.000 rpm selama 20
menit. Tujuan dalam mensentrifuge sampel yaitu untuk memisahkan
supernatan dan natan pada sampel. Setelah sampel disentrifuge, mengambil
supernatan lalu dimasukkan dalam tabung eppendorf yang baru dengan
menggunakan mikropipet. Supernatan yaitu lapisan bagian atas sedangkan
pellet atau natan yaitu lapisan bagian bawah. Ketika memindahkan supernatan
kedalam tabung eppendorf yang baru dilakukan dengan hati-hati agar lapisan
bawah atau natan tidak ikut terambil. Selanjutnya menambahkan CIAA
sebanyak ½ dari volume supernatan yang diambil. Apabila sampel 1 ml maka
CIAA yang diambil 0,5 ml kedalam supernatan. Akan terlihat dua lapisan
yaitu lapisan supernatan dan lapisan CIAA kemudian diflicking agar keduanya
tercampur sempurna. Penambahan CIAA ini dilakukan untuk mengekstraksi
DNA dari kontaminan. Chloroform merupakan pelarut organik yang dapat
melarutkan protein, lipid dan molekul lain seperti polisakarida, sehingga
diharapkan akan diperoleh supernatan berisi DNA yang bebas kontaminan.
Suspensi kemudian divortex sampai rata untuk optimalisasi homogenasi.
Setelah itu, mensentrifuge kembali dan posisikan secara seimbang dengan
kecepatan 11.000 rpm selama 20 menit. Nanti akan terlihat lapisan supernatan
dan natan nya. Mengambil supernatan (berwarna bening) kembali lalu
memindahkan kedalam tabung eppendorf yang baru, lalu menambahkan 1 ml
ethanol absolute dan 0,1 ml dengan konsentrasi 7,5 M ammonium acetat
kemudian diflicking kembali. Jika terlihat ada bagian putih maka ekstraksi
yang dilakukan berhasil. Terdapat gumpalan putih dimana gumpalan tersebut
merupakan DNAnya. Kemudian sampel diinkubasi kedalam kulkas selama 24
jam. Hari berikutnya, membuang cairan didalam tabung eppendorf yang sudah
diinkubasi selama 24 jam. Selanjutnya sampel disentrifuge kembali dan
posisikan secara seimbang dengan kecepatan 13.000 rpm selama 15 menit.
Buang cairan yang berada ditabung eppendorf dan kumpulan DNA yang
tertinggal dicuci. Cairan yang dibuang tersebut yaitu supernatannya dan natan
tersebut merupakan DNAnya. Kumpulan DNA itu dicuci dengan
menggunakan ethanol 70% sebanyak 1 ml lalu dikeringanginkan didalam LAF
selama 3 jam. Setelah pemberian ethanol, pellet yang diperoleh
dikeringanginkan. Hal ini bertujuan untuk mengeringkan pellet dari sisa-sisa
buffer maupun etanol. Tahapan terakhir dari ektraksi ini adalah penambahan
buffer TE. Buffer TE tris electrophoresis berfungsi untuk melarutkan DNA
yang dihasilkan dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak. Menambahkan
TE buffer sebanyak 300 mikroliter dan DNA pun siap untuk dielektroforesis.
Dalam praktikum ini praktikan hanya mengamati proses mengekstraksi
DNA melalui video yang sudah disiapkan. Praktikan mengamati setiap
langkah-langkahnya. Dalam mengekstraksi DNA membutuhkan ketelitian dan
tidak boleh ada yang terlewatkan disetiap langkah atau bahan yang
digunakannya. Banyak atau sedikitnya DNA yang dihasilkan dalam ekstraksi
DNA dipengaruhi oleh beberapa faktor pada ekstraksi serta kondisi pada
sampel. Menurut Komalasari (2009), menyatakan bahwa faktor yang
mempengaruhi konsentrasi hasil dari ekstraksi DNA yaitu kecepatan dalam
mengekstraksi, waktu ekstraksi serta komposisi penambahan lisis buffer.
Faktor kecepatan ekstraksi yaitu faktor yang paling berpengaruh dalam
ekstraksi DNA karena pada tahap lisis sel dan presipitasi pengambilan
supernatan harus dilakukan persampel, sehingga beberapa sampel terjadi
pengendapan DNA. Penyebab DNA yang tidak murni yaitu dengan adanya
sisa-sisa etanol pada saat pengeringan yang tidak sempurna dan adanya sisa
kandungan metabolit sekunder pada organ tanaman yang diekstrak
(Fatchiyah, 2009).
Teknik yang dilakukan dalam elektroforesis DNA untuk memisahkan
sampel DNA yang berdasarkan ukuran berat molekul serta struktur fisik
molekulnya. Molekul DNA mempunyai muatan yang negatif (katoda)
sehingga dalam medan listrik molekul DNA akan bermigrasi melalui matriks
gel dengan menuju kutub positif (anoda) (Diah Artati, 2013).
Molekul DNA mempunyai pergerakan kecepatan medan listrik yang
tergantung pada muatan, bentuk serta ukuran. Dengan demikian,
digunakannya elektroforesis DNA sebagai separasi makromolekul (seperti
protein serta asam nukleat). Elektroforesis makromolekul membutuhkan
matriks penyangga sebagai pencegahan terjadinya difusi yang diakibatkan
timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan. Gel poliakrilamid serta
agarosa adalah matriks penyangga yang seringkali dipakai dalam pemisahan
protein serta asam nukleat. Visualisasi DNA dilakukan di bawah paparan sinar
UV setelah terlebih dahulu gel dalam pembuatannya ditambahkan pewarna
(Westermeier, 2004; Kusumaningrum, 2014).
Bahan yang digunakan dalam elektroforesis yaitu TBE buffer, agarose,
loading buffer, DNA kelapa dan ethidium bromida. Bahan-bahan tersebut
mempunyai tujuan dalam proses elektroforesis DNA, antara lain :
TBE (Tris-borat EDTA) yaitu buffer digunakan menjadi buffer
elektroforesis disebabkan mempunyai kapasitas dalam buffering yang tinggi
terhadap titik isoelektriknya. Borat bertindak dalam conducting ion yang dapat
mempertahankan kesetimbangan ion H+ dan OH- yang dihasilkan oleh
elektrode. Hal ini mempunyai hubungan dengan fungsi pada buffer untuk
menjaga kesetimbangan pada pH saat bermigrasi fragmen DNA yang
berlangsung, perubahan pada pH dapat mendenaturasi struktur DNA yang
diakibatkan dapat merubah elektromobilitas pada DNA. Larutan ini juga
mempunyai fungsi lain untuk meneruskan muatan arus listrik yang dapat
diterima oleh fragmen DNA yang berada pada gel agarose yang terendam
pada larutan tersebut (Ogden dan Adams, 1987).
Agarose atau galaktosa polimer adalah senyawa polisakarida yang
diisolasi dari makroalga. Agarose telah banyak diisolasi dari makroalga seperti
Gracilaria fisheri, Gracilaria edulis, Gracilaria sp. (Praiboon, 2006),
Gracilaria curtissiae, Gracilaria cylindrical (Hadiyanto, 1999), Gracilaria
changii (Chan, 2004), dan Atteromonas agarzyticus (Potin, 1993). Agarose
memiliki sifat yang tidak bermuatan, agarose seringkali diterapkan pada
bidang Bioteknologi sebagai media kultur ataupun media elektroforesis.
Agarose digunakan dalam elektroforesis sebagai pendeteksi kompleks antigen-
antibodi serta sebagai menganilisi molekul DNA, RNA seta molekul protein
(Wery, 2016).
Loading buffer mempunyai fungsi untuk menambahkan densitas sehingga
DNA berada di bagian bawah dari sumur (well) serta dapat memudahkan
dalam meletakkan contoh DNA ke dalam sumur serta penanda laju migrasi
DNA (Yayah, 2017). Ethidium bromide dalam proses elektroforesisi DNA
digunakan sebagai perwarnaan DNA hasil elektroforesis gel agarose.
Menggunakan ethidium bromida ini termasuk zat yang sangat berbahaya
karena mempunyai sifat karsinogenik, mutagenik, teratogenik, serta tidak
mudah di degradasi di alam (Yayah, 2017).
Tujuan dilakukan nya elektroforesis DNA yaitu untuk mengetahui apakah
ekstraksi DNA yang dilakukan berhasil atau tidak. Diakhir kegiatan ini
dengan mengecek gel elektroforesis dibawah sinar UV. Langkah awal dalam
elektroforesis DNA yaitu dengan menyiapkan alat dan bahan yang akan
digunakan. Alat-alat yang digunakan sebelumnya disterilkan terlebih dahulu.
Memakai jas Laboratorium dan lateks agar tetap steril dan tidak terjadi
kontaminasi serta mencegah agar sel kulit mati ditangan kita tidak masuk
kedalam sampel yang digunakan yang akan mempengaruhi pada DNA yang
dihasilkan. Pertama dilakukan dengan menimbang agarose sebanyak 0,4 gram.
Pada sistem elektroforesis tersebut, agarose merupakan bahan media yang
berfungsi sebagai alas/ medium pemisah yang diletakkan antara anode dan
katode alat elektroforesis.
Mencampurkan agarose dengan TBE buffer sebanyak 40 ml didalam
erlenmeyer. Presentase agarose yaitu 1 % sehingga apabila agarose 0,4 gram
maka TBE buffer yang diperlukan 40 ml. Setelah itu menimbang dan catat
beratnya lalu masak agarose dengan menggunakan microwave. Menimbang
dan mencatat bertujuan agar mengetahui berat awal sebelum dimasak dalam
microwave. Jika berkurang maka ditambahkan kembali TBE buffer hingga
tercapai berat semula. Lalu biarkan selama 3 menit. Selanjutnya memasukkan
ethidium bromida sebanyak 1 mikroliter kedalam erlenmeyer yang berisi
agarose. Ethidium bromide digunakan sebagai perwarna DNA. Keberadaan
pewarna DNA sangat menentukan tampak atau tidaknya pita DNA. Hal ini
sesuai dengan pendapat Wicaksono (2009) yang menyatakan bahwa etidium
bromide merupakan sebuah molekul yang dapat mengikat kuat pada DNA.
Digunakan untuk memvisualisasi potongan-potongan DNA yang telah
dipisahkan pada gel elektroforesis. Etidium mengikat dengan cara menyisip
diantara ikatan basa pada untai ganda DNA.
 Menghomogenkan dengan cara menggoyang-goyangkan tabung
erlenmeyer. Kemudian mempersiapkan tray atau cetakan, dipastikan waterpass
nya berada ditengah. Jika waterpass nya belum berada ditengah maka
mengatur terlebih dahulu posisinya. Dengan cara memutar bagian pojok tray,
setelah waterpass sudah berada ditengah lalu mengunci cetakan. Setelah itu
pasang comb atau sisirnya. Comb berguna untuk membentuk sumuran.
Sumuran-sumuran tersebut sebagai tempat memasukkan ekstrak DNA.
Setelah semuanya siap, memasukkan agarose 1 % kedalam cetakan atau
tray. Kemudian menunggu hingga benar-benar padat. Apabila agarose tidak
benar-benar padat maka sumurannya akan rusak. Agarose yang belum padat
memiliki warna bening sedangkan agarose yang sudah benar-benar pada
memiliki warna putih. Setelah itu mengangkat comb atau sisir sehingga
terbentuk sumuran secara perlahan. Lepaskan agar secara perlahan dengan
membuka kunci cetakan tetapi tidak boleh langsung ditarik karena nanti
agarnya akan tertarik atau pecah. Pisahkan agar yang menempel pada tepian
secara perlahan biar ada rongga udaranya dan baru bisa ditarik. Setelah itu
mengangkat tray nya lalu memasukan agarose beserta traynya kedalam
elektroforesis chamber dan jangan terbalik posisinya. Ujung agarose yang
terdapat sumurannya harus berada didepan kutub negatif. Setelah itu
memasukkan TBE buffer sampai batas yang telah ditentukan. Memasukkan
TBE buffer tidak boleh sampai melebihi batas maksimal karena bisa terjadi
konsleting. Selanjutnya mengeluarkan sampel dari kulkas lalu divortex
terlebih dahulu agar homogen. DNA harus disimpan didalam kulkas agar suhu
DNA tidak meningkat yang mengakibatkan kerusakan pada DNA. Hal ini
sesuai dengan pendapat Andras (1996) yang menyatakan bahwa temperature
penyimpanan DNA yang dianjurkan adalah pada -20 C hingga -4C. DNA
(tanpa tambahan) dapat mengalami kerusakan struktur jika berada pada
temperature yang tinggi karena DNA terdiri dari dua jalinan yang
dihubungkan dengan ikatan hidrogen, dan ikatan itu sangat rentan untuk rusak
pada suhu tinggi.
 Setelah itu mengambil loading buffer sebanyak 5 mikroliter lalu
dicampurkan dengan 20 mikroliter sampel DNA. Dalam elektroforesis juga
dicampurkan loadind buffer yang berfungsi sebagai pemberat agar DNA tidak
keluar dari sumuran. Proses mencampurkan kedua sampel ini dilakukan
didalam PCR tube. Kemudian homogenkan campuran sampel tersebut hingga
tercampur. Mengambil 20 mikroliter campuran sampel kemudian masukkan
kedalam salah satu sumuran. Untuk mengisi sumuran ini dilakukan perwakilan
setiap kelompok nya. Cara memasukkan kedalam sumuran dilakukan secara
hati-hati caranya tangan kanan memegang mikropipet dan tangan kiri
memegang tangan kanan kita untuk menghindari tremor. Sumuran kurang
terlihat jelas karena terhadang dengan TBE buffer maka pada saat
memasukkan sampel harus benar-benar mengetahui jelas sumuran yang akan
diisi nantinya. Kita pun harus teliti dalam memasukan sampel pada sumuran
karena sekat-sekat jarak antar sumuran sangat tipis, apabila menyenggol sekat-
sekat yang lain maka akan gagal. Mengambil DNA ladder sebanyak 6
mikroliter lalu memasukkannya kadalam salah satu sumuran. Kemudian
menutup elektroforesis chamber dan menghubungkan dengan power supply
lalu menyalakan power supply dan mensettingnya pada voltase 70-75 volt.
Voltase saat terjadinya proses elektroforesis mempunyai pengaruh pada laju
migrasi pada DNA. Menurut Fatciyah (2011), menyatakan bahwa
penambahan aliran voltase ke larutan buffer maka arus yang dihasilkan
semakin besar, yang menyebabkan kecepatan dalam bermigrasi pada DNA
bertambah. Apabila arus yang dialirkan terlalu besar menimbulkan panas yang
berlebih sehingga gel elektroforesis meleleh. Menunggu kurang lebih 1 jam
sampai DNA nya menuju kutub positif dengan acuan melihat warna bitu.
Apabila warna biru tersebut sudah berada ditengah maka proses elektroforesis
bisa dihentikan dengan mematikan power supplynya. Setelah matikan power
supply, membuka tutup elektroforesis chamber lalu ambil gel elektroforesis
beserta traynya. Kemudian letakkan secara perlahan kedalam UV
transluminator dan mengamatinya. Jika gel disinari dengan ultraviolet dari
bawah maka akan tampak citra berupa pita-pita pada gel. Yang dapat diamati
dan dihitung panjang basepair nya dan discoring sehingga bisa ditentukan
kekerabatan antar sampel yang diamati. Menurut Yuwono (2006) pita-pita
tersebut muncul peranan Etidium bromide dalam membantu visualisasi
dengan memendarkan sinar ultraviolet.
Aparatus elektroforesis terdiri atas comb (sisir) yang
membentuk well (sumur) pada gel agarosa, tray yang merupakan wadah
cetakan gel, dan chamber yang merupakan medium tempat berlangsungnya
proses elektroforesis.  Power Supply (DC) sebagai sumber energi untuk
aparatus elektroforesis.  Sumber Sinar UV berfungsi untuk membantu
mengamati hasil band yang tampak sehingga terlihat lebih jelas (Amersham
Biosciences, 1999; Pratiwi, 2001).
Hasil yang diperoleh dari praktikum ini yaitu terdapat band-band DNA
dengan berwarna kejingga-jinggan sehingga dalam ektraksi DNA yang
dilakukan dikatakan berhasil. Apabila dipaparkan oleh sinar UV terdapat
berwarna orange itu merupakan DNAnya sehingga bisa disimpulkan bahwa
proses ekstraksi DNAnya berhasil karena terdapat DNAnya. Tetapi apabila
tidak terdapat warna orange atau polos dan hanya terlihat agarnya saja maka
kemungkinan DNA yang diekstrak tidak ikut terekstrak dan disimpulkan tidak
berhasil. Kualitas DNA yang baik dapat dilihat dengan tingginya intensitas
pita DNA yang dihasilkan dan rendahnya intensitas smear. DNA dengan
kualitas baik diperlihatkan dari hasil elektroforesis yang bagus yang
memperlihatkan pita DNA yang utuh, tidak smear dan bersih dari zat-zat
pengotor (protein, polisakarida, polifenol). Menurut Alvarez et al. (2006)
menyampaikan bahwa DNA yang baik tidak adanya DNA yang terdegradasi
saat elektroforesis. DNA yang dihasilkan sudah cukup tebal namun masih
agak kotor, hal ini disebabkan pita yang terbentuk memperlihatkan adanya
smear yang menandakan masih adanya zat pengotor.
Gel elektroforesis membutuhkan larutan elektrolit sebagai penghantar
arus listrik dalam proses elektroforesis (Rohmana, 2016). Larutan elektrolit
yang biasa digunakan yaitu buffer/penyangga. Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan terbentuknya band yang merupakan fragmen DNA hasil
 amplifikasi serta menunjukkan potongan-potongan jumlah pasangan basanya.
Molekul DNA mempunyai muatan negative, sehingga apabila diletakkan di
medan listrik, molekul DNA akan bergerak dari kutub negative ke kutub
positif. Prinsip ini yang seringkali dipakai pada saat elektroforesis sebagai
memisahkan molekul-molekul DNA. Pergerakan ini kecepatannya tergantung
dari ukuran molekul DNA, kerapatan (konsentrasi) gel yang dilalui DNA, dan
arus listrik yang diberikan untuk memigrasikan molekul DNA. Semakin kecil
ukurannya, DNA akan bermigrasi semakin cepat. Semakin rapat media (gel)
yang digunakan semakin lambat pergerakan DNA di dalam gel. Dan semakin
kuat arus listrik yang diberikan akan semakin cepat migrasi DNA. Pergerakan
plasmid di dalam agarose juga berbeda sesuai dengan bentuknya. Sehingga
hasil elektroforesis plasmid di gel agarose akan ada beberapa pita (Yahya,
2016).

VII. Kesimpulan
1. Hasil akhir dari ekstraksi DNA dengan terlihat bagian berwarna putih, bagian
putih tersebut merupakan bukti bahwa ekstraksi yang telah dilakukan berhasil.
Karena terdapat gumpalan berwarna putih yang mana gumpalan tersebut
merupakan DNAnya.
2. Gel elektroforesis membutuhkan larutan elektrolit yang fungsinya sebagai
penghantar arus listrik dalam elektroforesis. Larutan elektrolit yang biasa
dipakai merupakan buffer/penyangga.
3. Kualitas DNA yang baik dapat dilihat dengan tingginya intensitas pita DNA
yang dihasilkan dan rendahnya intensitas smear. DNA dengan kualitas baik
diperlihatkan dari hasil elektroforesis yang bagus yang memperlihatkan pita
DNA yang utuh, tidak smear dan bersih dari zat-zat pengotor (protein,
polisakarida, polifenol). DNA yang baik diperlihatkan dari tidak adanya DNA
yang terdegradasi saat elektroforesis.
VIII. Daftar Pustaka

Ahmed I, Islam M, Arshad W, Mannan A, Ahmad W, Mirza B. 2009. High–

quality plant DNA extraction for PCR: an easy approach. J Appl Genet
50(2):105–107.

Alvarez VE, Andreakis N, Lago-Leston A, Pearson GA, Serrao EA, Procaccini G,

Duarte CM, Marba N. 2006 Genomic DNA isolation from green and
brown algae (Caulerpales and Fucales) for microdatellite library
construction. J. Phycol 42: 741-745.
Amersham. 1999. Protein Electrophoresis: Technical Manual. Amersham
Bioscience Inc, USA. Halaman: 80-82.
Andras G. 1996. Effect of temperature on separation efficiency in capillary gel
electrophoresis. Trends in Analytical Chemistry. Vol 15 no 5.
Atik Rohmana Maftuhatul Fuad, Ita Ulfin, Fredy Kurniawan. 2016. Penggunaan
Agar-agar Komersial sebagai Media Gel Elektroforesis Pada Zat Warna
Remazol: Pengaruh Komposisi Buffer, pH Buffer dan Konsentrasi Media.
JURNAL SAINS DAN SENI ITS, 5(2): 2337-3520.
Azmat, Muhammad Abubakkar. Cheema, Hafiza Masooma N. Rajwana, Ishtiaq
Ahmad. Khan, Ahmad Sattar. Khan, Asif Ali. 2012. Extraction of DNA
suitable for PCR application from mature leaves of Mangifera indica L.
Journal of Zheijang University- Science B (Biomedicine and
Biotechnology). Vol.13 (4): 230-243.

Bintang M. 2010. Biokimia Teknik Penelitian. Jakarta: Penerbit Erlangga.

Chan, Cheong-Xin , Chai-Ling Ho, Othman, RY., Siew-Moi Phang. 2004. Total
RNA Extraction for the Red Seaweed Gracilaria changii
(Gracilariales,Rhodophy ta): Malaysia.

Clark W & K. Christopher. (2000). An introduction to DNA spectrophotometry

degradation and the “Farangkengel” experiment. 2: 81-99.
Dellaporta SL, Wood J, Hicks JB. 1983. A plant minipreparation: version II.
Plant Mo. Biol. Rep. 1: 19-20.

Dhakshanamoorthy D, Selvaraj R. 2009. Extraction of genomic DNA from

Jatropha sp. using modified CTAB method. Rom. J. Biol. Plant. Biol.
54(2):117–125.
Diah Artati. 2013. Sensitivitas Gel Red Sebagai Perwarna DNA Pada Gel
Elektroforesis. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 11(11).

Doyle JJ, Doyle JL. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus. 12: 13-
15.

Fatchiyah. 2011. Uji kuantitatif dan kualitatif. Jakarta: Penerbit Erlangga. p. 33-
37.
Fulton TM, Chunwongse J, Tanksley SD. 1995. Microprep protocol of extraction
DNA from tomato and other herbaceous plants. Plant Molecular Biology
Reporter. 13(3):207–209.

Hadiyanto, Sasmito, PI, Sumardi, J.A. 1999. Studi Pengembangan Sistem

Agribisnis Dan Industri Komoditas Rumput Laut Di Desa Pantai Jawa
Timur.

Hoarau G, Coyer JA, Stam WT, Olsen JL. 2007. A fast and inexpensive DNA
extraction/purification protocol for brown macroalgae. Molecular Ecology
Notes 7:191–193.
Holde, K. E. v., Johnson, W. C. & Ho, P. S., 2006. Principles of Physycal
Biochemistry. 2nd penyunt. USA: Pearson Education,Inc.

Ibrahim RIH. 2010. A modified CTAB protocol for DNA extraction from young
flower petals of some medicinal plant species. Geneconserve 10(40):165–
182.

Jobes DV, Hurley DL, Thien LB. 1995. Plant DNA isolation:a method to
efficiently remove polyphenolics, polysccharides, and RNA. Taxon 44:
349-386.
Jose, J. and R. Usha. 2000. Extraction of Geminiviral DNA from a Aighly
Mucilaginous Plant (Abelmoschus esculentus). Plant Mol. Biol. Rep. 18:
349-355.

Komalasari, K. 2009. Pengaruh perbandingan volume darah dan lisis buffer serta
kecepatan sentrifugasi terhadap kualitas produk DNA pada sapi Frensian
Holstein (FH). Skripsi. Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Kristianto. N, Rerenstradika. T. T, Habib. R dan Puji. L. 2016. Metode Ekstraksi
DNA Pada Jatropha spp Tanpa Menggunakan Nitrogen Cair. Jurnal Litri,
22(4) :159-166. ISSN 0853-8212.

Krizman M, Jakse J, Baricevic. D , Javornik B , Prosek M. 2006. Robust CTAB–

activated charcoal protocol for plant DNA extraction. Acta agriculturae
Slovenica 87(2): 427–433.

Kumar, A., & Anandaraj, M. (2006). Method for isolation of soil DNA and PCR
based detection of ginger wilt pathogen , Ralstonia solanacearum,
59(1701), 154–160.
Kusumaningrum, H.P. (2014). Desain Alat Elektroforesis Untuk Optimasi
Visualisasi Dan Konsentrasi DNA Menggunakan Software. Jurnal
Pendidikan Fisika Indonesia, 10(2), Hal.194-202.

Lumaret, R., H. Michaud, J.P. Ripoll, and L. Toumi. 1998. Chloroplast DNA
extraction procedure for species high in phenolics and polysaccharides. p.
15-17. In A. Karp, P.G. Isaac, and D.S. Ingram (Eds.). Molecular Tool for
Screening Biodiversity. Chapman and Hall, London.

McKee, T. & McKee, J. S., 2012. Biochemistry : The Molecular Basis of Life. 5th
penyunt. New Yok: Oxford University Press.
Mulyani Y, Purwanto A, Nurruhwati I, 2011. Perbandingan Beberapa Metode
Isolasi DNA untuk Deteksi Dini Koi Herpes Virus (KHV) pada Ikan Mas
(Cyprinus carpio L.). Jatinangor : Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan,
Universitas Padjadjaran. Jurnal Akuatika, 8(11): 1-16.
Nicholl, D. S. T. 1993. An Introduction to Genetic Engineering. Department of
Biological Science, University of Praisly.

Ogden, R. C., and Adams, D. A. 1987. Electrophoresis in agarose and

acrylamide gels. Methods Enzymo. 152. 61-87
Ogunkanmi AL, Oboh B, Onifade B, Ogunjobi AA, Taiwo IA, Ogundipe OT.
2008 An improved method of extracting genomic DNA from preserved
tissues of Capsicum annuum for PCR amplification. EurAsia J BioSci
2:115–119.

Potin, P., Richard, C., Rochas., and Kloareg, B. 1993. Purification and
characterization of the αagarase from Alteromonas agarlyticus (Cataldi)
comb. nov., strain GJ1B, European Journal of Biochemistry 214. 2: 599–
607.

Praiboon, J., Anong Chirapart, Yoshihiko Akakabe, Orapin Bhumibhamond and

Tadahiko Kajiwarac. 2006. Physical and Chemical Characterization of
Agar Polysaccharides Extracted from the Thai and Japanese Species of
Gracilaria. Science Asia. 1:11-17

Pratiwi, R. (2001). Mengenal Metode Elektroforesis. Oseana, 26(1) : 25-31

Ribeiro RA, Lovato MB. 2007. Comparative analysis of different DNA extraction
protocols in fresh and herbarium specimens of the genus Dalbergia.
Genet. Mol. Res. 6: 173-187.

Rohmana A. et all. (2016). Penggunaan Agar-agar Komersial sebagai Media Gel

Elektroforesis Pada Zat Warna Remazol: Pengaruh Komposisi Buffer, pH
Buffer dan Konsentrasi Media. JURNAL SAINS DAN SENI ITS, 5(2), Hal.
130 – 133

Sambrook J, 1982. Fragment DNA in Bacterial System. pp 29-37 in Maniatis T,

Fritsch EF (eds). Molecular Cloning A Laboratory Manual. USA: Cold
Spring Harbor Laboratory
Sharma P, Joshi N, Sharma A. 2010. Isolation of genomic DNA from medicinal
plants without liquid nitrogen. Indian J. Exp. Biol. 48:610–614.
Shisarmini, A., Ambarwati, A. D., Santoso, T. J., Utami, D. W., & Herman.
(2001). Teknik isolasi DNA analisis PCR gen pinII pada genom ubi jalar.
Prosiding Seminar Hasil Penelitian Rintisan dan Bioteknologi Tanaman.
Somma, M. (2006). The analysis of food samples for the presence of genetically
modified organisms session 4. Institute for Health and Consumer
Prtotection

Suryo, 2004. Genetika Strata 1. Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta. uryo,

2004. Genetika Strata 1. Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta.

Surzycki, S. 2000. Basic Techniques in Molecular Biology. Springer-Verlag,

Berlin, Heidelberg, New York.

Syafaruddin dan T.J. Santoso. 2011. Optimasi teknik isolasi dan purifikasi DNA
yang efisien dan efektif pada kemiri sunan (Reutalis trisperma (Blanco)
Airy Shaw). Jurnal Littri. 17(1): 11-17
Tenriulo AE, Suryati, Parenrengi A, Rosmiat, 2001. Ekstraksi DNA Rumput Laut
Kappaphycus alvarezii Dengan Metode Fenol Kloroform. Marina
Chimica Acta, 2(2): 6-10.
Titrawani. 1996. Biodiversiti Kodok Genus Rana Ditinjau dari Morfologi,
Kariotip dan Pola Protein di Kodya Sawahlunto. Program Pasca Sarjana,
Institut Pertanian Bogor : Bogor.
Wery Aslinda & Ahyar Ahmad. 2016. Isolasi dan Karakterikasi Agarosa dari
Makroalga Merah Euchema Cottoni untuk Pemisahaan Fragmen DNA.
Online Journal of Natural Science, 5(3) :307-317.
Westermeier. 2004 . Electrophoresis in practice : a guide to theory and practice.
John Wiley & Sons Inc., New Jersey.
Wicaksono BD, Yohana AH, Enos T, Irawan W, Dina Y, Aldrin N,Ferry S. 2009.
Antiproliferative effect of the methanol extract of Piper crocatum ruiz
 &pav leaves on human breast ( T47D)cells In- vitro. Trop J Pharm Res
8:345-352

Yahya,L.A. et all. (2016). Pemanfaatan Nata de Coco sebagai Media Gel

Elektroforesis Pada Zat Warna Remazol: Pengaruh pH, Waktu dan
Aplikasi Pemisahan Gelatin. Jurnal Sains Dan Seni ITS, 5(2). Hal. 137-
140.

Yayah Winarti. 2017. Optimasi Penggunaan Methylene Blue Sebagai pengganti

Ethidium Bromida Pada DNA Hasil Elektroforesis Gel Agarose. Skripsi.
Politeknik Kesehatan Bandung : Bandung.

Yuwono, T., 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Penerbit
Andi.Yogyakarta
IX. Lampiran
Terlampir